Realizamos neste trabalho a automatização da nova metodologia MHCalc, desenvolvida anteriormente em nosso laboratório, que teve como resultado o programa homônimo escrito em linguagem C para ambiente GNU/Linux, o qual avalia quantitativamente a seletividade de uma determinada proteína MHC. Esta avaliação quantitativa possibilita o estabelecimento de uma escala de preferência dos resíduos de ocorrência natural para cada uma das posições de interação da fenda de apresentação do MHC; por permutação destes resíduos, podem-se derivar regras de composição para peptídeos reconhecíveis em cada alelo estudado, inclusive na ausência de dados experimentais. A metodologia desenvolvida em nosso laboratório se baseia na avaliação da seletividade de cada bolsão independentemente, através da energia de interação do mesmo com cada aminoácido de ocorrência natural. O programa MHCalc utiliza o pacote de programas THORMM [Moret, 1998] de modelagem molecular para otimização geométrica das estruturas descritas, e tem como entrada unicamente um arquivo de coordenadas em formato POB contendo as coordenadas de um complexo MHC/peptídeo, tendo como saída uma tabela de dados contendo os resíduos de ocorrência natural em ordem de preferência para cada bolsão. Testamos o programa MHCalc para o complexo formado pela molécula HLA-DR1 (DRA DRB1 *01 01) e o peptídeo de Hemaglutinina, obtido no Brookhaven Protein Data Bank com a entrada 10LH, sendo este sistema escolhido por ser altamente estudado e com abundância de dados experimentais e teóricos para comparação de resultados. Até o presente momento obtivemos os dados referentes ao bolsão 1, os quais estão em pleno acordo com a literatura. / In this work we automated the new methodology MHCalc, developed previously in our laboratory, which resulted in the computational program with the same name, written in C language to GNU/Linux environment. The program MHCalc evaluates quantitatively the selectivity of a given MHC protein. This quantitative evaluation allows the establishment of a preference scale of the naturally occurring residues for each pocket of a MHC molecule. From such a study it may be derived composition rules to peptides recognizable in each allele studied, even in the absence of experimental data. The methodology developed in our laboratory is based on the selectivity evaluation of each pocket independently, through its interaction energy with each naturally occurring amino acid. The program MHCalc uses the molecular modeling package THORMM [Moret, 1998] to optimize the geometry of the structures described below, and needs as only entry the PDS like file with the coordinates of the MHC/peptide complex. The program finishes printing out a data file containing the naturally occurring residues in preference order for each pocket and the data used to order these residues. We tested the program MHCalc to the complex molecule HLA-DR1 (DRA DRB1 *01 01) with the Hemaglutinin peptide, obtained at the BrookHaven Prote in Data Bank (1 DLH entry). This system was chosen because it has been highly studied and so offers abundant experimental and theoretical data to compare our results. We obtained data referring to pocket 1 so far, which is in full agreement with the literature.

No presente trabalho buscou-se introduzir o efeito da competição entre plantas nas análises dos testes de progênie/procedências em essências florestais, com o fim de identificar os seus efeitos e as distorções devidas à sua não observância. Para tanto, foram utilizados ensaios com níveis de precisão e mortalidades diferentes, de cinco espécies, a saber: Gallesia gorarema Vell. Moq., Eucaliptus grandis Hill ex Maider, Eucaliptus citridora Hook, Pinus elliottii Engl. var. elliottii e Araucaria angustifolia (Bert.) O. Ktze. Obtiveram-se as esperanças dos quadrados médios das fontes de variação da análise de variância nos delineamentos aqui utilizados. Com base nestas derivações, foi demonstrado explicitamente o viés nas estimativas de parâmetros genéticos quantitativos. Este viés está diretamente relacionado com a magnitude do coeficiente de regressão b e com a grandeza relativa das somas de quadrados de diferentes efeitos contidos na análise de variância da variável competição. Caso ignorado o efeito de competição, quando este influencia a variável resposta Y, os ponderadores b, que compõem o índice de seleção terão estimativas viesadas, gerando erro na seleção dos indivíduos superiores. Na análise de dados observou-se que a inclusão da competição, de maneira geral, reduziu as estimativas das componentes de variância, e por conseqüência, outras estimativas de parâmetros que são função destes, quando comparado com as estimativas feitas por via das análises sem o ajuste para a competição. A análise com a variável competição não mostrou diferenças significativas para o efeito de progênies. Isto demostra que a competição comportou-se de forma aleatória, o que corrobora para que seja colocada na análise como uma covariável; caso contrário esta teria que ser considerada uma componente da performance e introduzida numa análise multicaracterística. Utilizando as análises com e sem ajuste para a competição, para estimar os valores genéticos e o ganho com a seleção, observou-se que os indivíduos selecionados não são concordantes. Isto indica que os equívocos na seleção podem ser comuns, haja vista que o fato de se ajustar os dados faz com que o posto dos indivíduos tidos por superiores seja alterado. É recomendável considerar os efeitos da competição na análise de dados em que os indivíduos estão sujeitos a competir uns com os outros, no seu desenvolvimento. / The aim of this work was to introduce competition effects in the model underlying the analysis of forest tree experiments. Results were compared with analyses in which effects were neglected. Progeny trails with different levels of precision and mortality were used, including the following species: Gallesia gorarema Vell. Moq., Eucaliptus grandis Hill ex Maider, Eucaliptus citridora Hook, Pinus elliottii Engl. var. elliottii and Araucaria angustifolia (Bert.) O. Ktze. Mathematical expectation of mean squares values were derived and the bias of estimates was explicitly shown. Competition effects were found significant in all experiments, but were primarily of random nature. Bias was shown to be directly proportional to the magnitude of the regression parameter b and to the relative magnitude of sums of squares of the competition variable. Including the variable in general lead to a reduction of estimates of variance components and to smaller expected progress from selection. The b coefficients of multi-effect selection index are also biased if competition is ignored. Results indicated that different sets of genotypes could be selected if the analyses of data were carried out with or without the competition effects. Including a competition variable in the analysis of trials in which plants are exposed to competing with each other is recommendable.

