Submitted by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2013-06-25T19:11:18Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Tese_CaracterizacaoGeneticaMicobacterias.pdf: 2178660 bytes, checksum: 2d25a97aa686e758a27ecf791fce061f (MD5) / Approved for entry into archive by Irvana Coutinho(irvana@ufpa.br) on 2013-06-28T12:15:06Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Tese_CaracterizacaoGeneticaMicobacterias.pdf: 2178660 bytes, checksum: 2d25a97aa686e758a27ecf791fce061f (MD5) / Made available in DSpace on 2013-06-28T12:15:06Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Tese_CaracterizacaoGeneticaMicobacterias.pdf: 2178660 bytes, checksum: 2d25a97aa686e758a27ecf791fce061f (MD5) Previous issue date: 2012 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Nos últimos anos tem sido observado um aumento de relatos de infecções causadas por micobactérias não tuberculosas (MNT). No entanto, dados sobre frequência e espécies envolvidas em infecções pulmonares no Brasil são limitados, principalmente em estados da Região Norte do Brasil. O conhecimento das espécies de MNT associadas às infecções pulmonares tem importância clínica e epidemiológica, sendo as técnicas moleculares ferramentas capazes de oferecer um diagnóstico espécie-específico, o qual é necessário para a instituição de terapia adequada. O presente trabalho descreve a diversidade de MNT isoladas de espécimes pulmonares encaminhados ao Instituto Evandro Chagas entre 1999 e 2011 para pesquisa de micobactérias. As MNT foram inicialmente caracterizadas por PCR-restriction analysis (PRA-hsp65) e reidentificadas por sequenciamento dos genes RNAr 16S, hsp65, rpoB e região ITS1. De acordo com os achados, o método de PRA-hsp65 mostrou-se uma ferramenta prática para identificação MNT, permitindo a distinção de uma grande variedade de espécies de forma rápida, simples e barata, em comparação com o sequenciamento. Além disso, como sugerido no presente estudo, de acordo com a diversidade de espécies local, este método pode ser passível de modificações para proporcionar maior poder discriminatório. Para isolados do complexo Mycobacterium avium (MAC), a aplicação da análise de sequência do gene rpoB não se mostrou como alternativa adequada para discriminação de isolados do Estado do Pará, gerando resultados discrepantes com baixa resolução taxonômica. Um espectro particular de MNT foi associado aos casos de infecção pulmonar na região, representado principalmente por espécies dos complexos M. chelonae-M. abscessus (M. abscessus, M. massiliense e M. bolletii), M. avium (M. avium, M. intracellulare e M. colombiense) e M. simiae (M. simiae e taxa não nomeados). Dentre esse último, duas potenciais espécies foram detectadas, M. paraensis sp. nov. e M. amazoniensis sp. nov., sendo propostas como novos membros do complexo M. simiae. Entre os indivíduos afetados, as principais características encontradas foram sexo feminino, a idade superior a 50 anos, etnia parda e história de infecção prévia por tuberculose. Embora este estudo não demonstre a real magnitude de infecções pulmonares por MNT no Estado do Pará, ele descreve a diversidade de espécies e claramente retrata a importância desse grupo na região, chegando a representar 13,5% dos isolamentos micobacterianos em um laboratório de referência. Conjuntamente a esse achado, a identificação de casos de MNT em indivíduos presuntivamente diagnosticados com TB, indica a necessidade de confirmação bacteriológica, especialmente nos casos de resistência primária ao esquema básico da tuberculose. / In recent years have been seen increased reports of nontuberculous mycobacteria (NTM) infections in the world. However, data on frequency and NTM species associated with pulmonary infections are still limited in Brazil, especially in states of Northern Brazil. The knowledge of species associated with NTM lung infections has clinical and epidemiological importance, being molecular techniques efficient tools to provide diagnostic species-specific, which is necessary for choice of appropriate therapy. This study describes the diversity of NTM isolated from respiratory specimens at the Evandro Chagas Institute between 1999 and 2011. The NTM were initially characterized by PCR-restriction analysis (PRA-hsp65) and reidentificated by sequencing of 16S rRNA, hsp65, rpoB and ITS1 targets. According to ours findings, the PRA-hsp65 method proved to be a convenient tool for identifying NTM, allowing distinction of a variety of species quickly, simply and inexpensively, as compared to the sequencing. Moreover, as suggested in this study, according to local species diversity, this method can be subject to modifications to provide greater discriminatory power. Sequence analysis of the rpoB gene of Mycobacterium avium complex (MAC) revealed that this target is not a suitable alternative for discrimination of isolates from State of Para, because it generated discrepant results with low taxonomic resolution. M. chelonae, M. avium and M. simiae complexes were the most frequent NTM. Two potential species were detected, M. paraensis sp. nov. and M. amazoniensis sp. nov., being proposed as new members of the M. simiae complex. Among the patients with NTM disease, the main characteristics found were women older than 50 years, pardo ethnic group and previous tuberculosis. Although this study does not show the real magnitude of NTM lung infections in State of Para, it describes the diversity of species and clearly reveals the importance of this group in the region, which has accounted 13.5% of mycobacterial isolates in a reference laboratory. The findings highlight the need for bacteriological confirmation of cases presumptively diagnosed as TB with primary resistance to therapy for TB.

