Capes; CNPq; Fundação Araucária / As condições ambientais do cultivo do café, como clima, tipo de solo e altitude, associadas a práticas agrícolas, são responsáveis pela composição química final do grão. Além disso, o genótipo cultivado também influencia diretamente nas características essenciais da bebida, aumentando o seu valor agregado. Portanto, comprovações da origem geográfica e genotípica da genótipo do café devem ser realizadas utilizando métodos confiáveis. A espectroscopia no infravermelho próximo (NIRS), na região de 1100 a 2498 nm, foi utilizada na análise de genótipos de café arábica, cultivadas em diferentes cidades do estado do Paraná, Brasil. Como primeira aproximação, os métodos lineares, análise de componentes principais (ACP) e mínimos quadrados parciais com análise discriminante (PLS-DA), foram utilizados para a interpretação dos dados devido à complexidade e elevada quantidade de informação contida nos espectros. Os modelos PLS-DA obtidos para a classificação geográfica apresentaram uma sensibilidade média de 93,75% e uma especificidade de 100%. Já para a classificação dos genótipos a performance do PLS- DA foi de 93,75% para sensibilidade e 97,13% para a especificidade. Na tentativa de melhorar a performance e a confiabilidade de classificação foram desenvolvidos modelos de dois estágios. Tanto os scores da ACP como as variáveis latentes do PLS-DA foram alimentados em dois tipos diferentes de redes neurais artificiais, o perceptron de múltiplas camadas (MLP) e a rede de funções de base radial (RBF) que são modelos inerentemente não-lineares. Os respectivos parâmetros de arquitetura dessas redes foram otimizados através do método de busca direta simplex sequencial. Os modelos de dois estágios, linear com PLS-DA e não-linear com RBF, foram capazes de classificar geograficamente e genotipicamente com 100% de seletividade e especificidade todas as amostras de treinamento e de teste. As variáveis latentes do PLS-DA por serem determinadas levando-se em consideração a resposta desejada contêm mais informação que os scores da ACP. Já a rede RBF, por possuir um número menor de parâmetros livres e uma estrutura mais simples quando comparada à MLP, possui um treinamento mais rápido e convergente. Quando comparados com os resultados obtidos na espectroscopia de infravermelho médio (FTIR), os modelos obtidos usando os espectros NIRS apresentaram uma performance melhor e mais confiável. Estes resultados indicam que os espectros NIRS contêm informações importantes que aliadas a métodos adequados de reconhecimento de padrões resultam em uma classificação eficiente de amostras de café arábica verde por genótipo e local de cultivo. Além disso, uma análise dos loadings das variáveis latentes do PLS-DA permite associar quais bandas são características em cada classe. Essa informação pode ser correlacionada com a composição química das amostras fornecendo, assim, dados preliminares para avaliar o efeito da região de cultivo e do tipo de genótipo selecionado nas características químicas do grão de café verde. / The environmental conditions in coffee cultivation, such as climate, soil type and altitude, associated with agronomic practices, are responsible for influence the final chemical composition of the bean. They directly influence the essential features of the beverage, increasing its aggregate price. Proof of geographic and genotypic origin of the coffee genotypes must be done using reliable methods. Thus, the near infrared spectroscopy (NIRS), in the 1100 to 2498nm range, was used for analyze different coffee genotypes that were cultivated in different cities (Brazil - Paraná State). As first approach linear methods, principal components analysis (PCA) and partial least squares with discriminant analysis (PLS-DA), were used for data interpretation due to the high complexity and amount of information contained in the spectra. The obtained PLS-DA models had an average sensitivity of 93.75% and a specificity of 100% for the geographical classification. While for genopyte classification, the PLS-DA performance was 93.75% for sensitivity and 97.13% for specificity. In an attempt to improve the performance and reliability of the developed classifiers, both the PCA scores and the PLS-DA latent variables were fed into two artificial neural networks, the multilayer perceptron (MLP) and radial basis function network (RBF), that are nonlinear models. The architecture parameters of these networks were optimized using the sequential simplex method. The two-stage models, linear with PLS-DA and nonlinear with RBF, were able to classify geographically and genotypically with 100% of selectivity and specificity all the training and test samples. The latent variables of the PLS-DA are determined by taking into account the desired response, so it contains more information than the scores of the PCA. While the RBF network, by having fewer free parameters and a simpler architecture compared to the MLP, has a faster and covergente training. The spectra analysis in near-infrared region showed better results than mid-infrared spectra. These results indicate that NIRS spectra contain important information that, combined with appropriate methods of pattern recognition, allow the classification of green arabica coffee samples by genotype and growing region. Besides, the PLS-DA loadings analysis allows associating which NIRS bands are specific of each class. This information can be correlated with the samples chemical composition, providing preliminary data to evaluate the effect of growing region and genotype in the selected green coffee chemical composition.

