AMORIM, Adriany das Graças Nascimento. Efeito do grupo racial e do método de metilação sobre o perfil de ácidos graxos da carne caprina do nordeste brasileiro. 2005. 73 f. : Dissertação (mestrado) - Universidade Federal do Ceará, Centro de Ciências Agrárias, Departamento de Tecnologias de Alimentos, Fortaleza-CE, 2005 / Submitted by Nádja Goes (nmoraissoares@gmail.com) on 2016-05-30T12:42:17Z No. of bitstreams: 1 2005_dis_agnamorim.pdf: 271770 bytes, checksum: e5bd5a225548647566d21375697da45d (MD5) / Approved for entry into archive by Nádja Goes (nmoraissoares@gmail.com) on 2016-05-30T12:42:30Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2005_dis_agnamorim.pdf: 271770 bytes, checksum: e5bd5a225548647566d21375697da45d (MD5) / Made available in DSpace on 2016-05-30T12:42:30Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2005_dis_agnamorim.pdf: 271770 bytes, checksum: e5bd5a225548647566d21375697da45d (MD5) Previous issue date: 2005 / This research was conducted at the Meat Laboratory, Department of Food Technology and at the Chromatography Laboratory, Department of Chemistry and Physical Chemistry, Federal University of Ceará. The objective of the study was to compare the fatty acid composition on meat from two breeds of goats from northeast Brazil (Bôer x SRD and Anglo Nubiana x SRD) analyzed by gas chromatography after two procedures (acid and alkaline hydrolysis) to prepare methyl ester derivatives. The experimental design consisted of 4 treatments including two breeds and two types of hydrolysis. Data were analyzed by the GLM procedure (SAS Institute, 2000) and the means were compared by the t-test. Results showed significant (p<0.05) differences in fatty acid composition between breeds. Main differences were detected for the saturated fatty acids C8:0, C10:0, C12:0 and C13:0 which were higher in the Anglo Nubiana x SRD meat related to the Bôer x SRD meat. Hydrolysis procedure, on the other hand, showed no significant (p<0.05) effect for most of the fatty acids except for C18:1t9 which was lower when the derivatization procedure included alkaline hydrolysis. The breed of the animals, therefore, affects the relative composition of fatty acids of the meat. It can be concluded that Anglo Nubiana x SRD goats from northeast Brazil produce meat of better quality than that from Bôer x SRD goats related to fatty acid composition. Alkaline hydrolysis does not affect the yield of most of the fatty acids but it can reduce the yield of the monounsaturated fatty acids of the trans C18 series when analyzed by gas chromatography. / A pesquisa foi desenvolvida no Laboratório de Carnes do Departamento de Tecnologia de Alimentos e no Laboratório de Cromatografia do Departamento de Química Analítica e Físico-Química da Universidade Federal do Ceará. Esse trabalho objetivou comparar a composição de ácidos graxos da carne caprina proveniente de animais de dois cruzamentos entre os grupos raciais Bôer x SRD e Anglo Nubiana x SRD característicos do nordeste brasileiro, utilizando-se a metilação por hidrólise ácida ou alcalina para a preparação das amostras. No experimento foram utilizados 4 tratamentos com 4 repetições, onde os fatores analisados foram dois cruzamentos (Bôer x SRD e Anglo Nubiana x SRD) e duas metodologias de obtenção dos ésteres metílicos dos ácidos graxos (hidrólise ácida e alcalina). A análise estatística dos dados utilizou o procedimento GLM (SAS Institute, 2000) para um modelo fatorial e a diferença entre as médias foi verificada pelo teste t. Os resultados mostraram que há diferença significativa (P<0,05) entre os cruzamentos raciais na composição dos ácidos graxos do músculo de animais caprinos; sendo que a principal diferença está na composição dos ácidos graxos saturados C8:0, C10:0, C12:0 e C14:0 no cruzamento Anglo Nubiana x SRD o qual apresentou um maior percentual dos mesmos. Por outro lado, a análise do efeito da metilação por hidrólise ácida e alcalina não apresentou diferença (P<0,05) significativa entre as médias percentuais para a maioria dos ácidos graxos exceto para o ácido trans-9-elaídico C18:1t9 em que a redução do seu percentual foi afetada pela hidrólise alcalina. O tipo genético analisado afeta, consideravelmente, a composição dos ácidos graxos dos animais caprinos estudados, influenciando na qualidade da carne. Dessa forma, o cruzamento Anglo Nubiana x SRD devido aos 13 efeitos negativos que os ácidos graxos saturados proporcionam à saúde humana produz carne de qualidade inferior a do cruzamento Bôer x SRD. O tipo de hidrólise usado para metilar os ácidos graxos, no entanto, não afetou a composição da maioria dos ácidos graxos das carnes estudadas, sendo que a hidrólise alcalina pode reduzir o percentual dos ácidos graxos monoinsaturados da série C18 de configuração trans analisados por cromatografia de gás.