Introdução: Infecções relacionadas à assistência de saúde (IRAS) representam hoje um dos principais desafios da qualidade do cuidado do paciente, principalmente em pacientes submetido a transplante de células tronco e hematopoiéticas (TCTH) O banho diário com a clorexidina (CHG) degermante a 2% tem sido proposto principalmente em unidades de terapia intensivas (UTIs) para diminuir a colonização bacteriana do paciente e assim diminuir IRAS. O objetivo deste estudo foi avaliar o impacto do banho com CHG degermante a 2% em unidade de internação de TCTH na incidência de infecção e colonização por patógenos multirresistentes e ainda avaliar seu impacto na sensibilidade das bactérias ao antisséptico. Métodos: Foi realizado um estudo quasi-experimental, com duração de 9 anos, com início em janeiro/2005 até dezembro/2013. A intervenção foi iniciada em agosto de 2009, sendo que os períodos pré e pós-intervenção tiveram duração de 4,5 anos. As taxas de IRAS, infecção por gram-negativos multirresistentes e infecção e colonização por enterococo resistente a vancomicina (VRE) foram avaliadas através de série temporal, para estudar o impacto da intervenção. As concentrações inibitórias mínimas (CIM) das bactérias para a CHG com e sem o inibidor de bomba de efluxo (CCCP) foram avaliadas nos dois períodos. Os genes de resistência a CHG foram estudados por meio da PCR e a clonalidade dos isolados por eletroforese em campo pulsátil. Resultados: Foi observada redução significativa na incidência de infecção e colonização de VRE na unidade no período pós-intervenção (p: 0,001). Essa taxa permaneceu estável em outras UTIs clínicas do hospital. Contudo as taxas de infecção por Gram negativos multirresistentes aumentou nos últimos anos na unidade. Não ocorreu diminuição na taxa de IRAS na unidade. As CIMs testadas de CHG aumentaram nas amostras de VRE e K. pneumoniae após o período de exposição ao antisséptico, com queda importante da CIM após o uso do CCCP, revelando ser a bomba de efluxo, um importante mecanismo de resistência à CHG. As amostras de A. baumannii e P. aeruginosa não apresentaram aumento da CIM após período de exposição à clorexidina. As bombas de efluxo Ade A, B e C estiveram presentes na maioria dos A. baumannii do grupo controle (66%). A bomba cepA foi encontrada em 67% de todas as K. pneumoniae testadas e em 44,5% das P. aeruginosas do grupo pré intervenção. Observamos uma relação positiva entre a presença da CepA nas amostras de K. pneumoniae e a resposta ao CCCP: de todas as 49 amostras CepA positivas 67,3% obtiveram redução do seu MIC em 4 diluições após adição do CCCP. A avaliação de clonalidade demonstrou padrão policlonal das amostras de VRE, K. pneumoniae e A. baumannii avaliadas. Em relação às amostras de P. aeruginosa foi observado que no período pós-intervenção ocorreu predominância de um clone com > 80% semelhança em 10 das 22 amostras avaliadas pelo dendrograma. Conclusões: O banho de clorexidina teve impacto na redução da incidência de infecção e colonização por VRE na unidade de TCTH, e não teve o mesmo impacto nas bactérias gram-negativas. Os mecanismos moleculares de resistência à clorexidina estão intimamente ligados à presença de bomba de efluxo, sendo provavelmente o principal mecanismo de resistência e tolerância das bactérias ao antisséptico / Background and objectives: Daily skin cleansing with 2% chlorhexidine gluconate (CHG) in patients in intensive care unit is associated with reduction in incidence of multiresistant microorganisms (MR). Data in Hematological Steam Cell Transplant (HSCT), however, is scarce, and studies addressing the impact of this intervention in this population are needed. The aim of this study was to evaluate the effectiveness of daily bathing with CHG in reducing infection and colonization by MR (vancomycin resistance Enterococcus -VRE, P. aeruginosa, A. baumannii and K. pneumoniae) in HSCT patients and also evaluated the antiseptic susceptibility comparing pre and post intervention period. Methods: We perform a 9 year pre and post interventional study. In August 2009, was implemented daily bathing with CHG, replacing regular soap in all patients in a 12 beds HSCT ward, located in a tertiary reference hospital in Sao Paulo/Brazil. The goal of the intervention was decreasing MR prevalence in the unit. Therefore we evaluated the incidence-density (ID=cases/1000 patient days) of MR colonization and infection in periods of 4.5 years before and 4.5 years after intervention. Minimum inhibitory concentration (MIC) values were tested for CHG using Muller-Hinton agar dilution in MR strains isolated pre and post intervention period. The behavior of the strains after introduction of an efflux pump inhibitor (CCCP) was also assessed to study the importance of this resistance mechanism in relation to CHG. Statistical analyzes were performed using time-series analyses in ARIMA model, and SPSS program was used. P < 0.05 was considered statistically significant. Results: A significant reduction in infection and colonization VRE incidence was observed in post-intervention period (p 0.001). The opposite occurred with gran-negative infection and colonization rates, which had increased in recent years at the unit (p < 0.001). Rates of blood stream infection (BSI) remained stable in both periods. The VRE and K. pneumoniae strains showed two fold MIC 50 increase in in the post exposure period. However the strains of P. aeruginosa and A. baumannii had no MIC 50 increase after antiseptic exposure period. All MIC 50 strains was significant reduced after using the efflux pump inhibitor (CCCP) Conclusions: The CHG bath showed to be effective in reducing VRE infection and colonization in HSCT unit, and corroborating the literature the same impact was not taken in gram-negative bacteria. The unit microbiota has been impacted by the CHG massive use, however the increase MIC seemed not influence the efficacy of intervention in VRE cases. Molecular mechanisms of resistance to chlorhexidine are closely linked to the presence of efflux pump

