Se evaluó la diversidad genética de tres poblaciones silvestres de Caesalpinia spinosa de las regiones de Cajamarca, Junín y Ayacucho. La diversidad genética se evaluó a partir de característica morfométricas del fruto y marcadores moleculares RAPD, para lo cual se colectaron 15 frutos maduros por planta, en un total de 6 plantas por cada población; así mismo, se colectaron hojas jóvenes para extraer el ADN y obtener los marcadores RAPD. Los caracteres morfométricos se midieron directamente y los datos obtenidos se analizaron mediante Análisis de Componentes Principales (ACP) y Análisis de Funciones Discriminantes Canónicas (AFDC) con el programa IBM SPSS Statistics (SPSS Inc.). Los marcadores RAPD se obtuvieron con el uso de los cebadores OPA-09, OPA-12, OPA-15, OPI-01 y OPI-04, de Qiagen OPERON. Los análisis de diversidad a partir de marcadores RAPD se realizaron con los programas POPGENE v.1.31 (F. Yeh et al., 1999), FreeTree v.0.9.1.50 (A. Pavlicek, 1999) y ARLEQUIN v.3.5 (Excoffier et al., 2011). Los análisis de ACP y AFDC mostraron una amplia diversidad de características frutales dentro de cada población, sin embargo no se logró una eficiente diferenciación entre poblaciones. El análisis de marcadores moleculares RAPD evidenció una amplia diversidad genética en las tres poblaciones mediante los índices He, Ne e I. El análisis de agrupamiento y el AMOVA mostraron que las poblaciones poseen diferencias genéticas significativas y que la variabilidad total se explica en un 60.84% por la variabilidad dentro de las poblaciones y en un 39.16% por la variabilidad entre las poblaciones. Los resultados sugieren la presencia de una amplia diversidad genética en las poblaciones, razón por la cual deben estructurarse programas de conservación para evitar perder este banco de genes y mejorar las características de importancia productiva en la planta. / Tesis

La merluza peruana Merluccius gayi peruanus es una especie demersal con una gran importancia económica, necesariamente se deben hacer investigaciones de este tipo con la finalidad de conocer mejor al recurso para poder así tener mejores parámetros y facilitar su mejor aprovechamiento. De la merluza peruana, se posee escasa información acerca del componente genético poblacional. Debido a la carencia de esta información, el objetivo del presente trabajo fue caracterizar genéticamente las poblacionales de Merluccius gayi peruanus (periodo mayo, 2002) usando marcadores nucleares intrónicos: AldoC1 (AldolasaC intron 1), CK7 (Creatin Kinasa intron 7), GH5 (Hormona de Crecimiento intron 5) y Microsatélites (Mmer-hk9b). Las estrategias que se emplearon fueron EPIC-PCR y amplificación cruzada. El análisis estadístico realizado en la presente investigación demostró que las poblaciones estudiadas, de merluza constituyen una sola unidad poblacional. Palabras Claves: Optimización, PCR, marcador microsatélite, marcador EPICs, Merluccius gayi peruanus. / Peruvian hake Merluccius gayi peruanus is a demersal species of great economic importance, necessarily must make such research in order to better understand the resource and to have better parameters and facilitate the best use. For the Peruvian hake, it has little information about the population genetic component. Due to the lack of this information, the purpose of this study was to characterize genetically the population of Merluccius gayi peruanus (period May, 2002) using intronic nuclear markers: AldoC1 (AldolasaC intron 1), CK7 (Creatine kinase intron 7), GH5 ( Growth hormone intron 5) and microsatellites (MMER-hk9b). The strategies used were EPIC-PCR and cross-amplification. The statistical analysis in this investigation showed that the populations studied, as a single hake population structure.

El estudio de los caballos Paso Peruano Argentino (PPA) y los Criollo Argentino (CA) se fundamenta en que se trata de dos razas autóctonas muy difundidas y utilizadas con múltiples propósitos en dos regiones muy distintas de nuestro país. La determinación de los polimorfismos bioquímicos y los microsatélites han sido utilizados para estudiar la variabilidad genética en numerosas razas equinas. Las técnicas empleadas fueron la electroforesis en gel de poliacritamida (PAGE) para los polimorfismos bioquímicos (AHT4, AHT5, HMS2, HMS6, HMS7, ASB2 Y HTG6) se realizaron amplificaciones específicas de cada locus mediante la reacción en cadena de polimerasa (PCR) seguia por electroforesis en geles de pliacritamida desnaturalizantes teñidos con nitrato de plata. todos los marcadores protéicos y moleculares resultaron polimórfidos en los PPA y en los CA, haciendo posible establecer el perfil genético de cada una de ellas. Se evaluaron los posibles mecanismos evolutivos de diferenciación genética entre y dentro de las razas en estudio. Ambas razas presentan un exceso de homocigotas que se pone más aún de manifiesto cuando se analizan en forma conjunta, hecho deberse a la deriva génica y la endogamia..

