Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2016-05-13T12:15:29Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 2191498 bytes, checksum: 74c80d485a030538fbd09bbaa6c7a0a9 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-05-13T12:15:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 2191498 bytes, checksum: 74c80d485a030538fbd09bbaa6c7a0a9 (MD5) Previous issue date: 2011-10-14 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / O gênero Proceratophrys Miranda-Ribeiro, 1920 compreende 24 espécies ocorrendo no Brasil, Argentina e Paraguai. Recentemente, foi realizada uma revisão das espécies do gênero Proceratophrys com apêndices palpebrais, porém, não foram analisados comparativamente indivíduos de Proceratophrys melanopogon provenientes de toda a sua área de distribuição. O presente estudo faz uma revisão taxonômica de P. melanopogon, a partir de comparações de caracteres morfológicos, morfométricos e acústicos de populações de diferentes localidades. Foram examinados 185 exemplares depositados em coleções zoológicas e, a partir dos resultados das análises morfológicas e morfométricas, foi possível o reconhecimento de seis táxons distintos, sendo cinco inéditos: Proceratophrys “Mantiqueira” sp. nov., com distribuição ao longo da Serra da Mantiqueira; Proceratophrys “Bocaina” sp. nov., restrita a Serra da Bocaina, São Paulo; Proceratophrys “Santos” sp. nov., restrita ao município de Santos, estado de São Paulo; Proceratophrys “Itanhaém” sp. nov., conhecido apenas para a localidade tipo (município de Itanhaém, estado de São Paulo) e Proceratophrys “Campos do Jordão” sp. nov., com ocorrência no Parque Estadual de Campos do Jordão, São Paulo. Assim, o nome P. melanopogon deve ser aplicado ao sexto táxon aqui apresentado, espécie associada à Mata Atlântica das regiões serranas do centro-norte e sul do estado do Rio de Janeiro e leste do estado de São Paulo. Além das diferenças morfológicas e morfométricas, também foi possível observar, por meio da análise acústica, diferenças no canto de anúncio das populações de P. melanopogon, Proceratophrys “Mantiqueira” sp. nov. e Proceratophrys “Campos do Jordão”. A distribuição geográfica das espécies determinadas neste estudo coincide com as formações serranas do bioma Mata Atlântica do sudeste do Brasil. Este padrão de distribuição pode estar relacionado à diferenciação geográfica (barreiras históricas), como rios e montanhas, associadas com alterações nos períodos Terciário e Quaternário. / Proceratophrys Miranda-Ribeiro, 1920 includes 24 species that occur in Brazil, Argentina, and Paraguay. There is a recent review of Proceratophrys with eyelid appendages, however Proceratophrys melanopogon was not comparatively studied in its entire distribution range. Here we did a taxonomic review of P. melanopogon, with comparisons on morphology, morphometry, and acoustic of populations from different places. We examined 185 individuals of zoological collections and, by means of morphometrical and morphological analyses, recognized six different species named as P. melanopogon. Between these species, five were unknown to the moment: Proceratophrys “Mantiqueira” sp. nov., distributed in Serra da Mantiqueira; Proceratophrys “Bocaina” sp. nov., restricted to Serra da Bocaina, São Paulo; Proceratophrys “Santos” sp. nov., found on Municipality of Santos, São Paulo State; Proceratophrys “Itanhaém” sp. nov., known only on its type locality (Itanhaém, São Paulo), and Proceratophrys “Campos do Jordão” sp. nov., that occur in Parque Estadual de Campos do Jordão, São Paulo. Thus, we suggest that P. melanopogon should be used to name the sixth taxon showed here. This specie is associated to the Atlantic Forest in mountain regions of middle-north and south of Rio de Janeiro State to east of São Paulo State. Along with morphological and morphometrical differences, we also observed acoustic differences between the populations of P. melanopogon, Proceratophrys “Mantiqueira” sp. nov., and Proceratophrys “Campos do Jordão” sp. nov. The geographic distribution of the species described in this study is coincident with the mountain ranges of Atlantic Forest biome from southeastern Brazil. This can suggest a common origin to the patterns of geographic differentiation that can be associated to historic barriers, such as rivers and mountains, along with changes during tertiary and quaternary periods. / Dissertação antiga sem ficha catalog. e folha de aprovação.

