Fatores de restrição são as primeiras proteínas celulares envolvidas no combate a infecções virais, são considerados uma defesa intrínseca das células, constituindo-se em uma rápida resposta frente a invasão de patógenos. Essas moléculas são bastante diversas e são capazes de interferir em algum ponto do ciclo viral, atenuando ou bloqueando a evolução da infecção. Após a descoberta da existência desses fatores, alguns estudos têm direcionado o foco para as possíveis alterações genéticas que podem influenciar a estrutura dessas proteínas e, deste modo, interferir sobre suscetibilidade e progressão de doenças infecciosas, como a infecção pelo HIV/aids. O objetivo do presente estudo foi avaliar três SNPs de três diferentes fatores de restrição (o TRIM5α – rs10838525, a APOBEC3F – rs2076101 e o CUL5 – rs7117111) e observar suas frequências em diferentes grupos étnicos, bem como a associação desses fatores com a suscetibilidade ao HIV e a progressão a aids, em um grupo de soronegativos e soropositivos. Foram selecionados 345 indivíduos HIV+ atendidos no setor de Infectologia do Hospital Nossa Senhora da Conceição e 324 indivíduos HIV– doadores de sangue do Hospital de Clínicas de Porto Alegre. Os SNPs foram identificados através da técnica de PCR TaqManTM. O teste qui-quadrado foi utilizado para a análise das frequências e por regressão logística univariada foi avaliado o OR com 95% de IC entre os modelos dominantes e recessivos. Entre os SNPs estudados apenas o rs7117111 apresentou resultado estatisticamente significativo para o genótipo GG em relação a proteção ao HIV-1 (OR 0,661, IC 95% 0,449-0,974, P=0,036) e esse mesmo genótipo, também, parece estar relacionado aos progressores rápidos, pois apresentou uma tendência nessa relação quando ajustado pela etnia (OR ajustado 2,115, IC 95% 0,990- 4,520, P=0,053). Tais achados demonstram que alterações genéticas, especificamente no gene CUL5, podem influenciar a suscetibilidade ao HIV-1 e podem, também, interferir na progressão a aids. Esses resultados geram questionamentos de grande valia para um maior entendimento da influência genética do sistema de defesa intrínseco celular no curso da infecção. / Host restriction factors are the first cellular proteins engaged in antiviral response, they are considerate an intrinsic cell defense with the aim to be a rapid answer against the invasion of pathogens. This molecules have a vary diversity in structure and each one act in a distinct stages of viral life cycle, however always with the same objective to attenuate or block the infection. After the discovery of this restriction factors, some researches focus in looking for genetic variation that can be influence in structure protein and with this way interfere in HIV susceptibility or progress to AIDS. The aim of present work was evaluate tree SNPs of tree different restrictions factors (TRIM5α – rs10838525, APOBEC3F – rs2076101 and CUL5 – rs7117111) and detect yours frequencies in different ethics group, as well as, evaluate the SNPs`s capacity in influence the susceptibility to HIV and progress to AIDS in a seronegative and seropositive groups. For this research was selected 345 samples of HIV+ individuals from the Infectology sector of Nossa Senhora da Conceição hospital and 324 HIV- samples from blood donors of Clinics Hospital of Porto Alegre. Through PCR TaqManTM assay the SNPs was genotyping. The qui-square test was used to analyze the frequencies and by unvaried logistic regression was estimate the OR with 95% CI to dominant and recessive models. Between the tree SNPs chosen only rs7117111 was statistically significant the GG genotype with the HIV-1 protection (GG, OR: 0,661, 95% CI 0,449-0,974, P=0.036) and this same genotype seems to be to related with rapid progress to AIDS, because the result shows a tendency when adjusted for ethnicity in the recessive model (adjusted OR 2,115, IC 95% 0,990-4,520, P=0,053). This finds shows the genetics alterations, specify in the CUL5 gene, can alter the susceptibility to HIV-1 and can interfere in the progress to AIDS. Theses results are also important for the understanding of the genetic alterations in the host antiviral intrinsic mechanisms anti-HIV and can bring new insights for strategies against HIV pandemic.