Dados de 111.101 pesos a desmama ajustado aos 205 dias de idade (PES205), 50.860 pesos ajustados aos 390 dias (PES390) e 47.462 ganhos de peso até 185 dias após a desmama (GP185) foram analisados para avaliar a interação genótipos-ambientes e estimar parâmetros de adaptabilidade para sete combinações genotípicas de bovinos cruzados para corte, criados em três diferentes ambientes do Brasil. A interação genótipos-ambientes foi fonte de variação significativa (P<0,01) para todas as características avaliadas. As decomposições das somas de quadrados das interações genótipos-ambientes, para cada variável estudada, foram realizadas pelo método de regressão. Foram verificados por meios dos coeficientes angulares que, para PES205, os animais de composição genotípica 7 foram considerados como de adaptabilidade ampla. Os genótipos 2, 3 e 6 foram considerados de adaptabilidade específica a ambientes favoráveis e as composições genotípicas 1, 4 e 5 foram classificadas como de adaptabilidades específicas a ambientes desfavoráveis. Para PES390, os animais considerados como de adaptabilidade ampla foram os de composições genotípicas 1 e 3. Os de combinações genotípicas 2, 6 e 7 foram considerados de adaptabilidade específica a ambientes favoráveis e os genótipos 4 e 5 foram classificados como animais com adaptabilidade específica a ambientes desfavoráveis. Para GP185, verificou-se que os animais considerados como de adaptabilidade ampla foram os de composição genotípica 4 e 5, enquanto que as combinações genotípicas 1, 2 e 3 foram considerados de adaptabilidade específica a ambientes favoráveis e as composições genotípicas 6 e 7 foram classificados como de adaptabilidades específicas a ambientes desfavoráveis. / Data from 111,101 weaning weight adjusted to 205 days (WW), 50,860 yearling weight adjusted to 390 days (YW) and 47,462 weight gain from weaning to yearling (WG) were analyzed to evaluated the genotype-environmental interactions and estimates adaptability parameters for seven genotype combinations of crossbreed beef cattle, raised in three environment of the Brazil.. The genotypeenvironmental interation effect was significative (P<0.01) for all de traits analyzed. The sum squares decompositions of genotype-environmental interations, were accomplishment by regression method for each trait analyzed. Were verified, through the slopes of the regression lines that, for WW, the animals considered as wide adaptability were genotype composition 7. The genotype compositions 2, 3 and 6 were considered of specific adaptability for favorable environments, and genotype compositions 1, 4 and 5 were classified as combinations with specific adaptability for unfavorable environments. For YW, the animals considered as wide adaptability were genotypes compositions 1 and 3. The genotype compositions 2, 6 and 7 were considered of specific adaptability for favorable environments and genotype compositions 4 and 5 were classified as combinations with specific adaptability for unfavorable environments. For WG, the animals with genotype composition 4 and 5 were considered as wide adaptability, while the genotype compositions 1, 2 and 3 were considered of specific adaptability for favorable environments and genotype compositions 6 and 7 were classified as combinations with specific adaptability for unfavorable environments.

Submitted by Helena Bejio (helena.bejio@unioeste.br) on 2017-12-04T17:19:14Z No. of bitstreams: 2 Jonatas_Marcolin_2017.pdf: 1529869 bytes, checksum: 182017133f5454db9f8fc1e8635e6663 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-12-04T17:19:14Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Jonatas_Marcolin_2017.pdf: 1529869 bytes, checksum: 182017133f5454db9f8fc1e8635e6663 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2017-08-28 / The objective of this work was to stratify the crop environments of west and central western Paraná, in order to complement the information obtained in each location, to evaluate the potential per se of the genitors, to demonstrate heterosis in hybrids and to obtain genetic control information for attributes related to productivity and maturation. Productivity and harvest moisture information of 16 commercial hybrids, conducted in DBC with two replicates, present in the Coodetec VCU trials in the seasons of 2014 and 2015, sown in the micro regions of Cascavel, Toledo, Foz do Iguaçu for representation of the West and in the microregion of Campo Mourão and in Mariluz, representing the Caiuá sandstone, for the representation of the central western Paraná, were used for environmental stratification, using the factor analysis methodology. For the study of heterosis, potential per se and genetic control, we selected 13 elite strains from the Coodetec breeding program, from which leaf discs were collected for genotyping with SNP molecular markers. The 78 hybrids, recorded in a half-diallel table, the 13 parents and 9 commercial hybrids were planted in Mariluz, Palotina and São Pedro do Iguaçu, in a 10x10 square lattice with three repetitions. Male and female blooms, crop moisture, yield and the weight of one thousand seeds were evaluated. For the grouping based on the dissimilarity matrix, the modified Tocher (sequential) method was used, and the methodologies of Gardner and Eberhart (1966) and Hayman (1954) were used for evaluation of the diallel. The environmental stratification showed that the municipalities of Cascavel, Palotina, Mariluz, Campo Mourão and São Pedro do Iguaçu are vital selections for yields, and Campo Mourão, Cascavel, Mariluz, Santa Terezinha do Itaipu, Palotina and São Pedro do Iguaçu for crop moisture. The cluster analysis formed three heterotic groups based on genetic distance, and the mean heterosis showed the possibility of exploiting the group of strains for precocity and yield. The combinations CD008 x CD038 and CD072 x CD070 stood out for population synthesis and CD010 x CD034 for direct synthesis of the hybrid. The CD034 strain stood out as more divergent among the strains studied for testing potential. The genetic information showed that the dominant strains are found more frequently in the parents, except for yield, which is predominantly recessive. Dominant gene effects are predominant in the control of the variables studied with an