O fenômeno de sândi vocálico externo apresenta três realizações possíveis: a elisão, a degeminação e a ditongação. Este trabalho tem como proposta analisar o fenômeno de ditongação como processo de resolução de hiato em fronteira de palavras (camisa usada ~ cami[zaw]sada), baseado na amostra da cidade de Lages, em Santa Catarina, incluída no banco de dados do projeto VARSUL (Variação linguística na região sul do Brasil). O embasamento teórico se apoia em Bisol (1996, 2002 e 2005) para a descrição do processo; em Labov (2008) para fundamentos de teoria da variação; além de teorias fonológicas, como Fonologia Prosódica e Fonologia Lexical. Os objetivos específicos são os que seguem: a) identificar, em nossa amostra, fatores linguísticos que possam favorecer ou bloquear a aplicação da ditongação como processo de sândi externo; b) a partir dos resultados obtidos, corroborar ou não resultados de pesquisas já realizadas a respeito deste processo; c) ampliar a compreensão do fenômeno e oferecer subsídios para uma descrição geral do processo do sândi externo e do português falado no sul do Brasil. As hipóteses que procuramos confirmar são as seguintes: a) quanto à tonicidade, o contexto ideal para a aplicação da ditongação é o de atonicidade máxima (casa escura ~ ca[zaj]scura) (conforme Bisol, 1996; Bisol, 2002); b) o contexto interno à frase fonológica é mais favorecedor na aplicação do fenômeno (velho exemplo ~ velh[we]zemplo) (conforme Bisol, 1996). A análise estatística dos dados foi realizada pelo pacote de programas VARBRUL/GoldvarbX. A amostra, constituída de 16 informantes, mostrou, dentre outros fatores, que a ditongação crescente e a ditongação decrescente têm diferentes contextos favorecedores em relação ao acento e à categoria das vogais e têm contextos favorecedores semelhantes em outras variáveis em comum. Para a ditongação, confirmamos nossas hipóteses: a atonicidade máxima e o contexto interior à frase fonológica se mostraram favorecedores. A seleção das variáveis relevantes não foi idêntica para as duas realizações. / The external vowel sandhi phenomenon presents three possible ways of realization: the elision, the degemination and the diphthongization. This work analyzes the diphthongization phenomenon as a gap resolution process in words boundary (camisa usada ~ cami[zaw]sada) based on the sample of the city of Lages, Santa Catarina, included in the project database VARSUL (linguistic variation in southern Brazil). The theoretical basis is Bisol (1996, 2002 and 2005) for the description of the process; Labov (2008) for the variation theory fundamentals; and Brescancini (2005) for variational research methodology. The specific objectives are the following: a) to identify, in our sample, linguistic factors that may favor or block the application of external vowel sandhi processes; b) from the results obtained, to prove or disprove results of previous studies regarding this process; c) to increase the understanding of the phenomenon and provide support for a general description of the process of external sandhi and Portuguese spoken in southern Brazil. The hypotheses we intend to confirm are the following: a) the ideal context for the three external sandhi processes is an unstressed vowel + an unstressed vowel (casa escura ~ ca[zaj]scura) (as Bisol, 1996; Bisol, 2002; Ludwig-Gayer, 2008; Vianna, 2009); b) the internal context to phonological phrase is more favorable to the application of the phenomenon (velho exemplo ~ velh[we]zemplo) (as Bisol, 1996). Statistical analysis of data was performed by VARBRUL / GoldvarbX software. The sample consisted of 16 informants showed that rising diphthongization and decreased diphthongization have different favorable contexts related to stress and vowel category, and they have similar favorable contexts in same variables. Related to diphthongization, we confirmed our hypotheses: the sequence of unstressed vowels and the phonological phrase are favorable to the process. The selection of the variable was not exactly the same for both processes.

Made available in DSpace on 2015-12-06T23:45:55Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013 / Associação Fundo de Incentivo à Psicofarmacologia (AFIP) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / O aumento da expectativa de vida nas ultimas decadas indica que o envelhecimento populacional no Brasil e no mundo seja inevitavel. Neste contexto, existem individuos capazes de alcancar com sucesso idades avancadas, indicando maior adaptacao as alteracoes decorrentes do envelhecimento. Sabe-se que o sono e um processo profundamente afetado pelo envelhecimento, no entanto o papel do sono na manutencao da longevidade em humanos ainda e desconhecido. O presente estudo teve como objetivo caracterizar os aspectos epidemiologicos, fisiologicos e geneticos do sono no envelhecimento bem-sucedido por meio da conducao de tres investigacoes: 1) Estudo da prevalencia e fatores associados a queixas de sono em populacoes de idosos acima de 65 anos em paises em desenvolvimento; 2) Avaliacao do padrao de sono, do perfil bioquimico, hormonal e oxidativo, da expressao genica e de sua regulacao entre individuos Jovens, Idosos e Longevos; e 3) Investigacao de polimorfismos geneticos e variantes raras e associacao com o envelhecimento bem-sucedido. Em relacao ao primeiro estudo, foi possivel descrever que a prevalencia das queixas de sono variou de 9,1 a 37,7% nos paises estudados e os principais fatores associados foram pertencer ao sexo feminino, apresentar residencia urbana, possuir menor nivel educacional, praticar menos atividades fisicas, apresentar pior estado de Saúde e maior numero de comorbidades. O segundo estudo revelou que, em relacao ao padrao de sono, Longevos (acima de 85 anos de idade) nao apresentaram reducao significativa da porcentagem de estagio N3, e da potencia espectral de delta neste estagio de sono, indicando a manutencao do sono de ondas lentas na longevidade. Longevos tambem apresentaram padroes de sono estritamente regulares em relacao aos Idosos (de 60 a 70 anos) ou Jovens (de 20 a 30 anos). Melhor perfil lipidico foi identificado em Longevos quando comparados aos Idosos, sugerindo sua participacao sobre diversos aspectos fisiologicos que favorecem o alcance de idades