A filogeografia é o campo de estudo que pode revelar a história evolutiva das espécies, sua diversidade e a estrutura genética atual das populações. Neste estudo, foi avaliada a diversidade genética de 13 populações de Epidendrum orchidiflorum (Orchidaceae) utilizando uma abordagem filogeográfica, na tentativa de reconstruir a história evolutiva desta espécie ao longo da Chapada Diamantina e suas serras próximas, do litoral de Bahia e litoral do Rio de Janeiro.Foram usados como marcadores moleculares regiões de DNA de cloroplasto - cpDNA, as quais por serem de herança materna, natureza não recombinante e se encontrarem abundantemente nas plantas, são ideais para este tipo de estudos. Com os dados obtidos do seqüenciamento de duas regiões de cpDNA (rps16-trnK e rpl32-trnL), foram calculados os índices de diversidade para as 13 localidades amostradas, sendo que o número total de haplótipos foi 12. A diversidade haplotípica (Hd) variou de 0 para a população do Litoral da Bahia, Restinga (RE) a 0,889 para a população de Seabra (SE), próxima da Chapada Diamantina. O haplótipo mais freqüente foi o H2 apresentando-se em nove populações. A população RE só apresentou um haplótipo (H2), enquanto que a população de maior diversidade (SE) apresentou seis haplótipos. Além disso, em três populações (SE, Morro do Chapéu e Arraial do Cabo) foram encontrados haplótipos únicos. A análise de variância molecular (AMOVA) indicou que a diferenciação genética encontrada entre populações (FST = 47,5%) é elevada, mostrando que existem diferenças entre populações para esta espécie. No entanto, a proporção de variabilidade de haplótipos encontrados dentro das populações (52,5%, P<0,001) foi maior do que entre as populações.As análises geradas para diferentes agrupamentos testados nas AMOVAS e no programa Migrate-n, sugerem que o melhor modelo que explicaria a conectividade entre as populações seria o modelo de uma grande população panmítica que reúne as populações das serras (JA, PD, RU, MC, CD, SA, LE, CF, MU, PI e SE) com migração para as populações do litoral da Bahia (RE) e a população do Rio de Janeiro (AC). Estas análises são suportadas pelas análises geradas da Modelagem de Nicho Ecológico (EEM), indicando que as populações próximas a Chapada Diamantina se encontram conectadas desde a interglaciação e a última glaciação, porém a população do Rio de Janeiro foi separada durante a ultima glaciação, permanecendo isolada, divergindo ao longo do tempo devido à deriva genética e à mutação. / Phylogeography is the field of study that may reveal the evolutionary history of the species, their diversity and the current genetic structure of populations. In this study, we evaluated the genetic diversity of 13 populations of Epidendrum orchidiflorum (Orchidaceae ) using a phylogeographic approach in an attempt to reconstruct the evolutionary history of this species along the Chapada Diamantina and its nearby sierras, the Bahia coastline and the Rio de Janeiro coastline. We used as molecular markers chloroplast DNA regions - cpDNA, which are maternally inherited, non-recombinant and found abundantly in plants, and for these reasons are ideal for this type of studies. With the data obtained from the sequencing of two regions of cpDNA(rps16-trnK and rpl32-trnL), the diversity index for the 13 sampled locations were calculated, and the total number of haplotypes was 12.The haplotype diversity (Hd) ranged from 0.0 for the Coastal population of Bahia, Restinga (RE) to 0.889 for the population of Seabra (SE), near the Chapada Diamantina. The most common haplotype was the H2 found in nine populations. The RE population showed only one haplotype (H2), while the population of greater diversity (SE) showed six haplotypes. Moreover, in three populations (SE, Morro do Chapéu and Arraial do Cabo) unique haplotypes were found. The analysis of molecular variance (AMOVA) showed that the genetic difference found between populations (FST = 47.5%) is high, showing that there are differences between populations for this species. However, the proportion of haplotypes variability found within populations (52.5%, P <0.001) was higher than among populations. The analyses generated for different groups tested in AMOVAS and in the Migrate-n program suggest that the best model to explain the connectivity between populations would be the model of a large panmitic population that brings together the populations of the Sierras (JA, PD, RU, MC, CD, SA, LE, CF, MU, PI and SE) with migration towards the populations of the coast of Bahia (RE) and the population of Rio de Janeiro (AC). These analyses are supported by the analyses generated by the Ecological Niche Modeling (EEM), indicating that the populations near the Chapada Diamantina are connected since the interglacial and the last glaciation, but the population of Rio de Janeiro was separated during the last glaciation, remaining isolated and diverged over time due to genetic drift and mutations.

