Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:16Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-07-22Bitstream added on 2014-06-13T19:02:45Z : No. of bitstreams: 1 cardonacadavid_h_dr_jabo.pdf: 617128 bytes, checksum: 52904037b788868ea51cbb64af8ea362 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Na bovinocultura de leite, a alta contagem de células somáticas (CCS) é considerada indicativo da condição de mastite. A mastite ainda continua sendo a doença de maior prevalência em gado leiteiro, causando altos custos. Em rebanhos bufalinos no estado de São Paulo, a presença de mastite subclínica e clínica representam 1,5% e 18,77%, respectivamente, das búfalas em lactação. Isto pode levar à diminuição na produção e na qualidade do leite. Considerando-se que não é possível erradicar essa doença devido a sua origem ser multifatorial (fatores genéticos e ambientais), todos os esforços devem ser concentrados no sentido de manter sua prevalência a mais baixa possível. Assim sendo, o objetivo de nosso estudo foi estimar os parâmetros genéticos para a CCS e produção de leite e identificar polimorfismos nos genes B-defensina 1 e 4. Na estimação dos parâmetros genéticos para a CCS e produção de leite (P305) foram utilizadas 4.907 lactações de 1986 búfalas contidas no arquivo zootécnico mantido pelo Departamento de Zootecnia da Faculdade de Ciências Agrárias da UNESP de Jaboticabal, as quais foram analisadas por meio de inferência bayesiana em análises bicaracterística, empregou-se um modelo animal. Para a caracterização dos genes b-defensina 1 e 4 foram utilizadas amostras de DNA genômico de 132 búfalas de diferentes regiões do estado de São Paulo, empregou-se a técnica de PCR/RFLP (Reação em Cadeia da Polimerase/ Polimorfismo do Comprimento dos xiii Fragmentos de Restrição). As estimativas de herdabilidade da CCSt (h2=0.27) e da P305 (h2=0.25) foram... / In dairy cows, high-somatic cell count (CCS) in milk is considered indicative of the mastitis condition of the mammary gland. Mastitis, inflammation of the mammary glands of dairy animals both clinical and subclinical, results in significant economic losses because of lower milk yields and its degraded quality, early culling and loss of genetic potential, higher veterinary expenses and increased labour costs for a farmer. In buffaloes from São Paulo State, the presence of clinical and subclinical mastitis represent losses between 1,5% and 18,77% of dairy milk buffaloes. This fact causes a diminution of production in the milk quality, interfering in mozzarella production, which is to making utilizing this specie milk. We known that is not possible disappear this illness because their multifactorial source (genetics and environmental factors), all effort will be concentrated in the direction of to keep the prevalence as low that possible. Because the importance of the mastitis in animal dairy, in the last year increase the number of study of defensin genes, which are a group of multifunctional peptides, due to the role played by defensins in defending animals from bacterial, viral, or fungal infections, the genes encoding them seem to be potential markers of the genetically determined susceptibility (or resistance) of the mammary gland. Defensins are present not only in the mammary gland, but also in milk, as well as in leukocyte granules and in macrophages which constitute a part of milk cell population. The β-defensins are cationic peptides. It is a group of antimicrobiana peptides with antibiotic and cytotoxic activity against bacterium xv viruses and fungi. Interest in the β-defensins has grown substantially in recent years, because of their antimicrobiana properties and because... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:16Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-07-07Bitstream added on 2014-06-13T20:03:33Z : No. of bitstreams: 1 barbosa_mpm_dr_jabo.pdf: 358402 bytes, checksum: d85997fcfe0314483cdbbbf3d2c88ca2 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Estudos de associação baseados em desequilíbrio de ligação (DL) são importantes ferramentas para construção de mapas de ligação e utilização em programas de melhoramento assistidos por marcadores. Em geral, são utilizadas populações segregantes ou linhagens isogênicas para composição destes programas. Com o objetivo de comparar o desequilíbrio de ligação em linhagens duplo-haplóides (DH) e linhagens obtidas por meio de autofecundação, duzentas e quarenta e cinco linhagens – cento e setenta e cinco convencionais e setenta DHs – foram submetidas à análise de marcadores do tipo Single Nucleotide Polymorphism (SNP), utilizando-se mil duzentos e trinta e quatro marcadores distribuídos pelos dez cromossomos. O resultado da regressão entre as distâncias mostrou um R2 de 0,6546 para linhagens duplo-haplóides e uma equação de tendência logarítmica, sendo y= -0,024ln(x) + 0,159. Para as linhagens convencionais, o R2 foi de 0,5727, com a equação que explica a tendência, sendo y = -0,008ln(x) + 0,0659. Os dados de DL foram analisados individualmente, por cromossomo; e, assim como na análise conjunta, individualmente, todos os cromossomos tiveram o mesmo comportamento quando se comparam o DL de linhagens DH e os convencionais, sendo que os valores de DL nas linhagens DH foram em geral mais altos que nas convencionais. Os resultados indicam que, para a obtenção de linhagens DH, a recombinação ocorre em blocos maiores quando comparado com as linhagens convencionais. / Association studies based on linkage disequilibrium (LD) are important tools for linkage maps construction and to use in marker-assisted breeding programs. Typically, segregating populations or isogenic lines are used to compose them. With objective of compare the linkage disequilibrium on double haploid lines (DH) and lines obtained by self pollination (Conventional), two hundred and forty five inbred lines, where one hundred seventy five conventional and seventy DHs where submitted to the analysis of Single Nucleotide Polymorphism (SNP) molecular markers, using one thousand two hundred and thirty four markers random distributed over the ten chromosomes. The regression output among the distances showed R2 of 0.6546 for double haploids lines and one logarithmic trend equation, being y = -0.024ln(x) + 0.159 For conventional lines, R2 was 0.5727, with an equation that explains the trend, being y = -0.008ln(x) + 0.0659. LD data were analyzed by chromosomes individually and as such in the joint analysis, all individual chromosomes showed the same patternr when comparing the LD of DH lines versus conventional lines, being the LD of DH lines generally higher that the conventional lines. Results show that to obtain DH lines the recombination occurs in larger blocks when compared against the conventional lines.