Orientador: Dilermando Perecin / Coorientador: Gabriela Aferri / Coorientador: Mauro Alexandre Xavier / Banca: Ivan Antônio dos Santos / Banca: Gustavo Vitti Môro / Resumo: Os programas de melhoramento genético de cana-de-açúcar, na busca por novas cultivares, desenvolvem métodos e estratégias para acelerar a seleção nas fases iniciais de indivíduos superiores. Dentro deste contexto, o objetivo do presente trabalho consistiu na avaliação do uso de Mudas Pré-brotadas - MPB, nas fases iniciais do programa de melhoramento genético, como ferramenta para o aumento da taxa de multiplicação vegetativa. E, comparar os resultados de rendimento por área de três séries de hibridação, 2009/2010 e 2012, e de clones em validação na fase de ensaio Regional. Assim, espera-se um rápido aumento na quantidade de material propagativo, possibilitando partir de uma touceira na fase inicial para a instalação de ensaio na fase avançada do programa. Na série de hibridação 2012 do Programa Cana do Instituto Agronômico de Campinas, após a seleção massal dos genótipos superiores na Fase I priorizando indivíduos filhos de dois genitores de interesse, foi selecionado um grupo de genótipos e produzidas as MPB's para instalação de um ensaio na fase subsequente. Antes da primeira colheita, foram avaliados os parâmetros qualitativos como: porte, fechamento de entrelinha e fitossanidade. A partir dessa avaliação foram selecionados 5 genótipos (G1 - redução temporal, série 2012) para compor um agrupado de clones da fase intermediária de 17 genótipos (G2 - anos sucessivos de plantio de colmos, séries 2009 e 2010). Em seguida, foram produzidas as mudas para a instalação de Ensaio Re... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Sugarcane breeding programs, in the search for new cultivars, develop methods and strategies to accelerate selection in the early stages of higher individuals. In this context, the objective of this work was to evaluate the use of pre-budded seedlings - PBS, in the initial stages of the genetic improvement program, as a tool to increase the rate of vegetative multiplication. And, compare yield results by area of three hybridization series, 2009/2010 and 2012, and clones in validation in the regional testing phase. Thus, a rapid increase in the amount of propagation material is expected, making it possible to start from a clump in the initial phase for the test facility at the advanced stage of the program. In the 2012 hybridization series of the Cana Program of the Agronomic Institute of Campinas, after the mass selection of the superior genotypes in Phase I prioritizing individuals born to two parents of interest, a group of genotypes was selected and the PBS were produced for the installation of a test in the phase subsequent. Before the first harvest, the qualitative parameters were evaluated as: size, interlining closure and phytosanity. From this evaluation, 5 genotypes (G1 - temporal reduction, series 2012) were selected to form a group of clones of the intermediate phase of 17 genotypes (G2 - successive years of planting of stalks, 2009 and 2010 series). The seedlings were then produced for the installation of a Regional Trial in 4 locations, in a completely randomized block design, with 3 replicates, providing a greater uniformity in the experimental field installation. The use of PBS increased the evaluation area by 1,340% and reduce evaluation time. In the cane cycle of the Regional Trial there was no increment for the TSH attribute in the 2009 and 2010 series, and small gain in the series 2012. With highlig... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Dilermando Perecin / Coorientador: Mauro Alexandre Xavier / Coorientador: Marcos Guimarães de Andrade Landell / Banca: Ivan Antônio dos Anjos / Banca: Gustavo Vitti Môro / Resumo: Os programas de melhoramento de cana de açúcar, tem como objetivo principal gerar novos cultivares que sejam melhores adaptadas às condições edafoclimaticas a eles impostas, gerando ganhos em algum aspecto seja, em produtividade de colmos e açúcar por hectare, acúmulo de sacarose, sanidade, entre outros, aos produtores que os adotam. Sabendo disso e ciente da importância que a cana de açúcar representa para o Brasil, o presente trabalho compara diferentes métodos de seleção de famílias Blup relativo (Blup rel) e Blup sequencial Australiano (Blupseq) comparadas com a seleção Massal, aplicadas à primeira fase (Fs1) do programa de melhoramento, mantendo os comparativos junto a segunda fase (Fs2), em dois locais, Assis-SP e Ribeirão Preto-SP. Foram avaliados 65 famílias da série 2014 