Les norovirus (NoV) sont considérés comme étant l'agent étiologique le plus impliqué dans les éclosions de gastro-entérite d'origine virale à l'échelle mondiale. À l'heure actuelle, et malgré les efforts fournis, les NoV sont difficilement cultivés in vitro. Vue l'absence d'une étude épidémiologique récente caractérisant les isolats de NoV à l'échelle nationale et le manque d'informations valables sur leur caractérisation moléculaire (détection, survie dans les aliments et sur les surfaces, inactivation...) la présente étude s'est fixée les objectifs suivants : (1) Caractériser, au niveau moléculaire et épidémiologique, une sélection de souches de NoV isolées entre 2004-2005 pendant des éclosions de gastro-entérite rapportées dans plusieurs provinces canadiennes; (2) Développer une approche moléculaire en temps réel de type NASBA (NASBA-TR) pour là détection des NoV dans les échantillons fécaux et comparer aux méthodes ELISA ; RT-PCR en temps réel et conventionnelle ; (3) Optimiser et combiner une digestion enzymatique à la technique NASBA-TR développée afin de distinguer les NoV infectieux des non infectieux; (4) Évaluer la persistance des NoV infectieux dans des échantillons alimentaires réfrigérés; (5) Évaluer la persistance des NoV infectieux sur les surfaces inertes sous différentes conditions de température et d'humidité relative. L'analyse phylogénétique a montré la co-circulation des deux génogroupes (I et il) de NoV, avec prédominance du génogroupe II (95.7 %) représentée principalement par le sous-groupe Lordsdale. Il s'est avéré aussi qu'une caractérisation fiable des isolats de NoV doit être basée sur les informations issues du séquençage du gène de l'ARN polymérase et celui de la capside. La caractérisation moléculaire des échantillons fécaux de NoV a démontré que NASBA-TR assure une meilleure sensibilité que la RT-PCR conventionnelle et l'ELISA, mais semblable à la TaqMan RT-PCR. De plus, une fois combinée avec la digestion enzymatique, NASBA-TR s'est révélé très efficace dans la discrimination des NoV infectieux. Nous avons aussi montré que les NoV infectieux sont stables à 7°C et peuvent survivre dans la laitue et la dinde pendant 10 jours. Cependant, la persistance des NoV infectieux sur les deux surfaces étudiées s'est révélée très importante (56 jours) à une basse température et haute humidité relative
| Identifer | oai:union.ndltd.org:LAVAL/oai:corpus.ulaval.ca:20.500.11794/19882 |
| Date | 13 April 2018 |
| Creators | Lamhoujeb, Safaa |
| Contributors | Fliss, Ismaïl, Jean, Julie |
| Source Sets | Université Laval |
| Language | English |
| Detected Language | French |
| Type | thèse de doctorat, COAR1_1::Texte::Thèse::Thèse de doctorat |
| Format | xiv, 139 f., application/pdf |
| Rights | http://purl.org/coar/access_right/c_abf2 |
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