Introdução: Leiomiomas uterinos ou miomas são tumores benignos que se desenvolvem no miométrio e acometem cerca de 50% da população feminina. Têm como principais sintomas, sangramento excessivo e dor pélvica inespecífica. Convencionalmente o estrogênio é considerado o responsável pelo início da proliferação tumoral, mas recentes evidências clínicas e bioquímicas sugerem que a progesterona apresenta um papel importante no desenvolvimento desses tumores. Além disso, mecanismos epigenéticos parecem estar envolvidos na etiologia dos leiomiomas uterinos, como a metilação de DNA e acetilação de histonas. Somente nos EUA são realizadas 240 mil histerectomias/ano para tratar essa doença sendo considerado um problema de saúde pública. Frente a esses dados é imprescindível o entendimento dos mecanismos moleculares envolvidos no desenvolvimento desses tumores e a busca de tratamentos menos invasivos. A mifepristona (RU 486), um modulador seletivo dos receptores de progesterona e glicocorticoides, é capaz de diminuir o tamanho dos tumores e amenizar os sintomas associados. Objetivos: verificar se (1) nos tecidos de leiomiomas uterinos e miométrio, os mecanismos epigenéticos como a metilação global do DNA e a acetilação de histonas estão alterados (2) se em cultura primária de leiomioma uterino e miométrio o tratamento com estradiol e progesterona é capaz de modular a expressão gênica dos receptores de progesterona total e B, assim como a atividade das enzimas histona acetiltransferase e desacetilase, e (3) se a mifepristona (RU 486) é capaz de modular diretamente a expressão gênica dos receptores de progesterona total e B após tratamento com os hormônios estradiol e progesterona. Métodos: para análise de metilação global do DNA e acetilação de histonas foram utilizadas 25 amostras teciduais para cada grupo de leiomioma uterino e miométrio oriundos de pacientes submetidas à histerectomia no Hospital de Clínicas de Porto Alegre. A metilação global do DNA e a atividade da enzima histona acetiltransferase foram dosadas pelo método de ELISA e a enzima histona desacetilase por detecção fluorimétrica. Para verificar o efeito dos hormônios sexuais ovarianos e o efeito da mifepristona (RU 486) sobre a expressão gênica dos receptores de progesterona total e B foram realizadas 7 culturas primárias de leiomiomas uterinos e miométrio. Resultados: (1) Foram observadas hipermetilação (P = 0,022) e hipoacetilação (P = 0,04) em leiomiomas uterinos quando comparado ao miométrio. Não houve diferença estatística entre estes tecidos em relação à atividade da histona acetiltransferase. (2) Houve aumento da expressão gênica do receptor de progesterona total em cultura primária de leiomioma uterino quando tratado com estradiol (P = 0,028) e o receptor de progesterona B teve sua expressão aumentada quando tratado com estradiol, progesterona e estradiol + progesterona (P = 0,001). (3) O tratamento com mifepristona (RU 486) na dose de 10-6M não foi capaz de diminuir a expressão gênica dos receptores de progesterona total e B em células de leiomiomas uterinos e miométrio. A atividade da enzima histona desacetilase foi maior nas células de leiomioma uterino quando tratadas com estradiol (P = 0,034) e estradiol + progesterona + RU 486 (P = 0,001) quando comparado às células de miométrio, já a atividade da enzima histona acetiltransferase não foi detectada, devido a sua baixa quantidade. Conclusão: Nesse estudo foi observado uma hipermetilação e hipoacetilação nos tecidos de leiomiomas uterinos. Esses resultados sugerem que mecanismos epigenéticos podem estar contribuindo para a diminuição transcricional de genes relacionados ao funcionamento normal do miométrio e, com isso, colaborando para o crescimento desses tumores. Além disso, nossos resultados sugerem que estradiol e progesterona são capazes de modular a expressão gênica dos receptores de progesterona total e B e o medicamento RU 486 na dose de 10-6M não foi capaz de diminuir diretamente a expressão desses receptores. / Introduction: Uterine leiomyoma, also known as fibroids, is a smooth muscle cell tumor, and is clinically apparent in up to 50% of reproductive-age women. Clinical symptoms include abnormal uterine bleeding and pelvic pain. Estrogen has been considered a primary growth promoter of uterine leiomyoma, however clinical and biochemical evidence has suggested that progesterone plays a critical role in the development of these tumors. Furthermore, epigenetic modifications may be involved with etiology of theses tumors, through DNA methylation and histone acetylation. In the United States, 240.000 hysterectomies/year are performed to treat uterine leiomyomas which is being considered to be a public public health problem. The understanding of molecular mechanisms involved in the development of uterine leiomyoma may provide not only opportunities for a diagnostic, but also generation of novel therapeutic approaches. The mifepristone (RU 486), a synthetic steroid that has affinity for progesterone and glucocorticoid receptors has been reported to induce regression of uterine leiomyoma and reduce the symptoms. Objective: verify if (1) DNA global methylation and histone acetylation patterns are altered in uterine leiomioma tissue compared with myometrium; (2) the treatment with estradiol and progesterone are able to modulated de gene expression of total and B progesterone receptors and histone acetylation patterns in primary culture of uterine leiomyoma cells and myometrium as well as (3) the mifepristone (RU 486) are able to modulate the gene expression of total and B progesterone receptors after the treatment with ovarian steroids hormones. Methods: DNA global methylation and histone acetylation patterns were analyzed in 25 tissue samples from uterine leiomioma and myometrium. The DNA global methylation and the activity of histone acetyltransferase were performed using ELISA method. In order to evaluate histone deacetylase activity fluorimetric detection was used. To verify the effect of estradiol and progesterone on total and B progesterone receptors gene expression, as well as the influence of RU486 on this parameters, seven cultured cells from uterine leiomyoma and myometrium cells were performed. Results: (1) Hypermethylation (p = 0.022) and hypoacetylation (p = 0.04) in uterine leiomioma tissues compared with myometrium were observed. There was no statistic difference between these tissues in histone acetyltransferase activity. (2) We observed increased gene expression of total progesterone receptor in culture cells of uterine leiomyoma when treated with estradiol (p = 0.028). There was an increase of B progesterone receptor mRNA when treated with hormones, estradiol and progesterone (p = 0.001). The treatment with RU 486 was not able to modulate progesterone receptors. The histone desacetilase activity was elevated in uterine leiomyoma cells when treated with estradiol (p = 0.034) and estradiol + progesterone + RU 486 (p = 0.001). The histone acetyltransferase activity was barely detectable. Conclusion: In our study we found hypermethylation and hypoacetylation in uterine leiomyoma tissues suggesting that this process may lead to a decreased transcriptional activity of important genes associated with normal myometrium function contributing to the development of these tumors. Furthermore, our results suggest that ovarian steroids hormones increase progesterone receptors expression, being mifepristone (RU 486) at dose of 10-6M unable to decrease total and B progesterone receptors in uterine leiomyoma cells.

