L'auto-assemblage moléculaire est désormais considéré comme l'une des approches les plus prometteuses pour la conception de matériaux à nanostructures complexes. Cependant, les récents progrès effectués ont aussi amené la nécessité d'améliorer la compréhension des mécanismes régissant la flexibilité des molécules. Il a ainsi été décidé d'étudier l'effet de la composition des briques moléculaires sur leur processus d'assemblage, et la labilité structurale des systèmes assemblés. De manière à pouvoir comparer rigoureusement les résultats expérimentaux, un seule morphologie de briques moléculaires, en forme de "bâtonnet", a été choisie et trois groupes distincts de molécules ont été sélectionnés : non-polaires, qui ne possèdent pas de dipôle important, monofonctionelles, lesquelles possèdent une terminaison polaire et une seconde non-polaire, et bifonctionelles, constituées d'un groupe polaire à chaque extrémité séparés par une chaine non-polaire Ainsi, l'influence des groupements dipolaires sur la labilité de la nanostructure finale du matériau a pu être explorée. Cette étude permet ainsi de mettre en exergue la remarquable diversité des flexibilités structurales qui peuvent être rencontrées dans les systèmes auto-assemblés. De plus, elle dévoile le potentiel des mouvements moléculaires locaux en tant qu'approche encourageante pour fonctionnaliser des structures auto-assemblées supposées inertes ou contraintes.

Aujourd'hui, dans de nombreux pays, les programmes de télévision de quelques entreprises américaines, les Majors, sont les plus populaires auprès des téléspectateurs. Cette thèse propose d'étudier le processus d'uniformisation culturelle qui a rendu ce phénomène possible en se concentrant sur les interactions commerciales sur le marché de la distribution de programmes de télévision. Nous avons choisi d'observer à la fois les acteurs qui portent cette uniformisation, les Majors, et les autres, qui essaient de résister. Pour ce faire, nous avons privilégié une entrée par les salons. En effet, ce secteur est structuré par un ensemble de salons et festivals, rythmant l'année. La stratégie de captation des Majors consiste à pratiquer des contrats exclusifs et à adopter un comportement de passager clandestin sur les salons. Durant ces derniers, ils sortent de la place de marché officielle, tout en restant à proximité, afin d'attirer les plus gros acheteurs. Ces comportements sont tolérés, car, pour un salon, la participation des Majors est une condition nécessaire à son succès du fait de leur popularité auprès des acheteurs. Au moyen d'une enquête ethnographique, d'une analyse des réseaux d'échanges d'informations et de rendez-vous entre individus, et d'une analyse des réseaux de contrats entre organisations reconstruits sur le principal salon en Europe Centrale et Orientale, nous montrons que les plus faibles peuvent résister en coopérant. Cette coopération correspond souvent à des mécanismes triadiques locaux, à la fois multiniveaux, multimilieux et multiplexes, que nous identifions avec leurs sous-structures et leurs conditions d'apparition, et dont nous testons la probabilité d'occurrence. / Today television programs produced by a few American companies, the Majors, are among the most popular with viewers. This dissertation examines the process of cultural uniformisation that has driven this phenomenon by focusing on commercial interactions in the global distribution market for television programs. We observe both the actors who promote this uniformisation, the Majors, and the others, who try to resist it. To do this we look at how trade fairs in this sector work. Indeed, this industry is structured by a set of recurrent and annual trade fairs and festivals. The captation strategy of the Majors consists in offering only exclusive contracts and free-riding on the trade fairs themselves. During these events, they leave the official marketplace while remaining in the close vicinity in order to organize private screenings and attract the buyers with the deepest pockets. This behavior is tolerated because the participation, at least formal, ofthe Majors is vital for the organizers of the trade fairs due to the popularity of their production with buyers and the public. Based on ethnographic observations, organizational analyses and a multilevel network study (i.e. inter-individual networks of information exchange and of scheduled meetings, and inter-organizational networks of contracts between companies) in the main tradefair of Eastern Europe, we show that the weakest parties in the system can cooperate to resist the domination of the Majors. This cooperation is often based on local, triadic mechanisms that are multilevel, multimilieux and multiplex that we identify with their substructures, determinants and probability of occurrence.

