Thesis (Ph. D.)--University of Missouri--Columbia, 2002. / Typescript. Vita. Includes bibliographical references (leaves 179-198). Also issued on the Internet.

Κατά τη διάρκεια της τελευταίας δεκαετίας παρατηρείται ένα προοδευτικώς αυξανόμενο ενδιαφέρον για την διερεύνηση της ύπαρξης ή μη συσχέτισης, ανάμεσα στην γενετική ποικιλομορφία της περιοχής του πυρηνικού υποκινητή (Core Promoter, CP, 1700-1849), της προπυρηνικής περιοχής (Precore, PC, 1814-1901) και της περιοχής του κυρίως πυρηνικού αντιγόνου (Core, 1901-2450) του ιού της Ηπατίτιδας Β, τόσο σε νουκλεοτιδικό όσο και σε πρωτεϊνικό επίπεδο, και στην κλινική εικόνα της Οξείας ή Χρόνιας Ηπατίτιδας Β, την πιθανότητα εξέλιξης και το ρυθμό εξέλιξης της χρόνιας HBV λοίμωξης σε Χρόνια Ενεργό Ηπατίτιδα, Κίρρωση του Ήπατος και Ηπατοκυτταρικό Καρκίνωμα (ΗΚΚ). Στόχοι Έρευνας: Λαμβάνοντας υπόψη όλες τις προηγουμένως δημοσιευθείσες εργασίες και δεδομένης της ολοένα και αυξανόμενης σημασίας που αποκτά η γενετική ποικιλομορφία της περιοχής του πυρηνικού αντιγόνου στην εξέλιξη της χρόνιας HBV λοίμωξης, προχωρήσαμε σε ανάλυση της γονιδιακής αλληλουχίας των περιοχών του κυρίως πυρηνικού υποκινητή , και της προπυρηνικής περιοχής καθώς και σε ανάλυση της γονιδιακής και πρωτεϊνικής αλληλουχίας του πυρηνικού αντιγόνου σε στελέχη του ιού που απομονώθηκαν από 23 Χρόνιους Ασυμπτωματικούς Φορείς (ΧΑΦ) του ιού HBV, χρησιμοποιώντας ως μάρτυρες (controls) στελέχη του ιού που απομονώθηκαν από 4 ασθενείς με Χρόνια Ενεργό Ηπατίτιδα Β (ΧΕΗΒ) προ της ενάρξεως οποιασδήποτε θεραπευτικής αγωγής και κλωνοποιήθηκαν. Οι στόχοι της παρούσας έρευνας συνοψίζονται ως εξής: α) Να καταγράψουμε το σύνολο των μεταλλάξεων στις υπό μελέτη περιοχές και το σύνολο των αμινοξικών αντικαταστάσεων στο πυρηνικό αντιγόνο χωρίς να εστιάσουμε μόνο σε 3-4 μεταλλάξεις οι οποίες αποτέλεσαν μεμονωμένο αντικείμενο μελέτης στην συντριπτική πλειονότητα των έως τώρα δημοσιευμένων ερευνών, β) Να εξακριβώσουμε την συχνότητα εμφάνισης κάθε μετάλλαξης και πως αυτή διαφοροποιείται ανάλογα με την κλινική κατάσταση και το ορολογικό προφίλ των ασθενών, τον γονότυπο, και τον υπότυπο του ιού, γ) να προτείνουμε ένα ακριβές προφίλ μεταλλάξεων και αμινοξικών αντικαταστάσεων που χαρακτηρίζει τους ΧΑΦ και να δείξουμε πως αυτό διαφοροποιείται στους ασθενείς με ΧΕΗΒ, δ) Να ερευνήσουμε την ποσοτική αλλά και ποιοτική επίπτωση των διαπιστούμενων, στην κωδικοποιούσα το πυρηνικό αντιγόνο αλληλουχία, νουκλεοτιδικών αλλαγών επί της αμινοξικής αλληλουχίας του πυρηνικού αντιγόνου, και πως αυτή επηρεάζει την σύσταση των αντιστοίχων επί του πυρηνικού αντιγόνου αντιγονικών επίτοπων, ε) Να προτείνουμε νέες τεχνικές απομόνωσης ιικού DNA και πολυμερισμού τμημάτων του ιικού γονιδιώματος σε ασθενείς με πολύ χαμηλά επίπεδα ιαιμίας, όπως οι ΧΑΦ, στ) Να επιβεβαιώσουμε ή να αντικρούσουμε τα δεδομένα της διεθνούς βιβλιογραφίας, που αφορούν στην συχνότητα εμφάνισης μεταλλάξεων και την εντόπιση τους στις υπό μελέτη περιοχές, την διαφοροποίηση αυτών μεταξύ διαφορετικών κατηγοριών ασθενών, διαφορετικών γονότυπων και διαφορετικών υπότυπων του αυτού γονότυπου του ιού. / Infection with HBV may lead to a wide spectrum of liver disease that ranges, in acute infection from mild self-limited to fulminant hepatitis, and in persistent infection from an ASC state to severe chronic hepatitis, cirrhosis and HCC. Several host factors are important in determining outcome, including age at infection, immune competence and MHC haplotype. Viral factors may also play an important role. Over the past decade, there has been considerable interest in whether certain genetic variants of HBV are associated with increased pathogenicity, such as the development of acute liver failure and progression of persistent infections to Chronic Active Hepatitis B, Liver Cirrhosis and Hepatocellular Carcinoma. Aims We proceeded to the sequencing of the entire CP, PC and Core regions of the HBV genome and the analysis of the Molecular variation in them in HBV isolates derived from 23 ASCs and 4 patients with CHB. 17 ASCs were Greeks (genotype D [ayw3]) and 6 were Chinese (Genotype C [ayr]) while all CHB patients were Greeks (though 3 of Genotype D ayw3 and 1 of Genotype D ayr). Our ultimate aims were the identification of all nucleotide and amino acid substitutions within the aforementioned regions and Core protein, respectively, and the demonstration of the differential presentation, distribution and frequency patterns of these substitutions and their respective combinations, in terms of clinical, virological and immunological characteristics of the patients.

