As origens das populações e o processo de povoamento das Américas são questões bastante controversas e, por isso, têm sido amplamente estudadas. O gene LDLR (low density lipoprotein receptor), que está localizado no braço curto do cromossomo 19 (p13.1-p13.3) e possui 18 éxons, bem como uma porção 3’UTR onde ocorrem dois elementos Alu completos (chamados de U e D) e um parcial, foi escolhido para esclarecer esses e outros problemas de evolução e variação genética humana. O objetivo geral deste trabalho foi verificar o que esta região hipervariável, especificamente na sua porção U, nos indicaria sobre a história evolutiva das populações ameríndias. Para este trabalho foram analisadas amostras de DNA de indivíduos nativos da Mongólia (n=24), da Sibéria (n=26), das Américas do Norte (n=11), Central (n=26) e do Sul (n=16), totalizando 14 populações e 103 indivíduos. Essas amostras foram amplificadas pela técnica de PCR (polymerase chain reaction), utilizando-se primers específicos para o segmento hipervariável U e, posteriormente, foram elas seqüenciadas automaticamente. Quatorze sítios polimórficos foram encontrados, classificáveis em sete haplótipos, sendo que o sítio 3809 apresentou uma transversão de C para G não descrita na literatura. A estimativa geral de diversidade nucleotídica (π) foi de 0.62%, considerada alta para um marcador autossômico. Verificou-se uma certa uniformidade haplotípica entre a Ásia e a América, mas com a diferenciação maior ocorrendo entre a Mongólia e a América+Sibéria. Não foi detectada diferenciação significativa entre nativos sul e centro-americanos. De um modo geral, o estudo desse marcador confirmou uma provável origem asiática para as populações ameríndias e apoiou a hipótese de uma única onda de migração no processo de povoamento pré-histórico das Américas.

Submitted by Mario BC (mario@bc.ufrpe.br) on 2017-10-03T13:42:24Z No. of bitstreams: 1 Fernando Parente Lima Filho.pdf: 3971893 bytes, checksum: 256a350606462b5ded7d3c369e4c095d (MD5) / Made available in DSpace on 2017-10-03T13:42:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Fernando Parente Lima Filho.pdf: 3971893 bytes, checksum: 256a350606462b5ded7d3c369e4c095d (MD5) Previous issue date: 2015-09-11 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The culture of onion due to its productive potential and nutritional value is one of the most important vegetable crops in the world, representing a significant source of income in irrigated high areas São Francisco in the Brazilian Northeast where soil salinity risks constitute obstacles to the full development of culture. This study aimed to estimate the genetic variability of the cultivar, ValeOuro IPA-11, as its tolerance to salinity by estimating genetic parameters as the characters emergency speed index, germination, leaf length on growth rate, number of leaves, survival and dry matter. Therefore, we analyzed 50 progenies of half-sib, obtained from individual plants seed harvest taken at random in seed production field in Petrolândia-PE in November 2014 and submitted to three levels of salinity in sub-irrigation system in a greenhouse at the Federal Rural University of Pernambuco, Recife-PE, between the months of May and June 2015. The experimental design was a randomized block in split plot with three replications. The genetic parameter estimates showed that there is genetic variability among the progeny derived from onion cultivate ValeOuro IPA-11 as tolerance to salt stress, making it possible chance of success in the selection of superior materials in future breeding programs. The genetic correlation estimates indicated that selection for length characters of leaf, leaf number and survival can increase the production of dry matter in salt stress conditions. / A cebola é uma das mais importantes olerícolas do mundo, representando expressiva fonte de renda nas áreas irrigadas do submédio São Francisco no Nordeste Brasileiro onde os riscos de salinidade dos solos constituem-se em obstáculos ao pleno desenvolvimento da cultura. O presente trabalho teve como objetivo estimar a variabilidade genética de progênies de meios-irmãos da cultivar ValeOuro IPA-11 submetidas ao estresse salino através da estimativa de parâmetros genéticos, relativos aos caracteres índice de velocidade de emergência, emergência, comprimento de folha, taxa de crescimento relativo, número de folhas, sobrevivência e matéria seca. Para tanto, foram analisadas 50 progênies de meios-irmãos submetidas a três níveis de salinidade em sistema de sub-irrigação em casa de vegetação, entre os meses de maio e junho de 2015. O delineamento experimental utilizado foi de blocos ao acaso no esquema de parcelas subdivididas com três repetições. As estimativas de parâmetros genéticos permitiram concluir que existe variabilidade genética entre as progênies de cebola derivadas da cultivar ValeOuro IPA-11 quanto a tolerância ao estresse salino, possibilitando chance de sucesso na seleção de materiais superiores em futuros programas de melhoramento. As estimativas de correlação genética indicaram que a seleção para os caracteres comprimento de folha, número de folha e sobrevivência podem aumentar a produção de matéria seca em condições de estresse salino.