Visando avaliar a extensão da diversidade genética do povo gaúcho, e com isso resgatar parte de sua história, foi realizado um estudo envolvendo 547 indivíduos, sendo 278 Nativos Americanos (Guarani e Kaingang) e 269 provenientes de populações miscigenadas do Rio Grande do Sul (RS). Foram estudados marcadores uniparentais de herança materna e paterna utilizando os seguintes sistemas: a) seqüenciamento da região hipervariável I (HVS I) do DNA mitocondrial (mtDNA), determinação de RFLPs (Restriction Fragment Length Polymorphisms) e mini-seqüenciamento da porção codificadora, envolvendo os quatro principais haplogrupos mitocondriais ameríndios (A, B, C e D); b) sete polimorfismos de base única (SNPs) (DYS199, M242, M9, 92R7, sY81, M19 e RPS4Y711), uma inserção Alu (YAP) e onze microssatélites (DYS19, DYS389 I, DYS389 II, DYS390, DYS391, DYS392, DYS393, DYS437, DYS438, DYS439 e DYS385a/b), todos localizados na região não recombinante do cromossomo Y. Além desses marcadores uniparentais, foram obtidos dados para 16 microssatélites do cromossomo X (DXS1001, DXS1047, DXS1060, DXS1068, DXS1073, DXS1106, DXS1214, DXS1226, DXS1227, DXS8051, DXS8055, DXS986, DXS987, DXS990, DXS991 e DXS993).Analisaram-se 200 Guarani de três parcialidades (Ñandeva, Kaiowá e M’Byá) e 78 Kaingang do Paraná e Rio Grande do Sul, visando identificar diferenças entre as duas tribos, que possam ter ocorrido ao longo do processo histórico. Dezenove linhagens mitocondriais foram detectadas e estas mostraram distribuição diferenciada. A dinâmica de mestiçagem que ocorreu com os Guarani e Kaingang ao longo do tempo foi diversa. O ingresso de genes não-nativos entre as comunidades Guarani foi marcadamente restrito a homens não-ameríndios, enquanto entre os Kaingang há evidências diretas de introdução através do lado materno. Este estudo permitiu desvendar detalhes até então não conhecidos sobre estas duas populações nativas do Rio Grande do Sul, para a história do Estado e para a formação das populações gaúchas atuais. Já os estudos de populações não-indígenas (N=225) revelaram 94% dos cromossomos no RS como tendo origem européia, 4% ameríndia e 2% africana. Ao levar em consideração as distintas populações aqui investigadas, as quais diferem significativamente em histórias demográficas e de mistura, constatou-se que na Serra 100% das patrilinhagens são de origem européia, enquanto no Pampa há uma parcela decontribuição ameríndia (8%) e africana (4%), embora a maior parte seja de cromossomos Y europeus. Os microssatélites (STR) dos cromossomos X e Y foram tipados apenas para a amostra do Pampa: para os Y-STRs (N=89), 81 haplótipos foram identificados, dos quais 74 deles (91%) são únicos. Comparando-se estes dados com outros previamente publicados para portugueses, espanhóis, italianos, alemães, africanos e outras populações brasileiras, observou-se a importante contribuição de ibéricos, particularmente de espanhóis, na atual formação masculina do Pampa. Para os X-STRs (N=70) o número de alelos variou de 1 a 14 e os níveis de heterozigosidade entre 0.5565 e 0.8817. Nenhum haplótipo foi encontrado mais de uma vez, indicando que existe uma grande diversidade no Pampa gaúcho. Com relação aos resultados obtidos para o mtDNA, no RS como um todo (N=225) foram identificadas matrilinhagens européias (63%), ameríndias (30%) e africanas (7%). Porém, da mesma forma que para as patrilinhagens, a distribuição destas variou de acordo com a região estudada. Na Serra 97% dos haplogrupos mitocondriais são característicos de populações européias e apenas 3% têm origem ameríndia. Já no Pampa 51%, 38% e 11% das linhagens mitocondriais têm, respectivamente, origem ameríndia, européia e africana. Considerando-se apenas as linhagens de origem ameríndia, verificou-se que estão assim distribuídas: A – 30%, B – 31%, C – 31% e D – 8%. A marcante diferença nas distribuições destes haplogrupos, quando comparadas com os Guarani bem como com outros resultados, apontaram para a idéia de que outros grupos nativos (principalmente os Charrua), através de suas mulheres, teriam contribuído de maneira marcante para a formação das populações gaúchas contemporâneas. Foi possível verificar ainda que o legado ameríndio (Charrua e Guarani), tão marcadamente presente na cultura gaúcha tradicional, também pode ser visto em nível genômico, num exemplo extraordinário de continuidade genética e cultural entre populações nativas e miscigenadas. / To evaluate the extension of Gaucho genetic diversity of the Gauchos, and retrieve part of their history, a study with 547 individuals, of which 278 were Native Americans (Guarani and Kaingang) and 269 admixed from the state of Rio Grande do Sul, was carried out. Uniparental markers, of maternal and paternal inheritance, were studied by using the following systems: a) Mitochondrial DNA (mtDNA) Hypervariable Sequence I sequencing (HVS I), RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphisms) determinatins and minisequencing of the coding region, involving the four major mitochondrial Amerindian haplogroups (A, B, C and D); b) seven Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) (DYS199, M242, M9, 92R7, sY81, M19 and RPS4Y711), one Alu insertion (YAP) and eleven microsatellites (DYS19, DYS389 I, DYS389 II, DYS390, DYS391, DYS392, DYS393, DYS437, DYS438, DYS439 and DYS385a/b), all of them located in the nonrecombining region of the Y chromosome (NRY). In addition to these uniparental markers, data for 16 microsatellites of the X chromosome were obtained ((DXS1001, DXS1047, DXS1060, DXS1068, DXS1073, DXS1106, DXS1214, DXS1226, DXS1227, DXS8051, DXS8055, DXS986, DXS987, DXS990, DXS991 and DXS993). Two hundred Guarani of three partialities (Ñandeva, Kaiowá e M’Byá) and 78 Kaingang from Paraná and Rio Grande do Sul were analyzed, aiming to identify differences between the two tribes, that might have occurred during their long historical process. Nineteen mitochondrial lineages were detected and these showed a distinct distribution. The admixture dynamics that occurred along the time with the Guarani and Kaingang was diverse. The introduction of non-native genes in Guarani communities was markedly restricted to non-Amerindian males, while among the Kaingang there are direct evidences of introduction by the maternal side. This study allowed to reveal details that, until now ,were not known about these two Rio Grande do Sul native populations, which had contributed to the state’s history and the formation of the contemporary Gaucho population. The studies with non-native populations (N=225) revealed that 94% of the Y chromosomes have European, 4% Amerindian and 2% African origins. When considering the distinct populations here investigated, which significantly differ in their demographic and admixture histories, it was detected that in the Serra 100% of