Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-04-20T14:39:28Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 260475 bytes, checksum: 75cd7fa15456edf29588849379577fad (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-20T14:39:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 260475 bytes, checksum: 75cd7fa15456edf29588849379577fad (MD5) Previous issue date: 2002-04-02 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais / Conselheiros: Reginaldo da Silva Romeiro e Onkar Dev Dhingra. Sete meios semi-seletivos foram avaliados quanto à sua eficácia em permitir o crescimento de isolados de Xanthomonas axonopodis pv. phaseoli e suprimir o crescimento de contaminantes, objetivando selecionar um meio para utilização na rotina de laboratório. Foram utilizados 48 isolados da bactéria, provenientes de diferentes regiões do Brasil. Todos os meios semi- seletivos apresentaram boa eficiência em permitir o crescimento da bactéria quando preparados sem a adição dos compostos antimicrobianos presentes em suas composições originais. Quando da adição desses compostos aos meios, apenas o meio MXP modificado (M-MXP) não foi eficiente na recuperação da bactéria. Através de antibiogramas qualitativo e quantitativo respectivamente, os isolados do patógeno foram expostos a 43 compostos antimicrobianos, em diferentes concentrações. Foram selecionados sete compostos aos quais todos os isolados se mostraram insensíveis. Quatro destes compostos foram adicionados separadamente e em conjunto ao meio padrão (meio 523), em diferentes concentrações, e permitiram o crescimento de todos os isolados. Os meios semi-seletivos foram testados quanto à sua repressividade, utilizando- se, para tal, seis isolados representativos do total. Verificou-se que houve uma variação muito grande no valor do índice de repressão (IR) dos meios para cada isolado. Em alguns casos, os meios semi-seletivos permitiram maior desenvolvimento da bactéria que o meio padrão. Avaliando-se a supressividade, todos os meios semi-seletivos foram mais eficientes que o meio padrão em suprimir o crescimento de contaminantes associados a sementes de feijão nas duas amostras testadas. / Seven semi-selective media were evaluated for their efficiency to allow the growth of Xanthomonas axonopodis pv. phaseoli isolates and suppress the growth of contaminants, to select a medium for use in laboratory routine tests. Forty-eight isolates of the bacterium, collected from distinct geographic regions of Brazil, were used. All semi-selective media permitted the growth of all isolates when prepared without the antimicrobial compounds presented on their original formula. When these compounds were added to the media, only the modified MXP did not permitted growth. Using qualitative or quantitative antibiograms, the isolates were exposed to forty-three different antimicrobial compounds and in different concentrations. Seven of these compounds to which the isolates showed insensibility were selected. Four of these compounds were added separately or together to the standard (523 medium), in different concentrations, and tested for growth of all the isolates. The semi- selective media were tested for their repression, using six representative isolates. There was a very high variation in repressing index value of the different media for each isolate. In some cases, the semi-selective media allowed more growth of the bacteria than the standard medium. Evaluating the suppression, all semi-selective media were found to be more efficient than the standard medium for suppressing the growth of contaminants associated with two bean seed samples. / Dissertação importada do Alexandria

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The incidence of infections caused by multidrug-resistant Pseudomonas aeruginosa producing metallo-β-lactamase is increasing, especially in critically ill patients. The objective of this study was to evaluate the incidence of ventilator associated-pneumonia (VAP) caused by P.aeruginosa producing metallo-β-lactamase (MBL-PA) or non-MBL-PA in patients admitted at a adult intensive care unit (ICU) of a Uberlândia Federal University Hospital Clinic, looking epidemiologic and molecular aspects. A cohort study was performed including 93 patients with VAP caused by P.aeruginosa from January/2004 to November/2006. The collection of the tract respiratory superior secretions was made by the swab-rinse sampling method and of the endotracheal aspirate when for suspicion of VAP. In total, 40 (43%) patients had VAP by MBL-PA and 53 (57%) by non-MBL-PA. The study was approved by the Ethical Committee of the University. The results of univariate analysis of risk factors for MBL-PA VAP showed that the ASIS score, clinical condition in admission, prior hospitalization, prolonged stay in the ICU, prolonged time of mechanical ventilation, exposure of carbapenems, fluorquinolones and use of three or more antibiotics were risk factors for VAP by MBL-PA. After logistic regression the following risk factors continued significant: prior hospitalization and prolonged time of mechanical ventilation. Additionally, the mortality was also independently associated with MBL-PA VAP. During the study period we identified 40 (43%) isolates of P.aeruginosa presumptive MBL producers according to the disk approximation tests and of the 59% of the AmpC phenotype. Resistance to β-lactam and non-β-lactam agents was significantly higher among MBL-PA isolates with the 82,5% of this multidrug-resistant. Only 18,8% (3/16) of MBLproducing strains were positive for the blaSPM-1 gene. To determine the genomic diversity of P.aeruginosa multidrug-resistant 20 isolates were analysed by macrorestriction profile analysis following PFGE. That showed of polyclonal Pseudomonas aeruginosa (16 genotypes). Altogether the detection of horizontal dissemination was observed in three patients (Clone A), two (Genotype C) and more two patients (Genotype E). The two epidemic MBL-PA isolates from the outbreak in 2003 presented macrorestriction profiles different from the endemic MBL-PA. The presence of MBL-PA in our unit indicates problems in nosocomial infection control practice, likely associated with low adherence to hand hygiene and especially in the abusive use of antibiotics. / A incidência de infecções causadas por Pseudomonas aeruginosa multiresistente produtora de metalo-β-lactamase está aumentando mundialmente, especialmente em pacientes críticos. O objetivo deste estudo foi determinar a incidência de pneumonia associada à ventilação mecânica (PAV) por Pseudomonas aeruginosa produtora ou não de metalo-β- lactamases em pacientes internados na Unidade de Terapia Intensiva (UTI) de adultos do Hospital de Clínicas da Universidade Federal de Uberlândia (HC-UFU), caracterizando aspectos epidemiológicos, dentre os quais fatores de risco dos pacientes, e moleculares das amostras. Foi realizado um estudo de coorte incluindo 93 pacientes com PAV por Pseudomonas aeruginosa no período de janeiro/2004 a novembro/2006. Foram realizadas coletas de secreção de orofaringe das primeiras 48 horas de internação, depois em quatro dias, e a seguir semanalmente, e de aspirado endotraqueal quando da indicação clínica da pneumonia. No estudo epidemiológico, 40 (43 %) pacientes tiveram PAV por P.aeruginosa produtora de metalo-β-lactamase (PA-MBL) e 53 (57 %) PAV por não-PAMBL, com os seguintes fatores de risco significativos (p≤0,05) associados com PAV por PA-MBL: escore ASIS, diagnóstico clínico na admissão, hospitalização prévia, estada prolongada na UTI, uso prolongado de ventilação mecânica (VM), uso de carbapenemas, fluorquinolonas e de três ou mais antibióticos, na análise univariada; e, confirmados como independentes por análise multivariada apenas hospitalização prévia e tempo mais longo de VM. Adicionalmente, a taxa de mortalidade foi significantemente maior no grupo de PAV por PA-MBL, tanto na análise univariada quanto na regressão logística. Quarenta (43 %) amostras de P.aeruginosa foram identificadas como produtoras de MBL pelo teste fenotípico de sinergismo com duplo-disco e a maioria (59 %) comportou-se como do fenótipo AmpC. A resistência aos agentes β-lactâmicos assim como aos demais antibióticos foi significantemente maior entre as amostras de PA-MBL, detectando-se a presença de multiresistência na maioria (82,5%) daquelas MBL positivas. O gene blaSPM-1 foi detectado em apenas três (18,8%) das 16 amostras do fenótipo MBL testadas. O estudo de epidemiologia molecular através da técnica de PFGE revelou a ocorrência de uma policlonalidade (16 genótipos em 20 amostras), com evidência de transmissão cruzada em três pacientes (clone A), dois (genótipo C) e outros dois pacientes (genótipo E) e de similaridade entre amostras recuperadas de dois pacientes colonizados e posteriormente infectados. As duas amostras associadas ao surto responsável pela emergência das PAMBL em nosso hospital, diferiram das amostras de PA-MBL recuperadas em condições endêmicas no nosso estudo. A presença destas amostras representa uma grave ameaça aos pacientes, exigindo uma revisão quanto a uma política do uso mais racional de antibióticos e na implementação de programas de controle e prevenção de infecções hospitalares mais efetivos. / Doutor em Imunologia e Parasitologia Aplicadas

Recentemente, o bis-(3\',5\')-di-guanosina monofosfato cíclico (c-di-GMP) surgiu como uma importante molécula sinalizadora nas bactérias. Essa molécula foi identificada como uma das responsáveis pelo controle do comportamento bacteriano e está relacionada com a patogenicidade e a adaptação de diversas bactérias, coordenando a expressão de genes envolvidos com virulência, motilidade e formação de biofilme. O mecanismo pelo qual c-diGMP atua vem sendo motivo de estudo de vários grupos de pesquisa nos últimos anos. Já foi demonstrado o papel dessa molécula em diferentes etapas do controle da expressão gênica. Acredita-se que a manipulação dos níveis de c-di-GMP pode ser uma nova abordagem terapêutica contra bactérias patogênicas. Pseudomonas aeruginosa é uma proteobactéria do grupo gama, que atua como um patógeno oportunista, causando infecções em pacientes imunocomprometidos, sendo o maior causador de infecções crônicas em pacientes portadores de fibrose cística. O genoma de P. aeruginosa PA14 apresenta vários genes que codificam proteínas envolvidas no metabolismo e/ou ligação de c-di-GMP, o que pode indicar um amplo papel regulatório deste nucleotídeo nessa bactéria. Uma associação infundada entre níveis elevados de c-di-GMP e a resistência aos antibióticos é geralmente assumida, já que altos níveis de c-di-GMP levam à formação de biofilme, que é comprovadamente um modo de crescimento mais resistente. Nesse trabalho, utilizando uma abordagem proteômica, mostramos que Pseudomonas aeruginosa PA14 regula a expressão de cinco porinas em resposta a variações nos níveis de c-di-GMP, independentemente dos níveis de mRNA. Uma dessas porinas, OprD, é responsável pela entrada do antibiótico β-lactâmico imipenem na célula e é menos abundante em condições de alto c-di-GMP. Também demonstramos que linhagens com altos níveis de c-di-GMP apresentam uma vantagem competitiva de crescimento em relação a linhagens com níveis mais baixo de c-di-GMP quando crescidas em meio contendo imipenem. Em contraste, observamos que células planctônicas com elevados níveis c-di-GMP são mais sensíveis a tobramicina. Em conjunto, estes resultados mostram que c-di-GMP pode regular a resistência a antibióticos em sentidos opostos, e independentemente do crescimento em biofilme / Following the genomic era, a large number of genes coding for enzymes predicted to synthesize and degrade 3\'-5\'-cyclic diguanylic acid (c-di-GMP) was found in most bacterial genomes and this dinucleotide emerged as an important intracellular signal molecule controlling bacterial behavior. Diverse molecular mechanisms have been described as targets for c-di-GMP, but several questions remain to be addressed. An association between high c-di-GMP levels and antibiotic resistance is largely assumed, since high c-di-GMP upregulates biofilm formation and the biofilm mode of growth leads to enhanced antibiotic resistance; however, a clear understanding of this correlation is missing. Pseudomonas aeruginosa is a versatile gamma-proteobacterium that behaves as an opportunistic pathogen to a broad range of hosts. The ability of P. aeruginosa to form biofilms contributes to its virulence and adaptation to different environments. The P. aeruginosa PA14 genome presents several genes encoding proteins involved in metabolism or binding to c-di-GMP, which may indicate a wide regulatory role of this nucleotide in this bacterium. Here, using a proteomic approach, we show that Pseudomonas aeruginosa PA14 regulates the amount of five porins in response to c-di-GMP levels, irrespective of their mRNA levels. One of these porins is OprD, decreased in high c-di-GMP conditions, which is responsible for the uptake of the β-lactam antibiotic imipenem. We also demonstrate that this difference leads strains with high c-di-GMP to be more resistant to imipenem even when growing as planktonic cells, giving them a competitive advantage over cells with low c-di-GMP. Contrastingly, we found that planktonic cells with high c-di-GMP levels are more sensitive to aminoglycosides antibiotics. Together, these findings show that c-di-GMP levels can regulate the antibiotic resistance to different drugs in opposite ways and irrespective of a biofilm mode of growth.

