This work presents a methodology to describe the dynamics
and topology of biological regulatory networks through the application of graph
theory. We model these networks using Boolean rules and simulations performed
with algorithms implemented in MATHEMATICA 7.0. Through this methodology, we
characterize the regulatory network of opening and closing of the stomata of a
plant by abscisic acid (ABA), including the relationships between the network s
elements during the dynamics and the description of the state-space by
comparing each one of its elements. For the state of cellular replicative
senescence in humans, the goal is to describe a regulatory network of
proteins involving the mechanisms of Shelterin complex, DNA double-strand break
signaling, and the cell cycle arrest in G1 phase. The network topology must involve a
combination of pathways and modules to ensure the stability of the signal and the
permanent cell-cycle arrest. The state senescent is also characterized by
establishing a secretory phenotype (SASP) with both beneficial and harmful effects
for the organism. Different pathways are identified along with the activation of NF-kB
in the regulation of these phenotypes and in this sense, a regulatory network to
regulate the SASP in replicative senescence is proposed and the main
consequences of the SASP for human colon are identified via analysis of microarray
data related to normal colon, inflamed colon, colonic adenoma and carcinoma of the
colon. / Este trabalho apresenta uma metodologia para descrever a dinâmica e a
topologia de redes biológicas regulatórias através da aplicação da teoria de grafos,
da modelagem de redes a partir de regras booleanas e através do uso de
simulações baseadas em algoritmos implementados no software MATHEMATICA
7.0. Por meio desta metodologia procurou-se caracterizar a rede de regulação de
abertura e fechamento dos estômatos de uma planta pelo ácido abscísico (ABA),
incluindo a relação entre os elementos da rede durante a dinâmica e a descrição do
espaço de estados. No estudo do estado celular de senescência replicativa em
humanos, o objetivo é descrever uma rede regulatória de proteínas envolvendo os
mecanismos do complexo de Shelterin com a sinalização de duplas quebras no DNA
e a sinalização da parada do ciclo celular na fase G1. Por meio desta rede, a
topologia deve envolver a combinação de vias e módulos para garantir a
estabilidade da sinalização e a parada permanente da célula no estado senescente.
O estado senescente também é caracterizado pelo estabelecimento de um fenótipo
secretor (SASP) com efeitos tanto benéficos quanto prejudiciais para o organismo.
Diferentes vias estão identificadas juntamente com a ativação de NF-kB na
regulação deste fenótipo e nesse sentido, uma rede regulatória do SASP em
senescência replicativa é proposta e as principais consequências do SASP para o
cólon humano são identificadas através da análise de dados de microarranjos que
relacionam cólon normal, cólon inflamado, adenoma de cólon e carcinoma de cólon.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:repositorio.ufsm.br:1/3907 |
| Date | 13 January 2012 |
| Creators | Bugs, Cristhian Augusto |
| Contributors | Mombach, Jose Carlos Merino, Sinigaglia, Marialva, Zimmer, Fábio Mallmann, Cañedo, Andrés Delgado, Carara, Marcos André |
| Publisher | Universidade Federal de Santa Maria, Programa de Pós-Graduação em Física, UFSM, BR, Física |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | Portuguese |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/doctoralThesis |
| Format | application/pdf |
| Source | reponame:Repositório Institucional da UFSM, instname:Universidade Federal de Santa Maria, instacron:UFSM |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
| Relation | 100500000006, 400, 300, 300, 300, 300, 300, 300, 3f068138-f520-468d-b0ab-7f831fb45733, 659dfd0e-0fac-4387-a6e6-aae61e072078, 748c9a4e-da2b-461b-89ba-bc94c831c914, fc60b965-3894-4d02-9c1a-f5e23d827582, 80fe83c2-28a2-4071-be34-3c241d615ec1, 1a326478-6fba-40ab-ad5f-6cd1a329c297 |
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