A evolução das tecnologias de sequenciamento de DNA tem permitido a elucidação da sequência genômica de um número cada vez maior de organismos. Contudo, a obtenção da sequência nucleotídica do genoma é apenas a primeira etapa no estudo dos organismos. O processo de anotação consiste na identicação as diferentes regiões de interesse no genoma e suas funcionalidades. Várias ferramentas computacionais foram desenvolvidas para auxiliar o processo de anotação, porém nenhuma delas permite ao usuário selecionar sequências, processá-las de forma a encontrar evidências a respeito das regiões genômicas, como predição gênica e de domínios protéicos, analisá-las gracamente e adicionar informações a respeito de suas regiões em um mesmo ambiente. Assim, o objetivo desse projeto foi o desenvolvimento de uma plataforma gráca para a anotação genômica que permite ao usuário realizar as tarefas necessárias para o processo de anotação em uma única ferramenta integrada a um banco de dados. A idéia é proporcionar ao usuário liberdade para trabalhar com o seu conjunto de dados, possibilitando a seleção de sequências para análise, construção dos pipelines processamento das mesmas e análise dos resultados encontrados a partir de visualizador que permite ao usuário adicionar in- formações às regiões e fazer a curadoria das sequências. A ferramenta resultante é facilmente extensível, permitindo o acoplamento modular de novas funcionalidades de anotação e sua estrutura permite ao usuário trabalhar tanto com projetos de sequências expressas como anotação de genomas. / The evolution of the technologies of DNA sequencing has permitted the elucidation of genomic sequence of an increasing number of organisms. Though, the obtainment of the genome nucleotide sequence is only the rst step in the study of organisms. The annotation process consists in the identication of different regions of interest on the genome and their features. Several computational tools were developed to support the annotation process, however none allow the user to select sequences, process them, analyze them graphically and add information about its regions in the same surrounding. Thus, the aim of this project was to develop a graphic platform to genome annotation that allows the user to realize your tasks required from the annotation process in a single tool integrated to a database. The idea is to provide from the user liberty to work with your dataset, enabling the selection of sequences for analyze, pipeline construction, processing them and analyze of results from the viewer that allows the user to add information in the regions and to do the trusteeship of sequences. The resulting tool is easily extensible; allowing the engagement modular of new functionalities of annotation and its structure allows the user works both projects of expressed sequences and with genome annotation.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:teses.usp.br:tde-04022014-074453 |
| Date | 22 November 2013 |
| Creators | Liliane Santana Oliveira |
| Contributors | Alan Mitchell Durham, Vasco Ariston de Carvalho Azevedo, André Fujita |
| Publisher | Universidade de São Paulo, Ciência da Computação, USP, BR |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | Portuguese |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/masterThesis |
| Source | reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP, instname:Universidade de São Paulo, instacron:USP |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
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