Caracteres importantes em espécies vegetais estão, em sua maior parte, sob o controle de vários locos gênicos, denominados locos de caracteres quantitativos (QTLs). A expressão fenotípica desses caracteres produz uma distribuição contínua de valores devido à segregação genotípica, aos efeitos ambientais e à interação genótipos por ambientes. Com o advento dos marcadores moleculares e de modelos estatístico-genéticos adequados tornou-se possível a detecção e o mapeamento de regiões cromossômicas que controlam estes caracteres. Este trabalho foi realizado para analisar caracteres quantitativos em uma população de milho tropical com os objetivos: (1) obter estimativas das variâncias genéticas aditiva e de dominância, e do grau médio de dominância; (2) construção de um mapa genético utilizando marcador molecular do tipo microssatélite; (3) detecção de QTLs e estimação de seus efeitos genéticos, e de suas interações com ambientes, utilizando o delineamento III. Neste trabalho foram utilizadas 250 progênies F2:3 retrocruzadas para ambos os genitores, totalizando 500 progênies, que foram avaliadas em seis ambientes para a obtenção de dados fenotípicos. Foi realizada a genotipagem com 140 marcadores moleculares para as 250 plantas F2 genitoras. O mapa genético foi construído utilizando o programa MAPMAKER/EXP V.3.0. Os componentes das variâncias genéticas e o grau de dominância dos caracteres foram estimados utilizando-se o delineamento III. A detecção de QTLs e as estimativas de seus efeitos genéticos foram efetuados utilizando a metodologia de Cockerham & Zeng (1996). Os resultados das análises de variâncias evidenciaram sobredominância para produção de grãos e dominância parcial para os outros nove caracteres. Por causa do desequilíbrio de ligação nesta população, estas estimativas estão, provavelmente, superestimadas. O mapa genético com 140 marcadores tem 1.730,1 centiMorgans (cM) de extensão e intervalo médio de 12,4 cM entre marcadores adjacentes. Foram detectados QTLs em todos os cromossomos para todos os caracteres, indicando que os locos que controlam estes caracteres estão distribuídos pelo genoma. A análise genética utilizada permitiu a estimação dos efeitos aditivos, dominantes e epistáticos dos QTLs. Efeitos aditivos, dominantes e epistáticos foram detectados para todos os caracteres. As magnitudes, em módulo, dos efeitos aditivos e dominantes foram maiores do que os efeitos epistáticos para todos os caracteres, exceto para posição relativa da espiga onde os efeitos epistáticos foram um pouco maiores do que os efeitos dominantes. A porcentagem de marcadores que detectaram efeitos epistáticos variou de 10,71% para teor de umidade nos grãos a 50,71% para número de folhas. Para produção de grãos, os efeitos epistáticos foram detectados em 32,14% dos marcadores, sendo encontrados valores altos para alguns marcadores. Os efeitos dos QTLs detectados variaram muito em magnitude e sinal entre marcadores adjacentes, demonstrando que os QTLs contribuem de forma diferenciada para as expressões dos caracteres. Os efeitos dos QTLs tiveram pequena ou nenhuma interação genótipos por ambientes para os caracteres avaliados, exceto para teor de umidade nos grãos. / Most of the agronomic traits in crop species are under the control of unknown number of loci, which have been termed quantitative trait loci (QTL). Because of genotypic segregation, environmental effects, and of genotype by environment interaction, the phenotypic values of these traits present continuous variation. The advent of molecular markers, and of sophisticated statistical-genetic models allowed the analysis of quantitative traits at the DNA level, by detecting and mapping chromosomal regions with loci affecting those traits. This research was carried out to analyze quantitative traits in a tropical maize population by (1) estimating genetic parameters as additive and dominance genetic variance, and the level of dominance; (2) developing a genetic map with microsatellites as molecular markers; (3) detecting and estimating genetic effects of QTLs as well as QTLs by environment interaction by using the Design III methodology. The genetic material was a set of 250 F2:3 progenies developed from a cross of two inbred lines. The F2 plants, parents of the F2:3 progenies, were genotyped with microsatellites and a genetic map was developed by using MAPMAKER/EXP V.3.0 software. The F2: 3 progenies were backcrossed to both parental inbred lines giving rise to 500 backcrossed progenies, which were evaluated in six environments. The components of genetic variances and the level of dominance of the traits were estimated by using the Design III approach. The detection of QTLs and estimates of their genetic effects were computed by using Cockerham & Zeng (1996) methodology. Average level of dominance was overdominance for grain yield (GY), and partial dominance for the other nine traits. Because of the linkage disequilibrium in this population, probably these estimates are overestimated. The genetic map with 140 markers spanned 1,730.1 centimorgans (cM) in length with an average interval of 12.4 cM between adjacent markers. QTLs were detected at all chromosomes for all traits, indicating that the genes controlling the quantitative traits assessed are spread in the genome. The genetic analysis used