O nascimento de gêmeos na espécie humana é rodeado por muitos mistérios e, há bastante tempo, desperta a curiosidade tanto leiga quanto científica. Os estudos com gêmeos vêm contribuindo para o entendimento de diversas áreas da biologia humana; porém, aspectos epidemiológicos e etiológicos relacionados aos nascimentos gemelares em si permanecem pouco elucidados. Para além de mera curiosidade, pesquisas nessa área podem ajudar a compreender mecanismos relacionados à reprodução em geral, além de serem importantes em um contexto de saúde pública, já que a gestação gemelar representa riscos adicionais à mãe e à prole. Em países industrializados observa-se um aumento acentuado nas taxas gemelares (TGs) que parece estar relacionado ao aumento da idade materna na primeira gravidez e tecnologias de Reprodução Medicamente Assistida (RMA). No Brasil, os aspectos geográficos e sociodemográficos dos nascimentos gemelares ainda não foram profundamente estudados. Assim, este estudo objetivou responder a três questões principais relacionadas aos nascimentos de gêmeos: “Quantos?” “Onde? e “Como?”, isto é, considerando aspectos epidemiológicos e etiológicos. Para o estudo epidemiológico, desenhamos um estudo de base de dados populacional e investigamos as TGs em duas dimensões: espacial e temporal. Para isso, utilizamos dados provenientes do Sistema de Informações sobre Nascidos Vivos (SINASC) e analisamos mais de 41 milhões de nascimentos que ocorreram em todos os 5.565 municípios brasileiros entre 2001 e 2014. Encontramos uma TG nacional média de 9,41 por 1.000 nascimentos e o modelo de análise de séries temporais revelou tendência de aumento global ao longo do período estudo, mas com notáveis diferenças regionais. De fato, resultados da “Análise de Cluster e Outlier” (Anselin Local Moran’s I) revelaram concentração de municípios com altas TGs em uma área que vai do sul do Nordeste brasileiro até o Rio Grande do Sul (Global Moran Index = 0.062, P < 0.001). Além disso, encontramos correlação positiva entre o Índice de Desenvolvimento Humano (IDH) local e as TGs em diferentes cenários, sugerindo que o IDH pode ser um importante indicador de RMA no Brasil. Nossas análises também revelaram aumento de 26.42% na TG entre as mulheres com mais de 44 anos durante o período estudado. A tendência de aumento temporal encontrada para algumas regiões do país está de acordo com o que é observado em outros países industrializados, enquanto que a análise geográfica revelou duas situações bem distintas dentro do Brasil. Por sua vez, os 9 estudos acerca da etiologia dos nascimentos de gêmeos foram concentrados em investigar polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) em mães de Cândido Godói (CG), uma pequena cidade do Sul do Brasil conhecida como a “Cidade dos Gêmeos”. Este título é devido à alta TG observada no município e à recorrência do traço nas famílias locais, com forte descendência europeia. Nós desenhamos um estudo caso-controle e genotipamos sete SNPs relacionados à foliculogênese (rs6166:C>T em FSHR, rs11031006:G>A próximo a FSHB, e rs17293443:T>C in SMAD3) ou a gestações de sucesso (rs1801131:T>G e rs1801133:G>A em MTHFR, rs2010963:C>G em VEGFA, e rs1800629:G>A em TNF) em 44 mães de gêmeos (casos) e 102 mães de filhos únicos (controles), todas residentes de CG. Para todos os SNPs, a distribuição das frequências alélicas e genotípicas foi similar entre casos e controles. Diferentes combinações de alelos de risco e análises haplotípicas também foram homogeneamente distribuídas entre ambos os grupos. Assim, estes resultados sugerem uma ausência de associação entre os nascimentos gemelares em CG e sete SNPs relacionados à foliculogênese ou a gestações de sucesso, mas é possível que outras variantes genéticas ligadas a ambos os processos possam estar envolvidas neste fenômeno que possui uma base genética subjacente. / The birth of twins in human species is surrounded by many mysteries and it has long aroused both lay and scientific curiosity. Studies with twins have contributed to the understanding of several areas of human biology; however, the epidemiological and etiological aspects related to twin births by themselves remain unclear. Beyond mere curiosity, research in this field may help us to understand the mechanisms related to reproduction in general, and it is important in a public health context since a twin pregnancy represents additional risks to the mother and offspring. Some countries have reported a striking increase in twinning rates (TRs), which seems to be related mainly to delayed childbearing and to Medically-Assisted Reproduction (MAR) technologies. In Brazil, the epidemiological scenario of twin births has not been studied while considering its territorial and sociodemographic magnitude. Therefore, this study aimed to answer three main questions related to twin births: "How many?", “Where” and "How?", that is, we investigated twinning in light of epidemiology and etiology. For the epidemiological study, we carried out a population-based study, investigating twin births in two dimensions: spatial and temporal. For that, we