Chez le tabac, les trichomes glandulaires sécréteurs (TGSs) sont des structures pluricellulaires où s'effectuent la synthèse et la sécrétion de nombreux composés volatiles. Cette production spécifique dans les TGSs est la conséquence de la spécificité de l'expression transcriptionnelle des gènes des Terpènes synthases. Les promoteurs de ces gènes sont intéressants parce qu'ils peuvent être utilisés en bioingénieurie pour produire des biomolécules à forte valeur ajoutées (taxol, l'artémisinine) dans TGSs. L'un d'eux, le promoteur de la Cembratriène-diol-synthase (P1.1NsTPSO2a), actif dans les cellules de têtes des TGSs, a été isolé et transfecté dans N.sylvestris. L'analyse par délétions de P1.1NsTPSO2a a montré que deux fragments, 4c (100pb) et 400c (360 pb) sont importants pour l'expression spécifique dans les têtes de trichomes. La région 4c a été placée en amont du promoteur 35S minimum (-46) et du gène rapporteur GUS. Nous avons démontré que 4c est nécessaire et suffisant pour une expression dans les têtes de TGSs. Le fragment 400c pourrait jouer un rôle dans la répression du P1.1NsTPSO2a dans les cellules épidermiques et dans certaines parties des racines. Enfin, nous avons isolé par crible simple-hybride dans la levure un facteur de transcription putatif du trichome (NsZnF) pouvant reconnaître le fragment 400c. NsZnf appartient à la famille des facteurs de transcription GATA-ZincFinger III. Cette protéine possède un doigt de zinc, un domaine CCT et un domaine TIFY. L'expression transitoire dans N.benthamiana montre une localisation nucléaire de NsZnf compatible avec son rôle de facteur de transcription.