allowed the estimation of additive, dominance and epistatic effects of the QTLs. Additive, dominance and epistatic effects were detected for all traits, although the magnitudes, in module, of additive and dominance effects were larger than epistatic effects for all traits, except for ear placement where epistatic effects were slightly larger than dominance effects. The percentage of markers that detected significant epistatic effects ranged from 10.71% for grain moisture to 50.71% for number of leaves. For GY, the dominance effects were more important than additive effects; epistatic effects were detected in 32.14% of the markers, whereas in some markers high values were found. The magnitudes and signs of the QTLs effects were highly variable among the markers, showing that the contribution of the QTLs for the expression of the traits was very different, and that epistatic effects are important for the expression of all traits. Also, fewer QTL effects by environment interactions were detected for all traits, except for grain moisture.

As unidades de beneficiamento de minério de ouro buscam cada vez mais uma produção de baixo custo e maximização dos ganhos financeiros. A caracterização tecnológica está inserida em uma abordagem multidisciplinar que permite agregar conhecimento, alternativas de otimização e redução nos custos de operação. Inserida como uma ferramenta na caracterização tecnológica, a análise de imagens automatizada tem importante papel no setor mineral principalmente pela rapidez das análises, robustez estatística e confiabilidade nos resultados. A técnica pode ser realizada por meio de imagens adquiridas em microscópio eletrônico de varredura, associada a microanálises químicas sendo utilizada em diversas etapas de um empreendimento mineiro. Este estudo tem como objetivo a caraterização tecnológica de minério de ouro da Mina Morro do Ouro, Minas Gerais na qual foi utilizado a técnica de análise de imagens automatizada por MLA em um conjunto de 88 amostras. Foi possível identificar que 90% do ouro está na fração acima de 0,020 mm; o quartzo e mica representam cerca de 80% da massa total do minério; os sulfetos apresentam diâmetro de círculo equivalente entre 80 e 100 ?m e são representados por pirita e arsenopirita, com pirrotita, calcopirita, esfalerita e galena subordinada. Também foi possível observar que o ouro está majoritariamente associado à pirita e arsenopirita e com o aumento de teor de arsênio, cresce a parcela de ouro associado à arsenopirita. As medianas das distribuições de tamanho dos grãos de ouro apresentam um valor médio de 19 ?m. Verificou-se que a composição dos grãos de ouro é bastante diversa, em média 77% de ouro e 23% de prata. Para material abaixo de 0,50 mm observa-se uma parcela expressiva de perímetro exposto dos grãos de ouro (média 73%); o ouro incluso (21% do total dos grãos de ouro) está associado a pirita e arsenopirita, sendo que em 14 das 88 amostras este valor pode superar 40% do total de ouro contido. A ferramenta da análise de imagens automatizada mostrou-se bastante eficiente definindo características particulares o que fornece de forma objetiva subsídios para os trabalhos de planejamento de mina e processamento mineral. / Evolution in gold ore processing units are increasingly focused towards efficiency seeking routines, leading to a low-cost and maximal financial gain. The mineral characterization, inserted into a multidisciplinary approach enables a knowledge adding dynamics that results in optimization alternatives and consequent operating cost reduction. Being one of commonly used tools in mineral characterization, automated image analysis plays an important role in the mining sector mainly due to its rapid analysis, statistical robustness and reliability of the results. The technique can be performed using images acquired in a scanning electron microscope, usually associated with chemical microanalysis having applications in different stages of a mining venture. The following study aims to produce a mineral characterization using an automated image analysis technique by MLA in a set of 88 samples from the Morro do Ouro gold mine, located in Minas Gerais State, Brazil. Results showed that 90% of gold content is above the 0,02mm size fraction; quartz and mica are the mayor mineral phases identified representing roughly 80% of the total; sulfides have equivalent circle diameter ranging from 80 to 100 ?m present mainly as pyrite and arsenopyrite. It was also noted that gold is mainly associated with pyrite and arsenopyrite and that there is a correlation between the higher share of gold associated with arsenopyrite as a function of higher contents in arsenic. The median size distributions of gold grains have an average of 19 ?m. It was found that the composition of the gold is highly diverse, on average 77% gold and 23% silver. For material below 0.50 mm, was observed that a significant portion of the exposed gold grains circumference (average 73%); the included gold (21% of total grains of gold) is associated with pyrite and arsenopyrite, and that in 14 of 88 samples this value may exceed 40% of the gold contained. The automated image analysis tool proved to be very efficient defining particular features, which provides an objective subsidy for mine planning work and mineral processing.

