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Previous issue date: 2011 / Universidade de São Paulo. Instituto de Ciências Biomédicas. São Paulo, SP, Brasil / Estudos de epidemiologia molecular do Vírus da Imunodeficiência Humana
(HIV-1) realizados no Rio de Janeiro permitiram identificar predominantemente a
cocirculação dos subtipos B, da variante B” do subtipo B, F1 e formas recombinantes
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BF1. Sendo assim, o objetivo desse estudo era traçar a dinâmica temporal dos subtipos e
formas recombinantes de HIV-1 em diferentes categorias de exposição ao risco:
heterossexuais (HET), bissexuais (BIS) e usuário de drogas injetáveis (UDI) em dois
distintos períodos [(1990-92) e (2006-2010)] da epidemia de Aids no Rio de Janeiro. A
casuística deste trabalho era composta por indivíduos HIV-1 soropositivos de dois
distintos períodos da epidemia de HIV/AIDS, sendo o primeiro de amostras coletas entre
1990-92 (n=130) e o segundo composto por amostras de pacientes diagnosticados entre
2006-2010 (n=88). A subtipagem das amostras foi realizada através da filogenia pelo
método de NJ com correção K2p (MEGA 4.0) e a recombinação avaliada pelo bootscan
(Simplot 3.2), análise de pontos e árvore de fragmentos. Para entendermos a dinâmica
das assinaturas moleculares do subtipo B no topo da alça v3 e a sua distribuição nas
distintas categorias exposição de risco realizamos a análise Bayesiana (MrBayes). A
análise filogenética da região da gp120 foi realizada para o primeiro período e
evidenciou uma prevalência do subtipo B (90%) seguida pelo subtipo F1 (8%) e BF1
(2%). No segundo período do estudo identificamos a seguinte prevalência: (84%) do
subtipo B, (9%) F1, (3.5%) C, (2.3%) BF1 e (1.2%) subtipo A. Em geral, das amostras
95 de HET e BIS caracterizadas como subtipo B no primeiro período, 40% tinham a
assinatura GPG, 43% GWG e 17% GXG. Na segunda coorte, o subtipo B foi detectado
em 74 amostras sendo: 62% GPG, 23% GWG e 15% GXG. A distribuição das variantes
do subtipo B do HIV-1 nos dois períodos foi respectivamente: HET (GPG) [60%-69%],
(GWG) [20%-13%] e (GXG) [20%-19%] e BIS (GPG) [25%-57%], (GWG) [61%-31%],
(GXG) [14%-12%]. O estudo das redes de transmissão dos subtipo B realizado com as
amostras do primeiro do estudo que nos permitiu detectar uma distribuição não
aleatória destas segundo a categoria de exposição ao risco e assinaturas do topo do v3.
De um subconjunto de 79 amostras de ambas coortes, que foram caracterizadas na
região da polimerase, 8% apresentaram um perfil de recombinação, sendo estas
caracterizadas majoritariamente como URFs e apenas uma amostra CRF40_BF-like.
Nossos achados indicam uma redução na frequência da variante B” ao longo do tempo, e
sugere que a introdução da variante B” no Rio de Janeiro estava relacionado ao grupo
dos BIS. / Human Immunodeficiency virus (HIV-1) molecular epidemiology studies carried
out in Rio de Janeiro, Brazil, have identified the predominance of the co-circulation of
subtypes B, B” variant, F1 and BF1 recombinants. Thus, the aim of this study was trace
the temporal dynamic of subtypes and recombinants forms of the HIV-1 in different
exposure categories: heterosexuals (HET), bisexuals (BIS) and injecting drug users
(IDU) in two distinct periods [(1990-1992) and (2006-2010)] of the AIDS epidemic in Rio
de Janeiro. The subjects of this study were composed of HIV-1 seropositive individuals
from two distinct periods of the HIV/AIDS epidemic. The first samples were collected
from 1990-1992 (n = 130) and the second batch of samples from patients diagnosed
between 2006-2010 (n = 88). The subtyping of the samples was performed by the method
of phylogeny NJ with K2p correction (MEGA 4.0) and the recombination was evaluated
by bootscan (Simplot 3.2), point analysis and tree fragments. To understand the
dynamics of molecular signatures of subtype B on the motif at the tip of the V3 loop, and
its distribution in the different exposure categories, we applied the Bayesian analysis
(MrBayes). Phylogenetic analysis of gp120 region was performed for the first period and
a prevalence of subtype B (90%)was observed, followed by subtype F1 (8%) and BF1
(2%). In the second period of the study we identified the following prevalence: (84%)
subtype B, (9%) F1, (3.5%) C, (2.3%) BF1 and (1.2%) of subtype A. Overall, 95 samples
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from HET and BIS were characterized as subtype B in the first period, 40% were GPG,
43% GWG and 17% GXG. In the second cohort, subtype B was detected in 74 samples:
GPGR (62%), GWGR (23%), and GXGR (15%). The distribution of the HIV-1 subtype
B variants in the two periods were, respectively: HET (GPG) [60%-69%], (GWG)
[20%-13%] e (GXG) [20%-19%] e BIS (GPG) [25%-57%], (GWG) [61%-31%], (GXG)
[14%-12%].The study of
subtype B transmission network carried out within the
samples from the first period of this study
allowed us to detect a non random
distribution, such as the category exposure and signatures from the top of v3. From a
subset of 79 samples from both cohorts, which were analyzed in the polymerase region,
8% showed a recombination profile and were characterized mostly as URFs, with only
one sample characterized as CRF40_BF-like. Our findings indicate a reduction of the
frequency for the B” variant over time and suggest that the introduction of the B”
variant in Rio Janeiro was possibly related to the BIS group.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:www.arca.fiocruz.br:icict/4239 |
| Date | January 2011 |
| Creators | Pimentel, Victor Figueiredo |
| Contributors | Vicente, Ana Carolina Paulo, Casseb, Jorge Simão do Rosário, Soares, Esmeralda Augusta Jadim Machado, Tanuri, Amilcar, Bou-Habib, Dumith Chequer, Guimarães, Monick Lindenmeyer |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | English |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/masterThesis |
| Source | reponame:Repositório Institucional da FIOCRUZ, instname:Fundação Oswaldo Cruz, instacron:FIOCRUZ |
| Rights | Victor Figueiredo Pimentel, info:eu-repo/semantics/openAccess |
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