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Agrárias. Programa de Pós-Graduação em Recursos Genéticos Vegetais. / Made available in DSpace on 2012-10-26T08:56:36Z (GMT). No. of bitstreams: 1 302849.pdf: 2018286 bytes, checksum: 84fbd336e926fd2c147b1ae76bd9ada8 (MD5) / O presente trabalho teve como objetivo estudar o efeito do inibidor da metilação do DNA 5-Azacitidina (AzaC) na embriogênese somática em Acca sellowiana por meio de análises morfológicas e microscopia óptica, além de estudar os padrões de metilação do DNA global por meio da cromatografia líquida de alta eficiência (HPLC). Embriões zigóticos de dois acessos de A. sellowiana (101X458 e 85) foram submetidos a quatro diferentes pulsos de 1h (200 µM de 2,4-D; 200 µM de 2,4-D e 10 µM de 5-AzaC; 10 µM de AzaC; e 100 µM de AzaC), seguidos da inoculação em meio de cultura LPm suplementado com maltose (30 g.L-1), vitamina de Morel, ácido glutâmico (8 mM) e Phytagel® (2 g.L-1), com diferentes concentrações de AzaC (0, 10 e 50 µM). Os embriões somáticos obtidos foram, após 50 dias de cultivo, inoculados em meio de conversão LPm suplementado com vitaminas de Morel, sacarose (30 g.L-1), BAP (0,5 µM), AG3 (1,0 µM) e carvão ativado (1,5 g.L-1). Paras as análises por HPLC amostras obtidas aos 10, 20 e 30 dias de cultivo foram submetidas à extração de DNA e posterior digestão de ácidos nucleicos, sendo detectados por meio de dois tipos de detecção diferentes: detector UV e espectrometria de massas (MS/MS). Os tratamentos isentos de 2,4-D apresentaram inibição da formação de embriões somáticos em ambos os acessos testados. O tratamento com suplementação de 10 µM de AzaC no meio de cultura e pulso de 2,4-D resultou na maior formação de embriões para o acesso 101X458, indicando médias de 19.6, 60 e 110.4 embriões somáticos, aos 20, 30 e 45 dias, respectivamente. Para o acesso 85, o tratamento com 50 µM de AzaC com pulso de 2,4-D resultou no maior número de embriões somáticos formados, indicando médias de 14.4, 364.4 e 484 embriões somáticos, aos 20, 30 e 45 dias, respectivamente. Para a conversão, foram obtidas taxas médias de conversão para plântulas de 35% para o acesso 101X458 e 30,2% para o acesso 85, e para o tratamento com pulso 200 uM 2,4-D/50 uM AzaC 16,6% e 8,9%, respectivamente. As análises dos nucleosídeos por HPLC/MS/MS se mostraram mais precisas e mais rápidas, realizando a separação dos compostos em 8 min, comparado a 25 min por HPLC/UV. Os dados obtidos por HPLC/MS/MS indicaram para as amostras do acesso 101X458 no tratamento com pulso 200 µM 2,4-D/0 uM AzaC um aumento crescente na metilação dos 10 aos 30 dias (34,7%, 40,9% e 44,3%, respectivamente). No tratamento com pulso 200 µM 2,4-D/50 µM AzaC observou-se uma queda nos níveis de metilação entre os 10 e 20 dias, seguido de uma alta (39,5%, 36,2% e 41,6%, respectivamente). Para o tratamento com pulso 100 µM AzaC/50 µM AzaC, observou-se uma queda nos três períodos de avaliação (36,8%, 28,8% e 20,8%, respectivamente). Para o acesso 85 o tratamento controle apresentou valores de 22,6%, 35,2% e 41% e o que continha AzaC e 2,4-D valores de 29,9%, 38,9% e 42,6%, sendo estes os tratamentos que estiveram associados à indução da ES. Por outro lado, o tratamento com AzaC, que não resultou na indução da ES, apresentou um padrão bastante distinto, com queda gradual nos níveis de metilação dos 10 aos 30 dias (37,6%, 24,7% e 21,5%). Os resultados obtidos indicam que o AzaC influencia positivamente a indução de embriões somáticos nesta espécie, contudo, o pulso de 2,4-D se mostrou essencial para este processo. Além disso, foi observado que a presença do AzaC no meio de cultura de indução parece prejudicar as taxas de conversão dos embriões somáticos a plântulas. Já os níveis de metilação parecem exercer um papel preponderante no processo de indução da ES em A. sellowiana.

