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Estudo de genes de Caulobacter crescentus importantes para a sobrevivência em baixas temperaturas. / Study of Caulobacter crescentus genes important to low temperature survival.

Mazzon, Ricardo Ruiz 21 November 2011 (has links)
Caulobacter crescentus sobrevive em baixas temperaturas e mostrou ser um organismo psicrotolerante e de alta resistência ao congelamento, característica resultante de múltiplos fatores. C. crescentus possui quatro genes codificantes para CSPs, sendo cspA e cspB induzidos em baixas temperaturas e cspB, cspC e cspD em fase estacionária. A ausência de cspA e cspB ou cspA e cspC confere grande deficiência de crescimento em baixas temperaturas. cspA e cspB não são autorregulados e são regulados pós-transcricionalmente via estabilização de seu mRNA e traducionalmente após o choque-frio. A expressão de cspB é influênciada por CspC a 30 graus e durante o choque-frio, e por CspC, SpdR e SpoT durante a fase estacionária. A ausência de CspC ou CspC e CspD compromete a adaptação à fase estacionária promovendo alterações morfológicas. Nenhuma das CSPs de C. crescentus é capaz de reverter o fenótipo de E. coli BX04 por expressão heteróloga, embora todas possuam atividade antiterminadora que, nestas proteínas, não depende dos mesmos aminoácidos que CspE de E. coli. / Characterization of Caulobacter crescentus cold response was performed. This bacterium showed to be psicrotolerant and have remarkable freezing resistance, which may be a result of multiple traits. C. crescentus has four CSP encoding genes, being cspA and cspB cold-induced and cspB, cspC and cspD stationary phase-induced. The absence of cspA and cspB or cspA and cspC led to growth deficiency under low temperature incubation. cspA and cspB are not self-regulated and are post-transcriptionally and translationally regulated during cold-shock. The cspB gene expression is affected by CspC at exponential growth phase and by CspC, SpdR and SpoT at stationary phase. The absence of CspC, or CspC and CspD, affects stationary phase fitness of this organism, also promoting morphological alterations. None of the C. crescentus CSPs were able to restore the phenotype of E. coli BX04 strain by heterologous expression. Although all of them have shown to be transcription antiterminators, this ability is not dependent on the same critical aminoacids displayed by CspE from E. coli.
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Efeito da aplicação de composto orgânico sobre a qualidade do solo cultivado com cana-de-açúcar (Saccharum spp.) / Effect of the application of organic compost on the soil quality cultivated with sugarcane (Saccharum spp.)

Apolari, João Paulo 26 February 2016 (has links)
A dinâmica ambiental possui capacidade limitada de reciclagem e a crescente utilização resíduos agroindustriais, especialmente na agricultura, pode levar a situações de poluição do solo e demais componentes ambientais. A manutenção da produtividade de ecossistemas agrícolas e naturais depende do processo de transformação da matéria orgânica e, por conseguinte, da biomassa microbiana do solo, e que é responsável pela decomposição e mineralização de resíduos no mesmo. A dinâmica natural dos microrganismos do solo, em constante mudança e adaptação, os torna um indicador sensível às mudanças resultantes de diferentes práticas de manejo agrícola. Sendo assim, conhecer essas alterações e suas interferências é fundamental para identificar estratégias adequadas de manejo, apontando técnicas de utilização adequadas. O objetivo deste trabalho foi avaliar a qualidade de um solo agrícola, cultivado com três variedades de cana-de-açúcar (Saccharum spp.), comparando a utilização de adubação mineral frente à utilização de fertilizante orgânico composto no período final de formação dos perfilhos (120 dias após o plantio). Foi implantado, em condições de campo, o cultivo de cana-de-açúcar (cana planta), utilizando as variedades RB 867515, RB 962869 e RB 855453, onde cada variedade foi cultivada de três formas distintas, sendo elas: plantio controle (CT) sem aplicação de insumos para adubação; plantio orgânico (OG) com aplicação de fertilizante orgânico; e plantio convencional (CV) com aplicação de adubação mineral, seguindo recomendações de adubação após análise química inicial do solo local. Cada parcela possuía 37 m2, com 5 sulcos de 5,0 m de comprimento e espaçamento de 1,5 m entrelinhas, sendo os três sulcos centrais formando a área útil. De acordo com a variedade e o tipo de adubação, foram formados nove tratamentos: T1 86CT, T2 96CT, T3 85CT, T4 6OG, T5 96OG, T6 85OG, T7 86CV, T8 96CV e T9 85CV, com delineamento estatístico de blocos ao acaso e quatro repetições. Os parâmetros químicos do solo analisados foram macronutrientes e micronutrientes; os parâmetros microbiológicos foram carbono da biomassa microbiana (CBM), respiração basal do solo (RBS), quociente metabólico (qCO2), número mais provável de fungos e bactérias do solo (NMP); e, por fim, a produtividade agrícola (t/ha). Os resultados foram submetidos a análise de variância (ANOVA) e à comparação das médias através do teste de Tukey (10%). Também foi realizada