Submitted by Erika Demachki (erikademachki@gmail.com) on 2014-10-30T16:51:52Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Marcelo Cazarotto Brombilla - 2013.pdf: 17510196 bytes, checksum: 4af51346be135db0fd653afe831b30a0 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2014-10-31T09:51:20Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Marcelo Cazarotto Brombilla - 2013.pdf: 17510196 bytes, checksum: 4af51346be135db0fd653afe831b30a0 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-10-31T09:51:20Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Marcelo Cazarotto Brombilla - 2013.pdf: 17510196 bytes, checksum: 4af51346be135db0fd653afe831b30a0 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2013-04-26 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / This research deals with the realization of a transcription for solo guitar of the RV 199 concerto by Antonio Vivaldi, according to the procedures used by J. S. Bach in his transcription of RV 299, which resulted in the harpsichord concerto BWV 973. We carried out a comparative analysis of Vivaldi’s original RV 299 with the transcription of Bach’s BWV 973; these procedures were applied to a transcription for solo guitar of RV 199, and presented in two ways, a version in two staves and a final version for performance. / A presente pesquisa trata da realização de uma transcrição para violão solo do concerto RV 199 de Antonio Vivaldi, segundo os procedimentos utilizados por J. S. Bach na transcrição do concerto RV 299, que resultou no concerto para cravo BWV 973. Procedeu-se uma análise comparativa do original de Vivaldi RV 299 com a transcrição de Bach BWV 973; estes procedimentos foram aplicados na transcrição para violão solo do concerto RV 199 que foi apresentada em duas maneiras, a saber, uma versão em duas pautas e uma versão final de performance em uma pauta.

Para compreensão da biologia dos tumores adrenocorticais são utilizados marcadores moleculares que em geral são genes reguladores do ciclo celular. AP-1 é um fator dimérico composto principalmente pelas proteínas JUN (JUN, JUNB e JUND) e FOS. Nesse projeto tivemos como hipótese que as proteínas da família JUN, se correlacionam com proteínas reguladoras do ciclo celular em tumores adrenocorticais, e poderiam ser utilizados no diagnóstico e prognóstico desse tipo de tumor. O objetivo foi analisar o padrão de expressão gênica e proteica (PCR e Immunobloting). A análise por PCR Array em culturas de células de tumores adrenais, mostrou que os genes da família JUN e o gene FOS estão pouco expressos nessas culturas, o que foi confirmado em ensaios de qPCR. Não foi possível determinar um padrão de expressão que diferenciasse os tipos de culturas celulares estudados, ou mesmo tumores adultos e pediátricos. Os tratamentos com ACTH aumentam a expressão da proteina JUN e JUNB, e podem ter certa importância em tumores responsivos à esse hormônio, que merecem análises futuras. / In order to have a better comprehension of adrenocortical tumor biology, molecular markers are utillized because they are in general cell cycle regulators. AP-1 is a dimeric factor, compound mainly by JUN (JUN, JUNB, JUND) and FOS proteins. In the present study, our hypothesis is that JUN proteins are correlated with others cell cycle regulatory proteins and could be utilized as a prognose and diagnostic predictor for adrenocortical tumors. To confirm our hypothesi the aim was genic and protein profile analyzes (PCR and Immunobloting). The PCR Array analysis showed that JUN and FOS gene expression were down regulated in these adrenocortical tumors cells which were confirmed through qPCR analysis. The genes expression analysis wasn´t able to stablish a standard of expression between the studied cell cultures or even between adults and pediatric tumors. The ACTH treatments increased JUN and JUNB proteins that may have some significance in responsive tumors to this hormone, and deserve further analysis.