overdominant interaction between the alleles. The CD069 strain shows a higher number of dominant genes for maturation and the CD038 strain had a higher number of dominant genes for yield. / O trabalho teve como objetivo estratificar ambientes de safrinha do Oeste e Centro Ocidental do Paraná quanto a complementariedade de informações obtidas em cada local, avaliar o potencial “per se” de genitores, a manifestação da heterose em híbridos e obter informações sobre o controle genéticos para atributos relacionados a produtividade e maturação. Informações de produtividade e de umidade de colheita de 16 híbridos comerciais, conduzidos em DBC com duas repetições, presentes nos ensaios de VCU da Coodetec nas safrinhas 2014 e 2015, semeados nas microrregiões de Cascavel, Toledo, Foz do Iguaçu para representação do Oeste e na microrregião de Campo Mourão e em Mariluz, representando o arenito Caiuá, para a representação do Centro Ocidental paranaense, foram utilizados para estratificação ambiental, utilizando-se a metodologia de análise de fatores. Para o estudo da heterose, potencial “per se” e o controle genético, foram selecionadas 13 linhagens elite do programa de melhoramento da Coodetec, das quais foram coletados discos foliares para genotipagem com marcadores moleculares SNP. Os 78 híbridos, obtidos em um dialélo de meia tabela, os 13 genitores e 9 híbridos comerciais foram semeados em Mariluz, Palotina e São Pedro do Iguaçu, em látice quadrado 10x10 com três repetições. Foram avaliados floração masculina e feminina, umidade de colheita, produtividade e peso de mil sementes. Para o agrupamento baseado na matriz de dissimilaridade foi empregado o método de Tocher modificado (sequencial), para a avaliação do dialélo foi utilizada a metodologia de Gardner e Eberhart (1966) e a metodologia de Hayman (1954). A estratificação ambiental evidenciou que os municípios Cascavel, Palotina, Mariluz, Campo Mourão e São Pedro do Iguaçu são mais informativos para seleção para produtividade e Campo Mourão, Cascavel, Mariluz, Santa Terezinha do Itaipu, Palotina e São Pedro do Iguaçu para umidade de colheita. A análise agrupamentos formou três grupos heteróticos baseado na distância genética, a heterose média evidenciou possibilidade de exploração do grupo de linhagens para precocidade e produtividade. Destacaram-se as combinações CD008 x CD038 e CD072 x CD070 para síntese de populações e CD010 x CD034 para a síntese direta de híbrido. A linhagem CD034 destacou-se como divergente entre as linhagens estudada sendo um testador de potencial. As informações genéticas evidenciaram que alelos dominantes encontram-se em maior frequência nos genitores, exceto para produtividade que há predominância de recessivos. Há predominância de efeitos gênicos de dominância no controle das variáveis estudadas com interação de sobredominância entre os alelos. A linhagem CD069 apresenta maior número de genes em dominância para maturação e a linhagem CD038 maior número de genes em dominância para produtividade.

Em estudos de divergência genética por métodos multivariados, a distância euclidiana é a medida de distância mais amplamente utilizada e essa distância é a mais recomendada quando as unidades de cálculos são escores de componentes principais, como é o caso da análise AMMI (additive main effects and multiplicative interaction analysis). Tal análise permite a obtenção de estimativas mais precisas das respostas genotípicas e possibilita a análise da divergência genética por métodos aglomerativos. A análise dos modelos AMMI combina, num único modelo, componentes aditivos para os efeitos principais (genótipos e ambientes) e componentes multiplicativos para os efeitos da interação genótipos × ambientes. Os melhoristas de plantas compreendem que a interação genótipos × ambientes é de suma importância para a obtenção de variedades superiores e as estimativas de dissimilaridade atendem aos objetivos do melhorista, por quantificarem e informarem sobre o grau de semelhança ou de diferença entre pares de indivíduos. Entretanto, quando o número de indivíduos é grande, torna-se inviável o reconhecimento de grupos homogêneos pelo exame visual das estimativas de distância. Portanto, é importante proceder à análise de agrupamentos, obter dendrogramas por meio de métodos hierárquicos e posteriormente, analisar os grupos formados. A fim de determinar e classificar os grupos formados na clusterização hierárquica foram utilizados comandos específicos do programa computacional R que desenha no dendrograma os retângulos de cada grupo e os numera. Desta forma, o objetivo deste trabalho foi analisar a divergência genética via modelo AMMI, utilizando-se de técnicas multivariadas e reamostragem \"bootstrap\". / In studies of genetic diversity using multivariate approaches, the Euclidean distance is the most common measure used. This method is recommended when data are scores of principal components, such as in AMMI analysis (additive main effects and multiplicative interaction analysis). The AMMI method allows obtaining more precise estimates for genotypic results and also permits the use of genetic diversity analysis by using agglomerative approaches. Furthermore, this method combines additive components for the main effects (genotypes and environments) and multiplicative components for genotypes x environment interaction effects in a unique model. Plant breeders understand the importance of genotype and environment interaction to obtain superior varieties and the dissimilarity estimation meets breeders\" objectives since it quantifies and determines the similarity or the divergence between pairs of individuals. However, when the number of individuals is large it is unfeasible to recognize the group homogeneity by using a visual analysis of the distances estimation. Therefore, is important to use cluster analysis to obtain dendograms based on hierarchical methods and then analyze the groups obtained. In order to determine and classify the obtained groups from hierarchical cluster analysis specifics commands in the R software were used which shows in the dendrogram rectangles and numbers for each group. In this way, the objective of this work was to analyze the genetic divergence through AMMI model, by using multivariate approaches and \"bootstrap\" resampling.