a análise de variância dos dados e correlação cofenética de Pearson para formação de dendogramas. Com base no período estudado, considerado como fase crítica da formação do canavial, concluiu-se que os parâmetros químicos que evidenciaram alterações no solo foram pH e os macronutrientes Mg, Al e SB, sendo os tratamentos orgânicos equivalentes e/ou melhores que os tratamentos convencionais. Para os parâmetros microbiológicos, o NMP de fungos apresentou os maiores valores nos tratamentos convencionais e controle. A produtividade agrícola não foi influenciada pelos diferentes tratamentos e insumos utilizados, independente da variedade de cana-de-açúcar utilizada. Por fim, foram observadas correlações positivas entre as variáveis CTC e quociente metabólico (qCO2) apontando potencial melhoria da qualidade do solo, com o emprego de insumos orgânicos / The environmental dynamics has limited recycling capacity and increasing use of agroindustrial waste, especially in agriculture, can lead to soil pollution situations and other environmental components. The maintenance of the productivity of agricultural and natural ecosystems is dependent on the transformation process of organic matter and therefore, the microbial biomass, which is responsible for the decomposition and mineralization of waste therein. The natural dynamics of soil microorganisms, constantly changing and adapting, makes them a sensitive indicator of changes resulting from different agricultural practices. So, knowing these changes and their interference is critical to identify appropriate management strategies, pointing appropriate use of techniques. The objective of this study was to evaluate the quality of an agricultural soil cultivated with three varieties of sugarcane (Saccharum spp.), comparing the use of mineral front fertilizer use of organic compound fertilizer at the end of training period of tillers (120 days after planting). Was deployed in field conditions, the sugarcane crop (plant cane), using the varieties RB 867515, RB 962 869 and RB 855 453, where each variety was grown in three different ways, namely: planting control (CT) without application of inputs for fertilizer; organic planting (OG) with organic fertilizer application; and conventional tillage (CV) with application of mineral fertilizer, following fertilizer recommendations after initial chemical analysis of the local soil. Each plot had 37 m2, with 5 grooves of 5.0 m long and 1.5 m spacing between lines, with the three central grooves forming the floor area. According to the variety and type of fertilization, they were formed nine treatments: T1 86CT, T2 96CT, T3 85CT, T4 6OG, T5 96OG, 85OG T6, T7 86CV, T8 96CV and T9 85CV, with statistical design of randomized blocks and four replications. Chemical parameters analyzed were macronutrients and micronutrients; microbiological parameters were microbial biomass carbon (MBC), the basal soil respiration (RBS), metabolic quotient (qCO2), most likely number of fungi and soil bacteria (NMP); and, finally, agricultural productivity (t/ha). The results were submitted to analysis of variance (ANOVA) and comparison of means by Tukey test (10%). It was also performed the analysis of variance of data and cophenetic Pearson correlation to dendograms training. Based on the study period, considered critical stage of the formation of sugarcane, it was concluded that chemical parameters showed changes in soil were pH and macronutrients Mg, Al and SB being equivalent organic treatments and/or better than those treatments conventional. For microbiological parameters, NMP fungi showed the highest values in conventional and control treatments. Agricultural productivity was not affected by the different treatments and inputs used, regardless of the variety of sugarcane used. Finally, positive correlations were observed between the CTC variables and metabolic quotient (qCO2) indicating potential improvement of soil quality, with the use of organic inputs
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Desempenho produtivo e microbiota intestinal de frangos de corte suplementados com ß-ácidos do lúpulo (Humulus lupulus) após desafio com Eimeria acervulina e E. tenella / Performance and intestinal microbiota of broiler chickens supplemented with hops ß-acids (Humulus lupulus) following challenge with Eimeria acervulina and E. tenella

Bortoluzzi, Cristiano 04 February 2014 (has links)