used data from Brazil’s Live Birth Information System (SINASC), and we analyzed over 41 million births that occurred in all 5,565 Brazilian municipalities between 2001 and 2014. We found an average TR of 9.41 per 1,000, and a first-order autoregressive model of time-series analysis revealed a global upward trend over time, but with important regional differences. In fact, a Cluster and Outlier Analysis (Anselin Local Moran’s I) was performed and identified clusters of high TR in an area stretching from the south of Brazil’s Northeast Region to the South Region (Global Moran Index = 0.062, P < 0.001). Furthermore, we found a positive correlation between the local Human Development Index (HDI) and TRs in different scenarios, suggesting that the HDI may be an important proxy indicator of MAR in Brazil. We also found a sharp increase (26.42%) in TR in women aged over 44 years. The upward temporal trend in TRs is in line with recent observations from other countries, whereas the spatial analysis revealed two very different realities within our country. In turn, studies on the etiology of twin births were focused on single nucleotide polymorphisms (SNPs) in mothers from Cândido Godói (CG), a small southern Brazilian city known as the "Twin’s Town”. This title is due to the high TR attributed to the municipality and to the recurrence of the twin trait through the 11 local families, who have a strong European descent. We performed a case-control study and genotyped seven SNPs related to folliculogenesis (rs6166:C>T in FSHR, rs11031006:G>A near FSHB, and rs17293443:T>C in SMAD3) and to a successful pregnancy (rs1801131:T>G and rs1801133:G>A in MTHFR, rs2010963:C>G in VEGFA, and rs1800629:G>A in TNF) in 44 mothers of twins (cases) and 102 mothers of singletons (controls), all of them from CG. For all SNPs, the distributions of the genotypic and allelic frequencies were similar between the cases and controls. Different combinations of risk alleles and haplotypic analyses were also homogeneously distributed between both groups. Thus, these results suggest a lack of association between twin births in CG and seven SNPs related to folliculogenesis or successful pregnancies, but it is possible that other genetic variants linked to both processes may be involved in this phenomenon, which has an underlying genetic basis.

Estudos recentes têm avaliado a presença de polimorfismos do gene multidroga resistente 1 (MDR1), que codifica o transportador de membrana de efluxo chamado de P-glicoproteína, seu potencial papel na suscetibilidade das doenças inflamatórias intestinais (DII) e suas possíveis correlações com aspectos clínicos das DII. Dados conflitantes podem resultar da análise genética de populações distintas. Investigamos se os polimorfismos do gene MDR1 estão associados com as DII em população do sudeste do Brasil e suas possíveis correlações com fenótipos, atividade de doença, resposta ao tratamento e efeitos colaterais. Como métodos, a presente pesquisa trabalhou com 146 pacientes com Doença de Crohn (DC) e 90 com Retocolite Ulcerativa Idiopática (RCUI), que foram recrutados através de critérios diagnósticos estabelecidos. Os polimorfismos do MDR1 mais comumente descritos na literatura, C1236T, G2677T e C3435T, foram avaliados por PCR. As frequências genotípicas de pacientes com RCUI e DC foram analisadas na população de estudo. Associações de genótipo-fenótipo com características clínicas foram estabelecidas e riscos estimados para as mutações foram calculados. Nenhuma diferença significativa foi observada nas freqüências genotípicas para os polimorfismos G2677T/A e C3435T do MDR1 na DC ou na RCUI. O polimorfismo C1236T foi significativamente mais comum na DC do que na RCUI (p = 0,036). Na RCUI foram encontrados mais homens nos polimorfismos C1236T e G2677T no grupo de heterozigotos. Foram encontradas associações significativas entre o polimorfismo C3435T do gene MDR1 em pacientes com fenótipo estenosante na DC (OR: 3,16, p = 0,036), em oposição ao comportamento penetrante (OR: 0,31, p = 0,076). Na DC, associações positivas também foram encontradas entre o polimorfismo C3435T, à atividade moderada/severa da doença (OR: 3,54, p = 0,046), e à resistência / refratariedade ao corticosteróide (OR: 3,29, p = 0,043) nos homozigotos polimórficos. Nenhuma associação significativa foi encontrada entre os polimorfismos do MDR1 e categorias fenotípicas, atividade de doença ou resposta ao tratamento da RCUI. Em conclusão, os resultados do presente estudo sugerem que os polimorfismos do gene MDR1 poderiam estar implicados na susceptibilidade a DC e no seu fenótipo estenosante, como também estarem associados com uma resposta inadequada ao tratamento em um grupo de pacientes com DC. A forte relação com a DC suporta a existência de papéis adicionais para o MDR1 em mecanismos específicos subjacentes na patogênese da DC, como o controle da microbiota intestinal, mediação e regulação da fibrose. Além disso, compreender os efeitos de vários fármacos associados a estas variantes do MDR1 pode contribuir para a prescrição personalizada de regimes terapêuticos.

