SANTRAUKA Slyvų raupų virusas, priklausantis Potyviridae (bulvių Y) virusų šeimai, Potyvirus genčiai, sukelia vieną pavojingiausių kaulavaisių ligų „šarką“. Per paskutinį šimtmetį virusas plačiai paplito po pasaulį, sukeldamas rimtus ekonominius nuostolius. Virusą nepersistentiniu būdu platina amarai, taip pat jis plinta su sodinamąja medžiaga ir vegetatyviškai dauginant kaulavaisius. 2007 metais Lietuvoje ir Ukrainoje atlikto slyvų raupų viruso tyrimo metu virusas buvo aptiktas aštuoniuose tirtuose mėginiuose, keturiems iš jų nustatyta PPV – D slyvų raupų viruso padermė (Norkus ir kt., 2008). Pastaruoju metu atsirandant vis daugiau duomenų apie PPV viruso 5‘ galines sekas, tuo pačiu ir P3 – 6K1 regioną, jo įtaką PPV infekcijos eigai, šeimininkų ratui, plitimo pobūdžiui (Saenz ir kt., 2000; Glasa ir kt., 2002), atrodo logiška atlikti detalesnius turimų PPV izoliatų P3 – 6K1 genominio regiono tyrimus, juo labiau, kad šiuo metu duomenų apie Lietuvos ir Ukrainos PPV virusų P3 – 6K1 regioną nėra. Magistro darbo tikslas buvo atlikti Lietuvos ir Ukrainos PPV izoliatų P3 – 6K1 genominio regiono sekų analizę, palyginant juos tarpusavyje ir su kitų PPV izoliatų sekomis, prieinamomis duomenų bazėse. Gauti rezultatai patvirtina sėkmingą 836 bp P3 – 6K1 PPV viruso genominio regiono amplifikaciją. Pagal šį regioną visi tiriami izoliatai priklauso PPV – D padermei (panšumas su PPV – D padermės izoliatų sekomis prieinamomis duomenų bazėse siekė 95 – 98 procentus). Tiriamų Lieituviškų PPV... [toliau žr. visą tekstą] / SUMMARY ANALYSIS of PLUM POX VIRUS P3-6K1 GENOMIC REGION SEQENCES in UKRAINIAN and LITHUANIAN ISOLATES Plum pox virus (PPV) is a member of genus Potyvirus, family Potyviridae and is the causal agent of the devastating stone fruit disease “sharka”. During the last centuary the virus became widespread in the world causing serious economical impact in number of countries. PPV spreads in nonperistent manner by aphis, with infected plant propagating material and with vegetative stone fruit propagation when source of grafts is infected with PPV. 2007 yer study conducted in Lithuania and Ukraine detected PPV in eight samples, in four of them PPV - D plum pox virus strain was determind (Norkus, etc., 2008). Recently, the more data on PPV virus 5‘ end sequences, and P3 – 6K1 region is apiering (its influence on the course PPV infection, hosts, spreading nature) (Saenz, etc., 2000; Glasa, etc., 2002), and it seems logical to to collect more data of P3 – 6K1 genomic region in Lithuanian and Ukraine isolates. The purpose of this work was to analyse Lithuanian and Ukraine PPV isolates P3 – 6K1 genomic region sequences comparing them with each other and with other PPV isolates sequences, available in databases. The obtained results comfirm successful 836 bp P3 – 6K1 PPV virus genomic region amplification. Acording this reagion all tested isolates is dependent to PPV - D strain (similaritry with PPV - D strain isolates seqences available in databases at 95 - 98 percentage). The Litthuanian... [to full text]

Rita Verbylaitė Plastidžių DNR sekų panaudojimas obelinių (Pomoideae Focke) filogenijos, rūšių identifikacijos ir populiacijų įvairovės tyrimams SANTRAUKA Šio darbo tikslas buvo nustatyti plastidžių DNR sekų panaudojimo filogenijos, rūšių identifikacijos bei populiacijų įvairovės tyrimams galimybes. Tyrimai buvo atliekami su erškėtrožinių šeimos augalais. Populiacijų įvairovės nustatymui pasirinkta paprastoji avietė, o filogenijai – obelinių pošeimio rūšys. Rūšių identifikacijai buvo pateikti nežinomų rūšių šaknų pavyzdžiai. Filogenetinių ryšių ir rūšių identifikacijos tyrimams buvo naudojamos trnL-trnF plastidžių regiono sekos, o paprastosios avietės populiacijų skirtumus buvo bandoma surasti naudojant trnS-trnG plastidžių regiono sekas. Šio darbo metu išsiaiškintas tinkamiausias DNR išskyrimo metodas Pomoideae pošeimio rūšims, nustatyta, kad tinkamausias metodas filogenetinių ryšių analizei yra mažiausio galimo pokyčių skaičiavimo (angl. maximum parsimony) metodas. Gauti rezultatai patvirtino monofiletinę Pomoideae pošeimio kilmę, įskaitant Vauquelinia ir Kageneckia gentis. Taip pat buvo nustatyta, kad Crataegus bei Mespilus gentys yra artimai giminingos. Analizuojant trnL-trnF chloroplasto rgiono sekas nebuvo nustatyta vidurūšinių skirtumų tirtoms Pomoideae pošeimio rūšims. Remiantis gautais duomenimis negalima galutinai patvirtinti ar atmesti hibridinės Mespilus canescens kilmės. Antrosios tyrimo dalies metu nustatyta, kad sekoskaita yra tinkamas ir daug žadantis metodas... [toliau žr. visą tekstą] / Rita Verbylaitė The use of plastid DNA sequences for Pomoideae Focke subfamily phylogeny, species identification and population diversity studies SUMMARY In this study was investigated the use of plastid DNA sequences for phylogeny, species identification and population diversity studies. Rosaceae family plants were used in this experiment. For population diversity studies it was used Rubus idaeus, and for phylogeny research – different Pomoideae subfamily species. For species identification it was taken unidentified species root samples. TrnL-trnF plastid region sequences were used for phylogeny and plant species identification, and for population diversity studies it was used trnS-trnG plastid region sequences. During this study the most suitable DNA extraction method for Pomoideae subfamily plants were identified. Also it was shown, that the most suitable method to analyse phylogenetic data, such as observed in this study is the maximum parsimony method. The monophyletic origin of Pomoideae subfamily including Vauquelinia and Kageneckia were confirmed. The close relationships between Crataegus and Mespilus were obtained. However, no intra-specific variation within the Pomoideae genera according to trnL-trnF plastid region was observed, and the hypothesis of Mespilus canescens origin still needs more data to be confirmed or rejected. In the second part of this study it was confirmed that sequencing is useful and one of the most promising method for species identification... [to full text]