O uso de Produtos Florestais Não Maderáveis (PFNM) têm se apresentado como alternativa para a conservação de ecossistemas e culturas tradicionais em relação a outros usos do solo. Entre os PFNM mais utilizados, destacam-se as folhas das palmeiras (Arecaceae). Apesar do crescente interesse e estímulo ao uso sustentável dos PFNM, o conhecimento sobre os níveis sustentáveis de coleta ainda é escasso, especialmente para as espécies da Mata Atlântica. A retirada desregulada de PFNM afeta não só os indivíduos, como também pode comprometer a permanência das populações e modificar drasticamente o ambiente das espécies de interesse. No Litoral Norte do Rio Grande do Sul encontram-se densos agrupamentos da palmeira Butia catarinensis Noblick & Lorenzi, formando o ecossistema butiazal. Apesar de ser uma espécie chave para o ecossistema local e de seu uso tradicional há dezenas de anos, pouco se sabe sobre a ecologia e os impactos da desfolhação na performance dos indivíduos. O conhecimento sobre o ecossistema é ainda mais incipiente, o qual tem sido convertido continuamente em outros usos do solo, especialmente agropecuários. De 1974 a 2008 foram perdidos mais de 80% dos remanescentes de butiazais da região, restando hoje pequenos e isolados fragmentos desse ecossistema, outrora dominante na paisagem. A grande diversidade de formações vegetais onde ocorrem e o desconhecimento quanto ao estado de suas populações impedia a gestão adequada tanto da espécie B. catarinensis, quanto dos remanescentes do ecossistema butiazal. A fim de propor níveis sustentáveis de uso, este trabalho avaliou a resposta vegetativa e reprodutiva de indivíduos de B. catarinensis submetidos a quatro diferentes intensidades de desfolhação (baseadas no manejo tradicional), em quatro diferentes fisionomias vegetais, nas estações pré e pós-frutificação durante dois eventos de corte consecutivos. Buscando entender o estado atual das populações nos butiazais, foram descritas a estrutura populacional e vegetacional de dezoito áreas remanescentes de B. catarinensis localizadas entre os municípios de Osório à Torres, RS, representando diferentes fisionomias vegetais onde a espécie é encontrada. As áreas mais abertas e os tratamentos mais intensos apresentaram maior produção de folhas, porém esta foi menor no segundo ano. A produção de cachos apresentou interações entre os fatores, tendendo a ser menor no segundo ano e na estação pós-reprodutiva, e maior nas áreas mais abertas e nos tratamentos alternativos e controle. Nossos resultados sugerem que o butiazeiro é resistente ao manejo tradicional da folha em áreas savanóides. Entretanto, a desfolhação contínua combinada com outras perturbações, pode resultar em respostas negativas. Assim, nós sugerimos que o manejo ocorra em áreas alternadas, e seja proibido em áreas muito fechadas ou com intensos usos de solo, e a criação de áreas protegidas que permitam conciliar conservação e uso sustentável. De qualquer forma, é fundamental ter um monitoramento contínuo das respostas ao manejo, a fim de garantir a sustentabilidade do mesmo. Diferentemente do esperado, a estrutura da vegetação não foi fortemente correlacionada com a estrutura populacional, assim como a maioria das áreas estudadas apresentou maior proporção de indivíduos no estágio intermediário. Embora não seja possível predizer a distribuição normal e as tendências populacionais desta espécie, pois todas as áreas apresentaram um mosaico de perturbações, o pequeno tamanho populacional encontrado e os efeitos drásticos tanto no desenvolvimento dos indivíduos (pequena proporção de estágios finais), quanto na capacidade de regeneração da população (pequena proporção de estágios iniciais) indicam um sério risco para a permanência das populações. Os resultados desse trabalho resultaram numa Normativa pela Secretaria Estadual de Meio Ambiente do Rio Grande do Sul (SEMA RS) embasada pelo Instituto Curicaca e Centro de Ecologia da UFRS, para regularização da colheita de flores e frutos do Butia catarinensis (butiá-da-praia). É imperativo realizar novos estudos a fim de melhor entender a dinâmica populacional, embasando assim ações para conservar a espécie e o ecossistema butiazal, assim como estimular o manejo controlado de folha de B. catarinensis e a criação de uma ou mais Unidades de Conservação de Uso Sustentável do ecossistema butiazal, antes do seu total desaparecimento. / Non-timber Forest Products (NTFP) are an alternative for conservation, cause minor ecosystems impacts and raise rural economy. The palm Butia catarinensis is a key resource to fauna and important NTFP for traditional populations, especially the leaves, but little is known about its harvest sustainability. This specie occurs in a very restricted area in southern Brazil, creating the unique butiazal vegetation, currently threatened by fast lost and fragmentation of the habitat. We tested the harvest sustainability, by vegetative and reproductive responses to four intensities of management (based to traditional harvest), in four vegetal physiognomies, in period pre and post-fructification, in two successive events of cutting (2009 and 2010). To analyze the status of populations in remnants, we described the population and vegetation structure of eighteen remnants with different types of plant physiognomy. The biggest intensity of defoliation raised significantly the production of leaves, even in open areas, and the first management. The factors have interacted in reproductive response, causing the decrease of the bunch production in the second year and in the post- fruiting season. Open areas, treatments control and alternative tended to bigger bunch production. B. catarinensis seems to be resistant to harvest, however, the continuous defoliation combined with another disorders, can result in negative responses to harvesting. We suggest rotation of areas; prohibition of harvest in closer and intense land uses areas, with constant monitoring and the creation of protect areas that allow the regulated harvest. Unlike expected, there was not a strong correlation between vegetation and population structure, even as most studied areas had a higher proportion of intermediate stages. The small population size and the negative effects in the development of individuals, shown by the small proportion of individuals in the late stage, as the regeneration capacity (small proportion early stage) indicated the high degree of threat level of the population.

