Le travail présenté dans ce manuscrit traite des mécanismes d'émergence des maladies infectieuses. Une première partie du texte est consacrée à la réflexion menée sur ces processus, et à leurs conséquences pour la gestion des maladies. Dans une deuxième partie nous exposons les travaux de modélisation réalisés ; l'objectif est de tester si des changements dans l'expression d'une infection peuvent être expliqués par la dynamique de circulation de l'agent infectieux dans la population hôte, à travers la protection de groupe. Nous montrons que l'apparition de la maladie de Carré chez les lions du Serengeti peut être due à une perte d'immunité de groupe suite à l'extinction du virus. Nous étudions ensuite les conséquences sur le patron épidémique d'une protection partiellement croisée entre souches. Enfin, nous intégrons à cette problématique la structure spatiale de la population hôte, pour expliquer des observations faites sur les systèmes lagomorphes/lagovirus en France.

Le travail présenté dans ce manuscrit traite des mécanismes d'émergence des maladies infectieuses. Une première partie du texte est consacrée à la réflexion menée sur ces processus, et à leurs conséquences pour la gestion des maladies. Dans une deuxième partie nous exposons les travaux de modélisation réalisés ; l’objectif est de tester si des changements dans l'expression d'une infection peuvent être expliqués par la dynamique de circulation de l'agent infectieux dans la population hôte, à travers la protection de groupe. Nous montrons que l'apparition de la maladie de Carré chez les lions du Serengeti peut être due à une perte d’immunité de groupe suite à l’extinction du virus. Nous étudions ensuite les conséquences sur le patron épidémique d'une protection partiellement croisée entre souches. Enfin, nous intégrons à cette problématique la structure spatiale de la population hôte, pour expliquer des observations faites sur les systèmes lagomorphes/lagovirus en France. / The study presented here aims to suggest and to test several mechanisms to explain how infectious diseases impact could increase, in relation to microparasite circulation and loss of herd protection. We first introduce the main characteristics of host/microparasite interaction and display some knowledge about emerging infectious diseases, and their consequences for diseases control. Stochastic modelling is then used to study epidemic patterns under several hypotheses and for different host/parasite systems: i) we explain canine distemper emergence in Serengeti lions through a break in virus circulation and the resulting loss of herd immunity; ii) we study the consequences of partial crossprotection induced in hosts by different strains in a small homogeneous host population; and iii) we extend this study to spatially structured host populations to explain data observed in lagomorphs/lagoviruses in France.

Cette thèse analyse le rôle de l’apprentissage dans deux cadres de modélisation distincts. Dans le cas dunouveau modèle canonique avec apprentissage adaptatif, les caractéristiques les plus marquantes des dynamiquesd’apprentissage concernent la capacité des règles de politique monétaire à assurer la convergencevers l’équilibre en anticipations rationnelles. Le mécanisme de transmission de la politique monétaire estcelui de l’effet de substitution associé au canal de la consommation. Dans le cas d’un modèle multi-agentsqui relâche des hypothèses restrictives du nouveau modèle canonique, tout en restant structurellementproche de celui-ci, les variables agrégées évoluent à bonne distance de cet équilibre, et on observe desdynamiques nettement différentes. La politique monétaire influence les variables agrégées de manièremarginale via l’effet de revenu du canal de la consommation. En présence d’un processus d’apprentissagesocial évolutionnaire, l’économie converge vers un faible niveau d’activité économique. L’introductiond’un processus caractérisé par le fait que les agents apprennent individuellement à l’aide de leurs modèlesmentaux atténue le caractère dépressif des dynamiques d’apprentissage. Ces différences entre les deuxcadres de modélisation démontrent la difficulté de généraliser les résultats du nouveau modèle canonique. / This thesis analyses the role of learning in two different modelling frameworks. In the new canonicalmodel with adaptive learning, the most remarkable characteristics of the learning dynamics deal withthe capacity of monetary policy rules to guaranty convergence to the rational expectations equilibrium.The transmission mechanism of the monetary policy is based on the substitution effect associated to theconsumption channel. In the case of an agent-based model which relaxes some restrictive assumptionsof the new canonical model - but is endowed with a similar structure - aggregate variables evolve atsome distance from the rational expectations equilibrium. Monetary policy has a marginal impact onthe agregated variables via the wealth effect of the consumption channel. When agents learn accordingto an evolutionnary social learning process, the economy converges to regions of low economic activity.The introduction of a process where agents learn individually by using their mental models induces lessdepressive learning dynamics. These differences between the two modelling frameworks show that thegeneralisation of the results of the new canonical model is not easy to achieve.