do programa de melhoramento genético do IAC Na primeira fase (Fs1), os ensaios foram instalados em dois blocos casualizados sendo cada unidade experimental constituída inicialmente por 96 indivíduos, avaliados no ciclo de cana soca. No experimento segunda fase (Fs2) foram avaliados no total 274 indivíduos em Ribeirão Preto e 217 em Assis. Os resultados do experimento primeira fase (Fs1) apontam similaridade entre os métodos avaliados, em Assis não foram observadas diferenças significativas entre os métodos, já em Ribeirão Preto os métodos Massal e Blupseq apresentaram as maiores concentrações de indivíduos superiores. No experimento segunda fase (Fs2), o método Blupseq apresenta as maiores concentraç... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The Sugar cane breeding programs have as main objective to generate new cultivars that are better adapted to the edaphoclimatic conditions imposed by them, generating gains in some aspect be it yield of stalks and sugar per hectare, accumulation of sucrose, health, among others, to the producers who adopt them. Knowing this and aware of the importance that sugar cane represents for Brazil, the present work compares different methods of selection of Relative Blup (Bluprel) and Australian Blupseq (Blupseq) compared to Massal selection, applied to the first phase (Fs1) of the breeding program, maintaining the comparatives next to the second phase (Fs2), in two locations, Assis-SP and Ribeirão Preto-SP. We evaluated 65 families from the 2014 series of the breeding genetic program the IAC. In the first phase (Fs1), the trials were installed in two randomized blocks, each experimental unit initially composed of 96 individuals, evaluated in the cane soca cycle. In the second phase experiment (Fs2), a total of 274 individuals were evaluated in Ribeirão Preto and 217 in Assis. The results of the first phase experiment (Fs1) show similarity between the evaluated methods, in Assis no significant differences were observed between the methods, whereas the Massal and Blupseq methods presented the highest concentrations of superior individuals in Ribeirão Preto. In the second phase experiment (Fs2), the Blupseq method presents the highest concentrations of higher individuals in both sites,... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Resumo: A idade ao primeiro parto (IPP) e a produtividade acumulada (PAC) são características utilizadas para avaliar o desempenho reprodutivo dos bovinos de corte. Com o objetivo de estudar a variação fenotípica destas características e as associações genéticas existentes com outras de interesse econômico, dados de animais do Programa de Melhoramento Genético da Raça Nelore (PMGRN - Nelore Brasil) foram utilizados para estimar, pelo método de máxima verossimilhança restrita, parâmetros genéticos e tendências genéticas de IPP e PAC. Análises bi-característica foram efetuadas entre IPP e PAC e entre estas e peso corporal das fêmeas corrigido para 365 (P365) e 450 (P450) dias de idade, e perímetro escrotal dos machos corrigidos para 365 (PE365), 450 (PE450), 550 (PE550) e 730 (PE730) dias de idade. As tendências genéticas de PAC e IPP foram favoráveis indicando que os critérios de seleção adotados nestas fazendas estão favorecendo estas características. As médias de herdabilidades estimadas para IPP e PAC foram de 0,03 e 0,19, respectivamente. A seleção baseada no P365 ou P450 visando melhorar a IPP seria mais eficiente do que a seleção direta para esta característica. A seleção com base na PAC poderá favorecer as fêmeas com maiores P365, P450 e menores IPP. Nestes rebanhos, o perímetro escrotal não está associado geneticamente a IPP e ao índice PAC. / Abstract: Age at First Calving (AFC) and Accumulated Productivity (ACP) are traits used to evaluate the reproductive performance of the beef cattle. The knowledge of the existing genetic relationships between these traits and those that respond to the selection can aid the selective process. Data of a Brazilian Nelore cattle breeding program were used to estimate via REML the genetic, phenotypic and environmental parameters as well as the genetic trends of AFC and ACP. Bi-trait analyses were performed between AFC and ACP and between these traits and the heifers’ body weight adjusted to 365 (W365) and 450 (W450) days of age, and the males’ scrotal circumference adjusted to 365 (P365), 450 (P450), 550 (P550) and 730 (P730) days of age. The genetic trends of the AFC and ACP were favorable, indicating genetic gains of -0.011 days per year for AFC and 0.1655 kg of weaned calves per year for ACP. The means of estimated heritabilities for AFC and ACP were 0.03 and 0.19, respectively. The indirect selection for AFC by W365 and W450 is more efficient than the direct selection. The estimated genetic correlations indicated that the heavier heifers at these ages were the ones that produced more kilograms of weaned calves per year and had earlier AFC. In these herds, the males’ scrotal circumference was not genetically associated with AFC and ACP. / Orientador: Danísio Prado Munari / Coorientadora: Cláudia Cristina Paro de Paz / Banca: João Ademir de Oliveira / Banca: Raysildo Barbosa Lôbo / Mestre