Submitted by (edna.saturno@ufrpe.br) on 2017-02-23T13:49:46Z No. of bitstreams: 1 Ilka Siqueira Lima Branco Nunes.pdf: 2141818 bytes, checksum: 9aa7bf11d864f1e1ce580f338251fe3c (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-23T13:49:46Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Ilka Siqueira Lima Branco Nunes.pdf: 2141818 bytes, checksum: 9aa7bf11d864f1e1ce580f338251fe3c (MD5) Previous issue date: 2015-05-29 / The south stingray is commonly captured as by-catch in different fisheries, not only in Brazil but also in some parts of South America, and due to the deficiency of available data, there is now a considerable deficit of information to evaluate the population status of the specie. In this context, the main goal of this study was to investigate aspects related to the ecology of the D. americana along the coast of the metropolitan area of Recife, from capture data and acoustic monitoring, and in the Biological Reserve of Atol das Rocas, from observation and movement analysis. On the coast of Recife CPUE´south stingray was higher in Boa Viagem / Piedade (0.33) than in Paiva (0.26). The average monthly CPUE on the beach of Boa Viagem / Piedade was higher in May, while on the beach of Paiva the highest value occurred in June. The annual CPUEs, to the beaches in combination, were higher at the research beginning in 2004 and 2005. Of the 85 specimens, it was possible to identify the sex in 17 animals, of which 16 were females, with DW ranging between 79.00 and 152.00 cm (124.63 ± 20.86), DL between 94.00 and 142.00 cm (113.08 ± 14.14), and TL between 97.00 and 255.00 cm (188.31 ± 54.97); and only one was male, with DW 87.00 cm. Throughout the research was also recorded the occurrence of a food item (Dasyatis marianae) unusual, never described before for D. american diet. The evaluation of the detection from the acoustic monitoring on the reef coastline, in relation to the 24 hour cycle indicated that the majority of the detections occurred over night (96.4%) (X² = 144.857; P <0.0001). The TAH values were higher in the years 2003 (0.76 ± 1.51) and 2008 (1.55 ± 1.76), observing, between 2009 (0.15 ± 0.42) and 2013 ( 0.21 ± 0.57), values consistently lower. The significant decrease of species sightings within the Rocas Atoll raised the possibility of there being a natural population decline in the region. The vertical habitat use pattern for the D. americana showed a strong preference for both tagged stingrays (91.4% and 86.3%, respectively) by hot water (above 28 ° C) and shallow (depths up to 5m) of Rocas Atoll over the monitoring period. The results showed that low depth areas as one of the essential habitats for specie inside to Rocas Atoll. Finally, it is essential that greater efforts are seeking in employees the continuation of an adequate monitoring of their populations in coastal and island waters. / A raia prego é comumente capturada como fauna acompanhante em diferentes pescarias, não apenas no Brasil mas também em grande parte da America do Sul, e devido à deficiência dos dados disponíveis, existe hoje um considerável déficit de informações que permitam avaliar o status populacional da espécie. Nesse contexto, o presente estudo teve como objetivo investigar aspectos relacionados à ecologia da D. americana, ao longo do litoral da região metropolitana do Recife, a partir de dados de captura e monitoramento acústico, e na Reserva Biológica do Atol das Rocas a partir de análises de avistagem e movimentação. No litoral de Recife a CPUE das raias prego foi maior em Boa viagem/Piedade (0,33) do que no Paiva (0,26). A CPUE média mensal na praia de Boa Viagem/Piedade foi maior no mês de maio, enquanto que na praia do Paiva o maior valor ocorreu em junho. As CPUEs anuais para as praias de forma combinada foram maiores no início da pesquisa, nos anos de 2004 e 2005. Dos 85 exemplares, foi possível a identificação do sexo em 17 animais, dos quais 16 eram fêmeas, com LD variando entre 79,00 e 152,00 cm (124,63 ± 20,86), CD entre 94,00 e 142,00 cm (113,08 ± 14,14), e CT entre 97,00 e 255,00 cm (188,31 ± 54,97); e apenas um era macho, com LD de 87,00 cm. Ao longo da pesquisa foi registrada ainda a ocorrência de um item alimentar (Dasyatis marianae) não usual, jamais antes descrito para dieta da D. americana. A avaliação das detecções do monitoramento acústico no litoral de Recife, em relação ao ciclo de 24 horas indicou que a maior parte das detecções ocorreram ao longo do período noturno (96,4%) (X²= 144,857; P< 0,0001). Os valores de TAH foram maiores entre os anos de 2003 (0,76 ± 1,51) e 2008 (1,55 ± 1,76), observando-se, entre 2009 (0,15 ± 0,42) e 2013 (0,21 ± 0,57), valores consistentemente mais baixos. A diminuição significativa das avistagens da espécie no interior do Atol das Rocas suscita a possibilidade de estar existindo um declínio natural da população na região. O padrão de uso do habitat vertical para a D. americana mostrou uma forte preferência, para ambas as raias marcadas (91,4% e 86,3%, respectivamente), pelas águas quentes (acima dos 28°C) e rasas (profundidades de até 5m) do Atol das Rocas, ao longo do período do monitoramento. Os resultados evidenciaram que as áreas de baixa profundidade como um dos habitas essenciais para espécie no Atol das Rocas. Por fim, é imprescindível que maiores esforços sejam empregados em busca da continuação de um adequado monitoramento de suas populações em águas costeiras e insulares.

