La thèse s'intéresse à l'application et l'extension des méthodes SAT et SMT pour la biologie des systèmes. Plus particulièrement sont visées les problématiques issues de l'étude des réseaux métaboliques. L'état de l'art dans l'étude des réseaux métaboliques utilise de la programmation linéaire qui est extrêmement efficace pour lister toutes les solutions. Afin de pouvoir concurrencer la programmation linéaire nous nous orientons non pas vers l'énumération de toutes les voies mais vers l'énumération de voies satisfaisant des contraintes spécifiées par l'utilisateur. L'utilisation de SMT et les contraintes supplémentaires nous permettent d'utiliser des optimisations inaccessibles à la programmation linéaire. / The thesis focuses on the application and extension SAT and SMT methods for systems biology. In particular, will be targeted issues from the study of metabolic networks . The state of the art in the study of metabolic networks use linear programming that is extremely effective to list all the solutions. In order to compete with linear programming we do not try to list all pathway but enumerate pathway satisfying constraints specified by the user. The use of SMT and the additional constraints allow us to use inaccessible optimization for linear programming.