Este estudo teve por objetivos avaliar diferentes níveis de suplementação de ?-ácidos do lúpulo como aditivos de rações para frangos de corte sobre o desempenho e a manutenção do equilíbrio da microbiota intestinal após desafio com Eimeria. No experimento 1, foram alojados 1440 pintos de corte da linhagem Cobb 500, no período de 1 a 42 dias de idade, com 6 tratamentos e 6 repetições. Os tratamentos utilizados foram: controle negativo, ração sem antimicrobiano; controle positivo, ração com 30 mg/kg de bacitracina de zinco e rações com 30, 60, 120 ou 240 mg/kg de ?-ácidos do lúpulo, compondo 4 tratamentos adicionais. Os ?-ácidos foram microencapsulados com 30%de extrato. As rações foram formuladas à base de milho e farelo de soja, com inclusão de 5% de farelo de trigo e 5% de farinha de penas e vísceras. Aos 7 dias de idade todas as aves foram vacinadas contra coccidiose. As aves e as rações foram pesadas semanalmente para cálculo de desempenho. No experimento 2, foram alojados 1440 pintos de corte da linhagem Ross 308, no período de 1 a 42 dias de idade, com 6 tratamentos e 6 repetições. Os tratamentos foram: controle negativo, dieta basal; controle positivo, ração com 30 mg/kg de bacitracina de zinco; controle negativo mais desafio; controle positivo mais desafio; controle negativo suplementado com 30 mg/kg de ?-ácidos mais desafio; controle negativo suplementado com 240 mg/kg de ?-ácidos mais desafio. As rações foram formuladas à base de milho e farelo de soja com inclusão de 5% de farinha de penas e vísceras. Aos 14 dias de idade, as aves dos tratamentos 3, 4, 5 e 6 foram desafiadas, via oral, com 2x105 e 5x104 oocistos de Eimeria acervulina e E. tenella, respectivamente. As aves e as rações foram pesadas semanalmente para obtenção dos dados de desempenho. Aos 21 e 35 dias de idade das aves, coletou-se o conteúdo do intestino delgado e cecos das aves para análise da microbiota intestinal, com auxílio de técnicas moleculares. No experimento 1, aos 21 dias de idade as aves os tratamentos com 30 ou 60 mg/kg de ?-ácidos apresentaram desempenho semelhante às do controle positivo. Aos 42 dias houve melhora na conversão alimentar das aves recebendo 30 e 240 mg/kg de ?-ácidos ou antimicrobiano. No segundo experimento, a coccidiose causou significativa redução no desempenho das aves e nenhum dos aditivos utilizados foi capaz de reverter esta situação. Houve aumento de bactérias do gênero Clostridium no intestino delgado aos 21 dias, em consequência do desafio, entretanto, o maior nível de ?-ácidos reduziu esta população. Aos 35 dias de idade a infecção de coccidiose não alterou a comunidade bacteriana do intestino delgado, mas nos cecos houve aumento do gênero Bacteroides.Os ?-ácidos possuem potencial para serem utilizados nas dietas de frangos de corte em situações de baixo desafio, e podem auxiliar no controle da proliferação de Clostridium, embora ineficazes contra a Eimeria. / The objective was to evaluate increasing level of hops ?-acids in the feed on performance of broiler chickens. A pen trial using 1440 one-day old chickens, from 1 to 42 days, with 6 treatments and 6 replicates was conducted (Experiment 1). The experimental treatments were: negative control, basal diet; positive control, basal diet supplemented with zinc bacitracin, 30 mg/kg; and basal diet supplemented with 30, 60, 120 or 240 mg/kg of hops ?-acids, for 4 additional treatments. The corn soybean meal basal diet was formulated with inclusion of 5% poultry by-product meal and 5% wheat bran. At 7 days of age all birds were vaccinated against coccidiosis. The chickens and the feed were weighted weekly to calculate the performance. In the second experiment, the objective was to evaluate the supplementation of hops ?-acids on performance and the balance of intestinal microbiota of broilers, following challenge with Eimeria acervulina and E. tenella. A pen trial using 1440 one-day-old chickens, from 1 to 42 days, with 6 treatments and 6 replicates was conducted. The experimental treatments were: negative control, basal diet; positive control, basal diet supplemented witn zinc bacitracin, 30 mg/kg; negative controle + challenge; Positive control + challenge; negative control supplemented with 30 mg/kg of hops ?-acids + challenge; negative control supplemented with 240 mg/kg of hops ?-acids + challenge. The corn soybean meal basal diet was formulated with inclusion of 5% poultry byproduct meal. At 14 days of age, the birds in treatments 3, 4, 5 and 6 were challenged with 2x105 and 5x104 oocists of Eimeria acervulina and E. tenella, respectively. The chickens and the feed were weighted weekly to calculate the performance. At 21 and 35 days of age, the small intestine and ceca content was collected to analyze the intestinal microbiota, using molecular techniques. In the first experiment, at 21 days of age the treatment with 30 or 60 mg/kg of ?-acids had the same performance of chickens in positive control. At 42 days, the treatments containing 30 or 240 mg/kg of ?-acids and positive control had improved feed conversion. In the second experiment, there was worse performance in broilers chickens challenged with coccidiosis and the additives were not able to oppose this situation. There was increase in the Clostridium population in the small intestine at 21 days, due to challenge, however, the highest level of ?-acids decreasead this genus. At 35 days, the coccidiosis did not alter the bacterial community in the small intestine, although the ceca had higher level of Bacteroides. The hops ?-acids have the potential to be used in the diets of broiler chickens, under low level of challenge, and to proliferation of Clostridium, although ineffective against Eimeria.
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Clonagem de um alelo do gene SPT15 em Saccharomyces cerevisiae para aumento da produção de etanol. / Cloning of an SPT15 allele gene in Saccharomyces cerevisiae for the increasing of ethanol production.