avancadas. Foram identificados nove genes diferencialmente expressos entre os grupos estudados, com especial atencao ao gene SIRT2 e CCL5, que apresentaram evidencias de regulacao epigenetica com a longevidade. O terceiro estudo contou com a analise de variantes geneticas e detectou a associacao entre os polimorfismos rs10405150, rs10410544 e rs4802998 do gene SIRT2 e a longevidade em uma amostra expandida da populacao. Alem disso, o sequenciamento do genoma completo revelou variantes possivelmente envolvidas no fenotipo da longevidade nos genes diferencialmente expressos. O presente estudo permitiu a caracterizacao detalhada de diversos aspectos relacionados ao envelhecimento bem-sucedido e a longevidade e aponta para a existencia de mecanismos moleculares comuns entre o sono, o metabolismo lipidico e a longevidade em humanos, possivelmente mediados pelo gene SIRT2 e suas vias de regulacao. Assim, a identificacao destes mecanismos pode contribuir para o desenvolvimento de ferramentas clinicas que propiciem a populacao idosa uma melhor qualidade de vida / The increase in life expectancy in the last decades indicates that aging at the population level is unavoidable. In this sense, some individuals are able to successfully reach very old ages, reflecting higher adaptation against the age-related effects. Sleep is one of the processes deeply affected by aging; however the role of sleep in the maintenance of longevity in humans is still unknown. This study aimed to characterize the epidemiological, physiological and genetic aspects of sleep in wellsucceeded aging by three investigations: 1) Study of the prevalene and correlates of sleep complaints in elderly populations over 65 years old in low and middle income countries; 2) Evaluation of sleep patterns, biochemical, hormonal and oxidative profile, as well as gene expression and its regulation among young adults, older adults and oldest old individuals; and 3) Investigation of genetic polymorphism and rare variants and association with well-succeeded aging. Regarding the first study, we described that the prevalence of sleep complaints varied from 9.1% to 37.7% in the studied countries, and female gender, urban residence, low educational level, low physical activity status, poor health and high number of co-morbidities were associated with sleep complaints. The second study revealed that, regarding the sleep patterns, oldest old individuals (over 85 years old) did not show significant reduction in stage N3 or in delta spectral power in this sleep stage, indicating the maintenance of slow wave sleep in the longevity. Oldest old individuals also showed strictly regular sleep wake schedules than young adults (20 to 30 years old) and better lipid profile than older adults (60 to 70 years old), suggesting that these mechanisms might be related to reaching older ages. We identified nine differentially expressed genes among the studied groups, being SIRT2 and CCL5 the most relevant, since their expression has also been related to epigenetic mechanisms. The third study detected that three single nucleotide polymorphisms located on SIRT2 gene (rs10405150, rs10410544, and rs4802998) were associated with longevity in the genetic association study. Moreover, rare variants potentially associated with longevity in the differentially expressed genes were also described as a result of the whole genome sequencing. The present study allowed the detailed characterization of aspects related to well-succeeded aging and longevity, and suggests the existence of common molecular mechanisms integrating sleep, lipid metabolism and longevity in humans, possibly mediated through the expression of SIRT2 gene and its regulatory pathways. The identification of such mechanisms might contribute to the development of clinical tools that provide a better quality of life to the elderly population. / BV UNIFESP: Teses e dissertações

Made available in DSpace on 2015-12-06T23:47:39Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento (CNPq) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O HIV-1 possui uma importante diversidade genética. Essa diversidade decorre das limitações de fidelidade da transcriptase reversa durante a replicação, acentuada pela alta capacidade de geração e pelo rápido turnover viral. A transcrição reversa é um evento crucial do ciclo de vida viral e pode sofrer a influência de diversos fatores, como, por exemplo, o estado de ativação celular e a concentração de deoxrribonucleotídeos. A redução da variabilidade e tamanho das populações quasispecies, como as que acontecem durante a transmissão do HIV-1, coloca em risco a sua sobrevivência. A proposta deste estudo foi analisar a geração da diversidade genética após um ciclo único de replicação usando partículas virais pseudotipadas com envelopes R5 e X4 do HIV-1 em cultivo celular. Para tanto, PBMCs de indivíduos saudáveis foram estimuladas com fitohemaglutinina antes e durante infecção. Células em repouso também foram infectadas. Quarenta e oito clones provirais foram obtidos por End Point-PCR para cada condição. Em seguida, um fragmento de 1050pb do gene pol foi seqüenciado para todos os clones. As mutações acumuladas em um evento único de transcrição viral foram analisadas e comparadas com a seqüência do HIV-1 presente no inóculo original (tempo zero). Os resultados mostraram uma alta taxa de substituições em todas as condições de cultura e a existência de contextos comuns entre as seqüências onde ocorrem as substituições, destacando-se as regiões 200 a 350pb, 400 a 650pb, 750 a 800pb e 950 a 1025pb no grupo R5 e as regiões 375 a 525pb, 600 a 650pb e 775 a 975pb no grupo X4. Nestas regiões, o processo mutacional é intenso, os eventos que mais ocorrem são as transições e as substituições mais freqüentes são as de G para A e de T para C. A taxa mutacional encontrada foi de 2,0 x 10-3 /nt/ciclo no grupo R5 e 1,07 x 10-3 /nt/ciclo no grupo X4, valores muito acima dos comumente encontrados. A distribuição dos sítios onde ocorrem as mutações é influenciada pelo estágio de ativação em que as células alvo se encontram no momento da infecção, com regiões mais sujeitas a variação em segmentos de sequência quando as células estão ativadas. A maior diversidade encontrada no grupo R5 indica um papel