O perfil de ativação do NF-B foi avaliado em biópsias de 47 pacientes com diagnóstico clínico e laboratorial de hanseníase, seguidos no Ambulatório de Hanseníase do Centro de Referência Nacional em Dermatologia Tropical com Ênfase em Hanseníase do Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto Universidade de São Paulo. O índice de ativação NF-B foi calculado de acordo com a porcentagem de positividade na histoquímica Southwestern. Índice de ativação NF-B >1 foi considerado representativo de ativação. Trinta e seis por cento dos pacientes apresentaram NF-B ativado na biópsia, o que foi mais frequente em multibacilares (54,6%) que em paucibacilares (20%), p=0,018. Hanseníase tuberculóide esteve associada com ausência de NF-B ativado (p=0,039). Forma dimorfa e neural pura estiveram associadas com ativação de NF-B, com odds ratio de 44 (p=0,014) e 30 (p=0,029), respectivamente. A ativação correlacionou-se com detecção in situ de fator de necrose tumoral por imuno-histoquímica (p=0,0064). Observou-se grande variação da ativação do NF-B nas formas clínicas de hanseníase. Ativação foi nula em granulomas de hanseníase tuberculóide, que representa a reação inflamatória mais efetiva contra o M. leprae. A ativação do NF-B ocorreu predominantemente em formas clínicas com maior suscetibilidade (multibacilares) e instabilidade imunológica (dimorfa), indicando condição favorável à infecção pela ativação do NF-B, por seus efeitos antiapoptóticos, visto que o bacilo depende das funções celulares para sobreviver. / NF-B activation profile was evaluated in cutaneous biopsies from 47 patients with clinical and laboratorial diagnosis of leprosy followed at a referral center for treatment of leprosy, the leprosy outpatient clinic of the Hospital of Clinics of Faculty of Medicine of Ribeirão Preto University of São Paulo. NF-B activation index (ranging from 0 to 4) was calculated according to the percentage of positivity in Southwestern histochemistry. Activation index >1 was considered representative of activation. Thirty-six percent of patients presented activated NF-B, which was more frequent in multibacillary (54,6%) than in paucibacillary (20%), p=.018. Tuberculoid leprosy was associated with absence of activated NF-B (p=.039). Borderline and pure neural leprosy clinical forms were associated with NF-B activation, with odds ratio of 44 (p=.014) and 30 (p=.029), respectively. NF-B activation was correlated with in situ detection of tumor necrosis factor- by immunohistochemistry (p=.0064). Great variation of NF-B activation was found in clinical forms of leprosy. Activation was absent in tuberculoid leprosys granulomas, which represent effective inflammatory reaction pattern against M. leprae. NF-B activation was present in clinical forms with increased susceptibility (multibacillary) and immunological instability (borderline), which suggests favorable conditions towards infection, probably due to the anti-apoptotic effects of NF-B, since bacillary survival is dependent of cellular functions.

Made available in DSpace on 2015-04-11T14:03:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Gretchen Torres de Macedo.pdf: 2254096 bytes, checksum: a92696f086cab0a30ffe0ff73682aa0f (MD5) Previous issue date: 2007-05-14 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Ontologies have been built and used in a variety of applications as a form of knowledge representation that is meant for software systems, or agents, as well as for human users. In relation to ontologies, conceptual maps are a more informal, simple and, thus, accessible form of knowledge representation. However, the freedom enjoyed in defining concepts and their links makes it dificult to directly draw formal representations from conceptual maps. This work presents a transcription process that is able to transform conceptual maps into ontologies specified in OWL (Web Ontology Language). In this way, the ease of construction of conceptual maps can be taken advantage of to alleviate the knowledge acquisition bottleneck that is inherent in ontology engineering. The translation process consists of two main stages: translation and merging. In the translation stage a group of conceptual maps about the same knowledge domain is transformed into a set of preliminary ontologies by mens of a translator module software. In the merging stage, ontology merging techniques are applied to the set of preliminary ontologies so as to yield a single unified ontology. This phase has been achieved by means of an available merging tool. Experiments for building conceptual maps have also been done and submited to the two phases of the translation process, in order to evaluate it. / Ontologias têm sido construídas e utilizadas em diversas aplicações como um modelo de representação de conhecimento compartilhável entre agentes de software e usuários. Mapas conceituais, por sua vez, são um modelo de representação do conhecimento que, em relação às ontologias, é informal, menos complexo e, portanto, de fácil elaboração. Entretanto, a liberdade permitida na definição de conceitos e relações nos mapas dificulta a transcrição direta desses modelos em representações formais que possam ser utilizadas em aplicações baseadas em conhecimento. Este trabalho apresenta um processo de transcrição de mapas conceituais em ontologias especificadas em OWL (Web Ontology Language), tornando possível o aproveitamento da facilidade de elaboração oferecida por mapas conceituais no processo de construção de ontologias de domínio. O processo de transcrição consiste de duas etapas principais: tradução e mesclagem. A etapa de tradução consiste na obtenção de ontologias intermediárias a partir de um conjunto de mapas conceituais tendo sido realizada mediante o desenvolvimento de uma ferramenta de software. A etapa de mesclagem, responsável por unificar as ontologias intermediárias obtidas na primeira etapa, foi realizada através da utilização de uma ferramenta de mesclagem existente. Foram ainda realizadas experiências de produção de mapas conceituais, os quais foram submetidos às ferramentas mencionadas, de forma a avaliar o processo apresentado.

