Master of Science / Department of Statistics / Leigh Murray / The southern root-knot nematode (SRKN) and the weedy perennials, yellow nutsedge (YNS) and purple nutsedge (PNS) are simultaneously occurring pests in the irrigated agricultural soils of southern New Mexico. Previous research has very well characterized SRKN, YNS and PNS as a mutually-beneficial pest complex and has revealed their enhanced population growth and survival when they occur together. The density of nutsedge in a field could be used as a predictor of SRKN juveniles in the soil. In addition to SRKN, which is the most harmful of the plant parasitic nematodes, in southern New Mexico, other species or categories of nematodes could be identified and counted. Some of them are not as damaging to the plant as SRKN, and some of them may be essential for soil health. The nematode species could be grouped into categories according to trophic level (what nematodes eat) and herbivore feeding behavior (how herbivore nematodes eat). Subsequently, three ratios of counts were calculated for trophic level and for feeding behavior level to investigate the soil nematode community structure. These proportions were modeled as functions of the weed hosts YNS and PNS by generalized linear regression models using the logit link function and three probability distributions: the Binomial, Zero Inflated Binomial (ZIB) and Binomial Hurdle (BH). The latter two were used to account for potential high proportions of zeros in the data. The SAS NLMIXED procedure was used to fit models for each of the six sampling dates (May, July and September) over the two years of the alfalfa study. General results showed that the Binomial pmf generally provided the best fit, indicating lower zero-inflation than expected. Importance of YNS and PNS predictors varied over time and the different ratios. Specific results illustrate the differences in estimated probabilities between Binomial, ZIB and BH distributions as YNS counts increase for two selected ratios.

Soil nematodes play an important role in indication for assessing soil environments and ecosystems. Previous studies of nematode community analyses based on molecular identification have shown to be useful for assessing soil environments. Here we applied PCR-DGGE method for molecular analysis of five soil nematode communities (designed as S1 to S5) collected from four provinces in Southeastern Vietnam (Binh Duong, Ba Ria Vung Tau, Binh Phuoc and Dong Nai) based on SSU gene. By sequencing DNA bands derived from S5 community sample, our data show 15 species containing soil nematode, other nematode and non-nematode (fungi) species. Genus Meloidogyne was found as abundant one. The genetic relationship of soil nematode species in S5 community were determined by Maximum Likelihood tree re-construction based on SSU gene. This molecular approach is applied for the first time in Vietnam for identification of soil nematode communities. / Tuyến trùng đất đóng vai trò chỉ thị quan trọng trong công tác đánh giá môi trường và hệ sinh thái đất. Các nghiên cứu trước đây đã cho thấy lợi ích của việc phân tích cộng đồng tuyến trùng đất bằng định danh sinh học phân tử đối với việc đánh giá môi trường đất. Ở đây, chúng tôi ứng dụng phương pháp PCR-DGGE dựa trên gene SSU để phân tích năm (ký hiệu từ S1 đến S5) cộng đồng tuyến trùng đất thuộc các vùng trồng chuyên canh cây hồ tiêu ở miền nam Việt Nam (Bình Dương, Bà Rịa Vũng Tàu, Bình Phước và Đồng Nai). Bằng cách giải trình tự các vạch của mẫu tuyến trùng S5, kết quả cho thấy cộng đồng tuyến trùng này có 15 loài gồm nhóm tuyến trùng đất, nhóm các loại tuyến trùng khác và nhóm không phải tuyến trùng (nấm) và trong đó Meloidogyne là giống ưu thế. Mối quan hệ di truyền của các các loài tuyến trùng đất thuộc cộng đồng S5 được xác định bằng việc thiết lập cây phát sinh loài Maximum Likelihood dựa trên gene SSU. Đây là nghiên cứu đầu tiên ở Việt Nam sử dụng kỹ thuật PCR-DGGE để phân tích các cộng đồng tuyến trùng đất trồng hồ tiêu.

Soil nematodes play an important role in indication for assessing soil environments and ecosystems. Previous studies of nematode community analyses based on molecular identification have shown to be useful for assessing soil environments. Here we applied PCR-DGGE method for molecular analysis of five soil nematode communities (designed as S1 to S5) collected from four provinces in Southeastern Vietnam (Binh Duong, Ba Ria Vung Tau, Binh Phuoc and Dong Nai) based on SSU gene. By sequencing DNA bands derived from S5 community sample, our data show 15 species containing soil nematode, other nematode and non-nematode (fungi) species. Genus Meloidogyne was found as abundant one. The genetic relationship of soil nematode species in S5 community were determined by Maximum Likelihood tree re-construction based on SSU gene. This molecular approach is applied for the first time in Vietnam for identification of soil nematode communities. / Tuyến trùng đất đóng vai trò chỉ thị quan trọng trong công tác đánh giá môi trường và hệ sinh thái đất. Các nghiên cứu trước đây đã cho thấy lợi ích của việc phân tích cộng đồng tuyến trùng đất bằng định danh sinh học phân tử đối với việc đánh giá môi trường đất. Ở đây, chúng tôi ứng dụng phương pháp PCR-DGGE dựa trên gene SSU để phân tích năm (ký hiệu từ S1 đến S5) cộng đồng tuyến trùng đất thuộc các vùng trồng chuyên canh cây hồ tiêu ở miền nam Việt Nam (Bình Dương, Bà Rịa Vũng Tàu, Bình Phước và Đồng Nai). Bằng cách giải trình tự các vạch của mẫu tuyến trùng S5, kết quả cho thấy cộng đồng tuyến trùng này có 15 loài gồm nhóm tuyến trùng đất, nhóm các loại tuyến trùng khác và nhóm không phải tuyến trùng (nấm) và trong đó Meloidogyne là giống ưu thế. Mối quan hệ di truyền của các các loài tuyến trùng đất thuộc cộng đồng S5 được xác định bằng việc thiết lập cây phát sinh loài Maximum Likelihood dựa trên gene SSU. Đây là nghiên cứu đầu tiên ở Việt Nam sử dụng kỹ thuật PCR-DGGE để phân tích các cộng đồng tuyến trùng đất trồng hồ tiêu.