Avec l'augmentation du volume du commerce international, on observe une augmentation dans le nombre de ravageurs exotiques forestiers (insectes et champignons) qui sont introduits en Amérique du Nord. Lorsque ces ravageurs s'établissent, il est généralement difficile de les éradiquer. Pour cette raison, la détection hâtive de ces nouveaux ravageurs est une priorité. Nous utilisons des techniques de séquençages à haut débit pour traiter et cribler simultanément un grand nombre d'échantillons. Ces méthodes permettent de sauver à la fois temps et argent en plus d'être efficaces pour traiter un grand nombre d'échantillons. Ces méthodes de détection ont été appliquées aux ravageurs forestiers émergents récoltés dans des pièges à insectes Lindgren et des pièges à spores fongiques aériennes. Un piège et un protocole unique développé pour l'identification simultanée des champignons pathogènes et des insectes ravageurs contenus dans le liquide de préservation des pièges à insectes. Nous avons établi la preuve de concept que les cellules d'insectes contenues dans le liquide de conservation des pièges peuvent être utilisées pour leur identification. Des ravageurs forestiers précédemment rapportés et d'autres potentiellement nouvellement introduits en Amérique du Nord ont été criblés puis détectés à l'aide de la technologie de séquençage Illumina utilisée avec des amorces spécifiques à la région de l'ITS fongique et à celle du gène COI des insectes. Des amplicons de centaines d'échantillons collectés en Colombie-Britannique, en Ontario, au Québec et au Nouveau-Brunswick ont été séquencés. La présence de spores du champignon *Heterobasidion occidentale* à Sault Ste-Marie (ON) et celle du scolyte *Anysandrus maiche* à Hamilton (ON) ont toutes deux étés détectées en 2019 / With the growing volume of international trade, we observe an increase in the number and diversity of exotic pests introduced in North America. When these pests become established, it is generally difficult to eradicate them. For this reason, the early detection of newly introduced pests is a priority. To do so, high-throughput sequencing techniques were developed to simultaneously process and screen a large number of samples. These methods are cost- and time saving while very effective for large numbers of samples. We applied these methods to the detection of emerging pests collected in Lindgren insect traps and aerial spore traps. We use a single trap and designed a unique protocol for the simultaneous identification of pathogenic fungi and invasive insects from insect trap preservative fluids. We tested the proof of concept that insect cells present in preservative liquids from insect traps can be used to identify insects and phytopathogenic fungi. We screened and detected numerous native and potentially introduced pests in North America using Illumina sequencing technology combined with specific primers for the fungal ITS region and the COI gene of insects. Hundreds of amplicons collected in British Columbia, Ontario, Quebec, and New Brunswick were sequenced. We detected the presence of the fungus *Heterobasidion occidentale* spores in Sault.Ste. Marie (ON) and the presence of the bark beetle *Anysandrus maiche* Stark in Hamilton (ON) 2019 sampling.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:LAVAL/oai:corpus.ulaval.ca:20.500.11794/152583 |
| Date | 29 October 2024 |
| Creators | Larouche, Louis-Olivier |
| Contributors | Bernier, Louis, Bérubé, Jean |
| Source Sets | Université Laval |
| Language | French |
| Detected Language | French |
| Type | COAR1_1::Texte::Thèse::Mémoire de maîtrise |
| Format | 1 ressource en ligne (ix, 68 pages), application/pdf |
| Rights | http://purl.org/coar/access_right/c_abf2 |
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