O objetivo desta pesquisa foi avaliar a magnitude da interação genótipos x ambientes (G x E) e a sua conseqüência na adaptabilidade e na estabilidade fenotípica de 100 linhagens experimentais de soja pertencentes a quatro ciclos de maturação (28 precoces, 38 semiprecoces, 27 intermediárias e sete semitardias), através de três metodologias que quantificam a adaptabilidade e/ou estabilidade fenotípica (ecovalência, regressão linear de Eberhart & Russel e AMMI ou "Additive Main effects and Multiplicative Interaction"), com ênfase nas produtividades de grãos e óleo. Os experimentos foram conduzidos em três localidades (Anhembi, Areão e ESALQ) do município de Piracicaba, Estado de São Paulo, Brasil (540 m de altitude, 22 o 42' de latitude sul e 47 o 39' de longitude oeste), em cultivo de verão (semeadura em novembro), nos anos agrícolas de 1996/97, 1997/98, 1998/99 e 1999/00. Em cada local foram avaliados quatro experimentos, correspondentes a quatro ciclos de maturação (CM). O delineamento utilizado foi o de blocos ao acaso com duas repetições estratificadas em conjuntos experimentais e quatro testemunhas comuns por conjunto. A parcela experimental foi representada por quatro fileiras de 5 metros de comprimento, espaçadas de 0,5 metro, sendo utilizadas para a tomada de dados apenas os 4 metros centrais das duas fileiras intermediárias da parcela. Os ambientes corresponderam à combinação de ano e local, totalizando 12 ambientes por CM. Os caracteres avaliados foram: número de dias para a maturidade (NDM), altura de planta na maturidade (APM), acamamento (Ac), valor agronômico (VA), produtividade de grãos (PG), porcentagem de óleo nas sementes (%OL) e produtividade de óleo (PO). Para a análise de adaptabilidade e estabilidade fenotípica utilizou-se apenas os caracteres PG, %OL e PO. Os resultados mostraram que o efeito de ambientes foi mais importante do que o efeito da interação genótipos (G) x ambientes (E), e este, mais importante do que o efeito de genótipos (linhagens). A magnitude da interação G x E, para a PG e PO, foi maior do que para a %OL, indicando que este último caráter foi mais estável. As linhagens precoces (LP) e semiprecoces LSP) foram mais adaptadas, mas exibiram interações G x E mais complexas e foram mais instáveis do que as intermediárias (LI) e semitardias (LST). As LI associaram alta adaptabilidade com estabilidade média para PG e PO, ao contrário¶ das LP, LSP e LST, nas quais a alta adaptabilidade esteve sempre associada com baixa estabilidade. Os anos agrícolas associados com os locais Anhembi e ESALQ foram mais favoráveis que os ambientes relacionados com o local Areão, mas estes apresentaram maior previsibilidade. A seleção de linhagens com média e previsibilidade altas foi mais difícil para a %OL do que para PG e PO, em decorrência das correlações negativas entre as médias e os parâmetros de estabilidade; a utilização desses parâmetros em conjunto mostrou-se mais eficiente na seleção simultânea para adaptabilidade e estabilidade. As metodologias foram similares quanto ao ordenamento das linhagens; no entanto, diferiram quanto à precisão, explicação, informação sobre a interação G x E e adaptabilidade das linhagens. O método da ecovalência pode ser utilizado para selecionar para estabilidade e, quando associado com a média, também para adaptabilidade, sempre que o melhorista não esteja interessado em obter informações adicionais sobre recomendações de linhagens para ambientes específicos. A regressão linear de Eberhart & Russel foi mais influenciada pelos efeitos ambientais do que pelos efeitos da interação G x E, não explicando satisfatoriamente o comportamento das linhagens. O padrão adjacente à interação G x E foi baixo e a presença de ruídos (efeitos aleatórios causados por fatores micro-ambientais) foi alta, evidenciando que apenas parte da variação total observada para a interação G x E foi importante para explicar o comportamento das linhagens. A interpretação gráfica da análise AMMI pelos biplots AMMI1 e AMMI2, para modelos que incluem mais de dois eixos, foi eficiente em explicar a estabilidade das linhagens e ambientes, mas a adaptabilidade foi melhor compreendida com o auxílio das médias preditas para linhagens e ambientes pelo modelo selecionado. O método AMMI foi mais eficiente do que os métodos da ecovalência e da regressão linear de Eberhart & Russel, pois permitiu analisar com mais detalhes os efeitos da interação G x E, ganhando precisão e melhorando o processo de seleção. As linhagens que reuniram maior adaptabilidade com estabilidade para PG e PO dentro de cada CM foram: USP 94-1086 (precoce), USP 93-2316 (semiprecoce), USP 93-5243 (intermediária) e USP 93-5684 (semitardia). / The objective of this research was to evaluate the magnitude of the genotype-environment interaction (G x E) and its consequence on the phenotypic adaptability and stability of one hundred soybean experimental lines belonging to four maturity cycles (28 early, 38 semi-early, 27 intermediate, and seven semi-late), through three methodologies that quantify the phenotypic adaptability and/or stability (ecovalence, linear regression of Eberhart & Russel and AMMI or "Additive Main effects and Multiplicative Interaction"), with emphasis in the seed and oil yield. The experiments were carried out at three localities (Anhembi, Areão and ESALQ) of the Piracicaba county, State of São Paulo, Brazil (540 m of altitude, 22 o 42' South latitude, and 47 o 38' West longitude), during the summer crop season (sowing in november) in the agricultural years of 1996/97, 1997/98, 1998/99, and 1999/00. For each locality and maturity cycle, a randomized complete block experiment was designed, with two replications stratified in experimental sets and four common checks in each set. The experimental plot corresponded to four rows 5.0 m x 0.5 m, where the four central meters of the two intermediate rows were evaluated. Each environment corresponded to a combination of locality and year, totalizing 12 environments by maturity cycle. The traits number of days to maturity (NDM), plant height at maturity (APM), lodging (Ac), agronomic value (VA), seed yield (PG), oil percentage in the seeds (%OL), and oil yield (PO) were evaluated. For the phenotypic adaptability and stability analysis it was only used the characters PG, %OL, and PO. The results showed that the effect of environment was more important than the effect of G x E interaction, and this one more important than the genotype effect (lines). The magnitude of the G x E interaction for PG and PO showed larger than for %OL, indicating that this was more stable. The early and semi-early lines were more adapted, but exhibited G x E interactions more complex and were more ustable than the intermediate and semi-late lines. The intermediate lines associated high adaptability with medium stability