Submitted by Miriam Lucas (miriam.lucas@unioeste.br) on 2018-02-22T14:55:33Z No. of bitstreams: 2 Thiago_Ferreira_ Toledo_2017.pdf: 4330728 bytes, checksum: 73f5158965bc4e02f9124a14dff04241 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2018-02-22T14:55:33Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Thiago_Ferreira_ Toledo_2017.pdf: 4330728 bytes, checksum: 73f5158965bc4e02f9124a14dff04241 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2017-08-18 / The overall purpose of automatic speech recognition systems is to allow the interaction between humans and electronic devices through speech, for example, the content captured from user's speech using a microphone, can be converted into textual transcription. In general, such systems should be able to overcome adversities such as noise influence, communication channel variability, age, accent and speed of speech, concurrent speech from other speakers and spontaneous speech. Even with this challenging scenario, this work aims to investigate this technology to be employed in the medical field. The research was carried out through a systematic review for the scientific basis of concepts and identification of relevant research studies. To validate the feasibility of using these systems in the medical field, a Web System Prototype was developed to generate medical reports through automatic speech recognition for the Brazilian Portuguese Language. The prototype was developed with the application of Delivery in Stage technique, from Software Engineering. The selection of the automatic speech recognition technology to be integrated to the prototype was based on an evaluation of the accuracy rate of seven systems for the Brazilian Portuguese Language. The development of this work allowed to conclude that these systems of automatic speech recognition can be used in the medical environment, providing support not only for making medical reports, but also acting as a monitoring record during a medical procedure. / O propósito geral de sistemas de reconhecimento automático de fala é o de permitir a interação de seres humanos com dispositivos eletrônicos por meio da fala, por exemplo, a partir da fala do usuário, captada por um microfone, o seu conteúdo pode ser convertido em transcrição textual. Em geral, tais sistemas devem ser capazes de enfrentar adversidades como influência de ruídos, variabilidade do canal de comunicação, idade, sotaque e velocidade da fala, fala concorrente de outros oradores e fala espontânea. Mesmo diante desse cenário desafiador, este trabalho possui como propósito investigar essa tecnologia para ser empregada no âmbito médico. A investigação foi realizada por meio de uma revisão sistemática para o embasamento científico de conceitos e identificação de pesquisas relevantes. Para validar a viabilidade do uso desses sistemas na área médica, foi desenvolvido um Protótipo de Sistema Web com finalidade de gerar laudos médicos por meio do reconhecimento automático de fala para a Língua Portuguesa do Brasil. O protótipo foi desenvolvido com a técnica Entrega em Estágio, presente em Engenharia de Software. A seleção da tecnologia de reconhecimento automático de fala para ser integrada ao protótipo, foi baseada em uma avaliação da taxa de precisão de sete sistemas para a Língua Portuguesa do Brasil. O desenvolvimento desse trabalho permitiu concluir que esses sistemas de reconhecimento automático de fala podem ser empregados no ambiente médico, provendo suporte, não somente à confecção de laudos médicos, mas também atuando como um registro de monitoria durante um procedimento médico.