Made available in DSpace on 2015-06-17T19:34:33Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-10-09. Added 1 bitstream(s) on 2015-06-18T12:48:37Z : No. of bitstreams: 1 000830930_20161009.pdf: 528336 bytes, checksum: 2584c6b09449ed93f647987c98b7c1c6 (MD5) Bitstreams deleted on 2016-10-10T12:18:28Z: 000830930_20161009.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2016-10-10T12:19:00Z : No. of bitstreams: 1 000830930.pdf: 2248627 bytes, checksum: accddf23493d2bfab5e3f401310fb7d7 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Alterações epigenéticas, incluindo as alterações da metilação do DNA, das modificações de histonas e da atividade de RNAs não codificadores, são eventos frequentes em células tumorais e estão associados às mudanças da estrutura da cromatina e dos níveis de expressão gênica. O gene RASSF1, localizado em 3p21.3, é responsável pela transcrição de sete variantes a partir de regiões promotoras distintas, associadas a duas ilhas CpG. Dentre os transcritos estão RASSF1A e RASSF1C, codificados por regiões promotoras diferentes, e que têm sido descritos na literatura como codificadores de proteínas com funções celulares opostas: RASSF1A é caracterizado como supressor tumoral e é frequentemente silenciado por metilação anormal em vários tipos de câncer, enquanto RASSF1C tem sido associado a atividades oncogênicas, e não há relatos de metilação de ilha CpG associada à sua região promotora. Com a finalidade de investigar uma possível associação entre parâmetros clínicos e histopatológicos em pacientes diagnosticadas com câncer de mama e o padrão de metilação de RASSF1A e RASSF1C, foram analisadas 84 amostras de carcinomas mamários pela técnica de MS-PCR (Methylation-Specific Polymerase Chain Reaction). Para RASSF1A, foi encontrada uma frequência de metilação de 84,5% das amostras, enquanto que para RASSF1C todas as amostras apresentaram alelos exclusivamente não-metilados, o que sugere uma regulação de expressão diferente da observada para RASSF1A. Devido ao fato de 75 das 84 amostras utilizadas serem diagnosticadas como carcinomas ductais invasivos, as análises estatísticas incluíram apenas esse subtipo histológico. Não foi encontrada diferença estatística significativa para as características clínicas/histopatológicas e presença/ausência de metilação de RASSF1A. Foi também analisado o padrão de metilação das ilhas CpGde RASSF1 em 17 linhagens celulares derivadas de carcinomas ... / Alterações epigenéticas, incluindo as alterações da metilação do DNA, das modificações de histonas e da atividade de RNAs não codificadores, são eventos frequentes em células tumorais e estão associados às mudanças da estrutura da cromatina e dos níveis de expressão gênica. O gene RASSF1, localizado em 3p21.3, é responsável pela transcrição de sete variantes a partir de regiões promotoras distintas, associadas a duas ilhas CpG. Dentre os transcritos estão RASSF1A e RASSF1C, codificados por regiões promotoras diferentes, e que têm sido descritos na literatura como codificadores de proteínas com funções celulares opostas: RASSF1A é caracterizado como supressor tumoral e é frequentemente silenciado por metilação anormal em vários tipos de câncer, enquanto RASSF1C tem sido associado a atividades oncogênicas, e não há relatos de metilação de ilha CpG associada à sua região promotora. Com a finalidade de investigar uma possível associação entre parâmetros clínicos e histopatológicos em pacientes diagnosticadas com câncer de mama e o padrão de metilação de RASSF1A e RASSF1C, foram analisadas 84 amostras de carcinomas mamários pela técnica de MS-PCR (Methylation-Specific Polymerase Chain Reaction). Para RASSF1A, foi encontrada uma frequência de metilação de 84,5% das amostras, enquanto que para RASSF1C todas as amostras apresentaram alelos exclusivamente não-metilados, o que sugere uma regulação de expressão diferente da observada para RASSF1A. Devido ao fato de 75 das 84 amostras utilizadas serem diagnosticadas como carcinomas ductais invasivos, as análises estatísticas incluíram apenas esse subtipo histológico. Não foi encontrada diferença estatística significativa para as características clínicas/histopatológicas e presença/ausência de metilação de RASSF1A. Foi também analisado o padrão de metilação das ilhas CpGde RASSF1 em 17 linhagens celulares derivadas de ...

Made available in DSpace on 2015-06-17T19:34:33Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-09-15. Added 1 bitstream(s) on 2015-06-18T12:48:37Z : No. of bitstreams: 1 000831296_20150915.pdf: 712631 bytes, checksum: c611834a7a54c590d534dbfa5c08e1dc (MD5) Bitstreams deleted on 2015-09-15T11:21:48Z: 000831296_20150915.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2015-09-15T11:22:39Z : No. of bitstreams: 1 000831296.pdf: 1949173 bytes, checksum: beeb683c24b9380e93e17d2eaac28060 (MD5) / O gene SFN (stratifin; 14-3-3sigma) atua como um gene supressor tumoral cuja expressão é induzida em resposta a danos ao DNA, promovendo o bloqueio do ciclo celular no checkpoint G2/M. A inativação ou redução da expressão gênica por hipermetilação de sua ilha CpG foi apontada como um mecanismo comum a vários tipos de cânceres humanos e também foi associada com resposta ao tratamento. O objetivo desse estudo foi caracterizar alterações genéticas e epigenéticas do gene SFN em carcinomas mamários primários e investigar a sua relação com parâmetros clínicos e histopatológicos. Em adição, linhagens derivadas de epitélio mamário normal e de carcinomas mamários foram utilizadas para a caracterização do efeito do número de cópias e do padrão de metilação do DNA na expressão gênica e para o estudo do efeito combinado do tratamento com o agente desmetilante 5-Aza-dC (5-Aza-2'-Desoxicitidina) e da exposição à radiação nas taxas de sobrevivência celular. O padrão de metilação do DNA foi determinado por MS-PCR (Methylation Specific-Polimerase Chain Reaction), após modificação do DNA por bissulfito de sódio, em uma série de 84 carcinomas mamários (76 ductais infiltrantes, 5 lobulares infiltrantes, 1 metaplásico, 1 apócrino e 1 papilífero) , bem como em um painel de 20 linhagens celulares (3 normais e 17 derivadas de carcinomas). O número de cópias foi determinado por qPCR (quantitative Polimerase Chain Reaction) em 82 destas amostras. Os níveis de expressão do transcrito