Pienarūgščių bakterijų paieška ir jų identifikavimas migruojančių didžiųjų ančių (Anas platyrhynchos) žarnyne naudojant dalinių 16S rRNR geno sekų analizę ir kultivavimu paremtus metodus Klaidas VARNA Vilniaus Universiteto Ekologijos Institutas, Hidrobiontų Ekologijos ir Fiziologijos Laboratorija bei Populiacinės Genetikos Laboratorija, Akademijos-2, Vilnius-21, 08412, Lietuva. Šiame tyrime pavasarinių ir rudeninių didžiųjų ančių (Anas platyrhynchos) migrantų iš Nemuno deltos virškinamojo trakto pieno rūgšties bakterijų įvairovė buvo ištirta naudojant molekulinius metodus (polimerazės grandininės reakcijos amplifikacija ir dalinių 16S rRNR geno sekų sekvenavimas) ir kultivavimu paremtus metodus. Migruojančių didžiųjų ančių (Anas platyrhynchos) pieno rūgšties bakterijų paieška buvo atlikta pirmą kartą. Rudeniniai didžiųjų ančių migrantai plonojo žarnyno sienelėse (1.2×107 iki 2.1×107 k.f.v./g) ir jų turinyje (nuo 3.4×107 iki 1.1×108 k.f.v./g) turi didesnį pieno rūgšties bakterijų skaičių nei pavasariniai migrantai (atitinkamai nuo 3.2×106 iki 4.8×106 k.f.v./g ir nuo 1.0×107 iki 2.2×107 k.f.v./g). Tiek rudeninių tiek ir pavasarinių didžiųjų ančių migrantų plonojo žarnyno sienelėse ir jų turinyje dominavo kokinės pieno rūgšties bakterijų formos (atitinkamai 65% ir 83.5% bei 81.4% ir 91.6%), o lazdelių buvo mažiau (atitinkamai 35% ir 16.5% bei 18.6% ir 8.4%). Manoma, kad minėtus skirtumus įtakoja keli veiksniai: ilgai trunkanti migracija, perėjimo periodas, skirtingas maistas ir... [toliau žr. visą tekstą] / Identification of lactic acid bacteria in the migrant mallard ducks Anas platyrhynchos intestinal tract by partial 16S rRNA gene sequence analysis and using culture-based techniques Klaidas VARNA Institute of Ecology of Vilnius University, Laboratory of Hydrobionts Ecology and Physiology, Laboratory of Population Genetics, Akademijos-2, Vilnius-21, 08412, Lithuania. In this study the lactic acid bacteria diversity of the intestinal tract content of the vernal and autumnal migrant mallard ducks (Anas platyrhynchos) from Nemuno delta has been investigated by molecular methods: polymerase chain reaction amplification and sequencing of partial 16S rRNA genes and using culture-based techniques. The investigation of the lactic acid bacteria of the migrant mallard ducks has been performed the first time. Autumnal migrant mallard ducks in the small intestine walls (from 1.2×107 until 2.1×107 c.f.u./g) and in their content (from 3.4×107 until 1.1×108 c.f.u./g have the greatest number of the lactic acid bacteria then vernal migrants (respectively from 3.2×106 until 4.8×106 c.f.u./g and from 1.0×107 until 2.2×107 c.f.u./g). In the small intestine walls and in their content of the autumnal and vernal migrant mallard ducks, dominated cocci-shaped lactic acid bacteria (respectively 65% and 83.5%, 81.4% and 91.6%), whereas rod-shaped was under (respectively 35% and 16.5%, 18.6% and 8.4%). Supposedly, that these defferences determine some factors: a long migration, period of incubate... [to full text]

The objective - To identify Zemaitukai mtDNA D-loop region and genetic relationships between Zemaitukai and some other breeds based on mtDNA sequence variation. Methods - To perform a phylogenetic analysis of 10 Zemaitukai, mtDNA D-loop 49 horses in the 20 different horse breeds sequence were included from GenBank (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/GenBank). DNA was extracted from hair roots using the DNEasy® Tissue Kit (Qiagen). 1,280 bp fragment of mtDNA D-loop were amplify out in PTC-100™ termocycler. Amplified products were sequenced on a LI-COR® 4200S-2 automated sequencer. Sequencher v 4.1.4. software package was used to generate the actual DNA sequence for each of the animals. Multiple alignments of sequences were performed with CLUSTAL X 1.8 (Thompson et al., 1997). The Neighbor-joining tree (Saitou and Nei, 1987) of mtDNA sequences was constructed from Jukes-Cantor distances, performed on the pairwise deletion using the MEGA software (Kumar et al., 1993). Results –Within Zemaitukai breed 19 polymorphic sites were detected and 6 haplotypes. At the individual level 4 zemaitukai haplotypes were private to one individuals, 1 haplotype-between 2 individuals and 1 haplotype was shared between 4 individuals. On the Neighbor-joining tree showed one Zemaitukai haplotype closer genetic relationships to the Icelandic and to the Norwegian Fiord horse haplotypes. Zemaitukai breed formed a separate branch with the ancient DNA haplotype. The phylogenetic analysis reflects the presence... [to full text]