Orientador: Sandra Aidar de Queiroz / Coorientador: Roberto Carvalheiro / Banca: João Ademir de Oliveira / Banca: Patrícia Tholon / Resumo: No Brasil, são escassos os estudos referentes ao escore de condição corporal (ECC) de vacas de corte que, quando associado ao peso, têm impacto na produção de bezerros e na reprodução, pois reflete o balanço energético do corpo animal. Assim, o objetivo deste trabalho foi associar ECC com a prenhez de vacas Nelore e com o desempenho de seus produtos a desmama, bem como verificar se esta característica pode ser incluída nos critérios de seleção da raça Nelore. O ECC das vacas foi atribuído no diagnóstico de gestação ou no desmame, variando de 1 a 5. Por regressão logística, utilizando o método de seleção Stepwise, foram analisados os seguintes efeitos sobre o ECC: grupo de contemporâneos a desmama, peso e altura de garupa da vaca, ordem de parto, diagnóstico de gestação, histórico reprodutivo anterior à coleta do ECC, presença de bezerro ao pé e escores de C e P dos produtos a desmama. Na análise genética, elaborada usando-se inferência baeysiana, foram incluídos os mesmos efeitos anteriores, com peso e altura de garupa da vaca como co-variáveis, e acrescidos do efeito genético aditivo da vaca. Os resultados mostraram que vacas com ECC elevado emprenharam mais do que as de pior ECC, porém o desempenho dos seus bezerros foi inferior. Vacas multíparas foram mais pesadas e de escores mais magros (ECC 1 e 2). As correlações de Spearman entre ECC e suas fontes de variação foram, em sua maioria, de baixa magnitude. Os efeitos que mais explicaram a variação do ECC foram peso, grupo de contemporâneos e altura da garupa. A estimativa de herdabilidade do ECC foi igual a 0,22, com intervalo de credibilidade entre 0,13 e 0,31, valor de magnitude moderada, demonstrando a presença de ação gênica aditiva na determinação do ECC e que este pode ser utilizado como critério de seleção de vacas / Abstract: In Brazil few studies have been done on the body condition score (BCS) of beef cows. The knowledge of this score associated with body weight can produce an impact on calf production and cow's reproduction, because it reflects the energy balance of the animal body. The objective of this study was to associate BSC with pregnancy of cows and the performance of their calves at weaning, and to verify if this trait could be included as selection criteria. The BCS was recorded on pregnancy diagnosis or at weaning and ranged from 1 to 5. Applying logistic regression, using the Stepwise selection method, we analyzed the following effects on BSC: contemporary group at weaning, classes of weight and hip height of the cow, number of calvings, pregnancy diagnosis, reproductive history prior to collection BSC, the presence of calf and C and P score of calves at weaning. For the genetic analysis, performed using Baesyan inference, the same effects were considered, with weight and hip height as covariate, and also the genetic direct effect of the cow. The results showed that cows with higher BCS had better pregnancy rate than those with lower BSC, but the performance of their calves was worse. Multiparous cows were heavier and had leaner scores (BCS 1 and 2) than the primiparous ones. The Spearman rank correlation between BSC and their sources of variation were generally of low magnitude. Contemporary group, body weight and height of the cow were the effects that accounted for most of the variation of BSC. The heritability estimate of BCS was equal to 0.22 with credible interval ranging from 0.13 to 0.31, a moderate magnitude value that indicates the presence of additive genetic variation and that BSC can be used as selection criterion for cows / Mestre