the patrilineages haveEuropean origin, while in the Pampa there is a fraction of Amerindian (8%) and African (4%) contributions, although the majority is of European origin. The microsatellites (STRs) X and Y were typed only in the Pampa sample: 81 haplotypes were identified for the Y-STRs (N=89), of which 74 (91%) are unique. Comparing these data with previously published results from Portuguese, Spanish, Italian, German, African and other Brazilian populations, it is noteworthy the major contribution of Iberian, particularly the Spaniards, in the present male fraction of the Pampa. For the X-STRs (N=70) the number of alleles varied from 1 to 14 and the levels of heterozygosity varied between 0.5565 and 0.8817. No haplotype was found more than once, indicating that there is a great diversity in the Gaucho. When considering the mtDNA data, in the RS as a whole (N=225) European (63%), Amerindian (30%) and African (7%) matrilineages were identified. But in the same way as in the patrilineages, their distribution has much variation according to the studied region. In the Serra 97% of the mitochondrial haplogroups are typical of European populations and only 3% have Amerindian origin. On the other hand, in the Pampa 51%, 38% and 11% of the mitochondrial lineages have Amerindian, European and African origins, respectively. When only Amerindian origin lineages were considered, it was verified that they are distributed as follows: A – 30%, B – 31%, C – 31% and D – 8%. The marked difference in these haplogroups’ distributions, when compared to Guarani and other results, pointed to the idea that other native groups (particularly the Charrua), should have contributed, through their women, to the formation of the contemporary Gaucho populations. It was also possible to verify that the Amerindian legacy (Guarani and Charrua), so markedly present in the traditional Gaucho culture, can also be seen at the genomic level, in an extraordinary example of genetic and cultural continuity between native and admixed populations

Desde o final dos anos 80, o estudo de marcadores de DNA tem contribuído enormemente para um melhor entendimento de questões antropológicas. Atualmente, duas questões têm sido debatidas fortemente: a primeira envolve o modelo de origem dos humanos modernos e a possível assimilação de linhagens arcaicas pelas populações de Homo sapiens saídas da África. A segunda envolve o tempo e o modo do povoamento das Américas, o último continente a ser colonizado pelos humanos. Foi realizado um estudo envolvendo o seqüenciamento de 50 locos autossômicos em uma amostra de 12 indígenas americanos, totalizando cerca de 50.000 pares de bases de seqüência por indivíduo. Os dados foram analisados juntamente com seqüências já publicadas oriundas de indivíduos africanos e asiáticos. Usando computação bayesiana aproximada e simulações de coalescência, foi estimada diretamente, pela primeira vez, a probabilidade relativa de três modelos de evolução humana. Um modelo de origem africana com substituição obteve a maior probabilidade relativa (98%), muito superior àquela de modelos de assimilação ou de evolução multirregional. O cenário evolutivo sugerido pode explicar não apenas a ancestralidade recente do DNA mitocondrial e do cromossomo Y, como também a existência de linhagens antigas em locos autossômicos. Quanto ao povoamento das Américas, os dados indicaram a ausência de um efeito de gargalo-de-garrafa forte e sugerem um tempo recente de povoamento, de até 13.350 anos atrás. Para obter um cenário mais refinado para o povoamento das Américas, foram seqüenciados 53 genomas mitocondriais completos de indivíduos nativos americanos pertencentes aos cinco haplogrupos mitocondriais principais (A-D, X), que foram analisados juntamente com 191 genomas disponíveis em bancos de dados públicos. Os resultados indicaram um povoamento após o último máximo glacial há aproximadamente 18.000 anos atrás, associados a uma forte expansão populacional (100 vezes) com uma entrada no continente pela costa do Pacífico.Os dois conjuntos de dados sugerem fortemente a ausência de um efeito fundador marcante durante a colonização das Américas e o povoamento do continente após o último máximo glacial. As discrepâncias entre as duas datas obtidas para a entrada nas Américas podem indicar os efeitos de uma segunda migração, mas a explicação mais simplesenvolveria fatores como desenho amostral e incertezas vinculadas a alguns dos parâmetros utilizados. / Since the end of the 80s, the study of DNA markers has contributed enormously to a better understanding of anthropological questions. Currently, two issues have been hotly debated: the first involves a model for the origin of modern humans, and the possible assimilation of archaic lineages by Homo sapiens populations which had left Africa. The second involves the time and mode of the peopling of the Americas, the last continent colonized by humans. A study involving the sequencing of 50 autosomal loci was performed in a sample of 12 American Indians, totaling about 50,000 base pairs per individual. These data were analyzed in conjunction with previously published sequences from African and Asian individuals. Using approximate Bayesian computation and coalescent simulations, the relative probability of three models of human evolution was assessed for the first time. A model of African origin with replacement received the highest relative probability (98%), much higher than that associated to assimilation or multiregional models. The favored evolutionary scenario can explain not only the recent ancestry for mitochondrial DNA and the Y chromosome, but also the existence of deep lineages in autosomal loci. Regarding the peopling of the Americas, the data indicate the lack of a bottleneck effect and suggest a recent time for its settlement, up to 13,350 years ago. To obtain a more accurate scenario for the peopling of the Americas, 53 mitochondrial genomes from Native American individuals belonging to the five main mitochondrial haplogroups (A-D, X) were sequenced and were analyzed together with 191 genomes available in public databases. The analysis indicated a peopling of the continent after the last glacial maximum at approximately 18,000 years ago, associated to a strong population expansion (100 fold), and with an entry in the continent through the Pacific coast. Both datasets strongly suggest the nonexistence of a marked founder effect during the settlement of the Americas and the peopling of the continent after the last glacial maximum. The discrepancies between the two calculated times for the entry in the continent could reflect the effects of a secondary migration, but the simplest explanation would be related to factors such as sampling design and to uncertainties intrinsic to some of the parameters.

