Μια από τις μεγαλύτερες προκλήσεις στις μέρες μας αποτελεί η εξαγωγή και η κατανόηση του πλήθους των πληροφοριών που βρίσκονται κρυμμένες στα βιολογικά δεδομένα. Ο καταιγισμός των πληροφοριών που προέρχονται από τη βιολογική έρευνα είναι τόσο σύνθετος που χρειάζεται να αναλυθεί με τη χρήση προηγμένων υπολογιστικών μεθόδων. Αυτό οδήγησε στη Βιοπληροφορική, έναν επαναστατικό επιστημονικό τομέα, ο οποίος εφαρμόζει στοιχεία της επιστήμης των υπολογιστών και της τεχνολογίας των πληροφοριών για τη διαχείριση των βιολογικών δεδομένων. Ο κλάδος της Βιοπληροφορικής σήμερα θεωρείται, παγκοσμίως, ένας από τους πλέον εξελισσόμενους, ενώ έχει ήδη επιδείξει σημαντικά επιτεύγματα και έχει συγκεντρώσει ιδιαίτερα σημαντικές διακρίσεις. Η εκπαίδευση εξειδικευμένων ατόμων σε θέματα Βιοπληροφορικής αποτελεί ιδιαίτερη πρόκληση, καθώς οι εκπαιδευόμενοι προέρχονται από τον τομέα της Βιολογίας ή της Πληροφορικής, παρουσιάζοντας γι' αυτόν τον λόγο μεγάλες διαφορές στο μαθησιακό τους υπόβαθρο. Επιπλέον, δημοσιεύονται συνεχώς καινούριες μέθοδοι επεξεργασίας βιολογικών δεδομένων, καθιστώντας το δύσκολο ακόμα και για κάποιον εκπαιδευτικό να παρακολουθεί την εξέλιξη και να ενημερώνει το εκπαιδευτικό περιεχόμενο των μαθημάτων του. Την ίδια στιγμή, η τεχνολογία της ηλεκτρονικής εκμάθησης έχει γίνει ένα εναλλακτικό μαθησιακό πρότυπο. Κατά τη διάρκεια του 20ού αιώνα, για τους περισσότερους από εμάς, η έννοια της μάθησης ήταν συνυφασμένη με τις παραδοσιακές αίθουσες διδασκαλίας. Όμως, από τον 21ο αιώνα άρχισε να κυριαρχεί μια νέα κουλτούρα μάθησης. Χάρη στην κατάλληλη χρήση των τεχνολογιών πληροφορίας, των δικτύων και των πολυμέσων, μαθητές και ερευνητές οι οποίοι διαχωρίζονται από την απόσταση, συνδέονται τεχνολογικά. Η γνώση γίνεται διαθέσιμη στο σύγχρονο ακαδημαϊκό και επαγγελματικό κόσμο, χωρίς χωρικούς ή χρονικούς περιορισμούς. Η συνεχώς αυξανόμενη υποδομή των ψηφιακών δικτύων ενισχύει την ικανότητα για πρόσβαση και χρήση απεριόριστων πηγών και εργαλείων. Επιπλέον, η ηλεκτρονική μάθηση εκτείνεται πέρα από την απλή πρόσβαση στην πληροφορία, αλλά βασίζεται στην επικοινωνία και στην αλληλεπίδραση των ατόμων που συμμετέχουν στη διαδικασία της μάθησης. Οι πλατφόρμες της ηλεκτρονικής εκμάθησης είναι ιδιαίτερα χρήσιμες και στην εκπαίδευση της Βιοπληροφορικής, καθώς μπορούν να βελτιώσουν την ποιότητα της διδασκαλίας και να μειώσουν τον χρόνο που απαιτείται για τη διαχείριση του εκπαιδευτικού υλικού. Πέραν τούτου, το αντικείμενο της Βιοπληροφορικής είναι πλήρως συνυφασμένο με τη χρήση του Διαδικτύου, καθώς μέσω αυτού μπορούν να βρεθούν πολλές πηγές δεδομένων και χρήσιμα εργαλεία. Στην παρούσα διπλωματική εργασία, προηγμένες διαδικασίες ηλεκτρονικής μάθησης έχουν αναπτυχθεί ώστε να εισαγάγουν ολοένα και περισσότερους μαθητές στην επαναστατική επιστήμη της Βιοπληροφορικής. Μια σύγχρονη διαδικτυακή εφαρμογή, η οποία όχι μόνο αποθηκεύει και διαχειρίζεται τον πλούτο της γνώσης και της εμπειρίας της ερευνητικής ομάδας «Υπολογιστικής Βιολογίας και Βιοπληροφορικής» του Πανεπιστημίου Πατρών, αλλά επιπλέον επιτρέπει στους χρήστες του συστήματος να προβάλλουν, οπουδήποτε και οποτεδήποτε, και να αλληλεπιδρούν με το πλούσιο μαθησιακό περιεχόμενο το οποίο παρουσιάζεται με τη μορφή κειμένων, υπερκειμένων,εικόνων, παρουσιάσεων και βίντεο. Δημοσιεύσεις σε συνέδρια και περιοδικά, ερευνητικά έργα, διπλωματικές εργασίες, παρουσιάσεις, εργαλεία και ανακοινώσεις είναι μόνο μερικά δείγματα της καθημερινής συνεισφοράς και της ανεκτίμητης προσπάθειας της ερευνητικής ομάδας. Πλήθος πληροφοριών, καλά οργανωμένων και δυναμικά ανανεώσιμων, είναι πάντα στη διάθεση μας. Σημαντικότατο στοιχείο του συστήματος ηλεκτρονικής εκμάθησης αποτελεί η ευφυΐα του, με άλλα λόγια η ικανότητα παροχής μιας εξατομικευμένης μαθησιακής πορείας στον κάθε εκπαιδευόμενο, με βάση το επίπεδο γνώσεων, τις μαθησιακές ανάγκες αλλά και την πρόοδο του. Επιπρόσθετα, η εν λόγω διαδικτυακή εφαρμογή εκμάθησης της Βιοπληροφορικής ευνοεί τη δημιουργία μαθησιακών κοινοτήτων οι οποίες ενισχύουν τη συνεργασία, την επικοινωνία αλλά και την αλληλεπίδραση μεταξύ εκπαιδευτών και εκπαιδευόμενων, όπως δηλαδή συμβαίνει σε μία παραδοσιακή