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Introdução. A rejeição aguda (RA) permanece entre as principais causas de perda de enxertos renais. A disponibilidade de biomarcadores prognósticos de RA no período pré-transplante poderia ser útil na individualização do tratamento destes pacientes. Neste estudo avaliamos o potencial da mensuração do RNA mensageiro de diferentes genes envolvidos na resposta alogênica como biomarcadores prognósticos pré-transplante. Material. Foram coletadas amostras pré-transplante de 51 pacientes que receberam enxertos renais entre 2008 a 2009. Realizou-se a mensuração da expressão do mRNA dos genes TIM3, FOXP3, Perforina, CXCL-9, CXCL-10 e Granulisina, em células mononucleares do sangue periférico através da técnica de PCR em tempo real. Os resultados da expressão gênica foram correlacionados com a ocorrência de RA, presença de infecções virais e bacterianas em até 1 ano e com a função do enxerto renal aos 1, 6 e 12 meses pós-transplante. Resultados. Os genes TIM3, FOXP3, Perforina e CXCL-9, não apresentaram significância estatística nos grupos que apresentaram ou não episódios de rejeição aguda. A expressão gênica de CXCL-10 e Granulisina foi significativamente menor no grupo que apresentou rejeição aguda (P<0,05). Não houve diferença significativa na correlação entre pacientes que desenvolveram infecção viral ou bacteriana no pós-transplante renal. O mesmo resultado foi encontrado na avaliação da função renal do enxerto. Conclusão. A análise da expressão dos genes avaliados neste estudo no momento prévio ao transplante renal não foi preditor da ocorrência de rejeição aguda, infecções virais ou bacterianas ou da função do enxerto até um ano pós-transplante. / Background. Acute rejection (AR) remains a significant risk factor for kidney-graft failure. Availability of AR prognostic biomarkers during pre-transplant could be helpful to individualize patient´s immunosuppressive treatment. In this study we evaluated the measurement of RNA messenger of different genes involved in the allogeneic response as potential biomarkers of kidney graft rejection. Methods. Pre-transplant samples were obtained from 51 kidney-grafted patients between 2008 and 2009. Expression of the messenger RNA from peripheral blood mononuclear cells of the TIM3, FOXP3, Perforin, CXCL-9, CXCL-10, and Granulisine genes was measured by real-time PCR technique. Gene expression results were associated with AR occurrence, the presence of bacterial and viral infections up to one year after grafting , and with kidney-graft function at 1, 6, and 12 months. Results. Expression of the TIM3, FOXP3, Perforin and CXCL-9 genes were not correlated with episodes of acute rejection. CXCL-10 and Granulisine gene expressions were significantly lower in the group that presented acute rejection (P<0.05). No significant differences in mRNA expression were observed in patients with infections after kidney transplantation and kidney graft function was not correlated with gene expression. Conclusions. As evaluated in the present study pre-transplant gene expression profiles were not predictive of acute rejection, infection or graft function.

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Introdução. A rejeição aguda (RA) permanece entre as principais causas de perda de enxertos renais. A disponibilidade de biomarcadores prognósticos de RA no período pré-transplante poderia ser útil na individualização do tratamento destes pacientes. Neste estudo avaliamos o potencial da mensuração do RNA mensageiro de diferentes genes envolvidos na resposta alogênica como biomarcadores prognósticos pré-transplante. Material. Foram coletadas amostras pré-transplante de 51 pacientes que receberam enxertos renais entre 2008 a 2009. Realizou-se a mensuração da expressão do mRNA dos genes TIM3, FOXP3, Perforina, CXCL-9, CXCL-10 e Granulisina, em células mononucleares do sangue periférico através da técnica de PCR em tempo real. Os resultados da expressão gênica foram correlacionados com a ocorrência de RA, presença de infecções virais e bacterianas em até 1 ano e com a função do enxerto renal aos 1, 6 e 12 meses pós-transplante. Resultados. Os genes TIM3, FOXP3, Perforina e CXCL-9, não apresentaram significância estatística nos grupos que apresentaram ou não episódios de rejeição aguda. A expressão gênica de CXCL-10 e Granulisina foi significativamente menor no grupo que apresentou rejeição aguda (P<0,05). Não houve diferença significativa na correlação entre pacientes que desenvolveram infecção viral ou bacteriana no pós-transplante renal. O mesmo resultado foi encontrado na avaliação da função renal do enxerto. Conclusão. A análise da expressão dos genes avaliados neste estudo no momento prévio ao transplante renal não foi preditor da ocorrência de rejeição aguda, infecções virais ou bacterianas ou da função do enxerto até um ano pós-transplante. / Background. Acute rejection (AR) remains a significant risk factor for kidney-graft failure. Availability of AR prognostic biomarkers during pre-transplant could be helpful to individualize patient´s immunosuppressive treatment. In this study we evaluated the measurement of RNA messenger of different genes involved in the allogeneic response as potential biomarkers of kidney graft rejection. Methods. Pre-transplant samples were obtained from 51 kidney-grafted patients between 2008 and 2009. Expression of the messenger RNA from peripheral blood mononuclear cells of the TIM3, FOXP3, Perforin, CXCL-9, CXCL-10, and Granulisine genes was measured by real-time PCR technique. Gene expression results were associated with AR occurrence, the presence of bacterial and viral infections up to one year after grafting , and with kidney-graft function at 1, 6, and 12 months. Results. Expression of the TIM3, FOXP3, Perforin and CXCL-9 genes were not correlated with episodes of acute rejection. CXCL-10 and Granulisine gene expressions were significantly lower in the group that presented acute rejection (P<0.05). No significant differences in mRNA expression were observed in patients with infections after kidney transplantation and kidney graft function was not correlated with gene expression. Conclusions. As evaluated in the present study pre-transplant gene expression profiles were not predictive of acute rejection, infection or graft function.