Introdução: Em estudo prospectivo, os efeitos da gastroplastia redutora com reconstrução em Y de Roux sobre a flora bacteriana e produção de citoquinas nas câmaras gástricas proximal e excluída foram estudados. Métodos: pacientes bariátricos (n=37) foram submetidos à avaliação endoscópica em ambos reservatórios gástricos,7,3+-1,4 anos após a gastroplastia. Idade foi de 42,4+-9,9 anos (70,2% sexo feminino), IMC pré-operatório de 53,5+-10,6, e IMC atual de 32,6+-7,8kg/m2. TNFalfa e TGF-beta foram medidos pelo método ELISA em biópsias da mucosa gástrica., assim como cultura quantitativa da secreção gástrica, com pH gástrico e teste respiratório lactulose/hidrogênio.Resultados: Nenhum dos pacientes apresentou queixas sugestivas de supercrescimento bacteriano gastrointestinal. Todavia, contagens elevadas de bactérias e fungos foram identificadas nas duas câmaras, principalmente no estômago proximal. Gram-positivos representaram a maioria dos isolados. O pH foi neutro na câmara proximal, enquanto que também na câmara distal nem sempre conservou-se em níveis esperados. Conclusões: 1)Produção elevadas de TNF-alfa e TGF-beta, com a colonização de aeróbios, anaeróbios e fungos em ambas câmaras gástricas foram identificadas; 2)O pH gástrico como a contagem bacteriana foram maiores no estômago proximal funcionante; 3)Teste respiratório foi positivo para supercrescimento bacteriano em 40,5% dos pacientes,entretanto não foram identificadas manifestações clínicas de supercrescimento bacteriano gastrointestinal. / Background: In a prospective study, the effect of Roux-en-Y gastric bypass (RYGBP) on bacterial flora and cytokines production in the used (proximal pouch) and unused (large bypassed) gastric chamber was analysed. Methods: Bariatric subjects (n=37) were submitted to endoscopic examination of both gastric reservoirs, 7.3 ± 1.4 years after RYGBP. Age was 42.4 ± 9.9 years (70.2% females), preoperative BMI was 53.5 ± 10.6, and current BMI was 32.6 ± 7.8 kg/m2.TNF-alpha and TGF-beta were meausured by enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA) from gastric mucosal biopsies. Quantitative culture of gastric secretion along with gastric pH and actulose/hydrogen breath test were also investigated.Results: None of the subjects displayed complaints suggestive of GI bacterial overgrowth. Elevated counts of bacteria and fungi were identified in both chambers, mostly in the proximal stomach. Gram-positives represented the majority of the isolates. Gastric pH was neutral in the proximal pouch, whereas the distal chamber mostly but not always onserved the expected acidity. Conclusions: 1)Increased TNF-alpha and TGFbeta production, as aerobes, anaerobes and fungi colonization of both gastric chambers was detected; 2) Gastric pH as well as bacterial count was higher in the functioning proximal stomach; 3) Breath test was positive for bacterial overgrowth in 40.5% of the subjects, however clinical manifestation of GI bacterial overgrowth were not demonstrated

A sepse bacteriana constitui a causa mais frequente de óbitos neonatais, e seu diagnóstico é complexo devido à inexistência de um teste laboratorial definitivo. O presente estudo desenvolveu uma técnica de amplificação quantitativa (qPCR) do gene 16S rDNA de bactérias tanto para o diagnóstico de sepse neonatal, quanto para avaliar se a qPCR é capaz de monitorar o tratamento. Para ser recrutado o RN deveria apresentar ao menos dois sinais/sintomas sugestivos de sepse, e dois parâmetros laboratoriais alterados. Amostras de sangue foram colhidas no tempo zero (suspeita de sepse), 48 horas e sete dias após o início da antibioticoterapia. Foram analisados 73 RN (21 RNT e 52 RNPT) com suspeita de sepse neonatal. A hemocultura foi positiva em 32 RN (43,8% - sepse confirmada) e negativa em 41 (56,2% - sepse clínica), enquanto a qPCR foi positiva em 65 RN (89%) e negativa em oito casos (11%). Dentre os 32 RN com sepse confirmada (11 RNT e 21 RNPT), neutrofilia foi encontrada em 22 (68,75%), CRP elevada em 21 (65,62%), plaquetopenia em 15 (46,87%) e leucopenia em 14 (43,75%). Foram analisadas 200 amostras dos 73 casos suspeitos, considerando os três tempos de coleta, resultando em 36 hemoculturas positivas (18,0%) e 135 qPCR positivas (67,5%). Nas 36 hemoculturas positivas houve 38 isolamentos. Bactérias Gram-positivas foram encontradas em 32 amostras (84,21%) e Gram-negativas em seis (15,78%). Staphylococcus coagulase negativa predominou dentre as Gram-positivas (75,0%). No grupo de 32 RN com sepse confirmada a qPCR foi positiva em 30 (30/32 - 93,7%). Em 14 casos (47%) a qPCR antecipou o diagnóstico de sepse quando comparada à hemocultura e foi positiva no tempo zero em 22 casos (68,75%), enquanto a hemocultura foi positiva em 11. Dos 41 casos de sepse clínica, a qPCR foi positiva em 35 (85,4%); em 26 casos (74,3%) já no tempo zero. O teste de McNemar encontrou discordância entre os resultados das hemoculturas e qPCR (p<0,0001, IC de 95%), indicando superioridade da qPCR. Houve nove óbitos na casuística, todos com hemocultura e qPCR positiva. Em seis dos nove óbitos somente a terceira hemocultura foi positiva, enquanto a qPCR foi positiva em cinco casos já no tempo zero e não negativou em seis casos. A qPCR empregou a técnica de touchdown, com temperaturas de annealing decaindo de 66 a 62oC, limiar de detecção entre 1-10 UFC/mL. As cargas bacterianas foram em geral baixas (< 50 UFC/mL) mesmo nos casos com sepse confirmada e óbitos, porém quando as medianas das cargas bacterianas no tempo zero dos grupos com sepse confirmada (37,10 UFC/mL) e sepse clínica (24,49 UFC/mL) foram comparadas, foi encontrada uma diferença estatisticamente significante (p=0,0402). O estudo concluiu que a qPCR é capaz de detectar mais casos de sepse neonatal que a hemocultura, antecipando o diagnóstico na maior parte deles. Em relação à