αίθουσα διδασκαλίας. Όμως, μέσα από την ηλεκτρονική μάθηση, ο εκπαιδευόμενος αποτελεί πλέον το «κέντρο της μαθησιακής διαδικασίας», καθώς μετατρέπεται από παθητικό σε ενεργό δέκτη της μάθησης, επιλέγοντας το πώς και τι μαθαίνει. / One of the greatest challenges today is the extraction and comprehension of the huge mass of information hidden in biological data. The flood of information that comes from the biological research is so complex that needs to be analyzed by means of advanced computational methods. This has given rise to Bioinformatics, a revolutionary scientific field which applies elements of computer science and information technology to the management of this biological information. Bioinformatics is now considered, worldwide, as one of the most evolving fields since it has already demonstrated some very significant achievements and it has gathered really important distinctions. Training students in Bioinformatics is an important challenge as they have big academic differences and their learning background is either in Biology or in Informatics. Moreover, new methods for biological data processing are being published frequently and it is very hard even for professionals in the field of Bioinformatics to follow the new publications and renew the material of their courses. At the same time, the e-learning technology has become an alternative learning standard. During the 20th century, for most of us, the concept of learning was intertwined with the traditional classrooms. But, since the 21st century a new culture of learning has begun. Thanks to the proper use of modern information technologies, networks and multimedia, students and researches who are separated by distance, get technologically connected. Knowledge becomes available to the contemporary academic and professional world, without any geographical restrictions or time limits. The growing infrastructure of digital networks enhances the ability to access and use unlimited resources and tools. Furthermore, e-learning extends beyond simple access to information, but it is based on the communication and interaction of people involved in the learning process. The e-learning platforms are particularly useful in Bioinformatics education, as they can improve the quality of teaching and reduce the time required for the administration of educational material. Furthermore, the scientific field of Bioinformatics is completely interwoven with the use of the Internet due to the fact that many data sources and software tools are accessible through it. In this thesis, advanced e-learning processes have been developed in order to introduce more and more students to the revolutionary science of Bioinformatics. A modern web application which not only stores and manages the wealth of knowledge and experience provided by the Computational Biology and Bioinformatics group of the University of Patras, but also permits visitors to visualize, anywhere and anytime, and interact with this rich learning content which is presented in the form of text, hypertext, images, presentations and videos. Publications in conferences and journals, research projects, theses, presentations, tools, latest news and announcements are just some demonstrations of the daily contribution and the priceless effort spent by this group. A great deal of information, securely organized and dynamically updated, always at our disposal. The most important element of this e-learning application is its intelligence, in other words its ability to provide a personalized learning path to each student, based on his level of knowledge, his learning needs and the progress made in every step of the e-learning training. In addition, this Bioinformatics e-learning application, favors the creation of learning communities which enhance collaboration, communication and interaction between trainers and trainees, as that occurs in a traditional classroom. However, through e-learning, the trainee becomes the "center of the learning process", as he turns from a passive to an active receiver of learning, by choosing how and what he learns.