Made available in DSpace on 2014-06-12T18:06:47Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo6320_1.pdf: 1509096 bytes, checksum: 5f37170239e23d0d461ff228297a8990 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2004 / Faculdade de Amparo à Ciência e Tecnologia do Estado de Pernambuco / O bioetanol é hoje a principal fonte de energia renovável e não poluente, tendo sua produção recebido grande incentivo nos últimos anos. O Brasil é atualmente o maior produtor de álcool mundial, sendo responsável por uma produção anual de aproximadamente 10,4 bilhões de litros. A produção de álcool no Brasil ocorre através da fermentação do caldo de cana-de-açúcar e/ou melaço por células de levedura da espécie Saccharomyces cerevisiae. Estudos de caracterização da dinâmica populacional do processo fermentativo têm sido feitos com o objetivo de se identificar linhagens mais adaptadas aos diferentes processos industriais para servirem de inóculo inicial na safra. O objetivo deste trabalho é investigar os rearranjos cromossômicos de isolados industriais de Saccharomyces cerevisiae através do monitoramento em laboratório da estabilidade cromossômica. O polimorfismo cromossômico foi evidenciado tanto em aerobiose quanto em anaerobiose. Os isolados MF1(1) e IA1238 apresentaram rearranjantes capazes de substituir o parental ao longo do processo. O isolado JP1, apesar de apresentar o maior polimorfismo, manteve o perfil parental ao longo do processo com freqüências entre 25% e 30%. Portanto, a cariotipagem molecular pode ter sua aplicabilidade prejudicada em estudo de dinâmica populacional de processos industriais de fermentação alcoólica, pois a ocorrência de rearranjos cromossômicos poderia levar à imprecisão nos resultados e análise dos dados

Made available in DSpace on 2014-06-12T18:03:41Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo3717_1.pdf: 1616290 bytes, checksum: e6fa148ed11639692dc8ca06d9a099fa (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2008 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / O objetivo deste trabalho foi analisar citogeneticamente três espécies de coleópteros pertencentes ao gênero Deltochilum (Scarabaeidae), D. irroratum, D. morbillosum e D. verruciferum, através da coloração convencional, bandeamentos cromossômicos e hibridização in situ fluorescente (FISH). Deltochilum irroratum e D. morbillosum apresentaram número diplóide 2n=14 e mecanismo sexual neo-XY enquanto D. verruciferum possui cariótipo 2n=20,XYp. As três espécies possuem cromossomos meta-submetacêntricos. O bandeamento C revelou predominantemente cromossomos difásicos, com os braços longos heterocromáticos em D. irroratum e D. morbillosum e curtos heterocromáticos em D. verruciferum. A coloração com nitrato de prata marcou as seqüências correspondentes à heterocromatina constitutiva (HC) em D. morbillosum e D. verruciferum. Nesta última o lúmen do bivalente sexual também foi marcado. Em D. irroratum esta coloração evidenciou a HC dos cromossomos autossômicos difásicos. A coloração com fluorocromos CMA3 e DAPI revelou blocos CMA3 + na HC da espécie D. verruciferum e nos autossomos difásicos e bivalente sexual de D. irroratum. Em D. morbillosum as sequências CMA3 + estão restritas às regiões terminais do braço longo dos pares 1, 2 e do X. Nas três espécies a FISH identificou sítios de DNAr em dois pares autossômicos e no cromossomo X. A utilização destas técnicas permitiu a localização de marcadores citogenéticos e a análise dos possíveis rearranjos envolvidos ao longo da diferenciação cariótipica destas espécies

Made available in DSpace on 2014-06-12T18:07:26Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo763_1.pdf: 1496450 bytes, checksum: 5d68069fc453ae05804aa1cf437f3124 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2010 / Fundação de Amparo à Ciência e Tecnologia do Estado de Pernambuco / No presente trabalho diferentes técnicas citogenéticas foram utilizadas com o objetivo de caracterizar os cariótipos de três espécies pertencentes à tribo Phanaeini (Coleoptera: Scarabaeidae). Coprophanaeus (Coprophanaeus) dardanus, Phanaeus (Notiophanaeus) chalcomelas e P. (N.) splendidulus apresentaram os cariótipos 2n=20,Xy, 2n=12,neo-XY e 2n=20,Xyp, respectivamente, com o cariótipo ancestral da família (2n=20,Xyp) sendo registrado pela primeira vez no gênero Phanaeus. Uma grande quantidade de heterocromatina constitutiva (HC) foi observada no cariótipo dessas espécies, diferindo do mais comum para a família. Além disso, C. (C.) dardanus mostrou heterogeneidade da HC, com blocos DAPI positivos (ricos em AT) em cinco pares autossômicos, dois