Dalmolin, Keina Poliana Pivarro 03 May 2011 (has links)
Alper e colaboradores demonstraram que a linhagem BY4741 recombinante portadora de cópias adicionais de um alelo SPT15 mutagenizado em três diferentes posições (spt15-300) utiliza mais rapidamente a glicose e aumenta a produção de etanol. Neste trabalho, foi realizada a clonagem deste alelo, aqui chamado spt15*. Inicialmente o DNA genômico da linhagem S. cerevisiae S288C foi utilizado como molde para amplificação por SOEing-PCR. O alelo spt15* foi clonado no plasmídeo pGEMT-Easy e, em seguida, introduzido no plasmídeo epissomal pMA91. Após construções moleculares, foi obtido o fragmento de DNA dpPGKspt15*tPGKd, empregado na transformação genética, da linhagem S. cerevisiae YPH252, por d-integração. Os clones recombinantes YHP252/pMA91spt15* e YHP252/dpPGKspt15*tPGKd consomem mais eficientemente a glicose e aumentam a produção de etanol. O seqüenciamento do alelo SPT15 da levedura industrial PE-2 revelou 100% de identidade com o alelo das linhagens BY4741 e S288C, criando ótimas perspectivas para trabalhos futuros. / Alper and colleagues demonstrated that the yeast S. cerevisiae BY4741 recombinant strain carrying additional copies of a SPT15 allele mutagenized in three different positions (spt15-300) uses glucose more speedily and produces more ethanol. In this work, this allele, here called spt15*, was cloned. The genomic DNA of the S. cerevisiae S288C strain was used for amplification through SOEing-PCR. The spt15* allele was cloned in the plasmid pGEMT-Easy and introduced in the episomal plasmid pMA91. After molecular constructions the DNA dpPGKspt15*tPGKd fragment was obtained to be employed in the genetic transformation of laboratory S. cerevisiae strains using d-integration. Both recombinant clones YHP252/pMA91spt15* and YHP252/dpPGKspt15*tPGKd consume glucose more speedily and produce more ethanol. The sequencing of the SPT15 allele of the industrial yeast PE-2 revealed 100% identity with BY4741 and S288C alleles, creating huge perspectives for future works.
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Caracterización de la microbiota asociada a la ascidia Cystodytes dellechiajei productora de compuestos con actividad antitumoral

Martinez-Garcia, Manuel 02 December 2005 (has links)
No description available.
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Influência da diversidade microbiana presente na rizosfera do milho na disponibilização de fósforo / Influence of microbial diversity of maize rhizospherein the availability of phosphorus

Rodrigues, Yasmin Florentino 06 July 2018 (has links)
O uso de microrganismos como promotores de crescimento vegetal tem se apresentado como uma alternativa promissora, sobretudo para a ciclagem de nutrientes, especialmente o fósforo. Dessa forma, objetivou-se avaliar o papel da diversidade microbiana na disponibilização do fósforo, oriundo de fontes de diferente solubilidade, para as plantas de milho no ambiente rizosférico. A hipótese é que quanto mais diverso for o microbioma da rizosfera e do solo, maior será a disponibilidade de fósforo para as plantas e por conseguinte melhor o seu desenvolvimento. O experimento foi instalado em casa de vegetação utilizando a metodologia de diluição para extinção. Foram estabelecidos três fontes de fósforo (superfosfato triplo, fitato de cálcio e fosfato de Araxá) em um gradiente de diversidade microbiana, correspondentes às diluições 10-1, 10-3, 10-6 e 10-9. Adicionalmente foi mantido um tratamento controle sem adição de fósforo (P) e todas as análises compreendiam o ambiente solo e rizosfera. O papel da diversidade microbiana frente a disponibilidade de P foi acessado por meio de metodologias dependentes de cultivo (BIOLOG) e metodologias independente de cultivo (qPCR e PCR-DGGE). As plantas adubadas com fosfato de Araxá apresentaram menor teor de P foliar e os sintomas mais severos de deficiencia de P (raquitismo e arroxeamento), sobretudo nas maiores diluições (menor diversidade). O percentual de P-lábil em relação ao P-total foi bastante variável entre as diluições dentro de cada fonte e ambiente avaliado. Entretanto, o tratamento adubado com fosfato de Araxá apresentou menor proporção de P-lábil (18-55%). Em relação ao gene phoD, no ambiente rizosfera as comunidades menos diversas apresentaram maiores números de cópia nos tratamentos, indicando que a abundância deste gene pode ter sido enriquecida nos tratamentos menos diversos. A atividade enzimática (principalmente para a fosfatase em pH 6,5) diminuiu frente a redução da diversidade da comunidade microbiana. A abundância do gene phoD e a atividade da fosfatase em pH 6,5 se relacionaram apenas no ambiente rizosférico. A estrutura e organização da comunidade bacteriana (gene rrs) e solubilizadora de fósforo (phoD) diferiram entre as diluições (R>0,75; p<0,05). Em relação ao perfil de consumo de fontes de carbono, as fontes avaliadas apresentaram perfis distintos entre si. Foi possivel observar que as fontes de fósforo foram mais atuantes do que o gradiente de diversidade no processo de disponibilidade de P para as plantas. Isso pode estar relacionado à redundância funcional da microbiota. / The use of microorganisms as promoters of plant growth has been presented as a promising alternative, especially for the cycling of nutrients, especially phosphorus. The objective of this study was to evaluate the role of microbial diversity in the availability of phosphorus from sources of different solubility for maize plants in the rhizospheric environment. The hypothesis is that as more diverse the rhizosphere and soil microbiome, the greater will be the availability of phosphorus to the plants and therefore better their development. The experiment was installed in a greenhouse using the dilution methodology for extinction. Three sources of phosphorus (triple superphosphate, calcium phytate and Araxá phosphate) were established in a microbial diversity gradient, corresponding to the dilutions 