Made available in DSpace on 2015-07-22T20:50:16Z (GMT). No. of bitstreams: 0
Previous issue date: 2009-03-25. Added 1 bitstream(s) on 2015-08-11T03:25:27Z : No. of bitstreams: 1
Publico-00241.pdf: 1343802 bytes, checksum: c09cdd2f6fac68d70a68a3328dedd440 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Apesar do subtipo B ser o mais predominante na epidemia de aids no Brasil, existem evidências que esse subtipo não é homogêneo. O subtipo B apresenta no Brasil uma assinatura no tetrâmero da coroa V3 da gp120 que é a presença de um triptofano (W) ao invés de prolina (P) que é o aminoácido mais freqüente nessa posição do genoma do HIV-1. Aproximadamente metade dos isolados do subtipo B no Brasil possuem um triptofano (W) no tetrâmero do loop V3 da gp120 (GWGR). Essa freqüência não é observada em outros subtipos e nem mesmo no subtipo B em outras epidemias de aids no mundo. Para explorar mais as características das variantes GWGR e GPGR foi realizada uma análise detalhada incluindo inferências filogenéticas, análise de diversidade genética e de pressão seletiva em seqüências dos genes env, pol e gag. Os resultados da análise de diversidade genética e pressão seletiva mostraram que os valores da razão entre dN/dS entre os genes são distintos. Para uma aferição mais precisa da pressão seletiva sugerida pelo método par-a-par foram realizadas análises usando um método de verossimilhança que estima os valores de dN/dS em cada códon individualmente presente no alinhamento de seqüências. Os resultados obtidos com essa análise indicaram códons sob seleção positiva ao longo da seqüência da região dos genes env, pol e gag do HIV-1 em ambas as variantes. Para realmente definir se amostras GWGR e GPGR são variantes distintas ou amostras que contêm apenas uma assinatura diferenciada em env, foi composta uma seqüência concatâmera e comparada a distribuição de ambas as amostras em um agrupamento filogenético. Essa análise mostrou que as amostras GWGR não são variantes distintas do subtipo B brasileiro, mas apenas seqüências com assinaturas diferentes. A distribuição encontrada demonstrou que não houve separação das amostras GWGR e GPGR e sim uma total mistura entre elas. Essas análises mostraram que os vírus que contém W ou P no loop V3 não estão evoluindo diferencialmente na epidemia de aids no Brasil e não são variantes distintas. Possivelmente, os vírus que contêm a variante GWGR entraram cedo na epidemia (efeito fundador), sofrendo disseminação no Brasil. / FAPESP: 06/53818-6 / FAPESP: 06/53818-7 / TEDE / BV UNIFESP: Teses e dissertações
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:repositorio.unifesp.br:11600/9674 |
| Date | 25 March 2009 |
| Creators | Camargo, Michelle [UNIFESP] |
| Contributors | Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP), Janini, Luiz Mário Ramos [UNIFESP] |
| Publisher | Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP) |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | Portuguese |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/masterThesis |
| Format | 98 p. |
| Source | reponame:Repositório Institucional da UNIFESP, instname:Universidade Federal de São Paulo, instacron:UNIFESP |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
Page generated in 0.0015 seconds