Les structures de génie civil, en particulier les ponts en béton armé, doivent être conçues et gérées pour assurer les besoins de transport et de communication dans la société. Il est indispensable de garantir un fonctionnement convenable et sécuritaire de ces structures, puisque les défaillances peuvent conduire à des perturbations du transport, des pertes catastrophiques de concessions et des pertes de vies humaines, avec des impacts économiques, sociétaux et environnementaux graves, à court et à long termes. Les gestionnaires entreprennent diverses activités pour maintenir la performance et le fonctionnement adéquat à long terme, tout en satisfaisant les contraintes financières et sécuritaires. Idéalement, ils peuvent recourir à des techniques d'optimisation pour établir les compromis entre la réduction du coût du cycle de vie (LCC) et la maximisation de la durée de vie. Cela nécessite le développement de l’analyse du cycle de vie, de l’analyse de fiabilité et de l'optimisation structurale.Les approches actuelles pour la conception et la gestion des structures s’appuyant sur l’analyse du coût de cycle de vie, montrent les besoins suivants : (1) une approche intégrée et systématique pour modéliser de façon cohérente les processus de dégradation, les charges de trafic, le vieillissement et les conséquences directes et indirectes de la défaillance, (2) une considération complète des dépendances économiques, structurales et stochastiques entre les différents éléments de l’ouvrage, (3) une approche permettant de modéliser efficacement un système structural formé de plusieurs éléments interdépendants, (4) une évaluation des conséquences de la dégradation et de la redistribution des charges entre les éléments en tenant compte de la redondance du système et de la configuration de l’ouvrage, (5) une méthode d'optimisation de la conception et de la maintenance qui préserve l’exigence de fiabilité tout en considérant la robustesse de la décision. L'objectif global de cette thèse est de fournir des procédures améliorées qui peuvent être appliquées à la conception et à la gestion fiabilistes et robustes des ouvrages en béton armé, en réduisant les coûts supportés par les gestionnaires et les utilisateurs, tout en tenant compte des dépendances entre les éléments. Dans la première partie de cette thèse, une synthèse bibliographique concernant les procédures de la conception et de la maintenance basée sur des calculs fiabilistes est présentée, et les différents composants du LCC sont développés. Ensuite, une approche est proposée pour la conception des ouvrages en tenant compte du coût aux usagers et en intégrant dans la fonction du coût de cycle de vie. Le modèle couplé corrosion-fatigue est aussi considéré dans l’optimisation de la conception. La planification de la maintenance des ouvrages est ensuite développée, en considérant les différents types d'interaction entre les éléments, en particulier les dépendances économiques, structurales et stochastiques. Ce modèle utilise l'analyse de l'arbre de défaillance et les probabilités conditionnelles pour tenir compte des dépendances dans la planification de la maintenance. Les conséquences de la dégradation et de la redistribution des charges sont prises en compte dans l'approche proposée. Par ailleurs, une méthode pratique de calcul de la fiabilité d'un système formé de plusieurs composantes interdépendantes est proposée, à travers un facteur de redondance calculé par la modélisation mécanique. Enfin, une nouvelle procédure d'optimisation est proposée, permettant de tenir compte des incertitudes dans le système et la capacité structurale de s'adapter aux variabilités intrinsèques. La procédure proposée tient compte des incertitudes et de la variabilité dans une formulation cohérente, validée au moyen des applications numériques. (...) / Civil engineering structures, particularly reinforced concrete bridges, should be designed and managed to ensure the society needs. It is crucial to assure that these structures function properly and safely as damage during the service life can lead to transport disturbance, catastrophic loss of property, causalities, as well as severe economic, social, and environmental impacts, in addition to long term consequences. Decision-makers adopt various activities to maintain adequate long-term performance and functionality while satisfying financial constraints. Ideally, they may employ optimization techniques to identify the trade-offs between minimizing the life-cycle cost (LCC) and maximizing the expected service life. This requires the development of three challenging chores: life cycle analysis, reliability analysis and structural optimization. The current approaches for the design and management of structures through a Life-cycle cost analysis (LCCA) highlight the following needs: (1) an integrated and systematic approach to model coherently the deterioration processes, the increasing traffic loads, the aging and the direct and indirect consequences of failure, (2) a mutual consideration of economic, structural and stochastic dependencies between the elements of a structural system, (3) an adequate approach for the deterioration dependencies and load redistribution between the elements, (4) an improvement of system reliability computation as a function of the structural redundancy and configuration that can take into account the dependencies between the elements, (5) a consideration of design and maintenance optimization procedures that focus coherently on the robustness of the management decision and on the satisfaction of reliability requirements.The overall objective of this study is to provide improved LCCA and procedures that can be applied to select optimal and robust design and maintenance decisions regarding new and existing reinforced concrete structures, by minimizing both manager and user costs, while providing the required safety along the structure lifetime, taking into account the most severe degradation processes and the dependencies between structural elements. In the first part of this thesis, a literature review concerning the current probabilistic design and maintenance procedures is presented, and the LCC components are discussed. Then, a new approach is developed to evaluate the user delay costs on a reinforced concrete bridge structure, based on direct and indirect costs related to degradation and failure, and to integrate it to the life cycle cost function, in order to allow for probabilistic design. In addition,the coupled corrosion-fatigue model is considered in the design optimization. Afterward, a structural maintenance planning approach is developed to consider the three types of interactions, namely economic, structural and stochastic dependencies. The proposed model uses fault tree analysis and conditional probabilities to reflect the dependencies in the maintenance planning. The consequences of degradation are evaluated and a method is proposed to account for the load redistribution. Moreover, a practical formulation for quantifying the reliability of a system formed of interrelated components is proposed, by the mean of a redundancy factor that can be computed by finite element analysis. Finally, a new optimization procedure is proposed, by taking into account the uncertainties in the analysis, and the structural ability to adapt to variability, unforeseen actions or deterioration mechanisms. The proposed procedure takes account of uncertainties andvariability in one consistent formulation, which is shown through numerical applications. (...)