Submitted by MICHAEL JOSÉ HEREMAN null (mhereman@gmail.com) on 2017-02-17T17:54:09Z No. of bitstreams: 1 UNIVERSIDADE ESTADUAL PAULISTA- Dissertação MSC Hereman com MAAP e PH final corrigido.pdf: 2015217 bytes, checksum: 72153cdccdd31531f005b82e9415e10c (MD5) / Approved for entry into archive by LUIZA DE MENEZES ROMANETTO (luizamenezes@reitoria.unesp.br) on 2017-02-22T17:08:24Z (GMT) No. of bitstreams: 1 hereman_mj_me_svic.pdf: 2015217 bytes, checksum: 72153cdccdd31531f005b82e9415e10c (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-22T17:08:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 hereman_mj_me_svic.pdf: 2015217 bytes, checksum: 72153cdccdd31531f005b82e9415e10c (MD5) Previous issue date: 2017-01-17 / As praias de Santos (SP) apresentam legislação municipal de proibição de captura das espécies de Callianassidae, p ex. Callichirus major (Lei Municipal nº 1.293/93), fato este não verificado em municípios limítrofes, como São Vicente. Esta legislação foi decorrente de um amplo estudo de 10 anos (1983 a 1993), desde então não existindo outros mais aprofundados sobre a biologia populacional desta espécie. Portanto, a presente dissertação tem como objetivos realizar uma avaliação comparativa da biologia populacional de Callichirus major entre a praia do Gonzaga, localizada no Município de Santos (protegida) e a praia do Itararé, no Município de São Vicente (sem legislação pertinente à captura da espécie). O primeiro objetivo foi efetuar um teste de tamanho do quadrado ideal para as amostragens, através do método de Wigert (W), assim como o número de réplicas por subárea amostral, determinada pela estabilização das variâncias (V), indicando um mínimo ideal de 50 réplicas (V=24,6). O possível efeito da declividade e distância do mar sobre os parâmetros populacionais da espécie foi também testado em duas transecções de quadrados amostrais contíguos (vertical e paralela à linha de costa). Com base nos resultados obtidos, foi estabelecido o número de subáreas amostrais em cada praia, levando-se em conta sua extensão (Praia do Itararé: 2,3 km; e Praia de Santos: 4,7 km). A densidade foi maior nas transecções próximas aos canais (5,0 ± 1,6 e 4,5 ± 2,0 ind./m2) do que aquela mais equidistante (F = 13,20; p = 0,000), indicando para evitar áreas de canal próximas para minimizar o viés amostral durante as análises espaciais. Nas duas praias foram contabilizadas as galerias da espécie por quadrado amostral, a fim de comparar as condições de distribuição destes organismos de maneira particular nestas praias, e seus dados inseridos em planilhas eletrônicas, perfazendo o segundo objetivo do estudo. Em outra subárea, em ambas as áreas de estudo (Gonzaga e Itararé), exemplares de C. major foram coletatos a utilização com uma bomba sugadora em PVC, para cumprir o terceiro objetivo, o qual consistiu de registrar informações biométricas e reprodutivas, para caracterizar a população diante da pressão de pesca, ou diante de condições de proibição da captura. A densidade da espécie foi registrada pelo número de indivíduos/m2 e comparadas entre as praias através de um teste de GLM (modelos lineares generalizados), usando como variáveis explicativas o local, mês e o estirâncio. Os resultados indicaram que a densidade anual no município de Santos (STS = 6,8±3,3 galerias/m2) foi 2,5 vezes superior àquela registrada em São Vicente (SAV = 2,7±2,5 galerias/m2). A estrutura populacional foi avaliada pela distribuição dos exemplares de cada sexo em classes de tamanho (CC) de 1 mm e a razão sexual pela proporção macho:fêmea. Para isto, comparou-se a média do CC de machos e fêmeas usando um t-test ou U de Mann-Whitney, dependendo se a distribuição dos dados foi normal ou não. Durante o referido período de amostragens, um total de 546 espécimes de Callichirus major (204 machos, 342 fêmeas) na praia do Gonzaga e 404 (217 machos, 187 fêmeas) em Itararé, respectivamente. Em relação ao tamanho de CC, as fêmeas foram significativamente maiores em ambas as praias, 17,1 ± 1,92 mm (Gonzaga) e 16,5 ± 2,07 mm (Itararé), em relação aos machos 15,0 ± 2,83 e 15,0 ± 2,66, respectivamente. Contudo, este estudo provou a eficiência da legislação de proteção de C. major no Município de Santos, para as praias de São Vicente e outros municípios do estado de São Paulo, e demais locais do Brasil, com fins de contribuir com o manejo e conservação desta espécie, e ainda, ressaltou a importância de outros estudos aliados à exploração sustentável deste recurso. / The C. major from Santos (SP) are protected by law (municipal law number 1.293/93) so, it´s prohibited to capture this crustacean from the beaches, this fact isn´t verified at boundaries counties, just like São Vicente, for example. This legislation was due a great study during 10 years (1983 to 1993), since then, doesn´t exist other importants studies about this specie. Therefore, this present dissertation aims to realize a comparative avaliation of the populational biology of Callichirus major between Gonzaga beach (Santos, SP), a protected area, and Itararé beach (São Vicente, SP). The first objective was realize a test to obtain a optimiun quadrat size for the sampling, using the Wigert (W) method, as well as the number of replicates per sample areas, determinate by the stabilization of variances (V), indicating a minimum of 50 replicas (V=24,6). The possible effect of declivity and sea´s distance were evaluated too, using for this, two transections of contiguous sample quadrat (vertical and parallel to the coast line), the one with less variance of sazonal and temporal analyzes was chosen. Based in the obtained results, a number of sample areas were established, taking into account the beaches´s extension (Itararé´s beach: 2,3km; Santos´s beach: 4,7 km). The density was bigger at the transections near the channels (5,0 ± 1,6 e 4,5 ± 2,0 ind./m2) then the equidistant one (F = 13,20; p = 0,000), indicating to avoid nearby channels areas to minimize the sampling bias during the spatial analyzes. In both beaches the species´s galleries per sample quadrat were calculated, in order to compare the distribution conditions of this animal particularly at these beaches, and the respective data inserted in eletronics spreadsheets, reaching the second objective os this study. In other subarea, at both beaches (Gonzaga e Itararé), specimens of C. major were collected, using for this a manual pump made by PVC, to fulfill the third objective, that consisted in register the biometrical and breeding cycle informations, to characterize the population in front of the fishing pressure, or in front of prohibition capture conditions. The species density were registered by the number of individuals/ m2 and compared between the two beaches through a GLM test (Generalized Linear Model), using as explanatory variables the place, month and the foreshore. The results indicated that the annual density of Santos city (STS = 6,8±3,3 galleries/m2) was 2,5 times superior than the records from São Vicente (SAV = 2,7±2,5 galleries/m2). The population structure was evaluated by the specimens distribution of each sex in size classes of 1mm and the sex ratio by the proportion male: female. For this, the cephalothoracic length (CL) between males and females were compared, using a t-test or U of Mann-Whitney, being the data distribution normal or not. During the sampling period, a total of 546 specimens of Callichirus major (204 males, 342 females) were collected in Gonzaga beach and 404 (217 males, 187 females) in Itararé. Related to the CL size, the females were significantly higher on both beaches, 17,1 ± 1,92 mm (Gonzaga) and 16,5 ± 2,07 mm (Itararé), in relation to males 15,0 ± 2,83 e 15,0 ± 2,66, respectively. However, this study proved the efficiency of the C. major protection legislation in the city of Santos, of population control to the beaches of São Vicente and other cities from São Paulo state, and to other places in Brazil, in order to contribute with the management and conservation of the specie, emphasizing the importance of other allied studies to the sustainable exploitation of this resource.

