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Previous issue date: 2010-12-02 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / The species Phyllomedusa bicolor has biotechnological potential, since its secretion
is rich in epidermal bioactive substance. This species, popularly known as the
Indians Kambô cloth linguistic group, is used in healing rituais in preparation for
hunting. It is a widely distributed species in the Amazon that lacks studies that focus
on their evolutionary history and population structure. This study employed the use of
mtDNA as a molecular tool to study 117 individuais of P. bicolor from eleven different
locations in five states in the Brazilian Amazon. The database for the analysis
population was composed of 117 nucleotide sequences, each with a total of 1037
base pairs (bp) which resulted in a database for the concatenated mtDNA (a
fragment of 520 bp of 16S and a Control Region fragment of 517 bp). The sequences
were aligned and edited in the BioEdit programo From these, we generated a data
matrix that was used in the analysis population statistics implemented in the program
ARLEQUIN. Analyses of Samovar and BAPS were used to determine the groupings
of the populations later. Haplotype network, the data generated by the program
GEODIS and interpretation of key Templeton were generated using the program
ANECA. Verified the existence of 31 haplotypes for the mtDNA, and 21 are unique
within the sample. The gene diversity (h) total was estimated at 0.884, and this value
is high compared to the values of sites. The AMOVA test revealed that there is a
strong genetic structure, which is significantly supported by the fixation index (<1>ST=
0.8166, P <0.001), where the bulk of ali genetic variation (81.66%) is distributed
among the populations. Pairwise comparisons of gene flow show that populations of
RF Adolpho Ducke, UFAM Rebio Uatumã and showed high values in the effective
number of female migrants per generation (Nemf), which indicates that there is gene
flow. The NCPA analysis defined six hierarchicallevels corresponding to c1ades, 1-7,
2-2, 2-7, 3-1, 3-2 and 4-1, where there is a rejection of the null hypothesis of no
association between geographic distance and genetic divergence, most often
indicating restricted gene flow. The value of K greater significance (K = 4) explains
the formation of groups with the following configuration: group 1) UFAM, Adolfo
Ducke Forest Reserve and Rebio Uatumã, group 2) Barcelos, PARNA Viruá and
TNF Amapá, group 3 ) Altamira, group 4) Cruzeiro do Sul, Santa Isabel do Rio
Negro, Tabatinga and Atalaia do Norte. On Bayesian analysis of population structure
found that the best value of posterior probability for the formation of groups is a
number equal to five. Four localities with high levels of genetic variability for mtDNA:
RF Adolpho Ducke, Rebio Uatumã, UFAM and Acre. The segments of the 16S and
Control Region (central part) were slightly conserved, which affect the number of
segregating sites and reduced numbers of haplotypes found in populations of P.
bicolor. By means of genetic distances, we find that there is a greater differentiation
between pairs of localities in the Central Amazon, the Guyana Shield and the
Brazilian Shield in relation to the western Amazonian localities. Therefore, our results
indicate that possibly the populations of P. bicolor show a pattern of differentiation
mediated by isolation by distance in view of the large geographic distances between
locations found. However, additional sampling should be undertaken to provide more
precise information on this pattern of differentiation. / epidérmica é rica em substância bioativas. Esta espécie, conhecida popularmente
como kambô pelos índios do grupo linguistico pano, é usada em rituais de cura e na
preparação para a caça. É uma espécie de ampla distribuição na Amazônia que
carece de estudos que visem a sua história evolutiva bem como estrutura
populacional. Neste estudo empregamos o uso do DNAmt como ferramenta
molecular para estudar 117 indivíduos de P. bico/ar de onze diferentes localidades