Cette thèse est centrée sur la ceinture orogénique Attico-Cycladique formée durant l'orogénèse Alpine. Par une approche multi-méthodes et multi-échelles combinant géologie structurale, pétrographie, thermobarométrie des assemblages minéraux, géochimie élémentaire et isotopique, et données PVTX des inclusions fluides associées, ce travail vise à caractériser et comprendre les relations entre circulations fluides, interactions fluides/roches, déformation, et mobilisation-transport-dépôt des métaux. Les marbres et schistes de la péninsule du Lavrion et de l'île d'Eubée témoignent d'une évolution orogénique complexe marquée par une phase d'enfouissement à l'Eocène suivie par deux phases d'exhumation successives syn-et post-orogéniques. Les minéralisations de type Cu-Pb-Zn-Fe-Ag de la région du Lavrion sont synchrones de l’activation du détachement post-orogénique et de la mise en place de plutons de granodiorite. Leurs positions structurales témoignent d’un piégeage depuis un régime de déformation ductile jusqu'à fragile. Les minéralisations mises en place durant le régime de déformation ductile à ductile-fragile (skarn et remplacement de carbonate) sont associées à la décarbonatation des niveaux de marbres et à la circulation des fluides magmatiques. L'exhumation progressive de la racine orogénique se traduit par la transition des roches depuis une déformation ductile vers un régime fragile associé à l’ouverture du système aux fluides de surface et notamment aux fluides météoriques. Cette circulation est responsable d’une remobilisation des métaux des minéralisations primaires permettant alors une seconde phase de précipitation dans un régime cassant (veines épithermales) / This thesis is focused on the Attico-Cycladic orogenic wedge formed during the Alpine orogeny. From a multi-method and multi-scale approach using structural geology, petrography, mineral thermobarometry, element and isotope geochemistry, and PVTX data of associated fluid inclusions, this study deciphers the relationships between fluid circulation, fluid-rock interactions and mobilisation-transport-deposits of metals. Marbles and schists from the Evia Island and the Lavrion peninsula testify to a complex orogenic history marked by an Eocene burial phase followed by syn- and post-orogenic exhumation. Cu-Pb-Zn-Fe-Ag mineralisations from the Lavrion area are synchronous with the formation of the low-angle post-orogenic detachment and the emplacement of granodioritic magmas. The structural position of the deposits attests of an emplacement during ductile to brittle deformation conditions. Deposits associated with ductile to ductile-brittle deformation (skarn, carbonate replacement) are related to a marble decarbonation and magmatic fluid circulation. The progressive exhumation of the orogenic wedge allows the transition toward brittle conditions and opens the system to surficial meteoritic fluids. This meteoritic fluid circulation is responsible to remobilisation of metals from primary deposits allowing thus a second phase of deposition in a pure brittle deformation (epithermal veins)

Les céramiques transparentes élaborées par cristallisation complète du verre constituent une nouvelle famille de matériaux de qualité photonique en compétition avec la technologie des monocristaux pour les applications optiques. Cette approche verrière offre des avantages considérables par rapport aux monocristaux et aux céramiques polycristallines frittées : un coût réduit, la possibilité d’une production à grande échelle, une large gamme de compositions chimiques accessibles, une mise en forme plus souple et un taux de dopage élevé. Dans le cadre de ce travail, nous avons synthétisé des céramiques polycristallines transparentes de Sr3Al2O6 et Sr3Ga2O6 (structures cubiques) par cristallisation complète du verre de même composition. Les verres d'aluminate de strontium (75SrO-25Al2O3) et de gallate de strontium (75SrO-25Ga2O3) sont élaborés par lévitation aérodynamique couplée à un dispositif de chauffage laser. La transparence de la céramique de Sr3Al2O6 obtenue s’explique par son isotropie optique, ses joints de grains très fins et sa structure totalement dense (non poreuse). Nous avons également développé une nouvelle famille de céramiques transparentes Sr1+x/2Al2+xSi2-xO8 (0<x≤0.4) obtenues par cristallisation complète et congruente du verre. La transmission exceptionnelle de plus de 90% dans la gamme visible et proche infrarouge est expliquée grâce à des études microstructurales et structurales. Cette transparence qui atteint la limite théorique est associée à une biréfringence quasi nulle, des joints de grains très fins et une porosité nulle. Les études par RMN prouvent l'existence d'un désordre chimique qui est à l'origine de la valeur pratiquement nulle de la biréfringence calculée par DFT. Ces matériaux céramiques polycristallins évolutifs et hautement transparents sont des candidats prometteurs pour une large gamme d'applications optiques et photoniques dans les gammes IR et visible. Cette étude a donc conduit à de nouvelles céramiques transparentes, avec des valeurs de transmission jamais atteintes jusqu’à présent pour des oxydes. Elle propose également une nouvelle approche pour l'obtention de céramiques transparentes dans le cas de matériaux anisotropes : introduire un désordre chimique contrôlé au sein du matériau afin