for PG and PO, unlike the early, semi-early, and semil-ate lines, for which the high adaptability was always associated with low stability. The agricultural year associated with the Anhembi and ESALQ localities were more favorable than the environments related with Areão locality, but those showed larger predictability. The selection of lines with high means and predictability went more difficult for %OL than for PG and PO, due to the negative correlations between the means and the stability parameters; the combined use of those parameters was shown more efficient in the selection for adaptability and stability. The methodologies were similar with relationship to the ranking of the lines; however, they differed for the precision, explanation, information on the G x E interaction and on adaptability of the lines. The ecovalence method can be used to select for stability and, when associated with the mean, also for adaptability, whenever the breeder is not interested in obtaining additional information on recommendation lines for specific environments. The linear regression of Eberhart & Russel was more influenced by the environmental effects than the effect of G x E interaction, and it did not explain satisfactorily the performance of the lines. The pattern adjacent to G x E interaction was low and the high presence of noises (random variation caused by microenvironments factors), evidencing that only part of the variation observed for the G x E interaction was important to explain the line performance. The graphic interpretation of the AMMI analysis by biplots AMMI1 and AMMI2, for model that includes more than two axes, was efficient in explaining the stability of the lines and environments, but the adaptability was better understood with the aid of means predicted by the selected model for lines and environments. The AMMI method was more efficient than the ecovalence and linear regression of Eberhart & Russel methods, because allowed to analyze with more details the effects of G x E interaction, gaining precision and improving the selection process. The lines that gathered larger adaptability with stability for PG and PO, inside of each maturity cycle, were: USP 94-1086 (early), USP 93-2316 (semi-early), USP 93-5243 (intermediate), and USP 93-5684 (semi-late).

Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2015-11-20T10:13:08Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 831821 bytes, checksum: 1ffb11ab0b7d700a83be396e86b775e4 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-11-20T10:13:08Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 831821 bytes, checksum: 1ffb11ab0b7d700a83be396e86b775e4 (MD5) Previous issue date: 2015-02-13 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Objetivou-se neste trabalho investigar a presença de interação genótipos x níveis de proteína na ração, sobre o período de crescimento e avaliar por análises multicaracterísticas a conversão alimentar individual e o desempenho produtivo em períodos parciais de dois grupos genéticos de codornas de corte pertencentes à Granja de Melhoramento de Aves da Universidade Federal de Viçosa. Foi avaliado o peso corporal de 970 e 410 animais dos grupos genéticos UFV1 e UFV2, respectivamente, no 28° e 35° dias de idade, alimentados com ração contendo níveis crescentes (22, 23, 24, 25, 26, 27, 28 e 29%) de proteína bruta (PB). No período de 21 a 35 dias de idade foram avaliadas 188 codornas do grupo genético UFV1 e 191 da UFV2, para averiguar a conversão alimentar individual e o desempenho produtivo em períodos parciais. As avaliações para a obtenção das normas de reação e os parâmetros genéticos foram realizadas no software WOMBAT. Com análise de normas de reação verifica-se que não existe a interação genótipos x ambientes para as idades avaliadas em ambos os grupos genéticos. Para o grupo UFV1, a estimativa mais alta de correlação genética, para ganho de peso (GP), foi encontrada entre ganho de peso no período de 21 a 28 dias e o período total (GP2128 x GP135) (0,90), diferente do que foi encontrado para a UFV2, onde obteve maior correlação entre o período parcial de 28 a 35 dias e o período total (GP2835 x GP135) (0,93). As estimativas de herdabilidade e correlação genética para conversão alimentar individual (CA) foram maiores para o período parcial de 21 a 28 dias (CA2128) (0,51 e 0,92) na UFV1, e de 28 a 35 dias (CA2835) (0,34 e 0,85), para a UFV2. Concluiu-se que a avaliação pode ser feita em qualquer nível de proteína. Verificou-se também a não existência de interação genótipos x ambientes para as duas linhagens estudadas. Portanto, é possível utilizar dieta contendo 22% de PB para codornas de corte sem que haja prejuízo no peso corporal ao abate. Recomenda-se, para o grupo genético UFV1, a seleção de codornas de corte considerando o ganho de peso de 21 a 28 dias de idade, e para o grupo genético UFV2 a seleção por ganho de peso de 28 a 35 dias de idade, o que permitiria uma redução no custo de produção e um aumento no ganho genético tanto para ganho de peso quanto para melhor conversão alimentar. / The objective of this study was to investigate the presence of genotype x protein level interaction (G*E) via reaction norm models on growth period as well as to evaluate individual feed intake and the growth performance of two genetic lines (UFV1, UFV2) in partial production periods of quails. Data included body weights at 28 and 35 days old on 1280 animals being 970 from UFV1 and 410 from UFV2 from Viçosa Federal University (Universidade Federal de Viçosa). Animals were fed with eight different protein level in diet (range 22-29%). Moreover, we evaluated individual feed intake and growth performance in partial periods for 188 and 191 animals belonging to UFV1 and UFV2 lines, respectively, from 21 to 35 days old. The analysis to estimate the reaction norms and genetic parameters were performed in WOMBAT software. The results indicated no G*E for both ages in both genetic lines. The highest weight gain (WG), genetic correlation estimate was found between 21-28 days old (WG2128) and total period (WG135; 0.90) for UFV1, whereas, for UFV2, was for 28-35 days old (WG2835) and WG135 (0.93). Heritability estimates and genetic correlations for individual feed intake (IFI) were higher for 21-28 days old (IFI2128) and 28-35 days old (IFI2835) periods for UFV1 and UFV2, respectively. Therefore, we inferred that there was no G*E for both genetic lines and thus genetic evaluations could be done at any protein level. However, we recommend a diet containing 22% CP for quails without loss in body weight at slaughter. Finally, we also recommended selection of quails for weight gain on ages from 21 to 28 days for UFV1 whereas on ages from 28 to 35 days for which would allowed a reduction in the production cost and increase genetic gains for WG and also IFI.