O mapeamento de QTL's difere dos demais tipos de pesquisas conduzida em genética. Por se tratar basicamente de um procedimento de testes múltiplos, surge, neste contexto, um problema que se refere ao nível de significância conjunto da análise, e consequentemente, seu poder. Deste modo, avaliou-se, via simulação computacional de dados, o poder de detecção de QTL's da análise de marcas simples, realizada por meio de regressão linear múltipla, utilizando o procedimento stepwise" para seleção das marcas e procedimentos baseados em testes individuais, utilizando os critérios FDR e de Bonferroni para determinação nível de significância conjunto. Os resultados mostraram que o procedimento baseado em regressão múltipla, utilizando o procedimento stepwise" foi mais poderoso em identificar as marcas associadas a QTL's e, mesmo nos casos em que este procedimento apresentou poder ligeiramente inferior aos demais, verificou-se que o mesmo tem como grande vantagem selecionar apenas as marcas mais fortemente ligadas aos QTL's. Dentre os critérios FDR e de Bonferroni, o primeiro mostrou-se, em geral, mais poderoso, devendo ser adotado nos procedimentos de mapeamento por intervalo. Outro problema encontrado na análise de QTL's refere-se µa abordagem da interação QTL's x ambientes. Neste contexto, apresentou-se uma partição da variância da interação genótipos x ambientes em efeitos explicados pelos marcadores e desvios, a partir da qual obtiveram-se os estimadores da proporção da variância genética (pm), e da variância da interação genótipos x ambientes (pms), explicadas pelos marcadores moleculares. Estes estimadores independem de desvios das frequências alélicas dos marcadores em relação µ as esperadas (1:2:1 em uma geração F2, 1:1 em um retrocruzamento, etc.), porém, apresentam uma alta probabilidade de obtenção de estimativas fora do intervalo paramétrico, principalmente para valores elevados destas proporções. Contudo, estas probabilidades podem ser reduzidas com o aumento do número de repetições e/ou de ambientes nos quais as progênies são avaliadas. A partir de um conjunto de dados de produtividade de grãos, referentes µ a avaliação de 68 progênies de milho, genotipadas para 77 marcadores moleculares codominantes e avaliadas em quatro ambientes, verificou-se que as metodologias apresentadas permitiram estimar as proporções pm e pms, bem como classificar as marcas associadas a QTL's, conforme seu nível de interação. O procedimento permitiu ainda a identificação de regiões cromossômicas envolvidas no controle genético do caractere sob estudo conforme sua maior ou menor estabilidade ao longo dos ambientes. / In general terms, QTL mapping di®ers from other research ac-tivities in genetics. Being basically a multiple test procedure, problems arise which are related to the joint level of signi¯cance of the analysis, and consequently, to its power. Using computational simulation of data, the power of simple marker analysis, carried out through multiple linear regression, using stepwise procedures to select the markers was obtained. Procedures based on single tests, using both the FDR and the Bonferroni criteria to determinate the joint level of signi¯cance were also used. Results showed that the procedure based on multiple regression, using the stepwise technique, was the most powerful in identifying markers associated to QTL's. However, in cases where its power was smaller, its advantage was the ability to detect only markers strongly associates with QTL's. In comparision with the Bonferroni method, the FDR criterion was in general more powerful, and should be adopted in the interval mapping procedures. Additional problems found in the QTL analysis refer to the QTL x environment interaction. We consider this aspect by par-titioning the genotype x environment interaction variance in components explained by the molecular markers and deviations. This alowed estimating the proportion of the genetic variance (pm), and genotype x environment variance (pms), explained by the markers. These estimators are not a®ected by deviations of allelic frequencies of the markers in relation to the expected values (1:2:1 in a F2 generation, 1:1 in a backcross , etc). However, there is a high probability of obtaining estimates out of the parametric range, specially for high values of this proportion. Nevertheless, these probabilities can be reduced by increasing the number of replications and/or environments where the progenies are evaluated. Based on a set of grain yield data, obtained from the evaluation of 68 maize progenies genotyped for 77 codominant molecular markers, and evaluated as top crosses in four environments, the presented methodologies allowed estimating proportions pm and pms as well the classification of markers associated to QTL's, with respect to its level of genotype x environment interaction. The procedure also allowed the identification of chromosomic regions, involved in the genetical control of the considered trait, according to its stability, in relation to the observed environmental variation.