d’induire une isotropie optique. Ce concept ouvre la voie à de nouvelles compositions, étendant ainsi le domaine des céramiques transparentes et de leurs applications. / Transparent polycrystalline ceramics elaborated by full crystallization from glass are an emerging class of photonicquality materials competing with single crystal technology, especially for optical applications. This approach provides considerable advantages over single crystals and polycrystalline sintered ceramics represented by cost effectiveness, large scale production, wide range of accessible chemical compositions, easy shaping and high doping level hosting structure. In this work, we show the preparation of transparent cubic Sr3Al2O6 and Sr3Ga2O6 polycrystalline ceramics by full crystallization from the parent strontium aluminate (75SrO-25Al2O3) and strontium gallate (75SrO-25Ga2O3) glasses elaborated by aerodynamic levitation coupled to laser heating system. The transparency of the obtained Sr3Al2O6 ceramics is explained by their optical isotropy, thin grain boundaries and highly dense (non-porous) microstructure. We also show a series of novel Sr1+x/2Al2+xSi2-xO8 (0<x≤0.4) oxide compositions leading to highly transparent and readily scalable polycrystalline ceramics to be obtained by full congruent glass crystallization. The outstanding transparency exceeding 90% in the visible and near IR range is explained through different microstructural and structural (average and local) studies. This transparency, reaching the theoretical limit, is associated to the almost null birefringence, thin grain boundaries and non-porosity. NMR experiments prove the existence of chemical disorder which is at the origin of the relatively zero birefringence value calculated by DFT computations. These scalable and highly transparent polycrystalline ceramic materials are promising candidates for a wide range of optical and photonic applications in the IR and visible ranges. This study besides revealing new ceramic compositions with previously unreported transmission values for micro-scale polycrystalline materials, proposes a new approach for obtaining transparent ceramics in anisotropic materials. This approach consists in inducing a controlled chemical disorder within the material in order to induce optical isotropy. It is anticipated that this proposed concept will open the way to different composition candidates to be elaborated as transparent polycrystalline ceramics, thus extending the ceramic technology domain and its applications.

Doctorat en sciences psychologiques / info:eu-repo/semantics/nonPublished

Ce travail retrace l’évolution varisque des Massifs d’Almǎj (Roumanie), de Deli Jovan (Serbie) et de la Stara Planina Occidentale (Bulgarie), à travers une étude pétrostructurale effectuée sur les différentes unités lithologiques de la Nappe alpine du Danubien supérieur. Cette nappe possède la particularité de contenir un marqueur de convergence de toute première importance sous la forme de 4 massifs ophiolitiques démembrés lors de l’orogenèse alpine :Tisoviţa Iuţi (TI, Roumanie), Deli Jovan (DJ, Serbie), Zaglavak (Z, Serbie) et Tcherni Vrah (TV, Bulgarie). Les études pétrologiques de terrain effectuées dans ces trois pays ont permis de confirmer la continuité entre ces 4 massifs, qui, séparément, comprennent chacun une portion de croûte océanique différente (TI :section mantélique et cumulats inférieurs, DJ :cumulats inférieurs et supérieurs, Z :cumulats supérieurs, TV :cumulats supérieurs et section effusive), mais considérés ensemble, forment une pile ophiolitique classique complète. De nouvelles datations par la méthode 147Sm-143Nd confirment un âge d’accrétion pour cette croûte océanique au Dévonien inférieur (~ 400 Ma). Cependant, l’essentiel de ce mémoire concerne les Monts Almǎj, notamment les roches encaissantes du massif de Tisoviţa Iuţi. La partie sud de ce massif ophiolitique représente la section inférieure d’une croûte océanique classique, alors que sa partie orientale est caractérisée par des roches de la croûte océanique supérieure, fortement déformées et transformées (métagabbros à zoïsite et fuchsite). Ces roches font partie de la Zone Mylonitique de Corbu (CMZ), qui comporte également des métasédiments à Gt ± St ± And et des serpentinites. Les conditions PT de formation de ces métagabbros, datés à 380-360 Ma par la méthode 40Ar-39Ar, ont été estimées à des températures comprises entre 450°C et 300°C. Leur contexte de formation peut être assimilé à une semelle ophiolitique ‘froide’, développée lors d’une obduction intra-océanique initiée probablement le long d’une faille transformante. Si le pic de métamorphisme des roches de Corbu a été estimé à 585°C/ 5.5 kbar, leur exhumation pourrait s’effectuer au sein d’un anticlinal en régime transpressif sénestre, en relation avec la formation de la CMZ, interprétée comme une ancienne zone plissée qui évolue en zone de cisaillement sénestre. Au Carbonifère, le granite syntectonique de Cherbelezu se met en place le long de la CMZ et enregistre les dernières phases de cette déformation lors de son refroidissement. Les études préliminaires sur les roches encaissantes des massifs ophiolitiques en Serbie et Bulgarie permettent de préciser une vergence d’obduction du lambeau ophiolitique vers le paléo-NW et d’établir un modèle de reconstitution paléogéodynamique