A infecção crônica do trato respiratório é responsável pela grande morbidade e mortalidade em pacientes com fibrose cística (FC). P. aeruginosa, S. aureus e bactérias do complexo Burkholderia cepacia (CBc) estão entre os patógenos mais encontrados em pulmões de pacientes com FC, mas também são encontradas outros bacilos gram-negativos não fermentadores (BGN-NF) emergentes como Achromobacter sp., Stenotrophomonas maltophilia, Ralstonia sp., Pandoraea sp., entre outros. A correta caracterização desses patógenos impacta na sobrevida e qualidade de vida desses pacientes, e é um dos grandes desafios para laboratórios de microbiologia clínica devido à similaridade fenotípica entre eles. Este estudo tem como objetivo avaliar e propor estratégias e esquema de identificação acessível à maioria dos laboratórios para a identificação de BGN-NF emergentes e listar bactérias isoladas de pacientes com FC atendidos no Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP (HCFMRP-USP), com ênfase nos BGN-NF emergentes. Foram utilizados meios de cultura seletivos, reação em cadeia da polimerase (PCR), análise de polimorfirmos (RFLP). Foram coletadas 264 amostras clínicas de 107 pacientes com FC no HCFMRP-USP entre julho/2011 a setembro/2012. Inicialmente, para selecionar os BGNNF dos pacientes com FC, deve ser realizada triagem fenotípica (coloração de Gram, teste da oxidação/fermentação de glicose e produção de oxidase). Devido à dificuldade de identificação dos BGN-NF emergentes por provas bioquímicas, deve ser realizada PCR com DNA destes microrganismos para identificação de gênero e/ou espécie, utilizando os primers específicos, nas condições estabelecidas pela padronização, a qual foi realizada para aumentar a especificidade de alguns primers que apresentaram amplificação de produtos inespecíficos. Provas bioquímicas convencionais devem ser realizadas para confirmar gêneros e identificar algumas espécies não detectadas por PCR, e para resultados fenotípicos diferente da PCR deve ser realizado API® - NE. Para identificação das bactérias do CBc, deve ser realizado análise de polimorfismo, o qual se mostrou mais efetivo do que PCR para identificação de espécies e genomovares. Dos 107 pacientes, 17 estavam colonizados por bactérias do CBc, 13 colonizados por Achromobacter sp., 10 colonizados por S. maltophilia, 2 colonizados por Ralstonia sp. e um paciente colonizado por Cupriavidus sp. e Pandoraea sp., com um isolamento de cada gênero. Os genomovares mais prevalentes foram B. cenocepacia IIIB, seguido de B. vietnamiensis, B. pyrrocinia, B. cepacia e B. multivorans. A maioria dos BGNNF esteve presente em crianças com idade até 17 anos. Os meios de cultura seletivos foram extremamente necessários por permitir o isolamento de vários BGN-NF, não isolados em outros meios de cultura utilizados. A metodologia de identificação empregada foi capaz de identificar todos BNG-NF isolados e pode ser muito útil e acessível à maioria dos laboratórios clínicos. / Chronic infection of the respiratory tract accounts for the high rate of morbidity and mortality of patients suffering from cystic fibrosis (CF). P. aeruginosa, S. aureus and bacteria of the Burkholderia cepacia (BCc) complex are among the pathogens most commonly found in the lungs of CF patients, but other emergent non-fermenting gram-negative bacilli (NFGNB), such as Achromobacter sp., Stenotrophomonas maltophilia, Ralstonia sp., Pandoraea sp., among others, are found as well. The correct identification of these pathogens affects the survival rate of patients and, due to their phenotypic similarity, presents itself as one of the great challenges that clinical microbiology laboratories face. The purpose of this study is to evaluate and propose strategies and methods that are accessible to the majority of laboratories for identifying emergent NFGNBs and listing isolated bacteria (with a focus on emergent NFGNB) in CF patients receiving routine care at the Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto, Universidade de São Paulo - USP (HCFMRPUSP). The study employed selective culture media, polymerase chain reaction (PCR) and restriction fragment length polymorphism (RFLP). From July 2011 to September 2012, 264 clinical samples were gathered from 107 CF patients at the HCFMRP-USP. A phenotypic screening (Gram staining, oxidase production and oxidation/fermentation of glucose) should be conducted as the first step to select the NFGNBs of CF patients. Due to the difficulty in identifying emergent NFGNBs via biochemical tests, a PCR using the DNA of these microorganisms should be carried out to identify their genus and/or species. The PCR should utilize the specific primers, at conditions established by this study, which was performed to increase the specificity of some primers that showed nonspecific amplification products. Conventional biochemical tests should be conducted to confirm genera and identify some species that the PCR failed to detect, and, in the case of phenotypic results that differ from those of the PCR, an API bacterial identification test should be conducted. RFLP analysis proven more effective than PCR in identifying species and genomovars, should be conducted to identify BCc bacteria. Of the 107 patients, 17 had positive cultures for BCc, 13 for Achromobacter sp., 10 for S. maltophilia, two for Ralstonia sp. and one patient had positive culture for Cupriavidus sp. and Pandoraea sp., with the genera isolated from each other. The most prevalent genomovar was the B. cenocepacia IIIB, followed by B. vietnamiensis, B. pyrrocinia, B. cepacia and B. multivorans. The majority of the NFGNBs were present in children up to age 17. Selective culture media were extremely necessary to allow the isolation of various NFGNBs that could not be isolated via alternative culture media. The identification methodology employed enabled the identification of all isolated NFGNBs and can be very useful and accessible to the majority of clinical laboratories.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:usp.br/oai:teses.usp.br:tde-21062013-152337 |
| Date | 02 April 2013 |
| Creators | Capizzani, Carolina Paulino da Costa |
| Contributors | Darini, Ana Lucia da Costa |
| Publisher | Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP |
| Source Sets | Universidade de São Paulo |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | Portuguese |
| Type | Dissertação de Mestrado |
| Format | application/pdf |
| Rights | Liberar o conteúdo para acesso público. |
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