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:16Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2006-05-15Bitstream added on 2014-06-13T20:23:22Z : No. of bitstreams: 1 moreira_rfc_dr_jabo.pdf: 545090 bytes, checksum: 6b6b5062d2bd5f7bc8ff1ca523e6a689 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado da Bahia (FAPESB) / Comon Fund For Comidities, International Cocoa Organization / Vassoura-de-bruxa e podridão de Moniliophthora, causadas pelos fungos Crinipellis perniciosa e Moniliophthora roreri, respectivamente, são as doenças de maior impacto econômico da cultura do cacau e estão presentes na maioria dos países produtores do Continente Americano. Evidências biológicas e moleculares comprovam que estes fitopatógenos estão intimamente relacionados. O uso de resistência genética através de dones resistentes de cacaueiro, é a medida mais eficiente no controle destas doenças. O conhecimento sobre as populações destes fungos é importante na geração de informações para o programa de melhoramento genético do cacau visando resistência. Marcadores moleculares RAPO e SSR foram usados para analisar a estrutura genética de populações destes fitopatógenos. No geral, as populações do Brasil, Equador, Peru e Trinidad agruparam-se de acordo com o país de origem, apresentando maior variabilidade dentro e não entre países, com presença de subpopulações. A população do Brasil apresentou maior diversidade genotípica em comparação com as demais. A transferibilidade de pares de primers SSR de C. perniciosa para M. roreri foi satisfatório. Populações de M. roreri do Equador e Peru apresentaram alta diferenciação genética interpopulacional, sendo que a do Peru apresentou maior variabilidade. / Witches' broom and fresty pod hot, caused by Crinipellis perniciosa and Moniliophthora roreri, are the most important disease of cacao in the American Continent. Biological and molecular data have shown that these pathogen are closely related. Resistance is the most efficient method to control these diseases. Therefore, information about the population structure of these cacao pathogen are important to support the breeding programo Molecular markers such as RAPD and SSR were used to analyzed the genetic structure of C. perniciosa and M. roreri frem the American Continent. Populations of C. perniciosa clustered according to their country of origin, with more variability within than between countries, revealing the presence of subpopulations. C. perniciosa Brazilian populations presented higher genotypic diversity than C. perniciosa from other countries. The transferability of C. perniciosa-SSR to M. roreri was positive. On the contrary, high interpopulation variability was observed between Ecuador and Peru, being M. roreri from Peru much more diverse than Ecuador.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:26Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-01-22Bitstream added on 2014-06-13T20:03:59Z : No. of bitstreams: 1 haber_ll_dr_botfca.pdf: 866192 bytes, checksum: f6d9dede11b30cda861174dc04f042d3 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Atualmente, Lychnophora pinaster, encontra-se classificada na categoria de plantas vulneráveis, ou seja, os “taxa” cujas populações encontram-se em risco de extinção. Suas folhas e flores são aromáticas e utilizadas na medicina popular sob a forma de extrato alcoólico, como antinflamatório, anestésico e cicatrizante. O presente estudo objetivou realizar a caracterização genética, via marcador molecular microssatélite, e a química dos óleos essenciais de populações de Lychnophora pinaster Mart, visando sua preservação, uso sustentável e estudos futuros de melhoramento genético vegetal. Para tal, foram amostradas quatro populações da espécie coletadas no Estado de Minas Gerais. O estudo da variabilidade populacional realizou-se pela análise de polimorfismo do DNA com marcadores microssatélite e a química, por meio da análise da composição química dos óleos essenciais das folhas das populações nativas e cultivadas. Os óleos essenciais foram extraídos por hidrodestilação e analisados em cromatógrafo a gás acoplado a espectrômetro de massas (Shimadzu, QP-5000). Pelo agrupamento UPGMA, as populações nativas foram divididas em dois grupos, sendo um composto por Estrada Real, Estrada Real 1 e Antena, e o outro representado por Poço Bonito. Pela análise de componentes principais, quimicamente as populações foram, também, divididas em dois grupos, um composto por Estrada Real, Estrada Real 1 e Poço Bonito, tendo como principal constituinte do óleo essencial o trans-cinamato de metila, e, o outro, representado pela população Antena, tendo como o outro principal constituinte o cedr-8-(15)-en-9-alfa-ol. As populações quando cultivadas não tiveram diferenças no perfil químico, tendo como constituinte majoritário o trans-cinamato de metila... / Currently, Lychnophora pinaster is considered an endangered species, that is, it belongs to the taxa whose native populations are risking extinction. Its leaves and flowers are aromatic and used in popular medicine in the form of alcohol extracts as anti-inflammatory, anesthetic and curative agent in wounds. Therefore, the present study aimed to characterize the genetic diversity, using microsatellite molecular markers, and the chemical composition of the essential oil from Lychnophora pinaster Mart populations, so that it can be preserved, sustainably used and be incorporated