[pt] Este trabalho consiste na criação de uma ferramenta
provedora de dados
para o BLAST, denominada BioProvider. Esta é usada para
prover dados
realizando um gerenciamento de buffer eficiente para o
BLAST, controlando
também o escalonamento dos processos do mesmo. A
comunicação entre o
BioProvider e os processos do BLAST, assim como o controle
de concorrência e
bloqueios, é feita por meio de um driver, que substitui as
chamadas a funções de
leitura e escrita de arquivos do banco de dados. Deste
modo, o código do BLAST
não precisa ser modificado para ser realizar a comunicação
com o BioProvider e
este pode ser usado para diferentes versões do BLAST. O
desenvolvimento do
BioProvider é a primeira etapa para a criação de uma
solução aplicável também a
outras ferramentas de Bioinformática. Por ser transparente
aos programas, a
ferramenta desenvolvida é facilmente extensível, podendo
ser futuramente
modificada para prover dados para outros aplicativos, usar
outras estratégias de
gerência de buffer ou prover dados armazenados em formatos
diferentes dos lidos
por processos clientes, convertendo-os em tempo de
execução. O BioProvider foi
testado com a versão recente do NCBI BLAST, obtendo
consideráveis melhoras
de desempenho, e seu funcionamento foi verificado também
com a versão do
WU-BLAST com código aberto. Foram realizadas análises de
variações no
algoritmo de gerenciamento de buffer e dos fatores que
influenciam o desempenho
dos processos BLAST. / [en] This work consists on the creation of a tool named
BioProvider to provide
data to BLAST. The tool provides the data using buffer
management techniques
that are efficient for BLAST and controls process
scheduling. The communication
between BioProvider and the BLAST processes, as well as
the concurrency and
blocking control, is done through a device driver that
substitutes the read and
write function calls to the database files. By this means,
the application code can
remain unchanged and BioProvider can be used with
different versions of
BLAST. The development of BioProvider was the first stage
to the creation of a
solution that can be applied as well to other
Bioinformatics tools. Due to its
transparency in the view of other applications,
BioProvider can be easily extended
in the future to provide data to other applications, to
use other buffer management
techniques or to provide data stored in different formats
of those read by the client
processes, converting the data in runtime. BioProvider has
been tested with the
most recent version of NCBI BLAST and considerable
improvement has been
verified. The tool has been shown to work as well with the
open source version of
WU-BLAST. Some variations on the buffer management
algorithm were studied,
as well as the different factors that influence the
performance of BLAST
processes.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:puc-rio.br/oai:MAXWELL.puc-rio.br:9819 |
| Date | 25 April 2007 |
| Creators | MAIRA FERREIRA DE NORONHA |
| Contributors | SERGIO LIFSCHITZ |
| Publisher | MAXWELL |
| Source Sets | PUC Rio |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | Portuguese |
| Type | TEXTO |
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