Depuis quelques décennies, l’étude de systèmes biologiques complexes est un domaine en plein essor. Ainsi, des outils de ligation des biomolécules avec des reporters chimiques ont été mis en place afin d’avoir une compréhension toujours fine du vivant. Les ligations sont des réactions chimiques biocompatibles permettant de lier deux entités synthétiques ou biologiques entre elles. On regroupe généralement ces ligations en deux catégories, les réactions de bioconjuguaison, qui font intervenir des fonctions chimiques naturellement présentes dans les biomolécules, et les réactions bio-orthogonales qui n’interfèrent pas avec les fonctions chimiques présentes dans ces milieux, mais nécessitent en amont une modification des partenaires de réaction. Cependant, il convient de faire la distinction avec une troisième catégorie, les réactions de conjugaison chimiosélectives, qui mettent en oeuvre des fonctions non naturellement présentes sur les biomolécules. En ce sens, elles se rapprochent donc des réactions bio-orthogonales, mais les fonctions ou conditions mises en jeu ne sont pas suffisamment bio-orthogonales ou les réactions ne sont pas suffisamment rapides pour pouvoir être réalisées dans les systèmes biologiques. Ces ligations sont toutefois très utilisées pour de la construction biomoléculaire allant de la petite molécule (par exemple oligopeptide modifié) à la biomacromolécule (type protéine modifiée) et se distinguent par une facilité de mise en oeuvre et purification des conjugués, ce qui n’est pas toujours réa lisable avec l’arsenal des réactions bio-orthogonales qui conduisent à la formation de multiple isomères. Ainsi, mes travaux de thèse se sont orientés vers la découverte et/ou l’étude de ligations chimiosélectives ainsi qu’à leur utilisation dans la préparation de sondes fluorescentes voire fluorogéniques. L’étude de la ligation Kondrat’eva préalablement développée au sein du laboratoire, a permis de mettre en évidence son caractère fluorogénique, et a été exploitée pour le marquage fluorescent de molécules via une étape unique de ligation fluorogénique. Puis, le développement d’une ligation utilisant le système tétrazine/pyrazolone a été développée afin de pallier le manque de sélectivité des réactions basées sur le motif tétrazine proposées jusqu’alors, qui conduisent aux bioconjugués sous la forme d’un mélange de produits. Cette approche a été illustrée par le marquage fluorescent d’une protéine humaine. Enfin, le développement d’une nouvelle voie d’accès aux quinoxalinones a permis leur étude photophysique et la mise en évidence de propriétés fluorogéniques utilisées notamment pour la synthèse d’une biosonde. / In recent decades, the study of complex biological systems has been a growing field. Thus, biomolecules ligation tools with chemical reporters were set up in order to have a better and fine understanding of the living. Ligations are biocompatible chemical reactions that link two synthetic or biological entities one antother. These ligations are generally gathered into two categories, bioconjugation reactions, using chemical functions naturally present in the biomolecules, and bio-orthogonal reactions which does not interfere with these function, but require a prior engineering of the biological partner. However, it is necessary to distinguish a third category, the chemoselective conjugation reactions, which implement functions not naturally present on biomolecules. In this sense, they are therefore closer to bio-orthogonal reactions, but the functions or conditions involved are not sufficiently bioorthogonal or the reactions are not fast enough to be carried out in any biological systems. These ligations are, however, widely used for biomolecular constructions ranging from the small molecule (for example modified oligopeptides) to the biomacromolecule (protein modification) and are distinguished by their ease of implementation and purification of the conjugates, which is not always feasible with the arsenal of bio-orthogonal reactions that leads to the formation of multiple isomers. Thus, my PhD work focused on the discovery and / or the study of chemoselective ligations as well as their use in the preparation of fluorescent or fluorogenic probes. The study of the Kondrat'eva ligation previously developed within the laboratory, highlighted its fluorogenic behaviour, and was exploited for the fluorescent labelling of molecules through a single fluorescence-ligation step. Then, the development of a ligation using the tetrazine / pyrazolone system was developed in order to overcome the lack of selectivity of the reactions based on the tetrazine scaffold which often lead to the formation of bioconjugates as a mixture of isomers. This approach has been illustrated by the fluorescent labelling of a human protein. Finally, the development of a new access route to quinoxalinones allowed to study their photophysical properties and to highlight their fluorogenic properties which were leveraged in particular for the synthesi s of a bioprobe.