As florestas são reconhecidas por oferecerem diversos serviços ecossistêmicos aos seres humanos, dentre eles se destaca sua capacidade de regulação e provisão de água. Florestas plantadas, cultivadas principalmente para fins madeireiros, apesar de atenderem a demanda por produtos pela sua alta produtividade, nem sempre conseguem manter os serviços ecossistêmicos relacionados aos recursos hídricos. As florestas plantadas de eucalipto, atualmente, compõem paisagens homogêneas, com grandes extensões de plantios com mesma idade. Um bom planejamento das áreas com florestas plantadas e o seu manejo correto poderiam reduzir os trade-offs dessa cultura. Dessa forma, nesse estudo buscou-se compreender o efeito da composição da microbacia hidrográfica sobre o regime hidrológico e a qualidade da água. Três microbacias hidrográficas tiveram seu regime hidrológico e sua qualidade da água monitorada durante três anos hídricos, de setembro de 2013 a agosto de 2016. As microbacias localizam-se na Estação Experimental de Ciências Florestais de Itatinga, ESALQ/USP. A microbacia 1 apresenta manejo em mosaico de idades e espécies, enquanto as microbacias 2 e 3 apresentam manejo convencional de eucalipto. As microbacias 2 e 3 apresentam 57% e 80%, respectivamente, de suas áreas ocupadas por florestas plantadas de eucalipto, e 39% e 12% de sua área, respectivamente, por floresta nativa. As microbacias 2 e 3 foram utilizadas para avaliar o efeito da proporção de uso do solo de florestas plantadas e nativas, e as microbacias 1 e 3 para verificar diferenças entre o manejo em mosaico e o manejo convencional. Durante o período de estudo, houve dois anos com precipitações atípicas. As microbacias 2 e 3 apresentaram índices similares do regime hidrológico, porém a microbacia 3 se demonstrou mais vulnerável a falta de precipitação em relação à microbacia 2. Quanto à qualidade da água, as microbacias 2 e 3 se diferenciaram principalmente quanto à exportação de sólidos em suspensão onde a maior faixa de vegetação nativa na microbacia 2 auxiliou na manutenção da qualidade da água. A microbacia 1 apresentou regime hidrológico mais estável do que a microbacia 3, mesmo sob anos atípicos, demonstrando que o manejo em mosaico favorece a estabilidade do regime hidrológico. Do mesmo modo, a microbacia 1 apresentou uma maior estabilidade na qualidade da água em relação à microbacia 3. Os resultados demonstraram que apesar de pequenas diferenças no regime hidrológico à presença de uma maior faixa de vegetação ripária traz benefícios à qualidade da água. O manejo em mosaico se demonstrou mais adequado na regulação do regime hidrológico e da qualidade de água em relação ao manejo convencional de florestas plantadas de eucalipto. / Forests are recognized for offering a variety of ecosystem services to humans, including their ability to regulate and provide water. Forest plantations, grown mainly for timber purposes, despite meeting the demand for wood products through their high productivity, are not always able to maintain ecosystem services related to water resources. Currently, eucalyptus planted forests compose homogeneous landscapes, with large extensions of plantations with the same age. A good planning and management of the forest plantation areas could reduce tradeoffs. Thus, this study aims to understand the effect of catchment landscape composition on the hydrological regime and water quality. Three catchments had their hydrological regime and water quality monitored during three water years, from September 2013 to August 2016. The catchments are located at the Experimental Station of Forest Sciences of Itatinga, ESALQ/USP. Catchment 1 presents mosaic management of ages and species, while catchment 2 and 3 present conventional management of eucalyptus forest. Catchments 2 and 3 present 57% and 80%, respectively, of their landuse occupied by eucalyptus plantations, and 39% and 12%, respectively, by native forest. Catchments 2 and 3 were monitored to evaluate the effect of the proportion of landuse between planted forest and native vegetation and catchments 1 and 3 to verify differences between mosaic and conventional management. During the study period, there were two years with atypical precipitations. Catchments 2 and 3 present similar indices of the hydrological regime, but catchment 3 was more vulnerable to dry in relation to catchment 2. Whilst for water quality, catchments 2 and 3 differed mainly in relation to the export of solids, where the largest width of native vegetation in catchment 2 assists in the maintenance of water quality. Catchment 1 presented a more stable hydrological regime than catchment 3, even under atypical years, demonstrating that mosaic management favors the stability of the hydrological regime. Likewise, catchment 1 presented greater stability in water quality in relation to catchments 3. The results showed besides some differences in the hydrological regimes, the presence of a greater proportion of native forest brings benefits to water quality. The mosaic management was shown to be more efficient in the regulation of hydrological regime and water quality in relation to the conventional management of eucalypt planted forests.