As mitocôndrias desempenham um papel fundamental na sobrevivência e morte celular. Alterações do DNA mitocondrial (DNAmt) - como, por exemplo, amplificação, mutação homoplásmica, deleção e depleção -, bem como suas implicações clínico-patológicas, tem sido analisadas em inúmeras neoplasias humanas. No intuito de se pesquisar alterações mitocondriais associadas à tumorigênese, o presente trabalho teve como objetivos analisar a expressão de genes implicados no metabolismo energético e envolvidos na replicação e transcrição mitocondriais, quantificar o número de organelas mitocondriais e de cópias de DNAmt e analisar a expressão dos genes em astrocitomas de diferentes graus de malignidade (23 OMS grau I, 26 grau II, 18 grau III e 84 grau IV ou GBM) em relação ao tecido cerebral não tumoral (22 amostras). As expressões relativas dos genes selecionados, bem como as quantificações relativa e absoluta do DNA mitocondrial, foram realizadas por PCR em tempo real. O aumento de expressão relativa de genes-chave da via glicolítica, alterações nos níveis de expressão dos genes do ciclo dos ácidos tricarboxílicos e hipoexpressão de genes da fosforilação oxidativa detectados corroboraram o efeito Warburg. Foi demonstrado que a redução do número de cópias do DNAmt está associada com o grau de malignidade dos astrocitomas difusamente infiltrativos, sendo GBM o mais depletado e independente do número de organelas. As médias observadas para tecido não tumoral, astrocitoma grau I, grau II, grau III e GBM foram, respectivamente, 1,28, 0,26, 0,45, 0,42 e 0,17. Níveis aumentados de expressão relativa dos genes dos fatores de transcrição mitocondriais A (TFAM), B1 (TFB1M), B2 (TFB2M) e da subunidade catalítica da polimerase mitocondrial (POLG) foram detectados em todos os graus de astrocitomas, exceto TFB2M em astrocitoma grau II. Embora exista forte correlação entre os fatores de transcrição mitocondriais, somente os níveis de expressão de POLG se correlacionaram inversamente com o número de cópias de DNAmt. A expressão elevada de TFAM está associada a uma maior sobrevida no grupo de pacientes com GBM, interpretada como compensatório. As hiperexpressões de TFAM e POLG estão relacionadas a um melhor prognóstico em pacientes com GBM. Embora nossos achados da disfunção do metabolismo intermediário e depleção do DNAmt em astrocitomas corroborem a literatura, ainda não está bem esclarecida sua implicação na iniciação e manutenção da transformação maligna. Investigações futuras são necessárias para o esclarecimento destas questões. / Mitochondria has a key role in cell survival and death. Mitochondrial DNA (mtDNA) alterations, for example, amplification, homoplasmic mutation, deletion and depletion, and their clinical and pathological implications have been analyzed in human malignancies. In order to search for mitochondrial alterations associated to tumorigenesis, this study aimed to analyze the expression levels of genes involved in energetic metabolism, and in mitochondrial replication and transcription, to quantify the number of mitochondrial organelle and mtDNA copy number in astrocytomas of different grades of malignancy (23 WHO grade I, 26 grade II, 18 grade III and 84 grade IV or GBM) related to non-neoplastic brain tissue (22 samples). The relative expression level of the selected genes as well as the relative and absolute quantification of mtDNA were performed by real-time PCR. Relative expression increase of glycolytic pathway key genes, change of citric acid cycle genes and hipoexpression of oxidative phosphorylation genes were detected, and confirmed the presence of Warburg effect. The reduced mtDNA copy number was associated to the grade of malignancy of diffusely infiltrating astrocytoma, being GBM the most depleted, and not related to parallel decrease in the number of organelle. The mean mtDNA copy number for non neoplastic tissue, astrocytoma grade I, grade II, grade III and GBM were respectively 1.28, 0.26, 0.45, 0.42 and 0.17. The increased relative gene expression of mitochondrial transcription factor A (TFAM), B1 (TFB1M), B2 (TFB2M) and the catalytic subunit of mitochondrial polymerase (POLG) were observed in all grades of astrocytoma, except TFB2M in grade II astrocytoma. Although a strong correlation was observed among the mitochondrial transcription factors, only the expression level of POLG correlated inversely to the mtDNA copy number. The overexpression of TFAM was associated with long-term survival in the GBM patients and interpreted as compensatory. TFAM and POLG overexpressions were related to better prognosis in GBM patients. Although our findings concerning the impairment of intermediary metabolism and depletion of mtDNA in astrocytomas confirmed previous reports, their role in initiation or maintenance of malignant transformation were not fully understood. Further investigations are needed to clarify these issues.