dos quais apresentaram blocos CMA3 + adicionais (ricos em GC) adjacentes às marcações DAPI+. Nas espécies de Phanaeus analisadas, blocos CMA3 + foram identificados em todos os cromossomos, esses mesmos blocos foram DAPI-. Sítios de DNA ribossomal (DNAr) 18S foram identificados em dois pares autossômicos de C. (C.) dardanus, em um par autossômico de P. (N.) chalcomelas, e em cinco pares autossômicos de P. (N.) splendidulus. Nas três espécies, genes de RNAr 5S foram identificados em apenas um par autossômico. A impregnação com nitrato de prata mostrou regiões organizadoras de nucléolos (RONs) ativas em C. (C.) dardanus e P. (N.) splendidulus, coincidindo com as marcações reveladas pela FISH com sonda de DNAr 18S. A diferenciação cariotípica das espécies de Phanaeini envolveu diferentes rearranjos cromossômicos responsáveis pela variabilidade cariotípica observada na tribo

Submitted by FLAVIA MARCORIN DE OLIVEIRA null (flaviamarcorindeoliveira@gmail.com) on 2016-06-30T18:11:11Z No. of bitstreams: 1 Flávia Marcorin versão final.pdf: 2914788 bytes, checksum: da4eb36add8e9d52d25649b86df175e1 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Paula Grisoto (grisotoana@reitoria.unesp.br) on 2016-07-04T18:08:05Z (GMT) No. of bitstreams: 1 oliveira_fm_me_rcla.pdf: 2914788 bytes, checksum: da4eb36add8e9d52d25649b86df175e1 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-07-04T18:08:05Z (GMT). No. of bitstreams: 1 oliveira_fm_me_rcla.pdf: 2914788 bytes, checksum: da4eb36add8e9d52d25649b86df175e1 (MD5) Previous issue date: 2016-06-16 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / A família Loricariidae é uma das mais diversificadas da ordem Siluriformes, com espécies distribuídas entre sete subfamílias: Hypoptopomatinae, Loricariinae, Hypostominae, Neoplecostominae, Lithogeninae, Delturinae e Ancistrinae. As espécies do gênero Ancistrus Kner, 1854, pertencem à subfamília Ancistrinae, têm mostrado grande variação cariotípica, além de características interessantes do ponto de vista citogenético como a presença de cromossomos sexuais e polimorfismos cromossômicos. Desta forma o objetivo do presente trabalho foi caracterizar os cromossomos de quatro espécies do gênero Ancistrus (Ancistrus sp. 1 “cupim”, Ancistrus sp. 2 “cupim”, Ancistrus sp. “mutuca” e Ancistrus sp. “soberbo”) pertencentes à bacia do Paraguai utilizando técnicas de citogenética clássica e molecular para melhor compreensão da evolução cariotípica dessas espécies. As espécies estudadas apresentaram número diploide variando de 2n=42 a 2n=54, NOR localizadas em regiões pericentroméricas e terminais, além de heteromorfismo de tamanho dessas regiões (NOR) em um dos homólogos nas quatro espécies estudadas. O bandamento C mostrou presença de pouca heterocromatina com exceção das espécies Ancistrus sp. 2 “cupim” e Ancistrus sp. “soberbo” que apresentaram dois blocos grandes de heterocromatina em um par de cromossomos, tanto nos machos quanto nas fêmeas. Um exemplar fêmea da espécie Ancistrus sp. 1 “cupim” também apresentou um bloco grande de heterocromatina em um dos homólogos do par 7, sendo esses resultados indicativos de provável relação entre esses blocos de heterocromatina e a diferenciação de cromossomos sexuais. Os resultados obtidos pela técnica de FISH utilizando sondas de DNAr 18S e 5S mostraram que o DNAr 18S está localizado na mesma região da NOR, o DNAr 5S está distribuído em quatro e cinco pares cromossômicos e o double FISH não mostrou co-localização desses genes. No entanto as espécies Ancistrus sp. 2 “cupim” e Ancistrus sp. “soberbo” mostraram variação nos resultados com marcações de DNAr em blocos de heterocromatina. O uso de sonda telomérica mostrou marcações nos telômeros dos cromossomos das quatro espécies estudadas e marcação pericentromérica em um par de cromossomos da espécie Ancistrus sp. 2 “cupim”. Nossos resultados evidenciam possíveis rearranjos cromossômicos do tipo fusão cêntrica, contribuindo com a redução do número diploide e inversões pericêntricas e paracêntricas resultando na localização dos sítios de DNAr. / The Loricariidae family is one of the most diversified of the Siluriformes order, with species distributed in seven subfamilies: Hypoptopomatinae, Loricariinae, Hypostominae, Neoplecostominae, Lithogeninae, Delturinae and Ancistrinae. The species of the genus Ancistrus Kner, 1854, belong to the subfamily Ancistrinae, have shown great karyotype variation, and interesting features of the cytogenetic point of view as the presence of sex chromosomes and chromosome polymorphisms. Thus the aim of this study was to characterize the chromosomes