O presente estudo objetivou estimar parâmetros genéticos visando quantificar a variabilidade genética de uma população de café robusta (Coffea canephora Pierre ex A. Froehner) introduzida da Costa Rica e analisar o seu potencial genético para o desenvolvimento de futuras cultivares clonais para o estado de São Paulo. Outro intuito foi verificar a possibilidade de submeter essa população à seleção recorrente, tornando-a, assim, fonte de alimentação e sustentação de programas de melhoramento genético do café robusta. O experimento foi composto por 25 tratamentos, sendo 21 progênies de C. canephora e quatro cultivares de C. arabica, plantados em Mococa (SP). O delineamento experimental utilizado foi em látice balanceado 5x5 quadruplicado, com seis repetições e uma planta por parcela. Foram realizadas doze colheitas e após a sexta colheita as plantas foram podadas. Em 2004, foi realizada uma seleção fenotípica dessa população a fim de clonar os melhores indivíduos. Essa seleção resultou em novo experimento, instalado em Campinas, seguindo o delineamento de blocos ao acaso, com três repetições, 28 clones e quatro plantas por parcela, sendo realizadas cinco colheitas consecutivas. As análises estatísticas e biométricas foram realizadas considerando os modelos lineares mistos (procedimento REML/BLUP), por meio do software Selegen, cujos componentes de variância são estimados pelo método da máxima verossimilhança restrita (REML) e os valores genotípicos preditos pela melhor predição linear não viesado (BLUP). As análises mostraram que, na população em estudo, observou-se elevada variabilidade genética, passível de ser explorada tanto para a extração de clones quanto para a seleção recorrente. As adversidades climáticas severas fizeram com que a seleção fosse prejudicada. Nessa situação é preferível não considerar o período afetado e analisar os dados após a recuperação das plantas. A seleção baseada em seis colheitas forneceu estimativas de parâmetros e ganhos genéticos similares aos obtidos na seleção baseada em duas colheitas de alta produção. Os ganhos genéticos esperados nas duas formas de propagações foram elevados e a seleção clonal proporcionou maiores ganhos do que a sexual. No experimento clonal foi possível identificar materiais com potencial produtivo e que poderão vir a ser recomendados para o cultivo no estado de São Paulo. Apesar de a interação genótipos x colheitas ter sido do tipo complexa, devido ao veranico ocorrido, esta não afetou significativamente o ordenamento dos melhores clones e nem comprometeu as estimativas dos parâmetros genéticos. Os coeficientes de variação experimental e genético bem como seu valor relativo deverão ser analisados conjuntamente com o número de repetições e a acurácia seletiva. A seleção recorrente deverá ser conduzida concomitantemente com o programa de seleção clonal, a fim de evitar o esgotamento da variabilidade genética e o comprometimento do programa de melhoramento genético visando o desenvolvimento de cultivares clonais. Tendo em vista que a população inicial foi constituída por um pequeno número de progênies, é aconselhável o monitoramento do tamanho efetivo populacional e do grau de endogamia ao longo dos ciclos de seleção recorrente. / The objective of this research was to estimate genetic parameters to quantify the variability of a population of robusta coffee (Coffea canephora Pierre ex A. Froehner) introduced into Brazil from Costa Rica in 1974 aiming at determining its genetic potential for the development of clonal or seedling cultivars for the state of São Paulo, Brazil. The feasibility has also been studied to submit this population to recurrent selection, making it a continuous source of improved base material in support of varietal improvement of robusta. An experiment consisting of 21 open pollinated seedling progenies of robusta and four cultivars of arabica was established in Mococa (SP) in 1975. Yield was observed for twelve harvests and after the sixth harvest the plants were pruned. The experimental lay out was a balanced 5x5 quadruple lattice design, with six replicates and one plant per plot. In 2004 a phenotypic selection of this population for yield was carried out aiming at cloning the best individuals. These 28 clones were planted in an experiment in Campinas in 2005, following a completely randomized block design, with 28 treatments (clones), three replications and four plants per plot. In total, yields were collected over five harvests. Statistical and biometrical analyzes were performed considering the linear mixed models (REML/BLUP), through software Selegen, where the variance components are estimated by restricted maximum likelihood (REML) and genotypic values predicted by best linear unbiased prediction (BLUP). The analyzes showed that the population had high genetic variability, which can be exploited for the extraction of both clones and seedling progenies, used for recurrent selection. Selection was impaired by severe adverse weather conditions. In such situations it is preferable not to consider the affected period and analyze the data after recovery of the plants. Due to the moisture stress that occurred in the clonal trial, genotype x environment interaction was complex. However this did not affect the ranking of superior clones nor compromised the genetic parameter estimates. Selection for yield based on six yield resulted in genetic parameters and genetic gains similar to those obtained by selection based on two high yielding harvesting periods. The expected genetic gains both for clones as for open pollinated progenies were high. However, clonal selection resulted in higher genetic gains for yield than the seedling selection. In the clonal experiment it was possible to identify materials with high yield potential that may become to be recommended for cultivation in São Paulo State. The experimental, genetics and relative coefficients of variation, should be analyzed together with the number of replications and selective accuracy. Recurrent selection should be conducted concurrently with the clonal selection program in order to avoid depletion of genetic variability and to impairthe breeding program aiming at the development of clonal cultivars. Considering that the initial population was composed of a small number of progeny, it will be important monitoring adequately the effective size and the inbreeding coefficient during recurrent selection cycles.