10-1, 10-3, 10-6 and 10-9. In addition, a control treatment was maintained without addition of P and all analyzes comprised the soil and rhizosphere environment. The role of microbial diversity against P availability was accessed through culture - dependent methodologies (BIOLOG) and independent culture methodologies (qPCR and DGGE). Araxá phosphate fertilized plants had lower leaf P content and P deficiency symptoms (rickets and purplishness), especially in the higher dilutions (lower diversity). The percentage of P-labile in relation to the P-total was quite variable between the dilutions within each source and evaluated environment. However, the Araxá phosphate fertilizer treatment had a lower proportion of P-labile (18-55%). In relation to the phoD gene, in the environment rhizospherein the less diverse communities presented higher copy numbers in the treatments, indicating that the abundance of the gene may have been enriched in the less diverse treatments. Enzymatic activity (mainly for phosphatase at pH 6.5) decreased as the diversity of microbial community decreased. The abundance of the phoD gene and phosphatase activity at pH 6.5 were related only in the rhizosphere environment. The structure and organization of the bacterial community (16S rRNA) and phosphorus solubilizer (phoD) differed at the dilutions (R> 0.75; p <0.05). The consumption of carbon source was variable in relation to evaluated treatments. It was possible to observe that the phosphorus sources were more active than the diversity gradient in the P availability process for the plants. This may be related to the functional redundancy of the microbiota.
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Diversidade de Bacteria e Archaea em solos de mangue e marisma / Bacterial and Archaeal diversity in mangrove and marisma soils

Cury, Juliano de Carvalho 13 September 2006 (has links)
Estudos sobre a diversidade de Bacteria em solos de mangue (Brasil) e marisma (Espanha) são escassos. A vegetação de mangue, composta por espécies como Spartina alterniflora, Rhizophora mangle, Avicennia schaueriana e Laguncularia racemosa, pode ser um dos fatores que determinam a estruturação das comunidades de procariotos. Determinações das estruturas das comunidades e de diversidade de Bacteria podem ocorrer em função das diferentes condições físico-químicas dos solos, refletindo na configuração dos processos biogeoquímicos. O objetivo deste trabalho foi avaliar a variação das estruturas das comunidades de Bacteria e Archaea, bem como a diversidade, em solos de mangue e marisma utilizando DGGE e sequenciamento parcial do rDNA 16S. As estruturas das comunidades de procariotos apresentaram variações em função de condições de vegetação. Proteobacteria e Bacteroidetes estão presentes em todos os solos estudados. A comunidade de Bacteria destes ambientes é dominada por Proteobacteria. Vários dos táxons detectados estão relacionados com ciclos biogeoquímicos importantes para os ambientes estudados. As estimativas não-paramétricas de riqueza de espécies (ACE e Chao1) mostram que solos de mangue e marisma podem conter milhares de espécies de bactérias. As comunidades de Bacteria dos solos de mangue e marisma são significativamene diferentes. Na camada mais superficial do sedimento de mangue predomina Euryarchaeota metanogênicas enquanto que na camada mais profunda predomina Crenarchaeota. Bactérias das ordens Desulfobacterales, Desulfovibrionales e Desulfuromonales podem estar relacionadas com a atividade de sulfato-redução e formação de pirita na camada anaeróbia do perfil de solo de marisma. De uma maneira geral, pode-se concluir que a diversidade e estrutura das comunidades de procariotos de ambientes estuarinos pode variar em função da vegetação estabelecida e do tipo de ambiente. Adicionalmente, solos de mangue e marisma possuem grande diversidade de procariotos, grande parte da qual é desconhecida, podendo representar elevado potencial genético para utilização biotecnológica. / The bacterial diversity in mangrove (Brazil) and marisma (Espanha) soils are largely unknown. Bacterial communities participate in biogeochemicals processes that occurs in soils of estuarine ecosystems. Determinations of the bacterial communities structures and diversity can occur in function of different physico-chemical conditions, reflecting in the biogeochemical processes. The aim of this work was to evaluate the variation of bacterial an archaeal communities structures utilizing DGGE and partial sequencing of 16S rDNA. Bacterial community structures showed more similarity between repetitions samples than the areas under different vegetation. Phylogenetic afiliation shows that several sequences were not clamped into known phyla. Proteobacteria prevails in bacterial communities of mangrove and marisma soils. Several taxa detected are associated to important biogeochemical cycles that occur in estuarine ecosystems. Analysis of species richness showed that mangrove and marisma soils can contain 200 to 6000 species of bacteria. Methanogenic Euryarchaeota was found specially in the upper sample of mangrove sediment analysed whereas the Crenarchaeota was found specially in the lower. Based on the data obtained, it can be concluded that the vegetation is one of the factors affecting the structure of bacterial and archaeal communities in mangrove soils. Additionaly, the effects of edafic factors and seasonal variations have to be considered as determining the prokaryotic community sctuctures, and bacterial and archaeal communities can respond independently to the factors that determine their community structures. Bacterial diversity can vary with the studied estuarine ecosystem. Studies are necessary concerning to diversity of Bacteria, it variation and correlation with biogeochemical process in the mangrove and marisma soils. These soils show a great diversity of bacteria, much of than unknown, which represent a great genetic potential to the biotechnology.
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Caracterização da enzima bifuncional farnesil difosfato/geranilgeranil difosfato sintase e efeito do risedronato nos estágios intraeritrocitários de Plasmodium falciparum. / Characterization of the bifunctional enzyme farnesyl diphosphate/geranylgeranyl diphosphate synthase and effect of risedronate intraerythrocytic stages of Plasmodium falciparum.

Fabiana Morandi Jordão 21 November 2012 (has links)
O aumento da resistência do parasita da malária a maioria da drogas antimaláricas disponíveis, tornandose necessário pesquisar novos compostos com potencial atividade antimalárica. O objetivo desta tese foi inicialmente caracterizar a atividade do risedronato contra as formas intraeritrocitárias do parasita in vivo, além de identificar seu possível mecanismo de ação. A IC50 do risedronato foi de 20 <font face=\"Symbol\">mM em culturas de Plasmodium falciparum. Risedronato reduziu a biossíntese de FOH e GGOH e a isoprenilação de proteínas, inibindo a transferência do grupo FPP para as proteínas farnesiladas, entretanto, a transferência do GGPP para as proteínas geranilgeraniladas não foi inibida, isto também ocorreu quando proteínas ras e rab foram analisadas, sugerindo que a droga está inibindo a enzima FPPS. A enzima FPPS de P. falciparum foi expressa e obtivemos uma proteína recombinante fusionada a GST (rPfFPPS). Os substratos IPP, DMAPP, GPP e FPP foram utilizados para determinação da atividade catalítica da enzima, demonstrando FPP e GGPP como principais produtos. Os valores de Km para os diferentes substratos foi determinado. Demonstramos também que rPfFPPS é inibida por risedronato, podendo ser explorado como potencial alvo antimalárico. / The increased resistance of the malaria parasite most of antimalarial drugs are available, making it necessary to search for new compounds with potential antimalarial activity. The aim of this thesis was initially characterize the activity of risedronate against intraerythrocytic forms of the parasite in vivo, and identify its possible mechanism of action. The IC50 of risedronate was 20 <font face=\"Symbol\">mM in cultures of Plasmodium falciparum. Risedronate reduced biosynthesis and FOH, GGOH and protein isoprenylation, inhibiting the transfer of FPP group for farnesylated proteins, however, the transfer of GGPP to geranygeranylated proteins was not inhibited, this also occurred when ras and rab proteins were analyzed, suggesting that the drug is inhibiting the enzyme FPPS. The FPPS enzyme from P. falciparum was expressed and obtained a recombinant protein fused to GST (rPfFPPS). The substrates IPP, DMAPP, GPP and FPP were used to determine the catalytic activity of the enzyme, demonstrating FPP and GGPP as main products. The Km values for the various substrates were determined. We also demonstrate that rPfFPPS is inhibited by risedronate, which can be exploited as potential antimalarial target.
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Enterococcus sp. isolados de fezes de macaco-prego (Sapajus nigritus) (Goldfuss, 1809) coletadas em remanescentes de mata atlântica e cativeiro, no estado do Rio Grande do Sul, Brasil / Enterococcus sp. isolates of fezes of black monkey capuchin (Sapajus nigritus) (Goldfuss, 1809) collected in remanescents of atlantic forest and captivity, in the state of Rio Grande do Sul, Brasil

Grassotti, Tiela Trapp January 2018 (has links)
Enterococcus são associados à microbiota intestinal de mamíferos e aves. Além dos primatas apresentarem estreita relação evolutiva com seres humanos, é pouco conhecido o impacto da resistência antimicrobiana associada às bactérias comensais, como os enterococos. O trabalho teve como objetivo identificar e caracterizar enterococos isolados de amostras fecais de macacos-prego (Sapajus nigritus) em relação a determinantes de resistência e virulência. As amostras foram coletadas de animais vivendo em cativeiro no Zoológico de Sapucaia do Sul (ZOO) e selvagens, nas cidades de São Sebastião do Caí (SSC) e Santa Cruz do Sul (SCS). As espécies isoladas foram identificadas utilizando a técnica de MALDI-TOF. Estas foram testadas frente a 12 antimicrobianos através do método disco difusão. Genes que conferem resistência à tetraciclina (tetM, tetL e tetS), fluoroquinolonas (gyrA), eritromicina (msrC e ermB) e virulência (agg, esp, cylA, ace e gelE) foram detectados por PCR. Foram identificados 296 isolados de Enterococcus sp. oriundos de 24 amostras fecais de macacos-prego. Destes, 137 eram oriundos de amostras de SSC, 86 de SCS e 73 do ZOO. A espécie mais encontrada foi E. faecalis (42,6 %), seguida de E. hirae (29,4 %) e E. faecium (15,5 %). Cento e noventa e nove amostras (67,2 %) apresentaram suscetibilidade reduzida a antimicrobianos. As amostras apresentaram menos suscetíveis para rifampicina (46,3 %), tetraciclina (26,0 %) e eritromicina (22,3 %). Entre os isolados, E. faecalis (69,0 %) apresentou as maiores frequências de suscetibilidade reduzida. Em relação ao local de coleta, 69,3 % dos isolados das amostras SSC apresentaram suscetibilidade reduzida a antimicrobianos, 69,7 % dos isolados das amostras SCS e 60,2 % dos isolados das amostras do ZOO, sendo atribuído perfil de múltipla resistência a 29 isolados de SSC, 6 isolados SCS e 8 de ZOO. As amostras ZOO apresentaram maiores índices para os genes de resistência msrC (81,8 %), gyrA (60,7 %) e tetL (44,4 %). Para o gene tetM os isolados de SCS apresentaram maior frequência (100 %). As amostras SSC e SCS apresentaram as maiores porcentagens para o gene gelE (100 %). Para esp (3,5 %), ace (93,0 %) e agg (10,5 %), as amostras SCS apresentaram as maiores porcentagens. As presenças de determinantes de resistência e virulência nas amostras foram atribuídas tanto à ação antropogênica encontrada no habitat dos macacos como através do próprio resistoma ambiental. Ainda, a proximidade dos animais com o ser humano demonstrou ser uma das principais fontes de disseminação de resistência bacteriana. / Enterococcus is associated with the intestinal microbiota of mammals and birds. In addition to primates having a close evolutionary relationship with humans, the impact of antimicrobial resistance associated with commensal bacteria, such as enterococci, is little known. The objective of this work was to identify and characterize isolates of enterococci from faecal samples of black capuchin monkey (Sapajus nigritus) in relation to determinants of resistance and virulence. The samples were collected from animals living in the Sapucaia do Sul Zoo (ZOO) and wild, in the cities São Sebastião do Caí (SSC) and Santa Cruz do Sul (SCS). The isolated species were identified using the MALDI-TOF technique. These were tested against 12 antimicrobials using the disc diffusion method. Genes that confer resistance to tetracycline (tetM, tetL and tetS), fluoroquinolones (gyrA), erythromycin (mrsC and ermB) and virulence (agg, esp, cylA, ace and gelE) were detected by PCR. It were identified 296 isolates of Enterococcus sp. from 24 faecal samples of S. nigritus. Of these, 137 were from SSC samples, 86 from SCS and 73 from ZOO. The most common species was E. faecalis (42.6 %), followed by E. hirae (29.4 %) and E. faecium (15.5 %). One hundred and ninety-nine samples (67.2%) presented reduced antimicrobial susceptibility. The samples were less susceptible to rifampicin (46.3%), tetracycline (26.0%) and erythromycin (22.0%). Among the isolates, E. faecalis (69.0%) had the highest frequencies of reduced susceptibility. Regarding the collection site, 69.3% of the SSC isolates presented reduced susceptibility to antimicrobials, 69.7% of the isolates from the SCS samples and 60.2% from the isolates from the ZOO samples, with a multiple resistance profile 29 SSC isolates, 6 SCS isolates and 8 ZOO isolates. The ZOO samples presented higher indices for the resistance genes msrC (81.8%), gyrA (60.7%) and tetL (44.4%). For the tetM gene the SCS isolates showed a higher frequency (100%). The SSC and SCS samples showed the highest percentages for the gelE gene (100%). For esp (3.5%), ace (93.0%) and agg (10.5%), the SCS samples presented the highest percentages. The presences of resistance and virulence determinants in the samples were attributed both to the anthropogenic action found in the monkey habitat and through the environmental resistance itself. Furthermore, the proximity of animals to humans has been shown to be one of the main sources of dissemination of bacterial resistance.
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Atributos microbiológicos na mudança de uso da terra para produção de cana-de-açúcar na região centro-sul do Brasil / Microbiological attributes in the land use change for the production of sugarcane in the center-south region of Brazil

Maísa Helena Heluany 03 March 2015 (has links)
Com a grande demanda por derivados da cana-de-açúcar no Brasil a expansão de área para produção, assim como o aumento da produtividade tem sido foco para áreas agrícolas na região centro-sul. Portanto áreas que anteriormente eram dedicadas a pastagem estão tornando-se cultivo de cana-de-açúcar. Essa mudança está ocorrendo com uma grande rapidez e por esse motivo preocupações com a sustentabilidade do solo estão sendo levantadas. O objetivo deste trabalho foi verificar como a atual mudança de uso da terra de pastagem para cultivo de canade- açúcar impacta atributos microbiológicos quantitativos e funcionais do solo em um transecto edafoclimático na região centro-sul do Brasil tendo a vegetação nativa como referência. Para isso foram feitas análises do carbono e nitrogênio da biomassa microbiana do solo segundo Vance, Brookes e Jenkinson (1987) e análises da atividade enzimática da &beta;-glicosidase, fosfatase ácida e alcalina segundo Tabatabai (1994). Verifica-se a tendência de reduzir a fertilidade na pastagem em relação a mata nativa e posteriormente aumentar com o uso de fertilizantes na cana-de-açúcar. O estoque de C tem um menor valor na pastagem quando não manejada em Lat S 17º, diminui na sequencia de mudança dos sistemas de uso da terra em Lat S 21º, porém uma recuperação na mudança para cultivo de cana-de-açúcar e é maior em Lat S 23º quando a textura do solo é mais argilosa. Existe uma diminuição do estoque de CBM das matas nativas para as pastagens e um aumento nos cultivos de cana-de-açúcar em Lat S 17º e Lat S 21º. Em Lat S 23º a pastagem apresenta maior CBM do que os outros sistemas de uso da terra. Nos locais de estudo a menor relação CBM/C Total foi de 2,54% na mata nativa em Lat S 17º e a maior de 5,74% na pastagem de Lat S 23º. O N é um elemento muito sensível, em todos os atributos analisados a mudança de uso da terra causou uma grande diminuição, e a degradação do solo é o fator que causa o grande impacto nesses atributos. A textura argilosa do solo garante maior atividade enzimática, porém em cultivos de cana-de-açúcar a atividade diminui independente da classe textural. Os mesmos usos da terra em diferentes locais não podem ser analisados como repetições. Sendo assim pode-se concluir que nos casos analisados o impacto da mudança de uso da terra de pastagem para cultivo de cana-de-açúcar se manifestou de forma diferente em cada local, não permitindo uma generalização. / The great demand for derivatives of sugarcane in Brazil is the motive for the area expansion for production as well as the increase of productivity have been the focus of agricultural areas in the center-south region. So areas that were previously pastures have been changing for sugarcane cultivation. This change has occured with great speed and therefore concerns about the sustainability of soil have been raised. The aim of this study was to determine how the current change from pasture to sugarcane cultivation impacts quantitative and functional microbiological attributes of soil in a soil climatic zone in the central-south region of Brazil considering the native vegetation as reference. For it were made analysis of soil microbial biomass carbon and nitrogen according to Vance, Brookes and Jenkinson (1987) and analysis of enzymatic activity of &beta;-glucosidase, acid and alkaline phosphatase according to Tabatabai (1994). There is a tendency to reduce fertility in pasture compared to native vegetation and then increase with the use of fertilizers in sugarcane cultivation. The stock of C has a lower value in the pasture when there is no fertilizers in Lat S 17º, decreases in the land use change in Lat S 21º, but there is a recovery in the switch over to sugarcane cultivation and it is the biggest in Lat S 23º when the soil texture is clayey. There is a decrease in the stock of CBM from native forests to pastures and an increase in sugarcane cultivation in Lat S 17º and Lat S 21º. In Lat S 23º the pasture has higher CBM stock than other land use systems. In the study sites the reason between CBM and C Total was 2.54% in the native vegetation in Lat S 17º and the highest 5.74% in the pasture of Lat S 23º. The N is a very sensitive element, in all attributes analyzed, the land use change caused a large decrease, and soil degradation is the factor that causes serious impact on those attributes. The clayey soil ensures greater enzymatic activity, but in sugarcane cultivation decreases the activity independent of the texture. The same land uses in different locations can\'t be analyzed as repetitions. Therefore in the cases analyzed the impact of the change from pasture to sugarcane cultivation was differently in each place, not allowing a generalization.

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