Interleukin-1 alpha (IL-1a) is a powerful inflammatory cytokine that modulates both innate and adaptive immunity. As such, IL-1a is implicated in the development of multiple inflammatory and autoimmune diseases including atherosclerosis, arthritis and cancer. Therefore, understanding the mechanisms that regulate IL-1a activity is extremely important. For many years, pro-IL-1a was considered to be a fully active alarmin. However, we have previously shown that the removal of the pro-domain by calpain, a protease that is activated upon necrosis, significantly increases IL-1a bioactivity. The work presented in this thesis demonstrates that multiple proteases from diverse biological systems cleave and activate IL-1a. We therefore suggest that IL-1a is an important signalling hub that integrates diverse proteolytic danger signals to alert the immune system. In particular we have identified the inflammatory caspase, caspase-5, as a novel and potent activator of IL-1a. We show that caspase-5 directly cleaves pro-IL-1a during the activation of the non-canonical inflammasome by cytosolic LPS, which mimics intracellular bacterial infection. We also demonstrate that caspase-5-cleaved IL-1a mediates the senescence-associated secretory phenotype (SASP), which drives the deleterious effects of senescent cells in multiple age-related diseases. Therefore, therapeutically targeting caspase-5 may be of interest for pathologies mediated by the non-canonical inflammasome and/or senescent cells. Finally we find that rs17561, a common IL1A polymorphism, reduces active IL-1a release. We find that blood from minor allele homozygotes releases significantly less IL-1a than major allele homozygotes upon LPS stimulation. Therefore, genotyping patients under consideration for anti-IL-1a therapy could predict who would be likely to respond well to the treatment. In conclusion, the work presented in this thesis enhances our understanding of how IL-1a activity is regulated. The identification of both the caspase-5-mediated pathway of IL-1a activation and the defect conferred by the rs17561 SNP could have important clinical implications for the treatment of multiple inflammatory diseases.

Made available in DSpace on 2015-05-14T16:53:16Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-01-24Bitstream added on 2015-05-14T16:59:06Z : No. of bitstreams: 1 000828949.pdf: 463776 bytes, checksum: bd97d483f32c7167f14a3385ab44d9f0 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / FAPESP: 2009/14884-9

Made available in DSpace on 2015-03-03T11:52:28Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-02-20Bitstream added on 2015-03-03T12:06:40Z : No. of bitstreams: 1 000803969_20150720.pdf: 643146 bytes, checksum: a04c312640647b4a3c3106b674f7c7b5 (MD5) Bitstreams deleted on 2015-08-03T12:21:05Z: 000803969_20150720.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2015-08-03T12:22:19Z : No. of bitstreams: 1 000803969.pdf: 1435369 bytes, checksum: adeae4931f4ad905d18da0f6d68ce156 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Os Transtornos do Espectro do Autismo (TEA) são afecções neuropsiquiátricas graves que se caracterizam por dificuldades, de início precoce, no domínio da comunicação social, por comportamentos atípicos, repetitivos e interesses restritos. Em cerca de 10 a 25% dos casos a etiologia pode ser esclarecida, o que reflete a natureza complexa e heterogênea da doença. Embora diversos fatores ambientais estejam relacionados com a etiopatogenia, muitos