Um conjunto de quadros clínicos conhecidos genericamente por Leishmaniose, que representa um sério problema de Saúde Pública, tem como agentes etiológicos protozoários do gênero Leishmania. Em seu ciclo de vida, o parasita apresenta dois hospedeiros, um vertebrado e um invertebrado. O gênero Leishmania é dividido em dois subgêneros: Leishmania (Leishmania) e LeishmaniaViannia), de acordo com a posição ocupada pela forma promastigota no tubo digestivo do hospedeiro invertebrado. Genes que codificam RNA ribossômico são exclusivamente transcritos pela RNA polimerase I. A região promotora dessa polimerase é conhecida como espécie-específica. Estudos anteriores, baseados em ensaios de expressão transiente com construções nas quais a expressão do gene repórter CAT era dirigido por diferentes regiões do promotor mostraram que em Leishmania há um reconhecimento espécie-específico, mas que espécies filogeneticamente relacionadas reconhecem melhor o promotor do que a espécie homóloga. A caracterização estrutural da região promotora de RNA pol I de L. (V.) braziliensis possibilitou mapear o sítio de início de transcrição e definir a provável região promotora de RNA pol I desse organismo. Quando comparamos o 5´ ETS da região estudada, com a região correspondente das demais espécies do subgênero L. (Leishmania), notamos uma alta similaridade tanto no tamanho, quanto na seqüência de nucleotídeos. Já na região IGS os blocos de repetição apresentam tamanho similar, porém seqüências distintas, assim como a seqüência à montante do ETS. Não foi determinado o número de blocos de repetição presente em cada cístron de L.(V.) braziliensis. Os estudos de ligação de fatores nucleares à região central do promotor mostraram que houve um reconhecimento diferencial dessa região entre a espécie homóloga L. (V.) braziliensis e as espécies heterólogas L. (V.) guyanensis, pertencente ao mesmo subgênero e L. (L.) amazonenis. Os complexos protéicos associados a essa região central apresentaram maior afinidade com a espécie heteróloga L. (V.) guyanensis. O fato de ser o ensaio de CAT trabalhoso e demorado levou à busca de outro repórter que evidenciasse a funcionalidade da região promotora ao mesmo tempo em que permitisse a quantificação dessa expressão, de modo a medir a força do promotor. Neste trabalho iniciamos a padronização para utilizar GFP como gene repórter no estudo da funcionalidade de promotores. Foi possível mostrar que a GFP é detectável em microscopia confocal e que as células que expressam GFP podem ser quantificadas em FACS, no entanto, essas detecções só foram possíveis em parasitas selecionados por uma marca de seleção, ou seja, numa transfecção estável. Assim, substituir o gene repórter CAT pelo gene GFP foi inadequado para os ensaios de transfecção transiente, impedindo que fosse medida a atividade da região promotora de L. (V.) braziliensis em diferentes espécies. / Leishmaniasis is the generic name of a serious public health problem that is caused by protozoa of the genus Leishmania. In its lifecycle, the parasite has two hosts, a vertebrate and an invertebrate. The genus Leishmania is divided into two subgenera: Leishmania (Leishmania) and Leishmania (Vianna), according to the position occupied by the promastigotes form at the gut of the invertebrate host. Genes that encode ribosomal RNA are exclusively transcribed by RNA polymerase I. The promoter region of the RNA polymerase I is known to present a species-specific recognition. Previous studies, based on transient expression assays with constructions in which the expression of the reporter gene CAT was directed by different regions of the promoter showed that RNA pol I promoter in Leishmania is species-specific, but in phylogenetically related species the expression of the reporter gene is higher than in the homologous species. The structural characterization of the promoter region of RNA pol I of L. (V.) braziliensis enabled to map the site of initiation of transcription and to define the promoter region of RNA pol I. The comparison of the determined 5\' region of the ETS region, with the corresponding region of other species of the subgenus L. (Leishmania), showed a high similarity both in size, as in the sequence of nucleotides. However, the IGS region and the repetitive blocks of nucleotides have similar size but different sequences. The studies of binding of nuclear factors to the central region of the promoter showed that there was a recognition between the species counterpart L. (V.) braziliensis and the heterologous species L. (V.) guyanensis, belonging to the same subgenus and L. (L.) amazonensis, that belongs to another subgenus. The complex protein associated with this central region showed greater affinity with the heterologous species L. (V.) guyanensis. The fact that to quantify the CAT expression represents a laborious and time consuming test lead us to search for another reporter that could identified the functionality of the promoter region and at the same time allowed the quantification of expression in order to measure the strength of the promoter. In the present work, we began the standardization for the use of GFP gene as reporter in the study of the functionality of promoters. It was possible to show that GFP is detectable in confocal microscope and the cells that express GFP can be quantified in FACS, however, these findings were made possible only in parasites selected by the mark, ie in a stable transfection. So, the replacement of CAT by GFP reporter showed to be inadequate for testing promoters in transient transfection. This prevented the measure of the activity of the promoter region of L. (V.) braziliensis in different species.

