A falência ovariana prematura (FOP) é uma patologia rara, definida como a falência da função ovariana antes dos 40 anos de idade, causando amenorréia, hipogonadismo e níveis elevados de gonadotrofinas. Na maioria dos casos, apresenta-se na forma esporádica, pois apenas 5% apresentam história familial. Com relativa freqüência, a causa etiológica não é obtida, sendo então denominada de idiopática. Entre as causas conhecidas estão as alterações dos genes ligados ao cromossomo X e cromossomos autossômicos, doenças autoimunes, alterações tóxicas e iatrogênicas. Vários estudos têm sugerido que a FOP possa ser uma desordem genética, sendo o gene do receptor do FSH (FSHR) considerado um dos principais genes candidato. A primeira mutação inativadora do gene do receptor do FSH (FSHR) foi descrita por Aittomaki et al., 1995, em mulheres de famílias finlandesas que apresentavam amenorréia primária e uma mutação em ponto C566T no exon 7. Posteriormente, outras mutações inativadoras foram descritas: Ile169Thr e Arg573Cys (BEAU et al.,1998), Asp224Val e Leu601Val (TOURAINE et al.,1999), Ala419Thr (DOHERTY et al., 2002), Pro348Arg (ALLEN et al., 2003) e Pro519Thr (MEDURI et al., 2003). Por outro lado, duas variantes polimórficas, Ala307Thr e Ser307Asn, também, foram identificadas em pacientes com FOP (DA FONTE KOHEK et al., 1998, SUNDBLAD et al., 2004), embora uma relação com o fenótipo não tenha sido sistematicamente investigada.Assim, estudou-se uma coorte de 39 mulheres com FOP (casos esporádicos e familiais) que estão em acompanhamento na Unidade de Endocrinologia Ginecológica, Serviço de Endocrinologia do Hospital de Clínicas de Porto Alegre, com o objetivo de determinar a presença de mutações e/ou polimorfismos no gene do FSHR e verificar se estão associadas com o fenótipo clínico. Para este fim foram realizados 2 trabalhos, o primeiro analisando 36 casos com FOP esporádica e incluindo 2 pacientes probantes de 2 familias com FOP. O segundo estudo descrevendo o genótipo e fenótipo de 5 pacientes oriundas de 2 famílias com FOP. Variáveis clínicas e hormonais foram determinadas de todas pacientes. O DNA foi isolado de leucócitos periféricos. Os exons 6, 7, 9 e 10 do gene do FSHR foram analisados pela reação de polimerização em cadeia (PCR), seguidos por análise de restrição enzimática, eletroforese em gel com gradiente de desnaturação (DGGE) e seqüenciamento direto. Também foram medidos o volume uterino, espessura endometrial e volume ovariano porultrassonografia pélvica transvaginal. Embora não se tenha encontrado nenhuma mutação no gene do FSHR, identificou-se uma alta prevalência dos polimorfismos Ala307Thr e Ser680Asn, que se encontram em desequilíbrio de ligação. Não foram observadas associações entre a presença destes polimorfismos com os níveis séricos de FSH, LH, estradiol, bem como com volume ovariano e presença de folículos. No entanto, as pacientes com FOP esporádicas, com o polimorfismo Ala307Thr, apresentaram a última menstruação mais precocemente (A: idade=33.3 ± 7.1 anos vs. T: 28.6 ± 11.4 anos, p=0.04). A genotipagem dos casos de FOP familial evidenciou a presença dos 2 polimorfismos do gene do FSHR nas 5 pacientes e o fenótipo foi semelhante ao apresentado pelas mulheres com FOP esporádica. Em conclusão, a presença do polimorfismo Ala307Thr pode estar associada com um início mais precoce das manifestações clínicas em pacientes com FOP. Entretanto, estudos longitudinais são necessários para confirmar os resultados do presente estudo. / Premature ovarian failure (POF) is a rare pathology, defined as the failure of ovarian function before age 40, causing amenorrhea, hypogonadism and high gonadotropin levels. In most cases, premature ovarian failure is sporadic and only 5% of the affected individuals have a family history. Relatively often, the etiological cause is not determined and POF is thus labeled idiopathic. Among the known causes are alterations associated with the X chromosome and autosomal chromosomes, autoimmune diseases, and toxic and iatrogenic alterations. Several studies have suggested that POF may be a genetic disorder, the FSH receptor (FSHR) gene being considered one of the main candidate genes.The first inactivating mutation in the FSHR gene was described by Aittomaki et al., in 1995, in women of Finnish families with primary amenorrhea and a C566T point mutation in exon 7. Other inactivating mutations have since then been described: Ile169Thr and Arg573Cys (BEAU et al., 1998), Asp224Val and Leu601 Val (TOURAINE et al., 1999), Ala419Thr (DOHERTY et al., 2002), Pro348Arg (ALLEN et al., 2003), and Pro519Thr (MEDURI et al., 2003). On the other hand, two polymorphic variants, Ala307Thr and Ser307Asn, were also identified in POF patients (DA FONTE KOHEK et al., 1998, SUNDBLAD et al., 2004), although a relation with the phenotype has not been systematically investigated. Thus, a cohort was studied comprising 39 women with POF (sporadic and familial cases) being followed at the Gynecological Endocrinology Unit, Service of Endocrinology, Hospital de Clínicas de Porto Alegre, in order to determine the presence of mutations and/or polymorphisms in the FSHR gene and to ascertain if these are associated with the clinical phenotype. For this purpose, 2 studies were conducted, the first assessing 36 cases with sporadic POF, including 2 patients from 2 families with POF and the second describing the genotype and phenotype of 5 patients from 2 families with POF. Clinical and hormonal variables were determined for all patients. The DNA was isolated from peripheral leukocytes. Exons 6, 7, 9 and 10 of the FSHR gene were analyzed by polymerase chain reaction (PCR), followed by restriction enzyme analysis, denaturating gradient gel electrophoresis (DGGE), and direct sequencing. Also, uterine size, endometrial thickness and ovarian size were measured by transvaginal pelvic ultrasonography. Although no mutation of the FSHR gene was found, a high prevalence for Ala307Thr and Ser680Asn polymorphisms was found, that are in linkagedisequilibrium. No association was observed between the presence of these polymorphisms and the serum levels of FSH, LH and estradiol, as well as ovarian size and presence of follicles. However, patients with sporadic POF, presenting Ala307Thr polymorphism, had their latest menses earlier (A: age=33.3 ± 7.1 years vs. T: 28.6 ± 11.4 years, p = 0.04). The genotyping of cases with familial-related POF showed the presence of 2 polymorphisms in the FSHR gene in 5 patients, and the phenotype was similar to that presented by women with sporadic POF. In conclusion, the presence of Ala307Thr polymorphism may be associated with an earlier onset of clinical manifestations in POF patients. However, longitudinal studies are needed to confirm the results of the present study.

Introdução: Resistência aos antirretrovirais pode limitar opções de tratamento, principalmente em pacientes com acúmulo de falhas terapêuticas, o que pode comprometer resultados clínicos. Objetivos: caracterizar o perfil de mutações na transcriptase reversa e protease do HIV-1 de pacientes em falha ao tratamento. Secundariamente, avaliar associação entre mutações e número de falhas terapêuticas, associação entre mutações e subtipos do HIV-1 e apresentar a evolução temporal da prevalência dos subtipos do HIV-1, no estado do Pará, ao Norte do Brasil. Método: Estudo transversal, no qual se avaliam genotipagens, entre janeiro de 2004 a dezembro de 2013, com dados obtidos de formulário de solicitação do exame padronizado pela RENAGENO e de impressos dos resultados, ambos arquivados em quatro serviços de atendimento especializados. Foram incluídos os testes realizados por laboratório da RENAGENO, em maiores de 18 anos, e o primeiro exame daqueles que o realizaram em mais de um momento, totalizando 377 amostras. As mutações são descritas de acordo com o banco de dados de resistência do HIV da Universidade de Stanford (http://hivdb.stanford.edu), estimam-se suas prevalências e avaliam-se mutações de resistência de acordo com o número de falhas no momento da genotipagem, bem como diferenças de mutações entre subtipos B e não-B do HIV-1. Resultados: A mutação M184V foi a mais prevalente (80,1%), seguida da K130N (40,6%) e TAM. Em pacientes multiexperimentados previamente à genotipagem, resistência a ZDV, d4T e TDF foi associada às mutações M41L, D67N, V118I, L210W, K219Q e T69D; bem como resistência a todos os IP/r associou-se às mutações principais M46I, V82A, L90M, I54V, I84V, M46L e L76V. O subtipo B é o predominante no Pará (90,7%) e diferenças de prevalência de mutações entre subtipos ocorreram entre as mutações L63P e A71T versus subtipo B, enquanto as mutações L76V, M36I, K20R, L10V, L89M e F53L associaram-se ao subtipo não-B. Conclusão: A seleção de mutações de resistência do HIV-1 relacionada aos antirretrovirais é similar ao descrito em literatura. O acúmulo de falhas ao tratamento favorece a emergência de mutações, o que reforça o monitoramento de falha virológica, seguida de genotipagem para minimizar o impacto de resistência. Estudos adicionais de epidemiologia molecular são necessários para avaliar melhor a questão da prevalência de subtipos de HIV-1 no estado e possíveis associações com mutações de resistência do HIV-1. / Introduction: Resistance to antiretroviral treatment can limit treatment options, especially in patients with accumulation of therapeutic failures, which may compromise clinical outcomes. Objectives: characterizing the profile of mutations in the protease and reverse transcriptase of HIV-1 patients in the treatment failure. Secondarily to evaluate the association between mutations and the number of treatment failures, association between mutations and subtypes of HIV-1 and present the temporal evolution of the prevalence of subtypes of HIV-1 in the state of Pará in northern Brazil. Method: cross-sectional study in which genotyping is evaluated between January, 2004 and December, 2013 with data obtained from the standardized application form for the examination RENAGENO and printed the results, both filed in four specialty care services. We included those by laboratory RENAGENO in 18 years and the first examination in those who underwent more than one time, totaling 377 samples. Mutations are described according to the database of HIV resistance at Stanford University (http://hivdb.stanford.edu), estimated their prevalence and resistance is evaluated according to the number of failures at the time of genotyping as well as differences between mutations and subtype B and non-B HIV-1. Results: The M184V mutation was the most prevalent (80.1%), followed by K130N (40.6%) and TAM. In patients who received at least three treatments prior to genotyping, resistance to ZDV, d4T and TDF was associated with mutations M41L, D67N, V118I, L210W, K219Q and T69D; well as resistance to all PI / r was associated with the major mutations M46I, V82A, L90M, I54V, I84V M46L and L76V. HIV-1 subtype B was the most prevalent (90.7%) and there were differences between subtypes B versus mutations: L63P and A71T were more frequent in the subtype B, whereas mutations L76V, K20R, L10V, L89M and F53L were in non-B subtypes. Conclusion: The selection of resistance mutations in HIV-1 related to antiretroviral is similar to that described in the literature. The accumulation of failures to treatment favors the emergence of mutations, reinforcing the monitoring and evaluation of virologic failure by genotyping to minimize the impact resistance. Additional molecular epidemiological studies are needed to better assess the issue of prevalence of subtypes of HIV-1 in the state and possible associations with resistance mutations in HIV-1.

O câncer de mama é uma das neoplasias malignas mais comuns que afetam mulheres de todo o mundo. No Brasil, o Estado do Rio Grande do Sul tem índices de incidência e mortalidade por câncer de mama que situam-se entre os maiores do país. Aproximadamente 5-10% dos diagnósticos são causados por mutações germinativas em genes de predisposição entre os quais estão BRCA1 e BRCA2, associados à Síndrome de Câncer de mama e Ovário Hereditários (Hereditary Breast and Ovarian Cancer Syndrome ou HBOC, OMIM #114480).A identificação dos casos hereditários de câncer de mama é importante porque indivíduos afetados apresentam risco cumulativo vital muito superior ao da população para o desenvolvimento de câncer, porque familiares de um afetado podem estar igualmente em risco porque há medidas de rastreamento intensivo e intervenções preventivas que podem diminuir significativamente o risco de câncer em portadores de mutação. O diagnóstico molecular da síndrome HBOC é laborioso e caro devido à heterogeneidade molecular da doença. Famílias que apresentam características indicativas de uma síndrome de predisposição ao câncer de mama e ovário hereditários, mas que são negativas para mutações pontuais em BRCA1/2 vêm sendo testadas para grandes rearranjos visto que essas anormalidades têm sido consideradas como respondendo por, no mínimo, 10% do todos os casos HBOC com mutação identificável, incluindo grandes deleções ou duplicações. Um estudo recente de Portugal, demonstrou que um rearranjo fundador no exon 3 de BRCA2 ocorre em por 8% das famílias HBOC do Norte do país. Os objetivos deste trabalho incluíram a verificação da freqüência e caracterização de rearranjos gênicos nos genes BRCA1 e BRCA2, incluindo a mutação fundadora c.156_157insAlu no exon 3 de BRCA2 em famílias brasileiras dealto risco para a síndrome HBOC. Em um grupo de 145 indivíduos em risco nãorelacionados rastreados para a mutação fundadorac.156_157insAlu no exon 3 de BRCA2 foram encontrados 3 portadores da mutação (prevalência de 2%). Em um grupo de 145 indivíduos de risco não-relacionados rastreados para rearranjos gênicos em BRCA1 e BRCA2 pela técnica de MLPA (multiplex ligation-dependent probe amplification) foram identificados 4 portadores de mutação germinativa, sendo a mutação em dois deles um rearranjo gênico no gene BRCA1 (1,4%) envolvendo sequencias Alu. Rearranjos gênicos em BRCA1 e BRCA2 são responsáveis por uma parcela das mutações em famílias HBOC Brasileiras. O presente estudo, envolvendo uma série grande de famílias com o fenótipo da síndrome HBOC, não identificou novos rearranjos fundadores, no entanto, demonstrou a presença de rearranjos tanto em BRCA1 quanto em BRCA2, reiterando a importância da busca ativa por estas alterações, que dificilmente são identificadas por técnicas convencionais de sequenciamento gênico. A técnica de MLPA associada a um protocolo específico para detecção da mutação fundadora Portuguesa c.156_157insAlu podem ser utilizadas como estratégia inicial de rastreamento de mutações em famílias Brasileiras com a síndrome. Os resultados apresentados aqui, no entanto, indicam que mutações serão identificadas em menos de 10% dos casos utilizando esta estratégia. / Breast cancer is one of the most common malignancies affecting women worldwide. In Brazil, the State of Rio Grande do Sul has incidence rates and mortality from breast cancer are among the largest in the country. Approximately 5-10% of the cases are caused by germline mutations in predisposing genes including BRCA1 and BRCA2 are associated with the syndrome of breast and ovarian cancer Hereditary (Hereditary Breast and Ovarian Cancer Syndrome or HBOC, OMIM # 114480). The identification of inherited cases of breast cancer is important because affected individuals have cumulative risk life much higher than the population for developing cancer because of an affected family may also be at risk because there are measures of intensive screening and preventive interventions that can significantly decrease the risk of cancer in mutation carriers. The molecular diagnosis of HBOC syndrome is laborious and expensive due to the molecular heterogeneity of the disease. Families that have characteristics indicative of a cancer predisposition syndrome of hereditary breast and ovarian cancers, but are negative for mutations in BRCA1/2 have been tested for large rearrangements because these abnormalities have been identified as accounting for at least 10 % of all cases HBOC identifiable mutation, including large deletions or duplications. A recent study from Portugal, the founder showed that a rearrangement in exon 3 of BRCA2 occurs in 8% of HBOC families of the north. The objectives of this work included the verification of the frequency and characterization of gene rearrangements in BRCA1 and BRCA2 genes, including c.156_157insAlu founder mutation in exon 3 of BRCA2 mutations in Brazilian families at high risk for HBOC syndrome. In a group of 145 individuals at risk unrelated traced to c.156_157insAlu founder mutation in exon 3 of 3 found BRCA2 mutation carriers (prevalence 2%). In a group of 145 individuals at risk unrelated screened for gene rearrangements in BRCA1 and BRCA2 by the technique of MLPA (multiplex ligationdependent probe amplification) identified four carriers of germline mutation, and two of the mutation in a gene rearrangement in the gene BRCA1 (1.4%) involving Alu sequences. Gene rearrangements in BRCA1 and BRCA2 account for a portion of HBOC mutations in Brazilian families. This study, involving a large series of families with HBOC syndrome phenotype, no new rearrangements identified founders, however, showed the presence of rearrangements in both BRCA1 and BRCA2, reiterating the importance of active search for these changes, which hardly are identified by conventional techniques of gene sequencing. The technique of MLPA protocol associated with a specific mutation detection founder Portuguese c.156_157insAlu strategy can be used as initial screening for mutations in families with Brazilian syndrome. The results presented here, however, indicate mutations that will be identified in less than 10% of the cases using this strategy.

A Fibrose cística é uma doença autossômica recessiva que tipicamente se manifesta por doença pulmonar obstrutiva crônica, insuficiência exócrina do pâncreas e elevada concentração de eletrólitos no suor. É causada por mutações no gene Cystic Fibrosis Transmembrane Regulator (CFTR). A disfunção da CFTR causa obstrução principalmente das vias aéreas e dos ductos pancreáticos. O curso e a gravidade da manifestação pulmonar não estão sempre diretamente relacionados ao genótipo especifico da CFTR, sugerindo uma forte ação de genes modificadores ou de variantes intragênicas, que podem influenciar na gravidade do fenótipo associado. Objetivo: Este estudo propôs caracterizar clínica e geneticamente uma amostra de pacientes com fibrose cística no Hospital Universitário João de Barros Barreto (Pará, Brasil) e estabelecer uma possível associação da variante p.M470V com a gravidade da doença respiratória. Metodologia: Um questionário clínico e epidemiológico foi aplicado para coleta de dados dos pacientes em dois momentos distintos. O DNA foi extraído e realizado seqüenciamento direto dos éxons: 11, 12, 18, 19, 21 e 22 utilizando sequenciador automático ABI Prism – 3130 (Applied Biosystems). Resultados: Foram coletados dados clínicos de 135 pacientes, porém o estudo genético só foi possível em 125 destes. A média de idade dos pacientes estudados foi de 15,44 ± 11,8 anos (mediana: 13 anos) e ao diagnóstico foi de 10,00 ± 9,6 anos (mediana: 7 anos), onde 56,3% eram do sexo masculino e 82,2% pardos. Ao diagnóstico 94,8% dos pacientes eram sintomáticos: respiratórios (92,6%), digestivos (34,9%) e 32,6% desnutridos. Pseudomonas aeruginosa (37,4%) e Staphylococcus aureus (49,63%) foram os microorganismos mais frequentes do trato respiratório. O éxon 11 foi o que apresentou uma maior prevalência de alterações patogênicas e não patogênicas. A frequência alélica da mutação p.F508del foi 14,8% e da p.M470V foi 56,4%. O estudo não demonstrou associação de p.M470V isoladamente com gravidade de doença respiratória, porém a mutação p.F508del mostrou associação com pior evolução radiológica e infecção por P aeruginosa. Conclusão: O estudo revelou um diagnóstico tardio nesta amostra, e não esclareceu o papel da variante p.M470V na evolução da doença respiratória da FC. / Cystic fibrosis is an autosomal recessive disease that typically manifests as chronic obstructive pulmonary disease, exocrine pancreatic insufficiency, and a high concentration of electrolytes in sweat caused by mutations in the gene Cystic Fibrosis Transmembrane Regulator (CFTR). The dysfunction of CFTR causes obstruction, especially of the airways and pancreatic ducts. The course and severity of pulmonary manifestations are not always directly related to the specific CFTR genotype, suggesting a strong action of modifying genes and of intragenic variants, which may influence the severity of the associated phenotype. Objective: This study aimed to clinically and genetically characterize a sample of patients with cystic fibrosis in the Hospital Universitário João de Barros Barreto (Pará, Brazil) and establish a possible association of the variant p.M470V with the severity of respiratory disease. Methods: A clinical and epidemiological questionnaire was applied to collect data from patients two different times. DNA was extracted and direct sequencing of exons 11 , 12 , 18 , 19 , 21 and 22 was performed using an automated sequencer ABI Prism - 3130 (Applied Biosystems). Results: Clinical data of 135 patients were collected; however, the genetic study was only possible in 125 of these. The mean age of patients was 15.44 ± 11.8 years (median: 13 years) and, at diagnosis, was 10.00 ± 9.6 years (median: 7 years), where 56.3% were male, the majority brown (82.2%). At diagnosis 94.8% of patients were symptomatic: respiratory (92.6%) , digestive (34.9%) ,and 32.6% malnourished. Pseudomonas aeruginosa (37.4%) and Staphylococcus aureus (49.63%) were the most frequent microorganisms of the respiratory tract. Exon 11 accounted for the majority of the variants found. The allelic frequency of p.508del mutation was 14.8% and of p.M470V was 56.4%. The study showed no association of p.M470V with severity of respiratory disease, but the p.F508del mutation was associated with worsening radiological evolution and P aeruginosa infection. Conclusion: The study revealed a delayed diagnosis in this sample, and did not clarify the role of p.M470V in respiratory disease.

Submitted by (ana.araujo@ufrpe.br) on 2016-07-07T12:21:24Z No. of bitstreams: 1 Joseilme Fernando Gouveia.pdf: 4012962 bytes, checksum: 43c23a4011cc51d8a1e89ae1f1915c96 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-07-07T12:21:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Joseilme Fernando Gouveia.pdf: 4012962 bytes, checksum: 43c23a4011cc51d8a1e89ae1f1915c96 (MD5) Previous issue date: 2010-01-15 / We have investigated the rate of substitution of advantageous mutations in populations of haploid organisms where the rate of recombination can be controlled. We have verified that in all the situations recombination speeds up adaptation through recombination of beneficial mutations from distinct lineages in a single individual, and so reducing the intensity of clonal interference. The advantage of sex for adaptation is even stronger when deleterious mutations occur since now recombination can also restore genetic background free of deleterious mutations. However, our simulation results demonstrate that evidence of clonal interference, as increased mean selective effect of fixed mutations and reduced likelihood of fixation of small-effect mutations, are also present in sexual populations. What we see is that this evidence is delayed when compared to asexual populations. / Nós investigamos a taxa de substituição de mutações vantajosas em populações de organismos haplóides, assumindo que o mecanismo de recombinação está fixo, com a ocorrência de mutações benéficas e deletérias. Propomos um modelo de população finita de indivíduos em que permitiu a recombinação com taxa r e quantificamos o sexo no modelo. Verificamos que o sexo e a recombinação aumentam a taxa de adaptação por permitir a recombinação das mutações originalmente benéficas em linhagens distintas da população e, assim, reduz a intensidade da interferência clonal. A vantagem do sexo é maior até quando ocorrem mutações deletérias, pois a recombinação possui um papel importante, porque eliminam as mutações deletérias com maior eficiência. Porém, nossos resultados de simulação demonstram também a ocorrência de evidências da interferência clonal em populações sexuadas. Observamos que, comparando a população sexuada com a assexuada, a interferência clonal ocorre para taxas mais elevadas de mutação benéfica. Notamos claramente a redução no ritmo de crescimento da taxa de fixação das mutações benéficas juntamente com o aumento do efeito médio seletivo das mutações que se fixam. E determinamos as distribuições que melhor descrevem a distribuição do efeito seletivo das mutações benéficas que conseguem se fixar em uma população.

O câncer de mama é uma das neoplasias mais freqüentes em mulheres, conseqüentemente muitos esforços têm sido feitos na tentativa de se chegar a um diagnóstico mais precoce ou até mesmo na obtenção de maiores índices de cura. Neste sentido, o presente trabalho avaliou três tipos de alterações em nível de DNA mitocondrial com a intenção de verificar relações entre a apresentação clínico-patológica do tumor, na ocasião do ato cirúrgico, a ocorrência de mutações no DNA mitocondrial do tecido neoplásico primário e linfonodos axilares metastásicos. Para tanto, 82 amostras foram analisadas quanto à presença de alterações na alça D (D310 e microsatélite (CA).) e a ocorrência de grandes deleções na região 8295-13738. Os resultados mostraram que variações na região correspondente a alça D do mtDNA, tanto na região D310 quanto no microsatélite (CA)., são freqüentes, confirmado esta região como um "hot-spot" mutacional. Por outro lado, a deleção de 4977pb foi rara (4%) nas amostras analisadas, diferindo de resultados obtidos em outros trabalhos. Uma nova deleção de 5247pb na região 8295¬13738 foram constatadas numa amostra de linfonodos metastásico. Comparação direta entre tumores primários e linfonodos metastásicos mostrou que em 53% dos linfonodos comprometidos apresentam alterações em nível de mtDNA. Estas alterações correspondem a deleções no microsatélite (CA). na região D310 e um caso de deleção de 4977pb. Considerando que as alterações em nível de mtDNA refletem a instabilidade do genoma, tal constatação pode ser tomada como indicativo do maior grau de malignidade das células presentes nos linfonodos metastásicos, e a ocorrência seleção de grupos celulares durante o processo de metastização. / Breast cancer is one ofthe most ftequent diseases among women, consequently much effort has been done in order to have earlier diagnosis or even to achieve higher cure rates. In this way, the present work had assessed three kinds of alterations in mitochondrial DNA aiming to verify possible relations between clinical and pathological data at the time of surgery and the occurrence of mitochondrial DNA mutations in the primary neoplasic tissue and metastasic axillary lymphonodes. In this sense, 82 samples were analyzed with respect to alterations at the D¬loop region (D310 and microsatelite (CA)n) and occurrence of large deletions at the 8295-3738 region. The results showed that variations at the D-Ioop region of the mtDNA, both at the 0310 location and the microsatellite (CA)n are frequent, confirming this region as a mutational hot-spot. Conversely, the deletion of 4977bp was rare (4%) in the analyzed samples, differing from results obtained in other works. A new deletion of 5247 pb within the region 8295-\3738 was found in a metastatic lymphonode sample. Direct comparison between primary tumor and metastatic lymphonodes showed that 53% of the compromised lymphonodes exhibit alterations at the mtDNA level. This alterations correspond to deletions at the microsatellite (CA)n, the D31O region, and one case of 4977bp delection. Considering that alterations at mtDNA level reflect the genomic instability, the present results can be considered as indicative of the higher degree of malignance of the cells present at the metastatic lynphonodes, and the occurrence of clonal selection during the metastatic process.

Submitted by Cláudia Bueno (claudiamoura18@gmail.com) on 2016-03-21T17:16:47Z No. of bitstreams: 2 Tese - Ludimila Paula Vaz Cardoso - 2009.pdf: 2018391 bytes, checksum: a45731b4e5b612ada7fa15b35c75c521 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2016-03-22T14:04:38Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Tese - Ludimila Paula Vaz Cardoso - 2009.pdf: 2018391 bytes, checksum: a45731b4e5b612ada7fa15b35c75c521 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-03-22T14:04:38Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Tese - Ludimila Paula Vaz Cardoso - 2009.pdf: 2018391 bytes, checksum: a45731b4e5b612ada7fa15b35c75c521 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2009-08-04 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / HIV-1 resistance to antiretroviral (ARV): nucleoside reverse transcriptase inhibitors (NRTI), non-nucleoside reverse transcriptase inhibitors (NNRTI), protease inhibitors (PI) and new ARV classes, like enfurvitide (T-20), represents a challenge for sustainable virological and immunologic responses. This study describes the prevalence of primary and secondary HIV-1 drug resistance and subtypes circulating in Central West Brazil. HIV-1 phylogenetic diversity and ARV resistance mutations were assessed among 97 ARV naïve patients, 48 ARV experienced patients and 77 HIV-1 pregnant women from Goiânia/GO. Protease (PR), partial reverse transcriptase (RT) and gp41 genes were amplified and sequenced from plasma RNA. HIV-1 pol subtypes were assigned by phylogenetic analysis and env/gag subtypes were identified by heteroduplex mobility analysis (HMA). ARV resistance mutations were analyzed by Stanford University Database, Internacional AIDS Society, Los Alamos Database and other sources. Among ARV naïve patients, primary drug resistance ranged from 8-10%. IP (n=2), NRTI (n=3), NRTI (n=1), IP+NRTI (n=1) e NRTI+NNRTI (n=3). Subtype B represented 82.5%, subtype F1 6.2%, subtype C 3.1%, BPR/F1RT 7.2% and one sample was F1PR/CBRT mosaic. Among ARV experienced patients, secondary drug resistance was 79%: NRTI (n=1), NNRTI (n=1), PI+NRTI or NRTI+NNRTI (n=20), PI+NRTI+NNRTI (n=16, considered multidrug resistant-MDR). In the HIV-1 pol gene, subtype B represented 79.2%, subtype F1 4.2%, subtype C 2.1%, F1PR/BRT 8.3% and BPR/F1RT 6.3%. Among MDR patients, the mosaic F1PR/BRT/F1ENV (n=1) and subtype BPR/BRT/BENV (n=13) were identified. G36E, N42T and N43S T-20 resistance mutations were observed in 3 MDR patients. In the group of pregnant women, none had primary drug resistance mutations. Among 42 ARV experienced pregnant women, 16.7% presented HIV-1 isolates with drug resistance mutations: NRTI (n=2), NRTI + NNRTI (n=2), PI + NTRI (n=2) and PI+NRTI+NNRTI (n=1). Regarding HIV-1 subtypes in env gag/PR RT genes, 66.2% were subtype B, 3.9% subtype C and 6.5% subtype F1. Our data from Central West Brazil show extensive genetic diversity with a significant proportion of distinct BF1 recombinants and the co-circulation of subtypes B, F1 and C. Moreover our data show that ARV naïve and ARV experienced patients, including pregnant women, can benefit from genotyping for ARV drug resistance, to improve clinical management and salvage therapy, which are also important to control HIV-1 transmission. / A resistência do HIV-1 aos antirretrovirais (ARV): inibidores da transcriptase reversa análogos a nucleosídeos e nucleotídeos (NRTI), inibidores da transcriptase reversa não análogos a nucleosídeos (NNRTI), inibidores da protease (IP) e novas classes de drogas antirretrovirais, como o enfurvitida (T-20), representa um desafio para a resposta virológica e imunológica dos pacientes HIV+/Aids. Este estudo descreve a prevalência de resistência primária e secundária do HIV-1 aos ARVs e os subtipos circulantes na região Centro-Oeste do Brasil. A diversidade filogenética do HIV-1 e as mutações de resistência foram avaliadas entre 97 pacientes virgens de tratamento, 48 pacientes em terapia ARV e 77 gestantes HIV+/Aids de Goiânia/GO. Os genes da protease (PR), parte da transcriptase reversa (TR) e da gp41 foram amplificados e sequenciados a partir do RNA plasmático. Os subtipos no gene pol foram avaliados através da análise filogenética e no gene env/gag foram identificados através da análise da mobilidade do heteroduplex (HMA). As mutações de resistência aos ARVs foram analisadas através do banco de dados da Universidade de Stanford, da Sociedade Internacional de Aids, de Los Alamos e outras fontes. Entre os pacientes virgens de tratamento, a prevalência de resistência primária variou de 8-10%: IP (n=2), NRTI (n=3), NRTI (n=1), IP+NRTI (n=1) e NRTI+NNRTI (n=3). O subtipo B representou 82,5%, o subtipo F1 6,2%, o subtipo C 3,1%, o mosaico BPR/F1RT 7,2% e uma amostra apresentou o mosaico F1PR/CBRT. Entre os pacientes em terapia ARV, a prevalência de resistência secundária foi de 79%: NRTI (n=1), NNRTI (n=1), IP+NRTI or NRTI+NNRTI (n=20), IP+NRTI+NNRTI (n=16, considerados multiresistentes-MDR). No gene pol do HIV-1, o subtipo B representou 79,2%, o subtipo F1 4,2%, o subtipo C 2,1%, o mosaico F1PR/BRT 8,3% e o mosaico BPR/F1RT 6,3%. Entre os pacientes MDR, foram identificados o mosaico F1PR/BRT/F1ENV (n=1) e o subtipo BPR/BRT/BENV (n=13). As mutações de resistência ao T-20, G36E, N42T e N43S, foram observadas em 3 pacientes MDR. No grupo das gestantes, nenhuma apresentou mutação de resistência primária. Entre 42 gestantes em tratamento ARV, 16,7% apresentaram isolados do HIV-1 com mutações de resistência aos ARVs: NRTI (n=2), NRTI+NNRTI (n=2), IP+NTRI (n=2) e IP+NRTI+NNRTI (n=1). Em relação aos subtipos do HIV-1 nos genes env gag/PR TR, 66,2% foram do subtipo B, 3,9% subtipo C e 6,5% subtipo F1. Nossos resultados do Centro-Oeste do Brasil mostram grande diversidade genética com significantiva proporção de recombinantes BF1 e a co-circulação de subtipos B, F1 e C. Além disso, nossos dados mostram que pacientes virgens de tratamento e em terapia ARV, incluindo gestantes, podem se beneficiar da genotipagem do HIV-1 para resistência aos ARVs, para melhorar a conduta clínica e a terapia de resgate, que também são importantes para o controle da transmissão do HIV-1.

Submitted by Maryse Santos (maryseeu4@gmail.com) on 2016-09-02T15:09:48Z No. of bitstreams: 1 Dissertação Matilde Contreras.pdf: 2282058 bytes, checksum: eae1f17b53a7e783e6a0d0a1bff74346 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-09-16T12:25:29Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação Matilde Contreras.pdf: 2282058 bytes, checksum: eae1f17b53a7e783e6a0d0a1bff74346 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-09-16T12:31:38Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação Matilde Contreras.pdf: 2282058 bytes, checksum: eae1f17b53a7e783e6a0d0a1bff74346 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-16T12:31:38Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertação Matilde Contreras.pdf: 2282058 bytes, checksum: eae1f17b53a7e783e6a0d0a1bff74346 (MD5) Previous issue date: 2013-05-17 / CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Leprosy is a chronic infectious disease caused by Mycobacterium leprae. Worldwide efforts to control leprosy with multidrug therapy (MDT), which is a combination of the drugs rifampin, dapsone and clofazimine, have led to a significant reduction in the detection of new cases in recent years. The current control measure for treating leprosy based mainly in MDT is designed to prevent the emergence, transmission and spread of resistant strains of M. leprae. Although resistance has been reported since 1964 to dapsone, since 1976 to rifampin and since 1994 to ofloxacin, determining the prevalence of drug resistance was made possible only with the advent of molecular biology techniques. It is known that mutations in the folp1 gene result in dapsone resistance. Mutations in the rpoB gene are responsible for rifampin resistance. Mutations in the gyrA gene are associated with fluoroquinolone resistance. The aim of this study was to identify mutations in the folp1, gyrA and rpoB genes of M. leprae from leprosy patients being treated at a reference center of dermatologic diseases in the state of Amazonas, Brazil. We utilized molecular biology techniques including conventional Polymerase Chain Reaction (PCR), Leprosy Drug Susceptibility-DNA microarray (LDS-DA) and DNA sequencing. Using the LDS-DA test two mutations in the rpoB gene were observed in two different samples. These mutations were confirmed by DNA sequencing. Through DNA sequencing four mutations in the folp1 gene five mutations in the gyrA gene and six mutations in the rpoB gene were detected. This included two samples that had mutations in both the gyrA and rpoB genes, indicating multidrug resistance (MDR). Primary and secondary drug resistance was confirmed using LDS-DA analysis and DNA sequencing in slit skin smear specimens obtained from leprosy patients, showing the spread of resistant strains of M. leprae in this area of Brazil and the importance to vary the treatment in these leprosy patients to prevent the dissemination of resistant leprosy bacilli. / A hanseníase é uma doença infecciosa crônica causada pelo Mycobacterium leprae. Os esforços globais no controle da hanseníase incluindo a poliquimioterapia (PQT) que consiste na combinação dos fármacos: rifampicina, dapsona e clofazimina têm levado à significativa redução na detecção de casos novos nos últimos anos. A atual estratégia para o controle da hanseníase está embasada principalmente na PQT e pretende prevenir o surgimento, a transmissão e a disseminação de cepas resistentes de M. leprae. Atualmente, sabe-se que mutações no gene folp1 de M. leprae resultam em resistência à dapsona. Mutações no gene rpoB são responsáveis pela resistência à rifampicina. Mutações no gene gyrA são correlacionadas com resistência às fluoroquinolonas. O objetivo deste estudo foi identificar mutações nos genes folp1, gyrA e rpoB do M. leprae de pacientes com hanseníase atendidos no centro de referência de doenças dermatológicas no estado do Amazonas, Brasil. Neste trabalho foram utilizadas técnicas da Biologia Molecular incluindo Reação em Cadeia da Polimerase (PCR), Leprosy Drug Suceptibility-DNA microarray (LSD-DA) e sequenciamento de DNA. Com o LSD-DA foram identificadas duas mutações no gene rpoB em dois diferentes amostras. Através do sequenciamento de DNA foram detectadas quatro mutações no gene folp1, cinco mutações no gene gyrA e seis mutações no gene rpoB. Nestes dados incluem-se duas amostras com mutações nos genes gyrA e rpoB, indicando multidroga resistência. Resistência primaria e secundária foi confirmada usando LDS-DA e sequenciamento de DNA em amostras de raspados dérmicos de pacientes com hanseníase, mostrando a disseminação de cepas resistentes de M. leprae nesta área do Brasil e a importância de avaliar o tratamento nestes pacientes para prevenir a disseminação de bacilos resistentes na hanseníase.

Made available in DSpace on 2016-03-15T19:38:05Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Agostinho Benigno Monteiro Gutierrez.pdf: 1771214 bytes, checksum: b247e1232736a440c8348a9a5765749a (MD5) Previous issue date: 2007-09-19 / Fundo Mackenzie de Pesquisa / Evolutionary strategies normally use the Gaussian distributions in order to control the mutations over real values. Since there are other kinds of distributions in nature and in mathematics, such as those of Cauchy, Lévy and S-Lévy, in addition to several stable distributions, it seems a natural step to extend the standard approach, by using an algorithm that would be based upon other existing distributions, or that would even allow the choice of a stable distribution in a self-adaptive way. Such an idea is briefly sketched herein, in the context of populations of individuals that evolve towards the minimum of a test function (namely, the n-dimensional Rastrigin, Rosenberg, Griewangk and Schwefel functions) by means of evolutionary strategies, whose mutations are guided by eight types of specific types of distributions and by a self-adaptive scheme over a subset of the possible stable distributions. During the evolution of the experiment a remarkable influence on the right choice of the distribution family can be noted related to the search for the global minimum of a test function. This is due to the diversity used in the form of distribution: asymmetric and long tale (Lévy) and symmetric with various type of tale on the others. The choice of the type of distribution occurs determining four parameters properly: stability rate, asymmetric, scale and position. The choice of the type of distribution occurs determining if the four parameters above mentiones are part of the chromosome that also contains the possible coordinates of the global minimum that will be mutated according to the chosen distribution. Having applied this different mutation in the evolutionary process will lead to the global minimum of the chosen test function. The results indicate that the combined use of stable distribution controlling the mutations of the coordinates can result in a performance improvement regarding the convergence and consequent determination of the solution, when applied to spatially constrained benchmark functions. / Usualmente, as estratégias evolutivas utilizam as distribuições Gaussianas para governar as mutações sobre valores reais. Já que na natureza e na matemática existem outros tipos de distribuições, tais como de Cauchy, de Lévy e de S-Lévy, além de uma infinidade de distribuições estáveis, é razoável se pensar em expandir a abordagem tradicional, utilizando-se um algoritmo baseado em outras distribuições existentes, ou mesmo que possibilite a escolha de uma distribuição estável, de forma auto-adaptativa. Esta idéia é aqui ilustrada, no contexto de populações de indivíduos que evoluem em busca do mínimo de uma função de teste (no caso, a função de Rastrigin, vale de Rosenberg, Griewangk e Schwefel em n-dimensões) através de estratégias evolutivas cujas mutações são guiadas por oito tipos específicos de distribuições e de um esquema auto-adaptativo em um subconjunto das distribuições estáveis. Durante a evolução dos experimentos observa-se uma forte influência da escolha adequada da família de distribuição na correlação da busca do mínimo global na função de teste. Este fato se deve a diversidade utilizada na forma da distribuição: assimétrica e cauda longa (Lévy) e simétrica com vários tipos de cauda nas demais. A escolha do tipo de distribuição ocorre determinando-se adequadamente quatro parâmetros: Índice de estabilidade (α), assimétrico (β), escala (ϒ) e posição (δ). A escolha do tipo de distribuição ocorre determinando-se os quatro parâmetros acima que fazem parte do cromossomo que também contém as possíveis coordenadas do ponto de mínimo global que seram mutadas com base distribuição escolhida. Com aplicação desta mutação diferenciada no processo evolutivo chegasse ao mínimo global da função de teste escolhida. Os resultados indicaram que a utilização conjunta de distribuições estáveis governando as mutações das coordenadas podem acarretar uma melhora de desempenho com respeito à convergência e conseqüente determinação da solução, quando aplicadas sobre funções de teste delimitadas espacialmente.

A mitocôndria é a organela citoplasmática responsável pelo maior sistema produtor de energia, a fosforilação oxidativa (OXPHOS). Foi proposto que em células tumorais a hiper-regulação da glicólise em condições normais de oxigênio (Efeito Warburg), está associada a defeitos na OXPHOS e pode regular o fenótipo tumoral, por exemplo, o potencial metastático da célula por meio da indução de vias pseudohipóxicas durante a normóxia. Estudos recentes mostraram que vários tipos de tumores possuem mutações somáticas em seu genoma mitocondrial, o que pode alterar as funções da OXPHOS levando a troca de metabolismo energético nas células tumorais e induzindo a tumorigênese. Diante disto, o presente trabalho avaliou a instabilidade do genoma mitocondrial em etapas bem definidas da progressão do câncer colorretal. O DNA genômico foi extraído de amostras de adenoma, adenocarcinoma, tecido adjacente e sangue periférico de nove pacientes diagnosticados com Câncer colorretal. O genoma mitocondrial foi amplificado e sequenciado para que fossem feitas as buscas por mutações nas amostras de sangue periférico, adenomas e adenocarcinoma. Foi também medido o número de cópias relativas do mtDNA. Foram encontradas um total de 233 mutações, das quais 162 foram em comum entre os três tecidos avaliados. As amostras de adenocarcinoma foram as que apresentaram uma maior média de mutações por amostra (44,6), seguidas dos adenoma (40,2) e do sangue periférico (34). As amostras de adenocarcinoma apresentaram uma maior instabilidade do mtDNA refletidas a partir de um maior número de mutações somáticas (tanto do tipo InDel como mutações de uma única base), mutações não sinônimas com maior patogenicidade, maior número de mutações em heteroplasmia e com taxa de heteroplasmia elevada. Já as amostras de adenoma apresentaram instabilidade dos seus mtDNA intermediários entre o tecido não tumoral e tumoral, refletindo bem a etapa de modificação celular no qual esses tecidos se encontram. Na análise do número de cópias relativas, as amostras de adenocarcinoma tiveram diminuição no número de cópias relativas quando comparadas com tecido adjacente (p= 0,01) e com adenomas (p= 0,04). Em síntese, o presente trabalho sugere que a instabilidade do genoma mitocondrial parece ter um papel importante no desenvolvimento de tumores colorretais. / The mitochondrion is a cytoplasmic organelle responsible for the major energy producing system, which is the oxidative phosphorylation enzyme pathway (OXPHOS). It was proposed that glycolysis up-regulation during normal oxygen conditions (Warburg effect) may induce defects in the mitochondrial respiration and regulate tumoral phenotypes, for example, metastatic potential through the induction of pseudohipoxic pathways during normoxia. Recent studies have shown that many kinds of tumors have mtDNA somatic mutations, which could alter the OXPHOS functions, leading to changes in glucose metabolismo and improvind tumorigenesis. This study analyzed the mitochondrial genome instability of well defined stages of colorectal cancer. Genomic DNA was extracted from adenoma, adenocarcinoma, adjacente tissue and peripheral blood of patients diagnosed with Colorectal cancer. The mitochondrial genome was amplified and sequenced for mutations screening in adenoma, adenocarcinoma e blood samples. It was also analyzed the relative mtDNA copy number. It was find a total of 233 mutations, which 162 were in common among the three analyzed tissues. The adenocarcinoma samples presented a greater mutation mean per sample (44.6) followed by adenomas samples (40.2) and blood samples (34). The adenocarcinoma samples also shown a greater mitochondrial genome instability refleted by increased of somatic mutations (InDels and single nucleotide variation), non sinonimous mutations with higher patogenicity, increased number of heteroplasmatic mutations and higher heteroplasmatic levels. The adenoma samples showed intermadiate instability of its mtDNA, which well reflects the intermediate stage of cellular modifications of this tissue. The mtDN copy number analysis shown that the adenocarcinoma samples presented decreased number of mtDNA content when compared with adjacente tissue (p= 0.01) and adenoma samples (p= 0.04). In summary the presente study suggests that the mitochondrial genomic instability seems to play an importante role in colorectal tumorigenesis.