monitorização do tratamento, a qPCR apresentou associação com o sucesso ou falha terapêutica, negativou em casos que tiveram evolução favorável, não negativou na maior parte dos óbitos, porém há necessidade de confirmação destes dados / Bacterial sepsis constitutes one of the most frequent causes of neonatal deaths and its diagnosis is difficult due to the lack of a definitive laboratorial approach. The present study developed a bacterial 16S rDNA-based quantitative real time polymerase chain reaction (qPCR) both to the diagnosis of neonatal sepsis and to evaluate if qPCR is capable of monitoring antimicrobial treatment. For enrollment, the newborn (NB) should present, at least, two signs/symptoms suggestive of sepsis, and two abnormal laboratory parameters. Blood samples were collected on day zero (suspected sepsis), 48 hours and 7 days after the initiation of antibiotic therapy. Seventy-three newborns with suspected sepsis were recruited (21 term NB and 52 preterm NB), blood culture was positive in 32 (43.8% - confirmed sepsis) and negative in 41 (56.2% - clinical sepsis), while qPCR was positive in 65 (89.0%) and negative in 8 cases (11.0%). Considering the group of 32 NB with confirmed sepsis (11 TNB and 21PTNB), qPCR was positive in 30 (30/32 - 93.7%). Neutrophilia was found in 22 NB (68.75%), elevated CRP in 21 (65.62%), thrombocytopenia in 15 (46.87%) and leukopenia in 14 (43.75%). Of the 73 cases, taking into account the three collected samples (day zero, 48h and 7 days), 200 samples were analyzed, with 36 positive blood culture (18.0%) and 135 positive qPCR (67.5%). Of the 36 positive blood cultures, there were 38 bacterial isolations. Gram-positive bacteria were found in 32 samples (84.21%) and Gram-negative in 6 (15.78%). Coagulase-negative Staphylococcus was predominant in the Grampositive group (75.0%). In 14 cases, qPCR anticipated the diagnosis when compared with blood culture, and was positive in 22 cases on day zero (68.75%), whereas blood culture was positive in 11. Among the 41 cases of clinical sepsis, qPCR was positive in 35 (85.4%); of these 26 (74.3%) on day zero. McNemar test found discordance between the results of blood cultures and qPCR (p < 0.0001, CI of 95%), indicating superiority of qPCR. There were nine deaths in the casuistic, all with positive blood culture and qPCR. In six of the nine deaths only the third blood culture was positive, while qPCR was positive in five cases already on day zero, and was still positive in the third sample in 6 cases. The qPCR employed the touchdown technique, with annealing temperatures decreasing from 66 to 62oC, detection threshold between 1-10 CFU/ml. Bacterial loads were generally low ( < 50 CFU/ml), even in those cases with confirmed sepsis and deaths, however when bacterial load medians on day zero were compared between confirmed (37.1 CFU/ml) and clinical (24.49 CFU/ml) sepsis groups, a statistically significant difference was found (p = 0.0402). The study concluded that qPCR can detect more cases of neonatal sepsis than blood culture, anticipating the diagnosis in most of them. Regarding the monitoring of treatment, qPCR was associated with success or treatment failure, became negative in cases that progressed favorably, remained positive in the majority of the deaths, however these data need to be confirmed

Pseudomonas aeruginosa é uma gamaproteobactéria ubíqua capaz de infectar indivíduos imunocomprometidos e causar infecções hospitalares. Entre duas repetições diretas situadas na ilha de patogenicidade PAPI-1 da linhagem PA14, encontram-se dois grupos de genes transcritos em direções opostas. O primeiro, composto de pvrS, pvrR, rcsC e rcsB, codifica proteínas de sistemas de dois componentes e está relacionado com virulência, enquanto o segundo compreende cinco genes (cupD1-D5) e codifica uma fímbria do tipo chaperoneusher, com alta similaridade com o grupo cupA, envolvido na formação de biofilme em outras linhagens de P. aeruginosa. Fímbrias da mesma família são importantes na patogenicidade de outras bactérias. Com o objetivo de estudar a relação entre esses dois grupos de genes, procurou-se caracterizar sua organização por ensaios de RT-PCR, que possibilitaram observar a disposição dos genes dos sistemas de dois componentes em dois operons distintos (pvrRS e rcsCB) e, pelo menos, cupD1-cupD2 como uma unidade transcricional, com indícios apontando para a organização de cupD1-D5 em um único operon. Os inícios de transcrição e as regiões promotoras de cada operon foram caracterizados por experimentos de RACE 5 e extensão de oligonucleotídeo marcado em busca de seqüências relevantes para a ativação da expressão desses genes. Visando investigar a regulação da expressão da fímbria CupD pelos sistemas de dois componentes codificados pelos genes adjacentes, foram realizados ensaios de qRT-PCR, os quais mostraram uma menor expressão de cupD na linhagem mutante para rcsB. RcsB apresenta um domínio de ligação a DNA e, apesar da falta de sucesso em ensaios de ligação dessa proteína à região promotora de cupD, os dados obtidos por qRT-PCR 1 indicam fortemente que essa proteína funciona como um ativador de transcrição dos genes da fímbria. Corroborando esses achados, somente quando se utilizou RNA extraído de P. aeruginosa PA14 superexpressando RcsB foi possível visualizar no gel a banda referente ao início de transcrição de cupD1-D2 no ensaio de extensão de oligonucleotídeo. Ao contrário do efeito positivo de RcsB observado na transcrição de cupD1, cupD2 e cupD5, a histidina quinase RcsC atua negativamente na expressão dos genes da fímbria, sugerindo que, nesse caso, sua atividade predominante sobre RcsB seja a de fosfatase. PvrS e PvrR parecem atuar de forma indireta e positiva sobre cupD. Como um segundo objetivo do trabalho, ensaios de virulência de P. aeruginosa no hospedeiro-modelo Dictyostelium discoideum foram otimizados, com o estabelecimento de uma técnica para se testar alguns genes