O fungo Moniliophthora perniciosa é o agente causal da vassoura de bruxa no cacaueiro (Theobroma cacao L.). Três biótipos distintos (biótipos -C, -L e -S) são reconhecidos de acordo com a especificidade quanto ao hospedeiro. O presente estudo teve como objetivo a análise da diversidade genética com o uso de marcadores microssatélites de 134 isolados dos biótipos -C, -L e -S de M. perniciosa coletados principalmente na Amazônia Brasileira e áreas de cultivo. A diversidade genética foi associada com virulência e/ou agressividade dos isolados a acessos diferenciais (suscetíveis ou resistentes) de T. cacao. Os biótipos -S e -L apresentaram uma diversidade gênica e genotípica superior em comparação com o biótipo-C. A população do biótipo-C com maior diversidade genotípica foi a do Acre, seguida pelo Oeste do Amazonas, ambas correspondendo a áreas em que se encontra cacaueiro nativo no Brasil. A população com menor diversidade genotípica foi a da Bahia, que corresponde a uma área onde a presença de M. perniciosa foi registrada mais recentemente, no final da década de 1980. Dos 134 isolados, 83 correspondem a genótipos multilocos únicos, sendo encontrados apenas dois indivíduos com genótipos idênticos para o biótipo-S, e nenhum para o biótipo-L. No biótipo-C foram identificados 61 genótipos multilocos em 111 isolados coletados em áreas de ocorrência natural e cultivo de cacau. Os dados de similaridade genética corroboram que o biótipo-C e também o -S que são homotálicos evoluíram de um biótipo heterotálico, possivelmente o biótipo-L. As populações do biótipo-C do estado do Pará e Leste do Amazonas compartilham ancestrais comuns em Ji-Paraná (RO) e Assis Brasil (AC), enquanto que a região sob a influência do rio Amazonas possui outra ascendência, que seria em Atalaia do Norte (Alto Solimões). Os genótipos multilocos da Bahia exibiram origens análogas as da população do Baixo Amazonas, com ascendência em Ji-Paraná (RO) e Alenquer (PA). Na avaliação de agressividade de M. perniciosa, a concentração do inóculo se mostrou determinante para a manifestação dos sintomas, com o aumento de plântulas com sintomas à medida que aumenta a concentração de basidiósporos. Dentre as progênies avaliadas, \'PA 195 x CAB 214\' apresentou menor proporção de plântulas com sintomas. Na inoculação com isolados de M. perniciosa oriundos do Acre e Amazonas, a proporção de plântulas com sintomas foi superior quando inoculadas com o isolado de Tabatinga (AM). O genótipo de cacaueiro que apresentou uma reação diferenciada foi o \'CAB 214\', para o qual nenhuma plântula apresentou sintomas quando inoculada com o isolado de Marechal Thaumaturgo (AC). Com o uso de microssatélites os genótipos multilocos de Tabatinga (AM) e Marechal Thaumaturgo (AC) foram identificados em grupos distintos. Na análise de treze genes de patogenicidade induzidos pela limitada disponibilidade de N, o gene 88KD foi o que demonstrou o maior número de transcritos acumulados. Os isolados que apresentaram uma mesma tendência em seus genes mais expressos foram Tabatinga (AM) e Óbidos (PA) que apesar de possuírem origens geográficas distintas, foram identificados no mesmo grupo na análise com microssatélites / The fungus Moniliophthora perniciosa is the causal agent of witches\'broom in cacao (Theobroma cacao L.). Three different biotypes (C-; S-; and L-biotypes) are recognized according to host specificity. The present study aimed to analyze the genetic diversity using microsatellite markers for 134 isolates of the C-, L- and S- biotypes of M. perniciosa collected mainly in the Brazilian Amazon and areas of cultivation. Genetic diversity was associated with virulence and/or aggressiveness of isolates in differential accesses (susceptible or resistant) of T. cacao. The L- and S- biotypes showed a higher genetic and genotype diversity compared with C-biotype. Of the 134 isolates, 83 corresponded to unique multilocus genotypes, and found only two individuals with identical genotypes for the S-biotype, and none for the L-biotype. In the C-biotype were identified 61 multilocus genotypes in 111 isolates collected in areas of natural occurrence and cultivation of cocoa. The genetic similarity data corroborate that the C- and S- biotypes that are apparently homothallic evolved from a heterothallic biotype, possibly L-biotype. The populations of C-biotype of the state of Para and Amazonas East share common ancestors, in Ji-Paraná (RO) and Assis Brazil (AC), while the region under the influence of the Amazon River has another descent that would be in the Atalaia do Norte (Upper Solimões). The multilocus genotypes from Bahia showed a similar origin of the population of the Lower Amazon, with ancestry in Ji-Paraná (RO) and Alenquer (PA). In the evaluation of aggressiveness of M. perniciosa, the inoculum concentration proved to be decisive for the manifestation of symptoms, with the increase of seedlings with symptoms as increases the concentration of basidiospores. Among the progenies, \'PA 195 x CAB 214\' showed a lower proportion of seedlings with symptoms. In inoculation with M. perniciosa from Acre and Amazonas, the proportion of seedlings with symptoms was higher when inoculated with the isolate from Tabatinga (AM). The genotype of cocoa that had a differentiated reaction was the \'CAB 214\', for which no plants showed symptoms when inoculated with the isolate Marechal Thaumaturgo (AC). With the use of microsatellite, the multilocus genotypes of Tabatinga (AM) and Marechal Thaumaturgo (AC) were identified in different groups. In the analysis of thirteen genes of pathogenicity induced by the limited availability of N, 88KD gene showed the highest number of transcripts. The isolates that showed a similar trend in their more expressed genes were Tabatinga (AM) and Óbidos (PA) that despite having different geographical origins were identified in the same group in the analysis with microsatellite