As populações da América pós-colombiana, em especial as populações brasileiras, foram estabelecidas principalmente através de cruzamentos envolvendo colonizadores europeus e mulheres ameríndias ou africanas. No entanto, têm sido descritas particularidades regionais e locais. Desta forma, este trabalho objetivou esclarecer os detalhes da formação da população de Porto Alegre através de dados genéticos. Para isto uma amostra de 290 indivíduos fenotipicamente identificados como brancos foi investigada com relação a marcadores de linhagens uniparentais maternos e paternos. Duzentos e três homens foram genotipados para doze marcadores bialélicos (single nucleotide polymorphisms - SNPs ) presentes na região não recombinante do cromossomo Y, sendo também seqüenciada a primeira região hipervariável (HVS-I) do DNA mitocondrial (mtDNA) de cento e setenta e dois indivíduos. Com relação aos marcadores do cromossomo Y a freqüência dos SNPs mostrou um cenário predominante de cromossomos europeus (~93%), sendo o restante de cromossomos possivelmente de origem africana. Além disso, mais de 51% dos cromossomos genotipados pertencem ao haplogrupo R1b3*, amplamente distribuído em populações ibéricas. Em consonância com este achado as análises dos dados apontaram para uma herança predominante dos colonizadores açorianos e portugueses, confirmando que o legado genético masculino da população de Porto Alegre tem origem em seus colonizadores históricos. Um cenário diferente foi encontrado para o mtDNA, pois além da presença européia (69%), também foram detectadas linhagens ameríndia (21%) e africana (10%). A avaliação das seqüências ameríndias mostrou a presença Guarani e também pela primeira vez, considerando-se uma amostra gaúcha, a herança Kaingang. Finalmente, os dados comparativos com uma amostra de negros revelaram a possibilidade de que distintas dinâmicas de mestiçagem ocorreram na formação da população porto-alegrense. / The post-Columbian American populations, especially Brazilians, are mainly the result of intercrossings between European males and Amerindian or African females. However, regional and local particularities have been described. The main objective of this investigation was to reveal details about the formation of the Porto Alegre population using genetic markers. A sample of 290 persons phenotypically classified as white was investigated in relation to several uniparental genetic systems. Two-hundred and three men were genotyped considering twelve biallelic loci (single nucleotide polymorphisms - SNPs) located in the non-recombinant region of the Y-chromosome, while the first hipervariable region (HVS-I) of the mitocondrial DNA (mtDNA) was sequenced in 172 individuals. The main origin of Y-chromosomes is European (~93%), the complementary fraction having a probable African origin. The Y-SNP haplogroup R1b3*, the most frequent in Iberian populations, is present in Porto Alegre with a frequency of 51%. These and other results show that the male contribution to this population is predominantly Azorean and Portuguese, confirming historical sources. A different scenario was oberved considering the mtDNA, because European (69%), Amerindian (21%) and African (10%) mtDNA sequences were identified. Restricting our attention to the sequences of Amerindian origin, it was Introdução possible to detect Guarani and for the first time considering a gaúcho sample, Kaingang heritages. The comparative analysis with a black sample revealed that distinct admixture dynamics have occurred in the formation of the Porto Alegre population.