Este trabalho tem como principal objetivo realizar um estudo das práticas de reelaboração musical relacionadas aqui como: transcrição, orquestração, redução, arranjo, adaptação e paráfrase, promovendo um resgate de sua valorização e estimulando sua expansão. Para isso, serão abordadas questões teóricas, históricas e estéticas acerca dessas práticas discutindo sua importância e utilização, buscando também um suporte teórico em outras áreas como a literatura. Além disso, serão feitas observações no sentido de perceber como se procedem estas práticas que são abordadas teoricamente, de maneira geral, como sinônimas, mas que na prática apontam para a possibilidade de existir procedimentos diferentes classificando os diversos termos em categorias distintas. O trabalho ainda traz como proposta, a realização de uma reelaboração, (orquestração do Choros 5 de H. Villa-Lobos) observando de que forma poderiam ser aplicados na prática os procedimentos observados anteriormente. / The main goal of this Doctoral Thesis is to carry out a study of different musical practices listed here as re-elaboration: Transcription, orchestration, reduction, arrangement, adaptation and paraphrase. As a secondary goal we aim at promoting the recovery of these practices and at encouraging their expansion. For this, we shall raise theoretical, histhorical and aesthetic issues about re-elaboration in music, discussing their importance and usage, seeking for theoretical support in other areas such as literature. Although such practices are often treated as synonyms, our research points to different procedures that can lead to their classification in specific categories. This work also bring the realization of re-elaboration, (the orchestration of, Heitor Villa-Lobos, Choros 5)in which we apply the theoretical procedures previously investigated.

O glioblastoma multiforme (GBM) é um dos tumores mais letais e a radioterapia permanece como um dos principais tratamentos. Novas estratégias são necessárias para coibir a resistência ao tratamento, como o silenciamento de fatores de transcrição (FTs). Nossa hipótese é a de que FTs associados a listas de genes diferencialmente expressos, os quais foram selecionados para linhagens de GBM irradiadas, ou comparando amostras de GBM à amostras de tecido cerebral, possam fornecer alvos moleculares que aumentariam a morte das células tumorais, quando silenciados. Foram analisadas a proliferação, morte e ciclo celular, além da formação e diferenciação de neuroesferas, utilizando, em quase todas as etapas, a citometria de fluxo. Os FTs HEB e E2F1, cujas funções principais estão relacionadas à neurogênese e proliferação celular, foram selecionados a partir das análises in silico de GBM irradiados ou não, ou de GBMs comparados a amostras de cérebro normal, respectivamente. Esses FTs encontram-se expressos em linhagens U87, astrócitos primários e neuroesferas provenientes das mesmas, analisadas por Western blot. O silenciamento de HEB e E2F1 na linhagem U87, de forma geral, reduziu a proliferação, induziu morte celular e diminuiu a porcentagem de células em G0/ G1, em pelo menos um dos tempos analisados (24, 48 e 72h) em relação ao grupo transfectado com a sequência scrambled. O silenciamento de HEB e E2F1 reduziu o número de neuroesferas quando comparadas às células transfectadas com a sequência scrambled. Possivelmente, a capacidade anti-proliferativa do silenciamento dos FTs HEB e E2F1 observada no cultivo em monocamada da U87, possam atuar na capacidade de formação de neuroesferas e, consequentemente, podem ter um papel na manutenção das células tronco do GBM. O silenciamento não alterou a radiorresistência da U87 cultivada em monocamada, com exceção dos efeitos do silenciamento de E2F1 em 24 h, em que houve radioproteção. A irradiação não reduziu o número de neuroesferas silenciadas para HEB em comparação ao grupo não irradiado, mas reduziu o número de células presentes nas neuroesferas, indicando uma possível atuação de HEB na resposta à irradiação em neuroesferas, fato este nunca antes descrito. O silenciamento de E2F1 não interferiu na resposta das neuroesferas à radiação. A expressão de CD133 avaliada oito dias após a dissociação das células silenciadas para E2F1 e HEB, cultivadas em meio de diferenciação, foram superiores ao do grupo scrambled, indicando uma possível diminuição na diferenciação celular. O silenciamento dos dois FTs não atuou na seleção positiva de CD133+ após a irradiação, como observado no grupo das neuroesferas transfectadas com a sequência scrambled e irradiadas, comparado às não irradiadas. Assim, E2F1 e HEB mostraram-se alvos interessantes no sentido de reduzir a proliferação, tanto em células U87 cultivadas em monocamada quanto em neuroesferas. / Glioblastoma multiforme (GBM) is one of the most lethal tumors, and radiation therapy remains one of the main treatments. New strategies are needed to suppress typical GBM treatment resistance and transcription factors (TFs) silencing seems to be a promising strategy. Our hypothesis is that TFs associated with lists of differentially expressed genes which were