Dans les langues à tons, l'approche autosegmentale de la grammaire generative rend compte de l'association entre le palier segmentai et le palier tonologique. Dans cette optique, il serait vain d'entreprendre une étude morphosyntaxique d'une langue, comme le kinyarwanda, sans tenir en considération sa structure tonologique. En effet, en l'absence d'un élément morphémique qui puisse rendre compte du mode en kinyarwanda, les morphotonèmes s'avèrent indispensables dans l'identification des modes de cette langue. Ainsi, ils permettent d'identifier trois modes, à savoir, Vindicatif, Y impératif si le conditionnel. Un réexamen des modes dits traditionnels, qui ne s'appuient que sur l'aspect uniquement sémantique, montre également que les modes du kinyarwanda peuvent être limités à trois. Cette agréable coïncidence entre les modes traditionnels révisés et les modes identifiés à l'aide des morphotonèmes constitue une grande part de solution à un problème qui s'est longtemps manifesté dans l'étude du verbe kinyarwanda. En outre, les morphotonèmes font état de la prépondérance du mode indicatif, représenté par le morphotonème D', sur les deux autres, de par même le statut de pivot assigné à cet élément ainsi que l'espace (85,18 %) réservé à ce mode dans le tableau des tiroirs. Dans cette perspective, l'unicité de ce mode, dont on a parlé dans certaines langues, reste à vérifier dans les études ultérieures mais cette étude en révèle l'éventualité.