Le microbiote humain est défini par l’ensemble des microbes habitant un site corporel en particulier. Les différents microbiotes de l’Homme, notamment le microbiote intestinal qui est le plus étudié, peuvent moduler de nombreux mécanismes biologiques dont le métabolisme et la réponse immunitaire. Un débalancement du microbiote au niveau des espèces qui le composent, ou dysbiose, a été associé à plusieurs maladies inflammatoires comme le diabète, l’obésité, mais aussi divers types de cancer. De plus, il a été démontré que les bactéries pouvaient avoir un impact sur la réponse des patients aux thérapies contre le cancer. Le cancer du sein est le cancer le plus mortel chez la femme. Or, l’étiologie de la maladie reste incertaine. Récemment, il a été montré que des bactéries pouvaient infiltrer les tissus plus profonds comme le tissu mammaire, formant un microbiote local. Considérant l’impact que la dysbiose peut avoir sur la réponse immunitaire antitumorale et la réponse aux traitements, nous avons émis comme hypothèse qu’une présence bactérienne intratumorale similaire, en composition et en quantité, à celle du tissu normal non-cancéreux affecte la progression du cancer du sein ainsi que le devenir clinique des patientes. La présence du microbiote intratumoral du sein a donc été validée par la détection de plusieurs composants bactériens sur des coupes tumorales à l’aide de marquages moléculaires. Puis, nous avons évalué le rôle potentiel de ce microbiote en quantifiant et identifiant les espèces bactériennes présentes dans les tumeurs et les tissus normaux adjacents des patientes de notre cohorte du cancer du sein. Nos résultats montrent une abondance moins élevée de l’ADN bactérien dans les tumeurs du sein comparativement aux tissus normaux adjacents appariés, suggérant qu’une altération du microbiote mammaire est associée au cancer. De plus, les patientes ayant un signal bactérien très faible dans leur tumeur avaient un nombre de récidives plus élevé. Cette influence de la quantité apparente de bactéries sur le devenir clinique a été observée principalement chez les patientes ayant une tumeur avancée, soit un grade ou un stade élevé, et de sous-types moléculaires Luminal HER2+, HER2+ (non-luminal) et Luminal B. Aucune relation n’a été observée entre la composition bactérienne du microbiote intratumoral mammaire et la récidive. Nos travaux suggèrent une implication pronostique et thérapeutique de la charge bactérienne du microbiote associé aux tumeurs mammaires. / The human microbiota is defined by all the microbes inhabiting a specific body site. The different human microbiota, and in particular the intestinal microbiota which is the most studied, can modulate many biological mechanisms, including metabolism and the immune response. An imbalance in the bacterial species that compose the microbiota, or dysbiosis, has been associated with several inflammatory diseases such as diabetes, obesity, but also various types of cancer. Additionally, bacteria have been shown to impact the response of patients to cancer therapy. Breast cancer is the deadliest cancer in women. However, the etiology of the disease remains uncertain. Recently, it has been shown that bacteria can infiltrate deeper tissues like breast tissue, forming a local microbiota. Considering the impact that dysbiosis can have on the anti-tumor immune response and the response to treatments, we hypothesized that an intratumoral bacterial presence similar in composition and quantity to that of normal non-cancerous tissue affects the progression of breast cancer, as well as the clinical outcomes of patients. The presence of the intratumoral breast microbiota was therefore validated by the detection of several bacterial components on whole tumor sections using molecular staining. Then, we evaluated the potential role of this microbiota by quantifying and identifying the bacterial species present in tumors and adjacent normal tissues of patients in our breast cancer cohort. Our results show a lower abundance of bacterial DNA in breast tumors compared to adjacent paired normal tissues, suggesting that an alteration of the mammary microbiota is associated with breast cancer. In addition, patients with a very low bacterial signal in their tumor had a higher number of recurrences. This influence of the apparent quantity of bacteria on the clinical outcomes has been observed mainly in patients with an advanced tumor, either a high grade or a high stage, and of the Luminal HER2+, HER2+ (non-luminal) and Luminal B molecular subtype. No relationship has been observed between the bacterial composition of the breast intratumoral microbiota and the recurrence. Our work suggests a prognostic and therapeutic implication of the bacterial load of the microbiota associated with breast tumors.