A resistência aos antibióticos é um problema de saúde pública global com sérias consequências para o tratamento de várias infecções bacterianas. Os fatores de transcrição da família MarR têm sido descritos controlando resistência a antibióticos e vários outros processos em bactérias. Neste trabalho, estudamos mecanismos de resistência a antibióticos em Chromobacterium violaceum, uma bactéria Gram-negativa ambiental que pode atuar como um patógeno oportunista em humanos. A estratégia envolveu a varredura de um painel de treze linhagens mutantes de fatores de transcrição da família MarR de C. violaceum disponíveis, por testes de susceptibilidade a 24 antibióticos. Estes ensaios revelaram que apenas o mutante ?emrR apresentou resistência aumentada ao antibiótico ácido nalidíxico em relação à linhagem selvagem. Esta resistência aumentada do mutante ?emrR ao ácido nalidíxico foi revertida em uma linhagem complementada deste mutante, conforme verificado por ensaios de viabilidade, ensaios de difusão em disco e concentração inibitória mínima (MIC). O fenótipo de diminuída produção de violaceína deste mutante, observado em meio líquido, também foi complementado. Além disso, foi realizado o isolamento de mutantes espontâneos de C. violaceum resistentes a ácido nalidíxico com mutação pontual em emrR. Os ensaios de microarranjo de DNA mostraram que EmrR reprime algumas dezenas de genes, incluindo o operon emrCAB, o qual codifica a bomba de efluxo EmrCAB. Os ensaios de Northern blot confirmaram que o EmrR reprime o operon emrCAB, e que a expressão desta bomba é induzida por salicilato, mas não outros compostos, como ácido nalidíxico ou brometo de etídeo. Os ensaios de alteração de mobilidade eletroforética (EMSA) mostraram que a proteína EmrR purificada se liga diretamente às 8 regiões promotoras de emrR, emrCAB e vários outros genes do regulon EmrR, para exercer uma regulação negativa direta sobre esses genes. Um mutante nulo ?emrCAB foi obtido, mas a ausência desta bomba de efluxo não tornou C. violaceum mais susceptível ao ácido nalidíxico, sugerindo que ela é importante somente em condições nas quais é induzida. Estas condições indutoras talvez incluam estresse oxidativo, uma vez que enzimas antioxidantes são parte do regulon de EmrR e a proteína EmrR formou dímeros covalentes na presença de agentes oxidantes in vitro. Portanto, nossos dados revelam que mutações pontuais ou moléculas como salicilato abolem a atividade repressora do fator de transcrição EmrR sobre o operon emrCAB, levando a superexpressão da bomba de efluxo EmrCAB e aumentando a resistência ao ácido nalidíxico em C. violaceum. / Antibiotic resistance is a global public health problem with serious consequences for the treatment of various bacterial infections. MarR family transcription factors have been described controlling antibiotic resistance and several other processes in bacteria. In this work, we studied mechanisms of antibiotic resistance in Chromobacterium violaceum, an environmental Gramnegative bacterium that can act as a human opportunistic pathogen. The strategy involved a screening of an available collection of thirteen C. violaceum mutant strains of MarR family transcription factors, by susceptibility testing for 24 antibiotics. These assays revealed that only the ?emrR mutant showed increased resistance to the antibiotic nalidixic acid in relation to the wild-type strain. This increased resistance of the ?emrR mutant to nalidixic acid was reversed in a complemented strain of this mutant, as verified by viability, disk diffusion, and minimal inhibitory concentration (MIC) assays. The phenotype of decreased violacein production of this mutant, observed in a liquid medium, was also complemented. In addition, it was performed the isolation of spontaneous mutants of C. violaceum resistant to nalidixic acid with a point mutation in emrR. DNA microarray assays showed that EmrR represses a few dozen of genes, including the emrCAB operon, which encodes the EmrCAB efflux pump. Northern blot assays confirmed that EmrR represses the emrCAB operon and that the expression of this pump is induced by salicylate, but not other compounds, such as nalidixic acid or ethidium bromide. Electrophoretic mobility shift assays (EMSA) showed that the purified EmrR protein binds directly to the promoter regions of emrR, emrCAB and several other genes of the EmrR regulon, to exert a direct negative regulation of these genes. A ?emrCAB null mutant strain was obtained, but the absence of this efflux pump did not make C. violaceum more susceptible to nalidixic acid, suggesting that it is important only under conditions in which it is induced. These inducing conditions may include 10 oxidative stress since antioxidant enzymes are part of the EmrR regulon and the EmrR protein has formed covalent dimers in the presence of oxidizing agents in vitro. Therefore, our data reveal that point mutations or molecules such as salicylate abolish the repressive activity of the EmrR transcription factor on the emrCAB operon, causing overexpression of the EmrCAB efflux pump and increasing the resistance to nalidixic acid in C. violaceum.