Embora já existam estudos anteriores a respeito da estrutura de população em cana-deaçúcar, até o momento nenhum estudo foi feito usando marcadores SNPs gerados a partir de plataformas de genotipagem de larga escala, como por exemplo, Sequenom iPLEX MassARRAY. No presente trabalho, foi investigada a estrutura populacional no painel brasileiro de variedades de cana-de-açúcar. Esse painel é formado por materiais elites, ancestrais importantes e cultivares utilizados em programa de melhoramento. Um total de 1033 marcadores SNPs foram utilizados para genotipar os acessos do painel. A classificação dos dados feita usando o software SuperMASSA. A estrutura de população foi analisada por meio de análise de componentes principais (ACP), análise de agrupamentos e usando o software STRUCTURE. Devido ao fato que no software STRUCTURE não é possível dados de marcadores moleculares provenientes de espécies poliploides com aneuplodia frequente, o conjunto de dados foi separado e analisado de acordo com nível de ploidias dos SNPs. Com a finalidade de comparar os resultados, foi feita uma análise de coordenadas principais na matriz de distância, com os elementos definidos por 1 - coeficiente de parentesco. A análise de componentes principais revelou presença de estrutura de população. O primeiro componente separou o acesso IN84-58 (S. spontaneum) dos outros acessos que por sua vez estão separados em três grupos: o primeiro grupo formado pelos acessos que são S. sinense, o segundo grupo formado pelos cultivares modernos de cana-de-açúcar e o terceiro grupo formado por acessos que são espécies S. officinarum. Resultados da análise de agrupamento usando distância de alelos compartilhados são condizentes com resultados da ACP. Por outro lado, análise de coordenadas principais e método de agrupamento UPGMA usando o coeficiente de parentesco mostraram uma maior dissimilaridade genética entre os acessos separando as progênies do cultivar RB72454 do grupo formado pelos genitores e ou progenies do cultivar NA56-79. A diferença entre os resultados da análise de componentes principais e de coordenadas principais é devido principalmente a pressuposições nas estimativas do coeficiente de parentesco que são irrealísticas. Com relação a análise feita com o software STRUCTURE, o número de subpopulações e a matriz Q estimada variou de acordo com nível de ploidia dos marcadores. De um modo geral, as análises de estrutura de população mostrou que há evidências de estreitamento da base genética dos acessos devido a cruzamentos recorrentes de indivíduos aparentados. Espera-se que estas informações sejam importantes para o mapeamento associativo e melhoramento genético da espécie. / Although there are several studies inferring population structure in sugarcane, none of them have yet used SNP markers generated from high-throughput platforms, such as, Sequenom iPLEX MassARRAY platform. In this study, it was investigated the population structure in a Brazilian panel of sugarcane varieties. This panel is comprised by elite breeding materials, important ancestors, and cultivars mostly used by breeding programs. 1,033 SNP markers were scored. SNP genotype calling was made using software SuperMASSA. The population structure was analyzed via principal components analysis (PCA), cluster analysis and using the software STRUCTURE. Due to the fact that STRUCTURE is not possible to analyze molecular markers data scored on species withmixed ploidy level, the dataset was separated and analyzed according to SNPs level ploidy estimates. With purpose of comparing the results, it was made a principal coordinate analysis (PCO) of distance matrix, with elements defined by 1 - kinship coefficient. The principal components analysis revealed some structure. The first component separated out IN84-58 (Saccharum spontaneum) from the others acessions, whereby these others acessions were allocated in three groups, comprised by S. sinense species, sugarcane modern cultivars and S. officinarum species. Results from cluster analysis using allele shared distance are in agreement with PCA results. On the other hand, principal coordinates analysis and UPGMA hierarchical clustering method based on kinship coefficient showed a broader genetic dissimilarity between acessions, allocating RB72454 progenies apart from its parents and/or progenies of NA56-79. The difference of results between PCA and PCO are mainly due to irrealistics assumptions in the calculation of kinship. Regarding analysis from the STRUCTURE, the number of subpopulations and Q matrix estimated varied with level ploidy. In general, the study of population structure showed some evidence of narrow genetic distances between accessions, due to recurrent crosses between related individuals. The information presented hereby could be important for association mapping and sugarcane breeding program.