estudados no laboratório que podem ser relevantes para a virulência dessa bactéria. Resultados desses ensaios confirmaram a atenuação de mutantes para uma suposta metiltransferase, já observada em modelos de planta, camundongo e drosófila. Em conjunto, os resultados desse trabalho tornam-se informações valiosas para serem usadas na pesquisa de controle de infecções por P. aeruginosa, que depende de fímbrias para colonizar com sucesso superfícies abióticas que servem de veículo de disseminação desse agente infeccioso e para que as bactérias possam persistir no organismo do hospedeiro. / Pseudomonas aeruginosa is a ubiquitous gammaproteobacteria able to infect immunocompromised individuals and to cause nosocomial infections. Between two direct repeats in the PAPI-1 pathogenicity island present in strain PA14, there are two gene clusters transcribed in opposite directions. The first, composed of pvrS, pvrR, rcsC and rcsB, encodes two-component systems proteins and is implicated in virulence, whereas the second comprises five genes (cupD1-D5) encoding a chaperone-usher fimbria with high similarity to cupA, a gene cluster involved in biofilm formation in other strains of P. aeruginosa. Fimbriae belonging to the same family of Cup are related to pathogenicity of other bacteria. In order to study the relationship between these two clusters, the organization of the genes in operons was characterized using RT-PCR, which results lead to the conclusion that the twocomponent systems genes are arranged into two different operons (pvrSR and rcsCB) and that cupD1-D2 share the same promoter, with some evidences that the operons extends from cupD1 to cupD5. The transcription start sites and the promoter regions of each operon were characterized with RACE 5 and primer extension assays to look for sequences that could be relevant to the activation of expression of these genes. Quantitative RT-PCR assays were carried out to investigate whether the expression of CupD fimbriae is regulated by the twocomponent systems encoded by the adjacent genes and the results showed a lower expression of cupD in the rcsB mutant strain than in the wild-type. RcsB bears a DNA-binding domain and, although our assays of DNA-protein interactions have failed, data obtained by qRT-PCR 1 strongly indicate that this protein functions as a transcription activator of fimbrial genes. These findings were corroborated by the primer extension assay, in which the band corresponding to the transcriptional start of cupD1-D2 was visible only when the reaction was performed with the RNA extracted of P. aeruginosa overexpressing RcsB. Unlike the effect observed for RcsB in cupD1, cupD2 and cupD5 transcription, the histidine quinase RcsC acts negatively in the fimbrial genes expression, suggesting that it might function predominantly as a RcsB phosphatase. PvrS and PvrR seem to regulate cupD positively and indirectly. As a second aim of this work, virulence assays of P. aeruginosa in the model host Dictyostelium discoideum were optimized, and a technique for testing genes studied in the laboratory that could be important for Pseudomonas virulence was established. These assays confirmed the attenuation-in-virulence of strains mutant in a putative methyltransferase gene, as observed before in plant, mouse and drosophila models. The results obtained in this work may contribute to P. aeruginosa infection control research, since this bacterium depends on fimbriae to successfully colonize abiotic surfaces that act as a dissemination vehicle, and to allow the bacteria to persist into the host organism.

Pseudomonas aeruginosa é uma gamaproteobactéria ubíqua capaz de infectar indivíduos imunocomprometidos e causar infecções hospitalares. Entre duas repetições diretas situadas na ilha de patogenicidade PAPI-1 da linhagem PA14, encontram-se dois grupos de genes transcritos em direções opostas. O primeiro, composto de pvrS, pvrR, rcsC e rcsB, codifica proteínas de sistemas de dois componentes e está relacionado com virulência, enquanto o segundo compreende cinco genes (cupD1-D5) e codifica uma fímbria do tipo chaperoneusher, com alta similaridade com o grupo cupA, envolvido na formação de biofilme em outras linhagens de P. aeruginosa. Fímbrias da mesma família são importantes na patogenicidade de outras bactérias. Com o objetivo de estudar a relação entre esses dois grupos de genes, procurou-se caracterizar sua organização por ensaios de RT-PCR, que possibilitaram observar a disposição dos genes dos sistemas de dois componentes em dois operons distintos (pvrRS e rcsCB) e, pelo menos, cupD1-cupD2 como uma unidade transcricional, com indícios apontando para a organização de cupD1-D5 em um único operon. Os inícios de transcrição e as regiões promotoras de cada operon foram caracterizados por experimentos de RACE 5 e extensão de oligonucleotídeo marcado em busca de seqüências relevantes para a ativação da expressão desses genes. Visando investigar a regulação da expressão da fímbria CupD pelos sistemas de dois componentes codificados pelos genes adjacentes, foram realizados ensaios de qRT-PCR, os quais mostraram uma menor expressão de cupD na linhagem mutante para rcsB. RcsB apresenta um domínio de ligação a DNA e, apesar da falta de sucesso em ensaios de ligação dessa proteína à região promotora de cupD, os dados obtidos por qRT-PCR 1 indicam fortemente que essa proteína funciona como um ativador de transcrição dos genes da fímbria. Corroborando esses achados, somente quando se utilizou RNA extraído de P. aeruginosa PA14 superexpressando RcsB foi possível visualizar no gel a banda referente ao início de transcrição de cupD1-D2 no ensaio de extensão de oligonucleotídeo. Ao contrário do efeito positivo de RcsB observado na transcrição de cupD1, cupD2 e cupD5, a histidina quinase RcsC atua negativamente na expressão dos genes da fímbria, sugerindo que, nesse caso, sua atividade predominante sobre RcsB seja a de fosfatase. PvrS