Made available in DSpace on 2016-03-04T13:59:27Z (GMT). No. of bitstreams: 2 marcilio_fernandes_ioc_dout_2007.pdf: 1527698 bytes, checksum: b419ebdd6a1c3aa54a8b88399fac1970 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2016-01-13 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Após ter sido considerada sob controle, a tuberculose ressurgiu na década de 90, sendo atualmente um sério problema de saúde pública envolvendo aspectos sociais e econômicos. Para entender os fatores envolvidos na transmissão e adoecimento pela tuberculose faz-se necessário compreender o tripé de sustentação da doença: ambiente, bacilo e hospedeiro. Em nosso trabalho avaliamos estes três aspectos importantes para a compreensão da epidemiologia da tuberculose em dois municípios da Região Metropolitana do Recife-PE. No município do Cabo de Santo Agostinho, caracterizamos o padrão de desenvolvimento de cepas resistentes e fatores associados. A freqüência de resistência primária e adquirida a qualquer droga foi 14% e 50% respectivamente enquanto que a freqüência primária e adquirida para multidroga resistência foi 8,3% e 40%. Tratamento prévio para tuberculose e abandono de tratamento consistiu em fatores de risco para resistência primária a drogas. A taxa de resistência primária e adquirida principalmente por infecção com linhagens resistentes a Isoniazida e Rifampicina é bastante alta dificultando o controle da transmissão da tuberculose no Cabo. Mapeamos a transmissão da tuberculose utilizando como ferramenta a genotipagem das cepas pelo spoligotyping. Um total de 40 padrões distintos foi observado. Destes, um padrão com nove isolados, três padrões com cinco isolados cada, outros três padrões com quatro isolados, dois padrões com três isolados, cinco padrões com dois isolados cada e vinte e seis padrões com um isolado. A análise da distribuição geográfica dos casos agrupados atendidos no Cabo comparados aos resultados de estudo prévios feito no Posto de Saúde Lessa de Andrade em Recife, que atende pacientes de todo o Estado de Pernambuco, mostrou que cepas agrupadas são encontradas em municípios vizinhos. No Município do Recife avaliamos o papel de marcadores genéticos (HLA)(...) (...) do hospedeiro na predisposição para tuberculose em comunicantes de casos índices diagnosticados no Recife. Dos 257 indivíduos analisados, 54 eram agregados (sem parentesco com o caso Índice) e 203 tinham algum grau de parentesco com o caso índice. O risco relativo para desenvolver tuberculose foi de 1.22 (95%CI:0.75-1.99) para parentesco de primeiro grau, 1.13(95%CI:0.63-2.03) para parentesco de segundo grau e 1.11(95%CI:0.44-2.78) para parentesco de terceiro grau quando comparados com os contatos sem relação de parentesco. A análise da freqüência de alelos do HLA de classe II foi realizada em separado entre 77 indivíduos que haviam tido tuberculose e 119 indivíduos sem passado de tuberculose. Não encontramos qualquer alelo associado com suscetibilidade para adoecimento por tuberculose. Entretanto, o alelo DRB5*01 (OR= 0.45:; IC95%=0.20-0.98; p= 0.0441) aparece ligado à resistência para tuberculose e o alelo DRB3*02 (OR=0.59; IC95%=0.32-1.08; p=0.0905) mostra uma tendência de associação com resistência em desenvolver tuberculose. O conhecimento do perfil de resistência de cepas do M. tuberculosis e do seu poliformismo genético, bem como do hospedeiro em determinados grupos populacionais nos permite avaliar melhor os mecanismos de transmissão da doença contribuindo para o controle da tuberculose. / Tuberculosis resurged in the 90s after having been considered to be under control and is now a serious public health problem with social and eco nomic ramifications. To understand the factors involved in the transmission and the diseas e, it is necessary to understand the three fundamentals of the disease: the environment, bacillus and host. This work evaluates these three important aspects of the epidemiology of tube rculosis in two municipalities in the metropolitan region of Recife-PE. In the town of Ca bo de Santo Agostinho, we characterized the pattern of the development of resistant strains and their associated factors. The frequency of primary and acquired resistance to any drug was 14% and 50%, respectively, while the frequency of primary and acquired multidrug resista nce was 8.3% and 40%, respectively. Previous treatment for tuberculosis and abandonment of treatment were risk factors for primary resistance to drugs. Among persons with Iso niazid- and Rifampicin-resistant strains, the levels of primary and acquired resistance were quite, making tuberculosis control in Cabo quite difficult. The transmission pattern of tuberc ulosis was defined by using by spoligotyping to genotype strains. A total of 40 distinct pattern s were observed: one pattern with 9 isolates, three patterns with 5 isolates each, three other pa tterns with 4 isolates, two patterns with 3 isolates, five patterns with 2 isolates each, and 2 6 patterns with 1 isolate alone. Geographical analysis of cases residing in Cabo compared with th ose evaluated at the post of Health in Lessa de Andrade in Recife (a reference health serv ice for greater Pernambuco) revealed that both municipalities shared common isolates. In Reci fe, the role of genetic markers (HLA) of host predisposition to tuberculosis was evaluated a mong persons who live in the same house as index cases. Of the 257 subjects studied, 54 pe rsons (reference cases) were not related to the index case but shared their household. Among t he 203 subjects related to the index case, the relative risk for developing tuberculosis, depe nding on degree of relationship, was 1.22 (95%CI :0.75-1 .99) for first-degree, 1.13 (95%CI : 0.63-2 .03) for second degree, and 1.11 (95%CI :0.44-2 .78) for third degree when compared with the 54 afore-mentioned reference cases. Frequency analysis of HLA class II alleles w as conducted separately between the 77 individuals who had tuberculosis and the 119 indivi duals with no history of tuberculosis. We did not find any allele associated with susceptibil ity to illness for tuberculosis. However, the allele DRB5*01 (OR= 0.45; 95%CI= 0.20-0.98; p = 0.0441) appears linked to resistance to tuberculosis and the allele DRB3*02 (OR= 0.59; 95%C I= 0.32-1.08; p = 0.0905) shows a trend of association with resistance to develop tub erculosis. A more complete understanding of M. Tuberculosis resistant strains and their genetic polymorphisms, as well as the host susceptibility in certain population groups, allow us to better assess the mechanisms of disease transmission and ultimately contribute to t he control of tuberculosis.