This dissertation focuses on increasing the understanding of the evolution processes that have contributed to the diversification of freshwater crayfish. Chapter one estimates the divergence time of the three crayfish families and tests the hypothesis that diversification is tied to the break-up of Pangaea, Gondwanna, and Laurasia. I find that the families of crayfish diverged prior to or in association with the break-up of the three super continents. Chapter two addresses the evolutionary history of the genus Cambarus, using molecular data to test hypotheses of relationships based on chela and carapace morphology. The results provide evidence that the morphology used to determine Cambarus relationships do not reflect evolutionary history and that convergent evolution of morphological traits is common in crayfish. Chapter three addresses evolution at the population level and tests for differences in the genetic population structure of two crayfish with different physiological needs. I find that physiological requirements of these crayfish have influenced their population genetic structure. The last chapter addresses a molecular based hypothesis that rates of mitochondrial evolution are reduced in cave crayfish that have increased longevity, reduced metabolism, and restricted diets compared to surface crayfish. I find that cave crayfish rates of mitochondrial evolution do not significantly differ from surface crayfish. Therefore, increased longevity, reduced metabolism, and restricted diets do not slow the rate of mitochondrial evolution as predicted in this group of cave crayfish.

Understanding migratory connectivity is essential for assessing the drivers behind population dynamics and for implementing effective management in migratory species. Genetic markers provide a means to describe migratory connectivity, as well as incorporate population genetic analyses, however genetic markers can be uninformative for species with weak genetic structure. In this study, we evaluate range-wide population genetic structure and migratory connectivity in the prothonotary warbler, Protonotaria citrea, a wetland-dependent neotropical migratory songbird, using high-resolution genetic markers. We reveal regional genetic structure between sampling sites in the Mississippi River Valley and the Atlantic Seaboard with overall weak genetic differentiation among populations (FST = 0.0051). By ranking loci by FST and using subsets of the most differentiated genetic markers (200 – 3000), we identify a maximum assignment accuracy (89.7% to site, 94.3% to region) using 600 single nucleotide polymorphisms. We assign samples from unknown origin nonbreeding sites to a breeding region, illustrating weak migratory connectivity between prothonotary warbler breeding and nonbreeding grounds. Our results highlight the importance of using high-resolution markers in studies of migratory connectivity with species exhibiting weak genetic structure. Using similar techniques, studies may begin to describe population genetic structure that was previously undocumented, allowing us to infer the migratory patterns of an increasing number of species.

<p>Stepska vi&scaron;nja (<em>Prunus fruticosa&nbsp;</em> Pall.)&nbsp; je autotetraploidna vrsta (FFFF, 2n = 4x = 32)&nbsp;koja se prema taksonomskom položaju svrstava u familiju&nbsp;<em> Rosaceae</em>,&nbsp; rod&nbsp; <em>Prunus</em>. Ova vrsta &nbsp;pripada sekciji&nbsp;<em> Eurocerasus</em>&nbsp; u koju se pored nje ubrajaju jo&scaron; i tre&scaron;nja (<em>Prunus avium</em>&nbsp; L.) &nbsp;i vi&scaron;nja <em>(Prunus cerasus</em>&nbsp; L.). Stepska vi&scaron;nja i tre&scaron;nja su među najranijim derivatima roda&nbsp; Prunus, dok je vi&scaron;nja nastala kroz proces prirodne hibridizacije između ove dve vrste nekoliko puta u toku istorije.&nbsp; Utvrđivanje nivoa diverziteta među biljnim&nbsp; materijalom&nbsp; koji&nbsp; se&nbsp; koristi&nbsp; u&nbsp; oplemenjivačkom radu&nbsp; je&nbsp; od&nbsp; izuzetne&nbsp; važnosti&nbsp; za unapređenje&nbsp; agronomskih svojstava bilo&nbsp; koje&nbsp; biljne&nbsp; vrste.&nbsp; Jedan od prvih koraka u istraživanju nivoa diverziteta jeste morfolo&scaron;ka karakterizacija germplazme.&nbsp; Nasuprot ovom tipu markera nalaze se molekularni markeri kojima se detektuju razlike na nivou DNK. Cilj ovog rada je bio ispitivanje inter-&nbsp; i&nbsp; intrapopulacione varijabilnosti stepske&nbsp; vi&scaron;nje (<em>P. &nbsp;fruticosa</em>) upotrebom fenotipskih, mikrosatelitskih i SNP markera, a dobijeni rezultati će olak&scaron;ati i ubrzati oplemenjivački proces tre&scaron;nje i vi&scaron;nje. Fenotipska svojstva su ispoljila visok nivo varijabilnosti prevashodno za kvantitativne markere, dok je ne&scaron;to niži stepen varijacija uočen kod kvalitativnih karaktera, a potpuno odsustvo varijabilnosti je uočeno samo u&nbsp; svojstvu prisustva lisnih žlezda. Populacije stepske vi&scaron;nje su pokazale visok nivo polimorfizma unutar i između populacija primenom mikrosatelitskih markera, a broj detektovanih alela u okviru lokusa se kretao od 2 (BPPCT022, UDP-018) do 11 (BPPCT034). Varijabilnost na nivou sekvenci DNK u okviru populacija vrste<em>&nbsp; P.&nbsp; fruticosa&nbsp;</em>je visoka, ovo je potvrđeno analizom 170256 SNP markera. Populacije stepske vi&scaron;nje na nivou sva tri tipa markera&nbsp; su pokazale visok stepen varijabilnosti kada se govori o svim analiziranim lokalitetima kao jednoj populaciji, dok je ona bila ne&scaron;to niža između jedinki na jednom lokalitetu. Bujnost kao fenotipska karakteristika pokazala je značajan nivo vezanosti za dva SNP markera Primenom generalnog linearnog modela (General Linear Model,&nbsp; GLM) u asocijativnom mapiranju genoma stepske vi&scaron;nje otkriven &nbsp;je značajan nivo vezanosti između pojedinih SNP markera i ispitivanih fenotipskih karakteristika na hromozomu 7 (S7_8740459) i na hromozomu 8 (S8_6142814). Stepska &nbsp;vi&scaron;nja kao divlji srodnik vrsta od velikog ekonomskog značaja kao &scaron;to su tre&scaron;nja i vi&scaron;nja može imati značajnu ulogu u njihovom unapređenju, a u ovom radu je potvrđeno da poseduje veliki diverzitet &scaron;to je čini jo&scaron; značajnijom i potencijalnim izvorom nove varijabilnosti.