Made available in DSpace on 2015-12-06T23:06:10Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2005 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / A pandemia de HIV / Aids tem sido um dos maiores desafios de Saúde publica dos ultimos 25 anos, dada a complexidade de seu agente etiologico e a rapidez com que produz novos casos. A variabilidade genetica do HIV e um dos topicos mais relevantes desta infeccao e esta variabilidade genetica resulta de limitacoes de fidelidade intrinsecas ao mecanismo de replicacao viral, acentuados pela alta taxa de replicacao na geracao e eliminacao de particulas virais durante o tempo da infeccao. A transcricao reversa do genoma viral representa uma etapa critica do ciclo biologico do HIV -I e que pode softer a influencia de varios fatores, como por exemplo a oferta de nucleotideos ou o estado de ativacao celular. Este deficit de oferta de nucleotideos no momento da transcricao reversa pode gerar genomas altamente mutados nos quais, a informacao viral se perde como no caso da hipermutacao. Neste estudo propomos estudar in vitro os mecanismos que podem contribuir pela diversidade genetica do HIV nos momentos iniciais da infeccao em celulas mononucleares de sangue periferico (PBMCs) de individuos saudaveis. Para tanto, ofertamos tres diferentes condicoes de infeccao e cultura para o HIV. Na primeira, infectamos PBMe's em repouso e mantivemos em cultura por 48h; na segunda as PBMCs foram infectadas e ativadas simultaneamente e mantida em cultura por 48h; na terceira condicao, as PBMCs foram ativadas 72h antes da infeccao, apos, infectadas e mantidas em cultura por 48h. Utilizando a tecnica do EndPoint PCR, DNA provirais oriundos de cada condicao de cultura foram obtidos e 46 clones deste DNA produzidos. Em seguida, parte do gene pol contendo 1047 bp de todos os clones foi sequenciado e analisado. Nossos resultados mostraram uma alta taxa de substituicoes de nucleotideos ao longo das sequencias analisadas em todas as condicoes de cultura e a existencia de regioes comuns entre estas sequencias, em todas as condicoes, em que ocorrem substituicoes, destacando as regioes entre 200 a 300 pb, 400 a 500 pb, 600 a 690 pb, 800 a 900 pb. Nestas regioes o processo mutacional e intenso, os eventos mutacionais que mais ocorrem sao os de transicao e as substituicoes nucleotidicas mais fteqUentes sao as de G para A. Ha clones hipermutados nas tres condicoes e a taxa mutacional encontrada esta em um intervalo de I,OxlO-3 a 2,lxlO-2, valores muito acima do que os encontrados normalmente. Nossos resultados sugerem uma nova visao dos momentos iniciais da infeccao pelo HIV -I. Estudos complementares poderao nos ajudar a entender de forma coesa os momentos iniciais da infeccao pelo HIV -I que, sem duvida representa um evento crucial na evolucao da doenca / HIV/Aids have been one of the major challenges for public health in the last 25 years. The genetic variability of the HIV-1 is one of the most relevant features in the study of HIV-1 infections. The genetic variability is the result of error accumulation during reverse transcription and the high turnover rate of the viral popuulation. Reverse transcription represents a critical stage of the biological cycle of HIV-1, and can suffer the influence of some factors as for example the level of nucleotides or the state of cellular activation. This deficit in nucleotides at the moment of the transcription can generate highly mutates genomes in which, the viral information may be lost as in the case of the hipermutation. In this study we addressed in vitro, the mechanisms that can be responsible for the genetic diversity of the HIV-1 at the initial periods of the infection in mononuclear cells of peripheral blood (PBMC's) of healthy individuals. We offered three different conditions of infection. In the first, we infected resting PBMC's and we kept in culture for 48h; in the second PBMC's were infected and activated simultaneously and kept in culture for 48h; in the third condition, PBMC's were activated 72h before infection and kept in culture for 48h. Using molecular biology techniques, the deriving provirus DNA of each culture condition were isolated, and PCR clones of this DNA were obtained. All clones were sequenced and the pol gene was analyzed. Our results demonstrated an elevated number of nucleotide substitutions in the clones analyzed in all three culture conditions. A pattern in variation was observed in the sequences. We identify a common distribution of substitutions in all analyzed sequences in different culture conditions. Our results suggest a new vision of the initial periods of HIV-1 infection. Complementary studies will be necessary to allow a better understanding of the initial periods of HIV-1 infection which represents a crucial event related to disease progression. / FAPESP: 02/11425-8 / FAPESP: 03/05183-4 / BV UNIFESP: Teses e dissertações

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Agrárias. Programa de Pós-Graduação em Agroecossistemas / Made available in DSpace on 2012-10-22T15:36:36Z (GMT). No. of bitstreams: 1 233620.pdf: 2762661 bytes, checksum: d4482162cde4ce6105d55f06502935ea (MD5) / O crescimento da população indígena e a regularização de suas terras trazem demandas para o restabelecimento de práticas agrícolas tradicionais. O manejo tradicional do milho (Zea mays L.) em comunidades indígenas dos estados de Roraima e Santa Catarina apresenta um cenário de erosão genética e cultural. Nesse contexto, o presente trabalho busca compreender a relação histórica e cultural existente entre os grupos indígenas e o cultivo do milho. Foram utilizadas ferramentas de etnobotânica para entender a dinâmica do milho nos agroecossistemas indígenas. Em registros arqueológicos na América do Sul, a difusão inicial do milho coincide com a expansão da agricultura de grupos Jê. Uma segunda onda difundiu a tecnologia que permitiu a intensificação do milho e a complexificação social, coincidindo com a expansão Aruak e Tupi-Guarani. O cultivo do milho em aldeias Wapixana (Aruak), Macuxi, Taurepang, Waimiri Atroari (Karib), Kaingang, Xokleng (Jê) e Guarani (Tupi-Guarani) apresenta diferentes estágios do declínio da importância do milho. A perda de população e redes de troca de sementes, acréscimo de novas culturas como a banana, e o abandono de práticas religiosas tradicionais contribuem para esse declínio. Os Guarani mantem métodos tradicionais de manejo do milho, associados às práticas religiosas e cosmologia do grupo. A base genética deste manejo, deduzida de práticas observadas em Santa Catarina e registradas na literatura, consiste no manejo de populações de milho com cores diferentes no pericarpo e aleurona das sementes. Essas cores permitem visualizar as atividades de transposons- usinas moleculares de mutações- que geram diversidade alélica. Permitem ainda segregar e gerenciar a taxa de mutação em diferentes populações. A "religião do milho" dos Guarani pode ter sido a base tecnológica da intensificação do milho observado nos registros arqueológicos. The growth of indigenous population and the regularization of their lands bring demands for the reestablishment of traditional agriculture practices. The traditional management of maize (Zea mays L) by indigenous societies in Roraima and Santa Catarina states presents a scenario of cultural and genetic erosion . This work tries to understand the historical and cultural relationship between indigenous societies and the maize farm. I use ethnobotany methods to understand maize dynamics in indigenous agroecosystems. In archeological records in South America, the initial diffusion of maize coincides with Jê agriculture expansion. A second wave a technological change that permitted maize intensification and the social complexification, coinciding with the Aruak and Tupi-Guarani expansion. Maize farming in Wapixana (Aruak), Macuxi, Taurepang, Waimiri Atroari (Karib), Kaingang, Xokleng (Jê) e Guarani (Tupi-Guarani) villages represents different stages of decline in the importance of maize. The loss of population and seed exchange networks, inclusion of new crops like banana, and the erosion of traditional religious practices contribute to this decline. The Guarani people maintain traditional methods of maize management, associated with their religious practices and cosmology. The genetic basis of this management, deduced from practices observed in Santa Catarina and recorded in the literature, consists in the management of maize populations with different colors in the pericarp and aleurone of maize kernels. This colors permit visualization of transposons (molecular generators of mutations that create allelics diversity). This management permits the segregation of populations and management of mutation rate in different populations. The #maize religion# of the Guarani may be the technological basis of maize intensification observed in the archeological register.

O presente estudo teve como objetivos conhecer a estrutura da assembléia de peixes do delta do rio Jacuí quanto a sua diversidade, riqueza e similaridade em relação a variações sazonais, assim como sua estrutura trófica. O delta do rio Jacuí situa-se no leste do estado do Rio Grande do Sul, formando uma extensa área alagada de 22 mil hectares com 30 ilhas. As amostragens foram realizadas mensalmente de outubro de 2004 a setembro de 2005, através do uso de redes de espera em três áreas e a abundância de cada espécie foi determinada através da captura por unidade de esforço (CPUE) em número de indivíduos e biomassa. A maioria dos indivíduos coletados pertenceu aos caraciformes seguido pelos siluriformes. Análises estatísticas não demonstraram diferenças significativas entre o número de indivíduos coletados, biomassa e fatores abióticos entre o dia e a noite dentro das estações do ano. Entretanto, quando a assembléia foi comparada entre as estações independente de dia e noite, o outono foi a estação que apresentou significativamente o maior número de indivíduos capturados, enquanto que sua biomassa foi significativamente igual a do inverno e ambas foram maiores que a biomassa da primavera e do verão. Estes resultados também apresentaram correlação significativa com a pluviosidade, demonstrando que o número de indivíduos capturados aumentou com a pluviosidade. A espécie Cyphocarax voga que tem sua alimentação baseada no substrato foi a mais capturada em número de indivíduos e biomassa, independente de estação do ano e dia ou noite e junto com ela Astyanax fasciatus, Pachyurus bonariensis, Parapimelodus nigribarbis, Pimelodus maculatus, Loricariichthys anus e Hoplosternum littorale que apresentam em sua maioria hábitos alimentares bentófagos, representaram 70% da captura total em número de indivíduos e biomassa. De forma geral, a assembléia ocupou mais a coluna d’água, se alimentando de um maior número de itens alimentares, durante os períodos de maior pluviosidade onde ocorreram os maiores valores de sobreposição alimentar, enquanto que no inverno e verão, períodos de menor pluviosidade, a assembléia apresentou alimentação mais estrita baseando-se principalmente em itens encontrados próximos ou no substrato. / The present studies aimed know the structure of the assemblage of fish of the Jacuí River Delta in relationship its diversity, richness and similarity in relation to seasonal variations, as well as its trophic structure. The Jacui River Delta, on the east of the Rio Grande do Sul State, forming an extensive marshland of 22 thousand ha with 30 islands. Sampling was monthly performed from October 2004 to September 2005, through the use of gillnets in three areas and the abundance of each species was determined through the catch per unit effort (CPUE) in number of individuals and biomass. The assemblage was composed in majority by Characiformes, followed by Siluriformes. Statistical analysis demonstrate no significant differences between the number of individuals and biomass in the diel distribuition pattern amongst the seasons of the year and abiotic factors measured. However, when the assemblage was compared between the seasons of the year independent the diel variations the Autumn is significantly the season with the largest number of individuals captured. The individuals biomass in the Autumn is significantly equal of the Winter and both values are significantly larger than the ones displayed during the Spring and the Summer. The regression analysis established a significant result between the number of individuals collected and the average rainfall, demonstrating that the number of individuals caught increased with the rainfall. The species Cyphocarax voga that presents detritivorous feeding habits was the largest captured in number of individuals and biomass irrespective of season and diel and together with Astyanax fasciatus, Pachyurus bonariensis, Parapimelodus nigribarbis, Pimelodus maculatus, Loricariichthys anus and Hoplosternum littorale that present bentophagous habits, represented 70% of the total capture in number of individuals and biomass. In general the assemblage occupied more the column water, feeding of a larger number of alimentary items, during the periods of highest rainfall where occurred the highest values of alimentary overlap, while in the Winter and the Summer, periods of smallest rainfall, the feeding was more strict basing mainly on items found near or in the substratum.

Os objetivos do trabalho foram caracterizar e comparar as assembléias de drosofilídeos em um gradiente que vai de um ambiente florestal ao urbano, e verificar se há uma variação sazonal na abundância destes indivíduos. Para isso foram realizadas dez coletas entre os anos de 2000 e 2003 em quatro pontos com diferentes níveis de urbanização na cidade de Florianópolis, SC, Brasil. Um número bastante alto de espécies foi coletado, sendo 88 pertencentes ao gênero Drosophila, sete ao gênero Zygothrica, e uma de cada um dos demais gêneros coletados – Diathoneura, Hirtodrosophila, Rhinoleucophenga, Scaptodrosophila e Zaprionus. Foi observada uma mudança gradual na estrutura das assembléias estudadas, sendo que no ponto de menor urbanização, localizado em uma área de Mata Atlântica, as espécies dominantes foram as do subgrupo willistoni de Drosophila e Drosophila capricorni, enquanto que nos pontos de maior urbanização as espécies dominantes foram D. simulans, D. malerkotliana e Zaprionus indianus. A abundância absoluta das espécies nativas manteve-se na cidade e não foi observado um decréscimo na riqueza de espécies com o aumento da urbanização. Constatou-se uma variação sazonal típica de cada ambiente estudado, sendo que no ponto de menor urbanização (Mata Atlântica), D. capricorni apresentou um aumento em sua abundância durante os invernos e épocas adjacentes e nas outras épocas do ano o subgrupo willistoni dominou. Nos pontos de maior urbanização, observou-se a dominância de D. simulans nos invernos, de D. malerkotliana nos outonos e de Z. indianus nos verões, sendo que as primaveras foram caracterizadas como uma estação de transição, ora dominada por D. simulans ou por Z. indianus. / This work aimed to characterise and to compare the drosophilid assemblages into a gradient across forest to urban environments, and to verify if there was a sazonal variation in the abundance of individuals. For this, we make ten samples between the years 2000 and 2003 in four sites with different urbanization levels in the city of Florianópolis, SC, Brazil. A high number of species was collected, being, 88 of the genus Drosophila, seven of the genus Zygothrica, and one of each other collected genus – Diathoneura, Hirtodrosophila, Rhinoleucophenga, Scaptodrosophila and Zaprionus. We observed a gradual change in the structure of the studied assemblages, and in the non urbanization site, localized in a Atlantic Rain Forest area, the dominant species were those of the willistoni subgroup of Drosophila and Drosophila capricorni, and in the high urbanization sites, the dominant species were D. simulans, D. malerkotliana and Zaprionus indianus. The absolute abundance of native species remained constant in the city and was not observed a decrease in the species richness with the grow up of the urbanization. It was also detected a typical sazonal variation in each studied environment: in the low urbanization site (Atlantic Forest) D. capricorni presented an increase of its abundance during the winters and adjacent months whereas, in other seasons of year, the willistoni subgroup was dominant. In the high urbanization sites, we observed the dominance of D. simulans in the winters, of D. malerkotliana in the autumns and of Z. indianus in summers. The springs were characterized as a transitional season, sometimes dominated by D. simulans and sometimes by Z. indianus.