Neuroblastoma é um tumor do sistema nervoso periférico e uma das principais causas de mortalidade infantil por câncer no Brasil e no mundo. A característica marcante desses tumores é sua heterogeneidade clínica – as apresentações variam desde formas benignas e tratáveis até variantes extremamente agressivas, que levam o paciente a óbito em poucos meses. A fim de determinar as melhores estratégias para o tratamento desse câncer, um grande número de pesquisadores tem procurado por novos biomarcadores e alvos terapêuticos. Atualmente, o melhor marcador biológico para a progressão de neuroblastoma é a amplificação do gene MYCN, que ocorre na maioria dos casos mais agressivos. Entretanto, esse marcador não é capaz de discriminar entre todos os tipos de pacientes, demonstrando a necessidade de encontrarmos outros marcadores. Neste trabalho, reconstruímos a rede de regulação gênica de neuroblastoma utilizando ferramentas de bioinformática e biologia de sistemas a fim de buscar novos biomarcadores e alvos terapêuticos para esta doença. Através dessa rede, analisamos uma assinatura de genes diferentemente expressos em metástases agressivas, buscando fatores de transcrição que pudessem estar envolvidos na progressão tumoral. Através dessa análise, observamos que MAX é um dos reguladores mestres do processo, e variações em sua expressão estavam correlacionadas com o desfecho de pacientes, sugerindo seu potencial como biomarcador. Além disso, também observamos o aumento do conteúdo de MAX em células de linhagem de neuroblastoma humano durante um protocolo de diferenciação experimental, sugerindo que essa proteína tem um papel muito mais central no controle do balanço entre proliferação e diferenciação do que previamente descrito. / Neuroblastoma is a peripheral nervous system tumor and one of the main causes of children cancer mortality in Brazil and in the rest of the world. The hallmark of these tumors is their clinical heterogeneity – presentations vary from benign and treatable to extremely aggressive variants, the latter leading the patient to death in just a few months. In order to come up with the best strategies for treatment and management of this cancer, a great number of researchers have been searching for novel biomarkers and therapeutic targets. To this date, the best neuroblastoma biomarker is the amplification of MYCN oncogene, which occurs in the majority of aggressive cases. However, this biomarker alone does not suffice to discriminate among all patients types, illustrating the need for finding other biomarkers. In this work, we reverse engineered the neuroblastoma gene regulatory network using systems biology and bioinformatics tools in order to find novel biomarkers and therapeutic targets. Using this network, we analyzed an aggressive metastasis gene signature to find transcription factors that could be involved in tumor progression. Through this analysis, we observed that MAX was a master regulator of this process, and that changes in its expression were associated with patient survival, suggesting its role as potential biomarker. Additionally, we observed that MAX content was increased in human neuroblastoma cell lines undergoing experimental differentiation. These results suggest that this protein has a much more central role in regulating the balance between proliferation and differentiation than previously described.

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No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Dissertação.FernandaZaidan.pdf: 1993203 bytes, checksum: f121a5630a788106b0700f04818f9194 (MD5) Previous issue date: 2014 / Animais híbridos representam um desafio à taxonomia e sistemática, pois correspondem a unidades evolutivas geralmente sem clara delimitação morfológica, comportamental e genética. Híbridos podem ser morfologicamente intermediários aos parentais ou, devido à introgressão e retrocruzamentos, suas características podem se misturar tornando difícil sua identificação. Uma das formas de identificação de híbridos é por meio de ferramentas de biologia molecular, que ao utilizarem marcadores de DNA mitocondrial (herança exclusiva materna) e DNA nuclear (herança materna e paterna), permitem a comparação entre informações genéticas. Além da hibridização existem outras fontes de conflito entre dados moleculares provenientes do DNA mitocondrial e DNA nuclear, como por exemplo a retenção de polimorfismos ancentrais. Em localidades do Espírito Santo, Brasil, foram coletados indivíduos de morfologia distinta de Trachycephalus mesophaeus e T. nigromaculatus, que são as únicas espécies do gênero conhecidas nesse estado. Porém, estudos piloto usando o gene mitocondrial Citocromo Oxidase subunidade I (COI) agruparam esses espécimes com amostras de T. typhonius. Devido a estas incongruências, foram sequenciados fragmentos de dois genes mitocondriais - COI e Nicotinamida Desidrogenase subunidade 2 (ND2) e um exon nuclear (tirosinase) de 173 indivíduos de Trachycephalus, de forma a esclarecer as identificações taxonômicas e investigar a correspondência entre caracteres morfológicos e genéticos nesta linhagem, na sua área de ocorrência As filogenias moleculares, divergências genéticas, redes de haplótipos e polimorfismos de nucleotídeos únicos (SNPs) confirmaram as três espécies acima mencionadas como linhagens evolutivas distintas e revelaram mais sete indivíduos potencialmente híbridos, mas morfologicamente assinalados a T. mesophaeus, T. nigromaculatus ou T. typhonius.. Devido à taxa de evolução lenta da tirosinase, as espécies mais recentes T. typhonius e T. nigromaculatus parecem não terem sido sorteadas completamente nesse gene. Já T. mesophaeus, que é a espécie mais antiga das três, foi recuperada inequivocamente em todas as análises. De forma inédita, as análises moleculares evidenciaram a ocorrência de introgressão bidirecional entre T. nigromaculatus e T. typhonius e entre T. nigromaculatus e T. mesophaeus, sendo que há indícios de indivíduos F1 (cruzamentos entre espécies parentais puras gerando híbridos). A utilização do gene ND2 mostrou-se mais eficiente do que o gene COI nas filogenias e, apesar da tirosinase ser um gene nuclear de evolução lenta, contribuiu para a identificação de incongruências citonucleares. Nossos resultados mostram que a história filogenética de Trachycephalus é complexa e que o uso de marcadores nucleares de evolução mais rápida e ampliação dessas análises para outras espécies do gênero podem revelar mais eventos de hibridização. / Hybrids are evolutionary units generally without clear morphological, behavioral and genetic delimitation, thus representing a challenge to taxonomy and systematics. They can morphologically resemble their parents or, due to introgression, their characteristics can be diluted with a prevailing appearance of one of the parental species, which could hinder identification. One way to identify hybrids is through molecular biology tools, such as mitochondrial DNA (maternal inherintance exclusively) and nuclear DNA (maternal and paternal inheritance), allowing genetic comparisons. Besides hybridization, conflicting mtDNA and nDNA identifications may have other explanations, such as Incomplete Lineage Sorting. Some individuals collected in localities of Espírito Santo State, Brazil, presented a mix of morphological characters of T. mesophaeus and T. nigromaculatus, which are the only Trachycephalus species known to the region. However, previous studies using COI sequences grouped theses individuals as T. typhonius. Giving this, we sequenced fragments of two mitochondrial genes (COI and ND2) and part of the nuclear exon of tyrosinase of 173 individuals of Trachycephalus, in order to better clarify the taxonomic uncertainty, and the link between morphological and genetic characters behind the identifications, according to the occurrence area. Results of molecular phylogenies, genetic divergences, haplotype networks, and single nucleotide polymorphisms (SNPs) confirmed .T. mesophaeus, T. nigromaculatus, and T. typhonius as distinct evolutionary lineages and revealed seven more individuals potentially hybrids, but morphologically assigned to one species. Due to the slow mutation rate of tyrosinase, the most recently diverged species (T. typhonius and T. nigromaculatus) have not completely sorted in this gene. Trachycephalus mesophaeus is the oldest species of the three, and it was identified unambiguously in all analysis. Here, for the first time, evidence of bidirectional introgression between T. nigromaculatus and T. typhonius and between T. nigromaculatus and T. mesophaeus, with signs of F1 individuals, is presented. The use of ND2 gene seems to be more efficient than COI to recover the phylogenies in this particular group and, although tyrosinase is a slow evolving gene, it contributed significantly in order to identify cytonuclear incongruences. Our results indicate a complex phylogenetic history of Trachycephalus, and that more introgressive hybrids may be identified with the use of faster nuclear markers and the inclusion of more species of the genus in the analyses..

Visando avaliar a extensão da diversidade genética do povo gaúcho, e com isso resgatar parte de sua história, foi realizado um estudo envolvendo 547 indivíduos, sendo 278 Nativos Americanos (Guarani e Kaingang) e 269 provenientes de populações miscigenadas do Rio Grande do Sul (RS). Foram estudados marcadores uniparentais de herança materna e paterna utilizando os seguintes sistemas: a) seqüenciamento da região hipervariável I (HVS I) do DNA mitocondrial (mtDNA), determinação de RFLPs (Restriction Fragment Length Polymorphisms) e mini-seqüenciamento da porção codificadora, envolvendo os quatro principais haplogrupos mitocondriais ameríndios (A, B, C e D); b) sete polimorfismos de base única (SNPs) (DYS199, M242, M9, 92R7, sY81, M19 e RPS4Y711), uma inserção Alu (YAP) e onze microssatélites (DYS19, DYS389 I, DYS389 II, DYS390, DYS391, DYS392, DYS393, DYS437, DYS438, DYS439 e DYS385a/b), todos localizados na região não recombinante do cromossomo Y. Além desses marcadores uniparentais, foram obtidos dados para 16 microssatélites do cromossomo X (DXS1001, DXS1047, DXS1060, DXS1068, DXS1073, DXS1106, DXS1214, DXS1226, DXS1227, DXS8051, DXS8055, DXS986, DXS987, DXS990, DXS991 e DXS993).Analisaram-se 200 Guarani de três parcialidades (Ñandeva, Kaiowá e M’Byá) e 78 Kaingang do Paraná e Rio Grande do Sul, visando identificar diferenças entre as duas tribos, que possam ter ocorrido ao longo do processo histórico. Dezenove linhagens mitocondriais foram detectadas e estas mostraram distribuição diferenciada. A dinâmica de mestiçagem que ocorreu com os Guarani e Kaingang ao longo do tempo foi diversa. O ingresso de genes não-nativos entre as comunidades Guarani foi marcadamente restrito a homens não-ameríndios, enquanto entre os Kaingang há evidências diretas de introdução através do lado materno. Este estudo permitiu desvendar detalhes até então não conhecidos sobre estas duas populações nativas do Rio Grande do Sul, para a história do Estado e para a formação das populações gaúchas atuais. Já os estudos de populações não-indígenas (N=225) revelaram 94% dos cromossomos no RS como tendo origem européia, 4% ameríndia e 2% africana. Ao levar em consideração as distintas populações aqui investigadas, as quais diferem significativamente em histórias demográficas e de mistura, constatou-se que na Serra 100% das patrilinhagens são de origem européia, enquanto no Pampa há uma parcela decontribuição ameríndia (8%) e africana (4%), embora a maior parte seja de cromossomos Y europeus. Os microssatélites (STR) dos cromossomos X e Y foram tipados apenas para a amostra do Pampa: para os Y-STRs (N=89), 81 haplótipos foram identificados, dos quais 74 deles (91%) são únicos. Comparando-se estes dados com outros previamente publicados para portugueses, espanhóis, italianos, alemães, africanos e outras populações brasileiras, observou-se a importante