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Aplicações de ressonância magnética nuclear em estudos metabolômicos de processos biológicos / Applications of Nuclear Magnetic Resonance in metabolomic studies of biological processPaulo Falco Cobra 21 October 2016 (has links)
A RMN é uma das principais técnicas usadas no estudo de perfis metabólicos pois é uma técnica quantitativa, altamente reprodutível e não-seletiva. Desta forma, o objetivo desta tese foi a aplicação da RMN no estudo metabólico em diferentes processos biológicos. A primeira aplicação foi na análise do perfil metabolômico e metabonômico dos agentes causadores da leishmaniose. Para tal, foram analisados extratos celulares das espécies Leishmania major e Leishmania donovani e extratos destas espécies crescidas com os fármacos miltefosina e paromomicina. Os espectros de RMN de 1H foram analisados pelo programa ChenoMX e os espectros de RMN 2D pelo software TopSpin e as bases de dados HMDB e BMRB. Cerca de 50 metabólitos foram identificados, como a adenina, arginina, glutamina, glutamato, manose, isoleucina, leucina e tirosina. Técnicas quimiométricas como PCA, PLS-DA e heatmaps foram utilizadas para investigar os metabólitos responsáveis pela diferenciação das duas espécies bem como entre as culturas com e sem fármacos. O segundo estudo foi com o composto metilglioxal. A presença de metilglioxal em queijos contribui com o escurecimento e deterioração do sabor, mesmo em baixas temperaturas. Por esta razão, foram estudados os produtos da adição de metilglioxal em extrato de queijo parmesão e o comportamento de diferentes espécies de lactobacilos na presença e na ausência de metilglioxal em extrato de queijo parmesão. Os resultados permitiram um entendimento maior das reações envolvidas entre esta molécula e os componentes do queijo, o que ajudará encontrar alternativas para a resolução do problema e aumentar o tempo de prateleira do queijo. O terceiro estudo realizado foi sobre a produção de etanol a partir de biomassa lignocelulósica. O objetivo deste estudo foi modificar geneticamente uma espécie de lactobacilo para a produção de etanol e analisar a vinhaça de planta de etanol pós-fermentação com levedura. Os espectros de RMN de 1H e 1H-13C mostraram que as bactérias modificadas são eficientes na produção de etanol e que dois açucares foram erroneamente identificados por cromatografia como maltose e maltotriose quando na verdade eram trealose e arabinose. Por meio destes destes estudos mostrou-se parte das inúmeras aplicações que a RMN tem na metabolômica e que existem diversas ferramentas estatísticas disponíveis para auxiliar no estudo metabolômico. / NMR is one of the main techniques used in metabolic profile studies because it is a quantitative, highly reproducible and non-selective technique. Thus, the aim of this thesis was the application of NMR in metabolic studies of different biological processes. The first application was the analysis of the metabolomic and metabonomic profile of the causative agents of leishmaniasis. Cell extracts of the species Leishmania major and Leishmania donovani and extracts of these species grown with miltefosine and paromomycin drugs were analyzed. 1H spectra were analyzed by ChenoMX software and 2D spectra by TopSpin software and HMDB and BMRB databases. About 50 metabolites were identified, such as adenine, arginine, glutamine, glutamate, mannose, isoleucine, leucine and tyrosine. Chemometric techniques were used to investigate the metabolites responsible for the differentiation of the two species and between cultures with and without drugs. The second study was with methylglyoxal molecule. The presence of methylglyoxal in cheese contributes to browning and deterioration of flavor, even at low temperatures. For this reason, products of the addition of methylglyoxal in Parmesan cheese extract and the behavior of different species of lactobacilli in the presence and absence of methylglyoxal in Parmesan cheese extract were studied. The results allowed a better understanding of the reactions involved between this molecule and the components of the cheese, which will help find alternatives to solve the problem and increase the shelf life of the cheese. The third study was about the production of ethanol from lignocellulosic biomass. The objective of this study was to genetically modify a lactobacillus species to produce ethanol and analyze the post-fermentation thin stillage. NMR spectra showed that the modified bacteria are efficient in production of ethanol and that two sugars were erroneously being identified by chromatography as maltose and maltotriose when they actually were trehalose and arabinose. These studies showed part of the numerous applications that NMR has in metabolomics and that there are several statistical tools available to assist in metabolomic studies.
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Influencia del consumo de sorbitol en la microbiota intestinal de un modelo animalSarmiento Rubiano, Luz Adriana 30 May 2008 (has links)
El sorbitol es un poliol natural que se utiliza ampliamente en la industria de alimentos, como edulcorante, estabilizante, espesante y humectante. Este azúcar alcohol es utilizado por algunas especies del género Lactobacillus y como fuente de carbono por bífidobacterias indígenas del intestino humano. Por esta razón, algunos autores han concluido que el sorbitol podría ser un prebiótico. Sin embargo, existen pocos datos experimentalesque lo confirmen. En este trabajo se han analizado los efectos in vivo del sorbitol sobre la microbiota intestinal de ratas y se han comparado con un reconocido prebiótico como son los fructooligosacáridos (FOS). Se analizó la microbiota intestinal por métodos culturales tradicionales, así como mediante técnicas moleculares tales como PCR-DGGE y PCR cuantitativa. Los resultados mostraron que el consumo de sorbitol y FOS modificó cualitativa y cuantitativamente la microbiota intestinal de manera similar. El sorbitol aumentó y favoreció, respectivamente, la permanencia de Lactobacillus reuteri y Lactobacillus sp. AD102 en el tracto gastrointestinal de las ratas. El análisis de las concentraciones de ácidos orgánicos en el contenido intestinal demostró que la ingestión de sorbitol aumenta los niveles de butirato en el ciego y en el colon. Por lo tanto, podría contribuir al mantenimiento de una mucosa intestinal sana.
Se han aislado cinco especies de Lactobacillus del contenido intestinal de ratas. La secuenciación del gen que codifica para el 16S rRNA y su posterior análisis filogenético, han permitido identificarlas como Lactobacillus johnsonii, Lactobacillus intestinalis, Lactobacillus reuteri, Lactobacillus murinus y Lactobacillus sp. AD102. Para esta última se llevó a cabo su clasificación taxonómica y ha sido propuesta como una nueva especie denominada Lactobacillus iatae sp. nov. / Sarmiento Rubiano, LA. (2008). Influencia del consumo de sorbitol en la microbiota intestinal de un modelo animal [Tesis doctoral]. Universitat Politècnica de València. https://doi.org/10.4995/Thesis/10251/2184
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