Orientador: Pablo Forlan Vargas / Resumo: A batata-doce (Ipomoea batatas L.) é uma hortaliça tuberosa de ampla adaptação à diferentes tipos de solo e clima, e ocupa posição de destaque entre as culturas que desempenham papéis importantes na segurança alimentar. As raízes de polpa alaranjada são ricas em carotenoides, principalmente betacaroteno, precursor de próvitamina A, podendo o consumo de batata-doce de polpa alaranjada ser utilizado no combate à deficiência de vitamina A no Brasil e em diversos lugares do mundo. Diante disso, o presente trabalho teve como objetivo avaliar a interação genótipo x ambiente e estimar a adaptabilidade e estabilidade de genótipos de batata-doce com altos teores de betacaroteno visando a identificação e seleção dos mais adaptados em busca de futura obtenção de novas cultivares. Foram realizados ensaios em quatro ambientes: no município de Vera Cruz-SP, Selvíria-MS e em dois ambientes (sistema de produção orgânico e sistema de produção consorciado) no município de Sete Barras. O delineamento experimental adotado foi em blocos casualizados com duas repetições avaliando 265 genótipos de batata-doce provenientes do International Potato Center e uma cultivar comercial ‘Beauregard’ de polpa alaranjada. Os parâmetros genéticos e componentes de variância foram obtidos pelo procedimento REML/BLUP. Foi utilizado o índice proposto por Mulamba e Mock para selecionar os melhores genótipos e estimar o ganho genético predito com a seleção. Para o estudo de estratificação ambiental, adaptabilidade e ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Sweet potato (Ipomoea batatas L.) is a tuberous vegetable that is widely adapted to different soil and climate types and occupies a prominent position among crops that play important roles in food security. Orange pulp roots are rich in carotenoids, mainly beta-carotene, precursor of pro-vitamin A, and orange-fleshed sweetpotato can be used to combat vitamin A deficiency in Brazil and around the world. Therefore, the present work aimed to evaluate the genotype x environment interaction and to estimate the adaptability and stability of sweetpotato genotypes with high beta-carotene contents, aiming at the identification and selection of the most adapted ones in search of future obtaining of new cultivars. Tests were carried out in four environments: in the municipality of Vera Cruz-SP, Selvíria-MS and in two environments (organic production system and consortium production system) in the municipality of Sete Barras. he experimental design was a randomized block design with two replications evaluating 265 genotypes from the International Potato Center and a commercial orange-fleshed 'Beauregard' cultivar. Genetic parameters and variance components were obtained by the REML/BLUP procedure. The index proposed by Mulamba and Mock was used to select the best genotypes and to estimate the predicted genetic gain with the selection. For the study of environmental stratification, adaptability and stability we used the methodologies MHPRVG and AMMI. The adopted methodologies were concord... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Em estudos multiambientais, o processo de recomendação de genótipos com maior produção e a determinação de genótipos estáveis são de suma importância para os melhoristas. Porém, quando ocorre falta de genótipo em um ou mais ambientes este processo passa a ter dificuldades. Pois, este procedimento depende de métodos estatísticos que necessitam de uma matriz de dados sem dados em falta. Desde 1976 diversos matemáticos e estatísticos estudam, continuamente, uma forma de lidar com dados em falta em dados multiambientais buscando obter um método que estime, de forma precisa, as unidades ausentes sem perda de informação. Desta forma, esta pesquisa propõe um novo método de imputação baseado na metodologia AMMI fazendo reamostragens Bootstrap Não-paramétrico na matriz de médias de interação genótipos e ambientes (G × E), o modelo de imputação AMMI Bootstrap Não-paramétrico (IAMMI-BNP). Para estudo de simulação foi considerado o conjunto de dados referente a procedência S. of Ravenshoe - Mt Pandanus - QLD (14.420) de Eucalyptus grandis coletada na Austrália em 1983. Com a finalidade de obter estimativas precisas dos valores em falta, foi considerado dois estudos de simulação. O primeiro considerou 2000 reamostragens no sentido linha da matriz de interação G × E considerando duas porcentagens de perda de dados (10% e 20 %). O segundo estudo de simulação, considerou 200 reamostragens na matriz de falta (10%) e três diferentes modelos de IAMMI-BNP: IAMMI0-BNP, que considera apenas os efeitos principais do modelo AMMI; IAMMI1-BNP e IAMMI2-BNP que considera um e dois eixos multiplicados do modelo AMMI, respectivamente. De forma geral, de acordo com os métodos de comparação o método de imputação proposto nos dois estudos de simulação forneceu valores imputados próximos dos originais. Considerando os estudos de simulação com 10% de perda, a eficiência do método de imputação proposto foi melhor quando se utilizou o modelo IAMMI2-BNP (com dois eixos multiplicativos). O teste das ordens assinaladas de Wilcoxon mostrou que os valores imputados não influenciaram na estimativa da média, indicando que valores médios dos dados imputados de cada ambiente foram estatisticamente semelhantes aos valores médios originais. / In multienvironment studies, the process of recommendation of genotypes with higher production and the determination of stable environments are of utmost importance for plant breeders. However, when there is missing of genotype in one or more environments this process show difficulties. Therefore, this procedure depends on statistical methods that complete data matrix requered. Since 1976 various mathematical and statistical study, continually, one way of dealing with the loss of information on data multienvironments, seeking to obtain a method that estimate, precisely, the missing units without loss of information. In this