The present study aimed to evaluate bacterial isolates and the microbiome of dairies. The specific aims were: to characterize Staphylococcus spp. isolated from mastitic milk, to evaluate the presence of Lactococcus in mastitic milk as a potential causative agent of mastitis, to evaluate the association between microbiome and milk quality parameters, and to characterize Staphylococcus spp. isolated from production lines of Minas Frescal cheese. The detection of genes encoding virulence factors (enterotoxins (sea, seb, sec, sed, see, seg, seh, sei, selj, selk, sell, selm, seln, selo, selp, seIq, ser, ses, set, selu, selv, and selx), hemolysins (hla, hlb, hld, hlg, and hlgv), exfoliative toxins (eta, etb, and etd), Panton-Valentine leukocidin (pvl), and toxic shock syndrome toxin (tst)), genes encoding antibiotic resistance (resistance to tetracycline (tetK, tetL, and tetM), erythromycin (ermA, ermB, and ermC), methicillin (mecA and mecC), and tobramycin (ant(4\')-Ia)), molecular typing (spa, SCCmec, and agr types), and phenotyping regarding antibiotic resistance were performed in staphylococci isolates from mastitic milk, and from cheese processing plant samples. Staphylococcus aureus was identified in the majority of isolates from both origins. Several virulence factor genes were detected. The distribution of genes encoding staphylococcal enterotoxins (85.0% - 85.7% of isolates were positive for one or more enterotoxin gene) was highlighted and the gene related to H toxin was the most prevalent. Methicillin-resistant Staphylococcus aureus were identified in isolates from mastitic milk (4.1%) and cheese processing (6.0%); the genotyping and phenotyping of these isolates were described. t605 had the highest frequency in the S. aureus population studied. In mastitic milk, Lactococcus was suggested as the causative agent of an outbreak of mastitis in a dairy farm. Using next generation sequencing, the abundance of Lactococcus was observed in microbiome samples. Bacterial isolation and DNA sequencing confirmed the presence of Lactococcus lactis and Lactococcus garvieae. The microbiome of environmental samples and bulk tank milk from the dairy farm showed the Lactococcus genus among the most common bacterial taxa, suggesting other sources of this genus. Regarding milk quality parameters, the microbiome of bulk tank milk from several dairy farms was associated with somatic cell count and bacterial count. The core microbiome was described and many genera of importance were identified. Among the associations performed between microbiome and milk quality parameters, the identification of Streptococcus in samples classified with high somatic cell count and high bacterial count was highlighted. Several bacterial taxa with relative abundance significantly higher in samples classified as high and low cell count and bacterial count were shown. Real-time polymerase chain reaction was also performed associated with bacterial diversity, bacterial taxa, and bacterial count. These findings highlight the need to control and prevent bacterial contamination in the dairy industry, from herd to consumers. / O presente estudo apresentou como objetivo avaliar isolados bacterianos e microbioma de lácteos. Os objetivos específicos foram: caracterizar Staphylococcus spp. isolados de leite de vacas com mastite, avaliar a presença de Lactococcus em leite de vacas com mastite como um potencial agente causador de mastite, avaliar a associação entre microbioma de leite de tanque e parâmetros da qualidade de leite, e caracterizar Staphylococcus spp. isolados de linhas de processamento de queijo Minas frescal. A detecção de genes codificadores de fatores de virulência (enterotoxinas (sea, seb, sec, sed, see, seg, seh, sei, selj, selk, sell, selm, seln, selo, selp, seIq, ser, ses, set, selu, selv, e selx), hemolisinas (hla, hlb, hld, hlg, e hlgv), toxinas exfoliativas (eta, etb e etd), leucocidina de Panton-Valentine (pvl), toxina da síndrome do choque tóxico (tst)), genes codificadores de resistência a antibióticos (resistência a tetraciclina (tetK, tetL e tetM), eritromicina (ermA, ermB e ermC), meticilina (mecA e mecC) e tobramicina (ant(4\')-Ia)), tipagem molecular (spa, SCCmec e agr types), e fenotipagem quanto à resistência a antibióticos foram realizadas em estafilococos isolados de leite de vacas com mastite e de amostras de planta de processamento de queijo. Staphylococcus aureus foi identificado na maioria dos isolados de ambas as origens. Diversos genes de fatores de virulência foram detectados, com destaque para a distribuição de genes codificadores de enterotoxinas estafilocócicas (85,0%-85,7% dos isolados foram positivos para um ou mais genes codificadores de enterotoxinas), sendo o gene relacionado com a toxina H o mais frequente. Staphylococcus aureus meticilina resistente foram identificados em isolados de leite de vacas com mastite (4.1%) e em processamento de queijo (6.0%); o perfil genotípico e fenotípico destes isolados foram descritos. t605 foi o mais freqüente na população de S. aureus estudada. Em leite de vacas com mastite, Lactococcus foi sugerido como o agente causador de um surto de mastite numa fazenda leiteira. Usando sequenciamento de nova geração, a abundância de Lactococcus foi observada no microbioma das amostras. O isolamento e sequenciamento de DNA confirmaram a presença de Lactococcus lactis e Lactococcus garvieae. O microbioma de amostras ambientais e de leite de tanque da fazenda mostrou o gênero Lactococcus entre os mais comuns, sugerindo outras fontes deste gênero. Contemplando parâmetros da qualidade de leite, o microbioma de leite de tanque de várias fazendas leiteiras foi relacionado com contagem de células somáticas e contagem bacteriana. O core microbiome foi descrito e muitos gêneros bacterianos de importância foram identificados. Dentre as análises realizadas associando microbioma com parâmetros da qualidade de leite, foi destacada a identificação de Streptococcus em amostras classificadas com alta contagem de células somáticas e alta contagem bacteriana. Diversos táxons bacterianos com abundância relativa significativamente maior em amostras classificadas com alta e baixa contagem de células somáticas e contagem bacteriana foram mostrados. Reação em cadeia da polimerase em tempo real também foi realizada e associada com diversidade bacteriana, táxons bacterianos e contagem bacteriana. Estes levantamentos confirmam a necessidade de controlar e prevenir a contaminação bacteriana na indústria de lácteos, do rebanho leiteiro até os consumidores.

Submitted by admin tede (tede@pucgoias.edu.br) on 2017-03-07T13:16:26Z No. of bitstreams: 1 CHRISTIANO PATRÍCIO PÓVOA.pdf: 970820 bytes, checksum: 80130d52367b620a227e0d91d34abb17 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-07T13:16:26Z (GMT). No. of bitstreams: 1 CHRISTIANO PATRÍCIO PÓVOA.pdf: 970820 bytes, checksum: 80130d52367b620a227e0d91d34abb17 (MD5) Previous issue date: 2016-09-08 / The urinary tract infections (UTI) are one of the most common types of infection, both community as nosocomial, the ITU is caused by bacteria are more common in men and in. The study was descriti-vo retrospective and prospective type, from 2011 to 2016 were analyzed from 3388 antibiograms of ITU of Community origin in the elderly. The age of patients ranged from 60 to 100 years, with a mean age of 73 years, and 77.28% occurred in women and 22.72% in men. The microranalyzed organisms were Escherichia coli (75.65%) with 80.72% by Women's res and 19.28% in men, followed by Klebsiella pneumoniae (16.59%) with 66.73% infection 33.27% in women and in men. Proteus spp. It was respon-sible for 5.70% cases, with 70.47% occurred in women and 29.53% in ho-mens. Enterobacter spp. It was the causative organism of UTI in 2.07%; 45.71% women and 54.29% in men. The highest prevalence of resistance to E. coli were to sulfonamide (40.54%), Ciprofloxacin (35.04%), Nalidixic acid (34.92%), Cephalosporins 1st Generation (31,45%), Norfloxacin (24 , 50%), Penicillin (23.68%) and 3rd generation cephalosporins (12.29%), an increase in the evolution of resistance to cephalosporins 2nd generation (p = 0.0074). For K. pneumoniae, the major resistance prevalence occurs to ram for Norfloxacin (16.73%), cephalosporins 3rd Generation (20.46%), Aci-of Nalidixic (26.87%), Cephalosporins 1st Generation (29 , 00%), Penicillin (33.99%), sulfonamide (35.05%), Nitrofurantoin (37.90%), Gemifloxacin (46.09%) and ofloxacin (46.09%) with increased resistance evolution Carbapenems for (p = 0.0271) and Cephalosporins 1st generation (p = 0.0496). Proteus spp., The major resistance prevalences were to Gati-floxacina (12.95%), Norfloxacin (12.95%), penicillins (14.51%), cephalosporins on the 2nd Generation (21.24%) , sulfonamide (36.27%), Cephalosporins 1st Ge-feed (38.86%), Gemifloxacin (46.11%), ofloxacin (46.11%), nitrofurantoin (76.68%), Nalidixic acid (81 , 87%) and levofloxacin (81.87%). For Enterobac-have spp., The major resistance prevalences were compared to Cefalospo-mandarins of 4th Generation (15.71%), Gatifloxacin (21.43%), Norfloxacin (21.43%), Ciprofloxacin (28.57 %), Moxifloxacin (28.57%), Nitrofurantoin (31.43%), 3rd generation cephalosporins (32.86%), sulfonamide (38.57%), Gemifloxacin (42.86%), ofloxacin (42, 86%) 1st generation cephalosporins (44.29%), nalidixic acid (77.14%), Levofloxacin (77.14%) and Penicillins (97.14%) with au-ment in the evolution of resistance to cephalosporins 2nd Generation (p = 0.0057). For empiric treatment of complicated UTI due to the found resistance to the antimicrobials of choice, the aminoglycosides, Carbapenems and monobactam can be used until they are met, the causative agents of infection and susceptibility to tested Antimicro-bianos and should be replaced by re-duced antimicrobial spectrum, but with high power. / As infecções no trato urinário (ITU) correspondem a um dos tipos mais comuns de infecção, tanto comunitária quanto nosocomial, sendo as ITU causadas por bactérias são mais comuns, tanto em homens quanto em. O estudo foi descritivo tipo retrospectivo e prospectivo, no período de 2011 a 2016. Foram analisados 3388 antibiogramas de ITU de origem comunitária em idosos. A faixa etária dos pacientes variou de 60 até 100 anos, com média de idade de 73 anos, sendo que 77,28% ocorreram em mulheres e 22,72% em homens. Os microrganismos analisados foram Escherichia coli (75,65%), com 80,72% em mulheres e 19,28% em homens, seguido por Klebsiella pneumoniae, (16,59%), com 66,73% infecções em mulheres e 33,27% em homens. Proteus spp. foi responsável por 5,70% casos, com 70,47% ocorreram em mulheres e 29,53% em homens. Enterobacter spp. foi o organismo causador de ITU em 2,07%; 45,71% em mulheres e 54,29% em homens. As maiores prevalências de resistência para E. coli foram para Sulfonamida (40,54%), Ciprofloxacina (35,04%), Ácido Nalidíxico (34,92%), Cefalosporinas de 1ª Geração (31,45%), Norfloxacina (24,50%), Penicilinas (23,68%) e Cefalosporinas de 3ª Geração (12,29%), com aumento na evolução da resistência para Cefalosporinas de 2ª Geração (p = 0,0074). Para K. pneumoniae, as maiores prevalências de resistência ocorreram para Norfloxacina (16,73%), Cefalosporinas de 3ª Geração (20,46%), Ácido Nalidíxico (26,87%), Cefalosporinas de 1ª Geração (29,00%), Penicilinas (33,99%), Sulfonamida (35,05%), Nitrofurantoína (37,90%), Gemifloxacina (46,09%) e Ofloxacina (46,09%) com aumento na evolução da resistência para Carbapenêmicos (p = 0,0271) e Cefalosporinas de 1ª Geração (p = 0,0496). Para Proteus spp., as maiores prevalências de resistência foram para Gatifloxacina (12,95%), Norfloxacina (12,95%), Penicilinas (14,51%), Cefalosporinas de 2ª Geração (21,24%), Sulfonamida (36,27%), Cefalosporinas da 1ª Geração (38,86%), Gemifloxacina (46,11%), Ofloxacina (46,11%), Nitrofurantoína (76,68%), Ácido Nalidíxico (81,87%) e Levofloxacina (81,87%). Para Enterobacter spp., as maiores prevalências de resistência foram em relação à Cefalosporinas de 4ª Geração (15,71%), Gatifloxacina (21,43%), Norfloxacina (21,43%), Ciprofloxacina (28,57%), Moxifloxacina (28,57%), Nitrofurantoína (31,43%), Cefalosporinas de 3ª Geração (32,86%), Sulfonamida (38,57%), Gemifloxacina (42,86%), Ofloxacina (42,86%), Cefalosporinas de 1ª Geração (44,29%), Ácido Nalidíxico (77,14%), Levofloxacina (77,14%) e Penicilinas (97,14%), com aumento na evolução da resistência para Cefalosporinas de 2ª Geração (p = 0,0057). Para o tratamento empírico das ITU complicadas, devido à resistência encontrada para os antimicrobianos de primeira escolha, podem ser usados os Aminoglicosídeos, Carbapenêmicos e Monobactama, até que sejam conhecidos os agentes causadores das infecções e a susceptibilidade aos antimicrobianos testados, devendo ser substituídos por antimicrobiano de espectro reduzido, porém com potência elevada.

O Brasil consolidou-se como o principal produtor e exportador mundial de carne bovina. Estudos microbiológicos, geralmente realizados com amostras de carne coletadas no comércio e não na cadeia produtiva de carne, resultam numa insuficiência de dados a respeito das características fenotípicas e genotípicas das bactérias patogênicas de relevância nos produtos destinados à exportação. Objetivando determinar a prevalência e características de Salmonella spp em carne bovina para exportação, realizou-se a coleta de amostras de superfícies de 200 bovinos adultos, provenientes de 12 fazendas, abatidos em Frigorífico Exportador em São Paulo, Brasil, no ano de 2008. Foram coletadas amostras do couro do animal, logo após a realização da sangria (Co), da carcaça do mesmo animal, após a esfola (Ca I) e da carcaça do mesmo animal, após o toalete e antes da refrigeração (Ca II). O isolamento e a identificação de Salmonella spp foram realizados de acordo com o método - ISO 6579:2002, com algumas modificações. O patógeno foi detectado em 14 amostras de couro (7,0%), 5 de carcaça I (2,5%) e 4 de carcaça II (2,0%). Verificou-se a prevalência do sorovar S. Give (52,0%), seguido de S. Abaetetuba (16,0%), S. Typhimurium (8,0%), S. Agona (4,0%) e S. Dublin (4,0%), e quatro cepas (16,0%) não tipáveis. A tipagem molecular, feita por PFGE, mostrou que as salmonelas expressaram 12 perfis genéticos distintos, sendo 10 formados por apenas uma cepa, cada. As demais cepas (15) pertenceram a dois perfis genéticos apenas, que apresentaram 91,7% de similaridade. De acordo com o teste de infecção de células Caco-2, a maioria das cepas (92,0%) apresentou Eficiência de Invasão inferior a 1,0%, indicando baixo potencial de virulência. Quanto ao perfil de resistência a antibióticos, 68,0% das cepas analisadas foram multiresistentes, apresentando 12 perfis diferentes. Animais diferentes, provenientes de uma mesma fazenda, apresentaram salmonelas de um mesmo sorovar e com o mesmo perfil genético e de resistência a drogas, comprovando a ocorrência de contaminação cruzada durante o processamento da carne bovina. A multiresistência das salmonelas isoladas e a possibilidade de disseminação desses patógenos denotam a necessidade de se adotar medidas de higiene adequadas e maior prudência no emprego de antimicrobianos, na dieta alimentar e na terapêutica veterinária. / Brazil is an important bovine meat producer and exporter. Microbiological surveys are generally run with meat samples collected at retail level and not with meat for export, explaining the lack of data on the phenotypic and genotypic characteristics of pathogens of relevance in exported food products. This study aimed to evaluate the prevalence and characteristics of Salmonella spp in bovine meat destined for export, through surface sampling of hides and carcasses of 200 animals, from 12 farms, slaughtered in 2008 in an export slaughterhouse located in São Paulo, Brazil. Sampling was done from the hides right after bleeding (Co) and from carcasses of the same animal after removal of the hide (Ca I) and after cleaning but before chilling (Ca II). Isolation and identification of Salmonella spp were done according to ISO 6579:2002, with some modifications. The pathogen was detected in 14 samples of hides (7,0%), 5 of carcasses Ca I (2,5%) and 4 of carcasses Ca II (2,0%). The most prevalent serovars were S. Give (52,0%), followed by S. Abaetetuba (16,0%), S. Typhimurium (8,0%), S. Agona (4,0%) and S. Dublin (4,0%). Four isolates (16,0%) were not typable. Molecular typing using PFGE indicated that the isolates presented 12 molecular profiles, ten of them containing one single isolate. Fifteen isolates belonged to only two distinct profiles, with 91.7% similarity. Invasion Efficiency tests, run with Caco-2 cells, indicated that most isolates (92,0%) presented low virulence potential. 68,0% of the isolates were multiresistant to antimicrobial drugs, presenting 12 different resistance profiles. Different animals, coming from the same rearing farm, harbored salmonellae belonging to same serovar and presenting the same genetic and antimicrobial resistance profiles, indicating cross contamination in the slaughterhouse during production of meat. The occurrence of salmonellae that can disseminate in the slaughterhouse and the multiresistance presented by the strains strengthen the need for adoption of proper hygiene control measures and care in the use of antibiotics in human and veterinary therapeutics.

The present study aimed to evaluate bacterial isolates and the microbiome of dairies. The specific aims were: to characterize Staphylococcus spp. isolated from mastitic milk, to evaluate the presence of Lactococcus in mastitic milk as a potential causative agent of mastitis, to evaluate the association between microbiome and milk quality parameters, and to characterize Staphylococcus spp. isolated from production lines of Minas Frescal cheese. The detection of genes encoding virulence factors (enterotoxins (sea, seb, sec, sed, see, seg, seh, sei, selj, selk, sell, selm, seln, selo, selp, seIq, ser, ses, set, selu, selv, and selx), hemolysins (hla, hlb, hld, hlg, and hlgv), exfoliative toxins (eta, etb, and etd), Panton-Valentine leukocidin (pvl), and toxic shock syndrome toxin (tst)), genes encoding antibiotic resistance (resistance to tetracycline (tetK, tetL, and tetM), erythromycin (ermA, ermB, and ermC), methicillin (mecA and mecC), and tobramycin (ant(4\')-Ia)), molecular typing (spa, SCCmec, and agr types), and phenotyping regarding antibiotic resistance were performed in staphylococci isolates from mastitic milk, and from cheese processing plant samples. Staphylococcus aureus was identified in the majority of isolates from both origins. Several virulence factor genes were detected. The distribution of genes encoding staphylococcal enterotoxins (85.0% - 85.7% of isolates were positive for one or more enterotoxin gene) was highlighted and the gene related to H toxin was the most prevalent. Methicillin-resistant Staphylococcus aureus were identified in isolates from mastitic milk (4.1%) and cheese processing (6.0%); the genotyping and phenotyping of these isolates were described. t605 had the highest frequency in the S. aureus population studied. In mastitic milk, Lactococcus was suggested as the causative agent of an outbreak of mastitis in a dairy farm. Using next generation sequencing, the abundance of Lactococcus was observed in microbiome samples. Bacterial isolation and DNA sequencing confirmed the presence of Lactococcus lactis and Lactococcus garvieae. The microbiome of environmental samples and bulk tank milk from the dairy farm showed the Lactococcus genus among the most common bacterial taxa, suggesting other sources of this genus. Regarding milk quality parameters, the microbiome of bulk tank milk from several dairy farms was associated with somatic cell count and bacterial count. The core microbiome was described and many genera of importance were identified. Among the associations performed between microbiome and milk quality parameters, the identification of Streptococcus in samples classified with high somatic cell count and high bacterial count was highlighted. Several bacterial taxa with relative abundance significantly higher in samples classified as high and low cell count and bacterial count were shown. Real-time polymerase chain reaction was also performed associated with bacterial diversity, bacterial taxa, and bacterial count. These findings highlight the need to control and prevent bacterial contamination in the dairy industry, from herd to consumers. / O presente estudo apresentou como objetivo avaliar isolados bacterianos e microbioma de lácteos. Os objetivos específicos foram: caracterizar Staphylococcus spp. isolados de leite de vacas com mastite, avaliar a presença de Lactococcus em leite de vacas com mastite como um potencial agente causador de mastite, avaliar a associação entre microbioma de leite de tanque e parâmetros da qualidade de leite, e caracterizar Staphylococcus spp. isolados de linhas de processamento de queijo Minas frescal. A detecção de genes codificadores de fatores de virulência (enterotoxinas (sea, seb, sec, sed, see, seg, seh, sei, selj, selk, sell, selm, seln, selo, selp, seIq, ser, ses, set, selu, selv, e selx), hemolisinas (hla, hlb, hld, hlg, e hlgv), toxinas exfoliativas (eta, etb e etd), leucocidina de Panton-Valentine (pvl), toxina da síndrome do choque tóxico (tst)), genes codificadores de resistência a antibióticos (resistência a tetraciclina (tetK, tetL e tetM), eritromicina (ermA, ermB e ermC), meticilina (mecA e mecC) e tobramicina (ant(4\')-Ia)), tipagem molecular (spa, SCCmec e agr types), e fenotipagem quanto à resistência a antibióticos foram realizadas em estafilococos isolados de leite de vacas com mastite e de amostras de planta de processamento de queijo. Staphylococcus aureus foi identificado na maioria dos isolados de ambas as origens. Diversos genes de fatores de virulência foram detectados, com destaque para a distribuição de genes codificadores de enterotoxinas estafilocócicas (85,0%-85,7% dos isolados foram positivos para um ou mais genes codificadores de enterotoxinas), sendo o gene relacionado com a toxina H o mais frequente. Staphylococcus aureus meticilina resistente foram identificados em isolados de leite de vacas com mastite (4.1%) e em processamento de queijo (6.0%); o perfil genotípico e fenotípico destes isolados foram descritos. t605 foi o mais freqüente na população de S. aureus estudada. Em leite de vacas com mastite, Lactococcus foi sugerido como o agente causador de um surto de mastite numa fazenda leiteira. Usando sequenciamento de nova geração, a abundância de Lactococcus foi observada no microbioma das amostras. O isolamento e sequenciamento de DNA confirmaram a presença de Lactococcus lactis e Lactococcus garvieae. O microbioma de amostras ambientais e de leite de tanque da fazenda mostrou o gênero Lactococcus entre os mais comuns, sugerindo outras fontes deste gênero. Contemplando parâmetros da qualidade de leite, o microbioma de leite de tanque de várias fazendas leiteiras foi relacionado com contagem de células somáticas e contagem bacteriana. O core microbiome foi descrito e muitos gêneros bacterianos de importância foram identificados. Dentre as análises realizadas associando microbioma com parâmetros da qualidade de leite, foi destacada a identificação de Streptococcus em amostras classificadas com alta contagem de células somáticas e alta contagem bacteriana. Diversos táxons bacterianos com abundância relativa significativamente maior em amostras classificadas com alta e baixa contagem de células somáticas e contagem bacteriana foram mostrados. Reação em cadeia da polimerase em tempo real também foi realizada e associada com diversidade bacteriana, táxons bacterianos e contagem bacteriana. Estes levantamentos confirmam a necessidade de controlar e prevenir a contaminação bacteriana na indústria de lácteos, do rebanho leiteiro até os consumidores.