Orientador: Fernando Sebastián Baldi Rey / Banca: Henrique Nunes de Oliveira / Banca: Maria Eugênia Zerlotti Mercadante / Resumo: A redução da idade ao primeiro parto (IPP) está diretamente ligada à eficiência e lucratividade da produção de carne bovina. Apesar da sua importância, as características ligadas à precocidade sexual das fêmeas, vêm sendo pouco utilizadas nos programas de melhoramento genético de gado de corte no Brasil, como consequência de sua baixa herdabilidade e baixo índice de seleção em fêmeas. O perímetro escrotal (PE) e a IPP são características de fácil mensuração e as mais importantes como indicadoras de idade à puberdade em bovinos. O peso ao sobreano (PS) assume importante papel no melhoramento genético por ser o peso mais próximo ao abate. Atualmente, no Brasil, são publicados vários sumários de touros para a raça Nelore, com diversas características de importância econômica, todos incluindo grandes conjuntos de dados de animais distribuídos em diversas regiões do país. Em gado de corte, não existem estudos de correlações genéticas dessas características sob interação genótipo-ambiente (IGA). O objetivo do presente trabalho foi verificar a importância da interação genótipo-ambiente sobre a IPP, PE e PS em bovinos da raça Nelore, usando normas de reação em modelos de regressão aleatória multicaracterística. Os dados foram colhidos em propriedades localizadas no Norte, Nordeste, Centro-Oeste, e Sudeste do Brasil que participam do Programa de Melhoramento Genético da Conexão Delta G. Os grupos ambientais (GAs) foram definidos em função dos animais nascidos na mesma fazenda e ano, do mesmo grupo de manejo (do nascimento ao sobreano) e do mesmo sexo para IPP, PE e PS. A média de ganho de peso pós-desmama foi utilizada como medida de gradiente ambiental. Para as análises de normas de reação foram utilizados polinômios lineares de Legendre regredidos sobre os GAs para modelar o efeito genético aditivo. Polinômios lineares de Legendre também ... / Abstract: Reducing the age at first calving (IPP) is directly linked to the efficiency and profitability of beef production. Despite its importance, the characteristics linked to early sexual activity in females, have been little used in breeding beef cattle programs in Brazil, as a consequence of its low heritability and low rate of selection in females. The scrotal circumference (PE) and IPP are easy to measure and the most important indicator of age at puberty in cattle. The yearling weight (PS) plays an important role in the genetic improvement to be the closest weight of slaughter weight. Currently, in Brazil, are published several summaries for Nelore bulls with various traits of economic importance, including all large data sets of animals distributed in various regions of the country. In cattle, there is no studies of genetic correlations of these traits on genotype-environment interaction (IGA). The objective of this study was to verify the genotype-environment interaction on the age at first calving, scrotal circumference and yearling weight in Nelore cattle, using multitrait random regression models. Data were collected on properties located in the North, Northeast, Midwest, and Southeast of Brazil participating in the Program for Genetic Improvement of Conexão Delta G. Environmental groups (AGs) were defined in relation to animals born in the same herd and year, management group (birth, weaning and yearling) and the same sex for IPP, PE and PS. The average gain after weaning weight was used as an environmental gradient. For the analysis of reaction norms linear Legendre polynomials regressed on GAs to model the additive genetic effects were used. Linear Legendre polynomials were used to model also fixed effect of the average population trend. The residual variances were modeled in homogeneous classes. The (co)variances were estimated using the software Wombat. The model for PE and PS included ... / Mestre

Orientador: Lucia Galvão de Albuquerque / Coorientador: Arione Augusti Boligon / Banca: Ricardo Vieira Ventura / Banca: Simone Cristina Méo Niciura / Banca: Henrique Nunes de Oliveira / Banca: Roberto Carvalheiro / Resumo: As características de crescimento são fundamentais ao melhoramento genético de bovinos de corte, pois estão diretamente relacionadas à economia do sistema. Recentes avanços tecnológicos possibilitaram a utilização de dados genômicos na avaliação de animais de produção. Objetivou-se com este estudo avaliar modelos para predição de valores genéticos a partir de dados genômicos, bem como a detecção de polimorfismos de DNA associados à características de crescimento de animais da raça Nelore. Para tanto, foram genotipadas 5.064 animais, utilizando-se SNPs de alta densidade Illumina Bovine HD assay (Illumina, SanDiego, CA, USA) e, após o controle de qualidade, foram utilizados 412.993 SNPs. No