The diploma thesis is devided into two parts - the theoretical and the practical one. The theoretical part deal with contemporary issues of aphasia in the context of various scientifics discipline and aphasia access. I analyze aphasia classifications, diagnostics, therapy and using of the aids in aphasia therapy. The practical part describes my work - project and realisation of reeducational aid for people with aphasia, which name is Soubor sekvencí dějových obrázků. I devote to detailed describtion of this aid in the final chapter. The aim of the diploma thesis was to widen offer reeducational materiál for people with aphasia in our conditions. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)

Sequence labeling is a type of machine learning problem that involves as- signing a label to each sequence member. Deep learning has shown good per- formance for this problem. However, one disadvantage of this approach is its requirement of having a large amount of labeled data. Semi-supervised learning mitigates this problem by using cheaper unlabeled data together with labeled data. Currently, usage of semi-supervised deep learning for sequence labeling is limited. Therefore, the focus of this thesis is on the application of semi-super- vised deep learning in sequence labeling. Existing semi-supervised deep learning approaches are examined, and approaches for sequence labeling are proposed. The proposed approaches were implemented and experimentally evaluated on named-entity recognition and part-of-speech tagging tasks.

This thesis summarizes ways of representation of biological sequences and file formats used for sequence exchange and storage. Next part deals with techniques used for sequence pairwise alignment, followed by extension of these techniques to the problem of multiple sequence alignment. Additional methods are introduced, that are suboptimal, but on the other hand are able to compute results in reasonable time. Practical part of this thesis consists of implementing multiple sequence alignment application in Java programming language.

Prediction and searching for homologous protein sequences is one of important tasks which are currently being addressed in the area of bioinformatics. According to the determination of homologous sequences of unknown protein sequence it is often possible to determine its structure and function in the organism. For searching homologous sequences, the most frequently used tools are based on direct sequence comparison, profile comparison or on the use of hidden Markov models. There is no universal method better than all others. To satisfy user`s request on needed sequence identity between domains and error rate between founded true positive and false positive pairs, the selection of proper method and its settings is needed. This work is focused to create tool which will help user to choose the best method and its settings according to his requirements. It was created on the basis of the analysis of method results with different settings. In addition, the implemented  application offers the possibility to run this method and show its results.

Various methods of DNA sequences modifications for frequency analysis and basic characteristics of DNA are described in the theoretical part of this thesis. Tricolor spectrograms, created by short time Fourier transform help us to recognize some characteristic patterns in DNA sequences. Practical part of this work deals with developed programme which generates spectrograms and analyse them. Last part deals with the analysis of selected sequences of C. elegans genome. Some patterns are related to data of public databases such as NCBI. Various patterns are explained from the biological nature, which relates to chromosome structure and protein coding regions. Another well recognised patterns, tandem repetitions composed of satellites, microsatellites and minisatelites are described by spectrograms as well.

This paper deals with the effect of the MR pulse sequences on the temperature of the measured object. The theoretical part is dedicated to basic principle of magnetic resonance, the selected pulse sequences and risks that are connected with MRI. There is also described the draft of the testing phantom and information about the measurement and record of temperature during MR measurement. In the experimental part the effect of RF coils, pulse sequences and parameters of pulse sequences are tested on drafted phantom with experimental MR device located at the Institut of Scientific Instruments of the AS CR in Brno. These findings are then tested on live laboratory mouse. All results are analyzed and used as default data for developed simulation program.

Charles University in Prague Faculty of Philosophy and Arts Department of Sociology Study Program: Sociology Family and work arrangements in the context of social changes in the Czech Republic after 1989. Transformations in family and professional starts Mgr. Jana Chaloupková Supervisor: PhDr. Dana Hamplová, Ph.D. 2011 Dissertation abstract This dissertation explores the changes in professional and family starts of young men and women in the Czech Republic. It compares an early family and work trajectories of persons, who reached adulthood in 1990s and those theirs family and work starts occurred before 1989. Theoretical and methodological background of this study draws upon a holistic approach to the life-course study and a sequence analysis. The empirical analyses focus on three domains: 1) a normative context of family and work starts, 2) the development of variability of family and work starts, 3) analysis of similarity (types) of early family and work trajectories. Using ISSP 2002 data, the analysis deals with a sequence of family and work statuses held between 18 and 35 years of age. The analyses of the normative context show that in most European countries social adulthood is more strongly linked to becoming financially independent than to starting a family. In the Czech society dominates a norm of...

This diploma thesis deals with automatic soccer event detection . Its goal is to introduce reader to this issue , discuss possible ways of solution of this task and then implement event detection . This work aims at event recognition using spatio - temporal data of gaming objects . Introduced way of dealing with event detection lies in its converting to sequence labeling task . Then such task is solved using LSTM recurrent neural networks . Lastly , result of sequence labeling is interpreted as detected events . Library for event detection has been created as the output of this work . This library allow user to experiment with different variants how to formulate event detection as sequence labeling task .

Stabilní proteiny nacházejí široké uplatnění v řadě medicínských a biotechnologických aplikacích. Přírodní proteiny se vyvinuly tak, aby fungovaly převážně v mírných podmínkách uvnitř buněk. V důsledku toho vzniká zájem o stabilizaci proteinů za účelem jejich širšího uplatnění také v průmyslovém prostředí. Obor proteinového inženýrství se v posledních letech rozvinul do úrovně umožňující modifikovat proteiny pro různá využití, ačkoliv identifikace stabilních mutací je stále zatížená drahou a časově náročnou experimentální prací. Výpočetní metody se proto uplatňují jako atraktivní alternativa, která dovoluje prioritizovat potenciálně stabilizující mutace pro laboratorní práci. Během posledních let bylo vyvinuto velké množství výpočetních strategií: i) výpočty energie pomocí silových polí, ii) evoluční metody, iii) strojové učení a iv) kombinace více přístupů. Spolehlivost a využití nástrojů jsou často limitovány predikcí pouze jednobodových mutací, které mají malý dopad na stabilitu proteinů, zatímco sofistikovanější metody pro predikci multibodových mutací vyžadují větší množství práce na straně uživatele. Hlavním záměrem této práce je poskytnout uživatelům plně automatizované metody, umožňující návrh vysoce stabilních vícebodových mutantů bez potřeby pokročilých znalostí bioinformatických nástrojů a zkoumaného proteinu. V této práci jsou prezentovány následující nástroje a databáze:  FireProt je plně automatizovaná metoda pro návrh stabilních vícebodových mutantů z kategorie tzv. hybridních přístupů. Ve svém výpočetním jádře spojuje jak energetické tak i evoluční metody, přičemž evoluční informace jsou užívány především jako filtry pro časově náročné výpočty energií. Kromě detekce potenciálně stabilizujících mutací se FireProt rovněž snaží spojit tyto mutace do jednoho vícebodového mutanta s minimalizací rizika vzniku antagonistických efektů. FireProt-ASR je plně automatizovaná platforma pro rekonstrukci ancestrálních sekvencí, která dovoluje uživatelům využít tuto strategii bez nutnosti velkého objemu manuální práce a hluboké znalosti zkoumaného proteinu. FireProt-ASR řeší všechny kroky ancestrální rekonstrukce, včetně sběru biologicky relevantních sekvencí, konstrukce zakořeněného fylogenetického stromu a rekonstrukce ancestrálních sekvencí.HotSpotWizard je nástroj pro návrh mutací a mutačních knihoven za účelem zlepšení stability a aktivity zkoumaných proteinů. Nástroj dovoluje provést i širší analýzu za využití čtyř různých strategií běžně používaných v oboru proteinového inženýrství: i) identifikace evolučně variabilních pozic v blízkosti katalytických kapes a tunelů, ii) identifikace pohyblivých regionů, iii) výpočet sekvenčního konsensu a iv) identifikace korelovaných pozic.FireProt-DB je databáze dostupných experimentálních dat popisujících stabilitu proteinů. Hlavním účelem této databáze je standardizovat data v oblasti proteinové stability, poskytnout uživatelům platformu k jejich snadnému ukládání a umožnit intuitivní vyhledávání, které by mohly být využité k trénování nových nástrojů s využitím technik strojového učení.

Work on determining the genetic diversity of biological signal aligning DNA sequences, will address a brief description of the composition of DNA. Following is basic information on the bioinformatics analysis. Then the work will describe the possibility of aligning DNA sequences. Work will focus primarily on global Needleman-Wunsch algorithm and local Smit - Watermanovův algorithm. Furthermore, this work will focus on aligning DNA sequences using methods CGR and FCGR. At the end of the work will describe the practical application of identifying genetic differences by aligning the sequences.