Submitted by Johnsson Rodrigo (r.johnsson@gmail.com) on 2013-09-03T03:30:29Z No. of bitstreams: 1 EUVALDO_SILVA_DEFINITIVA.pdf: 1461931 bytes, checksum: b58e4aa27ee3926c3a858d5786798c63 (MD5) / Approved for entry into archive by Alda Lima da Silva(sivalda@ufba.br) on 2013-09-03T17:53:41Z (GMT) No. of bitstreams: 1 EUVALDO_SILVA_DEFINITIVA.pdf: 1461931 bytes, checksum: b58e4aa27ee3926c3a858d5786798c63 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-09-03T17:53:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 EUVALDO_SILVA_DEFINITIVA.pdf: 1461931 bytes, checksum: b58e4aa27ee3926c3a858d5786798c63 (MD5) / FAPESB, CNPq / Hypsiboas semilineatus é uma perereca de médio porte distribuída ao longo de quase toda extensão da Floresta Atlântica brasileira, desde o Estado de Pernambuco até o Estado de Santa Catarina. A espécie foi sucintamente descrita por Spix em 1824 como uma variedade de Hyla geographica (=Hypsiboas geographicus). Desde então vários autores subsequentes apresentaram descrições de novas espécies baseada em juvenis que posteriormente foram corretamente identificados como de H. semilineatus. Isso deveu-se ao fato de a morfologia dos juvenis de H. semilineatus ser muito diferente da dos adultos, o que resultou em um histórico taxonômico confuso envolvendo a identidade da espécie. Um século mais tarde, H. semilineatus foi sinonimizada com H. geographicus e, em seguida, separadas novamente. A revalidação de H. semilineatus como espécie plena foi baseada em cinco caracteres qualitativos e não houve apresentação de estatística associadas às diferenças em relação a H. geographicus. Desta maneira este trabalho visou (1) re-descrever a espécie de ocorrência atlântica, (2) caracterizar seus padrões de variação ao longo do gradiente latitudinal no qual se distribui e (3) testar a hipótese nula de que a espécie representa um complexo de espécies ao longo de sua distribuição. A abordagem utilizada para o tratamento dos dados foi a da taxonomia integrativa com a utilização de diferentes linhas de evidência (morfometria, bioacústica e padrão de desenho/colorido) para delimitar espécie. Em uma fase posterior, foram analisadas as demais espécies do grupo de H. semilineatus a fim de apresentar as relações morfométricas entre as mesmas e subsidiar suas diagnoses. / Salvador

Submitted by Ana Maria Fiscina Sampaio (fiscina@bahia.fiocruz.br) on 2013-12-03T17:12:28Z No. of bitstreams: 1 Adriano Fernando. Diversidade molecular do vírus da imunodeficiência humana tipo 1 no Estado da Bahia.pdf: 1800707 bytes, checksum: fd3fd39de36c36138cbe968ca109c794 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-12-03T17:12:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Adriano Fernando. Diversidade molecular do vírus da imunodeficiência humana tipo 1 no Estado da Bahia.pdf: 1800707 bytes, checksum: fd3fd39de36c36138cbe968ca109c794 (MD5) Previous issue date: 2010 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisa Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brasil / A análise de sequências genômicas é uma forma poderosa para se estudar a diversidade do HIV-1 e sua expansão nas populações, além de ser crucial para dar suporte à vigilância epidemiológica e ao desenvolvimento de terapias e vacinas eficazes. Neste estudo foram geradas sequências dos genes gag e env do HIV-1 de 61 pacientes infectados em Salvador e do pol de 58 pacientes de Feira de Santana, Bahia, Brasil. A bioinformática foi utilizada para subtipar, genotipar as mutações de resistência, determinar a pressão seletiva e predizer o uso de coreceptor. Em Salvador, 92,6% das amostras foram do subtipo B e 7,4% foram recombinantes BF1. Em Feira de Santana, 67,2% foram do subtipo B, 6,9% F1, 1,7% C e 24,1% BF1. Onze (19,0%) destes isolados apresentaram mutações de resistência. Pacientes infectados pelo B tinham em média 0,4 mutações de resistência e nenhuma mutação deste tipo foi observada em BF1. Com base na caracterização da alça V3 do gene env em 43 amostras de Salvador, foram encontradas 18,2% de variantes brasileiras (B’-GWGR), 46,5% de GPGR e 34,9% de GXGX. O tempo médio de diagnóstico positivo foi de 13 anos para o subtipo B' e 9 anos para o subtipo B (GPGR + GXGX). Setenta e seis por cento destes vírus fazem uso do coreceptor CCR5, enquanto 24% foram classificados como capazes de usar o CXCR4. Encontramos uma associação entre o subtipo B’ e um maior tempo em anos de diagnóstico positivo para HIV-1. As prevalências de subtipo B' e de recombinante B/F1 em Salvador foram menores do que as encontradas em estudos anteriores na Bahia e no Brasil, por outro lado, em Feira de Santana foi encontrada uma alta prevalência de B/F1. / Genomic analysis of sequences is a powerful tool to perform studies in HIV-1 diversity and expansion in the populations and it is crucial to give support to epidemiological surveillance, new therapies and vaccines development. In this study, sequences were generated from gag and env genes from 61 HIV-1 infected patients sampled in Salvador and from pol gene in 58 infected patients sampled in Feira de Santana, Bahia, Brazil. Bioinformatic tools were used to subtype, genotype the resistance mutations, determine the selective pressure and to predict coreceptor use. In Salvador, 92.6% of the samples were subtype B and 7.4% were recombinant BF1. In Feira de Santana, 67.2% of the samples were subtype B, 6.9% were F1, 1.7% was C and 24,1% were recombinant BF1. Eleven (19.0%) of these isolates presented resistance mutations. HIV-1 subtype B infected individuals had, in average, 0.4 resistance mutations by sequence and no mutation was observed in BF1. With regard to V3 loop of gene env, it was found 18.2% of Brazilian variants (B'-GWGR), 46.5% of GPGR and 34.9% of GXGX. The env sequences showed through to negative pressure. The time, in average, since the diagnosis was 13 years among subtype B' and 9 years among subtype B isolates. Seventy-six percent of these viruses use the CCR5 coreceptor, while 24% were able to use CXCR4. We have found an association between subtype B’ and a longer period of time since the HIV positive diagnosis. The prevalence of B’ and B/F1 in Salvador were smaller than the found in previous studies in Bahia state and in Brazil, on the other hand, in Feira de Santana it was found a higher prevalence of B/F1.

COAN, Márluce. Anterioridade a um ponto de referência passado: pretérito (mais-que-) perfeito. 1997. 183f. Dissertação (Mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Pós-Graduação em Letras/Linguística, Florianópolis, 1997. / Submitted by Hanna Sandy (nannybells@gmail.com) on 2016-09-22T12:45:53Z No. of bitstreams: 1 1997_dis_mcoan.pdf: 7234458 bytes, checksum: 47c125a80cc6049f2817de8a8f193955 (MD5) / Approved for entry into archive by Márcia Araújo (marcia_m_bezerra@yahoo.com.br) on 2016-09-26T22:29:40Z (GMT) No. of bitstreams: 1 1997_dis_mcoan.pdf: 7234458 bytes, checksum: 47c125a80cc6049f2817de8a8f193955 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-26T22:29:40Z (GMT). No. of bitstreams: 1 1997_dis_mcoan.pdf: 7234458 bytes, checksum: 47c125a80cc6049f2817de8a8f193955 (MD5) Previous issue date: 1997 / This research aims at dealing with anteriority to a past reference point, codified, in Portuguese, as “pretérito mais-que-perfeito composto” (pluperfect) and “pretérito perfeito anterior” (simple past) verb forms, using data from “Projeto VARSUL” (Variação Lingüística Urbana na Região Sul). Through the discussion of tense, aspect and reference point, some restrictions are established in order to define the variation context and allow the identification of verb forms as those variants which carry the same representational meaning. In so doing, this research is inserted in Linguistic Functionalism and Sociolinguistic Analysis. The results have characterized the phenomenon in question as a complex functional domain, influenced by motivations of a different nature: i) semantic ones (such as dynamicity and duration of temporal situation), ii) structural-semantic ones (such as causality and time), and iii) structural ones (such as formal parallelism). On the other hand, the phenomenon shows sensitivity to age, pointing to a possible linguistic change in progress. / Esta pesquisa tem por objetivo tratar da função de anterioridade a um ponto de referencia passado, codificada em português pelas formas de pretérito mais-que-perfeito composto e pretérito perfeito anterior, a partir de dados do Projeto VARSUL (Variação Lingüística Urbana na Região Sul). Através da discussão das noções de tempo verbal, aspecto e ponto de referência, são estabelecidas algumas restrições que delimitam o contexto de variação e permitem identificar as formas verbais como variantes que carregam o mesmo significado representacional. Com esta trajetória, a pesquisa insere-se no quadro teórico do Funcionalismo Lingüístico e da Sociolingüística Variacionista. Os resultados obtidos caracterizam o fenômeno em estudo como um domínio funcional complexo, que sofre influência de motivações de natureza diversa: semânticas (como, por exemplo, dinamicidade e duração da situação temporal); semântico-estruturais (como relação de causalidade e de temporalidade); estruturais (como paralelismo formal). Por outro lado, o fenômeno mostra-se sensível ao fator social idade, apontando para uma possível mudança em progresso.

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Agrárias, Programa de Pós-Graduação em Aqüicultura, Florianópolis, 2014. / Made available in DSpace on 2015-02-05T20:29:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1 328846.pdf: 1157909 bytes, checksum: b1a1bf0f760520d4c541bbd15d4abf86 (MD5) Previous issue date: 2014 / O objetivo do trabalho foi estudar a diversidade genética do gene HSP70 através da análise de SNPs em três populações (LV A, LV B e LV C) de Litopenaeus vannamei comercializadas no Brasil e verificar se existe associação entre seus genótipos e a tolerância ao vírus da síndrome da mancha branca. (WSSV). Um desafio viral foi efetuado com a população LV B (nunca exposta à doença viral). O fragmento (posição 475 a 1594) do gene HSP70 foi amplificado em PCR com os iniciadores específicos. Neste estudo utilizou-se 5 SNPs (C661A, T712C, C782T, C892T e C1090T) presentes nas três populações. As heterozigozidades (Ho e He) foram menores nas populações LV A e LV B (sem controle de pedigree) comparadas com LV C (com melhoramento genético de resistência a vírus). O FIS indicou que as populações LV A e LV B possuem maiores coeficientes endogamia (4,5 e 5,0 x maiores, respectivamente) comparadas com a população LV C. Houve uma baixa divergência gênica (FST: 0,042; GST: 0,031) e diferenças entre as populações (p<0,05). Uma baixa distância genética (NeiD) foi observada entre as populações, com diferença fenotípicas (p<0,05) no SNP C892T entre as populações sem controle de pedigree (LVA e LV B) e a população com melhoramento genético de resistência viral (LV C). No desafio viral não se observou diferenças entre os genótipos e a tolerância ao WSSV, mas com um aumento da frequência no alelo T do SNP C892T. Podemos concluir que existem pequenas diferenças entre as três populações cultivadas no Brasil e uma possível relação do SNPs C892T a doenças virais.<br> / Abstract : This work was aimed at studying the genetic diversity of HSP70 gene by analyzing SNPs in three Litopenaeus vannamei populations (LV A, LV B and LV C) marketed in Brazil and investigating whether its genotypes are somehow associated to tolerance to the white spot syndrome virus (WSSV). A viral challenge was carried out with the LV B population (never subjected to the viral disease). A fragment (position 475 to 1594) of the HSP70 gene was PCR amplified with specific primers. In this study we used 5 SNPs (C661A, T712C, C782T, C892T and C1090T) present in three populations. Heterozygosities (Ho and He) were lower in the populations LV A and LV B (no pedigree control) when compared with LV C (with breeding for virus resistance). FIS has revealed that the populations LV A and LV B have higher inbreeding coefficients (4.5 and 5.0 x higher, respectively) when compared with LV C. There have been low genetic divergence (FST: 0.042; GST: 0.031) and differences between populations (p<0.05). Low genetic distance (NeiD) was observed amongst populations and there were phenotypic differences (p<0.05) in the SNP C892T of populations without pedigree control (LVA and LV B) and that subjected to breeding for viral resistance (LV C). In viral challenge there were no differences between the genotypes and tolerance to WSSV, but the T allele frequency was seen to have increased in SNP C892T. We can therefore conclude that there are small differences between the three populations grown in Brazil, as well as a possible association of C892T SNPs with viral diseases.

Tese (doutorado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Agrárias, Programa de Pós-Graduação em Recursos Genéticos Vegetais, Florianópolis, 2014. / Made available in DSpace on 2015-04-29T20:58:20Z (GMT). No. of bitstreams: 1 333012.pdf: 2263757 bytes, checksum: 22eb7b852010331ba3e78735bf898eee (MD5) Previous issue date: 2014 / Acca sellowiana (O. Berg) Burret, conhecida comumente como goiabeira-serrana ou feijoa, é uma Myrtaceae que ocorre na região neotropical da América do Sul. A espécie possui potencial como frutífera, ainda pouco explorado no Brasil, mas bem difundido no exterior. O objetivo deste trabalho foi caracterizar a diversidade genética em nível de sequências de DNA de cloroplasto (cpDNA) e marcadores microssatélites nucleares (nSSRs) e, com base nesses dados, determinar relações filogeográficas, quantificar diversidade genética, avaliar estrutura genética espacial intrapopulacional, fluxo gênico e o sistema se cruzamento, afim de compreender o cenário evolutivo da espécie e contribuir para sua conservação e melhoramento. Para filogeografia foram sequenciados os espaçadores intergênicos plastidiais trnH-psbA e trnS-trnG em 32 populações, gerando 10 haplótipos. Oito haplótipos estão localizados ao norte da distribuição natural da espécie, em latitudes inferiores a 29o32?S e altitude superior a 500 m, sendo este o centro de maior diversidade da espécie. Foram encontrados indícios de expansão recente na distribuição meridional da espécie, mas isto deve ser comprovado com estudos adicionais, em razao do baixo polimorfismo das sequências analisadas. Visando elucidar esta possível expansão são indicadas análises com marcadores nSSRs. Foram encontrados dois padrões de distribuição da diversidade: i) na região com latitude inferior a 29o32?S a espécie é encontrada em altitude superior a 500 m em associação com a Mata de Araucária, a diversidade é maior e não apresenta expansão recente; ii) a partir de latitudes maiores que 29o65?S, a espécie ocorre abaixo de 400 m, a diversidade é menor e apresenta indícios de expansão recente. Para futuros estudos mais aprofundados em filogeografia foram desenvolvidos 10 novos locos nSSRs. Os novos marcadores apresentaram polimorfismo suficiente para análises genéticas, além de alguns deles serem transferíveis para outras espécies de Myrtaceae. Amostras de plantas de feijoa introduzidas e cultivadas fora da região de ocorrência natural foram caracterizadas através de nSSRs e mostraram uma diversidade restrita, evidenciando um gargalo genético decorrente da dispersão global da espécie a partir de poucos genótipos. Com base nessas análises foi possível verificar a similaridade dos acessos introduzidos com populações que ocorrem na região sul da distribuição natural da espécie. Oito nSSRs apresentaram equilíbrio genotípico e padrão de herança mendeliana, além de ligação genética não significativa, indicando o potencial deste conjunto de locos para a realização de análises como fluxo gênico e sistema de cruzamento. Esses mesmos marcadores foram utilizados para as análises intrapopulacionais, sendo confirmado que a espécie é preferecialmente alógama (tm = 0,895); porém, a área estudada indicou cruzamento entre parentes, que juntamente com o restrito fluxo gênico, levou à distribuição não aleatória dos genótipos e o agrupamento de indivíduos aparentados. Esses fatores contribuíram para a uma significativa estrutura genética espacial (até 54 m). Os resultados demonstram que os níveis atuais de fluxo gênico não são suficientes para evitar efeitos de deriva genética na população analisada. Em conclusão, este estudo gerou conhecimento sobre a história evolutiva de A. sellowiana, assim como sobre sua área de ocorrência, seu possível centro de origem e diversidade, e sua dinâmica da diversidade genética, nos níveis inter- e intra-populacional, trazendo novas informações com grande potencial de contribuir para novos estudos, programas de melhoramento e conservação da espécie.<br> / Abstract : Acca sellowiana (O. Berg) Burret, known as feijoa or pineapple-guava, is a Myrtaceae species from the neotropical region of South America. The species has potential for fruit production, which is underexploited in Brazil, but widespread in other countries. The objective of this study was to characterize the genetic diversity at the chloroplast DNA (cpDNA) sequence and nuclear microsatellite marker (nSSR) levels and, based on these data, to determine phylogeographic relations, estimate the genetic diversity, and evaluate intra-population spatial genetic structure, gene flow and mating system, in order to comprehend the species' evolutionary process and contribute to its conservation and breeding. For the phylogeography purposes the plastidial intergenic spacers trnH-psbA and trnS-trnG from plants of 32 populations were sequenced, generating 10 haplotypes. Eight haplotypes were found in the northern area of the species' natural distribution, at latitudes lower than 29o32?S and altitudes higher than 500 m, characterizing the region with the highest genetic diversity. Signatures of recent expansion in the southern portion of the species' distribution were detected, but this should be confirmed with aditional studies, due to the low polymorphism of the analyzed sequences. To address this possible expansion, further analyses with SSR markers are suggested. Two distinct patterns of diversity distribution were found: i) in lower latitudes (<29o32?S) the species is found at altitudes above 500 m, in association with the Araucaria Forest, the genetic diversity is higher and the populations do not show recent expansion; ii) in latitudes higher than 29o65?S, the species occurs at altitudes below 400 m, diversity is lower and there are signatures of recent expansion. Ten new nSSR loci were developed, and these new markers showed sufficient polymorphism for genetic analyses, with some of them being transferable to other Myrtaceae species. Samples of feijoa introduced and cultivated outside the region of natural occurrence were characterized through nSSR markers. The obtained data showed restrict genetic diversity, which indicates the existence of a genetic bottleneck in the global dispersion of the species, which probably started with few genotypes. In addition, it was possible to verify similarity between the introduced material and populations located at the southern portion of the species' natural ocurrence. To characterize intra-population spatial genetic diversity, gene flow and mating system, eight nSSRs were used. These nSSRs presented genetic equilibrium and mendelian inheritance, coupled to negligible genetic linkage, evidencing the potential of this set of loci forthe proposed studies. The intra-population analyses confirmed that the species has outcrossing mating system (tm = 0.895). However, crossings between relatives were found in the studied population, and that coupled to restrict gene flow led to a non-random distribution of genotypes and the clustering of related plants. These results reflect a significant spatial genetic structure (up to 54 m). In addition, the results indicate that current observed levels of gene flow are not sufficient to prevent genetic drift effects in the studied population. In conclusion, this study provided knowledge about the evolutionary history of A. sellowiana, including information about it's area of occurrence, its possible center of origin and diversity, the natural populations in which it occurs, and the dynamics of its genetic diversity, at the inter- and intra-population level, ultimately bringing new information with great potential to contribute to the species' study, breeding and conservation programs.

Made available in DSpace on 2016-03-15T14:20:20Z (GMT). No. of bitstreams: 2 valdirene_lima_ioc_dout_2014.pdf: 15571540 bytes, checksum: e4633794a1c6f64eec517dd443edba9d (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2016-01-13 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / A Tripanossomíase por Trypanosoma cruzi (Kinetoplastida, Trypanosomatidae) é uma antiga zoonose amplamente distribuída do Sul dos Estados Unidos ao Sul da Argentina. O Brasil dispõe de seis biomas ecologicamente distintos: Amazônia, Cerrado, Caatinga, Pantanal, Mata Atlântica e Pampa. A transmissão silvestre do T. cruzi ocorre ao longo desses biomas, envolvendo uma ampla variabilidade de hospedeiros e vetores. T. cruzi é subdividido em sete unidades discretas de tipagem (Discrete Typing Unit - DTU), TcI a TcVI e uma recentemente reconhecida, TcBat. O conhecimento sobre o padrão de distribuição geográfica dessas DTUs ainda é incompleto. TcI é o mais disperso ao longo de toda área de distribuição do parasita inclusive os biomas brasileiros. Analisamos a diversidade de TcI, originado de cinco biomas, exceto do Pampa, com a abordagem MLMT (Multilocus Microsatellite Typing). Foram caracterizados 107 isolados de TcI originados de 29 espécies de mamíferos silvestres e vetores usando vinte e sete loci nucleares de microssatélites e dez loci mitocondriais. Nós comparamos esses dados com isolados TcI de toda a América. A diversidade genética foi alta entre os isolados desse estudo além de se evidenciar um novo clado que se destacou de toda diversidade genética conhecida de TcI nas Américas Detectamos introgressão mitocondrial ocorrendo através do intercâmbio genético entre a Amazônia e a Caatinga. Observamos similaridades genéticas entre isolados da Mata Atlântica com isolados de todos os outros biomas analisados. A fragmentação da diversidade genética das populações TcI da Mata Atlântica pode estar refletindo o padrão de fragmentação desse bioma. Sugerimos que a diversidade do T. cruzi I possa servir como uma sentinela da conservação de ecossistemas. A segunda DTU mais isolada no meio silvestre no Brasil é TcII. O padrão de distribuição de TcII e DTUs híbridas TcV e TcVI na natureza e sua diversidade genética são umas das numerosas lacunas no conhecimento do T. cruzi, incluindo a suposta ausência dessas DTUs na Amazônia. Neste estudo analisamos a diversidade genética de 60 isolados TcII pela análise de 19 loci microssatélites nucleares. Alto grau de diversidade foi verificado nesse painel de isolados TcII em pequenas áreas da Mata atlântica e Caatinga e entre hospedeiros geneticamente homogêneos como os Leontopithecus spp. Diferentes graus de estruturação populacional foram observados nestes locais. A complexidade de estruturação e diversidade sugere que esse genótipo é mais disperso do que indica sua prevalência nos isolamentos em meio de cultura em uma variedade maior de hospedeiros A pesquisa da enzootia por T. cruzi no estado do Pará levou ao encontro dos genótipos TcII e híbrido (V ou VI) circulando entre triatomíneos e cães, respectivamente. Este achado mostrou que o TcII é presente na Amazônia e portanto nos cinco principais biomas brasileiros ao contrário da clássica distribuição dessa DTU descrita na litertura. A presença de Tc híbrido na Amazônia, é mais intrigante devido a enorme extensão geográfica em que essas DTUs não são descritas no Brasil, e pode sugerir a existência de diferentes estratégias de infecção que estejam prevenindo seu isolamento e subestimando sua real prevalência na natureza / The Trypanosomiasis by Trypanosoma cruzi ( Kinetoplastida , Trypanosomatidae ) is an ancient zoonosis widely distributed in the southern United States to southern Argentina. Brazil has six ecologically distinct biomes: Amazon, Cerrado, Caatinga, Pantanal, Atlantic Forest and Pampa. The sylvatic transmission of T. cruzi occurs along these biomes, involving a wide variability of hosts and vectors. T. cruzi is divided into seven discrete typing units (DTU), TcI the TcVI and a recently recognized, TcBat. The knowledge about the geographic distribution pattern of these DTUs is still not complete. TcI is more dispersed throughout the distribution area of parasite including Brazilian biomes. We analyze the diversity of TcI, originated five biomes except the Pampa, with MLMT approach (Multilocus Microsatellite Typing ). 107 isolates were characterized TcI originated from 29 species of wild mammals and vectors using twenty-seven nuclear microsatellite loci and ten mitochondrial loci. We compare these data with TcI isolates across Americas. Genetic diversity was high among the isolates in this study in addition to evidence of a new clade that stood out from all known TcI genetic diversity in the Americas. We detected mitochondrial introgression occurring through genetic exchange between the Amazon and the Caatinga. Observed genetic similarities among isolates of the Atlantic Forest with isolates of all other biomes analyzed. The fragmentation of genetic diversity of TcI the Atlantic populations may reflect the fragmentation pattern of this biome. We suggest that the diversity of T. cruzi I can serve as a sentinel ecosystem conservation. The second most isolated DTU in the wild environment in Brazil is TCII. The distribution pattern of TCII and hybrid DTUs TCV and TcVI in nature and their genetic diversity are some of the many gaps in the knowledge of T. cruzi, including the supposed absence of these DTUs on Amazon. This study analyzed the genetic diversity of 60 isolates TCII by analysis of 19 nuclear microsatellite loci. High degree of diversity was found in this panel TCII isolates in small areas of the Atlantic Forest and Caatinga and among genetically homogeneous hosts as Leontopithecus spp. Different degrees of population structure were observed at these sites. The complexity and diversity of structure suggests that this genotype is more dispersed than indicating its prevalence in isolates in culture medium in a greater variety of research hospedeiros.A enzootic T. cruzi in the state of Pará led to the meeting of TCII genotypes and hybrid (V or VI ) circulating among triatomine bugs and dogs , respectively. This finding showed that TCII is present in the Amazon and therefore the five major Brazilian unlike the classical distribution described in this DTU litertura biome. The presence of Tc hybrid in the Amazon , is more intriguing because of the enormous geographic extent to which these DTUs are not described in Brazil , and may suggest the existence of different infection strategies that are preventing their isolation and underestimating their actual prevalence in nature. Alternative ways to investigate genotypes in biological samples can clear up on its distribution.