importante desta variante viral no estabelecimento da infecção. Esse aumento brusco na diversidade genética viral pode fazer parte de uma estratégia do vírus em recuperar parte diversidade genética perdida na população durante os eventos de transmissão. / HIV-1 has an important genetic diversity that results from the rapid viral turnover rate and from reverse transcritase errors during viral DNA synthesis. Reverse transcription is a crucial step during HIV-1 replication cycle and its accuracy depends on balanced cellular dNTP pools. HIV-1 populations correspond to an organized swarm of mutants named quasispecies. If a quasispecies population goes throught transmission genetic bottlenecks and looses its best adapted variants, the fitness of the entire population is reduced. In the present work we studied the HIV-1 genetic diversity generated after a single replication cycle using CCR5 and CXCR4 pseudotyped particles in cell culture. Resting PBMCs from healthy donors were stimulated with PHA before and during HIV-1 infection. Resting PBMCs were also infected. 48 proviral DNA clones were obtained by End Point-PCR from each infected culture. A 1050pb fragment from pol was sequenced from all clones. All sequences were compared to the original sequence at time 0 and mutations introduced after a single replicartion cycle were tabulated. Observed mutations were not uniformly distributed occurring more frequently between the nucleotide 200 and 350, 400 and 650pb, 750 and 800pb and 950 and 1025pb in R5 pseudotypes and between the nucleotide 375 and 525pb, 600 and 650pb and 775 and 975pb in X4 pseudotypes. G to A and T to C transitions were the most frequent substituition type. The calculated mutational tax was 2,0 x 10-3 /nt/cycle for R5 virus and 1,07 x 10-3 /nt/cycle for X4. Both mutational taxes were higher than the ones currently described for HIV-1. The distribution of sites where mutations occur is influenced by the cellular activation status with mutations clustering in sequence segments in activated cells. R5 pseudotypes accumulated more variation than X4 virus, suggesting that R5 virus host colonization soon after transmission may be a part of a HIV-1 strategy to recuperate the genetic diversity reduction during the transmission bottleneck / FAPESP: 06/51495-6 / BV UNIFESP: Teses e dissertações

Made available in DSpace on 2015-10-21T12:19:27Z (GMT). No. of bitstreams: 2 irene_maldonado_ioc_mest_2014.pdf: 2979010 bytes, checksum: bfe0d09b07b55892192e2875ed4d25d1 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2015-06-10 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / O genótipo TcI é a subpopulação de Trypanosoma cruzi mais amplamente distribuída no Brasil e nas Américas, tanto em relação ao número de espécies hospedeiras quanto à sua distribuição geográfica. Classicamente considerado como sendo homogéneo, estudos mais recentes vem demostrando o contrário na medida em que na Colombia já se descreveu a heterogeneidade desta população. Inclusive uma subpopulação denominada TcDOM, associada ao ciclo doméstico naquele pais. Com o objetivo de estudar a variabilidade genética do T. cruzi I, trinta e três amostras isoladas de espécies do gênero Didelphis, provenientes de quatro biomas do Brasil, foram analisadas mediante árvores filogenéticas, usando quatro genes constitutivos e utilizando a técnica de Tipagem por Sequências de Multilocus (MLST). As espécies do gênero Didelphis se caracterizam por seus hábitos silvestres/sinantrópicas, por serem nómades, amplamente distribuídos por todos os biomas do Brasil e ecléticos, tanto em relação aos habitats que podem ocupar quanto à alimentação, ou seja expostos a todos os ciclos de transmissão Por estas características e por ser um dos hospedeiros mais antigos deT. cruzi foi escolhido como espécie hospedeira para a análise. Os resultados mostraram a existência de uma micro heterogeneidade presente nos isolados examinados, onde a maior diversidade foi observada no bioma Amazônia e a menor diversidade no bioma Caatinga. Observou-se uma correspondência entre a diversidade genética de T cruzi I e a diversidade faunística das áreas onde foram realizadas as coletas correpondentes a cada bioma. O gene LYT1 apresentou o maior número de sitios polimórficos nos isolados de T cruzi I, corroborando que ele constitue um gene recomendável para estudar variabilidade em TcI. O gênero Didelphis confirmou sua competência como bioacumulador da diversidade da DTU TcI de T. cruzi / cI genotype is the most widespread subpopulation of Trypanosoma cruzi in Brazil as well as in the Americas. This is so, in terms of the number of host species as well as of its g eographic distribution. Traditionally considered as homogeneous, this genotype has been shown by recent studies not to be so, since in Colombia its heterogeneity of population has already been described. This includes the so called Tc DOM , which is linked t o the domestic cycle in that country. In order to study the current genetic variability of T. cruzi I , thirty three samples isolated from species of the Didelphis spp genus adquired from four different biomes of Brazil were analyzed by means of phylogeneti c trees using four constitutive genes and the Multilocus Sequencing Typing (MLST) technique. Species of the Didelphis genus are characterized by their silvatic/sinanthropic habits, for being nomads that are widely distributed across Brazil, and for being e clectic in terms of their habitats as well as their feeding; i. e. exposed to all the transmission cycles. Because of these traits and also for being one of the most ancient hosts of T. cruzi they were selected as the host species for analysis. Results sho w the existence of a micro heterogeneity in the examined isolates, where the highest diversity was observed in the Amazonia biome, and the lowest in the Caatinga biome. A correspondence between the genetic diversity of T cruzi I and the faunal diversity of the areas where the corresponding captures took place. The gene LYT1 displayed the highest number of polymorphic sites in the T cruzi I isolates, corroborating that it constitutes an adequate gene for studying the variability of TcI. The Didelphis genus c onfirmed its aptitude as a bioacumulator for the diversity of the DTU TcI of T. cruzi .

Made available in DSpace on 2015-11-11T12:09:50Z (GMT). No. of bitstreams: 2 mariela_gomez_ioc_dout_2014.pdf: 8571554 bytes, checksum: 662bf4d26fe89925ff0e648a52a7d4e6 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2015-06-10 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Os Rotavírus da espécie A (RVA) são os principais agentes etiológicos causadores de gastroenterite aguda (GA) em crianças \22645 anos. Após a introdução, em março de 2006, da vacina monovalente G1P[8] (Rotarix® - RV1) no Programa Nacional de Imunizações (PNI) pelo Ministério da Saúde (MS) do Brasil, observou-se uma mudança na epidemiologia dos genótipos de RVA circulantes na população. Apesar desta variação dos genótipos circulantes, observou-se no Brasil uma redução de 22-28% de mortes e de 21-25% de hospitalizações em crianças \02C22 anos de idade, particularmente nas regiões Norte e Nordeste. Provavelmente a variação dos genótipos de RVA, tanto no tempo quando nas regiões geográficas, esteja relacionada a diversos fatores. O fato da vacina RV1 apresentar uma constelação genética (11 genes) Wa-like pode estar influenciando na eficácia da mesma frente aos RVA que apresentem constelações diferentes, como vírus DS-1-like e AU-1-like. Neste estudo foi analisada a diversidade genética de RVA de diversos genótipos detectados no Brasil antes e após a introdução da vacina RV1 pelo PNI, tanto em crianças vacinadas quanto não vacinadas, com o intuito de: i) identificar e caracterizar variantes de RVA emergentes e reemergentes; ii) contribuir para um melhor entendimento da dinâmica evolutiva deste vírus; iii) identificar mutações pontuais e genes que foram introduzidos mediante reestruturação genética, que eventualmente posam estar vinculados ao fato de RVA causarem GA inclusive em crianças vacinadas Deve-se ressaltar que este estudo engloba amostras de diferentes regiões geográficas do Brasil, visto que dados epidemiológicos sugerem diversidades genotípicas regionais. Todas as cepas G2P[4] para as quais foram analisados os 11 segmentos gênicos apresentaram uma constelação gênica DS-1-like: I2-R2-C2-M2-A2-N2-T2-E2-H2, apesar de que diversas variantes virais circularam no período estudado. Não foram observadas diferenças nos sítios antigênicos das proteínas VP8* e VP7 entre crianças vacinadas e não vacinadas. As cepas G1P[6] analisadas apresentaram uma constelação gênica Wa-like: I1-R1-C1-M1-A1-N1-T1-E1-H1. As cepas G12P[9] apresentaram uma constelação gênica AU-1-like: I3-R3-C3-M3-A3-N3-T3-E3-H6, enquanto as cepas G12P[8] revelaram uma constelação gênica Wa-like: I1-R1-C1-M1-A1-N1-T1-E1-H1. Além disso, a análise do viéis no uso de códons de RVA genótipo G2P[4] revelou que existe uma correlação entre o viéis no uso de códons e a composição de bases, o que sugere que a pressão mutacional é um fator importante na determinação do viéis no uso de códons em RVA humanos / Specie A rotaviruses (RVA) are the main etiological agents of acute gastroenteritis (AG) in children ≤ 5 years old. After the introduction of monovalent vaccine G1P[8] (Rotarix® - RV1) in the National Immunization Program (NIP) in March 2006, a change in the epidemiology of RVA circulating genotypes in the population was observed in Brazil. Despite this variation, a reduction of 22-28% of deaths and 21-25% of hospital admissions in children ˂ 2 years of age, particularly in the North and Northeast regions, occurred after RV1 introduction. RVA genotypes variation along time and in the different geographical regions might be related to several factors. Since the RV1 vaccine has a Wa-like genetic constellation the effectiveness of this vaccine against RVA showing different genetic constellations, such as DS-1-like and AU-1-like viruses, it might be influenced. In this study we analyzed the genetic diversity of different RVA genotypes detected in Brazil, before and after the introduction of the RV1 vaccine by the NIP, in vaccinated and unvaccinated children in order to: i) identify and characterize RVA emerging and reemerging variants; ii) contribute to a better understanding of the evolutionary dynamics of this virus; iii) identify point mutations and genes that have been introduced by reassortment events and that could eventually be linked to the fact that some RVA are capable to cause AG in vaccinated children. It should be emphasized that this study includes different geographical regions of Brazil, as epidemiological data suggests regional genotypic diversity. All G2P[4] strains analyzed revealed a DS-1-like genome constellation: I2-R2-C2-M2-A2-N2-T2-E2-H2. However, several viral variants circulated during the study period. No differences were observed inside antigenic sites of VP7 and VP8* proteins between vaccinated and unvaccinated children. The G1P[6] strains analyzed showed a Wa-like genome constellation: I1-R1-C1-M1-A1-N1-T1-E1-H1. The G12P[9] strains showed a AU-1-like genome constellation: I3-R3-C3-A3-M3-N3-T3-E3-H6, while G12P[8] strains showed a Wa-like genome constellation: I1-R1-C1-M1-A1-N1-T1-E1-H1. Furthermore, analysis of codon usage bias of RVA G2P[4] genotype revealed that a correlation between the codon usage bias and base composition exists, suggesting that the mutational pressure is the main factor in determining the codon usage bias in human RVA.

ARAÚJO JÚNIOR, José Moacir de Carvalho. Biogeoquímica de solos de manguezal do rio Jaguaribe (Brasil - CE) em resposta a bioturbação por caranguejos. 2010. 89 f. Dissertação (Mestrado em ecologia e recursos naturais)- Universidade Federal do Ceará, Fortaleza-CE, 2010. / Submitted by Elineudson Ribeiro (elineudsonr@gmail.com) on 2016-05-20T19:01:18Z No. of bitstreams: 1 2010_dis_jmcaraujojunior.pdf: 1588424 bytes, checksum: bccb267c308435b8cad811923fa611ed (MD5) / Approved for entry into archive by José Jairo Viana de Sousa (jairo@ufc.br) on 2016-05-27T20:37:44Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2010_dis_jmcaraujojunior.pdf: 1588424 bytes, checksum: bccb267c308435b8cad811923fa611ed (MD5) / Made available in DSpace on 2016-05-27T20:37:44Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2010_dis_jmcaraujojunior.pdf: 1588424 bytes, checksum: bccb267c308435b8cad811923fa611ed (MD5) Previous issue date: 2010 / Mangroves are tropical coastal ecosystems with high biodiversity, consisting of trees and shrubs with high tolerance to salt, and animals typically residents of those regions. Among these, crabs demonstrate a great ecological and economic importance. These crustaceans have a high population density and high activity of soil mobilization, mainly due to the formation of burrows, which provide oxygenation and soil drainage, changing the dynamics of minerals in the vertical profile. Likewise, climate changes and seasonal marked variations of rainfall regime, as occurring in the semi-arid areas, can cause oxidation of pyrite due to replacement of the water in the soil for oxygen gas during the dry season, with a consequent increase in release fraction of iron associated with it. In our study, the analysis of physical-chemical standards and concentrations of active iron and pyritic iron in soils under the action of mangrove crab (Ucides cordatus), comparing the values found between the rainy and dry seasons, and between this area with another area under the activity of the crab specie Uca maracoani. We found significant variations in the geochemical forms of Fe in soils of the area with U. cordadus between the dry and rainy seasons, as well when it was compared to the area with U. maracoani. The results demonstrate the distinct effects of seasonal variation and representatives of the fauna on the biogeochemistry of iron in the mangroves of the semi-arid region, highlighting the need for further studies in these areas in order to make future comparisons. / Os manguezais são ecossistemas costeiros tropicais com elevada biodiversidade, composta por árvores e arbustos com grande tolerância as águas salgadas ou salobras e por animais típicos dessas regiões. Dentre os representantes da fauna, os caranguejos destacam-se tanto por seu grande número de espécies quanto por sua importância ecológica e econômica. Esses crustáceos apresentam elevada densidade populacional e alta atividade de mobilização do solo, principalmente devido ao processo de formação de tocas, as quais proporcionam a oxigenação e drenagem do solo, alterando a dinâmica dos minerais no perfil vertical do mesmo. Da mesma forma, alterações temporais e variações sazonais acentuadas do regime de chuva, como ocorrem na região do semi-árido brasileiro, podem ocasionar oxidação da pirita devido a substituição de parte da água no solo por gás oxigênio durante a estação seca, com conseqüente aumento da liberação das frações de ferro a ela associada. Neste trabalho foi realizada a análise dos padrões físico-químicos e das concentrações de ferro ativo e ferro pirítico em solos de manguezais sob ação do caranguejo Uçá (Ucides cordatus), comparando os valores encontrados entre os períodos chuvoso e seco, assim como entre esta área com uma outra com atividade da espécie de caranguejo Uca maracoani. Foram encontradas significativas variações nas formas geoquímicas do Fe nos solos da área com U. cordadus entre as estações seca e chuvosa, assim como quando comparada com a área com U. maracoani. Os resultados encontrados demonstram os efeitos distintos da variação sazonal e de caranguejos sobre a biogeoquímica do Ferro em manguezais do semi-árido brasileiro, ressaltando a necessidade de mais estudos nessas áreas afim de poder realizar futuramente comparações.

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biologia de Fungos, Algas e Plantas, Florianópolis, 2017. / Made available in DSpace on 2017-12-05T03:14:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1 348750.pdf: 1454780 bytes, checksum: 26c81ce3f4363786a7aec4b40f4060fb (MD5) Previous issue date: 2017 / Phellinotus, um gênero de Hymenochaetaceae representa um táxon restrito à região Neotropical. Atualmente, duas espécies são descritas para o gênero, P. neoaridus, com populações atualmente somente registradas no semi-árido brasileiro e associadas exclusivamente a espécies do gênero Caesalpinia (Fabaceae) e P. piptadeniae, com populações possívelmente distribuídas ao longo de diferentes grupos florísticos (GF) das florestas tropicais sazonalmente secas da América do Sul e associado a diferentes gêneros de leguminosas, como Piptadenia, Senegalia, Mimosa, Pithecellobium, Libidibia e Pityrocarpa. Até o momento, apenas as populações de P. piptadeniae ocorrentes no GF Caatinga foram testadas filogenéticamente. No presente trabalho, com o intuito de delimitar filogeneticamente P. piptadeniae considerando os diferentes hospedeiros e sua distribuição geográfica, foram realizadas reconstruções filogenéticas baseadas nos marcadores moleculares nucleares ITS e nLSU do rDNA, incluindo espécimes pertencentes a todas as populações conhecidas do táxon, assim como espécimes adicionais. Os resultados demonstram que P. piptadeniae possui duas populações ocorrentes de forma alopátrica no GF Caatinga e florestas estacional semidecidual e ombrófila densa na porção sul da Mata Atlântica. Os espécimes do GF Caatinga e GF Costa Central dos Andes e um único exemplar coletado no GF Missiones (nordeste da Argentina), previamente determinados como P. piptadeniae, ficaram agrupados em um clado distinto de P. piptadeniae e aqui é proposta como a espécie nova P. teixeirae sp. nov. Ad int. Adicionalmente, uma nova espécie de Phellinotus é descrita, P. magnoporatu sp. Noc. Ad Int., um táxon até o momento registrado somente no GF Costa Central dos Andes. Baseando-se nos resultados das análises filogenéticas, um estudo preliminar da filogeografia de P. piptadeniae foi realizado, utilizando-se o marcador molecular ITS. Nossos resultados evidenciam que as populações de P. piptadeniae associadas à P. gonoacantha, que ocorrem na Mata Atlântica, juntamente com novos registros de populações localizadas na porção central do Cerrado, possuem alta diversidade genética em comparação com as populações associada aos demais hospedeiros conhecidos. Adicionalmente, sinais de recente expansão demográfica foram evidenciados através do marcador nuclear ITS. / Abstract : The Hymenochaetoid genus Phellinotus, represents a restricted taxa to the Neotropical Region. Currentlly, two species are described from the genus, ?P. neoaridus, with populations occurring on the brasilian semi-arid region and excluvelly associated to species of Caesalpinia (Fabceae) and P. piptadeniae, with populations possibly distributed througouth different floristic groups (FG) of the Seazonally Dry Tropical Forests of South America and associated to different genera of Fabeceae, as Piptadenia, Senegalia, Mimosa, Pithecellobium, Libidibia and Pityrocarpa. At this moment only the populations of P. piptadeniae that occur on the Caatinga FG were phylogenetucally tested. In this work, to address the phylogeny of P. piptadeniae considering different hosts and full geographical distribution, were performed phylogenetical reconstructions based on nuclear molecular markers ITS and LSU of rDNA, including specimes belong to all know populations to this taxon, and additional specimens. Our results show that P. piptadeniae has two populations that allopathically occur in the Caatinga FG and in the Semidecidious Forest of south portion of Atlantic Forest. Specimens collected on the Caatinga FG and Central Andes Coast FG and only one specimens collected on Missiones FG (northeast of Argentina), previously identified as P. piptadeniae, clustered on distinct clade of P. piptadeniae, and here we propose a new taxa P. teixeirae sp. nov. Ad int. Additionaly, a new species of Phellinotus are proposed, P. magnoporatus sp. Nov. Ad int., a species at this moment recorded only on Central Andes Coast FG. Based in our results of phylogenetic analisis, a preliminary phylogeographic study of P. piptadeniae was conducted based on the ITS marker. Ouer results indicate that populations of P. piptadeniae associated to P. gonoacantha, and that occur in Atlantic Forest, together the populations located on the central portion of Cerrado, has high genetic diversity em comparison with populations associated to the other know hosts. Adictionally, signs of recent demographic expancion were evidenced trougthout the nuclear marker ITS.

Submitted by Roberth Novaes (roberth.novaes@live.com) on 2018-07-18T14:46:31Z No. of bitstreams: 1 LORENANascimento_DISSERTAÇÃO_COMPLETA_DEFINITIVA.pdf: 1753376 bytes, checksum: 751fbd325a853e63ab31c5b04508c211 (MD5) / Approved for entry into archive by Setor de Periódicos (per_macedocosta@ufba.br) on 2018-07-19T19:44:57Z (GMT) No. of bitstreams: 1 LORENANascimento_DISSERTAÇÃO_COMPLETA_DEFINITIVA.pdf: 1753376 bytes, checksum: 751fbd325a853e63ab31c5b04508c211 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-07-19T19:44:57Z (GMT). No. of bitstreams: 1 LORENANascimento_DISSERTAÇÃO_COMPLETA_DEFINITIVA.pdf: 1753376 bytes, checksum: 751fbd325a853e63ab31c5b04508c211 (MD5) / FAPESB / Esta pesquisa tem por objetivo analisar quais são os condicionadores que atuam na escolha dos pronomes tu/você no português popular falado nas comunidades de Salvador e Amargosa, na Bahia. Através deste estudo, temos por proposta investigar o uso variável dos pronomes tu e você, através de inquéritos do Programa de Estudos do Português Popular Falado de Salvador (PEPP) e de inquéritos gravados em Amargosa entre os meses de julho e dezembro do ano 2016, a fim de aferir se o fenômeno constitui uma variação estável ou caminha para uma mudança linguística, além de investigar se o fenômeno em questão é marcado pela variação diatópica. Esse trabalho tem como base o modelo teórico-metodológico da Sociolinguística Quantitativa, constituído pelo sociolinguista William Labov. A coleta de dados foi realizada através de 12 inquéritos do PEPP e 12 inquéritos gravados em Amargosa. Os informantes são homens e mulheres em igual número, distribuídos em três faixas etárias (I: 15 a 24 anos; III: 45 a 55 anos; IV: 65 anos em diante). Após a transcrição das gravações, foram realizados o levantamento dos dados; a codificação, seguindo uma chave de codificação, e então, a análise estatística através do pacote de programas GoldVarb. Por fim, foram realizadas a análise e interpretação desses dados obtidos. Os resultados apontaram para uma preferência pelo pronome você em ambas as cidades, sendo que em Salvador, você se mostrou categórico nas escolhas dos falantes. Entre as onze variáveis inicialmente elencadas na pesquisa, as variáveis Tipo de Frase, Tipo de Discurso, Tipo de Referência, Faixa Etária e Escolaridade foram selecionadas pelo GoldVarb como as mais relevantes para a variação tu/você em Salvador e Amargosa. No município de Amargosa, os pronomes parecem estar fortemente influenciados pela variável Intimidade, que embora tenha sido observada no decorrer da análise, não foi avaliada nesse estudo. / This research aims to analyze which are the conditioners that act in the choice of the pronouns tu/você in the popular Portuguese spoken in the communities of Salvador and Amargosa, in Bahia. Through this study, we propose to investigate the variable use of the pronouns tu and você, through surveys of the Program of Studies of Popular Portuguese Spoken of Salvador (PEPP) and of surveys recorded in Amargosa between July and December of the year 2016, in order to verify if the phenomenon constitutes a stable variation or is going to a linguistic change, besides investigating if the phenomenon in question is marked by the diatopic variation. This work is based on the theoretical-methodological model of Quantitative Sociolinguistics, constituted by sociolinguist William Labov. Data collection was carried out through 12 PEPP surveys and 12 surveys recorded in Amargosa. The informants are men and women in equal numbers, divided into three age groups (I: 15 to 24 years, III: 45 to 55 years, IV: 65 years and on). After the transcription of the recordings, the data were collected; The coding, following a coding key, and then the statistical analysis through the GoldVarb program package. Finally, the analysis and interpretation of these data were performed. The results pointed to a preference for the pronoun você in both cities, and in Salvador, você were categorical in the choices of the speakers. Among the eleven variables initially listed in the research, the variables Type of Phrase, Speech Type, Reference Type, Age Range and Schooling were selected by GoldVarb as the most relevant for the variation in Salvador / Amargosa. In the municipality of Amargosa, pronouns appear to be heavily influenced by the variable Intimacy, which although it was observed during the analysis, was not evaluated in this study.