estudos, inclusive com gêmeos, mostram que a participação dos fatores genéticos é inequívoca. A literatura tem revelado, de maneira progressiva, muitos genes e variantes genéticas relacionados com a predisposição a estas afecções. Polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) têm sido considerados marcadores genéticos de predisposição a várias doenças complexas, o que sugere que também podem estar relacionados aos TEA. Há referências da associação de variantes comuns do gene sináptico CNTNAP2 com diferentes fenótipos neuropsiquiátricos e alterações no desenvolvimento da linguagem. SNPs do gene ADA, envolvido em neurotransmissão e metabolismo das purinas, também já foram associados a uma diminuição de atividade enzimática e predisposição ao fenótipo autista. Este estudo objetivou avaliar SNPs destes dois genes em autistas e controles, para investigar uma possível associação com o fenótipo comportamental. Foram avaliados dois SNPs (rs7794745 e rs2710102) do gene CNTNAP2 e o SNP G22A do gene ADA, genotipados em 210 indivíduos com TEA idiopático e em 200 indivíduos controles. A análise molecular foi feita por reação em cadeia da polimerase – polimorfismo de fragmentos de restrição (PCR-RFLP). Para análise estatística foi adotado nível de significância de 5%. Os resultados revelaram associação entre o SNP rs7794745 (OR=1,802, IC95%=1,054-3,083, p=0,042) em homozigose (TT) com a predisposição aos TEA na população estudada. Os indivíduos do sexo ... / Autism Spectrum Disorders (ASD) are severe neuropsychiatric disorders characterized by difficulties with early onset, in the field of social communication, atypical behaviors, restricted and repetitive interests. In about 10-25% of cases the etiology can be clarified, which reflects the complex and heterogeneous nature of the disease. Although several environmental factors are related to the pathogenesis, many studies, including twins, have showed that the involvement of genetic factors is clear. The literature has revealed, progressively, many genes and genetic variants related to the predisposition to these disorders. Single nucleotide polymorphisms (SNPs) have been considered genetic markers of predisposition to various diseases complex, suggesting that can also be related to ASD. There are references of association the common variants of the CNTNAP2 synaptic gene with different neuropsychiatric phenotypes and changes in language development. SNPs of ADA gene, involved in neurotransmission and metabolism of purines, have also been associated with a decrease in enzyme activity and predisposition to autism phenotype. This study aimed to evaluate SNPs of these two genes in autistic patients to investigate a possible association with the behavioral phenotype. It was evaluated two SNPs (rs7794745 and rs2710102) of the CNTNAP2 gene and the SNP G22A of the ADA gene, genotyped in 210 individuals with idiopathic ASD and 200 control subjects. Molecular analysis was performed by polymerase chain reaction - restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP). A 5% alpha error was considered significant in statistical analysis. The results revealed association between the SNP rs7794745 (OR = 1.802; 95%CI = 1.054 - 3.083; p = 0.042) in homozygous (TT) with predisposition to ASD at our study population. Affected individuals males also showed a significantly higher frequency of this polymorphism (p = 0.021) compared to men in the control group. For ...

Resumo não disponível.

A icterícia neonatal é geralmente benigna, mas desfechos desfavoráveis podem ocorrer e a identificação dos casos de maior risco seria muito útil. Alguns fatores de risco já conhecidos são prematuridade, desidratação, aleitamento materno, deficiência de G6PD e incompatibilidade sanguínea. As alterações na conjugação hepática de bilirrubina devido a polimorfismos da UGT1A1 também podem contribuir para esse maior risco. O objetivo deste estudo foi estimar a freqüência da deficiência de G6PD e/ou das variantes polimórficas da UGT1A1 como fatores de risco para hiperbilirrubinemia grave em neonatos com mais de 35 semanas de idade gestacional e peso superior a 2000g em uma Unidade Neonatal do Sul do Brasil. Estudo prospectivo, observacional, de casos e controles, que incluiu 243 recémnascidos admitidos para fototerapia no HCPA e 247 controles, entre março e dezembro de 2007. Foi realizada dosagem da atividade da G6PD e análises genético-moleculares do respectivo gene. Foi também realizado PCR para a UGT1A1 com eletroforese capilar em analisador genético ABI 3130xl e análise no programa GeneMapper®. Foram detectados genótipos polimórficos da UGT1A1 em 16% dos pacientes, com prevalência nos ictéricos de 13,5% e nos normais de 18,2%, diferença não significativa. Identificada maior prevalência dos polimorfismos em negros e pardos (25%) em relação aos brancos (13%) (p=0,014). A prevalência da deficiência de G6PD foi 4,6%, sem mostrar correlação com a icterícia. Concluímos que nesta amostra de recém-nascidos do sul do Brasil nem as variantes da UGT1A1, nem a deficiência de G6PD foram associadas à hiperbilirrubinemia grave, com prevalências semelhantes às verificadas em outras populações. Considerando a grande miscigenação presente nessa região, outros fatores e interações gênicas devem ser procurados, incluindo possivelmente o estudo de outros polimorfismos, identificando fatores de risco para explicar a doença, um importante problema de saúde a merecer a atenção dos pesquisadores. / Neonatal jaundice is usually benign, but unfavorable outcomes may happen; therefore, the identification of high-risk cases would be very useful. Some risk factors already known are prematurity, dehydration, breastfeeding, G6PD deficiency and blood incompatibility. Alterations in the hepatic conjugation of bilirubin due to UGT1A1 polymorphisms may also contribute to this higher risk. The objective of this study was to estimate the frequency of G6PD deficiency and the promoter region of UGT1A1 gene variants as risk factors to severe hyperbilirubinemia in newborns of over 35 weeks of gestational age and weighing above 2,000g in a Neonatal Service in Southern Brazil. This is a prospective and observational study of cases and controls which included 243 newborns admitted for phototherapy at HCPA and 247 controls, between March and December, 2007. G6PD activity was determined and the deficient cases were investigated by genetic analysis. PCR for the UGT1A1 variants was also performed, followed by capillary electrophoresis in genetic analyzer ABI 3130xl and the analysis in GeneMapper® program. Polymorphic genotypes were detected in 16% of the patients, prevalence in icteric patients was 13,5% and in normal individuals was 18,2%, a difference which was not significant. A higher prevalence of polymorphisms in blacks and mulattos (25%) was identified when compared to whites (13%) (p=0,014). A prevalence of 4,6% of G6PD deficiency was found, without association to jaundice. We concluded that in this sample of newborns from the South of Brazil, polymorphic variants of UGT1A1 were not associated to severe hyperbilirubinemia as well as G6PD deficiency; being the prevalence similar to those found in other populations. Considering the high miscegenation that occurs in this area of Brazil, perhaps other factors and genic interactions should be sought in order to identify genetic risk factors, possibly including the study of further polymorphisms, as neonatal jaundice remains an important health problem to be approached by investigators.

Orientador: Claudia Regina Bonini- Domingos / Banca: Flávio Augusto Naoum / Banca: Sônia Maria Oliani / Resumo: A Doença Falciforme é caracterizada por anemia hemolítica e eventos vaso-oclusivos que resultam em crises de dor aguda, com danos crônicos e progressivos nos tecidos e órgãos. Pacientes com Doença Falciforme mostram ativação da coagulação sanguínea e sistema fibrinolítico, bem como aumento da atividade plaquetária e consumo de inibidores da coagulação, especialmente durante as crises vaso-oclusivas. A hiper-homocisteinemia, resultante de mutações no gene da metilenotetrahidrofolato redutase (MTHFR) e no gene da cistationinabeta- sintase (CBS), constituem fatores de risco isolados para doenças vasculares. Diante da importância em se identificar fatores de risco para doenças tromboembólicas, a complexidade da fisiopatologia vascular na da Doença Falciforme e a associação de polimorfismo como potenciais modificadores genéticos, objetivamos avaliar a frequência de polimorfismos nos genes CBS e MTHFR em Doentes Falciformes. Foram pesquisados 300 pacientes de várias localidades do país, com hemoglobinopatia S (Hb SS, Hb SC, Hb S/Beta talassemia) para a presença da mutação C677T no gene da MTHFR e 844ins68, no gene da CBS. Foram coletados 5 mL de sangue venoso em EDTA, após consentimento informado. As metodologias clássicas para o diagnóstico de hemoglobinopatias foram realizadas para a confirmação do fenótipo de cada portador. O DNA foi extraído dos leucócitos pelo método fenol/clorofórmio. As detecções das mutações referentes aos genótipos de Hemoglobina e dos polimorfismos pesquisados foram realizadas por amplificação de um segmento gênico, com iniciadores que flanqueiam a região de inserção e análise por RFLP e AE. Posteriormente foi feita a revelação em gel de agarose, corado com ...(Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Sickle Cell Disease is an inflammatory condition with dependent pathophysiology of vaso-occlusive episodes. Mutations in methylenetetrahydrofolate reductase gene (MTHFR) and cystathionine beta-synthase (CBS) gene are risk factors for vascular disease. Given the importance of identifying risk factors for vasoocclusive events in sickle cell patients, aimed to evaluate the frequency of mutations C677T in the MTHFR gene and 844ins68 in the CBS gene in these patients.We evaluated 300 sickle cell patients, HbSS, HBSC, HbS/Beta thalassemia, from Brasília, Goiânia, Rio de Janeiro, São Jose do Rio Preto and São Paulo. Were collected 5mL of venous blood in EDTA after informed consent. The classical methods were performed to confirm the phenotype of hemoglobin. The mutations to the genotypes of hemoglobin and polymorphisms studied were evaluated by Restriction Fragment Length Polymorphism and Allele Specific. The results showed that 93 patients (31.00%) were heterozygous and 13 (4.33%) homozygous for the C677T mutation and 90 were heterozygotes (30.00%) and 8 homozygous (2.66%) for the 844ins68 mutation, both with significant difference for genotypic frequency between the locatities. The allelic frequencies are in Hardy-Weinberg equilibrium for both mutations. Analyzing punctually the patients of the city of Goiania The frequence of mutations were significant and the presence of related vaso-occlusive events was more incident in patients with HbSS (p=0007). The 844ins68 mutation was approximately three times higher in patients with the presence of vaso-occlusive complications (p=0011). The C677T mutation didn't show association with the risk for vaso-occlusive manifestations (p=0,193) in patients. The C677T/844ins68 interaction occurred in 12.08% of patients and showed an increase of twice the risk of vaso-occlusive manifestations (RR:2.16). The frequencies of mutations... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Submitted by Alison Vanceto (alison-vanceto@hotmail.com) on 2017-03-02T12:11:42Z No. of bitstreams: 1 TeseCAS.pdf: 3874357 bytes, checksum: 0bd0fdf47146d9a5d45f62a5203ac011 (MD5) / Approved for entry into archive by Ronildo Prado (ronisp@ufscar.br) on 2017-03-20T20:12:23Z (GMT) No. of bitstreams: 1 TeseCAS.pdf: 3874357 bytes, checksum: 0bd0fdf47146d9a5d45f62a5203ac011 (MD5) / Approved for entry into archive by Ronildo Prado (ronisp@ufscar.br) on 2017-03-20T20:12:33Z (GMT) No. of bitstreams: 1 TeseCAS.pdf: 3874357 bytes, checksum: 0bd0fdf47146d9a5d45f62a5203ac011 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-20T20:29:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TeseCAS.pdf: 3874357 bytes, checksum: 0bd0fdf47146d9a5d45f62a5203ac011 (MD5) Previous issue date: 2016-11-28 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / The present work had as general objective to perform the genomic annotation of Expressed Sequences (ESTs) of Litopenaeus vannamei shrimp, available in the database of Project ShEST and to evaluate the polymorphism of mined SSR and SNP tags. These markers were located in the main chain of protein genes with function related to performance traits and were validated in SPF (Specific Pathogen Free) shrimp families submitted to selection for rapid growth and survival. In addition to the EST-SSR and EST-SNP loci, obtained by Sanger sequencing, Next Generation Sequencing (NGS) analyzes were included in the initial proposal of work with the objective of expanding the set of SNPs available and verifying the differential gene expression. The new assembly of ESTs was performed and produced a set of 2.984 unigenes with protein products for 41% of them, with 1.983 SSRs and 3.472 SNPs being identified. Among the loci with gene product identified, 231 were enzymes