of four species of Ancistrus genus (Ancistrus sp. 1 "cupim", Ancistrus sp. 2 "cupim", Ancistrus sp. "mutuca" and Ancistrus sp. "soberbo") belonging to Paraguay basin using techniques of classical and molecular cytogenetics to better understand the karyotype evolution of these species. The species showed diploid number ranging from 2n = 42 to 2n = 54, NOR located in pericentomeric and terminal regions, and these regions size heteromorphism (NOR) in one of the homologous in the four species. The C-banding showed the presence of few heterochromatin with the exception of species Ancistrus sp. 2 "cupim" and Ancistrus sp. "soberbo" that had two large blocks of heterochromatin in a pair of chromosomes in both males and females. An exemplary female of the species Ancistrus sp. 1 "cupim" also presented a large block of heterochromatin in one of the pair of 7 homologous, and these results indicating probable relationship between these heterochromatin blocks and differentiation of sex chromosomes. The results obtained by FISH technique using probes 18S rDNA and 5S showed that the 18S rDNA is located in the same region of NOR, the 5S rDNA is distributed in four and five chromosome pairs and double FISH showed colocalization of these genes. However of Ancistrus species sp. 2 "cupim" and Ancistrus sp. "soberbo" showed variation in results with rDNA markings in heterochromatin blocks. The use of telomeric probe showed markings on the telomeres of the chromosomes of four species studied and pericentromeric marking on a pair of chromosomes of the species Ancistrus sp. 2 "cupim". Our results indicate possible chromosomal rearrangements type fusion centric, contributing to the reduction of the diploid number and pericentric inversions and paracentric resulting in the location of rDNA sites. / FAPESP: 2015/05993-3

As alterações cromossômicas estruturais associadas a fenótipos clínicos oferecem a oportunidade de identificação e localização de genes cujas mutações possam estar determinando essas patologias, tendo em vista a possibilidade de que esses genes podem ter sido alterados pelas quebras ou ter o número de cópias modificado. Um número cada vez maior de evidências aponta para a participação de certas seqüências do genoma na formação de rearranjos cromossômicos recorrentes e não recorrentes. Este trabalho compreendeu o estudo de duas translocações cromossômicas aparentemente equilibradas e uma duplicação do braço curto do cromossomo 20 em decorrência de mosaicismo materno. O objetivo foi determinar os pontos de quebra por hibridação in situ fluorescente (FISH) e identificar genes candidatos, alterados pelas quebras dos rearranjos e que pudessem explicar o quadro clínico dos portadores. A caracterização das seqüências nos pontos de quebra e a junção desses rearranjos é fundamental para a compreensão dos mecanismos de formação das alterações cromossômicas. A delimitação precisa dos segmentos deletados é necessária para a correlação com o quadro clínico. / Two apparently \"de novo\" balanced translocations and one duplication of the short arm of chromosome 20 were studied. Our aim was to determine the breakpoints by chromosomal analysis through fluorescentin situ hybridization (FISH) and identify candidate genes and how they were involved with the clinical phenotypes of the patients. Patient 1 carried a duplication of the short arm of chromosome 20 (p11.22p13), inherited from the mother that showed normal and dup(20) lymphocytes. The duplication was determined by FISH using BAC and PAC clones, and nine clones were duplicated except one (20p11.21). The patient shared many of the common characteristics of trisomy 20p including delay in motor development, hypertelorism, poor coordination, round face with prominent cheeks, vertebral and dental abnormalities and cranial asymmetry with high and large forehead. She also had learning difficulties, behavioral disorders and pubertal growth spurt at 12 years. As our patient is an example of pure trisomy 20p, the features are of particular importance to delineate the syndrome. Three genes were mapped on the segment that contain the duplication (20p11.2-13), one of these genes is the SSTR4 (Somatostatin receptor 4). The somatostatin is widely distributed throughout the body and is important regulator of endocrine and nervous system function. It is an inhibitor of growth hormone secretion. The second gene is the BMP2 that produce bone morphogenetic proteins and it has a direct function with the nervous system. The third gene is the GHRH that produce proteins connected with the growth hormone. These genes might have been