Submitted by Roberth Novaes (roberth.novaes@live.com) on 2018-07-18T14:29:50Z No. of bitstreams: 2 Vocabulário Dialetal Baiano V1.pdf: 8780070 bytes, checksum: 73c10c7dee48827fd2e03add18893e74 (MD5) TESE ISA NEIVA V2.pdf: 8892519 bytes, checksum: f2d50d39fa4fccf8c3c0138de1786d4f (MD5) / Approved for entry into archive by Setor de Periódicos (per_macedocosta@ufba.br) on 2018-07-19T20:51:51Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Vocabulário Dialetal Baiano V1.pdf: 8780070 bytes, checksum: 73c10c7dee48827fd2e03add18893e74 (MD5) TESE ISA NEIVA V2.pdf: 8892519 bytes, checksum: f2d50d39fa4fccf8c3c0138de1786d4f (MD5) / Made available in DSpace on 2018-07-19T20:51:51Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Vocabulário Dialetal Baiano V1.pdf: 8780070 bytes, checksum: 73c10c7dee48827fd2e03add18893e74 (MD5) TESE ISA NEIVA V2.pdf: 8892519 bytes, checksum: f2d50d39fa4fccf8c3c0138de1786d4f (MD5) / A evidência do fato de que, mesmo com os avanços nos estudos lexicais, os trabalhos de pesquisa de cunho lexicográfico, em especial no Brasil, ainda não privilegiam satisfatoriamente a variação, configurou-se um ponto fundamental para a construção desta tese, o Vocabulário Dialetal Baiano – primeiro produto do Projeto Dicionário Dialetal Brasileiro (DDB), o qual se desenvolve no âmbito do Projeto Atlas Linguístico do Brasil (Projeto ALiB). A tese registra, lexicograficamente, itens lexicais em variação, presentes no corpus constituído de 92 inquéritos realizados em 22 localidades do estado da Bahia e obtidos como respostas a 202 questões concernentes a 14 áreas conceituais – Acidentes geográficos; Fenômenos atmosféricos; Astros e tempo; Atividades agropastoris; Fauna; Corpo humano; Ciclos da vida; Convívio e comportamento social; Religião e crenças; Jogos e diversões infantis; Habitação; Alimentação e cozinha; Vestuário e acessórios e Vida urbana. A tese é apresentada em três volumes. O Volume I, além de considerações preliminares e finais, consta de capítulos que versam sobre os pressupostos teórico-metodológicos adotados, explicitam os procedimentos metodológicos aplicados na pesquisa e apresentam resultados da análise dos dados. Os volumes II e III destinam-se ao registro lexicográfico dos dados obtidos na pesquisa e se constituem de textos pré e pós-dicionarísticos que ressaltam a relevância do projeto para o conhecimento da realidade plurilinguística brasileira no que tange ao léxico em uso na fala utentes do português brasileiro contemporâneo. No Volume II – versão fascicular – apresentam-se os fascículos temáticos concernentes às 14 áreas do QSL ALiB e relações possíveis. A versão geral do Vocabulário Dialetal Baiano encontra-se no Volume III. / Malgré les études lexicales élaborées, il est évident que les travaux en lexicologie spécialement au Brésil, n’ont pas aboutis d’une façon satisfaisante l’étude de la variation. Ceci constitue un point fondamental pour l’élaboration de cette thèse, le Vocabulaire Dialectal Bahianais – premier produit du Projet Dictionnaire Dialectal Brésilien (DDB), celui-ci se développe dans le cadre du Projet Atlas Linguistique du Brésil (Projet ALIB). Cette thèse enregistre lexicalement, des items lexicaux en variation se trouvant dans le corpus qui font partie de 92 enquêtes réalisées dans 22 localités de l’état de Bahia et obtenus comme réponses à 202 questions relatives à 14 domaines conceptuels – Accidents géographiques ; Phénomènes atmosphériques ; Astres et Temps ; Activités agro-pastorales ; Faune ; Corps Humain ; Cycles de la Vie ; Comportement et vie en Société ; Religion et croyances ; Jeux et amusements infantiles ; Habitation ; Alimentation et cuisine ; Habillement et accessoires ; Vie urbaine. La thèse est présentée en trois volumes. Le Volume I contient des considérations préliminaires et finales. Les chapitres abordent les présupposés théorique-méthodologique adoptés, explicitent les procédés méthodologiques pris en compte dans la recherche et présentent les résultats de l’analyse des données. Les volumes II et III visent le registre lexicographique des données obtenues dans cette recherche et se constituent de textes pré et postdictionnaristes qui mettent en évidence l’importance du projet qui vise la connaissance de la réalité plurilinguistique brésilienne en ce qui touche le lexique en usage en portugais brésilien contemporain. Dans le Volume II – version fasciculaire – sont présentés les fascicules thématiques relatifs aux 14 domaines du QSL ALIB et leurs possibles relations. La version générale du Vocabulaire Dialectal Bahianais se trouve dans le Volume III.