au Varisque pour l’ensemble de la région étudiée./ This study provides new information on the Variscan evolution of the Almǎj Mountains (Romania), Deli Jovan Massif (Serbia) and Western Stara Planina (Bulgaria), throughout a petrostructural investigation conducted on the various lithological units of the Upper Danubian Alpine Nappe. This nappe displays an important convergence tectonic marker in the form of four ophiolitic massifs dismembered during the Alpine orogeny: Tisoviţa Iuţi (TI, Romania), Deli Jovan (DJ, Serbia), Zaglavak (Z, Serbia) and Tcherni Vrah (TV, Bulgaria). Our petrological studies in these three countries have confirmed the continuity between these four massifs, each of which showing, separately, a different portion of the oceanic crust (TI: mantle section and lower cumulates, DJ: lower and upper cumulates, Z: upper cumulates, TV: upper cumulates and effusive section), but taken together, forming a complete classical ophiolitic pile. New dating using the 147Sm-143Nd method has confirmed an accretion age for this oceanic crust at around 400 Ma (Early Devonian). However, the main part of this study has been focused in the Almǎj Mountains, particularly the Tisoviţa Iuţi ophiolitic massif and its enclosing rocks. The Southern part of this ophiolitic massif represents the lower section of a classical oceanic crust whereas its eastern part is characterized by upper crustal oceanic rocks that are highly deformed and transformed (zoïsite and fuchsite-bearing metagabbros). These rocks belong to the Corbu Mylonitic zone (CMZ), which also comprises Gt ± St ± And metasediments and serpentinites. Temperature estimates for the formation of the metagabbros are bracketed between 450°C and 300°C and these rocks have been dated at 380-360 Ma using the 40Ar-39Ar method on fuchiste. The geodynamic context for their formation can be viewed as a ‘cold’ ophiolitic sole, developed during an intra-oceanic obduction probably initiated along transform fault. If the metamorphic peak for the Corbu rocks has been estimated at 585°C/5.5kbar, their rapid exhumation could be realized via an anticline under a transpressive sinistral regime, connected with the formation of the CMZ that is interpreted as an ancient fold zone evolving in a sinistral shear zone. Finally, the Carboniferous syntectonic Cherbelezu granite intrudes along the CMZ and records the final stages of this deformation during its cooling. Preliminary investigations on the enclosing rocks of the ophiolitic massifs in Serbia and Bulgaria allow us to define a top to the NW obduction vergence for the ophiolite and to propose a paleogeodynamic reconstitution model for the Carpathian/Balkans terrains in the Variscan times. / Doctorat en Sciences / info:eu-repo/semantics/nonPublished

Molecular Biology has allowed the characterization and manipulation of the molecules of life in the wet lab. Also the structures of those macromolecules are being continuously elucidated. During the last decades of the past century, there was an increasing interest to study how the different genes are organized into different organisms (‘genomes’) and how those genes are expressed into proteins to achieve their functions. Currently the sequences for many genes over several genomes have been determined. In parallel, the efforts to have the structure of the proteins coded by those genes go on. However it is experimentally much harder to obtain the structure of a protein, rather than just its sequence. For this reason, the number of protein structures available in databases is an order of magnitude or so lower than protein sequences. Furthermore, in order to understand how living organisms work at molecular level we need the information about the interaction of those proteins. Elucidating the structure of protein macromolecular assemblies is still more difficult. To that end, the use of computers to predict the structure of these complexes has gained interest over the last decades.<p>The main subject of this thesis is the evaluation of current available computational methods to predict protein – protein interactions and build an atomic model of the complex. The core of the thesis is the evaluation protocol I have developed at Service de Conformation des Macromolécules Biologiques et de Bioinformatique, Université Libre de Bruxelles, and its computer implementation. This method has been massively used to evaluate the results on blind protein – protein interaction prediction in the context of the world-wide experiment CAPRI, which have been thoroughly reviewed in several publications [1-3]. In this experiment the structure of a protein complex (‘the target’) had to be modeled starting from the coordinates of the isolated molecules, prior to the release of the structure of the complex (this is commonly referred as ‘docking’).<p>The assessment protocol let us compute some parameters to rank docking models according to their quality, into 3 main categories: ‘Highly Accurate’, ‘Medium Accurate’, ‘Acceptable’ and ‘Incorrect’. The efficiency of our evaluation and ranking is clearly shown, even for borderline cases between categories. The correlation of the ranking parameters is analyzed further. In the same section where the evaluation protocol is presented, the ranking participants give to their predictions is also studied, since often, good solutions are not easily recognized among the pool of computer generated decoys.