selected for irradiated compared to shamirradiated GBM cell lines, or GBM samples compared to brain tissue samples, could provide molecular targets that are supposed to increase tumor cell death when they are silenced. We analyzed proliferation, cell death and cell cycle progression, besides the formation and differentiation of neurospheres, using several analyses by flow cytometry. The TFs HEB and E2F1, whose primary functions are related to neurogenesis and cell proliferation, were selected from in silico analysis of GBM irradiated or sham-irradiated GBMs and GBM samples compared with normal brain samples, respectively. These TFs were found expressed in U87 GBM cell line, and primary astrocytes, as well as in neurospheres derivated from both, as analyzed by Western blot. Silencing of E2F1 and HEB in U87 cells, reduced proliferation, induced cell death and decreased the percentage of cells at G0/G1 (24, 48 or 72h) compared to the scrambled sequence transfected group. HEB and E2F1 silencing reduced the number of neurospheres when compared to cells transfected with scrambled sequence. Possibly, the anti-proliferative ability of silencing of HEB and E2F1 TFs observed in monolayer culture of U87, may act in neurospheres forming capacity and therefore may play a role in the maintenance of GBM stem cells. In our experiments, gene silencing did not alter the radio-resistance of U87 grown in monolayer. Irradiation did not reduce the number of neurospheres silenced for HEB compared to non-irradiated group, but reduced the number of cells present in neurospheres, indicating a possible role of HEB in response to ionizing irradiation in neurospheres, a fact that was not described yet. The silencing of E2F1 in neurospheres did not affect the response to irradiation. The expression of CD133, as assessed at eight days after the dissociation of cells silenced for E2F1 and HEB (cultured in differentiation culture media), was superior compared with the scrambled group, indicating a possible decrease in cell differentiation. The silencing of both TFs did not influence the positive selection of CD133 after irradiation, as observed in the group of neurospheres transfected with scrambled sequence, and irradiated compared to nonirradiated. Thus, E2F1 and HEB proved to be interesting targets for decreasing proliferation in both U87 cells grown as monolayer or neurospheres.

O patógeno Trichophyton rubrum é um fungo queratinofílico e o principal agente de micoses cutâneas humanas. O processo de degradação de substratos queratinizados por dermatófitos está relacionado com a alcalinização do ambiente, o que modula a expressão e a secreção de enzimas responsáveis pela captação e utilização dos nutrientes presentes no microambiente hospedeiro. Essa modulação do pH parece determinante para o sucesso do processo infeccioso, quando o fungo se depara com o pH ácido da pele humana. A hipótese deste trabalho foi verificar se há influência do pH e da fonte nutricional na modulação da expressão de genes de T. rubrum que codificam proteínas envolvidas nos processos de autofagia (atg8 e atg15), adesão celular (sowgp) e de alguns fatores de transcrição (pacC, bZIP/cys-3 e nuc-1), e se estes processos estão relacionados à patogenicidade deste dermatófito. De modo a avaliar a modulação da expressão destes genes na patogenicidade e sobrevivência fúngica, T. rubrum foi cultivado em meios de cultura tamponados (pH 5,0 e pH 8,0) e não tamponados, contendo glicose, glicina, glicose com glicina, ou queratina como fonte nutricional. Os genes envolvidos no processo de autofagia também foram avaliados na presença do inibidor de autofagia 3-metiladenina (3-MA). Além disso, o perfil transcricional destes genes de T. rubrum foi avaliado durante a interação ex vivo com unha e pele humana. As análises demonstraram a influência concomitante da fonte nutricional e do pH ambiente na modulação da expressão dos transcritos gênicos estudados nas diferentes linhagens de T. rubrum utilizadas neste trabalho (CBS, H6 e pacC-1). Nossos resultados revelaram que o crescimento destas linhagens é maior na fonte nutricional queratina, quando comparado com as outras fontes nutricionais (glicose e glicina), havendo uma diferença na taxa de crescimento entre as linhagens neste substrato preferencial. Os genes bZIP/cys-3 e nuc-1 apresentaram perfil de expressão semelhante, mais elevada durante cultivos longos, respondendo a condições de estresse nutricional e pH alcalino, sugerindo a participação dos mesmos nos processos de crescimento e sobrevivência do fungo. Além disso, mecanismos regulatórios diferentes destes genes devem ocorrer nas três linhagens de T. rubrum em relação ao crescimento na fonte nutricional queratina. A variação transcricional do gene pacC em resposta às diferentes fontes nutricionais sugere que sua expressão depende das condições nutricionais encontradas por esse fungo, sendo o pH uma resposta secundária. Nossos resultados sugerem ainda que a via de autofagia seja importante para o desenvolvimento e sobrevivência de T. rubrum nestes substratos, e que o FT PacC atue regulando um dos pontos deste processo, visto que o gene atg15 apresenta um perfil semelhante de expressão ao gene pacC, e o gene atg8 tem perfil antagônico de expressão nas linhagens H6 e pacC-1, nas condições avaliadas neste trabalho. 