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Modulação da diferenciação neural de células tronco embrionárias por transientes de cálcio intracelulares: papéis dos receptores purinérgicos e de canais de cálcio voltagem-dependentes / Modulation of neural embryonic stem cell differentiation by intracellular Ca2+ oscillations. Roles of purinergic receptors and voltage gated Ca2+ channelsGlaser, Talita 24 November 2015 (has links)
Receptores purinérgicos e canais de cálcio voltagem-dependentes estão envolvidos em diversos processos biológicos como na gastrulação, durante o desenvolvimento embrionário, e na diferenciação neural. Quando ativados, canais de cálcio voltagem-dependentes e receptores purinérgicos do tipo P2, ativados por nucleotídeos, desencadeiam transientes de cálcio intracelulares controlando diversos processos biológicos. Neste trabalho, nós estudamos a participação de canais de cálcio voltagem-dependentes e receptores do tipo P2 na geração de transientes de cálcio espontâneos e sua regulação na expressão de fatores de transcrição relacionados com a neurogênese utilizando como modelo células tronco (CTE) induzidas à diferenciação em células tronco neurais (NSC) com ácido retinóico. Descrevemos que CTE indiferenciadas podem ter a proliferação acelerada pela ativação de receptores P2X7, enquanto que a expressão e a atividade desse receptor precisam ser inibidas para o progresso da diferenciação em neuroblasto. Além disso, ao longo da diferenciação neural, por análise em tempo real dos níveis de cálcio intracelular livre identificamos 3 padrões de oscilações espontâneas de cálcio (onda, pico e unique), e mostramos que ondas e picos tiveram a frequência e amplitude aumentadas conforme o andamento da diferenciação. Células tratadas com o inibidor do receptor de inositol 1,4,5-trifosfato (IP3R), Xestospongin C, apresentaram picos mas não ondas, indicando que ondas dependem exclusivamente de cálcio oriundo do retículo endoplasmático pela ativação de IP3R. NSC de telencéfalo de embrião de camundongos transgênicos ou pré-diferenciadas de CTE tratadas com Bz-ATP, o agonista do receptor P2X7, e com 2SUTP, agonista de P2Y2 e P2Y4, aumentaram a frequência e a amplitude das oscilações espontâneas de cálcio do tipo pico. Dados, obtidos por microscopia de luminescência, da expressão em tempo real de gene repórter luciferase fusionado à Mash1 e Ngn2 revelou que a ativação dos receptores P2Y2/P2Y4 aumentou a expressão estável de Mash1 enquanto que ativação do receptor P2X7 levou ao aumento de Ngn2. Além disso, células na presença do quelante de cálcio extracelular (EGTA) ou do depletor dos estoques intracelulares de cálcio do retículo endoplasmático (thapsigargin) apresentaram redução na expressão de Mash1 e Ngn2, indicando que ambos são regulados pela sinalização de cálcio. A investigação dos canais de cálcio voltagem-dependentes demonstrou que o influxo de cálcio gerado por despolarização da membrana de NSC diferenciadas de CTE é decorrente da ativação de canais de cálcio voltagem-dependentes do tipo L. Além disso, esse influxo pode controlar o destino celular por estabilizar expressão de Mash1 e induzir a diferenciação neuronal por fosforilação e translocação do fator de transcrição CREB. Esses dados sugerem que os receptores P2X7, P2Y2, P2Y4 e canais de cálcio voltagem-dependentes do tipo L podem modular as oscilações espontâneas de cálcio durante a diferenciação neural e consequentemente alteram o padrão de expressão de Mash1 e Ngn2 favorecendo a decisão do destino celular neuronal. / Purinergic receptors and voltage gated Ca2+ channels have been attributed with developmental functions including gastrulation and neural differentiation. Upon activation, nucleotide-activated P2 purinergic receptor and voltage-gated Ca2+ channel subtypes trigger intracellular calcium transients controlling cellular processes. Here, we studied the participation of voltage-gated calcium channels and P2 receptor activity in spontaneous calcium transients and consequent regulation expression of transcription factors related to retinoic acid-induced neurogenesis of mouse neural stem and embryonic stem cells (ESC). In embryonic pluripotent stem cells, proliferation is accelerated by P2X7 receptor activation, while receptor expression / activity needs to be down-regulated for the progress of neuroblast differentiation. Moreover, along neural differentiation time lapse imaging with means of a cytosolic calcium-sensitive fluorescent probe provided different patterns of spontaneous calcium transients (waves and spikes) showing that both, frequency and amplitude increased along differentiation. Cells treated with the inositol 1,4,5-trisphosphate receptor (IP3R) inhibitor Xestospongin C showed spikes but not waves, indicating that waves exclusively depended on calcium release from endoplasmic reticulum by IP3R activation. Cells treated with the P2X7 receptor subtype agonist Bz-ATP and the P2Y2 and P2Y4 receptor 2-S-UTP increased frequency and amplitudes of calcium transients, mainly spikes, in embryonic telencephalon neural stem cells (NSC) and NSC pre-differentiated from ESC. Data obtained by luminescence time lapse imaging of stable transfected cells with Mash1 or Ngn2 promoter-protein fusion to luciferase reporter construct revealed increased Mash1 expression due to activation of P2Y2/P2Y4 receptor subtypes, while increased expression of Ngn2 was observed following P2X7 receptor activation. In addition, cells imaged in presence of the extracellular calcium chelator EGTA or following endoplasmic reticulum calcium store depletion by thapsigargin showed a decrease in Mash1 and Ngn2 expression, indicating that both are regulated by calcium signaling. Investigation of the roles of voltage gated Ca2+ channels in neural differentiation showed that Ca2+ influx in NSC pre-differentiated from ESC is due to membrane depolarization and L-type voltage gated Ca2+ channel activation, thereby controlling cell fate decision, by stabilizing the expression of MASH1 and inducing differentiation, by phosphorylation of the transcription factor CREB. Altogether these data suggest that P2X7, P2Y2, P2Y4 receptors and L-type voltage gated Ca2+ channels can modulate spontaneous calcium oscillations during neural differentiation and consequently change the Mash1 and Ngn2 expression patterns, thus favoring the cell fate decision to the neuronal phenotype.
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Análise da expressão de RNAs não-codificadores intrônicos em tumores de mama / Gene expression analysis of intronic non-coding RNAs in breast tumorsEgídio, Camila de Moura 05 August 2008 (has links)
O câncer de mama é o carcinoma que mais acomete mulheres no Brasil. Os tratamentos disponíveis são recomendados a partir da análise de fatores de prognóstico como a classificação pelo sistema TNM, tipo histológico, status de receptores hormonais e marcadores de proliferação tumoral. No entanto, a classificação dos tumores de mama é muito variável e o poder prognóstico dos marcadores tumorais atuais ainda é limitado, levando muitas pacientes à terapia adjuvante desnecessária. Portanto, novos métodos de prognóstico mais sensíveis são necessários para melhorar a tomada de decisão na clínica oncológica de pacientes com câncer de mama. Do ponto de vista de ciência básica, as modificações transcricionais associadas à oncogênese e progressão do câncer de mama ainda são pouco conhecidas. Além da alteração na expressão de genes codificadores para proteínas, evidências recentes sugerem que RNAs não-codificadores (ncRNAs) podem ter um papel importante na transformação maligna. Este projeto teve como principais objetivos: i) investigar a expressão de ncRNAs intrônicos em amostras de adenocarcinoma de mama e ii) identificar assinaturas de expressão gênica associadas a características anatomo-patológicas e clínicas de tumores de mama com potencial aplicação clínica. Para isso, foram comparados os perfis de expressão gênica de 58 amostras de tecido tumoral de mama, com seguimento clínico conhecido, utilizando uma plataforma de microarranjos de cDNA, enriquecida em ncRNAs provenientes de regiões intrônicas de genes humanos conhecidos. 9 Durante o projeto foram testadas diferentes metodologias para análise da expressão gênica utilizando microarranjos de cDNA com uma ou duas cores. O desenho experimental das hibridizações incluiu a co-hibridização de cada microarranjo com alvos fluorescentes representando o transcritoma da amostra de tumor juntamente com um oligonucleotídeo referência complementar a uma região presente em todas as sondas de cDNA (RefOligo). Este desenho experimental permitiu a avaliação de duas abordagens de análise da expressão gênica: a primeira baseada nas intensidades diretas de cada transcrito (One-Color) e a segunda baseada em razões de expressão onde a intensidade de cada transcrito foi normalizada pelo oligonucleotídeo referência (RefOligo). A utilização direta das intensidades se mostrou mais reprodutível e sensível para a detecção de assinaturas de expressão correlacionadas com características das amostras de mama, e essa abordagem foi escolhida para as análises subseqüentes. Os dados provenientes dos experimentos de microarranjos revelaram níveis de expressão ubíqüos dos transcritos intrônicos nas amostras analisadas, extendendo para o câncer de mama a relevância do estudo desta classe de ncRNAs. Além disso, foi identificada uma assinatura contendo 95 transcritos, correlacionada com o status de expressão do receptor de estrogênio (REr), dos quais cerca de 15% correspondem a ncRNAs. Utilizando apenas amostras com seguimento clínico superior a 4 anos, foi identificada uma assinatura com 113 transcritos, dos quais cerca de 30% são ncRNAs intrônicos, capaz de distinguir com 100% de acurácia pacientes que desenvolveram metástase daqueles que permaneceram livres da doença. Além de contribuir com novos candidatos a marcadores de prognóstico no câncer de mama, este estudo aponta para a participação de ncRNAs intrônicos em complexas redes transcricionais, possivelmente modulando a expressão de genes codificadores para proteínas. A caracterização detalhada da função de ncRNAs com expressão correlacionada a características fenotípicas e clínicas dos tumores de mama deverá fornecer novas informações sobre as bases moleculares da tumorigênese e progressão desta neoplasia. / Breast carcinoma is the most frequently occurring cancer amongst women in Brazil. The treatments available for breast cancer are prescribed based on the results of prognostic factors, such as the TNM classification system, histological type, hormonal receptor status and tumoral markers for cell proliferation. Nevertheless, breast cancer classification can be variable and inconsistent, and the prognosis power of tumoral markers is still limited, resulting in many patients unnecessarily undergoing adjuvant therapy. Therefore, there is an urge for new prognosis methods that are more sensitive, as well as accurate, in order to improve treatment decisions for breast cancer patients. From a basic science perspective, transcriptional modifications associated with oncogenesis and breast cancer progression are still poorly understood. Beyond alterations of the expression of protein-coding genes, recent evidences suggest that non-coding RNAs (ncRNAs) might have an important role in malignant transformation. The main goals of this project are: i) to investigate the expression of intronic ncRNAs in breast cancer tissue and ii) to identify gene expression signatures correlated to anatomo-pathological and clinical characteristics of human breast tumors, with a potential clinical aplication. To achieve this, gene expression profiles of 58 breast tumor samples with clinical follow-up were compared using a microarray platform enriched in non-coding RNAs (ncRNAs) derived from intronic regions of known human genes. During this project different gene expression methodologies were tested for the analysis of one- or two-color cDNA microarrays. The experimental design included the co-hybridization of the microarrays with fluorescent targets representing the tumor sample transcriptome with a reference oligonucleotide that is complementary to a 12 common region present in all cDNA probes (RefOligo). This experimental design permited the evaluation of two gene expression analysis approaches: the first based on direct intensities of each transcript (One-Color) and the second based in expression ratios where the intensity of each transcript is normalized by the reference oligonucleotide (RefOligo). One-Color methodology has shown to provide a more reproducible and sensitive gene expression signatures correlated to the breast samples characteristics and, therefore, this approach was chosen for subsequent analysis. The data provided by the microarray experiments revealed that ubiquitous expression of intronic ncRNAs was observed, confirming the relevance of investigating the role of this class of ncRNAs in breast cancer. Furthermore, a gene expression signature comprising 95 transcripts and correlated to the estrogen receptor status of breast tumor samples was identified, from which approximately 15% are ncRNAs. Using only samples from patients with known follow-up, a signature of 113 transcripts was identified, of which 30% are ncRNAs. This gene expression signature was able to distinguish with 100% accuracy patients that developed metastasis from those that remained disease-free up to 4 years after surgery. Besides the contribution of new molecular prognostic markers for breast cancer, the present study indicates that intronic ncRNAs might play a role in complex transcriptional networks, possibly regulating the expression of protein-coding genes. The detailed caracterization of the functional roles of ncRNAs, whose expression levels are correlated to fenotypical and clinical characteristics of breast tumors, is likely to provide new insigths on the molecular basis of tumorigenesis and progression of this neoplasia.
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Papel do polimorfismo rs7903146 do gene TCF7L2 na população brasileira e sua aplicação na predição de risco de diabetes tipo 2 / TCF7L2 gene rs7903146 polymorphism role in the brazilian population e its application in type 2 diabetes risk predictionMarquezine, Guilherme Figueiredo 22 April 2009 (has links)
Os polimorfismos do gene TCF7L2 têm sido fortemente associados com risco de desenvolvimento de diabetes mellitus em populações de diversas origens étnicas. No presente estudo, investigou-se se esta associação se confirma em diferentes populações brasileiras e qual seu efeito sobre o desempenho de um modelo de predição de risco de diabetes mellitus quando a informação genética foi acrescentada às variáveis clínicas e laboratoriais iniciais. Concluiu-se que, apesar de haver sido confirmado a associação do polimorfismo rs7903146 ao diabetes tipo 2 na população brasileira, a inclusão desta informação no modelo teve desempenho equivalente ao modelo baseado unicamente em variáveis clínicas. / Recently, polymorphisms of gene TCF7L2 have been strongly associated with Type 2 Diabetes risk in populations of diverse genetic backgrounds. In this study we investigated if this association is present in different Brazilian populations and how the inclusion of genetic information to a diabetes risk prediction model based on clinical and laboratorial variables would affect its would affect its performance. We concluded that, even though the TCF7L2 rs7903146 polimorphism is associated to Type 2 Diabetes risk in the Brazilian population, that inclusion of such information to a diabetes risk prediction model based on clinical variables lead to equivalent performance.
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Fernando Sor e as transcrições Opus 19 para violão de Seis árias escolhidas de A flauta mágica de Mozart: uma abordagem estético-analíticaEusiel Silva do Rego 05 October 2012 (has links)
Este trabalho visa abordar conceitos estéticos, musicais e históricos (relacionados à época do Iluminismo) que envolvem as transcrições para violão \"Six Airs Choisis de l\'Opéra de Mozart: \"Il flauto magico, arrangés pour guitare\" Op. 19 do compositor e violonista espanhol Fernando Sor (1778-1839), publicadas entre os anos de 1823 a 1825, em Londres, e baseadas em árias de A flauta mágica k620 (1791) de Mozart. O processo de transcrição empreendido por Fernando Sor exigiu, inclusive por necessidades históricas (aproximadamente 35 anos separam essas obras), uma mudança de concepção da escritura instrumental, pois, para Sor, tratava-se de verter a essência de um pensamento musical concebido no meio operático e apresentá-lo sob o conceito sonoro de um instrumento solo emergente, como foi o caso do violão no final do século XVIII e primeiras décadas do século XIX. Assim, do ponto de vista instrumental, elementos como textura, estilo de acompanhamento e conceito de condução de vozes, para citar apenas alguns aspectos, sofreram mudanças de concepção, resultando muitas vezes quase em uma nova composição e, até mesmo, outra percepção da forma musical, porque, acima de tudo, o elemento dramáticoliterário está ausente. / This paper aims at addressing the aesthetic, musical and historical concepts (related to the Enlightenment) that involve the guitar transcriptions \"Six Airs Choisis de l\'Opéra de Mozart: \"Il flauto magico, arrangés pour guitare\" Op. 19 by Spanish composer and guitarist Fernando Sor (1778-1839), published between the years 1823 to 1825, in London, and based in Mozart\'s Die Zauberflöte k620 (The Magic Flute). The transcription\'s process undertaken by Fernando Sor required, even for historical purposes (the compositions were created 35 years apart), a change in the concept of instrumental writing. For Sor, it was a question of translating the essence of the musical thought conceived in an operatic way and presenting it under a sonorous concept of an emerging, solo instrument as had been the case of the guitar in the late 18th century and in the first decades of the 19th century. From the instrumental perspective, therefore, elements such as texture, style of accompaniment and the voice leading concept, to name but a few, have undergone conceptual changes, often resulting almost in a new composition and even a different perception of the musical form since, above all, the elements of drama and literature are absent.
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Estudos dos genes Tbx19 e Crhr1 em cães da raça poodle com hipercortisolismo ACTH-dependente / Study of Tbx19 and Crhr1 genes in Poodle dogs with ACTH-dependent hypercortisolismViviani de Marco 29 April 2010 (has links)
O hipercortisolismo ACTH-dependente (HAD), também chamado de doença de Cushing, é uma das endocrinopatias mais comumente diagnosticadas na espécie canina. A sintomatologia clínica ocorre, secundariamente, aos efeitos gliconeogênicos, catabólicos, antiinflamatórios e imunossupressores dos glicocorticóides sobre vários sistemas orgânicos. Há uma marcante predisposição da doença na raça poodle e casos familiais têm sido diagnosticados sugerindo uma causa genética. As alterações moleculares que levam ao desenvolvimento do HAD em cães permanecem indefinidas. Dentre os genes implicados no desenvolvimento dos corticotrofos e na regulação do eixo corticotrófico, destacam-se o Tbx19 e o Crhr1, respectivamente. O Tbx19 é um fator de transcrição obrigatório para a transcrição do gene da proopiomelanocortina (POMC) e para a diferenciação terminal dos corticotrofos. Como está presente, exclusivamente, em corticotrofos normais e adenomatosos, foi proposto seu envolvimento na secreção excessiva de ACTH na doença de Cushing. A presença de CRHR1 nos corticotrofinomas na espécie humana e canina levantou a hipótese da sua participação na tumorigênese hipofisária, promovendo uma estimulação celular prolongada, mesmo na ausência de hormônios hipotalâmicos. Um aumento da expressão do CRHR1 foi demonstrado nos tumores corticotróficos, apesar da secreção autônoma de ACTH e dos níveis portais suprimidos de CRH em pacientes humanos e caninos com doença de Cushing. Os objetivos do presente trabalho foram pesquisar a presença de mutações germinativas nas regiões codificadoras dos genes Tbx19 e Crhr1 em cães com HAD. Para tanto, estudamos 50 cães da raça poodle com hipercortisolismo ACTH-dependente (33 fêmeas e 17 machos), com idade média de 8,71 anos e 50 cães controle da mesma raça (32 fêmeas e 18 machos) com idade superior a 6 anos (média de 9,38 anos) e sem endocrinopatias. O DNA genômico foi extraído e amplificado através da reação de polimerização em cadeia (PCR), utilizando-se oligonucleotídeos (primers) específicos para os genes Tbx19 e Crhr1. Foi identificada uma nova variante alélica tanto no Tbx19 como no Crhr1, ambas não descritas na literatura. No gene Tbx19, a variante p. S343G foi encontrada em dois cães não aparentados, mas também em dois controles normais, sugerindo tratar-se de um novo polimorfismo. Já a variante p. V97M do Crhr1 foi encontrada, em heterozigose em um animal com HAD, porém não foi observada em cem alelos normais. O códon 97 está localizado no domínio extracelular aminoterminal do gene Crhr1, de extrema importância para a ligação com alta afinidade ao ligante. O estudo molecular da estrutura quartenária da proteína mutada, seguido da avaliação da energia de ligação da superfície de contato entre o hormônio e o receptor revelou um rearranjo estrutural com alteração da superfície de contato entre o CRH e o seu receptor CRHR1, resultando em uma energia de ligação 17% superior à do receptor selvagem. Em conclusão, esse estudo não identificou alterações no gene Tbx19 associadas ao hipercortisolismo ACTH-dependente canino, mas por outro lado, identificou pela primeira vez, uma mutação ativadora no Crhr1, provavelmente responsável pelo hipercortisolismo ACTH-dependente em um cão da raça poodle. / The ACTH-dependent hypercortisolism (ADH), also called Cushing\'s disease, is one of the most commonly diagnosed endocrine diseases in dogs. The symptoms occur due to glucocorticoids excess leading to gluconeogenic, catabolic, anti-inflammatory and immunosuppressive effects in multiple organs and systems. There is a high incidence of Cushing\'s disease in Poodles and familial disease has been identified suggesting a genetic involvement. The molecular changes that lead to the development of ACTH-dependent hypercortisolism in dogs remain undefined. Among genes implicated in corticotroph development and in corticotropic axis regulation, we would like to point out Tbx19 and Crhr1, respectively. Tbx19 gene is a transcription factor required for transcription of the proopiomelanocortin gene and for terminal differentiation of the corticotroph. Inactivating mutations in that gene are associated with human isolated ACTH deficiency. Since Tbx19 is present exclusively in normal and adenomatous corticotroph cells, its involvement in the secretion of ACTH in Cushing\'s disease was proposed. The presence of CRHR1 in corticotrophinomas in humans and dogs raised the possibility of its involvement in pituitary tumorigenesis, promoting prolonged cell stimulation, even in the absence of hypothalamic hormones. An increased expression of the CRHR1 mRNA was demonstrated in human and canine ACTH-secreting pituitary adenomas, despite the autonomous ACTH secretion and the low portal levels of CRH. The aim of this study was to investigate Tbx19 and Crhr1 coding region mutations in Poodle dogs with ACTH-dependent hypercortisolism. We studied 50 Poodle dogs with ADH (33 females and 17 males) with a mean age of 8.71 years and 50 control dogs of the same breed (32 females and 18 males) older than 6 years (mean 9.38 years) and without endocrinopathies. Genomic DNA was extracted from peripheral blood, amplified by the polymerase chain reaction (PCR) using specific intronic primers and submitted to automatic sequence. We identified a new allelic variant in the Tbx19 and Crhr1 coding regions. The allelic variant p. S343G in the Tbx19 gene was found in two unrelated dogs, but also in two normal controls, suggesting that this is a new polymorphism. The Crhr1 allelic variant p. V97M was found in heterozygosity in one animal with ACTH-dependent hypercortisolism, but was not observed in one hundred normal alleles. The codon 97 is located in the extracellular amino terminal domain of the Crhr1 and is extremely important for high affinity ligand binding. The molecular analysis of the quaternary structure of normal and mutated proteins, followed by evaluation of the binding energy of the contact surface between the hormone and the receptor showed a structural rearrangement of the mutated protein by changing the contact surface between the CRH and its receptor CRHR1, resulting in a binding energy 17% higher than the wild type. In conclusion, this study did not identify Tbx19 mutations associated with canine ACTH-dependent hypercortisolism, but on the other hand, we first identified a Crhr1 gain-of-function mutation probably responsible for ACTH-dependent hypercortisolism in a Poodle dog of our cohort.
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Biogênese, estabilidade e localização sub-celular de RNAs não-codificadores longos expressos em regiões intrônicas do genoma humano / Biogenesis, stability and sub-cellular localization of long non-coding RNAs expressed in intronic regions of the human genomeAna Carolina Ayupe de Oliveira 26 March 2012 (has links)
Trabalhos recentes indicam que a maior parte do transcriptoma de células de mamíferos é composto por RNAs não-codificadores de proteínas (ncRNAs). Nosso grupo tem identificado e caracterizado ncRNAs longos (>200 nt), sem splicing, expressos em regiões intrônicas de genes codificadores de proteína. Contudo, a biogênese, processamento e localização sub-celular desta classe de RNAs permanecem desconhecidos. Este trabalho teve como objetivos i) investigar a contribuição da RNA Polimerase II (RNAP II) na transcrição de ncRNAs intrônicos, ii) avaliar a meia-vida destes ncRNAs em relação a mRNAs, e iii) verificar a distribuição sub-celular de ncRNAs intrônicos. Os resultados obtidos indicaram que ncRNAs intrônicos são predominantemente transcritos pela RNAP II a partir de regiões promotoras funcionalmente semelhantes as que controlam a transcrição de mRNAs. Ensaios de estabilidade revelaram que, em média, ncRNAs intrônicos possuem meia-vida igual ou maior (3,4h a 4,2h) do que mRNAs (3,1h). A maior parte dos ncRNAs intrônicos possui estrutura cap 5\', sugerindo que sejam estabilizados para desempenhar papéis na biologia da célula que não dependam de um rápido turnover. A maior parte dos ncRNAs intrônicos é exportada para o citoplasma, indicando que devam exercer alguma função biológica neste compartimento. Em conjunto, este trabalho fornece informações novas a respeito da biogênese, estabilidade e localização sub-celular ncRNAs intrônicos expressos em células humanas, contribuindo para avançar o conhecimento sobre esta classe de transcritos celulares. / Recent studies have shown that most of the mammalian transcriptome is comprised of non-coding RNAs (lncRNAs). Our group has identified and characterized long (>200 nt), unspliced lncRNAs expressed in intronic regions of protein coding genes. However, the biogenesis, processing, stability and subcellular localization of members from this RNA class remain unknown. The aims of this work were i) to investigate the contribution of RNA Polymerase II (RNAP II) to the transcription of intronic, ii) to evaluate the half-life of these ncRNAs relative to mRNAs, and iii) determine their subcellular distribution. Our results indicate that intronic ncRNAs are predominantly transcribed by RNAP II from promoter regions functionally similar to those that control the transcription of mRNAs. Stability assays revealed that intronic ncRNAs have an average half-life equal or greater (3.4h to 4.2h) than mRNAs (3.1h). The majority of intronic ncRNAs have 5\' cap modification suggesting that these transcripts are stabilized, possibly to exert roles in the biology of the cell that does not depend on a rapid turnover. Although intronic ncRNAs do not encode proteins, most of these transcripts are transported to the cytoplasm which indicates that they may perform some biological function in this compartment. Altogether, this study reveals with novel information regarding the biogenesis, stability and subcellular localization of intronic ncRNAs expressed in human cells, thus contributing to advance the knowledge on this class of cellular transcripts.
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Estudo comparativo de redes gênicas de expressão de genes associados à diabetes mellitus tipo 2 (DM2) e genótipos de risco da doença / Comparative study of gene networks of genes associated with type 2 diabetes mellitus (DM2) and the risk genotypes for the diseaseAndré Ramos Vaquero 04 April 2013 (has links)
INTRODUÇÃO: O polimorfismo dentro do gene TCF7L2, rs7903146, é, até o momento, o marcador genético mais significantemente associado ao risco de diabetes mellitus tipo 2, sendo também associado à doença arterial coronariana. Contudo, pouco ainda se conhece sobre o papel funcional desse polimorfismo na patologia dessas doenças. O objetivo desse projeto foi investigar esse papel funcional, no fenótipo de células vasculares de músculo liso de 92 indivíduos, usando abordagens de comparação de níveis de expressão gênica e de comparação de correlações de expressão gênica, de modo que tais comparações fossem representadas visualmente como redes de interação gênica. MÉTODOS: Inicialmente, foram comparados os níveis de expressão de 41 genes (genes que possuem ou estão perto de variantes genéticas associadas ao diabetes mellitus tipo 2 e outros genes relacionados às vias de sinalização de diabetes mellitus tipo 2 ou às vias de proliferação celular) entre indivíduos com o alelo associado ao risco de diabetes mellitus tipo 2 (CT e TT) e indivíduos sem o alelo de risco (CC) do rs7903146. Com a finalidade de se observar se os genes estavam se relacionando de modo diferente entre os grupos genotípicos, foram comparados os padrões de correlação de expressão dos 41 genes. RESULTADOS: Quanto às comparações de níveis de expressão entre os grupos, cinco formas de splicing do gene TCF7L2 e os genes CDKAL1, IGF2BP2, JAZF1, CDKN2B, CAMK1D, JUN, CDK4, ATP2A2, e FKBP1A apresentaram níveis de expressão significativamente diferentes. Quanto às comparações de correlação de expressão entre os grupos, os genes RXR?, CALM1, CALR e IGF2BP2 foram os que mostraram os mais diferentes padrões de correlação com os outros genes. CONCLUSÃO: Deste modo, o alelo de risco analisado é apontado como tendo influência em cis na regulação da expressão de determinadas formas de splicing do gene TCF7L2 em células vasculares de músculo liso; além de parecer influenciar nas expressões e nas interações de genes relacionados à homeostase glicolítica e/ou proliferação celular. Sendo assim, através de nossas análises identificaram-se possíveis candidatos-alvos no tratamento de redução do risco em indivíduos com alto risco de desenvolvimento de diabetes mellitus tipo 2 e de doença arterial coronariana, especialmente os indivíduos que possuem os genótipos de risco analisados do gene TCF7L2 / INTRODUCTION: The SNP within the TCF7L2 gene, rs7903146, is, to date, the most significant genetic marker associated with type 2 diabetes mellitus risk, well as being associated with coronary artery disease. Nonetheless, its functional role in these diseases pathology is poorly understood. The aim of the present study was to investigate this role, in vascular smooth muscle cells from 92 patients undergoing aortocoronary bypass surgery, using expression levels and expression correlation comparison approaches, which were visually represented as gene interaction networks. METHODS: Initially, the expression levels of 41 genes (seven TCF7L2 splice forms and other 40 relevant genes) were compared between rs7903146 wild-type (CC) and type 2 diabetes mellitus risk (CT + TT) genotype groups. Next, the expression correlation patterns of the 41 genes were compared between genotypic groups in order to observe if the relationships between genes were different. RESULTS: Five TCF7L2 splice forms and CDKAL1, IGF2BP2, JAZF1, CDKN2B, CAMK1D, JUN, CDK4, ATP2A2 and FKBP1A genes showed significant expression differences between groups. RXR?, CALM1, CALR and IGF2BP2 genes were pinpointed as showing the most different expression correlation pattern with other genes. CONCLUSION: Therefore, type 2 diabetes mellitus risk alleles appear to be influencing TCF7L2 splice form\'s expression in vascular smooth muscle cells; besides it can be influencing expression and interactions of genes related to glucose homeostasis and/or cellular proliferation. Thereby, through our analysis were identified possible treatment target candidates for risk reduction in individuals with high-risk of developing type 2 diabetes mellitus and coronary artery disease, especially individuals harboring TCF7L2 risk genotypes
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Própolis na dieta de abelhas Apis mellifera L. e seu efeito no sistema imune, expressão de genes após o desafio bacteriano e detoxificação frente ao agroquímico fipronil / Propolis in Apis mellifera L. diet and its effect on immune system and expression of genes after bacterial challenge and detoxification front of agrochemical fipronilSouza, Edison Antonio de [UNESP] 16 December 2015 (has links)
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Previous issue date: 2015-12-16 / INFLUÊNCIA DO CONSUMO DA PRÓPOLIS NA EXPRESSÃO DE GENES RELACIONADOS AO SISTEMA IMUNOLOGICO DE ABELHAS Apis mellifera L. SUMETIDAS AO DESAFIO BACTERIANO. As abelhas Apis mellifera podem estar sujeitas a uma série de ameaças como parasitas e patógenos que acometem seu sistema imunológico. Tal fato torna necessária a busca por produtos naturais que possam contribuir com a melhora do sistema imune destes insetos, como a própolis. Diante do exposto, o objetivo foi analisar a influência do fornecimento da própolis em expressões de genes relacionados à imunidade de abelhas Apis mellifera L. submetidas ao desafio bacteriano. Ao longo de 30 dias, quatro colmeias receberam semanalmente os tratamentos com diferentes porcentagens de extrato alcoólico de própolis 30% (0%, 5%, 10%, 15%). O experimento foi casualizado em esquema fatorial 4 x 2 x 2x 3 (tratamentos x com ou sem bactéria x tempos x períodos), totalizando 48 amostras. Foram observadas as expressões dos genes abaecin, hymenoptaecin, apidaecin e defensin1. Como controle interno foi utilizado o gene actina. Os resultados foram comparados por ANOVA seguidos do teste de Tukey (P<0,05). Foram observadas alterações na expressão gênica das abelhas estudadas para todos os períodos e tratamentos, antes e após desafio bacteriano, para todos os genes propostos, sendo ainda verificada induções da expressão relativa nos três períodos. Conclui-se que nas condições do presente trabalho, a própolis pode induzir a expressão relativa dos genes abaecin, hymenoptaecin, apidaecin e defensin1, quando submetidas a desafio bacteriano. Entretanto, não se pôde caracterizar um tratamento com própolis que apresente uma maior expressão relativa para todos os genes simultaneamente. EFEITO DO CONSUMO DE PRÓPOLIS NAS ALTERAÇÕES COMPORTAMENTAIS E MORTALIDADE DE ABELHAS Apis mellifera L. SUBMETIDAS AO INSETICIDA FIPRONIL. Os inseticidas representam o maior risco direto para os polinizadores, como as abelhas Apis mellifera, sendo responsável pela redução das populações de abelhas e da produção apícola, tornando necessária a busca por substâncias que possam contribuir na melhora da saúde dessas abelhas, como a própolis. Este estudo verificou o efeito do consumo do extrato alcoólico de própolis no comportamento, quando submetidas a DL50 (0,2 µg/abelha) e subletal (1/500 DL50), e mortalidade das abelhas Apis mellifera L. quando submetidas a diferentes doses do inseticida fipronil (0,05; 0,1; 0,2; 0,3 e 0,4 µg/abelha). Ao todo foram utilizadas quatro colmeias, uma para cada tratamento (0, 5, 10 e 15% de inclusão de própolis), e em três períodos (0,15 e 30 dias) para verificar o efeito dos tratamentos ao longo do experimento. Para a realização dos testes de mortalidade e de alterações comportamentais foram selecionadas as abelhas campeiras das colmeias tratadas. Para o teste de mortalidade, os dados foram analisados em modelo linear misto generalizado, adicionado do Teste de Tukey (P<0,05) e a análise da avaliação das atividades comportamentais foi feita por (ANOVA) seguida do Teste de Tukey (P<0,05). As colmeias que consumiram própolis apresentaram menor taxa de mortalidade quando comparados com a colmeia controle (0%), com exceção no dia 0 em que a colmeia controle não diferiu do tratamento 10%. Verificou-se ainda que as abelhas que receberam o tratamento 10% apresentaram as menores taxas de mortalidade nos dias 15 e 30 de coleta. Além disso, foi observada mortalidade de 23% nas abelhas quando submetidas a DL50 do fipronil. Nos testes de alterações comportamentais e locomotoras não foram observadas influências dos tratamentos com própolis. Conclui-se que, para o presente estudo, a própolis influenciou na taxa de mortalidade e pode ter promovido um efeito protetor nas abelhas Apis mellifera L. quando submetidas a diferentes concentrações do inseticida fipronil, sendo ainda verificado que o tratamento 10% foi o mais eficaz, devido a ter apresentado as menores taxas de mortalidade nos dias 15 e 30. / INFLUENCE OF PROPOLIS CONSUMPTION IN GENES EXPRESSION RELATED TO IMMUNE SYSTEM OF Apis mellifera L. BEES SUBJECTED TO CHALLENGE BACTERIA. The Apis mellifera bees may be subject to a number of threats as parasites and pathogens that affect your immune system. This fact makes it necessary to look for natural products that can contribute to improving the immune system of these insects such as propolis. Given the above, the objective was to analyze the influence of the supply of propolis in gene expressions related to immunity of Apis mellifera L. bees subjected to bacterial challenge Over 30 days, four hives receive weekly treatments with different percentages of alcoholic extract of propolis 30% (0%, 5%, 10%, 15%). The experiment was randomized in a factorial 4 x 2 x 2x 3 (treatments x with or without bacteria x times x periods), totaling 48 samples. It was observed the expressions of abaecin, hymenoptaecin, apidaecin and defensing1 genes. As internal control was used actin gene. The results were compared by ANOVA followed by Tukey test (P <0.05). Alterations were observed in gene expression of bees studied for all periods and treatments before and after bacterial challenge for all proposed genes, were yet verified inductions of relative expression in the three periods. It is concluded that under the conditions of this study, propolis can induce the relative expression of genes abaecin, hymenoptaecin, apidaecin and defensin1, when subjected to bacterial challenge. However, it is not able to characterize a treatment with propolis presenting greater relative expression for all genes simultaneously. EFFECT OF PROPOLIS CONSUMPTION IN THE BEHAVIORAL CHANGES AND MORTALITY OF Apis mellifera L. BEES SUBMITTED TO PESTICIDE FIPRONIL. Pesticides pose the greatest direct risk for pollinators such as Apis mellifera bees, responsible for reducing bee populations and beekeeping, making it necessary to search for substances that can contribute to improving the health of these bees, such as propolis. Given this, the study found the effect of propolis alcoholic extract consumption behavior when subjected to DL50(0.2 µg/bee) and sublethal (1/500 DL50), and mortality of Apis mellifera L. bees submitted to different doses of the insecticide fipronil (0,05; 0.1, 0.2, 0.3 and 0.4 µg/bee). Four colonies were used, one for each treatment (0, 5, 10 and 15% inclusion of propolis), and in three periods (0,15 and 30 days) to determine the effect of the treatments throughout the experiment. To the achievement of mortality and behavioral changes tests the foraging bees from treated hives were selected. For the mortality test, the data were analyzed in generalized linear mixed model, added the Tukey test (P <0.05) and the analysis of the assessment of behavioral activities was made by (ANOVA) followed by Tukey test (P <0.05). Beehives who consumed propolis have a lower mortality rate compared to the hive control (0%), except on day 0 that the hive control did not differ from treatment 10%. It was also found that the hive that received treatment 10% was among the lowest mortality rates in the fifteenth and thirtieth collection day. Furthermore, the observed mortality was 23% in bees when subjected to LD50. In tests of locomotor and behavioral changes were observed influences of treatments with propolis. It concludes that, for this study, propolis influenced the mortality rate and may have promoted a protective effect on bees Apis mellifera L. when subjected to different concentrations of the insecticide fipronil, and also, that the treatment 10% was effective due to having presented the lowest mortality rates in the 15 and 30. However, treatments with propolis did not influence the behavioral and motor changes.
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Estudo imunoistoquímico de componentes da via Sonic Hedgehog, STAT3 e MCM3 em tumores de glândula salivar.Vidal, Manuela Torres Andion January 2015 (has links)
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Previous issue date: 2015 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brasil / O adenoma pleomórfico (AP), o carcinoma mucoepidermóide (CME) e o carcinoma adenóide cístico (CAC) representam tumores frequentes em glândula salivar. A via de sinalização Sonic Hedgehog (Hh) e o Transdutor de sinal e ativador da transcrição 3 (STAT3) desempenham funções importantes na proliferação celular, favorecendo o desenvolvimento tumoral e a proteína MCM3 tem sido considerada uma nova classe de marcadores de proliferação celular. Portanto, o presente trabalho propõe-se a estudar componentes da via Hh, bem como o STAT3 e o MCM3 em neoplasias de glândula salivar, na tentativa de adicionar informações sobre as características biológicas dessas neoplasias. Foram utilizados 9 casos de AP, 17 casos de CAC e 20 casos de CME e, por meio da técnica imunoistoquímica, realizou-se a detecção das seguintes proteínas: SHH, GLI1, SUFU, HHIP, STAT3 e MCM3. No AP, observou-se alta expressão citoplasmática de SHH e SUFU, e baixa expressão de STAT3 e MCM3. No CAC, observou-se alta expressão de GLI1, HHIP e STAT3 e baixa expressão de SHH, SUFU e MCM3. No CME, observou-se alta expressão de SHH, GLI1, SUFU e HHIP e baixa expressão de STAT3 e MCM3. Quando comparado entre os tipos tumorais, observou-se diferença estatisticamente significante para expressão de SHH (p=0.0064), STAT3 (p=0.0003) e MCM3 (p=0.0257). Ao comparar a marcação parenquimal e estromal, observou-se maior expressão em parênquima para todos os tumores (p<0.05). Em glândula salivar normal, observou-se marcação citoplasmática das células ductais para SHH, GLI1, SUFU e HHIP, uma discreta marcação citoplasmática para STAT3 e ausência de marcação para MCM3. Não foi observada correlação entre a via Hh e STAT3 nos tumores de glândula salivar (p>0.05). Os resultados desse trabalho apontam para uma possível participação da via Hh na morfogênese e no desenvolvimento do AP, CAC e CME, assim como a participação do STAT3 no desenvolvimento do CAC. Em adição, o MCM3 não parece ser um bom marcador de proliferação para tumores de glândula salivar. Sugerimos que novos estudos sejam realizados visando compreender o mecanismo pelo qual a via Hh e o STAT3 promovem o crescimento e progressão desses tumores e identificar inibidores dessas vias. / The pleomorphic adenoma (PA), mucoepidermoid carcinoma (MEC) and the adenoid cystic carcinoma (ACC) are common tumors arising from salivary glands. The Sonic Hedgehog signaling pathway (Hh) and signal transducer and activator of transcription 3 (STAT3) play important roles in cell proliferation, favoring tumor growth. The MCM3 protein has been considered as a novel class of cell proliferation markers. The aim of this investigation was to study components of the Hh pathway, as well as STAT3 and MCM3 in salivary gland neoplasms in an attempt to add information about the biological characteristics of these neoplasms. We used 9 cases of PA, 17 cases of ACC and 20 cases of MEC. Using immunohistochemistry, were investigated: SHH, GLI1, Sufu, HHIP, STAT3 and MCM3. In PA, there was high expression of cytoplasmic SHH and Sufu, and low expression of STAT3 and MCM3. In the ACC, there was high expression of GLI1, HHIP and STAT3 and low expression of SHH, SUFU and MCM3. In the MEC, we observed high expression of SHH, GLI1, SUFU and HHIP and low expression of STAT3 and MCM3. There was a statistically significant difference between SHH (p=0.0064), STAT3 (p=0.0003) and MCM3 (p=0.0257) when all tumors were compared. And a higher expression in parenchyma for all tumors when stroma and parenchyma were compared (p<0.05). In normal salivary gland, ductal segment showed imunolabeling for SHH, GLI1, SUFU and HHIP, a discrete cytoplasmic labeling for STAT3 and MCM3 was negative. No correlation was observed between the Hh pathway and STAT3 in salivary gland tumors (p>0.05). The findings suggest a possible role of Hh pathway in the morphogenesis and development of AP, CAC and CME, as well as the participation of STAT3 in the development of ACC. In addition, the MCM3 did not seem to be a good marker of proliferation for salivary gland tumors. It is important that further studies be conducted to understand the mechanism by which the Hh pathway and the STAT3 promote the growth and progression of these tumors and inhibitors of these pathways might be identified.
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Própolis na dieta de abelhas Apis mellifera L. e seu efeito no sistema imune, expressão de genes após o desafio bacteriano e detoxificação frente ao agroquímico fipronilSouza, Edison Antônio de. January 2015 (has links)
Orientador: Ricardo De Oliveira Orsi / Abstract: INFLUENCE OF PROPOLIS CONSUMPTION IN GENES EXPRESSION RELATED TO IMMUNE SYSTEM OF Apis mellifera L. BEES SUBJECTED TO CHALLENGE BACTERIA. The Apis mellifera bees may be subject to a number of threats as parasites and pathogens that affect your immune system. This fact makes it necessary to look for natural products that can contribute to improving the immune system of these insects such as propolis. Given the above, the objective was to analyze the influence of the supply of propolis in gene expressions related to immunity of Apis mellifera L. bees subjected to bacterial challenge Over 30 days, four hives receive weekly treatments with different percentages of alcoholic extract of propolis 30% (0%, 5%, 10%, 15%). The experiment was randomized in a factorial 4 x 2 x 2x 3 (treatments x with or without bacteria x times x periods), totaling 48 samples. It was observed the expressions of abaecin, hymenoptaecin, apidaecin and defensing1 genes. As internal control was used actin gene. The results were compared by ANOVA followed by Tukey test (P <0.05). Alterations were observed in gene expression of bees studied for all periods and treatments before and after bacterial challenge for all proposed genes, were yet verified inductions of relative expression in the three periods. It is concluded that under the conditions of this study, propolis can induce the relative expression of genes abaecin, hymenoptaecin, apidaecin and defensin1, when subjected to bacterial challenge. However, it i... (Complete abstract click electronic access below) / Resumo: INFLUÊNCIA DO CONSUMO DA PRÓPOLIS NA EXPRESSÃO DE GENES RELACIONADOS AO SISTEMA IMUNOLOGICO DE ABELHAS Apis mellifera L. SUMETIDAS AO DESAFIO BACTERIANO. As abelhas Apis mellifera podem estar sujeitas a uma série de ameaças como parasitas e patógenos que acometem seu sistema imunológico. Tal fato torna necessária a busca por produtos naturais que possam contribuir com a melhora do sistema imune destes insetos, como a própolis. Diante do exposto, o objetivo foi analisar a influência do fornecimento da própolis em expressões de genes relacionados à imunidade de abelhas Apis mellifera L. submetidas ao desafio bacteriano. Ao longo de 30 dias, quatro colmeias receberam semanalmente os tratamentos com diferentes porcentagens de extrato alcoólico de própolis 30% (0%, 5%, 10%, 15%). O experimento foi casualizado em esquema fatorial 4 x 2 x 2x 3 (tratamentos x com ou sem bactéria x tempos x períodos), totalizando 48 amostras. Foram observadas as expressões dos genes abaecin, hymenoptaecin, apidaecin e defensin1. Como controle interno foi utilizado o gene actina. Os resultados foram comparados por ANOVA seguidos do teste de Tukey (P<0,05). Foram observadas alterações na expressão gênica das abelhas estudadas para todos os períodos e tratamentos, antes e após desafio bacteriano, para todos os genes propostos, sendo ainda verificada induções da expressão relativa nos três períodos. Conclui-se que nas condições do presente trabalho, a própolis pode induzir a expressão relativa dos genes a... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Doutor
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