<p>An overview of the CAPRI results made per target structure and per participant regarding the computational method they used and the difficulty of the complex. Also in CAPRI there is a new ongoing experiment about scoring previously and anonymously generated models by other participants (the ‘Scoring’ experiment). Its promising results are also analyzed, in respect of the original CAPRI experiment. The Scoring experiment was a step towards the use of combine methods to predict the structure of protein – protein complexes. We discuss here its possible application to predict the structure of protein complexes, from a clustering study on the different results.<p>In the last chapter of the thesis, I present the preliminary results of an ongoing study on the conformational changes in protein structures upon complexation, as those rearrangements pose serious limitations to current computational methods predicting the structure protein complexes. Protein structures are classified according to the magnitude of its conformational re-arrangement and the involvement of interfaces and particular secondary structure elements is discussed. At the end of the chapter, some guidelines and future work is proposed to complete the survey. / Doctorat en Sciences / info:eu-repo/semantics/nonPublished

<p align='justify'>Le fameux centre monumental de Pachacamac a fait l'objet d'investigations incessantes depuis la fin du siècle dernier, mais c'est surtout depuis les années '60 que l'intérêt des chercheurs s'est porté sur les pyramides à rampe. Les pyramides à rampe sont des édifices monumentaux construits en briques d'adobe et en tapia sur le même modèle architectonique général. On compte quatorze pyramides à rampes sur le site de Pachacamac, et d'autres dans la vallée du Lurin et les vallées voisines. La plupart des auteurs considèrent que ces constructions remontent à la période Intermédiaire récent (ca AD900-I470), le site portait alors le nom de la divinité principale de la Côte centrale, Ychsma, rebaptisé Pachacamac par les Incas à l'Horizon récent. Le consensus s'est fait autour du modèle explicatif de la "théorie des ambassades", que l'on peut résumer de la façon suivante :lors de la période Intermédiaire récent, une série de sanctuaires dédiés chacun à un membre de la parentèle mythique du dieu auraient été établis dans divers paliers écologiques. Ces sanctuaires auraient eu chacun leur correspondant, leur "ambassade", dans l'enceinte du centre cérémoniel. Le tribut récolté dans les "provinces" était ainsi concentré à Pachacamac-Ychsma, où il faisait l'objet d'échanges entre les différentes "ambassades".</p><p><p align='justify'>Celles-ci, du point de vue architectural, comprendraient un certain nombre d'éléments structurels communs permettant de les ranger sous un même patron désigné sous l'appellation de "pyramide à rampe". Ce modèle aux bases discutables a été largement commenté et étoffé. En réalité, la révision des données disponibles indique que les hypothèses relatives au fonctionnement, au développement et à l'influence du site nécessitent une réévaluation. Celle-ci a constitué l'objectif principal des recherches menées par l'auteur sur le terrain durant quatre campagnes successives comprenant des prospections, des ramassages de surface, des relevés planimétriques et des fouilles à Pachacamac et dans l'ensemble du bas-Lurin.</p><p><p align='justify'>Les résultats des fouilles indiquent qu'à l'Intermédiaire récent, ces structures étaient occupées par une élite restreinte, qui y donnait des banquets et présidait vraisemblablement à des cérémonies. L'ensemble des données convergent vers l'hypothèse selon laquelle les pyramides seraient avant tout des palais, occupées par des personnages de haut statut auxquels les structures servent de tombeau. Chaque pyramide correspondrait au palais d'un chef qui la construit, l'occupe de son vivant et y est enterré à sa mort. La pyramide en tant que siège du pouvoir serait alors abandonnée au profit d'une autre, construite par le successeur du chef défunt. Le modèle de succession dynastique fournit une explication plausible à la multiplication des pyramides à rampe dans le site de Pachacamac mais s'avère difficilement compatible avec la théorie des ambassades. Ainsi, la distribution des pyramides à rampe montre qu'un site spécifique entretenait des relations privilégiées avec Pachacamac dans le Lurin :Pampa de las Florès. Les autres sites comprenant des pyramides à rampe centrale dans le Lurin fonctionnaient par paires selon le même principe, mais à un niveau d'autorité inférieur. Certains sites d'élite sans pyramides à rampe faisaient également partie de la chefferie. Celle-ci englobait vraisemblablement le bas Lurin, une partie du moyen Lurin, le moyen Chilca (au sud du Lurin) et peut-être le bas Chilca.