way, the purpose of this study is develop a new method of apportionment based on the methodology AMMI doing reamostragens bootstrap nonparametric in the array of means of genotype x environment interaction (GE). For the study of simulation was considered the data set concerning the origin of S. Mexico City - Mt Pandanus - QLD (14,420) of Eucalyptus grandis collected in Australia in 1983. It was performed two studies of simulation. The first performed 2000 resampling on the lines of the interaction matrix G X E, for two percentages of missing data (10% and 20%). The second simulation study considered 200 replicates in the missing data set (10 %) and three different models of IMAMMI-BNP: AMAMMI0-BNP, which considers only the main effects of the AMMI model; IAMMI1-BNP and IAMMI2-BNP which considers one and two axes multiplied by the AMMI model, respectively. In general, according to the comparison methods, the imputation method proposed in the two simulation studies provided imputed values similar to the originals. Considering the simulation studies with 10 % loss, the efficiency of the proposed imputation method was better when using the IAMMI2-BNP model (with two multiplicative axes). The Wilcoxon test of the orders showed that the values imputed had no influence on the mean estimate, indicating that mean values of the data imputed from each environment were statistically similar to the original mean values.

O milho de segunda safra, também conhecido como milho safrinha, é definido como aquele semeado entre os meses de janeiro e março. Esta modalidade de cultivo atingiu no ano agrícola de 2013/2014 uma área plantada de 9,18 milhões de hectares, superior a área cultivada com milho primeira safra, que no mesmo período foi de 6,61 milhões de hectares. Na segunda safra, há alto risco de instabilidades climáticas, principalmente em decorrência de baixas temperaturas, geadas, má distribuição de chuvas e redução do fotoperíodo. Todos estes fatores prejudicam a atividade fotossintética do milho, reduzindo sua produtividade. No entanto, dada a importância deste cultivo, empresas públicas, privadas e universidades vêm buscando incrementar a produtividade e a estabilidade. Para isso, alguns caracteres são especialmente preconizados. Devido ao alto risco de perda por adversidades ambientais, muitos produtores investem pouco em adubação, principalmente adubação nitrogenada. Neste contexto, o desenvolvimento de plantas mais eficientes no uso e, ou, tolerantes ao estresse por nitrogênio, resultaria em maior segurança para o produtor. Não obstante, a precocidade tem elevada importância, já que materiais precoces reduzem o risco de perdas neste período. No entanto, a mesma deve estar sempre associada a alta produtividade. Assim, para a seleção simultânea destes caracteres, pode-se lançar mão de índices per se de resposta das plantas ao estresse, análises gráficas e, ou, índices de seleção simultânea. Adicionalmente, os valores genotípicos das linhagens para essas características, além de serem preditos via REML/BLUP single-trait (análise univariada), também podem ser preditos via REML/BLUP multi-trait (análise multivariada). Dessa forma, os valores genotípicos são corrigidos pela covariância existente entre os caracteres. Assim, o objetivo deste trabalho foi verificar a possibilidade de seleção simultânea para eficiência no uso e tolerância ao estresse por nitrogênio, além de plantas precoces e produtivas. Para isto, linhagens de milho tropical foram cultivadas e avaliadas para estes caracteres. Foram então simulados diversos cenários de seleção simultânea. A partir destes resultados, observou-se que o índice per se de resposta das plantas ao estresse Média Harmônica da Performance Relativa (MHPR) foi o mais eficiente na seleção de plantas eficientes no uso e tolerantes ao estresse por nitrogênio. Isto ocorreu devido a forte correlação desfavorável entre os índices que estimam a eficiência e a tolerância, além da superioridade e em acurácia, herdabilidade e ganhos com a seleção deste índice per se. Já para a seleção simultânea da produtividade e precocidade, o índice Aditivo de seleção simultânea, utilizando os valores genotípicos preditos via REML/BLUP single-trait se mostrou o mais eficiente, já que obteve ganhos satisfatórios em todos os caracteres e há a possibilidade de modular, de forma mais satisfatória, os ganhos em cada caractere. Conclui-se que a seleção simultânea tanto para eficiência no uso e tolerância ao estresse por nitrogênio, quanto para produtividade e precocidade são possíveis. Além disso, a escolha do melhor método de seleção simultânea depende da magnitude e do sentido da correlação entre os caracteres. / Second growing season maize, also known as winter maize, is the maize sowed in Brazil between January and March. This growing modality reached 9.18 million hectares in 2013/2014, higher than the area cultivated in first growing season that was 6.61 million hectares in the same period. In the second season, there is a high risk of climate instabilities, mainly due to low temperatures, frost, poor rainfall distribution and reduction of photoperiod. All these factors harm photosynthetic activity, reducing the maize yield. However, because of the recent plant area increasing, public, private companies and universities have sought increased yield and stability of the second growing season maize. For this, some traits are mainly in the selection process. With the high risk of yield loses due to environmental adversities, many farmers have done little investment in fertilizers, especially nitrogen fertilization. In this context, the development of plants that are nitrogen use efficient and nitrogen stress tolerant could result in a safer activity for the farmers. In addition, the earliness is highly important, since early materials reduce the risk of losses during this period. However, the earliness must always be associated with a high yield. This way, simultaneous selection of these traits can be made by per se