Capítulo 2, foram utilizados três modelos para estimação dos efeitos dos marcadores para as características de peso ao nascer (PN), ganhos em peso do nascimento à desmama (GND) e da desmama ao sobreano (GDS), altura ao sobreano (ALTS) e peso da vaca (PV): melhor estimador linear não viesado (GBLUP), BAYESCπ e Improved Bayesian least absolut shrinkage and selection operator (IBLASSO). Foram utilizados os valores genéticos desregredidos como pseudo-fenótipos. Os métodos Bayesianos foram os mais adequados para estimação dos efeitos dos SNPs e dos valores genômicos para as características estudadas. No Capítulo 3, aplicou-se o modelo ssGBLUP para estimar os efeitos de marcadores e associá-los às características PN, GND, GDS, ALTS e PV. Observaram-se associações com PN no BTA ("Bos taurus chromosomes") 14, com GND nos BTA 5 e 29, com GDS no BTA 11 e com ALTS no BTA 8, sendo destacados os genes TMEM68 (transmembrane protein 8B) associado ao PN e ALTS, XKR4(XK, Kell blood group complex subunit-related family, member 4) associado ao PN e NPR2 (natriuretic peptide receptor B) associado a ALTS / Abstract: Growth traits are fundamental to the genetic improvement of beef cattle, because they are directly related to the economy of the system. Recent technological advances have enabled the use of genomic data in the assessment of animals. The objective of this study was to evaluate models to predict breeding values from genomic data, and detection of DNA polymorphisms associated with growth traits in Nellore animals. Thus, it was genotyped 5,064 animals, using high-density SNPs Illumina Bovine HD assay (Illumina, San Diego, CA, USA), and after quality control 412,993 SNPs were used. In Chapter 2, three models were used to estimate the effects of markers for birth weight (BW), weight gains from birth to weaning (WGBW) and from weaning to yearling (WGWY), yearling height (YH) and cow weight (CW): better linear estimator not biased (GBLUP), BAYESCπ and Improved Bayesian least absolut shrinkage and selection operator (IBLASSO). Breeding values were desregressed and used as pseudo-phenotypes. Bayesian methods were the most suitable for estimating the effects of SNPs and genomic values for the studied traits. In Chapter 3, we applied the ssGBLUP model to estimate the effects of markers and associate them with BW, WGBW, WGWY, YH and CW. There were associations with BW in BTA ("Bos taurus chromosomes") 14, with WGBW in BTA 5 and 29, with WGWY in BTA 11 and YH in BTA 8, distinguishing the genes TMEM68 (transmembrane protein 8B) associated with BW and YH, XKR4(XK, Kell blood group complex subunit-related family, member 4) associated with BW and NPR2 (natriuretic peptide receptor B) associated with the YH / Doutor

Orientador: Lucia Galvão de Albuquerque / Coorientador: Fernando Sebastian Baldi Rey / Coorientador: Arione Augusti Boligon / Banca: Danísio Prado Munari / Banca: Roberto Carvalheiro / Banca: Luciana Correia de Almeida Regitano / Banca: Ricardo Ventura / Resumo: O consumidor tem se tornado mais exigente com relação a qualidade da carne, fatores como maciez, cor e sabor são as características mais requeridas. Pouco tem sido feito em relação à qualidade da mesma, pois essas características não são consideradas nos programas de avaliação genética para gado de corte no Brasil, por serem de mensuração difícil, alto custo, e por exigir o abate dos animais. Uma alternativa para inclusão destas medidas em programas de melhoramento pode ser o uso dos SNPs em estudos de associação e seleção genômica. Foram utilizados 1.875 animais machos da raça Nelore foram terminados em confinamento e abatidos em planta frigorífica comercial, com idade média de 731±81 dias. As amostras coletadas foram analisadas para maciez, lipídeos, marmoreio, coloração L* (luminosidade), a* (vermelha) e b* (amarela). Os animais foram genotipados com um painel de 777.962 SNPs (Illumina BovineHD Beadchip) e após o controle de qualidade restaram 1.634 animais com genótipos e 369.722 SNPs. No capítulo 2, três métodos de seleção genômica foram avaliados: GBLUP (assume distribuição normal com variância única para todos os efeitos de SNPs), BayesCπ (apresenta uma distribuição mista para os efeitos dos SNPs) e Bayesian Lasso (assume distribuição dupla exponencial para os efeitos dos SNPs). O fenótipo corrigido para os efeitos fixos (Yc) e o valor genético predito (EBV) foram utilizados como pseudo-fenótipos. Para a validação cruzada, a população foi dividida aleatoriamente em cinco grupos de tamanhos similares. Para comparar a habilidade de predição dos métodos foram calculadas: a