Submitted by Mario BC (mario@bc.ufrpe.br) on 2017-12-15T13:14:26Z No. of bitstreams: 1 Jose Carlos da Costa.pdf: 1902777 bytes, checksum: 5567e51f0c8a521b57e307714c65ea90 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-12-15T13:14:26Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Jose Carlos da Costa.pdf: 1902777 bytes, checksum: 5567e51f0c8a521b57e307714c65ea90 (MD5) Previous issue date: 2017-07-06 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The Desmanthus and Stylosanthes genus are legumes of the semi-arid, It has great potential for Forage Crops for its nutritional value, hardiness and symbiosis for nitrogen fixation. These genera spontaneously in the sown region of Pernambuco. Thus, knowing the variability of these forage plants is essential for such information to be used as a basis for future research, contributing to the utilization of genetic resources available in genetic improvement. This study had as objective measure the genetic and morphological diversity in Desmanthus and Stylosanthes genus with naturally occurring in Pernambuco. For Stylosanthes, collections were made in the semi-arid region of Pernambuco in September 2015. The species plants were identified in the herbarium of the Instituto Agronômico de Pernambuco-IPA. The accesses were propagated via seeds and cultivated between November 2015 and April 2016 in the Department of Animal Science of the Federal Rural University of Pernambuco at the Dois Irmãos Campus in Recife, Pernambuco. To identify the diversity of Stylosanthes scabra populations, 76 plants were collected from four populations located in the municipalities of Santa Cruz do Capibaribe, Caetés, Sertânia and Petrolina. With the genus Desmanthus, the morphological characterization was performed in 18 accesses and molecular characterization by ISSR marker in 26 accessions. All accesses of Desmanthus belonging to the germplasm bank of forage legumes of the Federal Rural University of Permambuco- UFRPE in the Academic Unit of Serra Talhada-PE implemented in 2012. There is variability in the two genus, however, the Stylosanthes presents greater variability. It was verified the presence of quite contrasting species. S. scabra and S. seabrana were distinguished by higher production of dry leaf mass. In the genus Desmanthus, accesses 235C and 22SA deserve special attention because they are isolated within their groups in both morphological and molecular analyzes and are indicated to be used in breeding programs of the species. Considering the populations of S. scabra. The species presents greater variability among populations (60%) than within populations (40%). The high morphological and genetic variability of the accesses evidences the importance of the collection for future works of genetic improvement. / Os gêneros Desmanthus e Stylosanthes são compostos por leguminosas nativas do semiárido e que apresentam potencial para forragem, pelo valor nutricional, rusticidade e simbiose para fixação biológica de Nitrogênio. Esses gêneros ocorrem de forma expontânea na região semeárida de Pernambuco. Desta forma, conhecer a variabilidade dessas plantas forrageiras é essencial para que tais informações sejam utilizadas como base para pesquisas futuras, contribuindo com a utilização dos recursos genéticos disponíveis no melhoramento genético. Assim, objetivou-se avaliar a diversidade genética e morfológica de algumas espécies dos gêneros Stylosanthes e Desmanthus com ocorrência natural no semiárido de Pernambuco. Para o gênero Stylosanthes, foram realizadass coletas no semiárido de Pernambuco no mês de setembro de 2015. As plantas foram identicadas quanto suas espécies no herbário do Instituto Agronômico de Pernambuco-IPA. Os acessos foram propagados via sementes e cultivadas entre os meses de Novembro de 2015 a Abril de 2016 em telado do Departamento de Zootecnia da Universidade Federal Rural de Pernambuco no Campus de Dois Irmãos, em Recife, Pernambuco. Para identificar a diversidade de populações de Stylosanthes scabra por meio de marcadores ISSR, foram coletadas folhas de 76 plantas pertencentes a quatro populações localizadas nos municípios de Santa Cruz do Capibaribe, Caetés, Sertânia e Petrolina. Com o gênero Desmanthus, foi realizada a caracterização morfológica em 18 acessos e caracterização molecular por marcadores ISSR em 26 acessos. Todos acessos de Desmanthus que foram utilizados na caracterização pertencem ao banco de germoplasma de leguminosas forrageiras da Universidade Federal Rural de Permambuco – UFRPE na Unidade Acadêmica de Serra Talhada-PE implantado em 2012. Constatou-se a existência de variabilidade nos dois gêneros, no entanto, para o gênero Stylosanthes foi confirmado sete espécies. A espécie S. scabra se destacou por maior produção de massa seca de folhas com 6,10g. No gênero Desmanthus, os acessos 235C e 22SA foram os mais divergentes e se apresentam isolados dentro dos seus grupos, tanto nas análises morfológicas quanto moleculares. Considerando as populações de S. scabra, observou-se maior variabilidade entre populações (60%) do que dentro das populações (40%). As altas variabilidades morfológicas e genéticas dos acessos, tanto em Desmanthus quanto em Stylosanthes, evidenciam a importância da coleção para futuros trabalhos de melhoramento genético.