over expressed and thus contributing to the patient\'s clinical features. Patient 2, carried a 46,XY,t(5;14)(q14.1;q31.3)de novo translocation. On chromosome 14 the breakpoint was mapped to a segment contained in BAC RP11-315O17 (14q31.3). On the chromosome 5 the breakpoint was mapped to a segment contained in BAC RP11-30D15 (5q14.1). Although the breakpoint, on the chromosome 14, has been mapped in 14q31.3, our patient shared many of the common characteristics of terminal 14q32 deletion: mental retardation, dolicocephaly, prominent ears, hypertelorism, strabismus, upturned palpebral fissures, highly arched palate, simian crease, severe myopia, coloboma and palpebral ptosis. As mental retardation and ocular abnormalities were the main patient\'s clinical features, we are suggesting that: 1) a region of segment 14q31.3 was deleted. 2) A gene inside this segment (14q31.3) could be responsible for ocular development and 3) a disrupted gene could interfere on the expression of other genes. On chromosome 5 eleven genes were localized and four of them are expressed in nervous system (AP3B1; SCAMP1; BHMT2 e CMYA5). One of these genes might have been disrupted and is contributing to the patient\'s clinical features. Patient 3 was the carrier of a 46,XY,t(1;15)(p13.2;q25.2)de novo translocation. The breakpoint on chromosome 15 was mapped to the segment contained in clone RP11-152F13 (15q25.2). The breakpoint on chromosome 1 was mapped to the segment contained in clone RP5-1037B23 (1p13.2). The genes mapped at the breakpoint regions of chromosome 1 and chromosome 15 are expressed in nervous system and muscles. Our patient shows few clinical features: speech delay, stutter and learning difficulties, probably because one or more of these genes, mapped at the breakpoint region, could be disrupted.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:37Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DissCG.pdf: 2415650 bytes, checksum: 6d4f3400b231efd1461031a9b05312e8 (MD5) Previous issue date: 2005-04-01 / Universidade Federal de Minas Gerais / Cytogenetic studies involving representatives of the order Siluriformes found in the São Francisco River basin continue practically inexistent. Therefore, the main objective of the present work was to contribute to the cytogenetical knowledge of the fish species belonging to the following families: Auchenipteridae, Doradidae, Heptapteridae, Pimelodidae and Pseudopimelodidae, all found in the São Francisco River in the Três Marias region MG. In order to accomplish this, conventional chromosome analysis, different bandings and fluorescent in situ hybridization with 5S AND 18S rDNA probes were used. A great part of the cytogenetical data obtained consists in the first chromosomal characterization of many of the analyzed species, emphasizing the need for more studies of this sort within this group. A few chromosomal evolution tendencies were also detected for species that already possessed previous cytogenetic information, which permits a larger comprehension of the differentiation processes and karyotypic evolution. The data here presented give clues regarding the great diversity of the ichthyofauna of the São Francisco River and regarding the possible effects of factors that influence in the diversification and in the high degree of endemism of the fish belonging to this basin. / Os estudos genéticos envolvendo representantes da ordem Siluriformes encontrados na bacia do rio São Francisco são ainda escassos. Desta forma, o presente trabalho teve como objetivo principal, contribuir para o conhecimento citogenético das espécies de peixes pertencentes às famílias: Auchenipteridae, Doradidae, Heptapteridae, Pimelodidae e Pseudopimelodidae, encontradas no rio São Francisco, na região de Três Marias MG. Para tal foram aplicadas técnicas convencionais de análise cromossômica, diferentes bandeamentos e hibridação in situ fluorescente com sondas de DNAr 5S e 18S. Grande parte dos dados citogenéticos obtidos consiste na primeira caracterização cromossômica de muitas das espécies analisadas, ressaltando a necessidade da ampliação deste tipo de estudo dentro deste grupo. Algumas tendências de evolução cromossômica também puderam ser levantadas para espécies que já possuíam informações citogenéticas prévias, o que permitiu uma maior compreensão dos processos de diferenciação e evolução cariotípica. Os dados aqui apresentados são indicativos da grande diversidade da ictiofauna presente no rio São Francisco e da possível atuação de fatores que influenciam na diversificação e no alto grau de endemismo dos peixes desta bacia.