3-MA inibiu a transcrição dos genes atg8 e atg15 em T. rubrum de modo especifico, e por consequência a via de macroautofagia. Os dados de expressão de sowgp sugerem que essa molécula atue durante a privação nutricional e situações de estresse pelo dermatófito, provavelmente desempenhando seu papel na progressão e manutenção do processo infeccioso, permitindo a permanência do fungo em tecidos queratinizados, e auxiliando na fixação do fungo ao epitélio humano. Desta maneira, nossos resultados fornecem informações sobre os eventos moleculares envolvidos na regulação da expressão genica durante a adaptação de T. rubrum ao pH, à variação nutricional, e interação com células e moléculas do microambiente hospedeiro. Os resultados revelam o envolvimento do processo de autofagia e de moléculas de adesão no sensoriamento e resposta a variações ambientais, e a modulação dos fatores de transcrição bZIP/Cys-3, Nuc-1 e PacC durante a adaptação de T. rubrum ao pH e à fonte nutricional podem ser importantes na regulação de moléculas necessárias para sua patogenicidade. / The pathogen Trichophyton rubrum is a keratinophylic fungi and the major agent of cutaneous mycosis in humans. The process of degradation of keratinized substrates by dermatophytes is related with environment alkalinization, which modulates the expression and secretion of the enzymes responsible for the acquisition and utilization of nutrients from the host microenvironment. This pH modulation seems to be determinant for the success of the infectious process when the fungus encounters the acidic pH of the human skin. The hypothesis of this study was to determine whether there is influence of ambient pH and nutritional source in the modulation of gene expression of T. rubrum genes coding for proteins involved in the processes of autophagy (atg8 and atg15), cellular adhesion (sowgp) and some transcription factors (pacC, bZIP/cys-3 and nuc-1), and if they are related with the pathogenicity of this dermatophyte. To evaluate the modulation of the expression of these genes in fungal pathogenicity and survival, T. rubrum was cultivated in buffered (pH 5.0 and pH8.0) or non-buffered media, containing glucose, glycine, glucose and glycine, or keratin as nutrient source. The autophagy-related genes were also analyzed in the presence of 3- methyladenine (3-MA) autophagy inhibitor. Moreover, the transcriptional profile of these genes was evaluated during T. rubrum ex vivo interaction with human nail and skin. The analyses demonstrate the simultaneous influence of the nutritional source and environment pH in the modulation of gene transcription in the different T. rubrum strains evaluated here (CBS, H6 and pacC-1). Our results revealed that growth of these strains is higher in keratin source, compared with other nutrient sources (glucose or glycine), and that they present different growth rates in this preferential substrate. The genes bZIP/cys-3 and nuc-1 presented a similar expression profile, which is higher during longer periods of growth, responding to nutritional stress and alkaline pH, suggesting their involvement in fungal growth and survival. Also, different regulatory mechanisms of these genes in these three T. rubrum strains might be implicated during keratin degradation. The transcriptional variation in the pacC gene in response to different nutritional sources, suggests that its expression is dependent on the nutritional conditions, being the ambient pH a secondary response. Furthermore, our results indicate that the autophagy pathway is important for T. rubrum survival and development during nutrient and pH adaptation, and that PacC might regulates some points of this process, since atg15 and pacC genes presented a similar expression profile, and atg8 has antagonistic expression profiles in the H6 and pacC-1 strains, in the conditions evaluated here. 3-MA inhibited the transcription of atg8 and atg15 T. rubrum genes in a specific manner, and thus inhibited the macroautophagy process. The expression profile of the sowgp gene suggests that this molecule is important during nutrient starvation and stress situation, probably having a role in the progression and maintenance of the infectious process, allowing fungal maintenance in the host keratinized tissues, contributing to fungal adherence to human epithelia. Taken together, our results provide insights into the molecular events involved in the regulation of gene expression during T. rubrum adaptation to pH, nutritional variation and interaction with the host cells and molecules. Our data reveals the involvement of the autophagy process and adhesion molecules in sensing and response of environmental changes, and the modulation of the bZIP/Cys-3, Nuc-1 and PacC transcription factors during T. rubrum adaptation to pH and nutrient source might be important in the regulation of molecules required for its pathogenicity.