e PvrR parecem atuar de forma indireta e positiva sobre cupD. Como um segundo objetivo do trabalho, ensaios de virulência de P. aeruginosa no hospedeiro-modelo Dictyostelium discoideum foram otimizados, com o estabelecimento de uma técnica para se testar alguns genes estudados no laboratório que podem ser relevantes para a virulência dessa bactéria. Resultados desses ensaios confirmaram a atenuação de mutantes para uma suposta metiltransferase, já observada em modelos de planta, camundongo e drosófila. Em conjunto, os resultados desse trabalho tornam-se informações valiosas para serem usadas na pesquisa de controle de infecções por P. aeruginosa, que depende de fímbrias para colonizar com sucesso superfícies abióticas que servem de veículo de disseminação desse agente infeccioso e para que as bactérias possam persistir no organismo do hospedeiro. / Pseudomonas aeruginosa is a ubiquitous gammaproteobacteria able to infect immunocompromised individuals and to cause nosocomial infections. Between two direct repeats in the PAPI-1 pathogenicity island present in strain PA14, there are two gene clusters transcribed in opposite directions. The first, composed of pvrS, pvrR, rcsC and rcsB, encodes two-component systems proteins and is implicated in virulence, whereas the second comprises five genes (cupD1-D5) encoding a chaperone-usher fimbria with high similarity to cupA, a gene cluster involved in biofilm formation in other strains of P. aeruginosa. Fimbriae belonging to the same family of Cup are related to pathogenicity of other bacteria. In order to study the relationship between these two clusters, the organization of the genes in operons was characterized using RT-PCR, which results lead to the conclusion that the twocomponent systems genes are arranged into two different operons (pvrSR and rcsCB) and that cupD1-D2 share the same promoter, with some evidences that the operons extends from cupD1 to cupD5. The transcription start sites and the promoter regions of each operon were characterized with RACE 5 and primer extension assays to look for sequences that could be relevant to the activation of expression of these genes. Quantitative RT-PCR assays were carried out to investigate whether the expression of CupD fimbriae is regulated by the twocomponent systems encoded by the adjacent genes and the results showed a lower expression of cupD in the rcsB mutant strain than in the wild-type. RcsB bears a DNA-binding domain and, although our assays of DNA-protein interactions have failed, data obtained by qRT-PCR 1 strongly indicate that this protein functions as a transcription activator of fimbrial genes. These findings were corroborated by the primer extension assay, in which the band corresponding to the transcriptional start of cupD1-D2 was visible only when the reaction was performed with the RNA extracted of P. aeruginosa overexpressing RcsB. Unlike the effect observed for RcsB in cupD1, cupD2 and cupD5 transcription, the histidine quinase RcsC acts negatively in the fimbrial genes expression, suggesting that it might function predominantly as a RcsB phosphatase. PvrS and PvrR seem to regulate cupD positively and indirectly. As a second aim of this work, virulence assays of P. aeruginosa in the model host Dictyostelium discoideum were optimized, and a technique for testing genes studied in the laboratory that could be important for Pseudomonas virulence was established. These assays confirmed the attenuation-in-virulence of strains mutant in a putative methyltransferase gene, as observed before in plant, mouse and drosophila models. The results obtained in this work may contribute to P. aeruginosa infection control research, since this bacterium depends on fimbriae to successfully colonize abiotic surfaces that act as a dissemination vehicle, and to allow the bacteria to persist into the host organism.

Escherichia coli enteropatogênica atípica (EPECa) é causadora de diarréia infantil e apresenta alta heterogeneidade quanto aos fatores de virulência. O objetivo deste trabalho foi estudar o comportamento de EPECa na interação com fagócitos profissionais. Duas amostras de EPECa sorotipo O55:H7 mostraram-se capazes de reduzir a fagocitose. Os sobrenadantes dos cultivos foram submetidos a SPE e HPLC e as frações com efeito antifagocítico foram submetidas a espectrometria de massas. A fração capaz de reduzir a fagocitose de bactérias reduziu também a fagocitose de Saccharomyces cerevisiae. Além de mostrar que EPECa é capaz de induzir a antifagocitose, mostrou-se também que o fator antifagocitico é secretado, solúvel em meio aquoso, termoestável, apresenta baixo peso molecular, não é microbicida ou citotóxico e, por último, há indicativos de que possa apresentar uma região glicosídica. Estes achados sugerem que o fator antifagocítico pode, embora não sozinho, exercer um papel importante na adaptabilidade e patogenicidade das EPECa. / Atypical enteropathogenic Escherichia coli (aEPEC) causes diarrhea mainly in children and presents a high heterogeneity of virulence factors. The objective of this work was to study the behavior of aEPEC regarding its interaction with professional phagocytes. Two samples of aEPEC serotype O55:H7 were able to reduce phagocytosis, The culture supernatants were submitted to SPE and HPLC and the active fractions were tested and analyzed by mass spectrometry. The results show that the fraction with bacterial antiphagocytic activity also reduces phagocytosis of Saccharomyces cerevisiae. In addition to demonstrating that aEPEC can induce antiphagocytosis, this work shows that it is due to a secreted antiphagocytic factor that is soluble in aqueous medium, is thermo-stable, has a low molecular weight, is not bactericide or cytotoxic and, finally, possibly presents a glycosidic region. These findings suggest that the antiphagocytic factor may, though maybe not alone, play an important role in the adaptability and pathogenicity of aEPEC.