correlação entre os valores genômicos (GEBV) e os fenótipos corrigidos e o valor da correlação dividido pela raiz quadrada da herdabilidade; a correlação entre GEBV e EBV; o coeficiente de regressão do GEBV sobre o fenótipo corrigido e do GEBV sobre o EBV. O EBV como pseudo-fenótipo foi mais acurado... / Abstract: Consumers have become stricter for higher quality meat and are seeking for traits such as tenderness, color and flavor. Few has been done for improving meat quality traits, due to the difficultness and high cost to measure, as well as to the necessity of culling animals. An alternative to inclusion of these measures in breeding programs may be the use of SNPs in association studies and genomic selection. Animals Nellore (1,875) were feedlot finished and slaughtered at commercial slaughterhouses were used, with an average age of 731 ± 81 days. The samples were analyzed for tenderness, lipid content, marbling, lightness (L*), redness (a*) and yellowness (b*). The animals were genotyped with a panel of 777,962 SNPs (IlluminaBovineHDBeadchip) and after quality control remained 1,634 animals with genotypes and 369,722 SNPs. In chapter 2, three genomic selection methods were evaluated: GBLUP (assumes normal distribution with variance only for all SNPs effects), BayesCπ (mixed distribution to the SNPs effects) and Bayesian Lasso (assumes double exponential distribution for SNPs effects). The adjusted phenotype for the fixed effects (Yc) and the estimated breeding value (EBV) were used as pseudo-phenotypes. For cross-validation, the population was randomly divided into five groups of similar sizes. To compare the predictive ability of the methods, the following procedures were used: correlation between the genomic values (GEBV) and the adjusted phenotypes and the correlation value divided by the square root of the heritability; correlation between EBV and GEBV; regression coefficient of the GEBV on adjusted phenotype and GEBV on EBV. The EBV as pseudo-phenotype was more accurate than the adjusted phenotype. The GBLUP showed better predictive ability for meat color. For the other traits, the Bayesian methodologies had higher predictive ability. Among the Bayesian methodologies, BayesCπ was more accurate than Lasso for all traits. In Chapter ... / Doutor

Orientador: Ricardo da Fonseca / Banca: Roberto Carvalheiro / Banca: Henrique Nunes de Oliveira / Banca: Francisco Ribeiro de Araujo Neto / Banca: Aldrin Viera Pires / Resumo: Os escores visuais são usados como critério de seleção com o objetivo de melhorar as características de carcaça. Estas características têm a particularidade de serem atribuídas com base em uma referência relativa, e não absoluta, o que pode trazer dificuldades na estimação de parâmetros e valores genéticos. Dada a importância dos escores, dois estudos foram conduzidos com os seguintes objetivos: 1) determinar se a forma de atribuir os escores, tem consequências na estimação de parâmetros e valores genéticos; e 2) identificar as regiões do genoma associadas com os escores de conformação, precocidade e musculosidade em bovinos da raça Nelore. Para o primeiro objetivo foi realizado um estudo de simulação, considerando populações com e sem seleção e três tamanhos de grupo de atribuição dos escores (10, 40 e 100 animais), as populações foram acasaladas ao longo de 12 gerações sobrepostas. A cada geração parâmetros e valores genéticos foram estimados usando um modelo de limiar. Os resultados indicaram que as estimativas de parâmetros e valores genéticos não são afetadas pela forma de atribuir os escores, entretanto os valores genéticos estimados são afetados pelo tamanho do grupo, sendo desejável a formação de grupos de avaliação superiores a 40 animais. Para o segundo objetivo foi realizado um GWAS usando dois modelos, BayesC e LASSO Bayesiano com duas classes de variáveis dependentes, o fenótipo dos escores e os valores genéticos desregredidos (dEBV). Nas análises foram utilizados 2873 registros de machos e fêmeas Nelore. Os animais foram genotipados com o painel BovineHD da Illumina, após o controle de qualidade restaram 309.865 SNPs. O critério de associação foi a porcentagem de variância genética explicada por janelas de 1 Mb de comprimento. Após as análises, o modelo BayesC foi o que se ajustou melhor aos dados, porque explicou uma maior proporção de variância fenotípica para... / Abstract: The visual scores are used as selection criteria in Brazilian cattle and aiming to improve the carcass traits. These traits have the particularity of being attributed depending on relative data and not on