contribuição de ibéricos, particularmente de espanhóis, na atual formação masculina do Pampa. Para os X-STRs (N=70) o número de alelos variou de 1 a 14 e os níveis de heterozigosidade entre 0.5565 e 0.8817. Nenhum haplótipo foi encontrado mais de uma vez, indicando que existe uma grande diversidade no Pampa gaúcho. Com relação aos resultados obtidos para o mtDNA, no RS como um todo (N=225) foram identificadas matrilinhagens européias (63%), ameríndias (30%) e africanas (7%). Porém, da mesma forma que para as patrilinhagens, a distribuição destas variou de acordo com a região estudada. Na Serra 97% dos haplogrupos mitocondriais são característicos de populações européias e apenas 3% têm origem ameríndia. Já no Pampa 51%, 38% e 11% das linhagens mitocondriais têm, respectivamente, origem ameríndia, européia e africana. Considerando-se apenas as linhagens de origem ameríndia, verificou-se que estão assim distribuídas: A – 30%, B – 31%, C – 31% e D – 8%. A marcante diferença nas distribuições destes haplogrupos, quando comparadas com os Guarani bem como com outros resultados, apontaram para a idéia de que outros grupos nativos (principalmente os Charrua), através de suas mulheres, teriam contribuído de maneira marcante para a formação das populações gaúchas contemporâneas. Foi possível verificar ainda que o legado ameríndio (Charrua e Guarani), tão marcadamente presente na cultura gaúcha tradicional, também pode ser visto em nível genômico, num exemplo extraordinário de continuidade genética e cultural entre populações nativas e miscigenadas. / To evaluate the extension of Gaucho genetic diversity of the Gauchos, and retrieve part of their history, a study with 547 individuals, of which 278 were Native Americans (Guarani and Kaingang) and 269 admixed from the state of Rio Grande do Sul, was carried out. Uniparental markers, of maternal and paternal inheritance, were studied by using the following systems: a) Mitochondrial DNA (mtDNA) Hypervariable Sequence I sequencing (HVS I), RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphisms) determinatins and minisequencing of the coding region, involving the four major mitochondrial Amerindian haplogroups (A, B, C and D); b) seven Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) (DYS199, M242, M9, 92R7, sY81, M19 and RPS4Y711), one Alu insertion (YAP) and eleven microsatellites (DYS19, DYS389 I, DYS389 II, DYS390, DYS391, DYS392, DYS393, DYS437, DYS438, DYS439 and DYS385a/b), all of them located in the nonrecombining region of the Y chromosome (NRY). In addition to these uniparental markers, data for 16 microsatellites of the X chromosome were obtained ((DXS1001, DXS1047, DXS1060, DXS1068, DXS1073, DXS1106, DXS1214, DXS1226, DXS1227, DXS8051, DXS8055, DXS986, DXS987, DXS990, DXS991 and DXS993). Two hundred Guarani of three partialities (Ñandeva, Kaiowá e M’Byá) and 78 Kaingang from Paraná and Rio Grande do Sul were analyzed, aiming to identify differences between the two tribes, that might have occurred during their long historical process. Nineteen mitochondrial lineages were detected and these showed a distinct distribution. The admixture dynamics that occurred along the time with the Guarani and Kaingang was diverse. The introduction of non-native genes in Guarani communities was markedly restricted to non-Amerindian males, while among the Kaingang there are direct evidences of introduction by the maternal side. This study allowed to reveal details that, until now ,were not known about these two Rio Grande do Sul native populations, which had contributed to the state’s history and the formation of the contemporary Gaucho population. The studies with non-native populations (N=225) revealed that 94% of the Y chromosomes have European, 4% Amerindian and 2% African origins. When considering the distinct populations here investigated, which significantly differ in their demographic and admixture histories, it was detected that in the Serra 100% of the patrilineages haveEuropean origin, while in the Pampa there is a fraction of Amerindian (8%) and African (4%) contributions, although the majority is of European origin. The microsatellites (STRs) X and Y were typed only in the Pampa sample: 81 haplotypes were identified for the Y-STRs (N=89), of which 74 (91%) are unique. Comparing these data with previously published results from Portuguese, Spanish, Italian, German, African and other Brazilian populations, it is noteworthy the major contribution of Iberian, particularly the Spaniards, in the present male fraction of the Pampa. For the X-STRs (N=70) the number of alleles varied from 1 to 14 and the levels of heterozygosity varied between 0.5565 and 0.8817. No haplotype was found more than once, indicating that there is a great diversity in the Gaucho. When considering the mtDNA data, in the RS as a whole (N=225) European (63%), Amerindian (30%) and African (7%) matrilineages were identified. But in the same way as in the patrilineages, their distribution has much variation according to the studied region. In the Serra 97% of the mitochondrial haplogroups are typical of European populations and only 3% have Amerindian origin. On the other hand, in the Pampa 51%, 38% and 11% of the mitochondrial lineages have Amerindian, European and African origins, respectively. When only Amerindian origin lineages were considered, it was verified that they are distributed as follows: A – 30%, B – 31%, C – 31% and D – 8%. The marked difference in these haplogroups’ distributions, when compared to Guarani and other results, pointed to the idea that other native groups (particularly the Charrua), should have contributed, through their women, to the formation of the contemporary Gaucho populations. It was also possible to verify that the Amerindian legacy (Guarani and Charrua), so markedly present in the traditional Gaucho culture, can also be seen at the genomic level, in an extraordinary example of genetic and cultural continuity between native and admixed populations