</p><p><p align='justify'>L'hypothèse selon laquelle les pyramides constitueraient autant de palais successifs de chefs locaux permet d'expliquer aussi bien, sinon mieux, le fonctionnement du site. En effet, si l'on accepte de considérer l'idée que les seigneurs ychsma résidant à Pachacamac exerçaient leur autorité sur l'ensemble de la chefferie et recevaient une part des surplus de production locaux, il n'est pas nécessaire de faire appel à d'hypothétiques foules de fidèles "étrangers" (?) pour justifier la construction des diverses pyramides du site et l'entretien de leurs occupants. Les ressources humaines locales suffisaient largement à construire et à entretenir une pyramide par génération (voire même plusieurs pyramides dans l'éventualité d'une autorité bi-partite ou quadri-partite). Il ressort également des recherches que le développement spatial de Pachacamac suit un processus complexe que l'on ne saurait réduire à une simple croissance centrifuge ou à une addition des complexes pyramidaux les uns aux autres au cours du temps. Il est vraisemblable que ce processus a été dicté à la fois par des critères physiques, sociaux et conjoncturels. En ce qui concerne l'influence du site, Pachacamac présente davantage de points communs avec certains établissements et cultures de la Côte centrale-sud et centrale-nord qu'avec sa propre vallée haute, pourtant plus proche dans l'espace. Il est possible de situer la limite supérieure de l'influence du site vers 1000-1200m. Sous l'impulsion des peupIades issues des hautes terres à la fin de l'Intermédiaire récent et à l'Horizon récent, cette limite a sans doute reculé jusqu'en vallée moyenne, vers 450-700m. D'autre part les éléments archéologiques semblent confirmer les données ethnohistoriques évoquant l'existence de la seigneurie de Ychsma dans la zone Rimac-Lurin et l'appartenance des diverses chefferies qui la composaient à une même culture, dont la spécificité reste à définir.</p><p><p align='justify'>Lors de la conquête inca de Pachacamac, le pouvoir local ychsma est relégué à un rôle subalterne. L'occupation inca se manifeste sous différentes modalités :les anciens palais, abandonnés depuis une période plus ou moins lointaine, sont utilisés comme campements et dépotoirs par les pèlerins. Les autorités incas ne réoccupent pas les pyramides à rampe mais construisent leurs propres structures administratives et résidentielles. La situation est différente dans le reste de la zone d'étude, où l'on observe que les structures locales d'autorité et de production continuent de fonctionner à l'Horizon récent, mais sous le contrôle plus ou moins direct de l'Empire. Tout cela sera radicalement bouleversé au XVIe s. lors de la colonisation du Pérou par les Espagnols.<p> / Doctorat en philosophie et lettres, Orientation histoire de l'art et archéologie / info:eu-repo/semantics/nonPublished

La fructose-1,6-bisphosphate aldolase de classe I est une enzyme glycolytique (EC 4.1.2.13) qui catalyse le clivage réversible du fructose-1,6-bisphosphate (FBP) en dihydroxyacétone phosphate (DHAP) et glycéraldéhyde-3-phosphate (G3P). Des années de recherche sur FBP aldolase ont permis d’identifier les résidus impliqués dans son mécanisme réactionnel, ont tracé en grande partie les coordonnées de la réaction, ont révélé de nouvelles fonctions dites « moonlighting », et ont validé l’aldolase comme une cible attrayante pour des applications anti-glycolytiques tel que le cancer. Il existe néanmoins des questions en suspens relatives à ces activités que nous avons étudiées. Tout d'abord, la trajectoire détaillée de l'aldéhyde relatif à sa liaison au site actif allant jusqu’à la formation du lien carbone-carbone par condensation aldolique est indéfini. Pour élucider les détails moléculaires liés à ces événements, nous avons déterminé des structures cristallographiques à hautes résolution de l’aldolase de classe I chez Toxoplasma gondii, qui porte une identité de séquence élevée avec l’aldolase humaine (57%), en complexe avec l’intermédiaire ternaire de pré-condensation. Le complexe ternaire révèle un mode de liaison non-productive inhabituel pour G3P dans une configuration cis qui permet l’alignement de l'aldéhyde à proximité du nucléophile naissant. La configuration compétente pour la condensation aldolique provient d'une transposition cis-trans de l'aldéhyde qui produit une liaison hydrogène courte permettant la polarisation de l'aldéhyde et le transfert de proton au niveau de Glu-189. Nos résultats informent les chimistes synthétiques qui cherchent à développer l’aldolase comme biocatalyseur pour des réactions stéréo-contrôlées. Le rôle présumé de l’aldolase dans la production du méthyglyoxal (MGO), un métabolite dicarbonyle hautement réactif qui génère des « advanced glycation end products » (AGES) a également été étudié structurellement et enzymatiquement. Une enquête structurelle cristallographique de MGO générée par décomposition enzymatique chez l’aldolase de classe I a révélé que, contrairement aux indications préliminaires, l'apparition hypothétique de MGO et de phosphate inorganique (Pi) résultant de la décomposition enzymatique de DHAP dans le site actif de l’aldolase est mieux interprétée par une population mixte de DHAP et de molécules d'eau. Une étude enzymatique a révélé que la décomposition spontannée des trioses-phosphate est une source majeure de la production de MGO, alors qu’une production catalysée par l’aldolase est peu concluante. L’identification des sources de production de MGO continue d'être une priorité afin de développer des stratégies pour atténuer les manifestations cliniques de pathologies associées au MGO. La FBP aldolase est également reconnu pour ses activités « moonlighting » - du fait qu’elle effectue plus d'une activité sans rapport avec sa fonction glycolytique. Divers partenaires de l’aldolase