O Brasil consolidou-se como o principal produtor e exportador mundial de carne bovina. Estudos microbiológicos, geralmente realizados com amostras de carne coletadas no comércio e não na cadeia produtiva de carne, resultam numa insuficiência de dados a respeito das características fenotípicas e genotípicas das bactérias patogênicas de relevância nos produtos destinados à exportação. Objetivando determinar a prevalência e características de Salmonella spp em carne bovina para exportação, realizou-se a coleta de amostras de superfícies de 200 bovinos adultos, provenientes de 12 fazendas, abatidos em Frigorífico Exportador em São Paulo, Brasil, no ano de 2008. Foram coletadas amostras do couro do animal, logo após a realização da sangria (Co), da carcaça do mesmo animal, após a esfola (Ca I) e da carcaça do mesmo animal, após o toalete e antes da refrigeração (Ca II). O isolamento e a identificação de Salmonella spp foram realizados de acordo com o método - ISO 6579:2002, com algumas modificações. O patógeno foi detectado em 14 amostras de couro (7,0%), 5 de carcaça I (2,5%) e 4 de carcaça II (2,0%). Verificou-se a prevalência do sorovar S. Give (52,0%), seguido de S. Abaetetuba (16,0%), S. Typhimurium (8,0%), S. Agona (4,0%) e S. Dublin (4,0%), e quatro cepas (16,0%) não tipáveis. A tipagem molecular, feita por PFGE, mostrou que as salmonelas expressaram 12 perfis genéticos distintos, sendo 10 formados por apenas uma cepa, cada. As demais cepas (15) pertenceram a dois perfis genéticos apenas, que apresentaram 91,7% de similaridade. De acordo com o teste de infecção de células Caco-2, a maioria das cepas (92,0%) apresentou Eficiência de Invasão inferior a 1,0%, indicando baixo potencial de virulência. Quanto ao perfil de resistência a antibióticos, 68,0% das cepas analisadas foram multiresistentes, apresentando 12 perfis diferentes. Animais diferentes, provenientes de uma mesma fazenda, apresentaram salmonelas de um mesmo sorovar e com o mesmo perfil genético e de resistência a drogas, comprovando a ocorrência de contaminação cruzada durante o processamento da carne bovina. A multiresistência das salmonelas isoladas e a possibilidade de disseminação desses patógenos denotam a necessidade de se adotar medidas de higiene adequadas e maior prudência no emprego de antimicrobianos, na dieta alimentar e na terapêutica veterinária. / Brazil is an important bovine meat producer and exporter. Microbiological surveys are generally run with meat samples collected at retail level and not with meat for export, explaining the lack of data on the phenotypic and genotypic characteristics of pathogens of relevance in exported food products. This study aimed to evaluate the prevalence and characteristics of Salmonella spp in bovine meat destined for export, through surface sampling of hides and carcasses of 200 animals, from 12 farms, slaughtered in 2008 in an export slaughterhouse located in São Paulo, Brazil. Sampling was done from the hides right after bleeding (Co) and from carcasses of the same animal after removal of the hide (Ca I) and after cleaning but before chilling (Ca II). Isolation and identification of Salmonella spp were done according to ISO 6579:2002, with some modifications. The pathogen was detected in 14 samples of hides (7,0%), 5 of carcasses Ca I (2,5%) and 4 of carcasses Ca II (2,0%). The most prevalent serovars were S. Give (52,0%), followed by S. Abaetetuba (16,0%), S. Typhimurium (8,0%), S. Agona (4,0%) and S. Dublin (4,0%). Four isolates (16,0%) were not typable. Molecular typing using PFGE indicated that the isolates presented 12 molecular profiles, ten of them containing one single isolate. Fifteen isolates belonged to only two distinct profiles, with 91.7% similarity. Invasion Efficiency tests, run with Caco-2 cells, indicated that most isolates (92,0%) presented low virulence potential. 68,0% of the isolates were multiresistant to antimicrobial drugs, presenting 12 different resistance profiles. Different animals, coming from the same rearing farm, harbored salmonellae belonging to same serovar and presenting the same genetic and antimicrobial resistance profiles, indicating cross contamination in the slaughterhouse during production of meat. The occurrence of salmonellae that can disseminate in the slaughterhouse and the multiresistance presented by the strains strengthen the need for adoption of proper hygiene control measures and care in the use of antibiotics in human and veterinary therapeutics.

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SPSS-17.0 and Stata software (version 14.0) were used. Data were expressed as temporal trend, descriptive statistics and percentiles. Data analysis considered a 95% confidence interval and significance level of p<0.05. Results: We analyzed 1988 healthcare-associated infection (HAI) notifications from 42 adult ICUs. The temporal trend of central-line associated bloodstream infections incidence density was stationary. The incidence density of laboratory central-line associated bloodstream infections varied from 3.32 to 4.34 infections per 1000 catheters/day. The rate of central venous catheter use in the period was 55.36%. In relation to percentile, increase was observed in the study period, particularly in 2016 in the 90th percentile. There was no statistical association between the variables analyzed. With respect to the microbiological and antimicrobial susceptibility profile, SCon and S. aureus showed 91.8% and 71.4% resistance to oxacillin, respectively, in 2016. K. pneumoniae and Acinectobacter spp. Were resistant to 3rd and 4th generation cephalosporins and carbapenems. Conclusion: It was concluded that the temporal trend of central-line associated bloodstream infections was stationary, and incidence density and percentiles increased over the years. The primary causative agents were SCon and K. pneumoniae, with broad spectrum antimicrobial resistance. Measures should be implemented to monitor health services and provide continuing education for health workers regarding the prevention and control of these infections. / Introdução: As infecções primárias de corrente sanguínea são frequentes, em Unidade de Terapia Intensiva (UTI) ocasionando prolongamento no tempo de internação, elevados custos hospitalares e óbitos. Mediante essa situação a vigilância, prevenção e controle são imprescindíveis. Objetivo: Analisar o perfil epidemiológico e microbiológico das infecções primárias de corrente sanguínea de UTI adulto do Município de Goiânia. Método: Estudo analítico ecológico, realizado a partir de dados secundários de notificações de infecções primárias de corrente sanguínea clínicas e laboratoriais das UTI adulto no Município de Goiânia-GO, no período de 2012-2016. Utilizou-se os Softwares SPSS-17.0 e Stata, versão 14.0. Os dados foram apresentados por meio da tendência temporal, estatística descritiva e percentis. Considerou-se IC: 95% e p<0,05.de significância de p<0,05. Resultados: Analisou-se 1988 fichas de notificações de IRAS dos referentes a 42 UTI adulto. A tendência temporal da densidade de incidência das infecções primárias de corrente sanguínea foi estacionária. A densidade de incidência das infecções primárias de corrente sanguínea laboratoriais variou de 3,32 a 4,34 infecções por 1000 cateteres-dia. A taxa de utilização de cateter venoso central no período foi de 55,36%. Em relação aos percentis houve elevação no período de estudo com destaque no ano de 2016 no percentil 90. Não houve associação estatística entre as variáveis analisadas. Quanto ao perfil microbiológico e de sensibilidade antimicrobiana identificou-se: SCon e S. aureus resistentes à oxacilina em 91,8% e 71,4% respectivamente em 2016. K. pneumoniae e Acinectobacter spp. resistentes às cefalosporinas de 3ª e 4ª gerações e aos carbapenêmicos. Conclusão: Conclui-se que a tendência temporal das infecções primárias de corrente sanguínea se manteve estacionária; a densidade de incidência e os percentis apresentaram elevação no decorrer dos anos. Os principais patógenos foram os SCon e K. pneumoniae com resistência a antimicrobianos de amplo espectro. Medidas de monitoramento dos serviços de saúde e de educação permanente dos trabalhadores da área da saúde, quanto a prevenção e controle dessas infecções, devem ser instituídas.