Cílem mé diplomové práce bylo navrhnout metodu analýzy retinálních sekvencí, která bude hodnotit kvalitu jednotlivých snímků. V teoretické části se také zabývám vlastnostmi retinálních sekvencí a způsobem registrace snímků z fundus kamery. V praktické části je implementována metoda hodnocení kvality snímků, která je otestována na reálných retinálních sekvencích a vyhodnocena její úspěšnost. Práce hodnotí i vliv této metody na registraci retinálních snímků.

The thesis presents methods and criteria for creation and optimization of design of computer experiments. Using the core of a program Freet the optimized designs were created by combination of these methods and criteria. Then, the suitability of the designs for statistical analysis of the tasks vith input random variables was assessed by comparison of the obtained results of six selected functions and the exact (analytically obtained) solutions. Basic theory, definitions of the evaluated functions, description of the setting of optimization and the discussion of the obtained results, including recommendations related to identified weaknesses of certain designs, are presented. The thesis also contains a description of an application that was created to display the results.

Tato práce zkoumá existující možnosti a metody detekce korelovaných mutací v proteinech. Práce začíná teoretickým úvodem do zkoumané problematiky. Využití informací o korelovaných mutacích je především při predikci terciální struktury proteinu či hledání oblastí s významnou funkcí. Dále následuje přehled v současnosti používaných metod detekce a jejich výhody a nevýhody. V této práci jsou zkoumány zejména metody založené na statistice (například Pearsonově korelačním koeficientu nebo Pearsonově chi^2 testu), informační teorii (Mutual information - MI) a pravděpodobnosti (ELSC nebo Spidermonkey). Dále jsou popsány nejdůležitější nástroje s informací o tom, které metody používají a jakým způsobem. Také je diskutována možnost návrhu optimálního algoritmu. Jako optimální z hlediska úspěšnosti detekce je doporučeno využít více zmíněných metod. Také je doporučeno při detekci využít fyzikálně-chemických vlastností aminokyselin. V praktické části byla vyvinuta metoda využívající fyzikálně-chemických vlastností aminokyselin a fylogenetických stromů. Výsledky detekce byly porovnány s nástroji CAPS, CRASP a CMAT.

Autosomal recessive polycystic kidney disease (ARPKD) is a rare severe inherited disease manifested by cystic renal disease, congenital hepatic fibrosis and dilatatation of bile ducts. The spectrum of clinical manifestations is very wide and variable, depends on the age at which the disease was manifested. In severe forms of the disease, it is possible to detect the first symptoms prenatally around the 20th week of pregnancy due to increased echogenic kidneys and the presence of oligohydramnios. The causal gene of this disease is thePKHD1 gene with protein product fibrocystin that is most likely contributing on maintaining the intracellular concentration of Ca2+ cations. The exact phatophysiology mechanism of ARPKD remains unknown. Phenotypic manifestations of this disease may overlap with mutations associated with other genes. One of the genes mimicking the ARPKD phenotype is the HNF1B gene. Mutations associated with HNF1B gene are the most common monogenic cause of developmental kidney abnormalities. HNF1B is a tissue-specific transcription factor that regulates the expression of PKHD1. In experimental part I worked on genetic analysis of the HNF1B gene in 28 patients who have not been confirmed ARPKD diagnosis by detection of 2 PKHD1 mutations. For the purposes of mutational screening, I used...

My master´s thesis deals with use of astronomical levelling for creation of quasigeoid models. The basic input dates are componets of astronomical-geodetic deflections of the vertical in points, which are determined on AGNES and VEVEŘÍ nets. The dates are adjust for determination of relative quasigeoid. In literature [4], there is simplified solution for adjustment of this dates. The thesis looks for the most comprehensive solutions of adjustment without simplification. The solutions are compared.

This thesis covers with the problems of photogrammetry. It describes the instruments, theoretical background and procedures of acquiring, preprocessing, segmentation of input images and of the depth map calculating. The main content of this thesis is the description of the new method of stereovision. Its algorithm, implementation and evaluation of experiments. The covered method belongs to correlation based methods. The main emphasis lies in the segmentation, which supports the depth map calculation.