L’infertilité est définie par l’OMS comme l’incapacité à concevoir un enfant dans un couple, après au moins douze mois de rapports sexuels réguliers sans protection. Elle concerne 15 % des couples qui désirent avoir un enfant, un facteur masculin est retrouvé dans 50 % des cas. Dans le cadre de cette thèse, les principaux objectifs étaient de déterminer des causes génétiques d’infertilité masculine chez des patients atteints d'oligozoospermie sévère (OS) ou d'asthénozoospermie en lien avec des anomalies morphologiques des flagelles, afin de mieux comprendre la spermatogénèse, d’améliorer la prise en charge des couple infertiles et d'évaluer les risques de transmission à leur descendance. Nous avons abordé ces problématiques par le séquençage d’exome entier d'hommes ayant un de ces phénotypes au sein de deux familles consanguines. L'ensemble des résultats de cette thèse apportent des éléments de réponses sur de nouvelles causes génétiques d’infertilité masculine liée à une anomalie quantitative ou qualitative de la spermatogénèse. De plus, nos résultats concernant EXD1 nous interrogent sur la possibilité de transmission de mutations génétiques ou modifications de marques épigénétiques à la descendance en Assistance Médicale à la Procréation pour certains patients avec une oligozoospermie. / Infertility is defined by the WHO as the inability of a couple to conceive a child after twelve months of unprotected regular sexual intercourse. It concerns 15% of couples who wish to have a child, and a male factor is found in 50% of cases. In this thesis, the main objectives were to determine genetic causes of male infertility in patients with severe oligozoospermia (SO) or asthenozoospermia related to morphological abnormalities of the flagella, in order to better understand spermatogenesis, improve the care of infertile couples and inform risk evaluation for their offspring. We addressed these objectives by sequencing the whole exome of men with one of these phenotypes within two consanguineous families.The results presented in this thesis reveal new genetic causes of male infertility related to a quantitative or a qualitative abnormality of spermatogenesis. Moreover our findings concerning EXD1 raise questions about the risk that, for some patients with oligozoospermia, medically assisted reproduction could transmit de novo genetic or epigenetic modifications to future generations.