This work describes the synthesis and functionalization of azoles employing different methodologies, based on organometallic catalysis or not. Firstly, we disclose the synthesis tetra-substituted 5-trifluoromethyl pyrazoles via sequential halogenation of 5-trifluoromethyl pyrazoles and palladium-catalyzed carbon–carbon and carbon–nitrogen cross-coupling reactions employing organozinc reagents and amines as coupling partners, respectively. This work allowed to achieve new pyrazolic systems in moderated to good yields. Posteriorly, we show the synthesis of 1,3-di(hetero)aryl indazoles exploring the complementary catalytic activity of nickel and copper complexes. We commenced this study evaluating different nickel pre-catalysts to perform the intramolecular amination of unprotected 2-chlorophenyl hydrazones. In a second moment, we described the N-(hetero)arylation of the in situ generated NH indazoles, using a simple catalytic system based on copper/DMEDA. This sequential one-pot fashion procedure allowed the achievement of several 1,3-di(hetero)aryl indazoles in moderate to good yields. Lastly, we disclose the formation of pyrazolo[1,5-a]quinoxalin-4(5H)-ones by the reaction between ethyl 1-(2-chlorophenyl)-1H-pyrazole-5-carboxylate and primary amines. The one-pot methodology undergoes by two sequential reactional pathways: i) amidation of the ester moiety attached to the pyrazole ring, and ii) intramolecular cyclization via nucleophilic aromatic substitution. This synthetic approach proved to be efficient only for primary aliphatic amines, allowing to achieve molecules with different substitution patterns in moderate to good yields. Key-words: Azoles, quinoxalinones, Negishi cross-coupling, Buchwald-Hartwig cross-coupling. / Este trabalho descreve a síntese e a funcionalização de azóis através de diferentes metodologias, ancoradas ou não na catálise organometálica. Primeiramente, descrevemos a síntese de 5-trifluormetil pirazóis tetrassubtituídos através de reações de acoplamento cruzado catalisadas por complexos de paládio entre 5-trifluormetil-4-halo pirazóis, reagentes organozinco e aminas. Este trabalho permitiu a obtenção de novos sistemas pirazólicos com rendimentos moderados a bons. Posteriormente realizamos a síntese de 1,3-di(hetero)aril indazóis explorando as atividades catalíticas complementares de complexos de níquel e cobre. Primeiramente avaliamos diferentes pré-catalisadores de níquel para realizar a aminação intramolecular de diferentes 2-clorofenil hidrazonas não protegidas. Em um segundo momento, realizamos a N-(hetero)arilação dos NH indazóis gerados in situ, através do emprego de um sistema catalítico baseado em cobre/DMEDA. A metodologia permitiu a obtenção de diferentes indazóis 1,3-di(hetero)aril substituídos, com rendimentos moderados a bons. Por fim, demonstramos a síntese de pirazolo[1,5-a]quinoxalin-4(5H)-onas a partir da reação entre 1-(2-clorofenil)-1H-pirazolo-5-carboxilatos de etila e aminas primárias. A metodologia one-pot envolve duas etapas sequenciais; i) amidação da função éster do pirazol e ii) ciclização intramolecular via substituição nucleofílica aromática. Esta abordagem sintética provou ser eficiente ao se empregar aminas alquílicas primárias, permitindo a obtenção de diferentes padrões de substituição com rendimentos moderados a bons.