Submitted by Ricardo Cedraz Duque Moliterno (ricardo.moliterno@uefs.br) on 2017-10-04T22:20:39Z No. of bitstreams: 1 Tese Soniane Costa.pdf: 5470162 bytes, checksum: c446c8cec1a4893eca8260700896103a (MD5) / Made available in DSpace on 2017-10-04T22:20:39Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese Soniane Costa.pdf: 5470162 bytes, checksum: c446c8cec1a4893eca8260700896103a (MD5) Previous issue date: 2017-03-24 / Funda??o de Amparo ? Pesquisa do Estado da Bahia - FAPEB / The decline of guava is a complex disease, which causes progressive galls in guava roots parasitized by Meloidogyne enterolobii. The objective of the present study is to study the genetic divergence in guava and ara?azeiros accessions by means of SNPs markers developed for Eucalyptus to serve as a subsidy for activities of genetic resources and improvement of guava, such as the broad genomic association and to estimate the number of genes involved in resistance to M. enterolobii, using F2 population of Psidium guajava and P. guineense hybrid.In the evaluation of the genetic diversity of Psidium accessions, presented in chapter I, the transferability of Eucalyptus SNPs to Psidium for application in analyzes of genetic divergence and other applications, including studies of genome association. The segregation results and broad sense heritability estimates in population F2, presented in chapter II, support dominance model controlled by two genes, with epistatic effects, and the presence of only one dominant allele conditions the resistance of the hybrid of P. guajava x P. guineense for M. enterolobii. New hybrids of P. guajava with other accessions of wild Psidium should be developed and evaluated in order to increase the sources of resistance to the pathogen, allowing effective control of the same in commercial areas of guava. Seven markers associated with resistance to Meloidogyne enterolobii in Psidium species presented in Chapter III were identified.The results also suggest the existence of different sources of resistance to the nematode, since several SNPs were identified on chromosome 3 of Eucalyptus. / O decl?nio da goiabeira ? uma doen?a complexa, que causa a podrid?o progressiva das ra?zes das goiabeiras parasitadas por Meloidogyneenterolobii. O objetivo do presente estudo ? estudar a diverg?ncia gen?tica em acessos de goiabeira e ara?azeiros por meio de marcadores SNPs (Polimorfismo de nucleot?deo ?nico) desenvolvidos para Eucalyptus, que servir?o de subs?dio as atividades de recursos gen?ticos e melhoramento da goiabeira, bem como a associa??o gen?mica ampla (GWAS), e estimar o n?mero de genes envolvidos na resist?ncia a M. enterolobii, tendo como refer?ncia a segrega??o em popula??o F2 de h?brido de Psidium guajava x P. guineense. Na avalia??o da diversidade gen?tica dos acessos de Psidium, apresentado no cap?tulo I, relata-se a transferibilidade de SNPs de Eucalyptus para Psidium, estes podem ser utilizados em an?lises de diverg?ncia gen?tica e outras aplica??es, incluindo estudos de associa??o do genoma. Os resultados de segrega??oe as estimativas de herdabilidade no sentido amplo em popula??o F2, apresentado no cap?tulo II, suportam modelo de resist?ncia dominante controlada por dois genes, com efeitos epist?ticos, sendo que, a presen?a de apenas um alelo dominante condiciona a resist?ncia do h?brido de P. guajava x P. guineensepara M.enterolobii. Novos h?bridos de P. guajava com outros acessos de Psidium silvestres devem ser desenvolvidos e avaliados de forma a aumentar as fontes de resist?ncia ao pat?geno, possibilitando efetivo controle do mesmo em ?reas comerciais de goiabeira. Foram identificados sete marcadores associados ? resist?ncia a Meloidogyne enterolobii em esp?cies de Psidium apresentado no cap?tulo III. Os resultados sugerem ainda a exist?ncia de diferentes fontes de resist?ncia ao nematoide, pois foram identificados v?rios SNPs no cromossomo 3 de Eucalyptus.