with 127 unique EC numbers inserted in 94 KEGG metabolic pathways. Loci validation showed that the loci of the 60S ribosomal (SSR-EST) and crustacyanin (SNP-EST) proteins were polymorphic in the animals sampled from Genearch. Statistical analyzes were conducted to verify the existence of a possible association between the genotypes and the analyzed weight phenotypes, although no association was observed. In addition, cross-species amplification tests were performed on seven species of marine and two freshwater prawns, demonstrating successful transferability for these species. The RNAseq approach was included in the present work with the purpose of increasing the number of SNPs detected in candidate genes with performance-related function and identifying differentially expressed (DE) genes in animals under experimental conditions. A second transcriptome was assembled from the muscle and hepatopancreas tissues of L. vannamei individuals (i) evaluated for rapid growth and survival and (ii) exposed to the White Spot Syndrome Virus (WSSV). A total of 63.105 transcripts were generated, with an average size of 2.511 bp and N50 of 3.464 bp. More than 15.500 SNPs were identified (frequency > 50%). Functional annotation was also performed on the bases of SwissProt, Gene Ontology (GO) and KEGG. Differential gene expression analyzes were performed on the animal samples evaluated for growth and response to WSSV infection. The data generated showed differences in the expression profile between the genes of (i) high and low growth animals, (ii) the hepatopancreas and muscle and (iii) the uninfected (healthy) and infected (ill) animals by WSSV, considering the effect of the tissue. Two-hundred and seven DE genes were identified for growth, 5.816 for hepatopancreas and muscle and 1.017 for ill and healthy animals. / O presente trabalho teve como objetivo geral realizar a anotação genômica de sequências expressas (ESTs) de Litopenaeus vannamei, disponíveis no banco de dados do Projeto ShEST e avaliar o polimorfismo de marcas SSR e SNP mineradas. Esses marcadores estavam localizados na cadeia principal de genes de proteínas com função relacionada a traços de desempenho e foram validados em famílias de camarões SPF (Specific Pathogen Free) submetidas à seleção para rápido crescimento e sobrevivência. Adicionalmente aos locos SSR-EST e SNP-EST, obtidos por sequenciamento Sanger, análises de Sequenciamento de Próxima Geração (NGS) foram incluídas na proposta inicial de trabalho com o objetivo de ampliar o conjunto de SNPs disponíveis e verificar a expressão gênica diferencial. A montagem de novo das ESTs foi realizada e produziu um conjunto de 2.984 unigenes com produtos proteicos para 41% destes, sendo identificados 1.983 SSRs e 3.472 SNPs. Dentre os locos com produto gênico identificado, 231 eram enzimas com 127 EC numbers únicos inseridos em 94 vias metabólicas do KEGG. A validação dos locos SSR-EST e SNP-EST mostrou que os locos das proteínas 60S ribossomal (SSR-EST) e crustacianina (SNP-EST) apresentaram-se polimórficos nos animais amostrados da Genearch. Análises estatísticas foram conduzidas para verificação da existência de uma possível associação entre os genótipos e os fenótipos de peso analisados, embora não tenha sido observada associação. Além disso, testes de amplificação heteróloga foram realizados em sete espécies de camarões marinhos e duas de água doce, demonstrando sucesso na transferabilidade para estas espécies. A abordagem de RNA-seq foi incluída no presente trabalho com o propósito de ampliar o número de SNPs detectados em genes candidatos com função relacionada a traços de desempenho e identificar genes diferentemente expressos (DE) em animais sob condições experimentais. Foi realizada a montagem de novo de um segundo transcriptoma, dos tecidos músculo e hepatopâncreas de indivíduos de L. vannamei (i) avaliados para rápido crescimento e sobrevivência e (ii) expostos ao vírus da Síndrome da Mancha Branca ou White Spot Syndrome Virus (WSSV). Foram gerados 63.105 transcritos, com tamanho médio de 2.511 pb e N50 de 3.464 pb. Foram identificados mais de 15.500 SNPs (frequência > 50%). Também foi realizada a anotação funcional nas bases do SwissProt, Gene Ontology (GO) e KEGG. Análises de expressão diferencial gênica foram realizadas nas amostras dos animais avaliados para crescimento e resposta a infecção pelo WSSV. Os dados gerados demonstraram diferenças no perfil de expressão entre os genes (i) de animais de alto e baixo crescimento, (ii) do hepatopâncreas e músculo e (iii) dos animais não-infectados (saudáveis) e infectados (doentes) pelo WSSV, considerando-se o efeito do tecido. Foram identificados 207 genes DE para crescimento, 5.816 para a comparação entre os tecidos e 1.017 para os animais doentes e saudáveis. / FAPESP: 2012/13069- 6 / FAPESP: 2012/17322-8