em 5 estados na Amazônia brasileira. O banco de dados para as análises
populacionais foi composto de 117 sequéncias nucleotídicas, cada uma com um
total de 1037 pares de bases (pb) que resultaram em um banco de dados
concatenados para o DNAmt (sendo um fragmento de 16S de 520 pb e um
fragmento da Região Controle de 517 pb). As sequências foram alinhadas e
editadas no programa BIOEDIT. A partir destas, foi gerada uma matriz de dados que
foi usada nas análises estatísticas populacionais implementadas no programa
ARLEQUIN. As análises de SAMOVA e BAPS foram usadas para determinar os
agrupamentos de populações a posteriore. A rede de haplótipos, os dados gerados
pelo programa GEODIS e a interpretação da chave de Templeton foram gerados
com o uso do programa ANECA. Verificou-se a existência de 31 haplótipos para o
DNAmt, sendo que 21 são únicos dentro da amostragem. A diversidade gênica (h)
total foi estimada em 0,884, sendo que este valor é elevado quando comparado aos
valores das localidades amostradas. O teste de AMaVA revelou que há uma forte
estruturação genética, a qual é apoiada significativamente pelo índice de fixação
(<1>ST = 0.8166; P < 0,001), onde a maior parte de toda a variação genética (81,66%)
está distribuída entre as populações. As comparações par a par do fluxo gênico
mostram que as populações da R.F. Adolpho Ducke, UFAM e Rebio Uatumã
apresentaram altos valores no número efetivo de fêmeas migrantes por geração
(Nemf) , o que indica que existe fluxo gênico. As análises de NCPA definiram seis
níveis hierárquicos correspondentes aos clados, 1-7, 2-2, 2-7, 3-1, 3-2 e 4-1, nos
quais há a rejeição da hipótese nula da não associação entre distância geográfica e
divergência genética, na maioria das vezes indicando fluxo gênico restrito. O valor
de K com maior significância (K=4) explica a formação dos grupos com a seguinte
configuração: grupo 1) UFAM, Reserva Florestal Adolfo Ducke e Rebio Uatumã;
grupo 2) Barcelos, PARNA do Viruá e FLONA do Amapá; grupo 3) Altamira; grupo 4)
Cruzeiro do Sul, Santa Isabel do Rio Negro, Tabatinga e Atalaia do Norte. Na análise
bayesiana de estrutura de população verificamos que o melhor valor da
probabilidade posterior para a formação de grupos corresponde a um número igual a
cinco. Quatro localidades apresentaram altos níveis de variabilidade genética para o
DNAmt: R.F. Adolpho Ducke, Rebio Uatumã, UFAM e Acre. Os segmentos do gene
16S e da Região Controle (parte central) mostraram-se ligeiramente conservados, o
que influenciou na quantidade reduzida de sítios polimórficos e números de
haplótipos encontrados nas populações de P. bico/ar. Por meio das distâncias
genéticas, verificamos que há uma maior diferenciação entre pares de localidades
da Amazônia Central, Escudo das Guianas e Escudo Brasileiro em relação às
localidades do Oeste Amazônico. Portanto, nossos resultados indicam que
possivelmente as populações de P. bico/ar apresentam um padrão de diferenciação
mediado por isolamento por distância tendo em vista as grandes distâncias
geográficas encontradas entre as localidades. Entretanto, coletas adicionais deverão
ser realizadas para fornecer informações mais precisas sobre este padrão de
diferenciação.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:localhost:tede/1935 |
| Date | 02 December 2010 |
| Creators | Mota, Edvaldo Pereira, |
| Contributors | Farias, Izeni Pires,, Lima, Albertina Pimentel, |
| Publisher | Instituto Nacional de Pesquisas da Amazônia, Genética, Conservação e Biologia Evolutiva (GCBEv), INPA, Brasil, Coordenação de Pós Graduação (COPG) |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | Portuguese |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/masterThesis |
| Format | application/pdf |
| Source | reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações do INPA, instname:Instituto Nacional de Pesquisas da Amazônia, instacron:INPA |
| Rights | http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/, info:eu-repo/semantics/openAccess |
| Relation | -5829914500254207356, 600, 600, 600, 600, 3806999977129213183, -5919840527232375671, -2555911436985713659 |
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