Introdução: Infecções relacionadas à assistência de saúde (IRAS) representam hoje um dos principais desafios da qualidade do cuidado do paciente, principalmente em pacientes submetido a transplante de células tronco e hematopoiéticas (TCTH) O banho diário com a clorexidina (CHG) degermante a 2% tem sido proposto principalmente em unidades de terapia intensivas (UTIs) para diminuir a colonização bacteriana do paciente e assim diminuir IRAS. O objetivo deste estudo foi avaliar o impacto do banho com CHG degermante a 2% em unidade de internação de TCTH na incidência de infecção e colonização por patógenos multirresistentes e ainda avaliar seu impacto na sensibilidade das bactérias ao antisséptico. Métodos: Foi realizado um estudo quasi-experimental, com duração de 9 anos, com início em janeiro/2005 até dezembro/2013. A intervenção foi iniciada em agosto de 2009, sendo que os períodos pré e pós-intervenção tiveram duração de 4,5 anos. As taxas de IRAS, infecção por gram-negativos multirresistentes e infecção e colonização por enterococo resistente a vancomicina (VRE) foram avaliadas através de série temporal, para estudar o impacto da intervenção. As concentrações inibitórias mínimas (CIM) das bactérias para a CHG com e sem o inibidor de bomba de efluxo (CCCP) foram avaliadas nos dois períodos. Os genes de resistência a CHG foram estudados por meio da PCR e a clonalidade dos isolados por eletroforese em campo pulsátil. Resultados: Foi observada redução significativa na incidência de infecção e colonização de VRE na unidade no período pós-intervenção (p: 0,001). Essa taxa permaneceu estável em outras UTIs clínicas do hospital. Contudo as taxas de infecção por Gram negativos multirresistentes aumentou nos últimos anos na unidade. Não ocorreu diminuição na taxa de IRAS na unidade. As CIMs testadas de CHG aumentaram nas amostras de VRE e K. pneumoniae após o período de exposição ao antisséptico, com queda importante da CIM após o uso do CCCP, revelando ser a bomba de efluxo, um importante mecanismo de resistência à CHG. As amostras de A. baumannii e P. aeruginosa não apresentaram aumento da CIM após período de exposição à clorexidina. As bombas de efluxo Ade A, B e C estiveram presentes na maioria dos A. baumannii do grupo controle (66%). A bomba cepA foi encontrada em 67% de todas as K. pneumoniae testadas e em 44,5% das P. aeruginosas do grupo pré intervenção. Observamos uma relação positiva entre a presença da CepA nas amostras de K. pneumoniae e a resposta ao CCCP: de todas as 49 amostras CepA positivas 67,3% obtiveram redução do seu MIC em 4 diluições após adição do CCCP. A avaliação de clonalidade demonstrou padrão policlonal das amostras de VRE, K. pneumoniae e A. baumannii avaliadas. Em relação às amostras de P. aeruginosa foi observado que no período pós-intervenção ocorreu predominância de um clone com > 80% semelhança em 10 das 22 amostras avaliadas pelo dendrograma. Conclusões: O banho de clorexidina teve impacto na redução da incidência de infecção e colonização por VRE na unidade de TCTH, e não teve o mesmo impacto nas bactérias gram-negativas. Os mecanismos moleculares de resistência à clorexidina estão intimamente ligados à presença de bomba de efluxo, sendo provavelmente o principal mecanismo de resistência e tolerância das bactérias ao antisséptico / Background and objectives: Daily skin cleansing with 2% chlorhexidine gluconate (CHG) in patients in intensive care unit is associated with reduction in incidence of multiresistant microorganisms (MR). Data in Hematological Steam Cell Transplant (HSCT), however, is scarce, and studies addressing the impact of this intervention in this population are needed. The aim of this study was to evaluate the effectiveness of daily bathing with CHG in reducing infection and colonization by MR (vancomycin resistance Enterococcus -VRE, P. aeruginosa, A. baumannii and K. pneumoniae) in HSCT patients and also evaluated the antiseptic susceptibility comparing pre and post intervention period. Methods: We perform a 9 year pre and post interventional study. In August 2009, was implemented daily bathing with CHG, replacing regular soap in all patients in a 12 beds HSCT ward, located in a tertiary reference hospital in Sao Paulo/Brazil. The goal of the intervention was decreasing MR prevalence in the unit. Therefore we evaluated the incidence-density (ID=cases/1000 patient days) of MR colonization and infection in periods of 4.5 years before and 4.5 years after intervention. Minimum inhibitory concentration (MIC) values were tested for CHG using Muller-Hinton agar dilution in MR strains isolated pre and post intervention period. The behavior of the strains after introduction of an efflux pump inhibitor (CCCP) was also assessed to study the importance of this resistance mechanism in relation to CHG. Statistical analyzes were performed using time-series analyses in ARIMA model, and SPSS program was used. P < 0.05 was considered statistically significant. Results: A significant reduction in infection and colonization VRE incidence was observed in post-intervention period (p 0.001). The opposite occurred with gran-negative infection and colonization rates, which had increased in recent years at the unit (p < 0.001). Rates of blood stream infection (BSI) remained stable in both periods. The VRE and K. pneumoniae strains showed two fold MIC 50 increase in in the post exposure period. However the strains of P. aeruginosa and A. baumannii had no MIC 50 increase after antiseptic exposure period. All MIC 50 strains was significant reduced after using the efflux pump inhibitor (CCCP) Conclusions: The CHG bath showed to be effective in reducing VRE infection and colonization in HSCT unit, and corroborating the literature the same impact was not taken in gram-negative bacteria. The unit microbiota has been impacted by the CHG massive use, however the increase MIC seemed not influence the efficacy of intervention in VRE cases. Molecular mechanisms of resistance to chlorhexidine are closely linked to the presence of efflux pump

A cromoblastomicose é uma infecção fúngica subcutânea causada por fungos da família Dematiceae sendo o principal agente etiológico o fungo Fonsecaea pedrosoi (F. pedrosoi). Estes fungos induzem uma lesão crônica na pele de freqüente recidivas. O objetivo do trabalho foi avaliar alguns aspectos imunológicos na cromoblastomicose experimental através de dois modelos de infecção pelas vias: intraperitoneal (i.p.) e subcutânea (s.c.). No primeiro modelo de infecção pela via s.c. em camundongos BALB/c infectados com 106 conídios de F. pedrosoi, ocorreu a cura espontânea da infecção em aproximadamente 4 semanas. Na subtipagem de linfócitos T em linfonodos regionais ocorreu um predomínio de células T CD4+ que foi constante até a 4ª semana de infecção, no entanto, observamos aumento significativo de linfócitos T CD8+ ao longo da infecção sugerindo que essa população tenha também uma importante participação no controle da doença. Os ensaios de linfoproliferação demonstraram, na 1ª semana de infecção, elevado índice de proliferação celular quando as células de linfonodos foram estimuladas in vitro com antígenos de F. pedrosoi, além da liberação principalmente da citocina IFN-&#947;, já na 4ª semana de infecção não foi detectado proliferação celular. Esses resultados sugerem que no início da infecção a resposta celular seja mediada principalmente por linfócitos T CD4+ produtores de IFN-&#947;, o que nos sugere, que neste modelo experimental, polarize uma resposta de células T do tipo Th1. No segundo modelo de infecção, via intraperitoneal (i.p.), camundongos BALB/c infectados com 106 conídios de F. pedrosoi mostraram desenvolvimento de infecção crônica com preservação da imunidade celular mesmo após a 8ª semana. Ainda pela via i.p., os camundongos C57BL/6 nocautes de T CD4+ apresentaram uma maior carga fúngica no início da infecção e em tempos mais tardios a carga fúngica foi semelhante aos camundongos controles (C57BL/6); esses mesmos animais nocautes não apresentaram uma ativação da resposta celular medida pelo teste de HTT (Hipersensibilidade do Tipo Tardio). Quando avaliamos o padrão de citocinas, a citocina IFN-&#947; produzida pelos órgãos baço e fígado apresentou menores níveis no início da infecção quando comparado ao camundongos controle. Já os níveis de IL-10 aumentaram gradativamente ao longo da infecção e IL-4 não apresentou diferenças em relação ao controle. Nos camundongos nocautes para coa (C57BL/6 CD8 \"KO\"), a carga fúngica, os níveis de citocinas e o teste de HTT foram semelhantes aos animais controle. Esses resultados mostraram que pela via i.p. os linfócitos T, principalmente células T CD4+ são importantes no controle inicial da infecção. Em tempos mais tardios a infecção foi controlada mesmo em camundongos deficientes de linfócitos TCD 4+ ou T CD8+, sugerido que outras células como macrófagos ou NK, estariam atuando de forma mais efetiva no controle da infecção. / Abstract not available.