Os marcadores genéticos denominados short tandem repeats (STR) são amplamente utilizados na identificação humana, tanto aqueles localizados nos cromossomos autossômicos como os encontrados no cromossomo Y. Durante a última década, muitas pesquisas demonstraram a existência de vários polimorfismos no cromossomo Y. O objetivo deste estudo foi caracterizar, na população regional, os diferentes haplótipos utilizando 12 loci (DYS19, DYS385a, DYS385b, DYS389I, DYS389II, DYS390, DYS391, DYS392, DYS393, DYS437, DYS438 e DYS439) e determinar as taxas de diversidade haplotípica e poder de identificação individual. A população testada foi composta por 162 pares de pais/filhos do sexo masculino. O DNA foi isolado a partir de sangue periférico, utilizando o kit comercial Wizard® Genomic DNA Purification Kit (Promega). As regiões de interesse foram amplificadas pela PCR multiplex com oligonucleotídeos marcados com fluorescência e os produtos analisados por eletroforese capilar no analisador genético ABI 3100 (Applied Biosystems). Na amostra analisada, 151 haplótipos distintos foram encontrados, onde os dois haplótipos mais comuns apresentaram freqüências de 0,0265 e 0,0199, respectivamente. Outros 6 haplótipos distintos apresentaram freqüência de 0,0132 e a freqüência dos outros 143 haplótipos foi 0,0066 (1 ocorrência cada). Os resultados obtidos permitiram ainda a determinação de um valor de diversidade haplotípica de 0,9982 e um poder de discriminação individual de 0,9321. Além disso, após a determinação destas freqüências e das taxas estudadas foi possível comprovar que a utilização desses marcadores apresenta um alto poder de discriminação na correta identificação de indivíduos, tanto em casos de paternidade como na área forense. / The genetic markers named short tandem repeats (STR) are largely employed in human identification, those located on autosomal chromosomes as well as on Y-chromosome. During the last decade, several studies showed the occurrence of various polymorphisms on Y-chromosome. The aim of this study was to identify distinct haplotypes using 12 loci (DYS19, DYS385a, DYS385b, DYS389I, DYS389II, DYS390, DYS391, DYS392, DYS393, DYS437, DYS438 and DYS439) and to determine haplotype diversity rates and individual identification power. Tested population was composed by 162 pairs father-male sib. DNA was isolated from peripheral blood, using the Wizard® Genomic DNA Purification Kit (Promega). Regions of interest were amplified by multiplex PCR with fluorescent primer and products were analyzed by capillary electrophoresis in the genetic analyzer ABI 3100 (Applied Biosystems). In the tested population, 151 distinct haplotypes were found, where frequencies of two common haplotypes were established to be 0.0265 and 0.0199, respectively. Individual frequencies of other 6 haplotypes were 0.0132 and frequency of the remaining 143 were 0.0066 (1 event each). Obtained results also allowed to determine haplotype diversity value of 0.9982 and individual discrimination power of 0.9321. Finally, results of this study indicate that application of these markers is responsible for a high discrimination power in individual identification on both paternity and forensic cases.

