Se evaluó la diversidad genética de las poblaciones de vicuña (Vicugna vicugna mensalis) en cautiverio de las localidades de Picotani, Cala Cala (Puno) y el Parque de la Leyendas (Lima) utilizando muestras no invasivas como son las heces. Dichas poblaciones fueron analizadas con 11 microsatélites específicos para Camélidos Sudamericanos (CSA) reportados por Lang (1996) y Penedo (1998) mediante la técnica de PCR (Polymerase Chain Reaction) múltiple. Para la realización de este trabajo los productos de la PCR fueron separados en geles de agarosa al 2% y luego secuenciados en los laboratorios Macrogen Inc. (Korea). El análisis de las secuencias se efectuó en el programa Genoprofiler 2.0. Todos los cálculos y procedimientos del análisis estadístico se efectuaron empleando los programas GENEPOP v3.1 (Raymond y Rousset, 1995) y GENETIX v4.0 (Belkhir). Los niveles de heterocigosidad esperada variaron entre 0.48 (Cala Cala) y 0.58 (Picotani) para las 3 poblaciones y de 0.039 (Cala Cala) hasta 0.875 (Parque de Las Leyendas) para todos los Loci. Se encontró valores Fis altos para la población del Parque de las Leyendas y Picotani lo que indica problemas de consanguinidad en esta población. Los valores de Fst fueron de 0.103 y Fit de 0.139 e indican una diferenciación genética considerable entre estas tres poblaciones. Estos datos sugieren que el análisis de microsatélites a partir de heces es una técnica eficiente y reproducible y que el sistema de manejo en cautiverio está afectando la diversidad genética de las vicuñas y probablemente Picotani y Cala Cala serán muy pronto un solo grupo genético / Tesis