Le diabète de type 1 (DT1) est une maladie auto-immune caractérisée par la destruction des cellules β pancréatiques par les cellules immunitaires, ce qui entraîne une insuffisance en insuline. L’étude des souris Non-Obese Diabetic (NOD), qui développent spontanément le diabète auto-immun, a permis l'identification de plusieurs loci de susceptibilité associés au diabète, appelés Idds. D’ailleurs, Idd1 est lié au locus du CMH. L’utilisation de souris congéniques NOD.B6-Idd1 et B6.NOD-Idd1 a démontré qu’Idd1 est nécessaire mais insuffisant pour la progression du diabète auto-immun. Précédemment, nous avons démontré que les allèles de résistance au locus Idd2 offrent une protection significative contre l’apparition du diabète auto-immun, semblable à Idd1. Pour identifier les facteurs génétiques minimaux requis pour l'apparition du DT1, nous avons introduit les loci NOD Idd1 et Idd2 chez des souris B6, générant des souris doubles congéniques B6.Idd1.Idd2. Bien que la combinaison de Idd1 et Idd2 n’est pas suffisante pour induire l’apparition du diabète, nous avons observé une infiltration immunitaire dans le pancréas exocrine des souches congéniques B6 Idd2. De plus, nous avons observé d'importantes différences phénotypiques dans les sous-populations de lymphocytes T chez les souris B6.Idd1.Idd2 par rapport aux souris simple congéniques, suggérant une interaction épistatique entre Idd1 et Idd2 dans la modulation des fonctions des lymphocytes T. De plus, des augmentations de neutrophiles et de la fibrose spécifiques à Idd2 ont été découvertes, suggérant qu’Idd2 est impliqué dans le processus cellulaire inflammatoire du diabète auto-immun. Dans l’ensemble, ces données montrent que la combinaison des allèles de susceptibilité Idd1 et Idd2 ne mène pas à la progression du diabète auto-immun. Des facteurs génétiques ou environnementaux supplémentaires sont donc nécessaires pour provoquer le diabète auto-immun chez la souris. Néanmoins, nous constatons que les allèles NOD au niveau des locus Idd2 coopèrent pour induire une inflammation et une infiltration immunitaire dans le pancréas. / Type 1 diabetes (T1D) is an autoimmune disease characterized by the destruction of pancreatic β cells by immune cells, leading to an insulin deficiency. Non-Obese Diabetic (NOD) mice, which spontaneously develop autoimmune diabetes, have enabled the identification of several loci associated with diabetes susceptibility, termed Idds. Notably, Idd1 is linked to the MHC locus and resistance alleles at this locus provide full protection from diabetes onset. Conversely, C57BL/6 (B6) mice bearing NOD Idd1 alleles exhibit immune infiltration in the pancreas without causing overt diabetes. These results show that NOD Idd1 alleles are necessary but not sufficient for autoimmune diabetes progression. In a previous study, we demonstrated that diabetes resistance alleles at the Idd2 locus provide significant protection from autoimmune diabetes onset, second to Idd1. To identify the minimal genetic factors required for T1D onset, we introduced the NOD Idd1 and Idd2 loci in B6 mice, generating B6.Idd1.Idd2 double congenic mice. Although the introduction of susceptibility alleles at both Idd1 and Idd2 was not sufficient to induce diabetes onset, we observed immune infiltration in the exocrine pancreas of B6 Idd2 congenic strains. In addition, we observed important phenotypic differences in T cell subsets in B6.Idd1.Idd2 mice relative to single congenic mice, suggesting epistatic interaction between Idd1 and Idd2 in modulating T cell functions. Moreover, Idd2-specific increases in neutrophils and fibrosis were discovered, suggesting that Idd2 is involved in the inflammatory cellular process of autoimmune diabetes. Altogether, these data show that susceptibility alleles at Idd1 and Idd2 together are not sufficient to autoimmune diabetes progression. Additional genetic factors or environmental triggers are therefore required to cause autoimmune diabetes in mice. Still, we find that NOD alleles at the Idd2 loci cooperate to induce inflammation and immune infiltration in the pancreas.