into further studies of genetic breeding. In order to do so, four native populations of the species were sampled from the state of Minas Gerais. Population variability studies were performed by DNA polymorphism analyses using microsatellite molecular markers and the chemical characterization was performed by analyzing the composition of the essential oil from leaves obtained from native and cultivated populations. Essential oils were extracted by hydro-distillation and analyzed by gas-chromatography mass spectrometry (Shimadzu, QP- 5000). The native populations formed two clusters by UPGMA grouping; one of them consisting of the populations from Estrada Real, Estrada Real 1 and Antena, and the other one consisting of the population from Poço Bonito. Chemically, the populations were also clustered in two groups according to the major compounds analyses; the first one comprising Estrada Real, Estrada Real 1 and Poço Bonito, that had methyl trans-cinnamate as major compound and the second one, represented by Antena population that had cedr-8- (15)-en-9-alpha-ol as major component...(Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:35:16Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-08-21Bitstream added on 2014-06-13T19:05:39Z : No. of bitstreams: 1 meirelles_pg_dr_ilha.pdf: 1411977 bytes, checksum: 5e98833e6663281a5679d9c3fdce408f (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / O sucesso nos programas de melhoramento genético de milho depende da identificação de genitores com boa capacidade de combinação para a produção de híbridos e também da conservação da variabilidade genética do germoplasma. Os marcadores moleculares são ferramentas da genética molecular, muito empregados em avaliações de diversidade e distância genética, uma vez que possibilitam a identificação de variações diretamente nos genótipos. A maioria dos trabalhos que utilizam a distância genética para predição de híbridos simples tem sido conduzida com germoplasmas de clima temperado. Entretanto, os germoplasmas tropicais normalmente apresentam maior variabilidade genética, o que gera dificuldades na alocação de suas linhagens em grupos heteróticos bem definidos, baseando-se apenas na divergência de caracteres fenotípicos. Assim o presente trabalho objetivou avaliar, por meio de marcadores microssatélites, a diversidade genética em 40 linhagens de milho, oriundas dos compostos Dentado e Flintisa. Objetivou-se também, comparar o sistema de predição dos híbridos simples interpopulacionais por meio das distâncias genéticas estimadas a partir de marcadores microssatélites com a predição por meio da capacidade geral de combinação das linhagens, obtida por meio de um dialelo parcial circulante. Foram genotipados 18 locos microssatélites em 20 linhagens do composto Dentado e 20 linhagens do composto Flintisa. Verificou-se ocorrência de diversidade genética nos dois grupos de linhagens, sendo polimórficos todos os 18 locos SSR, com um total de 117 alelos. O número de alelos por loco variou de 3 (phi059) a 13 (phi299852), com média de 6,5. A heterozigosidade esperada variou de 0,51 a 0,85, com média de 0,70, enquanto que a heterozigosidade observada variou de 0,00 a 0,16, com média de 0,06. Todos os locos apresentaram desvios significativos do Equilíbrio... / The success in the maize breeding programs depends on the identification of inbred lines with good combining ability for hybrids production and also on the conservation of germplasm genetic variability. The molecular markers are tools of the molecular genetics, largely used in diversity and genetic distance evaluations, that make possible the identification of variations directly in the genotypes. Most of the works that use the genetic distance for single-cross hybrid prediction has been made with temperate germplasms. However, the tropical germplasms usually present larger genetic variability, what generates difficulties in the allocation of their inbred lines in well defined heterotic groups, just basing on the divergence of phenotypic traits. Like this the present work aimed at to evaluate, through microsatellite markers, the genetic diversity in 40 maize inbred lines derived from the Dentado and Flintisa composites. It was also aimed at to compare the system of interpopulational single-cross hybrids prediction through the estimated genetic distances from microsatellite markers with the prediction through the general combining ability of the inbred lines, obtained through a partial circulant diallel. Were genotyped 18 microsatellite loci in 20 inbred lines of Dentado composite and 20 lines of Flintisa composite. Genetic diversity was verified in the two groups of inbred lines, being polymorphic all the 18 SSR loci, with a total of 117 alleles. The alleles number per locus varied from 3 (phi059) to 13 (phi299852), with average of 6.5. The expected heterozygosity varied from 0.51 to 0.85, with average of 0.70, while the observed heterozygosity varied from 0.00 to 0.16, with average of 0.06. All the loci presented significative deviation from Hardy-Weinberg Equilibrium, for excess of homozygotes, with fixation indexes varying from 0.83 to 1.00, confirming the maximum inbreeding level... (Complete abstract click electronic access below)