Submitted by Jadson Francisco de Jesus SILVA (jadson@uefs.br) on 2018-02-01T23:35:20Z No. of bitstreams: 1 DISSERTA??O FINAL COM FICHA CATALOGR?FICA 18 DE ABRIL PDF (1).pdf: 2362106 bytes, checksum: 1da0ff87edbc46a6d93553a0402ab23e (MD5) / Made available in DSpace on 2018-02-01T23:35:20Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DISSERTA??O FINAL COM FICHA CATALOGR?FICA 18 DE ABRIL PDF (1).pdf: 2362106 bytes, checksum: 1da0ff87edbc46a6d93553a0402ab23e (MD5) Previous issue date: 2017-12-19 / This research aims to investigate -r deletion in syllable coda in final position of a word in school productions, sentence dictations and letters, of students in 6th and 9th grades of Elementary School II (ES) and third year of High School (HS) of private and public schools, in the city of Feira de Santana - BA. In total, textual productions of 154 students in the two school systems were investigated. This work identifies the linguistic and social contexts that favor the deletion of the rhotic in final position of a word in each analysis, especially in the general analysis, that allows one more comprehensive and complete view of the phenomenon of the final -r deletion in writing. It is also shown the role of the school in the expansion or not of the linguistic competence in the written task as the student advances to the final grades of ES II and HS. For the development of this sociolinguistic research, the quantitative method was used with the support of the Goldvarb X program and the analyses were made in light of the Labovian linguistic variation theory, theoretical current that considers the heterogeneity is systematic and inherent in the language and variation can lead to a process of language change. The erasing of the -r in final position of a word was a variable rule, being suppressed, mainly, in some linguistic contexts. Regarding the linguistic factors, the most relevant were the grammatical class, the number of syllables, the preceding vowel of the word. Regarding the external variable, the textual genre was selected. Regarding the social factors, the most favorable factors were the grade/school year, especially the younger groups, the school system, stressing the public one, and parents and children?s origin. This research provides a better understanding of the linguistic heterogeneity of the phenomenon in question, not only in terms of spoken language but also of writing in the community of Feira de Santana, which calls for more investigations. / Este trabalho tem como objetivo investigar o apagamento do -r em final de palavras em produ??es escolares, ditados de frases e cartas, dos alunos do 6? e do 9? anos do Ensino Fundamental II (EF) e do 3? ano do Ensino M?dio (EM), das redes particular e p?blica da cidade de Feira de Santana ? BA. No total foram investigadas produ??es textuais de 154 alunos pertencentes ?s duas redes de ensino. Neste trabalho, identificam-se os contextos lingu?sticos e extralingu?sticos que favorecem o apagamento do r?tico em final de palavras em cada uma das an?lises, em especial na an?lise geral, que possibilita uma vis?o mais ampla e completa do fen?meno do apagamento do -r final na escrita. Busca-se tamb?m verificar o papel da escola na amplia??o ou n?o da compet?ncia lingu?stica na modalidade escrita ? medida que o aluno avan?a para as s?ries finais do EF II e do EM. Para o desenvolvimento desta pesquisa, de cunho sociolingu?stico, utilizou-se o m?todo quantitativo com o suporte do programa Goldvarb X e as an?lises foram feitas ? luz da teoria da varia??o lingu?stica laboviana, corrente te?rica que considera que a heterogeneidade ? sistem?tica e inerente ? l?ngua e que a varia??o pode levar a um processo de mudan?a na l?ngua. Em final de voc?bulo, o apagamento do -r final apresentou-se como uma regra vari?vel, sendo suprimido, sobretudo, em alguns contextos lingu?sticos. Sobre os grupos de fatores lingu?sticos, os mais relevantes foram a classe gramatical, o n?mero de s?labas e a vogal precedente do voc?bulo. Tamb?m se mostrou importante a vari?vel externa g?nero textual. Sobre os fatores extralingu?sticos, os maiores favorecedores foram a s?rie/ano escolar, em especial as dos mais jovens, o grupo da rede de ensino, com destaque para a rede p?blica, e a origem de pais e filhos. Este trabalho possibilita uma melhor compreens?o da heterogeneidade lingu?stica sofre o fen?meno em quest?o, n?o s? em termos de l?ngua falada mas tamb?m da escrita na comunidade feirense, que ainda carece de investiga??es mais profundas.

O objetivo deste trabalho é analisar a atuação regional do Brasil através de uma análise de mídia. Em primeiro lugar, realizamos um debate teórico focado no conceito de liderança e ressaltamos que geralmente este termo é utilizado de forma errônea, sem levar em conta as distorções pertinentes entre diferentes subtipos. Posteriormente, para observar como a atuação brasileira é percebida na região, analisamos as notícias publicadas por cinco grandes jornais sul-americanos em relação ao Brasil. Através do estudo feito durante um ano, concluímos finalmente que este país é percebido como um líder situacional e instrumental. Para além disso, no caso da Argentina, a imagem brasileira é utilizada como ferramenta para tirar proveito nos debates domésticos, tanto por opositores assim como por membros do governo. / The objective of this work is to analyze the Brazilian regional operations through a media analysis. Firstly, we conducted a theoretical debate focused on the concept of leadership and stressed that this term is often used erroneously, without taking into account the relevant distortions between different subtypes. Subsequently, to observe how Brazil\'s performance is perceived in the region, we analyzed the articles published by five major South American newspapers in relation to Brazil. Through the study during a year, we finally concluded that this country is perceived as a situational and instrumental leader. Furthermore, in the case of Argentina, Brazilian image is used as a tool to take advantage in domestic debates, both by opponents as well as by government officials.