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GENERAL OBJECTIVE: To analyze the outcomes of healthcare for people with vascular ulcers treated in the examination rooms of the primary care system from the perspective of the evolution of healing over a period of six months. METHODOLOGY: Analytic longitudinal study with nested cross-sectional studies, in the examination rooms of the public health service of the city of Aparecida de Goiania, Goias, Brazil, from August 2012 to October 2013. Population consists of users receiving treatment by nurses, and professionals who provided nursing care in the study setting. Data collection occurred through structured nonparticipant observation, interview, physical examination, and use of Pressure Ulcer Scale for Healing (PUSH), planigraphy of ulcers, and photographic record. Absolute frequencies and percentages were used for data collection. The study complies with guidelines for research ethics, being approved under protocol 085/2012. RESULTS: The three rooms designed to care for people with vascular ulcers in the studied scenario showed non-washable walls, windows not screened, without adequate hand hygiene resources, without proper procedures for cleaning and disinfection of the environment, and lack of essential resources and inconsistent supply thereof. As for users, there was gender parity, prevalence among 60 years or older, and social and economic conditions in the lower middle class and below. The majority had lesions for more than one year, which were usually painful. Microbiological examination showed predominantly Gram-negative rods, including Pseudomonas aeruginosa. Among professionals, most were females, aged between 18 and 36 years and "reasonable experience" in treating people with vascular ulcers. CONCLUSION: Conditions were inadequate for serving people with vascular ulcers and contribute to care not compliant with current recommendations, which creates a discontinuity of care and diminished capacity to resolve these issues. Therefore, it is necessary to structure the service with respect to people with chronic ulcers, and maintain supplies and appropriate resources for care. / INTRODUÇÃO: As úlceras vasculares constituem um importante problema de saúde pública, afetam em torno de 1% da população em geral, sendo mais presentes entre os idosos. Seu tratamento é demorado e oneroso. Podem acarretar problemas físicos, sociais, econômicos e emocionais. Consideradas feridas complexas e de difícil cicatrização, apresentam elevado número de recidivas, e, a maioria delas é colonizada criticamente ou infectada. A assistência a pessoas com úlceras vasculares constitui um desafio aos profissionais de saúde e para o poder público, em virtude de sua complexidade, que abrange ausência de políticas públicas voltadas para essa população, estruturação dos serviços, acesso ao atendimento, qualificação profissional, insumos apropriados. OBJETIVO GERAL: Analisar a resolutividade da assistência à saúde a pessoas com úlceras vasculares atendidas em salas de curativo da rede de atenção primária, na perspectiva de evolução da cicatrização no período de seis meses. METODOLOGIA: Estudo analítico longitudinal, com estudos transversais nele aninhados, nas salas de curativo da rede municipal de saúde de Aparecida de Goiânia, Goiás, Brasil, no período de agosto de 2012 a outubro de 2013. A população consiste de usuários que receberam atendimento de enfermagem e profissionais que prestaram o atendimento de enfermagem no cenário de estudo. A coleta de dados se deu por meio da observação estruturada não participante, entrevista, exame físico, utilização da Pressure Ulcer Scale for Healing (PUSH), planigrafia das úlceras e registro fotográfico. Para análise de dados utilizaram-se frequências absolutas e percentuais. O estudo atende às diretrizes de ética em pesquisa, sendo aprovado sob protocolo 085/2012. RESULTADOS: As três salas destinadas ao atendimento de pessoas com úlceras vasculares no cenário estudado apresentaram paredes não laváveis, janelas não teladas, sem recursos adequados à higienização das mãos, sem padronização adequada de higienização e desinfecção do ambiente e desabastecidas de insumos indispensáveis e com suprimento descontinuado. Quanto aos usuários, houve paridade de gênero, predominância entre os de 60 anos ou mais e condições sociais e econômicas compatíveis com as classes C e D. A maioria das lesões possuía duração superior a um ano e geralmente dolorosas. Ao exame microbiológico predominaram os bastonetes Gram-negativos, entre os quais Pseudomonas aeruginosa. Quanto aos profissionais, a maioria era do gênero feminino, com faixa etária entre 18 e 36 anos e “razoável experiência” no atendido a pessoas com úlceras vasculares. CONCLUSÃO: O cenário estudado não apresenta condições adequadas para atendimento a pessoas com úlceras vasculares e corroboram uma prática assistencial discordante com as recomendações atuais, o que implica na descontinuidade do cuidado e diminuição da resolutividade da assistência à saúde. Diante disso, é necessário estruturar o serviço voltado para pessoas com úlceras crônicas, qualificação profissional e manter insumos e recursos apropriados para atendimento.