The family Caulimoviridae comprises viruses with semicircular double-stranded DNA genomes encapsulated into isometric or bacilliform particles, being divided into eight genera. The genus Badnavirus is the most important due to its high number of species reported infecting cultivated plants worldwide. The present study aimed to evaluate the taxonomic/phylogenetic positioning and population genetic variability into the genus Badnavirus. Initially, a data set comprising badnavirus full-length genome sequences was obtained from the non-redundant GenBank database. Multiple nucleotide sequence alignments were obtained for the data sets: complete genome; ORF III; full (1020pb) and partial (579pb) RT/RNaseH. Pairwise sequence comparisons, phylogenetic and recombination analyses were performed for all data sets. A total of 127 isolates were obtained, representing 53 badnavirus species. Nucleotide pairwise comparisons for the data sets RT/RNaseH and ORF III showed that a number of distinct badnavirus species shared up to 82,5% of identity, higher than the 80% threshold currently used for species demarcation in the genus. Bayesian phylogenetic trees showed four well supported clusters, with clusters 1 and 3 being sister groups comprising predominantly isolates infecting sugarcane and banana. Non-tree-like evolution evidenced a complex pattern of recombination, and at least 23 independent events were detected with recombination breakpoints occurring predominantly in the ORF III and in the intergenic region. By the analysis of nucleotide diversity of the partial RT/RNaseH region in 12 badnavirus population, a high genetic variability was observed. These results showed that mutation and recombination are important evolutionary mechanisms acting on the diversification of badnaviruses, and that the partial RT/RNaseH sequence is sufficient to determine the taxonomic placement of most viral species described in this genus. / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A família Caulimoviridae compreende fitovírus com genomas semicirculares de DNA de fita dupla encapsidados em partículas isométricas ou baciliformes, sendo dividida em oito gêneros. O gênero Badnavirus é o mais importante devido ao seu alto número de espécies relatadas infectando plantas cultivadas em todo o mundo. O presente estudo teve como objetivo avaliar a variabilidade genética de populações e o posicionamento taxonômico/filogenético de espécies de badnavírus. Inicialmente, sequências completas para o genoma das espécies de badnavírus foram obtidas a partir do banco de dados não-redundante GenBank. Alinhamentos múltiplos das sequências nucleotídicas foram obtidos para os seguintes conjuntos de dados: genoma completo, ORFIII, RT/RNaseH completa (1020nt) e parcial (579nt). Comparações pareadas de sequências, análises filogenéticas, de recombinação e variabilidade genética foram realizadas para os conjuntos de dados. Um total de 127 isolados foram obtidos, representando 53 espécies de badnavírus. As comparações de sequências de nucleotídeos para o conjunto de dados RT/RnaseH (completa e parcial) mostraram que algumas espécies de badnavírus relatadas como distintas apresentam entre 57,1-82,5% de identidade, superior ao limite de 80,0% atualmente utilizado para a demarcação de espécies em Badnavirus. Resultados similares foram observados para os dados da ORFIII e genoma completo, reforçando que sequências parciais do domínio RT/RNaseH são suficiente para determinar o posicionamento taxonômico da maioria das espécies descritas neste gênero. Quatro grupos (clusters 1-4) bem suportados foram observados nas árvores filogenéticas para genoma completo e ORFIII, com os cluster 1 e 3 formando grupos irmãos compreendendo espécies/isolados infectando predominantemente cana-de-açúcar (Saccharum spp.) e banana (Musa spp.). Análise de evolução em rede evidenciou alguns possíveis eventos de recombinação afetando a diversificação de espécies de badnavírus, com pelo menos 23 eventos independentes sendo detectados com pontos de recombinação ocorrendo predominantemente na ORFIII e região intergênica. Finalmente, altos índices de diversidade nucleotídica foram observados para a região RT/RnaseH parcial em populações de 12 espécies distintas de badnavírus. Estes resultados mostram que mutação e recombinação são mecanismos importantes atuando na evolução dos badnavírus.