absolute references. This property could lead to difficulties in the estimation of genetic parameters and breeding values as well. Considering the importance of the visual scores, two studies were performed with the following objectives: 1) determine if the forms in which these scores are attributed have consequences in the genetic parameters and breeding values estimation, and, 2) identify regions of the genome that are associated with the scores of conformation, finishing precocity and muscling in Nellore cattle. For the first objective, a simulation study was conducted considering populations with and without selection, and three sizes of group attribution scores (10, 40 and 100 animals), these populations were mated for 12 overlapping generations. Genetic parameters and breeding values for each generation were estimated using a threshold model. The results indicate that the estimates of genetic parameters and breeding values are not affected by how the scores are attributed; however, the estimated breeding values are affected by the group size, being recommended the formation of evaluation groups more than 40 animals. For the second objective, a GWAS was conducted using BayesC and Bayesian LASSO models with two types of dependent variable. These variables were the phenotype and the deregressed breeding values (dEBV). In the analyses, a total of 2873 records of males and females from Nellore cattle were used. The animals were genotyped using the chip BovineHD of Illumina, after the quality control, a total of 309,865 SNPs were maintained. The association criterion was the proportion of genetic variance explained by 1 Mb genome windows. After the analyses, the BayesC model was the best fitted the data, as it explained a greater ... / Doutor

Orientador: Sandra Aidar de Queiroz / Coorientador: William Koury Filho / Coorientador: Marcos Eli Buzanskas / Banca: Roberto Carvalheiro / Banca: Patrícia Tholon / Resumo: Neste estudo, foram estimadas herdabilidades e correlações genéticas, fenotípicas e ambientais para as características estrutura, precocidade e musculosidade à desmama (ED, PD, MD) e ao sobreano (ES, PS e MS), peso padronizado aos 210 e 450 dias de idade (P210 e P450, respectivamente), idade ao primeiro parto (IPP), probabilidade de parto precoce (3P) e habilidade de permanência no rebanho (STAY) em bovinos da raça Nelore participantes de programa de melhoramento genético. O conjunto de dados utilizado foi composto por registros de 37.826 animais e pedigree contendo 88.213 animais. O método dos quadrados mínimos foi utilizado para definição de efeitos fixos considerados nos modelos de estimação de parâmetros. Foram testados quatro modelos de estimação, em análises uni-característica por meio do método da máxima verossimilhança restrita, sob modelo animal. Para as características mensuradas ao desmame, verificou-se a necessidade de inclusão dos efeitos genético materno e de ambiente permanente materno no modelo de estimação. Para as características medidas ao sobreano e características reprodutivas, o modelo foi composto pelo efeito aleatório genético direto de animal e residual. As estimativas dos parâmetros genéticos, ambientais e fenotípicos foram obtidas em análises uni e bi-características, por meio de análise bayesiana. Estimativas de herdabilidade média, obtidas por análises bi-característica, foram iguais a 0,28, 0,30, 0,27 e 0,28, para ED, PD, MD e P210, respectivamente. Para as características mensuradas ao sobreano, as estimativas médias de herdabilidade variaram entre 0,40 e 0,37 (ES), 0,44 e 0,42 (PS), 0,39 e 0,37 (MS) e 0,50 e 0,48 (P450). As características medidas em diferentes idades (desmame e sobreano) apresentaram altas correlações genéticas, sendo iguais a 0,96 entre ED e ES, PD e PS e P210 e P450; e 0,94 entre MD e MS. As herdabilidades das características reprodutivas foram... / Abstract: The aim of this study was to estimate the heritability and the genetic, phenotypic and environmental correlations for visual scores (structure, precocity and musculature at weaning and yearling), body weight at 210 and 450 days of age, age at first calving, heifer pregnancy and stayability in Nelore beef cattle participating in a breeding program. The data set consisted on information of 37,826 animals and 88,213 animals in the pedigree. The least square method was used to define the fixed effects for parameters estimation. For traits measured at weaning, four estimation models were tested using single-trait analysis, by means of the restricted maximum likelihood method, using the animal model. Was considered