Différentes applications de l'élasticité linéaire en géologie structurale sont présentées dans cette thèse à travers le développement de trois types de codes numériques. Le premier utilise la modélisation directe pour étudier les déplacements et champs de contraintes autour de zones faillées complexes. On montre que l'ajout de contraintes inégalitaires, telles que la friction de Coulomb, permet d'expliquer l'angle d'initiation des dominos dans les relais extensifs. L'ajout de matériaux hétérogènes et d'optimisations, telles la parallélisation sur processeurs multi-coeurs ainsi que la réduction de complexité des modèles, permettent l'étude de modèles beaucoup plus complexes. Le second type de code numérique utilise la modélisation inverse, aussi appelée estimation de paramètres. L'inversion linéaire de déplacements sur les failles ainsi que la détermination de paléo-contraintes utilisant une approche géomécanique sont développées. Le dernier type de code numérique concerne la restauration de structures complexes plissées et faillées. Il est notamment montré qu'une telle méthode permet de vérifier l'équilibre de coupes géologiques, ainsi que de retrouver la chronologie des failles. Finalement, nous montrons que ce même code permet de lisser des horizons 3D faillés, plissés et bruités en utilisant la géomécanique.

Agrégation de classifieurs et d'experts pour la recherche d'homologues chez les cytokines à quatre hélices alpha , Texte imprimé -- Nicolas Beaume ; sous la direction de Yannick Jacques, Gérard Ramstein L'objectif de ce travail est la mise au point d'une méthode de détection d'homologues de cytokines inconnues. J'ai dans un premier temps évalué plusieurs classifieurs SVM. J'ai ensuite proposé d'ajouter, sous la forme d'experts automatiques, des connaissances spécifiques à la famille étudiée. Enfin, afin de maximiser l'efficacité de leur association, j'ai comparé différentes méthodes d'agrégation. Je propose une méthode performante, basée sur la combinaisons de ces classifieurs et de ces experts, généralisable à d'autres familles de protéines.

L'étude de la structure est liée à la nécessité dans laquelle se trouvent les praticiens de créer pour la plante un milieu suffisamment aéré et humide. Comme il est, d'autre part, nécessaire que l'état physique initial du sol, obtenu par le travail des machines aratoires, persiste pendant la durée de la végétation, on est amené à étudier le degré de constance de l'état physique initial ou, autrement dit, la stabilité de la structure. Nous avons divisé cette étude en deux parties, correspondant à : a. La dégradation qui se traduit par l'affaissement du sol sous l'action de l'eau et la diminution de stabilité qui est corrélative à ce phénomène ; b. La régénération qui constitue le phénomène inverse, le sol retournant à un état poreux et retrouvant sa stabilité antérieure. La dégradation de la structure s'effectue d'après les deux mécanismes suivants : 1. L'éclatement des mottes, provoqué par la pénétration de l'eau, sous l'influence des forces capillaires dans les petits pores du sol ; 2. Par l'ensemble des phénomènes caractérisant la dispersion, c'est-à-dire le gonflement et la dispersion proprement dite, ou autrement dit pour la séparation des micelles sous l'influence de leur affinité pour l'eau. En écrivant que ces phénomènes étaient sous la dépendance de la cohésion du sol et de l'affinité du sol pour l'eau, nous avons pu montrer que la condition d'éclatement peut s'exprimer par la formule : r C + Cl < 2 A où: r est le diamètre des plus gros capillaires du sol ; C est la cohésion apparente de la terre (ensemble argile et sable) ; A est l'affinité du sol pour l'eau ; Cl est la cohésion de l'eau ; et que la condition de dispersion peut s'exprimer par la formule : Cs + Cz < 2 A où Cs est une valeur s'appliquant à l'argile seule. Nous sommes donc amenés à considérer deux cohésions Cs, la cohésion réelle qui est la plus élevé et représente la cohésion propre de l'argile, C qui est la cohésion apparente dont la valeur dépend de la liaison du sable et de l'argile, et de l'homogénéité de leur assemblage. En comparant les deux conditions de destruction, on admet aisément que l'éclatement doit se produire pour des valeurs de A qui ne produisent pas encore la dispersion. D'autre part, l'éclatement ne doit jouer vraisemblablement que pour des particules assez grosses, de l'ordre de grandeur du 1/10e de millimètre, à l'intérieur desquelles il existe des pores suffisamment gros pour que l'on puisse considérer que les phénomènes capillaires suivent les lois normales de la capillarité et des fissures créant des zones de moindre résistance. Les expériences que nous avons réalisés permettent de conclure que les facteurs envisagés jouent bien le rôle qui leur est attribué. On peut également relier à ces résultats les constatations de la pratique agricole. Par exemple, les matières humiques provenant de l'apport de fumier ou d'engrais verts, une fois fixées par l'argile et séchées, vont communiquer à cette dernière une hystérésis d'humectation qui conférera aux particules terreuses une grande stabilité. Par contre, Na produit l'effet inverse en augmentant l'affinité sol-eau. La teneur en argile d'une terre et l'augmentation de sa cohésion par pétrissage sont des agents de stabilisation. Nous avons montré ensuite que la formation de mottes cohérentes qui constitue l'une des phases de la régénération ne pouvait se produire que si les colloïdes étaient desséchés après avoir atteint un état d'hydratation minimum ou avoir été malaxés, ce qui facilite le contact entre les micelles argileuses en les orientant. La nature des liaisons assurant la cohésion des micelles argileuses et le mécanisme de la pectisation sont encore mal connus. Ce sont ces liaisons qui conditionnent la résistance à la dispersion et qui sont mesurées par la valeur Cs. Ayant ainsi étudié la dégradation et la régénération des éléments de la structure, nous avons étudié l'évolution de la stabilité de deux terres. L'une était un limon saturé par Ca et l'autre un limon ayant reçu des quantités importantes de nitrate de soude. Les résultats qui portent sur sept années d'observation ont permis l'établissement de courbes reliant l'humidité du sol au moment du prélèvement à la stabilité de la fraction grossière. Ce sont soit une ellipse (témoin) soit un cercle (parcelle ayant reçu du nitrate de soude). L'analyse de ces résultats montre que l'augmentation de stabilité résulte de la compression spontanée du sol en place due à la contraction produite par la dessiccation. Dans le cas d'une terre ayant fixé Na et ayant acquis de ce fait une tendance accrue à l'hydratation, on observe en plus une régénération partielle due à l'hydratation. Ces constatations nous amènent à dire que le problème de la structure est fonction à la fois des propriétés physico-chimiques du sol et des conditions de climat auquel ce sol est soumis. On peut remarquer d'autre part que les facteurs que nous avons mis en évidence sont justement ceux qui servent à classer les types de sol en pédologie. Or, l'une des caractéristiques les plus marquantes pour un type pédologique est la forme même des mottes de terre. C'est cette forme qui conditionne l'architecture du sol (le pédologue dit " structure "). L'identité de ces facteurs n'est pas un accident. La structure que nous avons examinée du point de vue de l'évolution est aussi celle que le pédologue envisage du point de vue systématique et l'on peut espérer qu"un jour viendra où l'on pourra expliquer l'un par l'autre. ' En définitive, ce premier essai d'explication de la stabilité de la structure et de son évolution à l'aide de données physico-chimiques montre que l'on peut arriver à représenter le mécanisme des phénomènes à l'aide de quelques variables seulement. Dans notre esprit, il constitue beaucoup plus un plan d'étude du phénomène qu'une théorie définitive des faits.

L'association échanges hydrogène/deutérium et spectrométrie de masse (HDX/MS) est devenue un outil analytique de choix pour l'étude de la structure et dynamique des protéines. L'approche classique "bottom-up" repose sur la digestion à la pepsine de la protéine deutérée et analyse des peptides protéolytiques par MS. Malheureusement, cette approche souffre de deux limitations majeures : (1) la résolution limitée par la taille des peptides après digestion et (2) l'échange inverse en solution avant l'analyse par MS. La MS en tandem classique ne peut pas être utilisée pour améliorer la résolution depuis que des expériences CID (Collision Induced Dissociation) sur des peptides deutérés ont montré une migration intramoléculaire des deutériums avant dissociation ("scrambling"). Par conséquent, il y a un grand intérêt à développer des approches HDX/MS alternatives pour améliorer les problèmes d'échange inverse, scrambling et résolution. Ce travail a donc consisté à mettre au point une méthode top-down HDX/MS robuste. Un nouveau système d'introduction des protéines deutérées dans le spectromètre de masse, appelé "cryosource", a été développé et les techniques d'activation basées sur la capture/transfert d'électron ont été utilisées. Il a récemment été montré que les méthodes ECD/ETD réduisaient le scrambling dans des conditions contrôlées avec une résolution à l'acide aminé près. L'utilisation de la cryosource a permis de diminuer l'échange inverse pendant des temps longs et avec des débits faibles. L'optimisation de tous les paramètres a été réalisée sur des peptides/protéine modèles. Notre objectif final était que notre approche soit applicable à l'analyse structurale du complexe aIF2.

Description pétrographique des formations .

Le contrôle traductionnel est une étape critique de la régulation de l'expression des gènes impliqués dans le développement embryonnaire et de nombreux processus cellulaires. Au cours de l'initiation de la traduction chez les eucaryotes, le facteur eIF4E (eukaryotic Initiation Factor 4E) fixe la coiffe des ARNm et recrute la protéine eIF4G pour former le complexe d'initiation. L' interaction eIF4E/eIF4G est une étape clé de la régulation traductionnelle, faisant du site de liaison à eIF4E un lieu de compétition entre eIF4G, le répresseur général de la traduction 4E-BP et d'autres régulateurs appelés 4E-IPs (4E-interacting partners), qui partagent avec eIF4G un motif consensus de liaison à eIF4E. Longtemps considérée comme une protéine désordonnée, nous avons montré au cours de cette thèse que 4E-BP adopte en réalité une conformation repliée lorsqu'il se lie à eIF4E, impliquant une surface d'interaction plus importante. Ces résultats ont apporté un nouveau regard sur les interactions qui s'établissent entre eIF4E et ses partenaires, et ont fourni des informations cruciales pour l'établissement de nouvelles thérapies, notamment celles développées dans le cadre des cancers. Mon travail de thèse a également permis l'établissement d'un criblage de nouvelles 4E-IPs, basé sur une approche alliant analyses structurales, bioinformatiques et biochimiques. Parmi les 4E-IPs détectées, nous avons caractérisé la protéine Angel1, membre d'une famille de déadénylases. Ces résultats ont ouvert de nombreuses perspectives pour la compréhension du métabolisme des ARNm mais aussi celle des régulations traductionnelles spécifiques prenant pour cible moléculaire eIF4E

L'ETUDE DES LINEATIONS D'ALLONGEMENT DES NAPPES-PLIS DE LA MONTAGNE NOIRE PRESENTE DEUX GROUPES D'ORIENTATION DISTINCTS. L'INTENSITE DE LA DEFORMATION AUGMENTE PRES DE LA ZONE AXIOLE. DE NOMBREUX CRITERES DE DEFORMATION NON COAXIALE SONT OBSERVES. LES ROTATIONS INDIQUENT UN CISAILLEMENT SEMESTRE, DANS CERTAINS PLUS LE SENS DE CISAILLEMENT S'INVERSE. LE PLISSEMENT EST SOIT TARDIF, SOIT CONTEMPORAIN DANS UNE DEFORMATION PROGRESSIVE ASSOCIANT UNE CONSTRICTION N-S A UN CISAILLEMENT. DEUX INTERPRETATIONS SONT ALORS POSSIBLE: OU LA LINEATION RESULTE D'UNE REORIENTATION LIEE A UNE SURRECTION OBLIQUE DE LA ZONE AXIALE POSTERIEUREMENT A LA MISE EN PLACE DES NAPPES OU ELLE REFLETE LA DIRECTION ET LE SENS DE TRANSLATION PRIMORDIAUX DES NAPPES

Orientations préférentielles des minéraux dans les différents faciès lherzolites, pyroxenolites, analyses chimiques des roches et des minéraux, analyses à la microsonde des mineraux. Examen des différents problèmes: histoire des rubanements pyroxénolitiques, processus de fusion partielle donnant naissance au gabbros et aux reliquats dunitiques, mécanisme de la déformation plastique dans les péridotites, mode d'intrusion du Massif de Lanzo dans le contexte alpin.

Les péridotites en enclaves dans les kimberlites sont classées en sept types structuraux qui constituent trois grands groupes: structures à gros grain (équante et tabulaire), structures de tectonite (porphyroclastique, en mosaïque et en mosaïque fluidale) et enfin structures secondaires (tabulaires et à gros grain), qui correspondent à différents états du manteau supérieur. Cette classification est fondée essentiellement sur l'olivine qui est le minéral le plus abondant, le plus ductile et le mieux connu du manteau supérieur. On compare les cortèges d'enclaves des différents pipes kimberlitiques entre eux, puis les xénolites des kimberlites avec ceux des basaltes: il en résulte que les structures de tectonites des premiers correspondent à des taux de déformation et des contraintes plus élevés que les structures des seconds.

Dans cette recherche, nous explorons la pertinence des méthodes de forage de texte pour l'étude des représentations sociales diffusées dans un corpus de presse. Nous nous questionnons à savoir si les méthodes de forage de textes permettent d'atteindre les trois niveaux d'analyse d'une méthode générale d'étude des représentations sociales. Nous émettons l'hypothèse que c'est effectivement le cas, mais seulement dans la mesure où des choix d'opérationnalisation spécifiques sont faits pour certaines étapes et opérations impliquées dans une chaîne de forage de texte. Pour évaluer cette hypothèse, nous articulons notre démarche autour de quatre (4) objectifs. Premièrement, nous présentons le cadre théorique des représentations sociales en insistant sur quatre concepts principaux: ceux de consonance sociocognitive, d'ancrage, d'objectivation et d'architecture. Deuxièmement, nous présentons le cadre méthodologique du forage de texte sous la forme d'une chaîne de traitement composée de six étapes: préparation du corpus, segmentation, indexation, vectorisation, réduction dimensionnelle de la matrice et classification automatique. Troisièmement, nous menons une analyse critique des apports du forage de texte jusqu'à maintenant dans le domaine d'étude des représentations sociales, en soulignant notamment plusieurs limites dans les choix d'opérationnalisation du logiciel principalement utilisé par les psychosociologues. Finalement, nous menons une expérimentation sur différents choix d'opérationnalisation de forage de texte, mieux adaptés à la théorie des représentations sociales. Nous développons deux techniques d'analyse des structures des représentations sociales, l'une basée sur une modélisation en termes de réseau cognitif de proximité sémantique, l'autre basée sur une modélisation en termes de réseau sociocognitif. Les résultats de l'expérimentation sont illustrés à partir d'une étude de cas: la représentation sociale des accommodements raisonnables dans trois journaux québécois. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Représentation sociale, Analyse de textes assistée par ordinateur, Analyse de réseaux, Méthodologie, Accommodements raisonnables.