When optimizing a controlled dose in radiotherapy, high resolution spatial information about healthy organs in close proximity to the malignant cells are necessary in order to mitigate dispersion into these organs-at-risk. This information can be provided by deep volumetric segmentation networks, such as 3D U-Net. However, due to limitations of memory in modern graphical processing units, it is not feasible to train a volumetric segmentation network on full image volumes and subsampling the volume gives a too coarse segmentation. An alternative is to sample a region of interest from the image volume and train an organ-specific network. This approach requires knowledge of which region in the image volume that should be sampled and can be provided by a 3D object detection network. Typically the detection network will also be region specific, although a larger region such as the thorax region, and requires human assistance in choosing the appropriate network for a certain region in the body. Instead, we propose a multi-site object detection network based onYOLOv3 trained on 43 different organs, which may operate on arbitrary chosen axial patches in the body. Our model identifies the organs present (whole or truncated) in the image volume and may automatically sample a region from the input and feed to the appropriate volumetric segmentation network. We train our model on four small (as low as 20 images) site-specific datasets in a weakly-supervised manner in order to handle the partially unlabeled nature of site-specific datasets. Our model is able to generate organ-specific regions of interests that enclose 92% of the organs present in the test set. / Vid optimering av en kontrollerad dos inom strålbehandling krävs det information om friska organ, så kallade riskorgan, i närheten av de maligna cellerna för att minimera strålningen i dessa organ. Denna information kan tillhandahållas av djupa volymetriskta segmenteringsnätverk, till exempel 3D U-Net. Begränsningar i minnesstorleken hos moderna grafikkort gör att det inte är möjligt att träna ett volymetriskt segmenteringsnätverk på hela bildvolymen utan att först nedsampla volymen. Detta leder dock till en lågupplöst segmentering av organen som inte är tillräckligt precis för att kunna användas vid optimeringen. Ett alternativ är att endast behandla en intresseregion som innesluter ett eller ett fåtal organ från bildvolymen och träna ett regionspecifikt nätverk på denna mindre volym. Detta tillvägagångssätt kräver dock information om vilket område i bildvolymen som ska skickas till det regionspecifika segmenteringsnätverket. Denna information kan tillhandahållas av ett 3Dobjektdetekteringsnätverk. I regel är även detta nätverk regionsspecifikt, till exempel thorax-regionen, och kräver mänsklig assistans för att välja rätt nätverk för en viss region i kroppen. Vi föreslår istället ett multiregions-detekteringsnätverk baserat påYOLOv3 som kan detektera 43 olika organ och fungerar på godtyckligt valda axiella fönster i kroppen. Vår modell identifierar närvarande organ (hela eller trunkerade) i bilden och kan automatiskt ge information om vilken region som ska behandlas av varje regionsspecifikt segmenteringsnätverk. Vi tränar vår modell på fyra små (så lågt som 20 bilder) platsspecifika datamängder med svag övervakning för att hantera den delvis icke-annoterade egenskapen hos datamängderna. Vår modell genererar en organ-specifik intresseregion för 92 % av organen som finns i testmängden.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:UPSALLA1/oai:DiVA.org:kth-279290 |
| Date | January 2020 |
| Creators | Jacobzon, Gustaf |
| Publisher | KTH, Skolan för elektroteknik och datavetenskap (EECS) |
| Source Sets | DiVA Archive at Upsalla University |
| Language | English |
| Detected Language | Swedish |
| Type | Student thesis, info:eu-repo/semantics/bachelorThesis, text |
| Format | application/pdf |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
| Relation | TRITA-EECS-EX ; 2020:240 |
Page generated in 0.0019 seconds