responses indexes of stressed plants, graphical analysis and simultaneous selection indexes. Additionally, the genotypic values of the genotypes for the traits can be predicted not only by REML/BLUP single-trait (univariate analysis), but also by REML/BLUP multi-trait (multivariate analysis). In the second, the genotypic values are adjusted considering the covariance between the traits. This way, the objective of this study was to investigate the possibility of simultaneous selection for nitrogen use efficiency and nitrogen stress tolerance, as well as early and high yielding plants. For this, tropical maize lines were grown and evaluate. By these data, it was simulated several simultaneous selection sets. It was observed that Harmonic Mean of the Relative Performance (HMRP) is the most efficient in the selection for nitrogen use efficient and nitrogen stress tolerance. This probably occurs due to the strong unfavorable correlation between the indexes that estimate the efficiency and the tolerance, as well as the superiority in accuracy, heritability and selections gains of HMRP. In case of simultaneous selection for yield and earliness, the additive simultaneous selection index using the genotypic values predicted by REML/BLUP single-trait proved the most efficient selection, because it got satisfactory gains in all the traits and, this index allows the possibility to modulate the gains in each trait. It was concluded that the simultaneous selection for nitrogen use efficiency and nitrogen stress tolerance, as well as for yield and earliness are possible. Furthermore, the choice of the best simultaneous selection method depends on the magnitude and direction of the correlation between the traits.

Em estudos multiambientais, o processo de recomendação de genótipos com maior produção e a determinação de genótipos estáveis são de suma importância para os melhoristas. Porém, quando ocorre falta de genótipo em um ou mais ambientes este processo passa a ter dificuldades. Pois, este procedimento depende de métodos estatísticos que necessitam de uma matriz de dados sem dados em falta. Desde 1976 diversos matemáticos e estatísticos estudam, continuamente, uma forma de lidar com dados em falta em dados multiambientais buscando obter um método que estime, de forma precisa, as unidades ausentes sem perda de informação. Desta forma, esta pesquisa propõe um novo método de imputação baseado na metodologia AMMI fazendo reamostragens Bootstrap Não-paramétrico na matriz de médias de interação genótipos e ambientes (G × E), o modelo de imputação AMMI Bootstrap Não-paramétrico (IAMMI-BNP). Para estudo de simulação foi considerado o conjunto de dados referente a procedência S. of Ravenshoe - Mt Pandanus - QLD (14.420) de Eucalyptus grandis coletada na Austrália em 1983. Com a finalidade de obter estimativas precisas dos valores em falta, foi considerado dois estudos de simulação. O primeiro considerou 2000 reamostragens no sentido linha da matriz de interação G × E considerando duas porcentagens de perda de dados (10% e 20 %). O segundo estudo de simulação, considerou 200 reamostragens na matriz de falta (10%) e três diferentes modelos de IAMMI-BNP: IAMMI0-BNP, que considera apenas os efeitos principais do modelo AMMI; IAMMI1-BNP e IAMMI2-BNP que considera um e dois eixos multiplicados do modelo AMMI, respectivamente. De forma geral, de acordo com os métodos de comparação o método de imputação proposto nos dois estudos de simulação forneceu valores imputados próximos dos originais. Considerando os estudos de simulação com 10% de perda, a eficiência do método de imputação proposto foi melhor quando se utilizou o modelo IAMMI2-BNP (com dois eixos multiplicativos). O teste das ordens assinaladas de Wilcoxon mostrou que os valores imputados não influenciaram na estimativa da média, indicando que valores médios dos dados imputados de cada ambiente foram estatisticamente semelhantes aos valores médios originais. / In multienvironment studies, the process of recommendation of genotypes with higher production and the determination of stable environments are of utmost importance for plant breeders. However, when there is missing of genotype in one or more environments this process show difficulties. Therefore, this procedure depends on statistical methods that complete data matrix requered. Since 1976 various mathematical and statistical study, continually, one way of dealing with the loss of information on data multienvironments, seeking to obtain a method that estimate, precisely, the missing units without loss of information. In this way, the purpose of this study is develop a new method of apportionment based on the methodology AMMI doing reamostragens bootstrap nonparametric in the array of means of genotype x environment interaction (GE). For the study of simulation was considered the data set concerning the origin of S. Mexico City - Mt Pandanus - QLD (14,420) of Eucalyptus grandis collected in Australia in 1983. It was performed two studies of simulation. The first performed 2000 resampling on the lines of the interaction matrix G X E, for two percentages of missing data (10% and 20%). The second simulation study considered 200 replicates in the missing data set (10 %) and three different models of IMAMMI-BNP: AMAMMI0-BNP, which considers only the main effects of the AMMI model; IAMMI1-BNP and IAMMI2-BNP which considers one and two axes multiplied by the AMMI model, respectively. In general, according to the comparison methods, the imputation method proposed in the two simulation studies provided imputed values similar to the originals. Considering the simulation studies with 10 % loss, the efficiency of the proposed imputation method was better when using the IAMMI2-BNP model (with two multiplicative axes). The Wilcoxon test of the orders showed that the values imputed had no influence on the mean estimate, indicating that mean values of the data imputed from each environment were statistically similar to the original mean values.