As alterações cromossômicas estruturais associadas a fenótipos clínicos oferecem a oportunidade de identificação e localização de genes cujas mutações possam estar determinando essas patologias, tendo em vista a possibilidade de que esses genes podem ter sido alterados pelas quebras ou ter o número de cópias modificado. Um número cada vez maior de evidências aponta para a participação de certas seqüências do genoma na formação de rearranjos cromossômicos recorrentes e não recorrentes. Este trabalho compreendeu o estudo de duas translocações cromossômicas aparentemente equilibradas e uma duplicação do braço curto do cromossomo 20 em decorrência de mosaicismo materno. O objetivo foi determinar os pontos de quebra por hibridação in situ fluorescente (FISH) e identificar genes candidatos, alterados pelas quebras dos rearranjos e que pudessem explicar o quadro clínico dos portadores. A caracterização das seqüências nos pontos de quebra e a junção desses rearranjos é fundamental para a compreensão dos mecanismos de formação das alterações cromossômicas. A delimitação precisa dos segmentos deletados é necessária para a correlação com o quadro clínico. / Two apparently \"de novo\" balanced translocations and one duplication of the short arm of chromosome 20 were studied. Our aim was to determine the breakpoints by chromosomal analysis through fluorescentin situ hybridization (FISH) and identify candidate genes and how they were involved with the clinical phenotypes of the patients. Patient 1 carried a duplication of the short arm of chromosome 20 (p11.22p13), inherited from the mother that showed normal and dup(20) lymphocytes. The duplication was determined by FISH using BAC and PAC clones, and nine clones were duplicated except one (20p11.21). The patient shared many of the common characteristics of trisomy 20p including delay in motor development, hypertelorism, poor coordination, round face with prominent cheeks, vertebral and dental abnormalities and cranial asymmetry with high and large forehead. She also had learning difficulties, behavioral disorders and pubertal growth spurt at 12 years. As our patient is an example of pure trisomy 20p, the features are of particular importance to delineate the syndrome. Three genes were mapped on the segment that contain the duplication (20p11.2-13), one of these genes is the SSTR4 (Somatostatin receptor 4). The somatostatin is widely distributed throughout the body and is important regulator of endocrine and nervous system function. It is an inhibitor of growth hormone secretion. The second gene is the BMP2 that produce bone morphogenetic proteins and it has a direct function with the nervous system. The third gene is the GHRH that produce proteins connected with the growth hormone. These genes might have been over expressed and thus contributing to the patient\'s clinical features. Patient 2, carried a 46,XY,t(5;14)(q14.1;q31.3)de novo translocation. On chromosome 14 the breakpoint was mapped to a segment contained in BAC RP11-315O17 (14q31.3). On the chromosome 5 the breakpoint was mapped to a segment contained in BAC RP11-30D15 (5q14.1). Although the breakpoint, on the chromosome 14, has been mapped in 14q31.3, our patient shared many of the common characteristics of terminal 14q32 deletion: mental retardation, dolicocephaly, prominent ears, hypertelorism, strabismus, upturned palpebral fissures, highly arched palate, simian crease, severe myopia, coloboma and palpebral ptosis. As mental retardation and ocular abnormalities were the main patient\'s clinical features, we are suggesting that: 1) a region of segment 14q31.3 was deleted. 2) A gene inside this segment (14q31.3) could be responsible for ocular development and 3) a disrupted gene could interfere on the expression of other genes. On chromosome 5 eleven genes were localized and four of them are expressed in nervous system (AP3B1; SCAMP1; BHMT2 e CMYA5). One of these genes might have been disrupted and is contributing to the patient\'s clinical features. Patient 3 was the carrier of a 46,XY,t(1;15)(p13.2;q25.2)de novo translocation. The breakpoint on chromosome 15 was mapped to the segment contained in clone RP11-152F13 (15q25.2). The breakpoint on chromosome 1 was mapped to the segment contained in clone RP5-1037B23 (1p13.2). The genes mapped at the breakpoint regions of chromosome 1 and chromosome 15 are expressed in nervous system and muscles. Our patient shows few clinical features: speech delay, stutter and learning difficulties, probably because one or more of these genes, mapped at the breakpoint region, could be disrupted.