additive and residual random effects (Model 1); additive, maternal and residual random effects (Model 2); additive, maternal permanent environment and residual random effects (Model 3); and additive, maternal, maternal permanent environment and residual random effects (Model 4). Model 1 was used for yearling and reproductive traits. The genetic parameters were determined by single and two-trait analyses using Bayesian methodology. Estimates of average heritability obtained in two-trait analyses, were equal to 0.28, 0.30, 0.27, and 0.28, for structure, precocity and musculature at weaning and body weight at 210 days of age. For yearling traits, the average heritability estimates varied from 0.40 to 0.37 (structure), 0.44 to 0.42 (precocity), 0.39 to 0.37 (musculature), and 0.50 to 0.48 (body weight at 450 days of age). The traits measured at different ages (weaning and yearling) had high genetic correlation: 0.96 for structure, precocity and weight, and 0.94 for musculature. The mean heritability estimate for IPP, 3P and STAY were equal to 0.18, 0.38 and 0.20, respectively. The genetic correlations between visual scores and reproductive traits were favorable, indicating that when selecting animals of greater weight and higher ... / Mestre

Orientador: Lucia Galvão de Albuquerque / Coorientador: Daniel Gustavo Mansan Gordo / Banca: Lenira El Faro Zadra / Banca: Ricardo Vieira Ventura / Banca: Danisio Prado Munari / Banca: Gerardo Alves Fernandes Júnior / Resumo: O melhoramento genético animal visa melhorar a produtividade econômica das futuras gerações de espécies domésticas por meio da seleção. A maioria das características de interesse econômico na pecuária é de expressão quantitativa e complexa, isto é, são influenciadas por vários genes e afetadas por fatores ambientais. As análises estatísticas de informações de fenótipo e pedigree permite estimar os valores genéticos dos candidatos à seleção com base no modelo infinitesimal. Uma grande quantidade de dados genômicos está atualmente disponível para a identificação e seleção de indivíduos geneticamente superiores com o potencial de aumentar a acurácia de predição dos valores genéticos e, portanto, a eficiência dos programas de melhoramento genético animal. Vários estudos têm sido conduzidos com o objetivo de identificar metodologias apropriadas para raças e características específicas, o que resultará em estimativas de valores genéticos genômicos (GEBVs) mais acurados. Portanto, o objetivo deste estudo foi verificar a possibilidade de aplicação de modelos semiparamétricos para a seleção genômica e comparar a habilidade de predição com os modelos paramétricos para dados reais (características de carcaça, qualidade da carne, crescimento e reprodutiva) e simulados. As informações fenotípicas e de pedigree utilizadas foram fornecidas por onze fazendas pertencentes a quatro programas de melhoramento genético animal. Para as características de carcaça e qualidade da carne, o banco de da... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Animal breeding aims to improve economic productivity of future generations of domestic species through selection. Most of the traits of economic interest in livestock have a complex and quantitative expression i.e. are influenced by a large number of genes and affected by environmental factors. Statistical analysis of phenotypes and pedigree information allows estimating the breeding values of the selection candidates based on infinitesimal model. A large amount of genomic data is now available for the identification and selection of genetically superior individuals with the potential to increase the accuracy of prediction of genetic values and thus, the efficiency of animal breeding programs. Numerous studies have been conducted in order to identify appropriate methodologies to specific breeds and traits, which will result in more accurate genomic estimated breeding values (GEBVs). Therefore, the objective of this study was to verify the possibility of applying semi-parametric models for genomic selection and to compare their ability of prediction with those of parametric models for real (carcass, meat quality, growth and reproductive traits) and simulated data. The phenotypic and pedigree information used were provided by farms belonging to four animal breeding programs which represent eleven farms. For carcass and meat quality traits, the data set contained 3,643 records for rib eye area (REA), 3,619 records for backfat thickness (BFT), 3,670 records for meat tenderness (... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor