La zone transfrontalière entre la Thaïlande et le Myanmar (ZTTM) est une zone d'endémicité palustre où l'intensité de la transmission est faible, saisonnière et instable. Par conséquent, le paludisme est symptomatique dans toutes les classe d'âge et responsable d'une mobi-mortalité élevée, en particulier chez les femmes enceintes et les enfants. Les résistances de Plasmodium falciparum aux médicaments antipaludiques constituent le principal obstacle à la lutte contre le paludisme dans la région. L'apparition de souches de P. falciparum résistantes aux derniers médicaments encore efficaces (notamment les résistances à l'artémisinine) est particulièrement inquiétante car elle menace les acquis fragiles toutefois très importants en terme de contrôle du paludisme (dans la ZTTM, l'incidence du paludisme a été divisée par 20 au cours des trente dernières années passant 2 cas/personne/an dans le milieu des années 1980 à <0.1 cas/personne/an après 2010). L'objectif principal de cette thèse est de d'évaluer l'impact d'une stratégie d'élimination de P. falciparum basée sur des moyens médicamenteux (accès universel au diagnostic et traitement précoce et élimination du réservoir asymtpomatique, généralement sous-microscopique, par le traitement de masse)sur les indicateurs entomologiques de la transmission du paludisme. Les objectifs secondaires sont multiples et visent à mieux décrire et comprendre les modalités et la dynamique de la transmission du paludisme. / The Thai-Myanmar border is an area of low, seasonal and unstable malaria transmission. Consequently, the infection is symptomatic in all age groups and malaria morbidity and mortality is high especially in pregnant women and children.Antimalarial drug resistances in Plasmodium falciparum constitute the main obstacle to tackle malaria in this area. In the absence of alternative antimalarial drugs, the development of artemisinin resistance in Plasmodium falciparum is a major threat to global public health as it could impair the important yet labile progress made to reduce malaria endemicity (on the TMB, malaria incidence drastically decrease from 2 cases / person / year in 1980 to 0.1 cases / person / year after 2010. The primary objective of this work is to evaluate the impact of antimalarial-based elimination strategy relying on universal coverage with early diagnosis and treatment and elimination of malaria transmission hotspots (villages were the prevalence of asymptomatic infection, usually submicroscopic)with mass drig administration. Secondary objectives aim at describing and understanding the modalities and dynamic of malaria transmission in the studied area.

Le syndrome fébrile, une des principales causes de consultation dans les services de pédiatrie en Afrique Subsaharienne, reste dans la majorité des cas liée à une maladie infectieuse (parasitaire, virale, bactérienne). Dans cette thèse, nous avons identifié les agents infectieux non bactériens responsables de la survenue des fièvres chez l'enfant afin de développer des outils moléculaires permettant l'amélioration de la surveillance épidémiologique. Pour ce faire, ce travail est divisé en 2 parties essentielles. Dans la première partie une étude transversale a été réalisée pour analyser l'infection plasmodiale dans une population d'adultes et d'enfants fébriles par microscopie et PCR.Dans la deuxième partie une autre enquête transversale a été conduite pour déterminer les principales causes étiologiques des fièvres non bactériennes chez l'enfant. Sur 203 enfants recrutés, 111 ont été diagnostiqués positifs à P. falciparum, par microscopie et par PCR (ISM). Concomitamment, des cas cliniques d'oreillons et de rougeole ont été observés respectivement sur les 203 enfants fébriles. Le génome complet de la souche responsable d'oreillons a été séquencé et compte 15263 nucléotides. Enfin, le virus responsable de la rougeole a été détecté par PCR et le génotypage a révélé que cette souche était celle qui était responsable de l'épidémie de Libreville.En conclusion, le syndrome fébrile chez l'enfant à Franceville est essentiellement dû aux infections à P. falciparum et Paramyxovirus. Ces résultats montrent que les infections submicroscopiques (ISM)à P. falciparum peuvent non seulement servir de réservoir mais aussi initier une symptomatologie sévère chez l'enfant. / Febrile syndrome, the main cause of consultation in pediatric wards from Sub-Saharan Africa remains in great majority associated with infectious diseases (parasites, viruses, bacteria). In this thesis, we identified the infectious agents associated with childhood fever in order to develop suitable molecular tools allowing the epidemiological surveillance. This work is divided into two main parts. Firstly, we analyzed the prevalence of Plasmodium infection in febrile patients (children and adults) by combined microscopy and PCR to determine the rate of P. falciparum submicroscopic infection (SMI).Secondly, another cross-sectional survey was conducted at pediatric ward of HASG in which the main etiological causes of febrile illness in children were investigated. Of 203 children recruited, 111 were diagnosed positive for P. falciparum by microscopy and PCR (SMI). Concomitantly, clinical cases of Mumps and Measles viruses were diagnosed respectively. The whole genome of mump virus strain isolated has been sequenced and composed of 15,263 nucléotides. Finally, Measles virus has been diagnosed by PCR and genetic analysis revealed that this strain associated with the outbreak of Libreville. In conclusion, febrile syndrome in childhood at Franceville is essentially caused by P. falciparum and Paramyxovirus infections. These results show that submicroscopic infection of P. falciparum can serve as a reservoir and also able to initiate a severe symptomatology in children.