foram avaliados por RT-qPCR em 8 linhagens celulares selecionadas com base no número de cópias, padrão de metilação e o status da proteína p53. O efeito da exposição à radiação ionizante, em uma única dose de 4 Gy em intervalos de tempo de 12, 24, 48 e 72h foi estudado através do ensaio de MTT (3-[4,5-dimethylthiazol-2-yl]-2,5-diphenyltetrazolium bromide) em três linhagens celulares (T47D, MDA-MB-231 e MDA-MB-436) ... / The SFN gene (Stratifin; 14-3-3 sigma) plays roles as a tumor suppressor gene and its expression is induced in response to DNA damage by disabling the cell cycle arrest at the G2/M checkpoint. Inactivation or down-regulation of gene expression levels has been generally attributed to the hypermethylation of its CpG island, identified as a common mechanism in a variety of human cancers, also associated to treatment response. The aim of the present study was to characterize epigenetics and genetics alterations of the SFN gene in primary breast cancer and to investigate the relationship with clinical and histopatological variables. In addition, cell lines derived from normal breast and breast cancer tissues, were employed to identify the effect of copy number dosage and DNA methylation pattern in gene expression, besides the study of combined response to 5-Aza-dC (5-Aza-2'-Deoxycytidine) and radiation exposure on cell survival. After sodium bisulfite modification, the DNA methylation pattern was determined by Methylation-Specific Polymerase Chain Reaction (MS-PCR) in a series of 84 Breast cancer samples (76 infiltrating ductal carcinomas, 5 infiltrating lobular, 1 metaplasic, 1 apocrine and 1 papillary) as well as in a panel of 20 human cell lines (3 derived from normal breast and 17 from breast cancer). SFN copy number was performed using relative quantification, by qPCR (quantitative Polimerase Chain Reaction) in 82 samples. Transcript levels were evaluated by RT-qPCR within a selection of 8 cell lines, based on DNA methylation, SFN copy number dosage and p53 status. Ionizing radiation effect was studied through MTT (3-[4,5-dimethylthiazol-2-yl]-2,5-diphenyltetrazolium bromide) assay, by using a single dose of 4 Gy at different time intervals (12, 24, 48 and 72h) in tree cell lines (T47D, MDA-MB-231 e MDA-MB-436) treated or not with 5-Aza-dC. SFN methylation was observed in 79% of primary breast cancer, while copy number alterations ...

Made available in DSpace on 2016-09-27T13:40:05Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-08-07. Added 1 bitstream(s) on 2016-09-27T13:45:16Z : No. of bitstreams: 1 000868866.pdf: 3890512 bytes, checksum: 0cfe144754a164b6e99ae94352b6d9c8 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / A metilação do DNA está relacionada à regulação gênica, memória celular, silenciamento de elementos transponíveis, imprinting genômico e repressão de pseudoelementos provenientes de sequências duplicadas. Os padrões de metilação são estabelecidos, mantidos e traduzidos em estados funcionais apropriados da maquinaria de metilação do DNA, a qual inclui uma família classificada em três grupos de enzimas do tipo metiltransferases: DNMT1, DNMT3 e DNMT2. A DNA metiltransferase 2 (DNMT2) foi identificada na busca de novos candidatos à uma segunda DNA metiltransferase. Esta enzima não possui função biológica definida, porém, é capaz de metilar tanto DNA quanto RNA, em especial RNA transportadores (tRNAs). A DNMT2 está localizada tanto no núcleo quanto no citoplasma em células humanas, sendo capaz de migrar do núcleo para o citoplasma em resposta a estresses celulares. É provável que a enzima metile o tRNA no citoplasma, possivelmente para protegê-lo contra clivagens em situações de estresse. Quando estas clivagens ocorrem de forma específica, pequenos fragmentos de RNA são gerados (denominados tRFs), fato observado em diversas espécies, incluindo Arabidopsis thaliana. Aparentemente, estes fragmentos de RNA fazem parte de uma nova via de interferência por RNA (RNAi). Contudo, seu papel biológico ainda não foi definido. O objetivo deste trabalho foi determinar a função da enzima DNMT2 de plantas durante o desenvolvimento e em resposta a estresses, além de estabelecer seu possível papel na proteção de tRNAs. Até o momento, foi demonstrado que a enzima AtDNMT2 possuí localização, tanto nuclear quanto citoplasmática e também pode ser visualizada em estruturas que aparentam ser citoesqueletos. Foi possível determinar que AtDNMT2 não atua na proteção do tRNA AspGTC durante estresse oxidativo, porém é positivamente regulada durante diferentes tipos de estresse. A planta mutante dnmt2 não possui... / DNA methylation is associated with genetic regulation, cell memory, silencing of transposable elements, genomic imprinting and repression of pseudo-elements coming from duplicate sequences. Methylation patterns are established, kept and translated via an appropriate functional DNA methylation machinery, which includes a family of proteins classified into three methyltransferase enzyme groups: DNMT1, DNMT3 e DNMT2. DNA methyltransferase 2 (DNMT2) was first identified by searching for novel DNA methyltransferase candidates. DNMT2 is highly conserved in different kingdoms and does not have a biological function well defined so far; however, it has been shown that DNMT2 can methylate both DNA and RNA in animal cells, most specifically transfer RNA (tRNA). In human cells, DNMT2 is localized both in the nucleus and in the cytoplasm, being capable to migrate from nucleus to cytoplasm under stress conditions. In the cytoplasm, DNMT2 methylates tRNAs, possibly to protect against cleavage events that occur under stress conditions. When these cleavages occur in a specific pattern, small RNA fragment emerges (tRFs). tRFs are found in several species, including Arabidopsis thaliana. It seems that these tRNA fragments are part of a new RNAi pathway. However, its biological role has not been reveal yet. The aim of this work is to evaluate the possible role(s) of DNMT2 in plant development and stress response and also establish its possible role in tRNA protection. So far we demonstrated that AtDNMT2 has both nuclear and cytoplasmic cellular localization and can also be visualized in what seen to be the cytoskeleton. We determined that AtDNMT2 does not play role in tRNA AspGTC protection under oxidative stress, though AtDNMT2 is up regulated in different stresses. The mutant plant Atdnmt2 does not have obvious phenotype, what makes harder to understand its biological role, leading us to deeper molecular studies. In this context, the present work reveals... / FAPESP: 13/11579-0(modelo:caso nao houver deletar/se tiver 2 n s abrir outro C)