sont rapportés dans la littérature, y compris les adhésines de surface cellulaire chez les parasites apicomplexes, dans lequel l’aldolase exécute une fonction d'échafaudage entre le complexe actomyosine et les adhésines - une interaction qui est décisive pour la motilité et l'invasion des cellules hôte. Le mode de liaison de cette interaction a été étudié et nos résultats sont compatibles avec une liaison au site actif. Les détails précis de cette interaction ont des implications thérapeutiques, étant donné que le ciblage de celui-ci réduit l'invasion des cellules hôte par les parasites. Enfin, l’aldolase de classe I est de plus en plus reconnu pour son potentiel comme cible anti-glycolytique dans les cellules qui sont fortement tributaires du flux glycolytique, comme les cellules cancéreuses et les parasites protozoaires. Le développement de nouveaux inhibiteurs de haute affinité est donc non seulement avantageux pour des études mécanistiques, mais représente un potentiel pharmacologique sans fin. Nous avons développé une nouvelle classe d’inhibiteurs de haute affinité de type inhibition lente et avons déterminé la base moléculaire de leur inhibition grâce à des structures cristallographiques à haute résolution et par un profilage enzymatique. Cette étude, qui combine plusieurs disciplines, y compris la cristallographie, enzymologie et chimie organique, souligne l'intérêt et l'importance d'une approche multidisciplinaire. / Class I Fructose-1,6-bisphosphate aldolases are glycolytic enzymes (EC 4.1.2.13) that catalyze the reversible cleavage of fructose-1,6-bisphosphate (FBP) to dihydroxyacetone phosphate (DHAP) and glyceraldehyde-3-phosphate (G3P). Years of research on FBP aldolases has identified residues implicated in the reaction mechanism, mapped the greater part of the reaction coordinates, and revealed novel moonlighting functions. Further, FBP aldolase is recognized as an attractive target for anti-glycolytic applications such as cancer. There are nevertheless outstanding questions related to these activities that were investigated in this thesis. First, the detailed trajectory of the reaction mechanism from aldehyde binding in the active site to carbon-carbon bond formation by aldol condensation is undefined. To elucidate the molecular details related to these events, we solved high-resolution crystallographic structures of native class I aldolase from Toxoplasma gondii, which has a high sequence identity with human aldolase (57 %), in complex with the pre-condensation ternary intermediate. The ternary complex reveals a condensation-incompetent binding mode for G3P in a cis-configuration that aligns the aldehyde alongside the nascent nucleophile. The productive aldol-competent configuration arises from a cis-trans rearrangement of the aldehyde that produces a short hydrogen bond required for polarization of the aldehyde and coincident proton transfer at Glu-189. Our results inform synthetic chemists seeking to develop aldolases for stereo-controlled reactions in biosynthetic applications. The suspected role of aldolase in methylglyoxal (MGO) production, a highly reactive dicarbonyl metabolite that produces advanced glycation end-products (AGES) was also probed structurally and enzymatically. A crystallographic structural investigation of MGO generated by enzymatic decomposition in class I aldolase revealed that, contrary to preliminary indications, the appearance of MGO and inorganic phosphate (Pi) resulting from enzymatic decomposition of DHAP in the active site of aldolase is more appropriately modeled by a mixed population of DHAP and water molecules. Enzymatic investigation revealed triose-phosphate decomposition to be a major source of MGO production, whereas production by aldolase did not exceed assay background levels. Identifying the main sources of MGO production continues to be a priority for mitigating the clinical manifestations of MGO-derived pathologies. FBP aldolase is also recognized for its moonlighting properties – performing more than one activity unrelated to the glycolytic function. Diverse aldolase partners are reported, including cell surface adhesins in apicomplexan parasites, in which aldolase performs a bridging function between the actomyosin complex and the cytoplasmic domain of the adhesins – an interaction that is crucial for motility and host-cell invasion. The binding mode of this interaction was investigated and our results are consistent with active site binding. The precise details of aldolase-adhesin binding has therapeutic implications, since targeting of the latter reduces host-cell invasion by parasites. Finally, class I aldolase is gaining prominence as an anti-glycolytic target in cells that are highly dependent on glycolytic flux, such as cancer cells and protozoan parasites. Developing new high-affinity inhibitors for these enzymes is therefore not only advantageous for mechanistic studies, but has endless pharmacological potential. We developed a novel class of high-affinity aldolase inhibitors, bisphosphonates, and determined the molecular basis of their inhibition with high-resolution crystallographic structures and enzymatic profiling. This study, which combined several disciplines, including crystallography, enzymology, and organic chemistry, underscores the interest and significance of a multidisciplinary approach.