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Publicación a texto completo no autorizada por el autor / Determina la diversidad genética y la estructura poblacional de 85 aislamientos de L. (V.) braziliensis provenientes de la amazonia peruana mediante la estandarización de diez marcadores microsatélites previamente reportados. La población total presentó una alta diversidad alélica y genética, siendo la ecorregión de selva baja la de mayor diversidad con respecto a selva alta. Los diversos análisis lograron revelar la existencia de dos grupos genéticos bien establecidos independientes de su distribución geográfica, presentes como población mixta en selva alta y población uniforme en selva baja. Además, se estimó que la población de L. (V.) braziliensis presentó como estrategia reproductiva posibles eventos de clonalidad y recombinación genética junto a un modo endogámico de reproducción atribuido al aparente déficit de heterocigotos presentados. Esto podría explicar la gran plasticidad de L. (V.) braziliensis para adaptarse a los diferentes escenarios ecológicos dentro de la amazonia peruana. Asimismo, es necesario contar con nuevos estudios que contribuyan a entender la dinámica poblacional del parásito a fin de reducir la transmisión de la enfermedad. / Tesis

A pesar de la importancia económica de la anchoveta peruana, Engraulis ringens, en nuestro país, no existe información acerca de la variabilidad y estructura genético poblacional de esta especie, principalmente porque no se han identificado marcadores moleculares específicos Por esta razón, se evaluó la utilidad de cinco marcadores moleculares para la caracterización molecular de la anchoveta peruana: dos microsatélites, Ee10 y Ee2, reportados en la anchoveta europea E. encrasicolus, y tres marcadores intrónicos, basados en el polimorfismo en longitud: el intrón 3 de la cadena ligera de la miosina Mlc-3, el intrón 7 de la creatina quinasa Ck-7 y el intrón 5 de la hormona de crecimiendo Gh-5. Dos de ellos, el microsatélite Ee2, y el marcador intrónico Gh-5, no amplificaron en esta especie. Para el locus Ee10, se encontraron altas probabilidades de existencia de alelos nulos, 0.2005-0.7420, lo que explicaría el déficit significativo de heterocigotos encontrado. Basándose en la heterocigosidad, se reporta un nivel bajo de polimorfismo para Mlc-3 y un nivel alto para Ck-7. Los resultados muestran que sólo Ck-7 puede ser utilizado en futuros estudios poblacionales. Este marcador sugiere que las seis capturas colectadas a lo largo del litoral peruano, una del stock norte (Salaverry) y cinco del centro (Callao, Huacho, Supe y Pisco), constituyen una misma unidad reproductiva, desde un punto de vista genético. -- Palabras clave: Anchoveta peruana, marcador intrónico, marcador microsatélite, amplificación cruzada, EPIC-PCR, estudios genéticos / --- Despite Engraulis ringens economic importance in our country, there is a lack of information about the variability and genetic population structure of this species, where no specific molecular markers have been identified. For this reason, five molecular markers were evaluated for the molecular characterization of the Peruvian anchovy: two microsatellites, Ee10 and Ee2, reported in the european anchovy E. encrasicolus, and three intronic length polymorphism markers (ILPs): myosin light chain intron 3 Mlc-3, creatin kinase intron 7 Ck-7 and the growth hormone intron 5 Gh-5. Two of them, the microsatellite Ee2 and the intronic marker Gh-5, did not amplify in this species. For Ee10 locus, there was a high probability of presence of null alleles, ranging from 0.2005 to 0.7420, which would explain the significant heterozygote deficiencies found. Based on the observed heterozygosity, a low polymorphism is reported for Mlc-3 and a high one for Ck-7. The results show that only Ck-7 can be used in future population studies. This marker suggests that the six collected sacks along the Peruvian coast, a northern stock (Salaverry) and five from the centre (Callao, Huacho, Supe and Pisco), constitute a single reproductive unit from a genetic point of view. -- Keywords: Peruvian anchovy, intronic marker, microsatellite marker, cross amplification, EPIC-PCR, genetic studies. / Tesis

El genotipo doble monoploide DM1-351644 de Solanum tuberosum Grupo phureja (DM) desarrollado por la Universidad de Virginia fue secuenciado por el Consorcio de Secuenciamiento del Genoma de la Papa (PGSC) en el Instituto de Genómica de Beijing teniendo como resultado una gran cantidad de super-scaffolds con posición genómica desconocida. Con el fin de contribuir a la orientación y posicionamiento de estos super-scaffolds se construyó un mapa genético. En este trabajo, se analizaron 100 nuevos marcadores microsatélites diseñados por el PGSC, de los cuales 37 marcadores se lograron posicionar en 12 grupos de ligamiento. Debido a la utilización de microsatélites con posición cromosómica conocida se pudo asignar estos grupos de ligamiento a los 12 cromosomas específicos de la papa. Con estos marcadores posicionados se pudieron ubicar 37 super-scaffolds, contribuyendo al conocimiento del orden de las secuencias genómicas con posición cromosómica desconocida productos del secuenciamiento del genoma de DM. El conocimiento del genoma será una herramienta importante para ser utilizada en los