Made available in DSpace on 2015-10-02T02:04:50Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000475352-Texto+Completo-0.pdf: 2662157 bytes, checksum: f45c41ca24a0fc661c056b1146ee35a6 (MD5) Previous issue date: 2015 / DNA obtained from body fluids recovered from crime scenes can be used to identify the donor of the biological material but it cannot reveal the tissue source or the possible age of the donor. DNA methylation is an epigenetic modification involved in transcriptional regulation. It is known that methylation is important in cell differentiation and genomic loci are differentially methylated between tissues. Because of this, different methylation patterns between tissues and cells can provide the basis of an assay for body fluid identification. We also know that the ability to determine the age of the sample donor based on DNA would be a powerful tool for forensic investigation. Human aging is associated with epigenetic modifications such as DNA methylation. Several studies have investigated biomarkers for aging which can be used to track donor age, presenting practical implications in forensic analysis. Two genes previously found to be DNA methylation age-associated, NPTX2 and GRIA2, were tested for prediction of age in saliva and blood samples. Both age markers were hypermethylated with the increase of age. The epigenetic predicted age was calculated for both markers, with an average difference of 6. 9 years between estimated and observed ages for GRIA2 marker, and an average difference of 9. 2 years for NPTX2 marker. Other studies investigated biomarkers for identification of bodyfluids. The most common body fluids found at crime scenes are blood, semen and saliva. A set of epigenetic markers, cg-06379435, ZC3H12D and BCAS4, which produce unique and specific patterns of DNA methylation, can be used to identify these body fluid types. However, to ensure the efficiency of these epigenetic markers, developmental validation studies need to be performed to determine the conditions and limitations of this new tool for forensic analysis. When testing the markers for body fluid identification using different organisms, we did obtain positive results for certain primate samples, however all other tested species were negative. The lowest concentration consistently detected varied from 0. 1 to 10ng, depending on the locus. The method also proved to be effective when inhibitors were present in the samples or when samples were degraded by heat. In the case of mixtures, the overall methylation values varied in a consistent and predictable manner when multiple cell types were present in the same sample. Overall, the search of age markers candidates can be an important key in tracking suspects/victims in forensic investigations, and the ability to identify the biological sample using DNA would be a powerful tool. Epigenetic markers will provide the forensic community with new and improved methods to interpret the crime scene. / O DNA obtido a partir de fluidos corporais encontrados em cenas de crime pode ser usado para identificar o doador da amostra, mas não revela a fonte de tecido ou a possível idade do doador. A metilação do DNA é uma modificação epigenética envolvida na regulação da transcrição. Sabe-se que a metilação é importante na diferenciação celular e loci genômicos são diferencialmente metilados entre os tecidos. Devido a esse fato, diferentes padrões de metilação entre tecidos e células podem proporcionar a base de um ensaio para a identificação de fluido corporal. Sabe-se também que a capacidade de determinar a idade do doador de uma amostra com base no DNA seria uma ferramenta poderosa para a investigação forense. O envelhecimento humano é associado com modificações epigenéticas, como a metilação do DNA. Vários estudos investigaram biomarcadores para o envelhecimento, que podem ser usados para estimar a idade do dador, o que apresenta implicações práticas na análise forense. Dois genes, NPTX2 e GRIA2, previamente associados com idade e metilação do DNA, foram testados para predição de idade em amostras de saliva e sangue. Ambos os marcadores mostraram-se hipermetilados com o aumento da idade. A predição de idade epigenética foi calculada para ambos os marcadores, com uma diferença média de 6. 9 anos entre as idades estimadas e observadas para o marcador GRIA2, e uma diferença média de 9. 2 anos para o marcador NPTX2. Outros estudos investigaram biomarcadores para análise de fluidos biológicos. Os fluidos corporais mais comuns encontrados em cenas de crime são de sangue, sêmen e saliva. Um conjunto de marcadores epigenéticos, cg-06379435, ZC3H12D e BCAS4, que produz padrões únicos e específicos de metilação do DNA, pode ser usado para identificar estes tipos de fluidos corporais. No entanto, para assegurar a eficácia desses marcadores epigenéticos, estudos de validação precisam ser realizados para determinar as condições e as limitações desta nova ferramenta para análise forense. Em relação à especificidade ao testar os marcadores usando diferentes organismos, resultados positivos foram obtidos para algumas amostras de primatas, entretando os resultados para todas as outras espécies testadas foram negativos. Em relação à sensibilidade a concentração mais baixa detectada variou de 0,1 a 10 ng, dependendo do locus. Esse ensaio também se mostrou eficaz quando inibidores estavam presentes nas amostras ou quando as amostras foram degradadas pelo calor. No caso de misturas, os níveis de metilação variaram de maneira consistente e previsível na presença de múltiplos tipos celulares em uma só amostra. No geral, a pesquisa de marcadores de predição de idade pode ser uma chave importante na busca de suspeitos/vítimas em investigações forenses, assim como a capacidade para identificar uma amostra biológica a partir do DNA seria uma ferramenta poderosa. Marcadores epigenéticos vão proporcionar à comunidade forense métodos novos e aprimorados para interpretar a cena do crime.