As alterações cromossômicas estruturais associadas a fenótipos clínicos oferecem a oportunidade de identificação de genes cujas mutações possam estar determinando essas patologias, tendo em vista a possibilidade de que esses genes podem ter sido alterados pelas quebras ou ter o número de cópias modificado. Um número cada vez maior de evidências aponta para a participação de certas seqüências do genoma na formação de rearranjos cromossômicos recorrentes e não recorrentes. Neste trabalho, estudamos duas deleções cromossômicas detectadas em indivíduos com retardo mental associado a sinais clínicos. O objetivo foi determinar que mecanismos originaram esses rearranjos e como a perda ou quebra dos segmentos cromossômicos está relacionada com o fenótipo dos portadores. A caracterização das seqüências nos pontos de quebra e junção desses rearranjos é fundamental para a compreensão dos mecanismos de formação das alterações cromossômicas. A delimitação precisa dos segmentos deletados é necessária para a correlação com o quadro clínico. Para isso, este trabalho aliou o estudo cromossômico por hibridação in situ fluorescente (FISH) à análise do DNA. / Structural chromosomal alterations related to clinical phenotypes bring the opportunity to identify gene mutations determining the pathologies, because the causative genes may have been disrupted by the breaks or may have an altered number of copies. The delimitation of the segments involved in the chromosomal rearrangements is necessary for these genotype-phenotype correlations. The characterization of breakpoint and junction sequences in these chromosome alterations enables the identification of mechanisms originating them, and evidence has been produced pointing to the participation of particular genomic sequences in their formation. In this work, we studied two chromosomal deletions in patients with syndromic mental retardation, combining chromosomal analysis by fluorescent in situ hybridization (FISH) to DNA analysis. Our aim was to determine the mechanisms that originated these aberrations and how they were involved with the clinical phenotypes.

Made available in DSpace on 2017-07-21T19:59:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Larissa Glugoski.pdf: 3355270 bytes, checksum: c1790717a7cb103b4caf05eb10cb56cb (MD5) Previous issue date: 2017-02-23 / The Loricariidae family is the largest in the Siluriformes order, being comprised of eight subfamilies. One of these, the Loricariinae subfamily, shows great diversity in respect to the number of chromosomes and karyotype formula, varying in the diploid number (2n) from 36 to 74 chromosomes. This diverse range originated mainly from Robertsonian(Rb) rearrangements. Rineloricaria is the largest genre in the Loricariinae subfamily, its species ranging from 2n = 36 to 70 chromosomes. In spite of this, little is known about which kinds of repetitive DNA gave rise to the events of chromosome fusion or fission. Previous studies have revealed the presence of multiple 5S rDNA sites in specimens of Rineloricaria from the Paraná River Basin, associated to the Robertsonian fission/fusion events. The aim of this work was the molecular characterization of the fragile sites associated to the 5S rDNA, besides localizing in situ marker chromosomes in Rineloricaria latirostris from the Das Pedras River and R. latirostris from the Piumhi River (first described in this work), seeking to understand the 2n diversification in this group. Rineloricaria latirostris from the Pedras River exhibited 2n = 46 chromosomes, while those from the Piumhi River presented 2n = 48 chromosomes, and both had a fundamental number (FN) of 60. Fluorescence in situ hybridization (FISH) assays in R. latirostris from the Piumhi River revealed 2 chromosome pairs with 5S rDNA sites, pair 7 with 18S rDNA, and only terminal staining when subjected to a telomeric probe (TTAGGGn). The population of the Pedras river exhibited 5 pairs with 5S rDNA sites, the metacentric (m) pair 2 marked with 18S rDNA, TTAGGGn markers in the terminal regions of the chromosomes, and the presence of interstitial telomeric sites (ITS) in pairs m 1 and m 3. The latter, in synteny with 5S rDNA, is indicative of Robertsonian fusion events. The isolation, cloning and sequencing of the 5S rDNA revealed clones with high sequence identity to 5S rDNA from other species, in addition to the necessary regions for recognition and transcription by RNA polymerase III. One clone of ~700 bp exhibited a degenerated fragment of hAT transposon in its sequence. It was named degenerated 5S rDNA. The fluorescence in situ hybridization assay highlighted chromosomes with co-localized staining for 5S rDNA/hAT, 5S rDNA/degenerated 5S rDNA, and 5S rDNA/ITS (m 3 pair) in R. latirostris from das Pedras River. In R. latirostris from Piumhi River, there was no detection of degenerated 5S rDNA sites. These results allow us to infer the role of the hAT transposon in the dispersion of 5S rDNA sites in the population, since some studies have indicated a relation between 5S rDNA dispersion and transposons in fish. In conclusion, data obtained by this study indicate a possible association between the hAT and the dispersion of 5S rDNA sites and Robertsonian events in the studied population of R. latirostris. The presence of the 5S rDNA/degenerated 5S rDNA/ITS generates hotspots for chromosomal breakage, contributing to the large karyotype diversity found in Loricariidae. / A família Loricariidae é a mais numerosa dentro da ordem Siluriformes e abrange oito subfamílias. A subfamília Loricarinae apresenta uma grande diversidade no que diz respeito ao número de cromossomos e a fórmula cariotípica, com variação do número diploide (2n) de 36 a 74 cromossomos, sendo os rearranjos Robertsonianos (Rb) considerados os principais mecanismos para explicar esta variação cromossômica. Rineloricaria é o gênero mais numeroso de Loricariinae, com espécies apresentando 2n = 36 - 70 cromossomos. Contudo, pouco ainda se sabe sobre quais os tipos de DNAs repetitivos originaram os eventos de fissão e fusão cromossômica. Estudos anteriores revelaram a presença de sítios múltiplos de rDNA 5S em exemplares de Rineloricaria da bacia do Rio Paraná, associados aos eventos de fissão/fusão Robertsonianos. O objetivo deste trabalho foi a caracterização molecular de sítios frágeis associados ao rDNA 5S, além da localização in situ de marcadores cromossômicos em Rineloricaria latirostris do rio das Pedras e R. latirostris do rio Piumhi (pela primeira vez descrito neste trabalho), visando a compreensão da diversificação do 2n neste grupo. Rineloricaria latirostris do rio das Pedras apresentou 2n = 46 cromossomos, enquanto R. latirostris do rio Piumhi apresentou 2n = 48 cromossomos, ambos com número fundamental (NF) de 60. Ensaios de hibridação in situ fluorescente em R. latirostris do rio Piumhi revelaram 2 pares cromossômicos marcados com rDNA 5S, o par 7 marcado com rDNA 18S, além de apenas marcações terminais utilizando-se a sonda telomérica (TTAGGGn). A população do rio das Pedras apresentou 5 pares portadores de sítios de rDNA 5S, o par metacêntrico (m) 2 marcado com rDNA 18S, marcações de TTAGGGn nas regiões terminais dos cromossomos, além da presença de vestígios de sítios teloméricos intersticiais (interstitial telomeric sites - ITS) nos pares m 1 e m 3, sendo este último em sintenia com o rDNA 5S, indicativo de eventos de fusão Robertsoniana. O isolamento, clonagem e sequenciamento de fragmentos de rDNA 5S, revelaram clones apresentando alta identidade ao rDNA 5S de outras espécies, além das regiões necessárias para o reconhecimento e transcrição pela RNA polimerase III. Um dos clones de ~700 pb apresentou um fragmento do transposon hAT em sua sequência, já em intensa degeneração molecular, sendo denominado de rDNA 5S degenerado. A hibridação in situ fluorescente evidenciou cromossomos com marcações co-localizadas de rDNA 5S/hAT, rDNA 5S/rDNA 5S degenerado e rDNA 5S/ITS (no par m 3) em R. latirostris do rio da Pedras. Em R. latirostris do rio Piumhi, não foram detectados sítios com rDNA 5S degenerado. Estes resultados nos permitem inferir o papel do TE hAT na dispersão dos sítios de rDNA 5S na população estudada, visto que alguns estudos indicam haver uma relação entre a dispersão do rDNA 5S pelo genoma e TEs em peixes. Em conclusão, os dados obtidos neste estudo indicam uma possível associação entre o elemento hAT e a dispersão de sítios de rDNA 5S e eventos Robertsonianos presentes na população de R. latirostris estudada. A presença de rDNA 5S/rDNA 5S degenerado/ITS geram hotspots para as quebras cromossômicas, contribuindo assim para a ampla diversidade cariotípica encontrada em Loricariidae.