A doença vassoura-de-bruxa do cacaueiro (Theobroma cacao), causada pelo basidiomiceto Crinipellis perniciosa, levou a total destruição da lavoura sul-baiana, previamente cultivada principalmente com variedades altamente suscetíveis, tornando o Brasil, um país tipicamente exportador de cacau em importador em poucos anos. A perda da resistência do genótipo ?Scavina 6?, única fonte de resistência reconhecida contra C. perniciosa, está associada à variabilidade genética do patógeno. Diante disto, o objetivo deste estudo foi caracterizar a diversidade genética de isolados de C. perniciosa derivados de tecido infectado de Theobroma cacao (vassoura vede), originalmente coletados na Amazônia (Amazonas, Pará e Rondônia), uma região de ocorrência endêmica do fungo, usando marcadores moleculares. A identificação de relações genéticas entre isolados amazônicos e da Bahia e a possível existência de isolados geográficos também foram objetos deste trabalho. Primeiramente, a confirmação de identidade dos isolados Amazônicos foi conduzida usando amplificação e digestão da região ITS do rDNA e marcadores teloméricos. Todos os isolados avaliados foram confirmados como C. perniciosa. O primer telomérico TeloC1, previamente apresentado para discriminar o biótipo C, permitiu a separação do biótipo C dos biótipos S e L, porém, revelou variabilidade genética nos isolados de Cametá, PA e Cacaulândia, RO. Usando marcadores telomérico amplificado com o primer TeloA1R e ERIC, uma grande diversidade foi encontrada para os isolados da Região Amazônica em comparação àqueles da Bahia. Dentro dos isolados Amazônicos, a maior diversidade foi detectada para os isolados de Rondônia (Ji-Paraná, Cacaulândia e Ariquemes) e Pará (Cametá), áreas com 11 ocorrência endêmica ou de instalação histórica (mais de 300 anos) do cacaueiro, respectivamente. Isolados coletados em municípios localizados na regiãoTransamazônica, tais como Anapú, Altamira, Brasil Novo, Medicilândia e Uruará apresentaram maior similaridade com aqueles de Santarém e municípios relacionados à Belém, como Cametá, Baião e Mocajuba. Estes resultados sugerem que isolados da região Transamazônica pode ter sido originados de Belém ou Santarém, Pará. Na Bahia, houve a formação de dois grupos de isolados como previamente demonstrado. Os marcadores moleculares Microssatélites, ERIC e teloméricos foram eficientes na detecção da variabilidade genética em C. perniciosa. A diversidade genética observada auxiliará na identificação e escolha de regiões com maior diversidade de isolados para serem usados na seleção para resistência à vassoura-de-bruxa em programas de melhoramento do cacau / Witches broom disease of cacao (Theobroma cacao L.), caused by the basidiomycete Crinipellis perniciosa, devastated the producing region of Southern Bahia, previously cultivated mainly with highly susceptible cultivars, forcing Brazil, a typical exporter country to become a cocoa importer. The loss of resistance of the genotype ?Scavina 6?, the unique source of resistance against C. perniciosa has been associated with pathogen genetic variability. Thus, the objective of this study was to characterize the genetic diversity of C. perniciosa isolated derived from infected tissues of T. cacao (green-brooms), originally collected in the Amazon (Amazonas, Pará and Rondônia states), a region with endemic occurrence of the fungus, using molecular markers. The identification of the genetic relationships among the Amazonian and Bahian isolates, and the possible existence of geographical isolates were also objectives of this work. First, the identification confirmation of the Amazonian isolates was conducted using amplification and digestion of the ITS region of the rDNA and telomeric markers. All isolates evaluated were confirmed as C. perniciosa. The telomeric primer TeloC1, previously shown to discriminate the C biotype, allowed the separation of biotype C from biotypes S and L, but it revealed genetic diversity for isolates from Cametá, PA and Cacaulândia, RO. Using another telomeric marker amplified with TeloA1 primer and ERIC, a large genetic diversity was detected for isolates from the Amazon in comparison to Bahian. Within the Amazonian isolates, more diversity was detected for isolates from Rondônia (Ji-Paraná, Cacaulândia and Ariquemes) and Pará (Cametá), areas with endemic occurrence of wild cacao or historical introduction and cultivation (over 300 years), respectively. Isolates colletected at the Transamazônica roadway, such as from Anapú, Altamira, Brasil Novo, Medicilândia and Uruará presented more similarity with those from Santarém and locales nearer to Belém, such as Cametá, Baião and Mocajuba. These results suggested that isolates from the Transamazônica region might have originated from Belém or Santarém, Pará. In Bahia, there were two groups of isolates as previously demonstrated. Microsatellite, ERIC and telomeric markers were efficient in detecting the genetic variability of C. perniciosa. The genetic diversity observed will help in identifying and choosing regions with more diverse isolates to be used to screen for witches? broom resistance in cacao breeding programs

Submitted by Alison Vanceto (alison-vanceto@hotmail.com) on 2017-02-06T11:13:07Z No. of bitstreams: 1 DissPFMC.pdf: 4800471 bytes, checksum: 74835d4fcfc7ca47be3c875080c89712 (MD5) / Approved for entry into archive by Camila Passos (camilapassos@ufscar.br) on 2017-02-08T12:03:44Z (GMT) No. of bitstreams: 1 DissPFMC.pdf: 4800471 bytes, checksum: 74835d4fcfc7ca47be3c875080c89712 (MD5) / Approved for entry into archive by Camila Passos (camilapassos@ufscar.br) on 2017-02-08T12:08:06Z (GMT) No. of bitstreams: 1 DissPFMC.pdf: 4800471 bytes, checksum: 74835d4fcfc7ca47be3c875080c89712 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-08T12:09:02Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DissPFMC.pdf: 4800471 bytes, checksum: 74835d4fcfc7ca47be3c875080c89712 (MD5) Previous issue date: 2016-06-03 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Particular biological features of different bee groups can affect how a certain area will be occupied by them and this can affect directly the genetics of their populations over the long term. In Brazil, there are few studies about gene variation and genetic structure of bee natural populations, as well as on the genetic differentiation levels between eusocial bee populations. The Partamona genus comprises 33 species, distributed from Southern Mexico to Southern Brazil. Partamona ailyae, the model species of this study, occurs in rainforests of Southwestern Amazonia, Central Brazil and xeric regions of Piauí. Its wide distribution, as well as the ability to occupy such heterogeneous environments, piqued our interest to take P. ailyae as a study model. This work aimed to analyze the occupation process at the P. ailyae occurrence sites, population genetics and interpopulational gene flow, and the natural history of this species. Eight expeditions were carried out, and 41 localities of 10 states of Brazil were visited. Among them, active colonies of P. ailyae were found only in 17 localities, being collected specimens of 75 nests. To identify the mitochondrial lineages present in the sampled colonies, five gene regions were used (COI, CytB, 12S, 16S and COI-COII). Estimates of polymorphism levels showed COI and CytB as the most variable regions (11 and seven haplotypes, respectively). For the ribosomal genes, only a few samples were analyzed, because few differences were identified among the sequences. All the 31 samples analyzed for the 12S showed a five bases insertion starting from the position 25 of the sequence, a result not observed in other Partamona species. The most informative genes (COI and CytB) had their sequences concatenated (1114pb). For these regions, 13 haplotypes were observed, two of them were shared and 11 characterized as exclusive of localities. The AMOVA showed that 94.3% of the gene variation is due to interpopulacional differences, revealing a high differentiation among the populations (ΦST = 0.9426; P = 0.000). In addition, one individual from each colony was analyzed for eight heterologous microsatellite loci designed from Melipona bicolor and Partamona helleri. A moderate and statistically significant XIV interpopulational genetic differentiation (ΦST = 0.1491; P = 0.000) was found. The cluster analysis identified four groups by ΔK as the ideal model, and STRUCTURE software showed that all individuals could belong to more than one group, corroborating the “Assignment test”, which indicated that only 50% of the samples were correctly assigned to their original population. Phenotypic segregation analysis was realized in some offsprings, revealing a monoginic/monandric familial structure. From the mitochondrial data, the Mantel test showed a significant correlation between genetic distance and geographic distance (r = 0.2589; P = 0.0231), whereas on basis of the nuclear data, the Mantel test did not indicate significant correlation between genetic distance and geographic distance (r = 0.2090; P = 0.0610). Fu’s Fs and R2 tests did not show significant values. The Bayesian Skyline Plot analysis (BSP) did not show significant fluctuations in the effective size populations of P. ailyae, indicating population stability over time. The values of ΦST estimated for mitochondrial genes and microsatellites were compared, being detected evidence of sex-asymmetric dispersal, in which females are responsible for the areas occupation, and males constitute the disperser sex. In addition, some relevant aspects of the natural history of P. ailyae are shown. / Características inerentes à biologia dos diferentes grupos de abelhas podem afetar como uma determinada área será ocupada e isso pode influenciar diretamente a genética de suas populações no longo prazo. No Brasil, poucos são os estudos que tratam da variabilidade e estrutura genéticas das populações naturais de abelhas, assim como os níveis de diferenciação entre as populações de abelhas eussociais. O gênero Partamona compreende 33 espécies descritas, distribuídas do sul do México ao sul do Brasil. Partamona ailyae ocorre nas matas úmidas do sudoeste da Amazônia, região central do Brasil e regiões xéricas do Piauí. A sua grande distribuição, bem como a capacidade de ocupar ambientes tão heterogêneos, despertou nosso interesse em utilizar P. ailyae como modelo de estudo. O objetivo deste trabalho foi analisar o processo de ocupação nos diversos sítios de ocorrência de P. ailyae, a genética de suas populações e o fluxo gênico interpopulacional; adicionalmente, conhecer um pouco da história natural da espécie. Foram realizadas oito expedições, sendo visitadas 41 localidades de 10 estados brasileiros. Dentre estas localidades, em apenas 17 foram encontradas colônias ativas de P. ailyae, sendo coletados espécimes de 75 ninhos. Para identificar as linhagens mitocondriais presentes nas localidades amostradas, cinco regiões gênicas foram utilizadas (COI, CytB, 12S, 16S e COI-COII). Os níveis de polimorfismo estimados neste estudo mostraram COI como a região mais variável (11 haplótipos), seguido de CytB (sete haplótipos). Para os genes ribossomais, apenas algumas amostras foram analisadas, pois foram identificadas poucas diferenças entre as sequências. Todas as 31 amostras analisadas para o gene 12S apresentaram repetição/inserção de cinco bases a partir da posição 25 da sequência, resultado não observado nas demais espécies de Partamona analisadas. Os genes que forneceram maiores informações (COI e CytB) tiveram suas sequências concatenadas (1114pb) e para estas regiões, foram observados 13 haplótipos; destes, dois foram compartilhados e 11 caracterizados como exclusivos de localidades. A AMOVA demonstrou que 94,3% da variação genética é resultado de diferenças interpopulacionais, revelando uma XII elevada diferenciação entre as populações analisadas (ΦST = 0.9426; P = 0,000). Além disso, um indivíduo de cada colônia foi analisado para oito locos microssatélites, delineados para Melipona bicolor e Partamona helleri. As populações apresentaram moderada diferenciação interpopulacional (ΦST = 0,1491; P = 0,000). A análise de agrupamento identificou quatro grupos por meio do ΔK como sendo o modelo ideal, e através do STRUCTURE, foi verificado que todos os indivíduos das respectivas populações têm probabilidade de pertencer a mais de um grupo, corroborando o “Assignment test”, o qual indicou que apenas 50% das amostras foram corretamente identificadas à sua população de origem. Foi realizada análise da segregação fenotípica nas progênies de vários ninhos, revelando uma estrutura familial monogínica/monândrica. Para os dados mitocondriais, o teste de Mantel mostrou uma correlação significativa entre distância genética e distância geográfica (r = 0,2589; P = 0,0231). Já para os dados nucleares, esse teste não indicou correlação significativa entre as distâncias genéticas e geográficas (r = 0,2090; P = 0,0610). Os testes de Fs de Fu e R2 não apresentaram valores significativos. Na análise do Bayesian Skyline Plot (BSP), não foram observadas oscilações marcantes no tamanho efetivo das populações de P. ailyae, indicando estabilidade populacional ao longo do tempo considerado. Os valores do ΦST estimados para genes mitocondriais e para os microssatélites foram comparados, sendo detectadas evidências de dispersão sexo-assimétrica, em que as fêmeas são as responsáveis pela ocupação de áreas, e os machos constituem o sexo dispersor. Além disso, são apresentados alguns aspectos relevantes da história natural de P. ailyae.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:42:02Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 817034 bytes, checksum: e19a7e5d7a733a860d03574c6f2a7ab2 (MD5) Previous issue date: 2008-03-17 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Sugarcane is one of species more cultivated in whole world, reaching more than 80 countries. With the biotechnological progresses, important tools appear for genetic breeding of cane. The production of transgenic plants is very important for clonal propagation species as sugarcane. But plant transformation is dependent of in vitro cultivation and, among their techniques it is somatic embryogenesis, the object of present study. For embryogenesis induction were evaluated effects of growth regulator 2,4-D in followed concentrations: 0, 1, 3, 6 and 9 mg.L-1. During multiplication was tested 1, 3 and 6 mg.L-1 of 2,4-D. In maturation and germination of callus were evaluated presence and absence of light, and the presence or sucrose absence in the medium of cultivation. It was verified that the conditions of the plant in field affect the surface sterilization process directly. The auxin is very important for embryogenic callus induction, however there wasn t significant difference among different concentrations of growth regulator. During the multiplication it was observed that the interaction among 2,4-D and the genotype was significant. Therefore, it was made the unfolding of analysis. The 3 mg.L-1 of 2,4-D treatment was the most efficient for callus multiplication of clone RB835486. In the clones RB855536 and RB928064 the multiplication of embryogenic callus was inversely proportional to the concentration of 2,4- D in the medium. The presence or sucrose absence in the culture medium didn't influence the germination of the somatic embryos significantly. The same was observed in the callus that were maintained under light (clear) or in the darkness during the 30 days of cultivation. In spite of the limited number of regenerate plantlets, the process of plantlets acclimatization was made with success, because 59% of survivors were obtained. / A cana-de-açúcar é uma das espécies mais cultivadas em todo o mundo, abrangendo mais de 80 países. Com os avanços biotecnológicos surgem importantes ferramentas para o melhoramento genético desta espécie. Dentre as principais técnicas, está a transgenia que é de suma importância para espécies de propagação clonal como a cana-de-açúcar. Ressalta-se que a transgenia é dependente do cultivo in vitro que por sua vez apresenta como possibilidade a embriogênese somática, objeto do presente estudo. Para a indução da embriogênese, avaliaram-se os efeitos do regulador de crescimento 2,4-D nas concentrações de 0, 1, 3, 6 e 9 mg L- 1. Durante a multiplicação, testou-se 1, 3 e 6 mg L-1 de 2,4- D. Na maturação e germinação, foram avaliadas a presença e ausência de luz (irradiância), além da presença ou ausência de sacarose no meio de cultura. A auxina é fundamental para a indução de calos embriogênicos, contudo não houve diferença significativa nas concentrações utilizadas do regulador de crescimento. Durante a fase de multiplicação, observou-se que a interação entre o 2,4-D e as cultivares foi significativa. Logo, procedeu-se o desdobramento da análise, onde 3 mg L-1 de 2,4-D foi o tratamento mais eficiente para a multiplicação de calos da cultivar RB835486. Nas cultivares RB855536 e RB928064 houve uma relação inversa entre a concentração do regulador de crescimento e a expansão dos calos em milímetros. A presença ou ausência de sacarose no meio de cultura não influenciou significativamente a germinação dos embriões somáticos. O mesmo foi observado nos calos que foram mantidos sob o fotoperíodo de 16 horas- luz (claro) ou no escuro durante os 30 dias de cultivo. Apesar do limitado número de plântulas formadas, o processo de aclimatação das mesmas foi feito com sucesso, alcançando 59% de sobrevivência.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:42:03Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 444522 bytes, checksum: df57910ccf72ef305b551b15dc693170 (MD5) Previous issue date: 2007-12-19 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / In the improvement programs of soybean the cultivars, before being planted, are evaluated in several places and at least through two years for the decision about its indication be taken. The increases in the registration of new cultivars in Brazil and in the world are obligating researchers to utilize information about the genetic diversity to take the correct decision in its improvement program. This work had as objectives evaluate the stability and adaptability of the yielding of beans of elite s lineages of the Soybean Genetic Improvement Program of Universidade Federal de Viçosa, utilizing different methods of adaptability and stability, quantifying the genetic contribution of old cultivars in recent cultivars which present any ancestry, selecting a set of microsatellites primers capable of differentiate 21 cultivars, obtaining information about the diversity for the utilization in the improvement, performing the association of the estimated diversity based in phenotypic, genealogic and molecular markers information and estimate the genetic distance among the 21 cultivars. The tests about the study of the stability and adaptability were conduced in five different environments and in two agricultural years. The following methodologies were utilized: Ebehart and Russell method, Annicchiarico method, Lin and Binns method, and the centroid method. For the study about diversity it were utilized 21 cultivars from different improvement programs, adapted to different regions of Brazil and of the world and with different periods of planting. A total of 41 micro-satellites markers were utilized in the work. Matrices of dissimilarities utilizing kinship coefficient, phenotypic and molecular values were obtained. For the performing of the grouping analyses it was utilized the UPGMA method and the optimization Tocher method. The cultivars of the semi-late and late maturity groups Monarca, UFV01- 10533486B and UFV99-722F626 were the ones which presented wide adaptability and stability and the cultivars of the late maturity groups UFV99-8552093 and UFV91-651226 were the ones which presented good productivity, adaptability and stability for the environments in general. The 41 microsatellites markers utilized amplified a total of 106 alleles with an average of 2,52 alleles per locus and 37 of these presented itself as polymorphic. The estimative of the information of each microsatellite locus varied from 0 to 0,68 with an average of 0,38. The primers Satt 263, Satt 192, Satt 070 e Sct_189 were the ones which presented a higher polymorphism with 5, 4, 4 and 4 alleles per locus, respectively. The measurements of average dissimilarities of the cultivar pairs obtained by microsatellites markers was of 0,4 to 0,6 per coefficient of kinship around 0,8 to 1,0 and per phenotypic characters around 0,2 to 0,4. It was confirmed that within the group of cultivars utilized the genetic variability kept the same throughout almost 40 years of improvement. The combination of the 6 microsatellites primers Satt 192, Satt 263, Satt 070, Satt 100, Sat 108, and Satt 215 was possible differentiate the 21 cultivars. With the analyses of diversity performed it was possible affirm that amongst the cultivars considered as recent there is still a useful genetic variability to the improvement of plants and the cultivar Conquista was the one which presented the highest dissimilarity when combined with others. / Nos programas de melhoramento de soja as cultivares, antes de serem lançadas, são avaliadas em vários locais e por pelo menos dois anos para a tomada de decisão sobre a sua indicação. O aumento de registro de novas cultivares no Brasil e no mundo vêm obrigando pesquisadores a utilizarem informações a nível de diversidade genética para tomar a decisão correta em seu programa de melhoramento. Este trabalho teve como objetivos avaliar a estabilidade e adaptabilidade do rendimento de grãos de linhagens elites do Programa de Melhoramento Genético de Soja da Universidade Federal de Viçosa, utilizando diferentes métodos de adaptabilidade e estabilidade, quantificar a contribuição genética de cultivares antigas em cultivares recentes que apresentam alguma ancestralidade, selecionar um conjunto de primers microssatélites capazes de diferenciar 21 cultivares, obter informações de caráter de diversidade para a utilização no melhoramento, realizar associação da diversidade estimada com base em informações fenotípica, de genealogia e de marcadores moleculares e estimar a distância genética entre as 21 cultivares. Os ensaios para estudo de estabilidade e adaptabilidade foram conduzidos em cinco diferentes ambientes e em dois anos agrícola. As seguintes metodologias foram utilizadas: método de Ebehart e Russell, de Annicchiarico, de Lin e Binns e do Centróide. Para o estudo de diversidade foram utilizadas 21 cultivares provenientes de diferentes programa de melhoramento, adaptadas a diferentes regiões do Brasil e do mundo e com diferentes períodos de lançamento. Um total de 41 marcadores microssatélites foram utilizados no trabalho. Matrizes de dissimilaridade utilizando coeficiente de parentesco, valores fenotípicos e moleculares foram obtidas. Para a realização da análise de agrupamento foram utilizados os métodos de UPGMA e de otimização de Tocher. As cultivares do grupo de maturidade semitardio- tardio Monarca, UFV01-10533486B e UFV99-722F626 foram as que apresentaram ampla adaptabilidade e estabilidade e as cultivares do grupo de maturidade tardio UFV99-8552093 e UFV91-651226 foram as que destacaram em produtividade, adaptabilidade e estabilidade para os ambientes em geral. Os 41 marcadores microssatélites utilizados amplificaram um total de 106 alelos com uma média de 2,52 alelos por loco, sendo que destes 37 mostraram-se polimórficos. A estimativa da informatividade de cada loco microssatélite variou de 0 a 0,68 com uma média de 0,38. Os primers Satt 263, Satt 192, Satt 070 e Sct_ 189 foram os que apresentaram um maior polimorfismo com 5, 4, 4 e 4 alelos por loco, respectivamente. As medidas de dissimilaridade média dos pares de cultivares obtidas por marcadores microssatélites foi de 0,4 a 0,6, por coeficiente de parentesco em torno de 0,8 a 1,0 e por caracteres fenotípicos em torno de 0,2 a 0,4. Constatou-se que dentro do grupo de cultivares utilizado a variabilidade genética manteve a mesma ao longo de quase 40 anos de melhoramento. A combinação dos 6 primers microssatélites Satt 192, Satt 263, Satt 070, Satt 100, Satt 108 e Satt 215 foi possível diferenciar as 21 cultivares. Com as análises de diversidade realizadas foi possível afirmar que dentre as cultivares consideradas como recentes ainda existe uma variabilidade genética útil ao melhoramento de plantas e a cultivar Conquista foi a que apresentou a maior dissimilaridade quando combinada com as outras.