Herpes simplex virusas sukelia recidyvuojančią burnos-veido ir lytinių organų infekciją. Latentinėje būklėje šis virusas glūdi sensoriniuose ganglijuose. Latencijos metu visi HSV genai yra supresuoti, išskyrus su latencija susijusį geną (LAT). Tyrimais nustatyta, kad tarp HSV LAT promotoriaus mutantų reaktyvacijos dažnis laboratorinių gyvūnėlių modeliuose yra mažesnis nei laukinių virusų. Nėra atlikta tyrimų, kurie nagrinėtų LAT promotoriaus sekų variaciją herpes simplex virusuose, išskirtuose iš žmonių klinikinių mėginių. Šio tyrimo tikslas buvo įvertinti herpes simplex viruso LAT promotoriaus sekų įvairovę molekulinės diagnostikos metodais bei palyginti su infekcijos klinikiniais požymiais. Tuo tikslu buvo sukurtas PGR metodas HSV LAT promotoriaus analizei atlikti. Buvo ištirta Lietuvos ir Švedijos klinikiniuose odos-gleivinių bei cerebrospinalinio skysčio mėginiuose rasto herpes simplex viruso promotoriaus DNR sekų įvairovė. Tyrimo metu rasta, kad 2 tipo herpes simplex virusas buvo pagrindinė lytinių organų HSV infekcijos priežastis tarp Lietuvos pacientų. Visuose veido srities bėrimuose rasta 1 tipo HSV. HSV LAT promotoriaus sekos ištirtos 145 klinikiniuose mėginiuose. Nustatyta, kad HSV LAT promotoriaus sekos yra gausios GC ir turi variabilias homopolimerinių nukleotidų sritis, kurios varijuoja tarp viruso padermių ir pačių padermių viduje. Ši variacija gali turėti įtakos baltymų sintezei, o drauge ir fenotipo pokyčiams. Nenustatytas ryšys tarp HSV LAT promotoriaus... [toliau žr. visą tekstą] / Herpes simplex virusas sukelia recidyvuojančią burnos-veido ir lytinių organų infekciją. Latentinėje būklėje šis virusas glūdi sensoriniuose ganglijuose. Latencijos metu visi HSV genai yra supresuoti, išskyrus su latencija susijusį geną (LAT). Tyrimais nustatyta, kad tarp HSV LAT promotoriaus mutantų reaktyvacijos dažnis laboratorinių gyvūnėlių modeliuose yra mažesnis nei laukinių virusų. Nėra atlikta tyrimų, kurie nagrinėtų LAT promotoriaus sekų variaciją herpes simplex virusuose, išskirtuose iš žmonių klinikinių mėginių. Šio tyrimo tikslas buvo įvertinti herpes simplex viruso LAT promotoriaus sekų įvairovę molekulinės diagnostikos metodais bei palyginti su infekcijos klinikiniais požymiais. Tuo tikslu buvo sukurtas PGR metodas HSV LAT promotoriaus analizei atlikti. Buvo ištirta Lietuvos ir Švedijos klinikiniuose odos-gleivinių bei cerebrospinalinio skysčio mėginiuose rasto herpes simplex viruso promotoriaus DNR sekų įvairovė. Tyrimo metu rasta, kad 2 tipo herpes simplex virusas buvo pagrindinė lytinių organų HSV infekcijos priežastis tarp Lietuvos pacientų. Visuose veido srities bėrimuose rasta 1 tipo HSV. HSV LAT promotoriaus sekos ištirtos 145 klinikiniuose mėginiuose. Nustatyta, kad HSV LAT promotoriaus sekos yra gausios GC ir turi variabilias homopolimerinių nukleotidų sritis, kurios varijuoja tarp viruso padermių ir pačių padermių viduje. Ši variacija gali turėti įtakos baltymų sintezei, o drauge ir fenotipo pokyčiams. Nenustatytas ryšys tarp HSV LAT promotoriaus... [to full text]

Herpes simplex virus (HSV) causes recurrent orofacial and genital infections and establishes latent infection in sensory neurons. During latency all virus genes are supressed except the latency associated transcripts which are transcribed from latency associated gene (LAT). It is established that HSV LAT promoter mutants have lower levels of spontaneous reactivation rates in small animal models compared to wild virus. However, the variation in the LAT promoter has not been studied in viruses from clinical samples in humans. The aim of the sudy was to evaluate the sequence variation in herpes simplex virus latency associated gene promoter from clinical samples by developing and applying molecular methods and correlate with herpes infection clinical features. In this study a new PCR method specific for HSV LAT promoter was developed and HSV LAT promoter DNA sequences from Lithuanian and Swedish mucocutaneous and cerebrospinal fluid clinical samples were analyzed. HSV type 2 was found to be the main cause of genital herpes in the population of the Lithuanian patients. All cases of orofacial herpes simplex infection were caused by HSV type 1. The structure of the LAT promoter region was studied in 145 HSV clinical samples. HSV LAT promoter was found to be G+C rich and contained variable homopolimer tracts. An inter- and intrastrain variability of homopolimer tracts in the promoter region was detected, potentially giving rise to a large variation at the protein level, leading to... [to full text] / Herpes simplex virusas sukelia recidyvuojančią burnos-veido ir lytinių organų infekciją. Latentinėje būklėje šis virusas glūdi sensoriniuose ganglijuose. Latencijos metu visi HSV genai yra supresuoti, išskyrus su latencija susijusį geną (LAT). Tyrimais nustatyta, kad tarp HSV LAT promotoriaus mutantų reaktyvacijos dažnis laboratorinių gyvūnėlių modeliuose yra mažesnis nei laukinių virusų. Nėra atlikta tyrimų, kurie nagrinėtų LAT promotoriaus sekų variaciją herpes simplex virusuose, išskirtuose iš žmonių klinikinių mėginių. Šio tyrimo tikslas buvo įvertinti herpes simplex viruso LAT promotoriaus sekų įvairovę molekulinės diagnostikos metodais bei palyginti su infekcijos klinikiniais požymiais. Tuo tikslu buvo sukurtas PGR metodas HSV LAT promotoriaus analizei atlikti. Buvo ištirta Lietuvos ir Švedijos klinikiniuose odos-gleivinių bei cerebrospinalinio skysčio mėginiuose rasto herpes simplex viruso promotoriaus DNR sekų įvairovė. Tyrimo metu rasta, kad 2 tipo herpes simplex virusas buvo pagrindinė lytinių organų HSV infekcijos priežastis tarp Lietuvos pacientų. Visuose veido srities bėrimuose rasta 1 tipo HSV. HSV LAT promotoriaus sekos ištirtos 145 klinikiniuose mėginiuose. Nustatyta, kad HSV LAT promotoriaus sekos yra gausios GC ir turi variabilias homopolimerinių nukleotidų sritis, kurios varijuoja tarp viruso padermių ir pačių padermių viduje. Ši variacija gali turėti įtakos baltymų sintezei, o drauge ir fenotipo pokyčiams. Nenustatytas ryšys tarp HSV LAT promotoriaus... [toliau žr. visą tekstą]