Made available in DSpace on 2017-07-10T14:38:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertacao Simone Cristina Girardi.pdf: 4377774 bytes, checksum: 366158b7c208a2a4a26392aebcbc096b (MD5) Previous issue date: 2015-02-27 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Pimelodidae is a family of fishes of South America, and although several taxonomic and molecular studies have been conducted, the phylogenetic relationships among the genera are not still fully understood. In order to provide data to assist in the understanding of the relationships within this family, cytogenetic studies were performed in two species of Iheringichthys and seven species of Pimelodus from three river systems. The specimens were collected in the Piquiri River, Upper Paraná River basin; in the Iguaçu River, downstream to the Iguaçu Falls in the Middle Paraná River basin; in the Iguaçu River, Lower Iguaçu River basin and in the Ijuí River, Upper Uruguay River basin. The analysis showed the presence of 2n=56 chromosomes for all species, corroborating the hypothesis of this basal diploid number for the family. The AgNORs, confirmed by 18S rDNA-FISH, were localized in the terminal position on long arm of a chromosome pair for all analyzed species, which has been reported for all species of Pimelodidae and may indicate a basal trait for the family. The heterochromatin distribution pattern found herein is similar to those described for other Pimelodidae, and allowed us to differentiate most of the species, becoming an important marker. The location of 5S rDNA sequences in Iheringichthys species allowed their differentiation, and can be used as a taxonomic marker. In Pimelodus species, it was verified a variation in the number and position of 5S rDNA sites. In P. britskii and P. maculates, sites of 5S rDNA and 18S were found in synteny, which may indicate a derived condition for these species, considering that they are the only for pimelodids species till now studied that have this feature. The results of this study provided data that contribute to the knowledge of the evolutionary history of the species for Pimelodidae; establishing phylogenetic relationships and assisting in the identification of these species. / Pimelodidae é uma família de peixes da região Neotropical, e embora vários estudos taxonômicos e moleculares tenham sido realizados, as relações filogenéticas entre seus gêneros ainda não são totalmente compreendidas. Com o intuito de fornecer dados para auxiliar no entendimento das relações dentro desta família, foram realizados estudos citogenéticos em duas espécies de Iheringichthys e em sete espécies de Pimelodus de três sistemas hidrográficos. Os exemplares foram coletados no rio Piquiri, Bacia do Alto rio Paraná; no rio Iguaçu, jusante às Cataratas do Iguaçu na Bacia do Médio rio Paraná; no rio Iguaçu, Bacia do Baixo rio Iguaçu e no rio Ijuí, Bacia do Alto rio Uruguai. As análises mostraram a presença de 2n=56 cromossomos em todas as espécies, reforçando a hipótese de número diplóide basal para a família. As AgRONs, confirmadas pela FISH-DNAr 18S, foram localizadas na região terminal do braço longo de um par de cromossomos em todas as espécies estudadas, sendo que posição terminal desta região é observada em todas as espécies de Pimelodidae e pode indicar um caracter basal da família. O padrão de distribuição de heterocromatina encontrado é semelhante ao observado em outros Pimelodidae, e permitiu diferenciar a maioria das espécies, sendo um importante marcador. A localização das sequências de DNAr 5S nas espécies de Iheringichthys permitiu diferenciá-las, podendo ser utilizado como marcador taxonômico. Em Pimelodus, variação quanto ao número e posição de sítios do DNAr 5S foi observada. Em P. britskii e P. maculatus os sítios de DNAr 5S e 18S foram localizados em sintenia, o que pode indicar uma condição derivada para estas espécies, visto que são as únicas espécies de Pimelodidae que apresentam esta característica até o momento. Os resultados do presente estudo fornecem dados que contribuem para o conhecimento da história evolutiva das espécies de Pimelodidae, permitem estabelecer relações filogenéticas e auxiliam na identificação destas espécies.