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:42:07Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 334704 bytes, checksum: 88b0cef0d0e14e1c75e6e5e034dca776 (MD5) Previous issue date: 2008-02-26 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / The improvement programs have been concerned, more and more, with the development of productive varieties and with high protein content and oil. The use of molecular markers in studies of genetic mapping has been taking the identification of QTLs involved with the genetic control of several characteristics of interest in soybean, above all, productivity and protein content and oil of the grain. In spite of the considerable number of QTLs mapped for such characters available in the literature, it still exist limited and inconsistent information about the confirmation of these QTLs. This work had as objectives the identification of QTLs associated to protein content (PTN) and oil (OIL) and production components in soybean (weight of seeds for plant - WS; weigh of a hundred seeds - WH, number of nodules for plant - NN, number of seeds for plant - NS). The study of QTL mapping was permormed from 206 F2 individuals obtained of the crossing among the soybean line CS3035PTA276-1-5-2 (high protein and low oil content) and the variety UFVS2012 (low protein and high oil content). F3 plants were phenotypic evaluated for 11 characteristics of the soybean in an experiment that consisted of three repetitions or blocks, so that each F3 family was sowed in three repetitions. The results of the variance analyses and of the estimates of the genetic parameters of the characteristics indicated the existence of genetic variability in the population for the eleven characteristics at the level of significance of 1%. Besides, the existence of contrasts among the averages of the genitors was evidenced for most of the characteristics. With base in these results, the genetic potential of the population was confirmed for the study of QTL mapping. Forty eight microsatellite markers had his segregation assessed in the 206 F2 individuals. Were obtained nine linkage groups, formed by the grouping of 25 markers. The analyses of association of simple mark and simple and composed interval mapping were used to detect and to map genomic areas associated to the characteristics in subject. The analyses of QTL were driven by linkage group separately and addressed to the characteristics of the grain and to the production components, main focus of the work. Were identified four QTLs associated to the protein content in the linkage groups A1, D1a, G and I that explained among 6,24% and 18,94% of the phenotypic variation of the characteristic. Three QTLs for content oil were detected in the groups A1, I and O what explained among 17,26% and 25,93% of the variation of the characteristic. For production of grains were identified two QTLs in the linkage groups A1 and D1a that explained 12,32% and 9,03% of the phenotypic variation, respectively. In the linkage group A1 were still detected QTLs associated to the number of nodules by plant and number of seeds for plant. These QTLs explained 9,43% and 7,19% of the variation to these phenotypes, respectively. The population used in this work demonstrated great potential for the QTL mapping. And the considerable number of significant associations detected between markers and characteristics presupposes the existence of others QTLs that can be characterized by the analysis of more markers in certain areas. / Os programas de melhoramento têm se preocupado, cada vez mais, com o desenvolvimento de variedades produtivas e com altos conteúdos de proteína e óleo. A utilização de marcadores moleculares em estudos de mapeamento genético tem levado a identificação de QTLs envolvidos com o controle genético de diversas características de interesse em soja, sobretudo, produtividade e conteúdo de proteína e óleo do grão. Apesar do número considerável de QTLs mapeados para tais caracteres disponíveis na literatura, existe ainda informação limitada e inconsistente sobre a confirmação desses QTLs. Este trabalho teve como objetivos a identificação de QTLs associados a conteúdo de proteína (PTN) e óleo (OLEO) e componentes de produção em soja (peso de sementes por planta - PRO ; peso de cem sementes - PCS, número de vagens por planta - NVP, número de sementes por planta - NSP). O estudo de mapeamento de QTL foi realizado a partir de 206 indivíduos F2 obtidos do cruzamento entre a linhagem de soja CS3035PTA276-1-5-2 (alto teor de proteína e baixo teor de óleo) e a variedade UFVS2012 (baixo teor de proteína e alto teor de óleo). Plantas F3 foram avaliadas fenotipicamente para 11 características da soja em um experimento que constou de três repetições ou blocos, de forma que cada família F3 foi semeada em três repetições. Os resultados das análises de variância e das estimativas dos parâmetros genéticos das características indicaram a existência de variabilidade genética na população para as onze características ao nível de significância de 1%. Além disso, foi evidenciada a existência de contrastes entre as médias dos genitores para a maioria das características Com base nesses resultados, foi confirmado o potencial genético da população para o estudo de mapeamento de QTL. Quarenta e oito marcadores microssatélites tiveram sua segregação avaliada nos 206 indivíduos F2. Foram obtidos nove grupos de ligação, formados pelo agrupamento de 25 marcadores. As análises de associação de marca simples e mapeamento por intervalo simples e composto foram utilizadas para detectar e mapear regiões genômicas associadas as características em questão. As análises de QTL foram conduzidas por grupo de ligação separadamente e direcionadas as características do grão e aos componentes de produção, foco principal do trabalho. Foram identificados quatro QTLs associados ao conteúdo de proteína nos grupos de ligação A1, D1a, G e I que explicaram entre 6,24% e 18,94% da variação fenotípica da característica. Três QTLs para conteúdo óleo foram detectados nos grupos A1, I e O que explicaram entre 17,26% e 25,93% da variação da característica. Para produção de grãos foram identificados dois QTLs nos grupos de ligação A1 e D1a que explicaram 12,32% e 9,03% da variação fenotípica, respectivamente. No grupo de ligação A1 foram ainda detectados QTLs associados ao número de vagens por planta e número de sementes por planta. Estes QTLs explicaram 9,43% e 7,19% da variação para estes fenótipos, respectivamente. A população utilizada neste trabalho demonstrou grande potencial para o mapeamento de QTL. E o número considerável de associações significativas detectadas entre marcadores e características pressupõe a existência de outros QTLs que poderão ser caracterizados pela análise de mais marcadores em determinadas regiões.