<p>The aim of this thesis was to investigate the cellular role of the mouse RBBP6 gene using the interference RNA (RNAi) gene targeting technology and also to understand the relevance of two promoters for the RBBP6 gene.</p>

<p>OVARIAN cancer research focuses on answering important questions related to the disease, determining whether new approaches are feasible to contribute towards improving current treatments or discovering new ones. This study focused on the transcriptional regulation of genes that have been implicated in ovarian cancer, based on the occurrences of single nucleotide polymorphisms (SNPs) within transcription factor binding sites (TFBSs). Through the application of several in silico tools, databases and custom programs, this research aimed to contribute toward the identification of potentially bio-medically important genes or SNPs for pre-diagnosis and subsequent treatment planning of ovarian cancer. A total of 379 candidate genes that have been experimentally associated with ovarian cancer were analyzed. This led to the identification of 121 SNPs that were found to coincide with putative TFBSs potentially influencing a total of 57 transcription factors that would normally bind to these TFBSs. These SNPs with potential phenotypic effect were then evaluated among several population groups, defined by the International HapMap consortium resulting in the identification of three SNPs present in five or more of the eleven population groups that have been sampled.</p>

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

The normal adult heart prefers fatty acids as an energy substrate. In the case of heart failure, the heart switches its preference from fatty acids to glucose, adopting a pattern similar to fetal metabolism. PGC-1α is heavily involved in the shift towards glucose oxidation. p65, which belongs to the NF-κB transcription factor family is another crucial molecule involved in maintaining cardiac homeostasis. There is a substantial amount of evidence suggesting that PGC-1α and NF-κB directly interact, thereby connecting metabolic and inflammatory processes. Dysregulation of either PGC-1α or NF-κB signalling correlates to many diseases including heart disease. In this study, we provide further evidence that the NF-κB family has the ability to repress PGC-1α. We also show that the PGC-1α promoter contains a p65 binding site through which p65 imparts control on the PGC-1α gene. Metabolic homeostasis and inflammation pathways are closely linked and play crucial roles in heart dysfunction.

Regulation of adenoviral gene expression is a complex process directed by viral proteins controlling a multitude of different activities at distinct phases of the virus life cycle. This thesis discusses adenoviral regulation of transcription and splicing by two proteins expressed at the late phase: L4-22K and L4-33K. These are closely related with a common N-terminus but unique C-terminal domains. The L4-33K protein is an alternative RNA splicing factor inducing L1-IIIa mRNA splicing, while L4-22K is stimulating transcription from the major late promoter (MLP). The L4-33K protein contains a tiny RS-repeat in its unique C-terminal end that is essential for the splicing enhancer function of the protein. Here we demonstrate that the tiny RS-repeat is required for localization of the protein to the nucleus and viral replication centers. Further, we describe an auto-regulatory loop where L4-33K enhances splicing of its own intron. The preliminary characterization of the responsive RNA-element suggests that it differs from the previously defined L4-33K-responsive element activating L1-IIIa mRNA splicing. L4-22K lacks the ability to enhance L1-IIIa splicing in vivo, and here we show that the protein is defective in L1-IIIa or other late pre-mRNA splicing reactions in vitro. Interestingly, we found a novel function for the L4-22K and L4-33K proteins as regulators of E1A alternative splicing. Both proteins selectively upregulated E1A-10S mRNA accumulation in transfection experiments, by a mechanism independent of the tiny RS-repeat. Although L4-22K is reported to be an MLP transcriptional enhancer protein, here we show that L4-22K also functions as a repressor of MLP transcription. This novel activity depends on the integrity of the major late first leader 5’ splice site. The model suggests that at low concentrations L4-22K activates MLP transcription while at high concentrations L4-22K represses transcription. So far, characterizations of the L4-22K and L4-33K proteins have been limited to human adenoviruses 2 or 5 (HAdV-2/5). We expanded our experiments to include HAdV-3, HAdV-4, HAdV-9, HAdV-11 and HAdV-41. The results demonstrated that the transcription- or splicing-enhancing properties of L4-22K and L4-33K, respectively, are evolutionarily conserved and non-overlapping. Thus, the sequence-based conservation is mirrored by the functions, as expected for functionally important proteins.