Submitted by Gabriela Lopes (gmachadolopesufpel@gmail.com) on 2018-10-23T14:00:16Z No. of bitstreams: 1 TESE Mariana Peil VERSÃO CORRIGIDA.pdf: 2685533 bytes, checksum: 792fb6d377fb546168a4c6e1f05c79c9 (MD5) / Approved for entry into archive by Aline Batista (alinehb.ufpel@gmail.com) on 2018-11-13T15:54:17Z (GMT) No. of bitstreams: 1 TESE Mariana Peil VERSÃO CORRIGIDA.pdf: 2685533 bytes, checksum: 792fb6d377fb546168a4c6e1f05c79c9 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-11-13T15:54:17Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TESE Mariana Peil VERSÃO CORRIGIDA.pdf: 2685533 bytes, checksum: 792fb6d377fb546168a4c6e1f05c79c9 (MD5) Previous issue date: 2018-08-20 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / O aumento da produção no Brasil, assim como no mundo, é uma estratégia para segurança alimentar. No entanto, uma estagnação nos aumentos de produtividade devido, entre outros fatores, a redução da variabilidade genética através da seleção ao passar dos anos. Triticum timopheevii Zhuk. (2n = 28, composição genômica AtAtGG) é um trigo tetraploide e possui alelos desejáveis, principalmente para resistência a doenças, e ele pode ser usado para ampliar variabilidade genética no trigo. Este estudo propôs realizar a introgressão de segmentos de DNA de T. timopheevii. em uma cultivar elite de trigo brasileira. Linhas de T. aestivum/T. timopheevii na geração RC2 foram polinizadas com TBIO Sinuelo (TBIO) e um arranjo de genotipagem Affymetrix Axiom Array juntamente com hibridização genômica in situ (GISH) foram utilizados para detectar e caracterizar as introgressões. No total, 548 cruzamentos foram realizados, e 4.579 sementes foram produzidas possibilitando a geração de um mapa de ligação do T. timopheevii. Este mapa foi usado para identificar 316 introgressões putativas nos híbridos trigo/T. Timopheevii. Foram encontradas introgressões dos grupos de ligação. A análise comparativa confirmou as translocações 4AtL/5AtL herdadas do T. urartu e já reportadas no T. timopheevii e as translocações específicas da espécie 6AtS/1GS 3AtL/4AtL presentes no T. timopheevii. Os dados obtidos aqui mostram que T. timopheevii tem um grande potencial para ser usado em programas de melhoramento porque suas linhas de introgressão apresentam altas taxas de germinação alta fertilidade e boa produção de sementes. / Increasing wheat yield in Brazil, as well as in the world, is a strategy for food security. However, a stagnation has been observed, due to, among other things, the reduction of genetic variability through selection over the decades. Triticum timopheevii Zhuk. (2n = 28, genome composition AtAtGG) is a tetraploid wheat which has desirable alleles, mainly for disease resistance, and it can be used to increase genetic variability in wheat. This study proposed performing the introgression of DNA segments from T. timopheevii lines into a Brazilian elite cultivar. Wheat/T. timopheevii lines in BC2 generation were pollinated with TBIO Sinuelo (TBIO) and Affymetrix Axiom Array along with genomic in situ hybridisation (GISH) were used to detect and characterize introgressions. In total, 548 crosses were performed, and 4,579 seeds were produced enabling the generation of a linkage map of T. timopheevii. This was used to identify 316 T. aestivum/T. timopheevii putative introgressions. Introgressions of all 14 groups of T. timopheevii were found. Comparative analysis showed that T. timopheevii has the 4AtL/5AtL translocations inherited from T. urartu and the species-specific 6AtS/1GS, 3AtL/4AtL already reported in T. timopheevii. From the data obtained T. timopheevii has good potential to be used in introgression programs because its introgression lines present high germination rates, fertility level and good seed production.

Submitted by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2017-08-28T13:56:47Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese - Pedro Queiroz.pdf: 1474549 bytes, checksum: aa81d9772c52aac3beeb7901a81f8585 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2017-08-28T13:57:02Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese - Pedro Queiroz.pdf: 1474549 bytes, checksum: aa81d9772c52aac3beeb7901a81f8585 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-08-28T13:57:02Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese - Pedro Queiroz.pdf: 1474549 bytes, checksum: aa81d9772c52aac3beeb7901a81f8585 (MD5) Previous issue date: 2009-06-24 / The guaranazeiro (Paullinia cupana var. sorbilis) has potential of use in agroforestry systems and diverse products with aggregated value becoming attractive economically; however, its expansion in Amazonas State has been limited by anthracnose, a disease caused by Colletotrichum guaranicola. The genetic variability of this fungus, isolated from guaranazeiro’ leaves as endophytic and pathogenic, was analyzed using molecular tools. After sequencing the ITS region of the rDNA gene, C. gloeosporioides and G. cingulata were identified as endophytic and pathogenic; and exclusively as endophytic, C. boninense, C. fragarie and G. acutata. The oligonucleotide pair CgInt/ITS4 was efficient in the species specific amplification for C. gloeosporiodes and G. cingulata. A total of 28 haplotypes were found and the most frequent one was distributed between the three subpopulations (Fazenda Experimental, Maués and UFAM). The genetic structure observed with AMOVA showed greater intra than interpopulation genetic variability, and FST was 0.0923, indicating little geographic origin influence on the isolated genotypes. In accord with AFLP, with four oligonucleotides, there was not separation between endophytic and pathogenic isolates, as well as correlation with geographic origin and hosts. The index of similarity with the Jaccard coefficient was 34%. Based on the molecular taxonomy identification carried out we suggest the recognition of C. gloeosporioides and its teleomorph phase as the etiologic agent of anthracnose in guaranazeiro. / O guaranazeiro (Paullinia cupana var. sorbilis) tem potencial de uso em sistemas agroflorestais e vários produtos com valor agregado tornando-se atrativa economicamente, entretanto, sua expansão no Amazonas tem sido limitada pela antracnose, doença causada por Colletotrichum guaranicola. A variabilidade genética desse fungo, isolado de folíolos de guaranazeiro como patógeno e endófito, foi analisada com ferramenta molecular. Com o sequenciamento da região ITS do gene rDNA foram identificados C. gloeosporioides e G. cingulata como endófitos e patógenos; e exclusivamente como endófitos C. boninense, C. fragariae e G. acutata. O par de oligonucleotídeos CgInt/ITS4 foi eficiente na amplificação espécie específica para C. gloeosporioides e G. cingulata. Foram encontrados 28 haplótipos e o mais freqüente ficou distribuído entre as três subpopulações (Fazenda Experimental, Maués e UFAM). A estrutura genética observada com AMOVA demonstrou maior variabilidade genética dentro das populações do que entre elas, e o FST foi de 0,0923 destacando que houve pouca influência da origem geográfica sobre o genótipo dos isolados. Por AFLP, com quatro oligonucleotídeos, não houve separação entre endófitos e patógenos, bem como correlação com a origem geográfica e hospedeiros. O índice de similaridade com o coeficiente Jaccard foi de 34%. Pela identificação taxonômica molecular realizada sugerimos que o agente etiológico da antracnose em guaranazeiro seja reconhecido como C. gloeosporioides e sua fase teleomorfa G. cingulata.

Submitted by Amauri Alves (amauri.alves@ufv.br) on 2015-11-19T14:11:36Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 671102 bytes, checksum: 54fe1fe58d2c00678f2e79a78a382175 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-11-19T14:11:36Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 671102 bytes, checksum: 54fe1fe58d2c00678f2e79a78a382175 (MD5) Previous issue date: 2015-07-17 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / O nitrogênio (N) é o nutriente mais demandado na cultura do milho. Diante disso, os objetivos deste trabalho foram investigar a presença de variabilidade genética em linhagens de milho tropical para caracteres relacionados à eficiência no uso de N; identificar linhagens de milho tropical eficientes no uso de N; estudar a contribuição da eficiência de absorção e de utilização de N para a eficiência no uso de N em linhagens de milho tropical; estudar a divergência genética entre linhagens de milho tropical; e identificar os caracteres secundários que estão associados com a eficiência no uso de N em linhagens de milho tropical. Foram avaliadas 64 linhagens endogâmicas de milho tropical em Coimbra-MG em ambiente de baixo (30 kg ha -1 de N) e alto suprimento de N (180 kg ha -1 de N). Os caracteres avaliados foram florescimento masculino, florescimento feminino, peso hectolítrico, teor de clorofila na folha, altura de planta, altura de espiga, número de nós abaixo da espiga, número de nós acima da espiga, diâmetro de espiga, comprimento de espiga, número de fileiras de grãos na espiga, número total de grãos na espiga, produtividade de grãos, peso de 1000 grãos, eficiência na absorção de N, eficiência na utilização de N e eficiência no uso de N. Comprovou-se variabilidade genética entre as linhagens de milho tropical para caracteres avaliados relacionados à eficiência de uso de N. A eficiência de utilização de N contribui com mais de 75% da variação para eficiência de uso de N em ambos os níveis de N. As linhagens eficientes no uso de N em alto suprimento deste nutriente foram L6, L10, L16, L17, L21, L28, L40, L50 e L60. As linhagens eficientes em baixo suprimento de N foram L21, L27, L28, L38, L43 e L63. As linhagens 21 e 28 se destacaram por serem eficientes em ambos os níveis de N. A diferença de disponibilidade de N no solo influencia o padrão de agrupamento das linhagens de milho pela divergência genética. O caráter número de grãos por espiga está fortemente associado com eficiência de uso de N e pode ser utilizado como um caráter secundário na seleção de linhagens de milho eficientes no uso de N. / Nitrogen (N) is the most nutrient demanded in the maize crop. Thus, the objectives of this study were to investigate the presence of genetic variability in tropical maize inbred lines for traits related to N efficiency in use; identify efficient tropical maize inbred lines in the use of N; study the contribution of the efficiency of absorption and utilization of N to N use efficiency in tropical maize inbred lines; study the genetic divergence among tropical maize inbred lines and identify the secondary traits that are associated with the efficiency in the use of N tropical maize inbred lines. Sixty-four inbred lines of tropical maize were evaluated in Coimbra MG, under low N environment (30 kg ha -1 N) and high supply of N (180 kg ha -1 N). The evaluated traits were male flowering, female flowering, hectoliter weight, chlorophyll content in the leaf, plant height, ear height, number of nodes below the ear, number of nodes above the ear, ear diameter, ear length, number in the ear of grain rows, the total number of kernels on the ear, grain yield, 1000 grain weight, N use efficiency, N acquisition efficiency and N utilization efficiency. There is genetic variability among inbred lines of tropical maize for traits related to efficiency use N. The N utilization efficiency contributes more than 75% of the variance for N use efficiency at both levels of N. Inbred lines efficient in the use of N in high level of this nutrient are L6, L10, L16, L17, L21, L28, L40, L50 and L60. Efficient inbred lines in low N are L21, L27, L28, L38, L43 and L63. The inbred lines 21 and 28 stand out for being efficient on both levels of N. The difference in N availability in the soil influences the pattern of grouping of maize inbred lines for genetic diversity. The trait number of grains per ear is strongly associated with N use efficiency and can be used as a secondary trait in the selection of inbreed lines efficient in the use of N.

Orientador: Diogo Teruo Hashimoto / Resumo: RESUMO John F.G. Agudelo. Estudos de variabilidade genética em lotes cultivados de tambaqui (Colossoma macropomum) na América do Sul. 2020. Dissertação de mestrado – Centro de Aquicultura da Universidade Estadual Paulista, CAUNESP, Jaboticabal, 2020. Atualmente, os estoques de peixes têm sofrido altos níveis de sobreexplotação pela pesca e estão ameaçados de extinção devido às alterações dos habitats naturais. Portanto, a produção de pescado oriunda de uma aquicultura sustentável certamente poderá auxiliar a suprir a demanda de proteína animal. Programas de melhoramento genético podem garantir a maximização do desempenho produtivo nos sistemas de cultivo, pois são capazes de otimizar o rendimento da produção da espécie-alvo. Entretanto, é fundamental que se realize primeiramente estudos de variabilidade genética por meio de marcadores moleculares, de maneira a evitar o gargalo genético e depressão endogâmica. Para esta finalidade, SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms) são considerados os marcadores moleculares mais apropriados, uma vez que constituem o polimorfismo mais abundante em qualquer organismo. O tambaqui (Colossoma macropomum) é um dos peixes de maior valor comercial e de potencial para a piscicultura da América do Sul, portanto, uma espécie-alvo para programas de melhoramento genético. O presente trabalho teve como objetivo analisar a variabilidade genética de estoques de tambaqui na América do Sul, utilizando marcadores SNPs obtidos por sequenciamento de nova gera... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: ABSTRACT John F.G. Agudelo. Genetic variability studies in cultivated tambaqui (Colossoma macropomum) lots in South America. 2020. Master's dissertation - Aquaculture Center at Universidade Estadual Paulista, CAUNESP, Jaboticabal, 2020. Currently, fish stocks have suffered from high levels of overexploitation by fishing and are threatened with extinction due to changes in natural habitats. Therefore, the production of fish from sustainable aquaculture can certainly help to meet the demand for animal protein. Genetic improvement programs can guarantee the maximization of productive performance in cultivation systems, because they are able to optimize the production yield of the target species. However, it is essential that genetic variability studies be carried out first through molecular markers, in order to avoid the genetic bottleneck and inbreeding depression. For this purpose, SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms) are considered the most appropriate molecular markers, since they constitute the most abundant polymorphism in any organism. Tambaqui (Colossoma macropomum) is one of the fish with the greatest commercial value and potential for fish farming in South America, therefore, a target species for breeding programs. The present work aimed to analyze the genetic variability of tambaqui stocks in South America, using SNPs markers obtained by new generation sequencing. Initially, about 350 tambaqui breeders were sequenced, coming from fish farms in different locations: S... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

A cana-de-açúcar (Saccharum ssp.) é uma cultura valiosa na produção de alimento, fibra e energia para o Brasil e, especialmente, para o estado de São Paulo. Com o advento da biotecnologia, alternativas de melhoramento genético têm despertado a atenção da comunidade científica, sendo etapas cruciais para tais avanços o sequenciamento e a caracterização do genoma das espécies cultivadas. Dada sua natureza poliploide, com frequente aneuploidia, a cana-de-açúcar apresenta dificuldades às práticas convencionais em genômica, de maneira que é vantajoso fazer uso de recursos de sequenciamento de nova geração e de espécies próximas para elucidar de forma mais efetiva o genoma da gramínea. Uma contribuição interessante, nesse sentido, é a caracterização funcional de polimorfismos genéticos existentes entre genótipos do gênero Saccharum, auxiliando investigações relacionadas à genômica de poliploides complexos, desenvolvendo um recurso a ser utilizado futuramente por melhoristas. Esse trabalho realizou a caracterização da variabilidade genômica a partir de dados genotípicos de indivíduos do Painel Brasileiro de Genótipos de Cana-de-Açúcar, obtidos via genotipagem-por-sequenciamento, utilizando como referência o genoma já sequenciado do sorgo. Os sítios variantes (sobretudo polimorfismos de nucleotídeo único) foram detectados com o software FreeBayes e suas possíveis funções e posições foram anotadas com o programa SnpEff. Utilizaram-se estatísticas de genética de populações, como a frequência alélica para várias classes de polimorfimo, o Teste de McDonald & Kreitman (busca de evidêcias de evolução adaptativa) e a heterozigosidade combinada (busca de regiões genômicas com assinatura de seleção), de modo a identificar regiões genômicas potencialmente envolvidas em eventos evolutivos. Os resultados demonstraram a perda de variabilidade entre os genótipos melhorados em relação aos ancestrais, com evidências de assinaturas de seleção, envolvendo questões sensíveis ao funcionamento da maquinaria celular (como respiração e fotossíntese) e a características valoradas para a cultura (destacando-se a resistência a patógenos e a biossíntese da sacarose). Tais indícios fornecem subsídios à compreensão do genoma e ao melhoramento genético desse poliploide. / Sugarcane (Saccharum ssp.) is a valuable crop for food, fiber and energy production in Brazil, especially to the São Paulo State. With the advent of biotechnology, alternatives to breeding have enticed attention of the scientific community, with genome sequencing and characterization being crucial steps to these advances. Because sugarcane is polyploid, with frequent aneuploidy, it presents difficulties to the application of standard practices in genomics, such that it is advantageous to make use of next generation sequencing alternatives and resources from related species to more effectively elucidate the genome of this grass. Thus, an interesting contribution is the functional characterization of genetic polymorphisms from the Saccharum genus, aiding investigations related to genomics of complex polyploids, developing a resource to be used in the future by breeders. Our goal was to perform this characterization with genotypic data from individuals of the Brazilian Panel of Sugarcane Genotypes, obtained by genotyping-by-sequencing (GBS), using as reference the previously sequenced sorghum genome. We called the variants (mainly single nucleotide polymorphisms) with FreeBayes and annotated their functions and positions with SnpEff. We used population genetics statistics, such as the allele frequency, the McDonald & Kreitman Test and the pooled heterozygosity, to identify genomic regions potentially involved in evolutionary events. The results showed a loss of variability between bred genotypes in relation to the ancestors, with evidences of selective sweeps, involving regions related to the cellular machinery (such as respiration and photosynthesis) and specific crop traits (especially disease resistance and sucrose biosynthesis). These results support understanding of the genome and breeding efforts in this polyploid grass.

Orientador: Luciana Rossini Pinto / Resumo: No cenário atual, é crescente a busca por novas fontes de energia renovável, sendo a cana-de-açúcar uma das culturas de destaque, não apenas pela produção de açúcar e etanol como também pela co-geração de energia elétrica. Esforços no sentido de utilizar a cana integralmente vêm sendo realizados nos últimos anos pelos Programas de Melhoramento Genético de Cana-de-Açúcar no Brasil, que têm focado no desenvolvimento das chamadas “cana-energia”, as quais apresentam maior quantidade de fibra que as cultivares convencionais. Tanto para a geração de novas cultivares convencionais, como de cana-energia, é necessário que haja conhecimento da variabilidade genética e fenotípica em um banco de germoplasma para uma maior eficiência no uso dos recursos genéticos disponíveis. O Programa de Melhoramento Genético de Cana-de-Açúcar do Instituto Agronômico (IAC) importou diversos acessos do Complexo Saccharum, principalmente acessos de S. spontaneum para compor a sua coleção de germoplasma básico. No presente trabalho, pretendeu-se avaliar a diversidade genética, através de 12 pares de primers microssatélites (SSR - Single Sequence Repeats) de um grupo de genótipos compostos por acessos de S. spontaneum, S. officinarum, cultivares de cana-energia e cultivares comerciais. Os resultados mostraram a separação de todos os genótipos em dois grupos principais: Grupo 1 formado por acessos de S. spontaneum e Grupo 2 formado pelo restante dos acessos, com 7,31% (P<0,001) da variabilidade total distrib... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: In the current scenario, the search for new sources of renewable energy is increasing, and sugarcane is one of the most important crops not only for the production of sugar and ethanol but also for electric energy co-generation. Efforts to use whole sugarcane have been carried out in recent years by the Sugarcane Breeding Programs in Brazil, which have focused on the development of "energy cane", which present a greater amount of fiber than the conventional cultivars. In order to obtain new conventional and energy-cane cultivars, it is important to measure the genetic and phenotipic variability of a germplasm bank, to promote a greater efficiency in the use of available genetic resources. The Sugarcane Breeding Program of the Agronomic Institute (IAC) has imported accessions from the Saccharum Complex to compose its basic germplasm collection. The present work aimed to evaluate the genetic diversity by using 12 microsatellite primers pairs (SSR - Single Sequence Repeats) of a group of accessions from S. spontaneum, S. officinarum energy-cane cultivars and commercial cultivars. The results showed the division of all accessions in two main groups: Group 1 formed by accessions from S. spontaneum, and Group 2 by the remaining accessions, with 7.31% (P <0.001) of the total variability found between these groups. In the phylogenetic analysis, the genotypes were grouped according to their genealogies, forming subgroups for each species. The average pair-wise dissimilarity was 0.73. ... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre