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蛋白質質譜儀資料之峰偵測探討 / On Peak Detection of Proteomic Mass Spectrum Data

介質輔助雷射脫附離子化/飛行時間質譜 (Matrix-assisted Laser Desorption Ionization/ Time-of-Flight –Mass Spectrum, MALDI-TOF-MS),是種屬於高維度的蛋白質質譜儀資料,主要是用來偵測蛋白質分子的表現,而這項技術的原理,是先將蛋白質與介質混合,再利用雷射將蛋白質分子打碎,分散出帶電荷的離子,接著運用離子飛行時間的偵測,最後掃描出質譜圖形,圖形上有兩個重要變數,分別為:質量電荷比(Mass to Charge Ratio, m/z)以及強度(Intensity),我們希望利用這些質譜資料,研究出臨床上癌症病人以及正常人的質譜資料差異,藉由找出質譜資料的生物標記,來作為判斷是否為癌症患者的依據。但是由於MALDI的技術上的限制,導致掃描出來的質譜資料往往存在著雜訊以及誤差,這時候,事前處理(Preprocessing)步驟,就顯的格外重要。生物學家認為,蛋白質質譜資料,其表現異常的蛋白質,會顯現在質譜圖的峰上面,因此在維度如此龐大的質譜資料中,如果將分析重點著重在這些峰上面,可以簡化我們事後的分析,因此在分析質譜資料的流程中,事前處理步驟的峰偵測,便成為了一個很重要的環節。Du, Kibbe以及Lin在2006年的文獻中提到,使用連續型小波轉換(Continuous Wavelet Transform, CWT)的方法來進行峰偵測,可以改善我們使用傳統峰偵測方法所產生的誤差,因此本文將CWT峰偵測方法,與傳統峰偵測方法,對已知峰正確位置的MALDI質譜資料進行分析,結果發現在不同訊號雜訊比(Signal to Noise Ratio, SNR)下,CWT峰偵測方法的敏感度(Sensitivity)都比傳統峰偵測方法來的高,且誤判率(False Discovery Rate, FDR)也都較傳統峰偵測方法低,因此就本文所使用的模擬資料,CWT峰偵測確實是一個較佳的峰偵測方法。

Identiferoai:union.ndltd.org:CHENGCHI/G0943540241
Creators楊智凱, Yang,Zhi Kai
Publisher國立政治大學
Source SetsNational Chengchi University Libraries
Language中文
Detected LanguageUnknown
Typetext
RightsCopyright © nccu library on behalf of the copyright holders

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