Orientador: Claudia Aparecida Rainho / Banca: Patrícia Pintor dos Reis / Banca: Enilze Maria de Souza Fonseca Ribeiro / Resumo: Alterações epigenéticas, incluindo as alterações da metilação do DNA, das modificações de histonas e da atividade de RNAs não codificadores, são eventos frequentes em células tumorais e estão associados às mudanças da estrutura da cromatina e dos níveis de expressão gênica. O gene RASSF1, localizado em 3p21.3, é responsável pela transcrição de sete variantes a partir de regiões promotoras distintas, associadas a duas ilhas CpG. Dentre os transcritos estão RASSF1A e RASSF1C, codificados por regiões promotoras diferentes, e que têm sido descritos na literatura como codificadores de proteínas com funções celulares opostas: RASSF1A é caracterizado como supressor tumoral e é frequentemente silenciado por metilação anormal em vários tipos de câncer, enquanto RASSF1C tem sido associado a atividades oncogênicas, e não há relatos de metilação de ilha CpG associada à sua região promotora. Com a finalidade de investigar uma possível associação entre parâmetros clínicos e histopatológicos em pacientes diagnosticadas com câncer de mama e o padrão de metilação de RASSF1A e RASSF1C, foram analisadas 84 amostras de carcinomas mamários pela técnica de MS-PCR (Methylation-Specific Polymerase Chain Reaction). Para RASSF1A, foi encontrada uma frequência de metilação de 84,5% das amostras, enquanto que para RASSF1C todas as amostras apresentaram alelos exclusivamente não-metilados, o que sugere uma regulação de expressão diferente da observada para RASSF1A. Devido ao fato de 75 das 84 amostras utilizadas serem diagnosticadas como carcinomas ductais invasivos, as análises estatísticas incluíram apenas esse subtipo histológico. Não foi encontrada diferença estatística significativa para as características clínicas/histopatológicas e presença/ausência de metilação de RASSF1A. Foi também analisado o padrão de metilação das ilhas CpGde RASSF1 em 17 linhagens celulares derivadas de carcinomas ... / Abstract: Alterações epigenéticas, incluindo as alterações da metilação do DNA, das modificações de histonas e da atividade de RNAs não codificadores, são eventos frequentes em células tumorais e estão associados às mudanças da estrutura da cromatina e dos níveis de expressão gênica. O gene RASSF1, localizado em 3p21.3, é responsável pela transcrição de sete variantes a partir de regiões promotoras distintas, associadas a duas ilhas CpG. Dentre os transcritos estão RASSF1A e RASSF1C, codificados por regiões promotoras diferentes, e que têm sido descritos na literatura como codificadores de proteínas com funções celulares opostas: RASSF1A é caracterizado como supressor tumoral e é frequentemente silenciado por metilação anormal em vários tipos de câncer, enquanto RASSF1C tem sido associado a atividades oncogênicas, e não há relatos de metilação de ilha CpG associada à sua região promotora. Com a finalidade de investigar uma possível associação entre parâmetros clínicos e histopatológicos em pacientes diagnosticadas com câncer de mama e o padrão de metilação de RASSF1A e RASSF1C, foram analisadas 84 amostras de carcinomas mamários pela técnica de MS-PCR (Methylation-Specific Polymerase Chain Reaction). Para RASSF1A, foi encontrada uma frequência de metilação de 84,5% das amostras, enquanto que para RASSF1C todas as amostras apresentaram alelos exclusivamente não-metilados, o que sugere uma regulação de expressão diferente da observada para RASSF1A. Devido ao fato de 75 das 84 amostras utilizadas serem diagnosticadas como carcinomas ductais invasivos, as análises estatísticas incluíram apenas esse subtipo histológico. Não foi encontrada diferença estatística significativa para as características clínicas/histopatológicas e presença/ausência de metilação de RASSF1A. Foi também analisado o padrão de metilação das ilhas CpGde RASSF1 em 17 linhagens celulares derivadas de ... / Mestre

Orientador: Cláudia Aparecida Rainho / Banca: Deilson Elgui de Oliveira / Banca: Vinicius Santana Nunes / Resumo: O gene SFN (stratifin; 14-3-3sigma) atua como um gene supressor tumoral cuja expressão é induzida em resposta a danos ao DNA, promovendo o bloqueio do ciclo celular no checkpoint G2/M. A inativação ou redução da expressão gênica por hipermetilação de sua ilha CpG foi apontada como um mecanismo comum a vários tipos de cânceres humanos e também foi associada com resposta ao tratamento. O objetivo desse estudo foi caracterizar alterações genéticas e epigenéticas do gene SFN em carcinomas mamários primários e investigar a sua relação com parâmetros clínicos e histopatológicos. Em adição, linhagens derivadas de epitélio mamário normal e de carcinomas mamários foram utilizadas para a caracterização do efeito do número de cópias e do padrão de metilação do DNA na expressão gênica e para o estudo do efeito combinado do tratamento com o agente desmetilante 5-Aza-dC (5-Aza-2'-Desoxicitidina) e da exposição à radiação nas taxas de sobrevivência celular. O padrão de metilação do DNA foi determinado por MS-PCR (Methylation Specific-Polimerase Chain Reaction), após modificação do DNA por bissulfito de sódio, em uma série de 84 carcinomas mamários (76 ductais infiltrantes, 5 lobulares infiltrantes, 1 metaplásico, 1 apócrino e 1 papilífero) , bem como em um painel de 20 linhagens celulares (3 normais e 17 derivadas de carcinomas). O número de cópias foi determinado por qPCR (quantitative Polimerase Chain Reaction) em 82 destas amostras. Os níveis de expressão do transcrito foram avaliados por RT-qPCR em 8 linhagens celulares selecionadas com base no número de cópias, padrão de metilação e o status da proteína p53. O efeito da exposição à radiação ionizante, em uma única dose de 4 Gy em intervalos de tempo de 12, 24, 48 e 72h foi estudado através do ensaio de MTT (3-[4,5-dimethylthiazol-2-yl]-2,5-diphenyltetrazolium bromide) em três linhagens celulares (T47D, MDA-MB-231 e MDA-MB-436) ... / Abstract: The SFN gene (Stratifin; 14-3-3 sigma) plays roles as a tumor suppressor gene and its expression is induced in response to DNA damage by disabling the cell cycle arrest at the G2/M checkpoint. Inactivation or down-regulation of gene expression levels has been generally attributed to the hypermethylation of its CpG island, identified as a common mechanism in a variety of human cancers, also associated to treatment response. The aim of the present study was to characterize epigenetics and genetics alterations of the SFN gene in primary breast cancer and to investigate the relationship with clinical and histopatological variables. In addition, cell lines derived from normal breast and breast cancer tissues, were employed to identify the effect of copy number dosage and DNA methylation pattern in gene expression, besides the study of combined response to 5-Aza-dC (5-Aza-2'-Deoxycytidine) and radiation exposure on cell survival. After sodium bisulfite modification, the DNA methylation pattern was determined by Methylation-Specific Polymerase Chain Reaction (MS-PCR) in a series of 84 Breast cancer samples (76 infiltrating ductal carcinomas, 5 infiltrating lobular, 1 metaplasic, 1 apocrine and 1 papillary) as well as in a panel of 20 human cell lines (3 derived from normal breast and 17 from breast cancer). SFN copy number was performed using relative quantification, by qPCR (quantitative Polimerase Chain Reaction) in 82 samples. Transcript levels were evaluated by RT-qPCR within a selection of 8 cell lines, based on DNA methylation, SFN copy number dosage and p53 status. Ionizing radiation effect was studied through MTT (3-[4,5-dimethylthiazol-2-yl]-2,5-diphenyltetrazolium bromide) assay, by using a single dose of 4 Gy at different time intervals (12, 24, 48 and 72h) in tree cell lines (T47D, MDA-MB-231 e MDA-MB-436) treated or not with 5-Aza-dC. SFN methylation was observed in 79% of primary breast cancer, while copy number alterations ... / Mestre

Orientador: Renée Laufer Amorim / Resumo: A próstata canina é um bom modelo para estudos comparados entre o cão e o homem, uma vez que essas duas espécies desenvolvem espontaneamente carcinoma de próstata (CP). Para melhor caracterização do CP canino, a presente pesquisa foi dividia em quatro capítulos que avaliam diferentes aspectos dos CPs em cães. A atrofia inflamatória proliferativa (PIA) é uma lesão pré-neoplásica descritas em humanos e pouco estuda em cães. Nós caracterizamos essa lesão em cães e identificamos uma forte relação entre a localização topográfica da PIA com os CPs. Além disso, foi identificada a perda de expressão gênica e proteica de PTEN e AR na PIA. Esses fatores associados corroboram com o potencial pré-neoplásico desta lesão em cães. Um achado interessante foi a alta expressão de P63 na PIA e em um grupo de CP caninos. Para melhor caracterizar este grupo, foi avaliada a expressão imuno-histoquímica de diferentes citoqueratinas e outras proteínas relacionadas ao desenvolvimento do CP em humanos. Os carcinomas que apresentam expressão de P63 apresentaram padrões morfológicos com escore de Gleason alto e um fenótipo mais agressivo quando comparado à tumores que não apresentação expressão de P63. Posteriormente, a expressão gênica e proteica de E-caderina, NKX3.1 e C-MYC foi avaliada em CP como marcadores nas diferentes lesões. Além disso, nós avaliamos a metilação como mecanismo regulatórios dos genes CDH1 e NKX3.1. Foi possível identificar a perda de E-caderina e NKX3.1 nos tumores, comparado à ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The canine prostate gland can be used as a model to human prostatic disease since dogs and men are the only species that spontaneously develop prostate carcinoma (PC). To better characterize the canine PC, this research was divided into four chapters that evaluated different aspects of the PC in dogs. The proliferative inflammatory atrophy (PIA) is a pre-neoplastic lesion described in humans and few studies in dogs describe it as a preneoplastic lesion. This study characterized PIA in dogs and identified a strong relationship between the PIA topography with PC. In addition, we identified the loss of PTEN and AR expression in PIA. These findings demonstrated the potential of PIA as a preneoplastic lesion in dogs. An interesting finding in this research was the high expression of P63 in PIA and a group of PC. This study found a group of PC showing P63 positive expression in neoplastic epithelial cells. Thus, these tumors were selected to better characterize them using immunohistochemistry. These tumors had an aggressive phenotype and presented high expression of AKT and C-MYC and loss of NKX3.1. Further, we selected a usual group of PC and evaluate the expression of E-cadherin, NKX3.1 and C-MYC. In addition, we evaluated the methylation as a regulatory mechanism of CDH1 and NKX3.1 genes. We have identified loss of E-cadherin and NKX3.1 in PC compared to normal prostate and C-MYC overexpression. The expression of E-cadherin was related to overall survival and Gleason score. The ... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor