An increasing trend in mass mortality events (MMEs) has been observed in recent years, leading to an increased study of these events and their causes. Still to be investigated are the immediate and long-term effects of these environmental disturbances. Microbial communities found on and within the carcass are a major contributor to decomposition. With an increased biomass from several carcasses, transfer of these microbes to secondary death events may be affected. For this project, several simulated MMEs were used in conjunction with a secondary death event to observe the effects of transfer between the microbial communities and changes in the communities over time. It was found that microbial diversity decreases over time as decomposition progresses, and that an initial difference which can be observed between skin and internal microbial communities homogenizes over time. This result will contribute to an understanding of microbial succession and the impact of increasing MMEs.

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La microbiologie judiciaire consiste à utiliser des microorganismes comme éléments de preuves dans une enquête judiciaire. Elle est appliquée dans plusieurs buts, dont l’identification de fluides biologiques et la compréhension des mécanismes de décomposition des cadavres entre autres. L’objectif de ce mémoire est de tester l’application de nouvelles méthodes de prédictions utilisant la microbiologie judiciaire et d’évaluer leur potentiel pour le domaine. Dans un premier temps, au chapitre 2, nous avons étudié une nouvelle méthode pour identifier les fluides vaginaux par le microbiome. Alors que plusieurs méthodes existent pour identifier des sources pures de fluides vaginaux, nous avons testé un modèle sur des mélanges de fluides pour voir s’il était possible de reconnaître la présence de sources vaginales dans ceux-ci. Nos résultats montrent que le modèle utilisé avec le seuil choisi a une spécificité de 100% en ce qui a trait à l’identification de fluides vaginaux dans des mélanges et une sensibilité de 70%. Ainsi, nos résultats démontrent qu’il serait possible d’utiliser éventuellement cette méthode en sciences judiciaires. Dans un deuxième temps, au chapitre 3, nous avons exploré le changement du microbiome épinécrotique sur une période de sept mois comprenant un hiver complet. Nous avons pu identifier les taxons spécifiques qui ont une différence d’abondance significative entre les saisons et ainsi développer un modèle de prédiction qui peut déterminer si un corps a passé l’hiver ou non. Notre modèle n’a jamais prédit qu’un corps n’avait pas passé l’hiver quand en réalité c’était le cas, mais a parfois surestimé les résultats. / Microbial forensics uses microorganisms as physical evidence in different investigations. It is used in multiple ways, such as the identification of body fluids or the understanding of the different mechanisms of body decomposition. The objectives of this research are to apply novel prediction methods using microbial forensics and assess their potential for forensic science. First, in chapter 2, we studied a novel method to identify vaginal fluids using the microbiome. Similar methods already exist to identify pure sources of body fluids, but we tested a model that could find vaginal fluids in mixture samples. Our results show that the model used with the chosen threshold has a specificity of 100% and a sensitivity of 70% for the identification of vaginal fluids in mixtures. Therefore, our results show that it would be possible to use this method in the future in forensic science. Second, in chapter 3, we explored the change of the epinecrotic microbiome over a 7-months period including a full winter. We could identify specific taxa that were differentially abundant before and after winter and developed a prediction model that would calculate if a body went through winter or not. The model never predicted that a body did not go through winter when it did, but it sometimes overestimated the results predicting it went through winter when it did not.