</p> / <p>European ground cherry&nbsp; <em>(Prunus fruticos</em>a&nbsp; Pall.)&nbsp; is autotetraploid species&nbsp; (FFFF, 2n = 4x = 32) and belongs to <em>Prunus genus</em> and <em>Rosaceae</em> family. It is a part of&nbsp; Eurocerasus section that also includes sweet cherry (Prunus avium&nbsp; L.) and sour cherry <em>(Prunus cerasus</em>&nbsp; L.). Sweet cherry and ground cherry are presumably early derivatives of ancestral Prunus while sour cherry arose from natural hybridization between these two species several times trough history. Determination of diversity is of great importance in every breeding program, and morphological characterization continues to be the first step for the description&nbsp; and classification of that diversity. Other available tolls for measuring diversity among germplasm are molecular markers. Aim of this research was to determine level of inter-&nbsp; and intrapopulation variability in European ground cherry<em> (P.&nbsp; fruticosa&nbsp;</em> Pall.)&nbsp; using phenotypic, SSR and SNP markers to facilitate cherry breeding. Phenotype characteristics exhibited high level of variability especially for quantitative traits, while qualitative traits had shown lower level of variability. Only presence of leaf nectaries had absence of variability; all analyzed accessions had nectaries on their leaves. Microsatellite markers confirmed high variability between and within all analyzed populations of ground cherry. Number of alleles per markers ranged from 2 (BPPCT002 and UDP-018) to 11 (BPPCT034). Analysis of 170,256 SNP markers confirmed high level of variability in DNA sequences of<em> P. fruticosa</em>. All analyzed populations of ground cherry showed overall high level of variability using all types of markers, while variability was relatively lower within each population. Association study revealed significant level of association between several traits and SNP markers. Vigor as a trait of interest showed significant association with SNP on chromosome 7 (S7_8740459) and chromosome 8 (S8_6142814). European ground cherry as one of wild relatives of economically important fruit species, such as sweet and sour cherry, holds great potential in their improvement. Its high level of diversity, revealed in this research, provides additional source of variability and makes it valuable for breeding programs.</p>

<p>Streptococcus agalactiae, also designated group B streptococcus (GBS), is a Gram-positive coccus, and it is an important pathogen that causes invasive disease in neonates, pregnant adults, and non-pregnant adults with predisposing conditions. The group II intron GBSi1 is one of the major mobile genetic elements identified in S. agalactiae. The aim of this thesis was to characterize the GBSi1 distribution pattern, the population structure, and the influence of serotype- and clone-specific properties on the invasive capacity among clinical invasive and non-invasive isolates of S. agalactiae.</p><p>Two additional copies of GBSi1 were identified at sites different from the primarily identified scpB-lmb locus. The distribution of GBSi1 was uneven among different serotypes. Three intron copies were only found in isolates of serotype III, and these targeted all the three identified gene loci. In contrast, a single copy of GBSi1 was found in isolates of serotype II and V and only located at the scpB-lmb locus. Furthermore, at the 5′ flanking region of the scpB-lmb gene locus, a novel 2.1 kb DNA fragment with plasmid features was identified only in intron carrying isolates. This may suggest that GBSi1 once was brought into the S. agalactiae genome by an integrated plasmid.</p><p>Multilocus sequence typing was used to characterize totally 314 invasive and non-invasive S. agalactiae isolates collected in Northern and Western Sweden from the years 1988 to 2004. Five major genetic lineages (clonal complexes) were identified among both invasive and non-invasive isolates, including serotype Ia, Ib, and II to V, indicating a clonal population structure of S. agalactiae isolates. A number of genetically highly related isolates were found to express different capsular types, suggesting that capsule switching occurs rather frequently between isolates. Furthermore, non-invasive isolates belonging to the same clonal complexes displayed more heterogeneity in capsule expression as well as in the distribution patterns of mobile genetic elements than invasive isolates. This indicates that less variability is allowed in a highly selective environment such as the blood. All major clonal complexes and serotypes caused invasive disease, although their ability to do so varied greatly. CC17 was significantly associated with neonatal invasive disease; whereas CC19 was equally common among isolates from adult and neonatal disease, despite that both CC17 and CC19 expressed capsular type III. This striking difference seen between CC17 and CC19 suggests that clonal complex associated properties, in addition to capsular type, play important roles in the virulence of S. agalactiae. CC1, a new emerging clone since early 1990s, has caused substantial amount of disease among adults. In addition, mutually exclusive distribution of mobile elements GBSi1 and IS1548 was seen, and they were shown to constitute genetic markers for serotype III CC17 and CC19 isolates, respectively.</p>