futuros programas de mejoramiento. Palabras claves: PGSC, super-scaffolds, microsatélites, polimofismo, segregación, distorsión, mapa genético. / --- A doubled monoploid DM1-351644 of Solanum tuberosum Grupo phureja (DM) developed by the University of Virginia was sequenced by the Potato Genome Sequencing Consortium (PGSC) at the Beijing Genomics Institute resulted in a lot of super-scaffolds with unknown genomic position. ´ In order to contribute to the orientation and positioning of these super-scaffolds, a genetic map was constructed. In this study, we analyzed 100 new microsatellite markers designed by PGSC, which 37 markers were achieved position in 12 linkage groups. Due to the use of microsatellites with known chromosomal position, these linkage groups could be assigned to the 12 specific chromosomes of potato. With these markers 37 super-scaffolds could be located, contributing to the knowledge of the order of genomic sequences from DM with unknown chromosomal position. The knowledge of the genome will be an important tool to be used in future breeding programs. Key words: PGSC, super-scaffolds, microsatellite, polymorphism, segregation, distortion, genetic map. / Tesis

Orientador: Alexandre Magno Sebbenn / Co-orientador: Miguel Luiz Menezes Freitas / Banca: Mario Luiz Teixeira de Moraes / Banca: João Antonio da Costa Andrade / Banca: Ana Aparecida Bandini Rossi / Banca: Rinaldo Cesar de Paula / Resumo: Genipa americana L., popularmente conhecida como jenipapo, é uma espécie arbórea neotropical cuja sobrevivência encontra-se ameaçada devido aos processos de destruição, fragmentação e degradação de seus ambientes naturais. Visando contribuir para a conservação in situ e ex situ dessa espécie, o objetivo deste trabalho foi investigar a diversidade genética, a estrutura genética espacial intrapopulacional (EGE), o sistema de reprodução e o fluxo gênico contemporâneo de G. americana em um pequeno remanescente florestal (7,2 ha) localizado na Mata da Figueira, na Estação Ecológica de Mogi-Guaçu, Mogi-Guaçú (SP). Na população estudada foram encontradas 188 árvores adultas e sementes foram colhidas e amostradas hierarquicamente entre e dentro de frutos diretamente da copa de 15 árvores matrizes em dois eventos reprodutivos consecutivos. Trinta e dois locos microssatélites foram desenvolvidos e validados em 40 indivíduos de G. americana. Destes, dezessete foram polimórficos, revelando de três a sete alelos por loco. Utilizando os genótipos das árvores-matrizes e progênies, foi investigada a herança mendeliana, ligação genética e o desequilíbrio genotípico de seis locos isolados de G. americana, não sendo detectado desequilíbrio genotípico. No entanto, foram detectados desvios significativos da segregação mendeliana em 20,4% e 36,7% e ligação genética entre os locos em 53% e 68% dos testes realizados nos eventos reprodutivos de 2010 e 2011, respectivamente. A riqueza alélica média dos adultos foi de 8,8, para os juvenis de 7,0 e para as sementes de 2010 e 2011, de 7,2 e 8,4, respectivamente. A heterozigosidade média esperada para os adultos foi de 0,581, para os juvenis de 0,568 e para as sementes de 2010 e 2011, de 0,576 e 0,735, respectivamente. A heterozigosidade média observada para os adultos foi de 0,499, juvenis de 0,356 e sementes de 2010 e 2011, 0,476 e 0,542, respectivamente. O índice ... / Abstract: Genipa americana L., popularly known as jenipapo is a neotropical tree species whose survival is threatened due to the processes of destruction, fragmentation and degradation of their natural habitats. To contribute to the conservation in situ and ex situ this species, the objective of this study was to investigate the genetic diversity, intrapopulation spatial genetic structure (SGS), the mating system and contemporary gene flow of G. americana in a small remnant forest (7.2 ha) located in the Mata da Figueira, in Mogi Guaçu Ecological Station, Mogi Guaçú (SP). In the population studied we found 188 adult trees and seeds were collected and sampled hierarchically within and among fruits directly from the tree canopy of 15 seed-trees on two consecutive reproductive events. Thirty-two microsatellite loci were developed and validated in 40 individuals of G. americana. Of these, seventeen were polymorphic, revealing of three to seven alleles per locus. Using the genotypes os seed-trees and progenies, was investigated Mendelian inheritance, genetic linkage and genotypic disequilibrium of six loci isolated of G. americana, not detecting genotypic disequilibrium. However, significant deviations from Mendelian segregation were found in 20.4% and 36.7 and genetic linkage between the loci in 53% and 68% of the tests performed in the reproductive events of 2010 and 2011, respectively. The average allelic richness of adults was of 8.8, for juvenile of 7.0 and seeds of 2010 and 2011, 7.2 and 8.4, respectively. The average expected heterozygosity for adults was of 0.581, for juvenile of 0.568 and seeds of 2010 and 2011, 0.576 and 0.735, respectively. The average observed heterozygosity for adults was of 0.499, for juvenile of 0.356 and seeds of 2010 and 2011, 0.476 and 0.542, respectively. The average fixation index was significantly different from zero for all samples, suggesting the occurrence of inbreeding. The multilocus crossing rate ( t m ) in ... / Doutor