Orientador: Gonçalo Amarante Guimarães Pereira / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-15T21:36:16Z (GMT). No. of bitstreams: 1
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Previous issue date: 2010 / Resumo: Um problema recorrente em Filogenética é saber de antemão que melhores tamanhos de genes ou proteínas se deve ter para a construção de dendrogramas mais precisos. Neste trabalho, examinamos quais os efeitos de variados tamanhos de um alinhamento conhecido na qualidade da inferência de filogenia, em particular a filogenia dos fungos, utilizando 198 táxons fungais e 16 de grupo externo. Adicionalmente, calculamos a entropia de Shannon de cada ponto do alinhamento e fizemos iterações semelhantes por seus limiares. Para isto construímos um programa open-source baseado no toolkit bioperl que calcula estes dados. Concluímos que tanto para as iterações por tamanho quanto os para entropia, os limiares ideais são aquém do tamanho total do gene, podendo justificar uso de drafts de seqüenciamentos em inferências filogenéticas usando um pequeno número de regras / Abstract: A recurring issue in phylogenetics is knowing beforehand which best sizes for genes or proteins one should have for building more accurate cladograms. Herein we examine the effects or varying sizes of a known aligment on the quality of its inferred phylogeny, specifically considering the fungi phylogeny by using 198 fungal taxa plus 16 outgroup taxa. Additionally, we calculate the Shannon entropy of each point of the alignment and iterate similarly by its thresholds. To that end, we developed an open-source software based on the bioperl toolkit to calculate this data. Finally, we concluded that either for the size iterations or for the entropy iterations, the ideal thresholds are below the gene full size, justifying the use of sequencing drafts in phylogenetic inferrences using a handful of rules / Mestrado / Bioinformatica / Mestre em Genética e Biologia Molecular
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:repositorio.unicamp.br:REPOSIP/317448 |
| Date | 15 August 2018 |
| Creators | Sampaio, Claudio Luis Marques |
| Contributors | UNIVERSIDADE ESTADUAL DE CAMPINAS, Pereira, Gonçalo Amarante Guimarães, 1964-, Martinez-Rossi, Nilce Maria, Brocchi, Marcelo |
| Publisher | [s.n.], Universidade Estadual de Campinas. Instituto de Biologia, Programa de Pós-Graduação em Genética e Biologia Molecular |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | Portuguese |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/masterThesis |
| Format | 86 p. : il., application/pdf |
| Source | reponame:Repositório Institucional da Unicamp, instname:Universidade Estadual de Campinas, instacron:UNICAMP |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
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